The TREAT-NMD DMD Global Database: analysis of more than 7,000 Duchenne muscular dystrophy mutations.

Analyzing the type and frequency of patient-specific mutations that give rise to Duchenne muscular dystrophy (DMD) is an invaluable tool for diagnostics, basic scientific research, trial planning, and improved clinical care. Locus-specific databases allow for the collection, organization, storage, and analysis of genetic variants of disease. Here, we describe the development and analysis of the TREAT-NMD DMD Global database (http://umd.be/TREAT_DMD/). We analyzed genetic data for 7,149 DMD mutations held within the database. A total of 5,682 large mutations were observed (80% of total mutations), of which 4,894 (86%) were deletions (1 exon or larger) and 784 (14%) were duplications (1 exon or larger). There were 1,445 small mutations (smaller than 1 exon, 20% of all mutations), of which 358 (25%) were small deletions and 132 (9%) small insertions and 199 (14%) affected the splice sites. Point mutations totalled 756 (52% of small mutations) with 726 (50%) nonsense mutations and 30 (2%) missense mutations. Finally, 22 (0.3%) mid-intronic mutations were observed. In addition, mutations were identified within the database that would potentially benefit from novel genetic therapies for DMD including stop codon read-through therapies (10% of total mutations) and exon skipping therapy (80% of deletions and 55% of total mutations).

The burden of parainfluenza virus infection in patients with hematological malignancy and hematopoietic stem cell transplant (HSCT) recipients in the absence of active immunization and approved therapy: The role of infection control

Background. Community respiratory viruses, mainly RSV and influenza, are significant causes of morbidity and mortality in patients with leukemia and HSCT recipients. The data on impact of PIV infections in these patients is lacking. Methods. We reviewed the records of patients with leukemia and HSCT recipients who developed PIV infection from Oct'02–Nov'07 to determine the outcome of such infections. Results. We identified 200 patients with PIV infections including 80(40%) patients with leukemia and 120 (60%) recipients of HSCT. Median age was 55 y (17-84 y). As compared to HSCT recipients, patients with leukemia had higher APACHE II score (14 vs. 10, p<0.0001); were more likely to have ANC<500 (48% vs. 10%, p<0.0001) and ALC<200 (45% vs. 23.5%, p=0.02). PIV type III was the commonest isolate (172/200, 86%). Most patients 141/200 (70%) had upper respiratory infection (URI), and 59/200 (30%) had pneumonia at presentation. Patients in leukemia group were more likely to require hospitalization due to PIV infection (77% vs. 36% p=0.0001) and were more likely to progress to pneumonia (61% vs. 39%, p=0.002). Fifty five patients received aerosolized ribavirin and/or IVIG. There were no significant differences in the duration of symptoms, length of hospitalization, progression to pneumonia or mortality between the treated verses untreated group. The clinical outcome was unknown in 13 (6%) patients. Complete resolution of symptoms was noted in 91% (171/187) patients and 9% (16/187) patients died. Mortality rate was 17% (16/95) among patients who had PIV pneumonia, with no significant difference between leukemia and HSCT group (16% vs. 17%). The cause of death was acute respiratory failure and/or multi-organ failure in (13, 81%) patients. Conclusions. Patients with leukemia and HSCT could be at high risk for serious PIV infections including PIV pneumonia. Treatment with aerosolized ribavirin and/or IVIG may not have significant effect on the outcome of PIV infection.^

Stability and potential application of spliced nuclear pre -mRNA introns

A major portion of this thesis work was dedicated to study the nature and significance of spliced introns. The initial work was focused on studying the IVS1$\sb{\rm C\beta 1}$ intron from a T-cell receptor (TCR)-$\beta$ gene. Compared to an intron lariat control from adenovirus pre-mRNA that was spliced in vitro, IVS1$\sb{\rm C\beta 1}$ was debranched less efficiently by HeLa S100 extracts, although IVS1$\sb{\rm C\beta 1}$ also used the consensus branchpoint in vivo. Subcellular-fractionation analysis showed that most IVS1$\sb{\rm C\beta 1}$ lariats cofractionated with pre-mRNA in the nucleus, consistent with the possibility that intron degradation releases splicing factors which will be available for further rounds of splicing. The half-life of IVS1$\sb{\rm C\beta 1}$ from the endogenous TCR-$\beta$ gene was measured using the general transcription inhibitor actinomycin D to be about $\sim$15 min, which was similar to that of unstable mRNAs such as c-myc mRNA.^ The general transcription inhibitor DRB was also used for intron stability analysis. Unexpectedly, DRB decreased intron and pre-mRNA levels only initially, it later increased the levels of intron-containing RNAs. Inhibition of transcription initiation appeared to be the major early effect (the reduction phase); whereas enhanced premature transcription termination was dominant later (the induction phase).^ Having established the procedures for studying in vivo spliced introns, this approach was applied to study the mechanism of nonsense-mediated downregulation (NMD), a phenomena in which premature termination codons (PTCs) decrease the levels of mRNAs. In this study, the novel intron-oriented approach was applied to study the mechanism of NMD. The levels of spliced introns immediately upstream and downstream of a PTC-bearing exon in a TCR-$\beta$ gene were identified and analyzed along with their pre-mRNA. Although PTC reduced the mRNA levels by 4 to 9 fold, the steady-state levels of spliced introns and the pre-mRNA-to-intron ratios were not significantly altered, indicating that the PTC did not significantly inhibit TCR-$\beta$ RNA splicing. Consistent with this conclusion, the half-lives of the PTC$\sp+$ and PTC$\sp-$ pre-mRNA were similar. The protein synthesis inhibitor cyclohexmide (CHX) upregulated the levels of the PTC$\sp+$ mRNA over 10 fold without affecting the levels of the spliced introns, suggesting that the reversal effect of CHX was through stabilization, not production. These results indicated that inhibition of splicing could not be the major mechanism for the NMD pathway of the TCR-$\beta$ gene, instead, suggesting that mRNA destabilization may be more important. (Abstract shortened by UMI.) ^

Roma de amor y muerte : Eros y Thánatos en tres poetas latinos (Horacio, Virgilio, Propercio)

¿De qué modos se vinculan Eros y Thánatos en la poesía latina clásica? Catulo había fijado una primera expresión de tal vínculo. Los poetas del círculo de Mecenas, cada uno a su modo, renuevan el tema. Horacio intenta moderar el miedo a la muerte y el afán amoroso. Virgilio, por su parte, en sus versos sobre Orfeo y Eurídice, nos ofrece otra cifra del enigma: ni el mayor poeta y amante pudo rescatar de la oscuridad a su amada; pero la poesía con que cante su dolor sobrevivirá a la muerte de ambos. Propercio, finalmente, expresa la constante cercanía de amor y muerte; amar es sentir el fondo de la humana fragilidad. Sin embargo, no piensa él meramente en una perduración literaria; afirma que “son algo los manes", pues su amada Cintia, ya muerta, lo ha visitado. “Aun cruza las riberas del Hado un gran amor."

“Idolatrado ancón" : identificación con la nación panameña desde la subjetividad femenina de los versos de Amelia Denis de Icaza

Ciento diez años más tarde de la separación de Panamá de Colombia y con el advenimiento del centenario de la apertura del Canal en 2014 es posible observar que la obra de Amelia Denis de Icaza muestra cómo la poeta romántica panameña, desde una perspectiva femenina, inaugura en 1906 la articulación de la fisura como rasgo característico de la identidad nacional de Panamá. Denis de Icaza inicia el lamento y la crítica por la presencia norteamericana en el Istmo con su poema “Al Cerro Ancón". En sus versos, la autora expresa su desagrado por la nueva realidad de ocupación territorial por fuerzas imperialistas y al mismo tiempo enciende el deseo por recuperar lo perdido, representándolo todo en el iconográfico accidente geográfico del Cerro Ancón. Esta nueva presencia extranjera y las consecuencias que se desprenden de tal ocupación trascienden el imaginario panameño a lo largo del siglo XX y más allá. Denis de Icaza, desde su espacio privado y con su voz intimista problematiza la situación canalera dentro del imaginario panameño, y se convierte en líder de la travesía que enrumbará al discurso istmeño en torno a la búsqueda y promoción por la soberanía en la totalidad del territorio nacional.

A cena de agón na Alceste de Euripides

In this study, I examine the agon scene in Euripides' Alcestis. The agon is placed in the 4th episode, when Alcestis' corpse has recieved all preparations for the funeral, and Admeto has already accomodated Heracles in the palace, without telling him, however, about the last occurrences. This episode is the biggest of the play with 360 verses, what could cause the prolongation of the action and consequently the decline of the emotional tonus. Nevertheless, Euripides has composed this episode with very diversified elements, that it could be divided in scenes, what confers certain agitily to the events succession that accelerates the end of the play. I took as basis the commentaries by A. M. Dale and by L P. E. Parker, and whenever necessary, I have also recurred to the James Diggle?s and D. J Conacher?s editions. Another important text for the present discussion of the agon in Alcestis is the book by Michael Lloyd, The Agon in Euripides

El Proemio del Libro IV de las Odas de Horacio

Este artículo se ocupa de la oda 4, 1 de Horacio. En primer lugar, el autor considera que esta oda posee un claro valor programático: en este libro se encontrará nuevamente poesía amorosa, a pesar de lo sostenido en los versos iniciales de la oda 3, 26 Y en la primera epístola. Sigue luego un comentario detallado de la oda, en el que se propone confirmar y ampliar tal interpretación. Se desarrolla especialmente el sentido de la súplica a Venus y el papel que cumple en tal súplica la juventud y riqueza de Paulo Máximo. En los dos últimos parágrafos se discuten la estructura del poema y su clasificación como apopompé, recusatio o renuntiatio amoris; también la característica que diferencia, aun considerando el poema como renuntiatio amoris, a Horacio de los poetas elegíacos

"En el monumento Resuçitest, fust alos ynfiernos" : ¿Error del poeta o influencia de una fuente en el Cantar de Mio Cid?

El presente trabajo vuelve a los vv. 358-361 del Cantar de Mio Cid sobre un tema que ha perturbado a la crítica: el texto conservado en el Códice de Vivar refiere que Jesús resucitó primero, y luego descendió a los Infiernos, lo cual implica una inversión del orden tradicional de los acontecimientos. En consecuencia, se revisan aquí las distintas opiniones sobre el particular, que en general pueden dividirse básicamente en dos grupos -aquellas que sostienen que el poeta cometió un error, y otras que afirman que el autor del poema adhirió a un determinado modelo, proveniente ya de la épica francesa, ya de la liturgia-, y se intenta arribar a una solución que considere más satisfactoriamente la especificidad del texto manuscrito.

Traducción e interpretación : Problemas presentes en la IV Egloga de Virgilio

La IV égloga de Virgilio presenta problemas de traducción en algunos versos que merecen ser atentamente examinados para no oscurecer el significado del poema. Es necesario dilucidar la cosmovisión y la concepción del tiempo que el poeta ha querido transmitir para poder traducir con adecuación y la mayor precisión posible el texto y no quebrar su unidad y coherencia. Los textos problemáticos a examinar son: v. 5 'ab integro'; v. 8 'puero, quo'; v. 11 'decus hoc aevi'; v. 34-36: 'alter', 'altera', 'altera'; v. 60 'risu'; v. 62 'risere parentes / parentem /parenti'

Pressoes e oposiçoes contra pequenos criadores familiares de gado bovino leiteiro da zona periurbana do Município de Castanhal (Pará, Brasil - Amazônia Oriental)

It is analyzed, in this paper, the conflicts involving a family of small dairy cattle breeders, faced with the opposition of society and restrictions imposed by the local authorities, against the livestock grazing on public lands in peri-urban zone of a medium-sized Amazonian city. The case study employed participant observation, interviews and document research. Despite the subordinate position occupied by the focused group in the credibility hierarchy of versions issued on the conflict, the group maintains a resistance conduct, based both in the need for sustenance, and in an attempt to preserve a way of life cherished by its members

En los albores de la celestinesca : Sobre el "Romance nuevamente hecho de Calisto y Melibea" en el pliego suelto de 1513

El Romance nueuamente hecho de Calisto y Melibea, pliego suelto impreso en 1513 (Jacobo Cromberger, Sevilla), un "romance-cuento" (según Menéndez Pidal) de 680 versos octosilábicos, atestigua una pronta transformación genérica: de la prosa dramática de Celestina a un poema narrativo con narrador extradiegético. La trama concisa incluye los típicos motivos narrativos del romancero hispánico (por ejemplo, el protagonista como un cazador) y acentúa el tema del pecado y el castigo (tomado de los paratextos de Celestina), también presente en los primeros pliegos sueltos cantados por ciegos. Existen evidencias de que el texto base ha sido la Comedia, no la Tragicomedia. Este texto temprano debería ser considerado un hito en la historia de la celestinesca

Formas poco estudiadas del antiguo cancionero popular

Las composiciones formadas por tres o más pareados de métrica irregular han sido poco investigadas. Predominan las cancioncitas con dos versos; la forma más frecuente en que se desarrollaron durante los siglos xv y xvi fue el villancico. Las composiciones pareadas ya existían dentro de la región castellana desde el siglo xiii, y aunque durante los siglos posteriores desaparecieron de la superficie, las investigaciones folklorísticas modernas los han hecho emerger. Dentro de este tipo de "género" -si así podemos llamarlo-, son interesantes las composiciones no paralelísticas, que hablan de la cultura de campesinos y pastores. Este tipo de textos no se encuentra más que en los refraneros de la época. El encanto de las composiciones radica en la acumulación de sus elementos, como ocurre en las adivinanzas y en las rimas infantiles

Se nas pedras faz feguras parecer... Consideraciones sobre iconografía mariana y figuras poéticas en las Cantigas de Santa María de Alfonso X

La iconografía mariana ha quedado reflejada en la poesía hispánica medieval de muchas maneras: desde versos que describen a la Virgen y sus atributos hasta conceptos teológicos y mariológicos expresados plásticamente mediante formas retóricas. Por ejemplo, el jardín y las flores como ornamentos y símbolos personales de Santa María, o bien la imagen de la luz a través de un cristal o una ventana de vidrio en escenas de la Anunciación -con abundantes testimonios pictóricos en el arte medieval-, se encuentran en la poesía en forma de descripciones simbólicas de diversa extensión y género y, por otro lado, de advocaciones marianas o tópicos mariológicos (Ave/Eva, Flos, Hortus, Radix-Virga, Regina, Stella). Este artículo propone, pues, un estudio de conjunto y comparativo de algunos de estos procedimientos, concentrándose en las Cantigas de Santa María del rey Alfonso X. En este sentido, las figuras retóricas, como herramientas que tienden un puente entre lo pictórico y lo poético, dirigen necesariamente la lectura hacia una interpretación simbólica proporcionada por la figuración o typologia, tal como la ha postulado Erich Auerbach para la textualidad medieval. En última instancia, el valor sagrado de la imagen mariana (una herencia del arte icónico bizantino) se representa también en los milagros de las Cantigas de Santa María, obra maestra que evidencia una fuerte influencia de la doctrina iconodúlica.

Miradas al último espejo : La despedida de Fernando Ortiz

Fiel a los temas recurrentes en sus hondos versos elegíacos, en su último libro Miradas al último espejo, Fernando Ortiz recuerda las personas y los lugares de su existencia, canta los efectos del paso del tiempo y la precariedad de la vida, reflexiona sobre la poesía haciendo hincapié en el papel fundamental de la tradición. Lo que pertenece al pasado sobrevive aquí en unas palabras llenas de belleza y emoción, que pretenden abatir la barrera entre el hoy y el ayer: las distintas épocas se mezclan en el sentir de Ortiz y concurren juntas a guiarlo hasta el punto final. El poder lenitivo de los versos, el sarcasmo y la ironía alivian la resignación ante el fluir temporal y le ayudan a aceptar el disgregarse del ser humano en su rápido recorrido por la vida. La única certeza del peregrino es su viaje, razón por la que tiene que aprovecharlo, mostrando gratitud y gozando de los placeres de este mundo entre los que prima indudablemente el amor. Concibiendo la ardua tarea del poeta como una búsqueda de la verdad para transmitirla en sus versos, en Miradas al último espejo Ortiz avisa a sus lectores del destino que todos compartimos, aconseja sobre cómo actuar a lo largo del camino, ofrece el alivio de su poesía y se despide 'con cervantino agradecimiento de la vida'

Espacios escénicos, geográfico y metafórico en Helena de Eurípides

En los primeros tres versos de Helena, Eurípides presenta las dos principales novedades argumentales respecto del tema: la esposa de Menelao se presenta ante los ojos de los espectadores en el ignoto Egipto y el personaje no es la mujer fatal de tantas obras, la princesa dominante y altanera orgullosa de su belleza y de la predilección de la que goza, sino que se ha convertido en una humilde suplicante, postrada ante una tumba para pedir la protección de los dioses, ya que quiere mantenerse intacta ante los reclamos matrimoniales de Teoclimeno, el nuevo rey egipcio. Geografía y escenografía jugarán un papel preponderante en la intencionalidad poética, y en este contraste de espacios y de tiempos cargados de sentido metafórico se terminará de dibujar el sentido de la tragedia: vida y muerte, juventud y vejez, verdad y apariencia, nombre y realidad; pero también la isla de Faros que está frente a Egipto, las islas en las que naufragaron tantos héroes griegos y la isla situada en frente de Atenas; también el pasado mítico de Helena y el futuro cultual de Atenas: todo se divide y contrasta armónicamente en Helena.