Optimizing Computational Frameworks to Study the Influence of the Protein Environment on the Individual Site Energies of Chromophores in Photosystem II of Photosynthesis

Photosynthesis is a process in which electromagnetic radiation is converted into chemical energy. Photosystems capture photons with chromophores and transfer their energy to reaction centers using chromophores as a medium. In the reaction center, the excitation energy is used to perform chemical reactions. Knowledge of chromophore site energies is crucial to the understanding of excitation energy transfer pathways in photosystems and the ability to compute the site energies in a fast and accurate manner is mandatory for investigating how protein dynamics ef-fect the site energies and ultimately energy pathways with time. In this work we developed two software frameworks designed to optimize the calculations of chro-mophore site energies within a protein environment. The first is for performing quantum mechanical energy optimizations on molecules and the second is for com-puting site energies of chromophores in a fast and accurate manner using the polar-izability embedding method. The two frameworks allow for the fast and accurate calculation of chromophore site energies within proteins, ultimately allowing for the effect of protein dynamics on energy pathways to be studied. We use these frame-works to compute the site energies of the eight chromophores in the reaction center of photosystem II (PSII) using a 1.9 Å resolution x-ray structure of photosystem II. We compare our results to conflicting experimental data obtained from both isolat-ed intact PSII core preparations and the minimal reaction center preparation of PSII, and find our work more supportive of the former.

Pour une histoire et une esthétique de l'écran fragmenté au cinéma

Bien que son existence soit presque aussi vieille que le cinéma, l‘écran fragmenté (que les académiciens et autres professionnels du cinéma de langue anglaise désignent communément sous l‘appellation « split screen ») n‘a jamais fait l‘objet d‘analyses véritablement approfondies. Quand il est mentionné dans les livres d‘histoire, l‘écran fragmenté est rapidement esquivé. Pourtant, ses apparitions sont nombreuses. Ce mémoire de maîtrise cherche à corriger nombre d‘idées préétablies en exposant l‘histoire de cette manifestation visuelle, en commençant des débuts (le « cinéma des premiers temps ») jusqu‘à l‘arrivée du « cinéma numérique » du nouveau millénaire.

Vers une scène commune : rapports croisés entre poésie et chanson chez Raoul Duguay (1966-1970)

Ce mémoire porte sur les deux premiers recueils de Raoul Duguay (ruts et or le cycle du sang dure donc). Il cherche à examiner les liens étroits qu’entretient la poésie de Duguay avec la production parallèle du poète, qui s’oriente dès la fin des années 1960 vers la chanson. Le mémoire s’attachera d’abord, dans le premier chapitre, à présenter l’histoire des liens entre les poètes et la chanson au Québec afin de relever les points de contact significatifs au cours des années 1960 et de poser le cadre théorique de la chanson comme objet d’étude. Dans un deuxième temps, l’analyse des deux premiers recueils de poèmes de Duguay nous mènera à une réflexion sur la présence de la métaphore du chant, puis de la parole poétique en poésie québécoise, qui annonce un changement de paradigme dans l’approche du lyrisme et du sujet lyrique. Enfin, le troisième chapitre se penchera sur le contexte contre-culturel québécois, pour examiner le discours et le contre-discours sur la poésie, pour expliquer le phénomène de décloisonnement des genres qui conduit Raoul Duguay à investir le champ de la culture populaire de sa poésie. Il y sera aussi question du sujet « dans le langage », de l’expérience de la langue et de la subjectivité de la voix.

"Un homme sur deux est une femme" : intégrer le genre dans les manuels d’histoire de la civilisation occidentale au collégial : quelques propositions

L’histoire des femmes et l’histoire du genre se sont développées conjointement depuis plus d’une trentaine d’années. Pourtant, elles ne sont pas encore pleinement reconnues par les institutions universitaires, et encore moins par les institutions collégiales, les progrès historiographiques dans ces domaines étant exclus du cursus enseigné. Du moins, c’est ce que nous avons observé au niveau collégial au Québec, à la suite d’une évaluation de la trame narrative des manuels francophones et anglophones utilisés pour le cours Histoire de la civilisation occidentale. En effet, grâce à une analyse des chapitres couvrant la période moderne, soit de 1500 à 1800 environ, des manuels les plus utilisés pour l’enseignement de ce cours, nous avons pu établir que l’histoire des femmes et l’histoire du genre ne sont pas intégrées et qu’une différence existe entre la trame du manuel francophone et celle du manuel anglophone. Nous avons constaté que le seul cours d’histoire obligatoire au niveau collégial, qui tend à former des citoyens et des citoyennes éclairé(e)s ainsi qu’à transmettre une culture générale de base, exclut la moitié de la population de leurs enseignements. Aussi ce mémoire propose-t-il trois façons de remédier à cette situation.

Mutations esthétiques, mais continuité technique dans l'oeuvre de Pierre Boulez

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/MU).

Developmental trajectories of marijuana use and psychological distress : exploring the co-occurrence of these phenomena in early adolescence

Le début de l’adolescence est une période de changements rapides où la détresse psychologique et l’expérimentation de la marijuana sont choses fréquentes. Certaines études longitudinales ont démontré que ces deux phénomènes ont tendance à se manifester conjointement tandis que d’autres n’ont pu observer de tel lien. Ces résultats divergents suggèrent que plusieurs questions persistent concernant la nature de cette relation. Cette thèse a pour objectif d’explorer la consommation de marijuana et la détresse psychologique en début d’adolescence afin de mieux saisir les changements à travers le temps, ainsi que d’examiner si ces deux problématiques évoluent conjointement et s’influencent réciproquement. Un échantillon de 448 adolescents garçons et filles fréquentant deux écoles secondaires de Montréal, ont été suivi de secondaire I à secondaire III. De 1999 à 2001, les participants ont complété un questionnaire à chaque année de l’étude incluant des mesures portant sur la consommation de marijuana et la détresse psychologique (IDPESQ-14). Un modèle de mixture semi-paramétrique (Nagin, 2005) a été utilisé afin d’identifier les trajectoires développementales de la consommation de marijuana et de détresse psychologique. Des analyses ont également été effectuées afin d’établir les liens d’appartenance entre chacune des trajectoires de consommation identifiées et la détresse psychologique lors de la première année de l`étude, ainsi qu’entre chacune des trajectoires de détresse psychologique et la consommation de marijuana en première année du secondaire. Finalement, des analyses de trajectoires jointes ont été effectuées afin de déterminer l’interrelation entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Les résultats de notre étude suggèrent qu’il existe une grande hétérogénéité au niveau de la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Trois trajectoires développementales ont été identifiées pour la consommation de marijuana: consommation légère, consommation grandissante et consommation élevée et stable. Trois trajectoires ont également été observées pour la détresse psychologique : basse, moyenne et élevée. Nos résultats démontrent la présence d’un lien entre la détresse psychologique rapportée lors de la première année de l’étude et les trajectoires de consommation problématiques. Ce lien a également été observé entre la consommation de marijuana rapportée lors de première année de l’étude et les trajectoires problématiques de détresse psychologique. Les analyses de trajectoires jointes démontrent la présence d’une concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Cette interrelation est toutefois complexe puisque les trajectoires de détresse psychologique élevée sont associées à un niveau de consommation de marijuana plus problématique mais l’inverse de cette association est moins probable. Notre étude met en lumière la nature asymétrique de la concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique.

No Laughing Matter: Shakespearean Melancholy and the Transformation of Comedy

Mon projet de thèse démontre le rôle essentiel que tient la mélancolie dans les comédies de Shakespeare. J’analyse sa présence au travers de multiples pièces, des farces initiales, en passant par les comédies romantiques, jusqu’aux tragicomédies qui ponctuent les dernières années de sa carrière. Je dénote ainsi sa métamorphose au sein du genre comique, passant d’une représentation individuelle se rapportant à la théorie des humeurs, à un spectre émotionnel se greffant aux structures théâtrales dans lesquelles il évolue. Je suggère que cette progression s’apparent au cycle de joie et de tristesse qui forme la façon par laquelle Shakespeare dépeint l’émotion sur scène. Ma thèse délaisse donc les théories sur la mélancolie se rapportant aux humeurs et à la psychanalyse, afin de repositionner celle-ci dans un créneau shakespearien, comique, et historique, où le mot « mélancolie » évoque maintes définitions sur un plan social, scientifique, et surtout théâtrale. Suite à un bref aperçu de sa prévalence en Angleterre durant la Renaissance lors de mon introduction, les chapitres suivants démontrent la surabondance de mélancolie dans les comédies de Shakespeare. A priori, j’explore les façons par lesquelles elle est développée au travers de La Comedie des Erreurs et Peines d’Amour Perdues. Les efforts infructueux des deux pièces à se débarrasser de leur mélancolie par l’entremise de couplage hétérosexuels indique le malaise que celle-ci transmet au style comique de Shakespere et ce, dès ces premiers efforts de la sorte. Le troisième chapitre soutient que Beaucoup de Bruit pour Rien et Le Marchand de Venise offrent des exemples parangons du phénomène par lequel des personnages mélancoliques refusent de tempérer leurs comportements afin de se joindre aux célébrations qui clouent chaque pièce. La mélancolie que l’on retrouve ici génère une ambiguïté émotionnelle qui complique sa présence au sein du genre comique. Le chapitre suivant identifie Comme il vous plaira et La Nuit des Rois comme l’apogée du traitement comique de la mélancolie entrepris par Shakespeare. Je suggère que ces pièces démontrent l’instant où les caractérisations corporelles de la mélancolie ne sont plus de mise pour le style dramatique vers lequel Shakespeare se tourne progressivement. Le dernier chapitre analyse donc Périclès, prince de Tyr et Le Conte d’Hiver afin de démontrer que, dans la dernière phase de sa carrière théâtrale, Shakespeare a recours aux taxonomies comiques élucidées ultérieurement afin de créer une mélancolie spectrale qui s’attardent au-delà des pièces qu’elle hante. Cette caractérisation se rapporte aux principes de l’art impressionniste, puisqu’elle promeut l’abandon de la précision au niveau du texte pour favoriser les réponses émotionnelles que les pièces véhiculent. Finalement, ma conclusion démontre que Les Deux Nobles Cousins représente la culmination du développement de la mélancolie dans les comédies de Shakespeare, où l’incarnation spectrale du chapitre précèdent atteint son paroxysme. La nature collaborative de la pièce suggère également un certain rituel transitif entre la mélancolie dite Shakespearienne et celle développée par John Fletcher à l’intérieure de la même pièce.

Histoire(s) et historiographie du cinéma en France : 1896-1953

Thèse de doctorat effectuée en cotutelle au Département d’histoire de l’art et d’études cinématographiques de la Faculté des arts et des sciences de l'Université de Montréal et à la Section d’histoire et esthétique du cinéma de la Faculté des lettres de l'Université de Lausanne.

Les oncogènes NUP98-PHF23 et NUP98-HOXD13 confèrent un potentiel aberrant d’auto-renouvellement aux progéniteurs thymiques.

L’initiation de la leucémogénèse dans la leucémie aigue lymphoblastique (LAL)-T résulte de l’activation aberrante de facteurs de transcription de la lignée lymphocytaire T. Nous démontrons que les gènes de fusion NUP98-PHF23 (NP23) et NUP98-HOXD13 (NHD13) reprogramment les thymocytes normaux en cellules souches pré-leucémiques (CS-préL) possédant un potentiel aberrant d’auto-renouvellement. Basé sur des essais de clonalité performés sur des thymocytes transplantés en série, nous avons découvert que cette population est hiérarchisée similairement aux cellules souches hématopoïétiques normales. Ces CS-préL dévoilent un enrichissement du compartiment de précurseurs thymiques immatures KIT+ où les deux oncogènes, NP23 et NHD13, activent des gènes impliqués dans l’autorenouvellement, incluant Hoxa9, Hoxa10, Lyl1 et Hhex. De plus, l’activité d’autorenouvellement est abrogée par les ARN interférents contre Lyl1 et Hhex, indiquant leur implication fonctionnelle en aval de NP23 et NHD13. Puisque ces gènes sont aussi activés en aval de trois autres oncogènes dans la LAL-T, SCL/TAL1, LMO1 et LMO2, nous concluons que les niveaux d’activation de Lyl1 et Hhex fixent le seuil de reprogrammation des thymocytes normaux en CS-préL. Malgré l'efficacité des traitements de chimiothérapie actuels à diminuer la masse tumorale, les CS-préL sont épargnées, pouvant mener à des rechutes. Nos résultats répondent à ce besoin et proposent de nouvelles avenues permettant de cibler les CS-préL du compartiment de thymocytes immatures dans la LAL-T.

UNITRAN: A Principle-Based Approach to Machine Translation

Machine translation has been a particularly difficult problem in the area of Natural Language Processing for over two decades. Early approaches to translation failed since interaction effects of complex phenomena in part made translation appear to be unmanageable. Later approaches to the problem have succeeded (although only bilingually), but are based on many language-specific rules of a context-free nature. This report presents an alternative approach to natural language translation that relies on principle-based descriptions of grammar rather than rule-oriented descriptions. The model that has been constructed is based on abstract principles as developed by Chomsky (1981) and several other researchers working within the "Government and Binding" (GB) framework. Thus, the grammar is viewed as a modular system of principles rather than a large set of ad hoc language-specific rules.

Complicaciones de la preeclampsia severa y su relación con variables demográficas y obstétricas

Introducción: La preeclampsia severa es una de las principales patologías que afectan a las mujeres embarazadas, sus complicaciones tienen un alto impacto en la salud del binomio madre-hijo. Materiales y métodos: Se realizo una serie de casos, durante un periodo de 1 año se revisaron las historias clínicas de las pacientes que ingresaron a la unidad de cuidado intensivo obstétrico de la Clínica Orquídeas, con diagnóstico de preeclampsia severa. Se describieron los datos demográficos y las complicaciones. Se realizó análisis univariado con las variables de interés y se calcularon diferencias significativas por medio del test exacto de Fisher. Resultados: Se registraron 196 pacientes con preeclampsia severa en el periodo de estudio. Las complicaciones mas frecuentes fueron síndrome HELLP (30,6%), insuficiencia renal aguda (16,3%) y edema pulmonar (10,2%); el ingreso de las pacientes con preeclampsia severa a la UCIO en embarazo aumenta el riesgo de sufrir complicaciones. El síndrome de HELLP se presento con mayor frecuencia en pacientes que realizaron 6 o mas controles prenatales (p=0.066). Discusión: Los resultados evidencian una prevalencia de preeclampsia severa mayor que la observada por otros autores, probablemente por ser una UCI exclusivamente obstétrica. Las complicaciones mas frecuentes son concordantes con otros estudios publicados. El mayor riesgo de complicaciones asociadas en pacientes que ingresan embarazadas a la UCIO podría estar en relación a la severidad de la patología. Se requieren estudios analíticos para establecer asociaciones entre cada una de las complicaciones y sus factores condicionantes.

Educar las emociones: una reflexión sobre los programas de educación emocional en la primera infancia a través de la lente de la Psicología Positiva

La primera infancia es la etapa comprendida entre los 0 y los 6 años, y es el momento en el cual el cerebro tiene mayor plasticidad, por lo que en la actualidad se cree que la educación debe iniciar en este momento de la vida. La educación inicial ha venido dejando de lado el interés por los procesos cognitivos y ha puesto su foco de atención en el desarrollo social y emocional de los niños. El objetivo del presente trabajo es describir las características de los programas de educación emocional en la primera infancia a través de la lente de la Psicología Positiva utilizando una metodología cualitativa documental y específicamente el estado del arte. Los resultados obtenidos se dividen en corte empírico y corte teórico; para los de corte empírico se encontró que si bien el target que se pretende impactar son los niños en la primera infancia, varios programas le apuntan a trabajar como primera instancia con los cuidadores de los niños. Por otro lado como variables más comunes se manejaban las habilidades interpersonales y la resolución de problemas. Para los de corte teórico se encontró que los programas se orientan bajo una pedagogía dinámica y que muchos se centran en enfoques orientados a la promoción de habilidades sociales.

La Reforma Catòlica a la muntanya catalana a través de les visites pastorals: els bisbats de Girona i Vic (1587-1800)

La present tesi vol explicar la implantació de la Reforma Catòlica en una sèrie de parròquies rurals dels bisbats de Girona (valls de Ridaura, Bas, Hostoles i Amer) i Vic (El Collsacabra i les valls de Susqueda i Sau), entre 1587 i 1800, des dels bisbes posttrentins Jaume Caçador i Pedro Jaime als il·lustrats Tomàs de Lorenzana i Francisco de Veyan. La documentació principal són les sèries de les visites pastorals conservades a l'Arxiu Diocesà de Girona i l'Arxiu Episcopal de Vic; paral·lelament, s'ha reforçat amb documentació parroquial (llibres sagramentals, consuetes, llibres d'obra i confraries), protocols notarials (notaries de Rupit, Sant Feliu de Pallerols, El Mallol i Amer) i impresos episcopals. Els manaments de les visites pastorals s'han contrastat, amb semblances i diferències, amb els decrets del concili de Trento, de les constitucions provincials tarraconenses i les sinodals gironines i vigatanes, i amb les evidències artístiques, arquitectòniques i arqueològiques. Tots ells han servit per demostrar la lentitud en la implantació del programa tridentí, que s'assoleix, de fet, amb força retard (ben entrat el segle XVIII).

A segurança estrutural relacionada com a escavação sob fundações de edifícios pré-existentes

Pretende-se no presente artigo analisar a segurança estrutural de edificações condicionadas por escavações a um nível inferior ao das suas fundações. Considerando a existência de três momentos diferentes – o período antecedente ao início dos trabalhos, o intervalo de tempo correspondente ao decurso dos trabalhos de reabilitação e o período posterior, correspondente à futura utilização do património, é sobre o segundo que incidirá a nossa análise, por ser aquele em que a estrutura se encontra mais fragilizada, implicando uma menor segurança estrutural, que tende a ser desvalorizada, por ter uma natureza temporária. Numa primeira fase descreve-se o existente, assim como as intervenções propostas. Posteriormente indicam-se os potenciais danos estruturais resultantes das alterações pretendidas e as principais medidas a considerar para os evitar. Numa fase posterior propõe-se a sequenciação dos trabalhos de modo a evitar um colapso parcial ou global e, por último, apresentam-se conclusões e sugerem-se desenvolvimentos futuros. / The present work seeks to present an analysis related to the structural safety of buildings that are object of excavations at a lower level than their foundations. Considering the existence of three different moments – a first period before the beginning of the works, a second one correspondent to the rehabilitation procedures and a last one related with the future utilization of the patrimony, this article will focus on the second period, because during that gap of time, the structure is usually weakened, which implies a lower structural safety that tends to be ignored, due to its temporary nature. In the first phase, the existing construction is described, as well as the proposed interventions. Afterwards, are referred the potential structural damages resultant of the architectonical proposals and the measures to implemented to prevent them. In the posterior phase we propose the work sequence, in order to avoid a partial or global collapse and, finally, we reach some conclusions and suggest other works to be developed in the future.

Extinction processes in hotspots of avian biodiversity and the targeting of pre-emptive conservation action

Hot spots of endemism are regarded as important global sites for conservation as they are rich in threatened endemic species and currently experiencing extensive habitat loss. Targeting pre-emptive conservation action to sites that are currently relatively intact but which would be vulnerable to particular human activities if they occurred in the future is, however, also valuable but has received less attention. Here, we address this issue by using data on Endemic Bird Areas (EBAs). First, we identify the ecological factors that affect extinction risk in the face of particular human activities, and then use these insights to identify EBAs that should be priorities for pre-emptive conservation action. Threatened endemic species in EBAs are significantly more likely to be habitat specialists or relatively large-bodied than non-threatened species, when compared across avian families. Increasing habitat loss causes a significant increase in extinction risk among habitat specialists, but we found no evidence to suggest that the presence of alien species/human exploitation causes a significant increase in extinction risk among large-bodied species. This suggests that these particular human activities are contributing to high extinction risk among habitat specialists, but not among large-bodied species. Based on these analyses, we identify 39 EBAs containing 570 species (24% of the total in EBAs) that are not currently threatened with severe habitat loss, but would be ecologically vulnerable to future habitat loss should it occur. We show that these sites tend to be poorly represented in existing priority setting exercises involving hot spots, suggesting that vulnerability must be explicitly included within these exercises if such sites are to be adequately protected.