Jacobus de Voragine. Ogerius Locediensis. Guillelmus de Malliaco.

F. 13-142v [Jacobus de Voragine, Sermones excerpti e collectione sermonum festivalium per anni circulum]; cf. Schneyer, Repert. lat. Serm., III, 246-268. [In Nativitate]; cf. ibid., n° 319, incomplet du début, et n° 324 (13-18v); — « In circumcissione [sic] Domini »; cf. ibid., n° 346 et 347 (18v-24); — « In Epiphania Domini »; cf. ibid., n° 351 et 354 (24-28v); — « In Purificatione sancte Marie »; cf. ibid., n° 374 et 376 (28v-34); — « In Adnunciatione beate Marie.; cf. ibid., n° 396 (34-36v) et n° 397, incomplet du début par lacune matérielle (38-39); — « De s. Johanne Baptista »; cf. ibid., n° 465 et 467 (39-44); — « De apostolis Petro et Paulo »; cf. ibid., n° 471 et 473 (44-49v); — « De b. Paulo apostolo »; cf. ibid., n° 474 (49v-53); — « De s. Maria Magdalena »; cf. ibid., n° 479 et 480 (53-59v); — « De b. Laurentio martyre »; cf. ibid., n° 497 et 499 (59v-65); — « In Assumpcione b. Marie »; cf. ibid., n° 504 et 509 (65-72v); — « De s. Augustino »; cf. ibid., n° 521 et 523 (72v-79v); — « In Nativitate b. Marie »; cf. ibid., n° 528 et 530, incomplet de la fin, en réclame « virginis » (79v-84v); — [De s. Michaele]; cf. ibid., n° 544, incomplet du début par lacune matérielle, et n° 550 (86-90v); — « In festo omnium sanctorum »; cf. ibid., n° 568 et 570 (90v-96v); — « De mortuis »; cf. ibid., n° 574-577 (96v-107v); — « De s. Martino »; cf. ibid., n° 582, incomplet de la fin (107v-109v) et n° 583 incomplet du début par lacune matérielle (111-113v); — « De b. Katerina »; cf. ibid., n° 591 et 592 (113v-119v); — « De dedicacione ecclesie »; cf. ibid., n° 594 et 595 (119v-127); — « De consecracione altaris »; cf. ibid., n° 597 (127-130); — « De vestibus sacris sacerdotis quid significant »; cf. ibid., n° 598 (130-134); — « De exposicione misse »; cf. ibid., n° 599 et 600 (134-142v). F. 142v-146 « Sermo ad religiosos. Quia existis indesertum... (Mt. XI, 7). Istam questionem quam fecit Dominus... ». F. 146-150v [Guillelmus de Malliaco, Sermo excerptus e collectione sermonum de Tempore dicta « Abjiciamus »]; cf. Schneyer, op. cit., II, 483-489. « De visitacione et officio visitacionis »; cf. ibid., n° 72. F. 150v-158 Sermones. « In concilio magnatum. Quoniam ecce reges terre... (Ps. XLVII, 5). Hic duo tanguntur scilicet magnorum conveniencia temporalis... » (150v-151v); — « In synodo clericorum. Pro patribus tui nati sunt tibi filii... (Ps. XLIV, 17). Adtendant ecclesiarum prelati tria... » (151v-155); — « Sermo ad religiosos. Deus qui habit are facit unanimes in domo secundum hebraicam veritatem et secundum Johannem. Deus qui habitare racit monachos... » (155-158). F. 158-160v [Jacobus de Voragine, Sermo de s. Mathia] « Sermo in electione », incomplet par lacune matérielle, en réclame « vir perfectus »; cr. Schneyer, loc. cit., n° 382, moins développé. F. 161-169v [Ogerius Locediensis] « Planctus b. Bernardi de dolore Marie virginis propter filium » (en titre-courant). « Quis dabit capiti meo aquam et oculis meis imbrem sicut presens dies demostrat [sic] cunctis aperte. Inclita regina celica rosa flos sine spina// ...memento mei »; extrait du De Laudibus b. Virginis, rédaction B; cf. H. Barré, dans Revue d'ascétique et de mystique, XXVIII (1952), 243-266, mss. et éditions. Le texte est incomplet par lacune matérielle, un f. ayant été coupé entre les fr. 163 et 164. F. 169v-184 Sermones. « Sermo in Assumptione b. Marie. Surrexit rex in occursum... (III Reg. II, 19). Quam multiplici figura Salomon ille... », incomplet de la fin (169v-171v); — sermon incomplet du début par lacune matérielle (174); — « Sermo in capite jejunii. Convertimini ad Dominum Deum vestrum... (Joel II, 13). Agreditur hodie Spiritus sanctus multitudinem peccatorum... » (174-175v); — « Sermo in Paraceve. Cum egressus fuero de urbe... (Ex. lX, 29). Verba ista sunt Moysi qui gerit typum Salvatoris... » (175v-180v); — « Alius sermo in Paraceve. O vos omnes qui transitis per viam... (Thren. I, 12). Consideranti michi piam et superpiam materiam... » (180v-183v); — « Domine, bonum est nos hic esse... (Lc. lX, 33). Ubi? Petro. Isti enim tria tanguntur in mentis sublimitate... » (183v-184). F. 184v Table des ff. 1 à 193. — Addition fin XIVe s. F. 185-193 Sermones. « Sermo in Nativitate. Sicut lux aurore oriente sole... (II Reg. XXIII, 4, 2). Verba sunt David cui Dominus... » (185-186); — « Sermo in Paraceve. Deducant oculi nostri lacrimas... (Jer. lX, 18). ...ut gloriosa Virgo septies flevisse.. » (186-191); — « Quod Corpus Christi vere sit in altari. Cenantibus autem eis, accepit Jesus panem... Item Joh. (VI, 51): Ego sum panis vivus... Credebant enim quod manducaretur sicut alie carnes. ..) (191-193). F. 193v Table des ff. 194 à 285. — Addition fin XIVe s. La suite de la table a été coupée. F. 194-335v Sermones de Tempore, excerpti praesertim e collectione « Abjiciamus » Guillelmi de Malliaco et e collectionibus De Tempore et De Sanctis et festis Jacobi de Voragine; cf. Schneyer, op. cit., II, 483-489 et III, 221-233 et 246-268. F. 194-208. [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 1a in Adventu Domini »; cf. Schneyer, II, loc. cit., n° 1 et 2 (194-203); Dom. 2a »; cf. ibid., n° 3 (203-208). F. 208-213 [Jacobus de Voragine] « Dom. 2a in Adventu Domini »; cf. Schneyer, III, loc. cit., n° 5. F. 213-218 [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 3a »; cf. Schneyer, II, n° 6. F. 218-222 [Jacobus de Voragine] « Dom. 3a »; cf. Schneyer, III, n° 8. F. 222v-228 [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 4a »; cf. Schneyer, II, n° 7. F. 228-232 [Jacobus de Voragine] « Dom. eadem »; cf. Schneyer, III, n° 11. F. 232-236. « Feria 4a in capite jejunii. Cum jejunatis nolite fieri... (Mt. VI, 16). Hodie incipit tempus penitentie... ». F. 236-240 « De eadem feria. Convertimini ad me in toto corde... (Joel II, 12). Homo per peccatum tria mala incurrit... ». F. 240-246 [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 1a in quadragesima »; cf. Schneyer, II, n° 25. F. 246-319 [Jacobus de Voragine] « Dom. eadem »; cf. Schneyer, 111, n° 41 (246-251v); — « Dom. 2a in quadragesima »; cf. ibid. n° 44 et 45 (251v-259v); — « Dom. 3a in quadragesima »; cf. ibid., n° 47 et 48 (259v-270); — « Dom. 4a in quadragesima »; cf. ibid., n° 50 et 51 (270-279v); — « Dom. de passione »; cf. ibid., n° 53 et 54 (279v-290); — « Dom. de Ramis »; cf. ibid., n° 56 et 57 (290-302); — « In Cena Domini »; cf. ibid., n° 401 et 402 (302-307v); — « In Parasceve »; cf. ibid., n° 405 et 411 (307v-312); — « In die Pasce »; cf. ibid., n° 414 et 415 (312-316v); — « Feria 2a post Pasca »; cf. ibid., n° 419 (316v-319). F. 319-325v « De eadem feria. Duo ex discipulis Jhesu ibant... (Lc. XXIV, 13). Introduxit nos Dominus in terram fluentem lac... » F. 326-334 [Jacobus de Voragine] « In adscensione Domini »; cf. ibid., n° 446 et 445 (326-329v); — [In Pentecoste]; cf. ibid., n° 452 et 457 (329v-334). F. 334-335v « De eodem. Ad Deum [sic pro: eum] veniemus et mansionem... (Job. XIV, 23). Super illo verbo dicit b. Eusebius... ». F. 335v-337v Extraits patristiques. « Incipiunt quedam problemata. Lingua mea calamus ego sum. » Sont cités s. Grégoire, s. Paul, s. Augustin, s. Isidore, Boèce, Bède, Josèphe, s. Hilaire, etc.

De vitio proprietatis religiosorum.

F. 1-8 De vitio proprietatis religiosorum. « Jhesus, Maria, Franciscus. Sequitur... vicio proprietatis religiosorum » (titre effacé, lisible en partie à la lumière ultra-violette). « Manifestum videtur esse quod persone religiose viri et femine ordinem approbatum professe pro proprietatis vicio alligate nullo modo possint salvari... — ... nec continue. Vide Johannem Andree in regulam Non est obligatorium in novella super librum sextum et sic est finis ». F. 9-279 [BARTHOLOMAEUS DE RINONICO PISANUS] Liber de conformitatibus. « Incipit liber de conformitatibus beati Francisci quamvis plurimum breviatus tres partiales libros complectens... » (éd. dans Analecta franciscana sive chronica, IV-V, Quaracchi, 1906-1912). L. I, Conformitatum I-XII secundae partes : « Prima conformitas. Franciscus declaratur, expositio sequitur. Declarata prima parte primi fructus conformitatis que fuit de Christo (que [sic] ego pro nunc scribere non intendo sed solum que spectant ad beatum Franciscum etc.) manifestat nunc consequenter secundam partem ipsius enodare... — ... lucem Christum perveniamus. Amen. Sic ergo prelibatis apparet declarata secunda pars istius 12mi [sic] conformitatis videlicet Franciscus reserator... tam in isto duodecimo quam in precedentibus et subsequentibus conformitatibus sit laus Deo. Amen » (éd. cit., IV, 33-60, 69-82, 95-100, 108-113, 116-124, 138-149, 156-164, 175-364, 369-457, 464-485, 493-564, 580-632) (9-177v) ; — L. II, Conformitates I-XII, incomplet : « Incipit secundus liber et sequitur secunda pars prime conformitatis secundi libri videlicet Franciscus divulgatur. Expositio. Magister summus et verax... — ... patet ad fratres » (177v-224v), avec variantes et lacunes : Conformitas I, pars 2, incomplète de la fin par lacune matérielle (ibid., V, 10-13) (177v-178v) ; II et III, manquent par lacune matérielle ; IV, pars 2 (ibid., 100-123) (179-189) ; pars 1, fragm. (ibid., 97-100) (189-190v) ; V, texte abrégé (ibid., 123-144) (190v-199v) ; VI, pars 2, texte abrégé (ibid., 159-182) (199v-206) ; VII, pars 2, texte abrégé (ibid., 189-198) (206-208v) ; VIII, pars 2, texte abrégé (ibid., 208-211) (208v-209v) ; IX, texte abrégé (ibid., 211-226) (209v-213) ; X, pars 2 (ibid., 232-233) (213-214) ; XI, texte abrégé (ibid., 233-259) (214-224) ; XII, pars 2, texte abrégé (ibid., 275-277) (224-224v) ; — L. III, Conformitates I-IX, incomplet de la fin : « Incipit liber tercius de conformitate vite beati Francisci ad vitam Jhesu Christi. Fructus primus et conformitas et 2us in ordine Jhesus cum suis comedens, Franciscus emulatur. Expositio prime partis... Virtus illa et sapientia divina qua omnia a Deo fiunt... — ... ad orandum. Lc. XI in quo fuit captus... » (ibid., 333-459) (225-279). Ce texte a été aussi publié sous le nom de BARTHOLOMAEUS ALBISIUS PISANUS ; cf. Sbaralea, Supplementum, I, 114-117. Au contreplat supérieur, cote : « 87 » de l'inventaire après décès de Claude Hardy ; cf. ms. Latin 9363, f. 139. Acheté par Baluze pour la bibliothèque de Colbert ; cf. ibid., f. 145v et add. du ms. Latin 3114A.

Missale ad usum ecclesiae Parisiensis.

Cf. notice du ms. par Leroquais, Sacramentaires, II, 180-183 n° 366. Les incipit des proses ont été relevés dans la table des incipit. F. 1-6v Calendrier de Paris : 3 janv., en rouge, «Genovefe virg. IX lc.» (1); 22 avr., «Inventio corporis s. Dyonisii sociorumque ejus. Oportune virg. semid.» (2v); 28 mai, en rouge, «Germani ep. Parisiensis semid. Carauni mart. memoria» (3); 25juin, en violet, «Translatio s. Eligii ep.» (3v); en violet, «In prima dominica hujus mensis [augusti] fit d. de cruce» [réception à Notre-Dame d'un fragment de la vraie Croix] (4v); 9 oct., en rouge, «Dyonisii sociorumque ejus duplex» (5v); 28 oct., «Germani ep. Translatio s. Genovefe virg. mart. memoria» (5v); 3 nov. «Marcelli ep. Parisiensis dupl.»; 13 nov., «Gendulphi ep. et conf. [Parisiensis] dupl.»; 26 nov., en violet, «Genovefe virg. de miraculo [ardentium] IX lc.» (6); 4 déc., «Susceptio capillorum b. Marie et capitis b. Dyonisii in ecclesia Parisiensi» (6v). Le calendrier ne contient pas la fête de s. Louis au 25 août (établie en 1298) ni au 17 mai la translation du chef de s. Louis à la Sainte-Chapelle (en 1306); — Ajout du XIVe s. au 30 avr., «Eutropii mart. et conf.» [culte établi à Paris en 1296] (2v); cf. Leroquais, Bréviaires, I, CXII-CXIII, Tableau chronologique des fêtes parisiennes. — Au début de chaque mois, vers sur les jours égyptiaques (éd. Hennig, Traditio, XI (1955), 84 III), sauf celui de janvier (1) qui correspond au premier vers de la série éd. par Riese (Anthol. lat., I2 (1906), 680a); — À la fin de février, vers sur l'année bissextile : «Byssextum sexte martis tenuere kalende...»; cf. ms. Latin 3162, f. 102 (1v); — À la fin de mars, vers sur la date de Pâques : «Post martis nonas ubi sit nova luna requiras...» (2); — Notations astrologiques et de comput, passim. F. 7-353v Temporal, avec parties chantées notées. Incomplet du début par la perte du premier f., il commence dans la prose du premier dimanche de l'Avent : «... [eterna indefici]ens mundi vita...» (7). À remarquer : «dominica IIIa [in Adventu] more ecclesie Parisiensis» (24v); — Cérémonie des Cendres avec rubriques liturgiques (62v-66v); — Dimanche des Rameaux, «congregatis processionibus conventualibus in ecclesia B. Marie, capiceriis portantibus capsam et tribus clericis in albis paratis tres textus, exitur de ecclesia nichil cantando et sic eundum est ad ecclesiam Sancte Genovefe de Monte...» (147); cf. Leroquais, 181; — Dans l'évangile des Rameaux, le Christ est désigné par la lettre L, le narrateur par la lettre C et les autres par la lettre S (153-158); dans les autres évangiles de la Passion (162-186 passim), ces lettres suscrites ont été effacées et remplacées à la mine de plomb de façon sporadique, le Christ étant alors désigné par une croix; — «Oremus pro papa nostro N...» (186v); «... pro christianissimo rege nostro N...» (187); — Parmi les litanies, «s.Stephane... s. Dyonisi...» (191v)..., « s. Lucane... s. Justine... s. Gendulphe... s. Germane...» (199)..., « s. Genovefa...» (201v). — «Incipit ordo misse. Sacerdos primo induat se rocheto dicens : Actiones nostras...» (203v-206); pour les rubriques liturgiques, cf. Leroquais, 181; — Préfaces notées : «Incipiunt prefationes...» (206-210); — Canon de la messe (210-213); pour les rubriques liturgiques, cf. Leroquais, 182; — «In die Re[sur]rectionis» (214); — «In die sancto [Pentecostes]» (262v); — [De sancta Trinitate] (280v); — «Dominica XXVa» (348v); — «In dedicatione ecclesie» (350-353v). La fête du Saint-Sacrement ne figure pas. F. 354-496v Sanctoral, avec parties chantées notées. À noter parmi les saints parisiens : 3 janv., «S. Genovefe virg.» (373v); 22 avr., «Inventio corporis s. Dyonisii, Rustici et Eleuterii» (398v); — 28 mai, «S. Germani ep. Parisiensis» (407v); — 10 juin, «S. Landerici Parisiensis ep.» (410); — 26 juill., «In translatione s. Marcelli» (432); — 11août, «De receptione s. corone...» (443v); —, 4 oct., «Auree virg. [abb. Parisiis]» (480); 9 oct., «In die [s. Dyonisii]», avec octave (481v); — 28oct., «In translatione s. Genovefe» (487); — 3nov., «S. Marcelli Parisiensis ep.», avec octave (489v); — 26 nov., «S. Genovefe de miraculo ardentium» (495); — «De s. Gendulpho. Prosa» (495). F. 497-541 Commun des saints, avec pièces chantées notées. F. 541-559 Messes votives, sans parties notées à l'exception de la messe des morts (551v-556). Aux ff. 546v-547, en marge de la messe «pro amico», deux additions d'une écriture cursive de la fin du XIVe s. précisent : «ducem nostrum et duxissem ejusque prolem». — Prières diverses (556-559). F. 559-563 Rituel de mariage. «Incipit ordo ad sponsam benedicendam. Cum venerint ante valvas ecclesie sponsus et sponsa, accinctus sacerdos alba et stola... auxilium et argentum super scutum positum benedicat dicens : Manda Deus... Tunc aspergatur aqua benedicta et thurificetur et sponsus et sponsa; quo facto sacerdos dicat : Bones genz nos avons faiz les bans III foiz de ces II genz et encore les faison nous, que se il i a nul ne nule qui sache enpeschement par quoi l'un ne puisse avoir l'autre par loi de mariage, si le die. Et re[spon]dent assistentes : Nous ni savons se bien non. Quo audito, accipiat sacerdos manum dexteram sponse et ponat in dextera manu sponsi et dicat... nominandos eos : Vos Marie et vos Jeham vous prometez, fianciez et jurez l'un à l'autre à garder la foi et la loiauté du mariage... Tunc sacerdos tradat anulum sponso et sponsus autem per manum sacerdotis primo in police sponse... dicens... : Marie de cest annel t'espous et de mon cors t'ennor et de douaire qui est devisiez entre mes amis et les tiens. In nomine... Secundo in indice dicens... Tercio in medio dicens : Et Spiritus sancti. Amen... Postea sacerdos extensa manu super illos dicat orationes... Tunc sacerdos centus [sic] sponsum per manum dexteram et sponsam et introducat eos in ecclesiam...» (559-559bis); — Messe de mariage, comportant deux préfaces notées : «Deinde celebratur missa...» (559bis-562v); pour les rubriques liturgiques, cf. Leroquais, 183. — «Missa celebrata, recedant sponsus et sponsa et, ipsis stantibus ante hostium domus illorum presentibus pane et vinum [sic], faciat sacerdos benedictionem super panem dicens : Benedic Domine creaturam... Tunc sponsus mordet in pane, postea sponsa. Item benedictio super vinum... Tunc sponsus bibat, postea sponsa. Quo facto introducit eos sacerdos per manum in domum... Item in sero benedictio thalami... Tunc turificet thalamum, postea sponsum et sponsam sedentes vel jacentes in lecto suo benedicat dicens : Benedic Domine adulescentulos...» (562v-563) (éd. avec variantes par E. Martène, De antiquis Ecclesiae ritibus, II, 374-376, d'après le ms. Latin 859A); même ordo dans le ms. NAL 2649, f. 333-336. F. 563-565v Exorcisme de l'eau et du sel (563-564v). — «Pro Terra sancta» (564v-565). — «Pro rege nostro» (565). — «Benedictio pere et baculi peregrinorum» (565-565v). — «Benedictio crucis... Benedictio novorum fructuum... Benedictio panis» (565v).

Decision analysis of the effectiveness of lung cancer screening using autofluorescence bronchoscopy and computed tomography

Background: Lung cancer (LC) is the leading cause of cancer death in the developed world. Most cancers are associated with tobacco smoking. A primary hope for reducing lung cancer has been prevention of smoking and successful smoking cessation programs. To date, these programs have not been as successful as anticipated. Objective: The aim of the current study was to evaluate whether lung cancer screening combining low dose computed tomography with autofluorescence bronchoscopy (combined CT & AFB) is superior to CT or AFB screening alone in improving lung cancer specific survival. In addition, the extent of improvement and ideal conditions for combined CT & AFB screening were evaluated. Methods: We applied decision analysis and Monte Carlo simulation modeling using TreeAge Software to evaluate our study aims. Histology- and stage specific probabilities of lung cancer 5-year survival proportions were taken from Surveillance and Epidemiologic End Results (SEER) Registry data. Screeningassociated data was taken from the US NCI Prostate, Lung, Colorectal and Ovarian Cancer Screening Trial (PLCO), National Lung Screening Trial (NLST), and US NCI Lung Screening Study (LSS), other relevant published data and expert opinion. Results: Decision Analysis - Combined CT and AFB was the best approach at Improving 5-year survival (Overall Expected Survival (OES) in the entire screened population was 0.9863) and in lung cancer patients only (Lung Cancer Specific Expected Survival (LOSES) was 0.3256). Combined screening was slightly better than CT screening alone (OES = 0.9859; LCSES = 0.2966), and substantially better than AFB screening alone (OES = 0.9842; LCSES = 0.2124), which was considerably better than no screening (OES = 0.9829; LCSES = 0.1445). Monte Carlo simulation modeling revealed that expected survival in the screened population and lung cancer patients is highest when screened using CT and combined CT and AFB. CT alone and combined screening was substantially better than AFB screening alone or no screening. For LCSES, combined CT and AFB screening is significantly better than CT alone (0.3126 vs. 0.2938, p< 0.0001). Conclusions: Overall, these analyses suggest that combined CT and AFB is slightly better than CT alone at improving lung cancer survival, and both approaches are substantially better than AFB screening alone or no screening.

An exploratory study for the discovery of non-invasive hepatocellular carcinoma biomarkers among high-risk hepatitis C virus infected patients

Hepatocellular Carcinoma (HCC) is a major healthcare problem, representing the third most common cause of cancer-related mortality worldwide. Chronic infections with Hepatitis B virus (HBV) and/or Hepatitis C virus (HCV) are the major risk factors for the development of HCC. The incidence of HBV -associated HCC is in decline as a result of an effective HBV vaccine; however, since an equally effective HCV vaccine has not yet been developed, there are 130 million HCV infected patients worldwide who are at a high-risk for developing HCC. Because reliable parameters and/or tools for the early detection of HCC among high-risk individuals are severely lacking, HCC patients are always diagnosed at a late stage where surgical solutions or effective treatment are not possible. Using urine as a non-invasive sample source, two different approaches (proteomic-based and genomic-based approaches) were pursued with the common goal of discovering potential biomarker candidates for the early detection of HCC among high-risk chronic HCV infected patients. Urine was collected from 106 HCV infected Egyptian patients, 32 of whom had already developed HCC and 74 patients who were diagnosed as HCC-free at the time of initial sample collection. In addition to these patients, urine samples were also collected from 12 healthy control individuals. Total urinary proteins, Trans-renal nucleic acid (Tr-NA) and microRNA (miRNA) were isolated from urine using novel methodologies and silicon carbide-loaded spin columns. In the first, "proteomic-based", approach, liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) was used to identify potential candidates from pooled urine samples. This was followed by validating relative expression levels of proteins present in urine among all the patients using quantitative real time-PCR (qRT-PCR). This approach revealed that significant over-expression of three proteins: DJ-1, Chromatin Assembly Factor-1 (CAF-1) and 11 Moemen Abdalla HCC Biomarkers Heat Shock Protein 60 (HSP60), were characteristic events among HCC-post HCV infected patients. As a single-based HCC biomarker, CAF-1 over-expression identified HCC among HCV infected patients with a specificity of 90%, sensitivity of 66% and with an overall diagnostic accuracy of 78%. Moreover, the CAF-lIHSP60 tandem identified HCC among HCV infected patients with a specificity of 92%, sensitivity of 61 % and with an overall diagnostic accuracy of 77%. In the second genomic-based approach, two different approaches were processed. The first approach was the miRNA-based approach. The expression levels of miRNAs isolated from urine were studied using the Illumina MicroRNA Expression Profiling Assay. This was followed by qRT-PCR-based validation of deregulated expression of identified miRNA candidates among all the patients. This approach shed the light on the deregulated expression of a number of miRNAs, which may have a role in either the development of HCC among HCV infected patients (i.e. miR-640, miR-765, miR-200a, miR-521 and miR-520) or may allow for a better understanding of the viral-host interaction (miR-152, miR-486, miR-219, miR452, miR-425, miR-154 and miR-31). Moreover, the deregulated expression of both miR-618 and miR-650 appeared to be a common event among HCC-post HCV infected patients. The results of the search for putative targets of these two miRNA suggested that miR-618 may be a potent oncogene, as it targets the tumor-suppressor gene Low density lipoprotein-related protein 12 (LPR12), while miR-650 may be a potent tumor-suppressor gene, as it is supposed to downregulate the TNF receptor-associated factor-4 (TRAF4) oncogene. The specificity of miR-618 and miR-650 deregulated expression patterns for the early detection of HCC among HCV infected patients was 68% and 58%, respectively, whereas the sensitivity was 64% and 72%, respectively. When the deregulated expression of both miRNAs was combined as a tandem biomarker, the specificity and the sensitivity were 75% and 58% respectively. 111 Moemen Abdalla HCC Biomarkers In the second, "Trans-renal nucleic acid-based", approach, the urinary apoptotic nucleic acid (uaNA) levels of 70ng/mL or more were found to be a good predictor of HCC among chronic HCV infected patients. The specificity and the sensitivity of this diagnostic approach were 76% and 86%, respectively, with an overall diagnostic value of 81 %. The uaNA levels positively correlated to HCC disease progression as monitored by epigenetic changes of a panel of eight tumor-suppressor genes (TSGs) using methylation-sensitive PCR. Moreover, the pairing of high uaNA levels (:::: 70 ng/mL) and CAF-1 over-expreSSIOn produced a highly specific (l 00%) multiple-based HCC biomarker with an acceptable sensitivity of 64%, and with a diagnostic accuracy of 82%. In comparison to the previous pairing, the uaNA levels (:::: 70 ng/mL) in tandem with HSP60 over-expression was less specific (89%) but highly sensitive (72%), resulting in a diagnostic accuracy of 64%. The specificities of miR-650 deregulated expression in combination with either high uaNA content or HSP 60 over-expression were 82% and 79%, respectively, whereas, the sensitivities of these combinations were 64% and 58%, respectively. The potential biomarkers identified in this study compare favorably with the diagnostic accuracy of the a-fetoprotein levels test, which has a specificity of 75%, sensitivity of 68% and an overall diagnostic accuracy of 70%. Here we present an intriguing study which shows the significance of using urine as a noninvasive sample source for the identification of promising HCC biomarkers. We have also introduced new techniques for the isolation of different urinary macromolecules, especially miRNA, from urine. Furthermore, we strongly recommend the potential biomarkers indentified in this study as focal points of any future research on HCC diagnosis. A larger testing pool will determine if their use is practical for mass population screening. This explorative study identified potential targets that merit further investigation for the development of diagnostically accurate biomarkers isolated from 1-2 mL urine samples that were acquired in a non-invasive manner.

Prostate Cancer and the Search for Novel Biomarkers

The primary objective of this research project was to identify prostate cancer (PCa) -specific biomarkers from urine. This was done using a multi-faceted approach that targeted (1) the genome (DNA); (2) the transcriptome (mRNA and miRNA); and (3) the proteome. Toward this end, urine samples were collected from ten healthy individuals, eight men with PCa and twelve men with enlarged, non-cancerous prostates or with Benign Prostatic Hyperplasia (BPH). Urine samples were also collected from the same patients (PCa and BPH) as part of a two-year follow-up. Initially urinary nucleic acids and proteins were assessed both qualitatively and quantitatively for characteristics either unique or common among the groups. Subsequently macromolecules were pooled within each group and assessed for either protein composition via LC-MS/MS or microRNA (miRNA) expression by microarray. A number of potential candidates including miRNAs were identified as being deregulated in either pooled PCa or BPH with respect to the healthy control group. Candidate biomarkers were then assessed among individual samples to validate their utility in diagnosing PCa and/or differentiating PCa from BPH. A number of potential targets including deregulation of miRNAs 1825 and 484, and mRNAs for Fibronectin and Tumor Protein 53 Inducible Nuclear Protein 2 (TP53INP2) appeared to be indicative of PCa. Furthermore, deregulation of miR-498 appeared to be indicative of BPH. The sensitivities and specificities associated with using deregulation in many of these targets to subsequently predict PCa or BPH were also determined. This research project has identified a number of potential targets, detectable in urine, which merit further investigation towards the accurate identification of PCa and its discrimination from BPH. The significance of this work is amplified by the non-invasive nature of the sample source from which these candidates were derived, urine. Many cancer biomarker discovery studies have tended to focus primarily on blood (plasma or serum) and/or tissue samples. This is one of the first PCa biomarker studies to focus exclusively on urine as a sample source.

Potential Urinary Protein Biomarker Candidates for the Accurate Detection of Prostate Cancer among Benign Prostatic Hyperplasia Patients

Globally, Prostate cancer (PCa) is the most frequently occurring non-cutaneous cancer, and is the second highest cause of cancer mortality in men. Serum prostate specific antigen (PSA) has been the standard in PCa screening since its approval by the American Food & Drug Administration (FDA) in 1994. Currently, PSA is used as an indicator for PCa - patients with a serum PSA level above 4ng/mL will often undergo prostate biopsy to confirm cancer. Unfortunately fewer than similar to 30% of these men will biopsy positive for cancer, meaning that the majority of men undergo invasive biopsy with little benefit. Despite PSA's notoriously poor specificity (33%), there is still a significant lack of credible alternatives. Therefore an ideal biomarker that can specifically detect PCa at an early stage is urgently required. The aim of this study was to investigate the potential of using deregulation of urinary proteins in order to detect Prostate Cancer (PCa) among Benign Prostatic Hyperplasia (BPH). To identify the protein signatures specific for PCa, protein expression profiling of 8 PCa patients, 12 BPH patients and 10 healthy males was carried out using LC-MS/MS. This was followed by validating relative expression levels of proteins present in urine among all the patients using quantitative real time-PCR. This was followed by validating relative expression levels of proteins present in urine among all the patients using quantitative real time-PCR. This approach revealed that significant the down-regulation of Fibronectin and TP53INP2 was a characteristic event among PCa patients. Fibronectin mRNA down-regulation, was identified as offering improved specificity (50%) over PSA, albeit with a slightly lower although still acceptable sensitivity (75%) for detecting PCa. As for TP53INP2 on the other hand, its down-regulation was moderately sensitive (75%), identifying many patients with PCa, but was entirely non-specific (7%), designating many of the benign samples as malignant and being unable to accurately identify more than one negative.

Contamination des solutions d’hyper-alimentation intraveineuses (HAIV) néonatales, effet de l’ascorbylperoxyde au foie

Introduction : Chez les nouveau-nés prématurés, l’hyper-alimentation intraveineuse (HAIV) contribue à leur survie, mais elle est aussi une source importante de molécules oxydantes. L’absence d’une protection adéquate contre la lumière ambiante génère in vitro, via la photo-excitation de la riboflavine, du H2O2, des peroxydes organiques et un dérivé peroxydé de la vitamine C, l’ascorbylperoxyde (AscOOH). Plusieurs données du laboratoire associent l’infusion d’HAIV à des désordres lipidiques dans notre modèle animal. L’hypothèse est donc que l’AscOOH a un pouvoir oxydant et est responsable de certains des effets biologiques observés. Mes objectifs sont les suivants : 1) développer une méthode de dosage de l’AscOOH; 2) démontrer, à l’aide du modèle animal bien établi au laboratoire, des relations entre la concentration tissulaire de cette molécule et des paramètres métaboliques et l’état redox au foie et dans la circulation; et 3) confirmer l’effet physiologique de l’AscOOH dans un modèle cellulaire. Méthode : Différents étalons internes potentiels ont été testés pour le dosage de l’AscOOH par spectrométrie de masse après séparation sur HPLC (LC-MS). Les phases mobiles et conditions chromatographiques ont été optimisées. Pour l’objectif 2, des cobayes de 3 jours de vie (n=11) ont reçu par voie intraveineuse une dose d’AscOOH (entre 0 et 3,3mM). Les animaux ont été sacrifiés au 4e jour de traitement pour le prélèvement de tissus. Les concentrations tissulaires d’AscOOH ont été déterminées au LC-MS. La triglycéridémie et la cholestérolémie ont été mesurées à l’aide d’un kit commercial par spectrophotométrie. Le glutathion oxydé et réduit ont été mesurés par électrophorèse capillaire. Les relations linéaires obtenues sont exprimées par le ratio des carrés (r2), et traitées par ANOVA. Résultats : La validation du dosage de l’AscOOH par LC-MS a été réalisée. Chez les animaux, la concentration urinaire d’AscOOH par créatinine corrèle positivement avec la dose reçue, négativement avec la lipidémie, et négativement avec le redox sanguin et érythrocytaire, indiquant un milieu moins oxydé. Conclusion : La concentration urinaire d’AscOOH peut donc être un reflet de l’oxydation de l’HAIV en clinique. Nos données chez l’animal suggèrent une interaction de l’AscOOH avec le métabolisme hépatique produisant une chute de la concentration plasmatique de cholestérol et de triglycérides. Le modèle cellulaire n’a pas permis d’élucider le mécanisme moléculaire de l’action de l’AscOOH sur le métabolisme.

Développement de techniques analytiques pour la détermination des agents anti-infectieux dans les eaux environnementales

Les agents anti-infectieux sont utilisés pour traiter ou prévenir les infections chez les humains, les animaux, les insectes et les plantes. L’apparition de traces de ces substances dans les eaux usées, les eaux naturelles et même l’eau potable dans plusieurs pays du monde soulève l’inquiétude de la communauté scientifique surtout à cause de leur activité biologique. Le but de ces travaux de recherche a été d’étudier la présence d’anti-infectieux dans les eaux environnementales contaminées (c.-à-d. eaux usées, eaux naturelles et eau potable) ainsi que de développer de nouvelles méthodes analytiques capables de quantifier et confirmer leur présence dans ces matrices. Une méta-analyse sur l’occurrence des anti-infectieux dans les eaux environnementales contaminées a démontré qu’au moins 68 composés et 10 de leurs produits de transformation ont été quantifiés à ce jour. Les concentrations environnementales varient entre 0.1 ng/L et 1 mg/L, selon le composé, la matrice et la source de contamination. D’après cette étude, les effets nuisibles des anti-infectieux sur le biote aquatique sont possibles et ces substances peuvent aussi avoir un effet indirect sur la santé humaine à cause de sa possible contribution à la dissémination de la résistance aux anti-infecteiux chez les bactéries. Les premiers tests préliminaires de développement d’une méthode de détermination des anti-infectieux dans les eaux usées ont montré les difficultés à surmonter lors de l’extraction sur phase solide (SPE) ainsi que l’importance de la sélectivité du détecteur. On a décrit une nouvelle méthode de quantification des anti-infectieux utilisant la SPE en tandem dans le mode manuel et la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS). Les six anti-infectieux ciblés (sulfaméthoxazole, triméthoprime, ciprofloxacin, levofloxacin, clarithromycin et azithromycin) ont été quantifiés à des concentrations entre 39 et 276 ng/L dans les échantillons d’affluent et d’effluent provenant d’une station d’épuration appliquant un traitement primaire et physico- chimique. Les concentrations retrouvées dans les effluents indiquent que la masse moyenne totale de ces substances, déversées hebdomadairement dans le fleuve St. Laurent, était de ~ 2 kg. En vue de réduire le temps total d’analyse et simplifier les manipulations, on a travaillé sur une nouvelle méthode de SPE couplée-LC-MS/MS. Cette méthode a utilisé une technique de permutation de colonnes pour préconcentrer 1.00 mL d’échantillon dans une colonne de SPE couplée. La performance analytique de la méthode a permis la quantification des six anti-infectieux dans les eaux usées municipales et les limites de détection étaient du même ordre de grandeur (13-60 ng/L) que les méthodes basées sur la SPE manuelle. Ensuite, l’application des colonnes de SPE couplée de chromatographie à débit turbulent pour la préconcentration de six anti-infectieux dans les eaux usées a été explorée pour diminuer les effets de matrice. Les résultats obtenus ont indiqué que ces colonnes sont une solution de réchange intéressante aux colonnes de SPE couplée traditionnelles. Finalement, en vue de permettre l’analyse des anti-infectieux dans les eaux de surface et l’eau potable, une méthode SPE couplée-LC-MS/MS utilisant des injections de grand volume (10 mL) a été développée. Le volume de fuite de plusieurs colonnes de SPE couplée a été estimé et la colonne ayant la meilleure rétention a été choisie. Les limites de détection et de confirmation de la méthode ont été entre 1 à 6 ng/L. L’analyse des échantillons réels a démontré que la concentration des trois anti-infectieux ciblés (sulfaméthoxazole, triméthoprime et clarithromycine) était au dessous de la limite de détection de la méthode. La mesure des masses exactes par spectrométrie de masse à temps d’envol et les spectres des ions produits utilisant une pente d’énergie de collision inverse dans un spectromètre de masse à triple quadripôle ont été explorés comme des méthodes de confirmation possibles.

Propriétés anesthésiques et analgésiques de l’eugénol chez la grenouille (Xenopus laevis), le poisson (Oncorhynchus mykiss) et le rat (Rattus norvegicus)

L'eugénol (2-methoxy-4-(2-propenyl) phénol), produit dérivé du clou de girofle (Eugenia aromatica), fut tout d’abord utilisé en application topique à des fins d’analgésie dentaire. Il produit également une anesthésie chirurgicale lorsque administré en immersion chez les poissons. L’eugénol agit sur les récepteurs vanilloïdes, sensibles à la chaleur, aux protons et à certaines molécules lipidiques. Ces récepteurs jouent un rôle important dans le mécanisme de l’inflammation et de l’hyperalgésie. L’eugénol pourrait également produire ses effets par antagonisme des récepteurs glutamaergiques (NMDA) et par son activation des récepteurs GABAergiques. Considérant que l’eugénol produit des effets analgésiques et anesthésiques, des études de pharmacocinétique et de pharmacodynamie furent réalisées chez la grenouille (Xenopus laevis), le poisson (Oncorhynchus mykiss) et le rat (Rattus norvegicus). Les résultats démontrent que l’eugénol administré par immersion à une dose efficace permet d’atteindre une anesthésie chirurgicale chez les grenouilles (350 mg/L) et les poissons (75 mg/L). Suite à des analyses plasmatiques par LC/MS/MS, la pharmacocinétique des grenouilles, des poissons et des rats montre que la drogue est éliminée et qu’il pourrait y avoir une recirculation entérohépathique plus importante chez la grenouille et le rat. La longue demi-vie chez le rat suggère aussi une accumulation dans les tissus après des administrations répétées. Suite à l’administration intraveineuse d’une dose de 20 mg/kg chez le rat, l’eugénol induit une anesthésie chirurgicale pour une très courte période de temps variant autour de 167 s. Les résultats de sensibilité thermique confirment l’efficacité de l’eugénol pour réduire l’hyperalgésie induite chez des rats neuropathiques. L’effet pharmacologique de l’eugénol a démontré une augmentation progressive constante de l’analgésie sur une période de cinq jours de traitements journaliers. En conclusion, l’eugénol possède des propriétés analgésiques et anesthésiques chez la grenouille africaine à griffes (Xenopus laevis), le poisson (Oncorhynchus mykiss) et le rat (Rattus norvegicus).

Purification of mitochondrial RNase P in A. nidulans

Résumé La ribonucléase P (RNase P) est une ribonucléoprotéine omniprésente dans tous les règnes du vivant, elle est responsable de la maturation en 5’ des précurseurs des ARNs de transfert (ARNts) et quelques autres petits ARNs. L’enzyme est composée d'une sous unité catalytique d'ARN (ARN-P) et d'une ou de plusieurs protéines selon les espèces. Chez les eucaryotes, l’activité de la RNase P cytoplasmique est distincte de celles des organelles (mitochondrie et chloroplaste). Chez la plupart des espèces, les ARN-P sont constituées de plusieurs éléments structuraux secondaires critiques conservés au cours de l’évolution. En revanche, au niveau de la structure, une réduction forte été observé dans la plupart des mtARN-Ps. Le nombre de protéines composant la RNase P est extrêmement variable : une chez les bactéries, environ quatre chez les archéobactéries, et dix chez la forme cytoplasmique des eucaryotes. Cet aspect est peu connu pour les formes mitochondriales. Dans la plupart des cas, l’identification de la mtRNase P est le résultat de longues procédures de purification comprenant plusieurs étapes dans le but de réduire au minimum le nombre de protéines requises pour l’activité (exemple de la levure et A. nidulans). Cela mène régulièrement à la perte de l’activité et de l’intégrité des complexes ribonucléo-protéiques natifs. Dans ce travail, par l’utilisation de la technique de BN-PAGE, nous avons développé une procédure d’enrichissement de l’activité RNase P mitochondriale native, donnant un rendement raisonnable. Les fractions enrichies capables de cette activité enzymatique ont été analysées par LC/MS/MS et les résultats montrent que l’holoenzyme de la RNase P de chacune des fractions contient un nombre de protéines beaucoup plus grand que ce qui était connue. Nous suggérons une liste de protéines (principalement hypothétiques) qui accompagnent l’activité de la RNase P. IV De plus, la question de la localisation de la mtRNase P de A. nidulans a été étudiée, selon nos résultats, la majorité de la mtRNase P est attachée á la membrane interne de la mitochondrie. Sa solubilisation se fait par l’utilisation de différents types de détergent. Ces derniers permettent l’obtention d’un spectre de complexes de la RNase P de différentes tailles.

Mécanismes d'activation de la voie lysosomale durant l'apoptose chimio-induite

L’apoptose est une forme de mort cellulaire essentielle au développement et au maintien de l’homéostase chez les animaux multicellulaires. La machinerie apoptotiq ue requiert la participation des caspases, des protéases conservées dans l’évolution et celle des organelles cytoplasmiques. Les lysosomes subissent des ruptures partielles, labilisation de la membrane lysosomale (LML), qui entraînent l’activation des cathepsines dans le cytoplasme de cellules cancéreuses humaines en apoptose induite par la camptothecin (CPT), incluant les histiocytes humains U-937. Ces modifications lysosomales se manifestent tôt durant l’activation de l’apoptose, concomitamment avec la perméabilisation de la mitochondrie et l’activation des caspases. Une étude protéomique quantitative et comparative a permis d’identifier des changements précoces dans l’expression/localisation de protéines lysosomales de cellules U-937 en apoptose. Lors de deux expériences indépendantes, sur plus de 538 protéines lysosomales identifiées et quantifiées grâce au marquage isobarique iTRAQ et LC-ESIMS/ MS, 18 protéines augmentent et 9 diminuent dans les lysosomes purifiés de cellules en cours d’apoptose comparativement aux cellules contrôles. Les candidats validés par immuno-buvardage et microscopie confocale incluent le stérol-4-alpha-carboxylate 3- déhydrogénase, le prosaposin et la protéine kinase C delta (PKC-d). Des expériences fonctionnelles ont démontrées que la translocation de PKC-d aux lysosomes est requise pour la LML puisque la réduction de son expression par ARN interférents ou l’inhibition de son activité à l’aide du rottlerin empêche la LML lors de l’apoptose induite par la CPT. La translocation de PKC-d aux lysosomes conduit à la phosphorylation et l’activation de la sphingomyelinase acide lysosomale (ASM), et à l’accroissement subséquent du contenu en céramide (CER) à la membrane lysosomale. Cette accumulation de CER endogène aux lysosomes est un évènement critique pour la LML induite par la CPT car l’inhibition de l’activité de PKC-d ou de ASM diminue la formation de CER et la LML.Ces résultats révèlent un nouveau mécanisme par lequel la PKC-d active l’ASM qui conduit à son tour à l’accumulation de CER à la membrane lysosomale et déclenche la LML et l’activation de la voie lysosomale de l’apoptose induite par la CPT. En somme, ce mécanisme confirme l’importance du métabolisme des sphingolipides dans l’activation de la voie lysosomale de l’apoptose.

Identification de biomarqueurs protéiques prédictifs et diagnostiques des maladies coronariennes pour une population de souche canadienne-française

Les biomarqueurs plasmatiques constituent des outils essentiels, mais rares, utilisés pour diagnostiquer les maladies, comme les maladies cardiovasculaires (MCV), et stratifier le niveau de risque associé. L’identification de nouveaux biomarqueurs plasmatiques susceptibles d’améliorer le dépistage et le suivi des MCV représente ainsi un enjeu majeur en termes d’économie et de santé publique. Le projet vise à identifier de nouveaux biomarqueurs plasmatiques prédictifs ou diagnostiques des MCV, à déterminer le profil protéomique plasmatique de patients atteints de MCV et à développer des méthodes innovantes d’analyse d’échantillon plasmatique. L’étude a été effectuée sur une large banque de plasma provenant de 1006 individus de souche Canadienne-Française recrutés à différents stades de la MCV et qui ont été suivis sur une période de 5 ans. Des séries de déplétions ont été réalisées afin de dépléter les 14 protéines majoritaires (colonne IgY14TM) de l’échantillon avant son analyse par trois approches effectuées en parallèle: 1) Une chromatographie liquide (LC) en 2 dimensions qui fractionne les protéines selon le point isoélectrique puis selon le degré d’hydrophobicité, via le système PF2D, suivie par une chromatographie liquide couplée avec une spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS). 2) Une séparation classique sur gel 1D-SDS-PAGE suivie d’une LC-MS/MS; 3) Par une déplétion plus poussée du plasma avec l’utilisation en tandem avec la colonne IgY14TM d’une colonne SupermixTM permettant de dépléter également les protéines de moyenne abondance, suivie d’une séparation sur gel 1D-SDS-PAGE et d’une analyse LC-MS/MS de la portion déplétée (3a) et de la portion liée à la SupermixTM (3b). Les résultats montrent que le système PF2D permet d’identifier plusieurs profils protéiques spécifiques au groupe MCV. Sur un total de 1156 fractions (équivalent à 1172 pics protéiques pour le groupe contrôle et 926 pics pour le groupe MCV) recueillies, 15 fractions (23 pics protéiques) présentaient des différences quantitativement significatives (p<0,05) entre les 2 groupes. De plus, 6 fractions (9 pics) sont uniquement présentes dans un groupe, représentant d’autres signatures protéomiques et biomarqueurs potentiellement intéressants. Les méthodes 2, 3a et 3b ont permis l’identification de 108, 125 et 91 protéines respectivement avec des chevauchements partiels (31% entre la méthode 2 et 3a, 61% entre 2 et 3b et 19% entre 3a et 3b). Les méthodes 2 et 3 ont permis l’identification de 12 protéines qui présentaient des différences quantitatives significatives entre les 2 groupes. L’utilisation de plusieurs approches protéomiques complémentaires nous ont d’ores et déjà permis d’identifier des candidats biomarqueurs des angines instables avec récidive d’infarctus du myocarde (IM).

Développement de méthodes analytiques pour la détection et la quantification de traces de produits pharmaceutiques dans les eaux du fleuve Saint Laurent

Le présent projet vise à documenter la nécessité d’augmenter notre connaissance de la présence des contaminants organiques tels que les médicaments dans l’environnement et d’évaluer leur devenir environnemental. On a étudié la présence de composés pharmaceutiques dans différents échantillons d'eau. On a focalisé nos efforts spécialement sur les échantillons d'eau de l'usine d'épuration de la Ville de Montréal et ses effluents, les eaux de surface avoisinantes et l’eau du robinet dans la région de Montréal. Pour ce faire, on a tout d’abord développé deux méthodes analytiques automatisées basées sur la chromatographie liquide avec extraction en phase solide (SPE) couplée à la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS). On a également étudié les performances des trois techniques d'ionisation à pression atmosphérique (API), pour ensuite les utiliser dans la méthode analytique développée. On a démontré que l'ionisation par électronébulisation (ESI) est une méthode d'ionisation plus efficace pour l'analyse des contaminants pharmaceutiques dans des échantillons de matrices très complexes comme les eaux usées. Une première méthode analytique SPE couplée à la LC-MS/MS a été développée et validée pour l'étude des échantillons complexes provenant de l'usine d'épuration de la Ville de Montréal et des eaux de surface près de l'usine. Cinq médicaments de prescription ont été étudiés: le bézafibrate (un régulateur de lipides), le cyclophosphamide et le méthotrexate (deux agents anticancéreux), l'orlistat (un agent anti-obésité) et l’énalapril (utilisé dans le traitement de l'hypertension). La plupart de ces drogues sont excrétées par le corps humain et rejetées dans les eaux usées domestiques en faisant par la suite leur chemin vers les usines municipales de traitement des eaux usées. On a pu démontrer qu'il y a un faible taux d’élimination à l'usine d'épuration pour le bézafibrate et l'énalapril. Ces deux composés ont aussi été détectés dans les eaux de surface sur un site à proximité immédiate de la décharge de l’effluent de la station d'épuration. i En observant la nécessité de l'amélioration des limites de détection de la première méthode analytique, une deuxième méthode a été développée. Pour la deuxième méthode, un total de 14 contaminants organiques, incluant trois agents anti-infectieux (clarithromycin, sulfaméthoxazole et triméthoprime), un anticonvulsant (carbamazépine) et son produit de dégradation (10,11-dihydrocarbamazépine), l'agent antihypertensif (enalapril), deux antinéoplastiques utilisés en chimiothérapie (cyclophosphamide et méthotrexate), des herbicides (atrazine, cyanazine, et simazine) et deux produits de transformation de l’atrazine (deséthylatrazine et déisopropylatrazine) ainsi qu’un agent antiseptique (triclocarban). Ces produits ont été quantifiés dans les eaux de surface ainsi que dans l’eau du robinet. L'amélioration des limites de détection pour cette méthode a été possible grâce à la charge d'un volume d'échantillon supérieur à celui utilisé dans la première méthode (10 mL vs 1 mL). D'autres techniques de confirmation, telles que les spectres des ions produits utilisant une pente d’énergie de collision inverse dans un spectromètre de masse à triple quadripôle et la mesure des masses exactes par spectrométrie de masse à temps d’envol, ont été explorées. L'utilisation d'un analyseur de masse à temps d’envol a permis la confirmation de 6 des 14 analytes. Finalement, étant donné leur haute toxicité et pour évaluer leur persistance et leur transformation au niveau du traitement des eaux potables, la cinétique d'oxydation du cyclophosphamide et de méthotrexate avec l'ozone moléculaire et des radicaux OH a été étudiée. Les constantes de dégradation avec l'ozone moléculaire ont été calculées et la qualité de l'eau après traitement a pu être évaluée. Le rendement du processus d'ozonation a été amélioré pour la cyclophosphamide dans les eaux naturelles, en raison de la combinaison de réactions directes et indirectes. Cette étude a montré que l'ozone est très efficace pour oxyder le méthotrexate mais que le cyclophosphamide serait trop lent à s’oxyder pour un traitement efficace aux conditions usuelles de traitement de l’eau potable.

Large scale identification of protein SUMOylation by mass spectrometry in HEK293 cells

Les fichiers qui accompagnent mon document sont des tableaux supplémentaires réalisés avec Excel (Microsoft Office), dans la version papier du mémoire ces fichiers sont sur un CD-ROM.