Identification of cancer/testis-antigen genes by massively parallel signature sequencing.

Massively parallel signature sequencing (MPSS) generates millions of short sequence tags corresponding to transcripts from a single RNA preparation. Most MPSS tags can be unambiguously assigned to genes, thereby generating a comprehensive expression profile of the tissue of origin. From the comparison of MPSS data from 32 normal human tissues, we identified 1,056 genes that are predominantly expressed in the testis. Further evaluation by using MPSS tags from cancer cell lines and EST data from a wide variety of tumors identified 202 of these genes as candidates for encoding cancer/testis (CT) antigens. Of these genes, the expression in normal tissues was assessed by RT-PCR in a subset of 166 intron-containing genes, and those with confirmed testis-predominant expression were further evaluated for their expression in 21 cancer cell lines. Thus, 20 CT or CT-like genes were identified, with several exhibiting expression in five or more of the cancer cell lines examined. One of these genes is a member of a CT gene family that we designated as CT45. The CT45 family comprises six highly similar (>98% cDNA identity) genes that are clustered in tandem within a 125-kb region on Xq26.3. CT45 was found to be frequently expressed in both cancer cell lines and lung cancer specimens. Thus, MPSS analysis has resulted in a significant extension of our knowledge of CT antigens, leading to the discovery of a distinctive X-linked CT-antigen gene family.

Going with the consumer towards the social Web environment : a review of extant knowledge

The social Web environment cannot be explained without taking into account the use made by consumers of the web technologies in the field of e-commerce. Starting with a systematic background of the growing body of research on marketing and consumer behaviour on the Web; this article presents a critical review of the main contributions on this theme, integrating also the research field of consumer behaviour in the social Web environment. It concludes with some managerial guidelines for successful use of the social Web in the commercial activities and in the establishment of fruitful relationships between the consumers and the brand.

The tension between academic knowledge production and online peer production

Peer-reviewed

UPCommons: global access to Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) knowledge

Programa de mà lliurat en la presentació del pòster 'UPCommons', exposat al primer COMMUNIA Workshop on Technology and the Public Domain, celebrat a Torí (Itàlia) el 18 de gener de 2008.

Modeling competencies and capabilities in knowledge intensive business environment

Tämän diplomityön päämääränä oli tutkia Perloksen teknologiaosaamisia. Perloksen tavoitteena on tulevaisuudessa yhdistää ja soveltaa uusia teknologioita ja älykkäitä materiaaleja muovimekaniikkaan.Ideana oli mallintaa Perloksen osaamisia ja osaamisgapeja ottaen huomioon heidän tulevaisuuden visionsa. Projektituotteena osaamisten mallintamisessa oli Perlos Healthcaren asiakkaan analysoiva mittauslaite. Tutkimuksen arvo on huomattava sillä tunnistamalla osaamisensa ja kyvykkyytensä yritys pystyy luomaan paremman tarjooman vastatessaan koko ajan kasvaviin asiakasvaatimuksiin. Tutkimus on osa TEKESin rahoittamaa LIIMA -projektia. Työn ensimmäisessä osassa esitellään osaamiseen ja partneroitumiseen liittyviä teorioita. Osaamisten mallintaminen tehtiin Excel -pohjaisella työkalulla. Se sisältää projektituotteeseen liittyen osaamisriippuvuuksien mallintamisen ja gap -analyysin. Yhtenä tutkimusmetodina käytettiin haastattelututkimusta. Työ ja sen tulokset antavat operatiivista hyötyä teknologioiden ja markkinoiden välisessä kentässä.

Utilization of Knowledge Management in Business Process Modeling and Process Improvements

Tutkimuksen tavoitteena on tutkia telekommunikaatioalalla toimivan kohdeyrityksen ohjelmistojen toimitusprosessia° Tutkimus keskittyy mallintamaan toimitusprosessin, määrittelemään roolit ja vastuualueet, havaitsemaan ongelmakohdat ja ehdottamaan prosessille kehityskohteita. Näitä tavoitteita tarkastellaan teoreettisten prosessimallinnustekniikoiden ja tietojohtamisen SECI-prosessikehyksen läpi. Tärkein tiedonkeruun lähde oli haastatteluihin perustuva tutkimus, johon osallistuvat kaikki kohdeprosessiin kuuluvat yksiköt. Mallinnettu toimitusprosessi antoi kohdeyritykselle paremman käsityksen tarkasteltavasta prosessista ja siinä toimivien yksiköiden rooleistaja vastuualueista. Parannusehdotuksia olivat tiedonjaon kanavoinnin määritteleminen, luottamuksen ja sosiaalisten verkostojen parantaminen, ja tietojohtamisen laajamittainen implementointi.

Informe d'Autors UOC a ISI Web of Knowledge. Maig 2014

UOC

Targeted sequence capture and Ultra High Throughput sequencing for gene discovery in inherited diseases

L'introduction des technologies de séquençage de nouvelle génération est en vue de révolutionner la médecine moderne. L'impact de ces nouveaux outils a déjà contribué à la découverte de nouveaux gènes et de voies cellulaires impliqués dans la pathologie de maladies génétiques rares ou communes. En revanche, l'énorme quantité de données générées par ces systèmes ainsi que la complexité des analyses bioinformatiques nécessaires, engendre un goulet d'étranglement pour résoudre les cas les plus difficiles. L'objectif de cette thèse a été d'identifier les causes génétiques de deux maladies héréditaires utilisant ces nouvelles techniques de séquençage, couplées à des technologies d'enrichissement de gènes. Dans ce cadre, nous avons développé notre propre méthode de travail (pipeline) pour l'alignement des fragments de séquence (reads). Suite à l'identification de gènes, nous avons réalisé une analyse fonctionnelle pour élucider leur rôle dans la maladie. Dans un premier temps, nous avons étudié et identifié des mutations impliquées dans une forme récessive de la rétinite pigmentaire qui est à ce jour la dégénérescence rétinienne héréditaire la plus fréquente. En particulier, nous avons constaté que des mutations faux-sens dans le gène FAM161A étaient la cause de la rétinite pigmentaire préalablement associé avec le locus RP28. De plus, nous avons démontré que ce gène avait des fonctions au niveau du cil du photorécepteur, complétant le large spectre des cilliopathies rétiniennes héréditaires. Dans un second temps, nous avons exploré la possibilité qu'un syndrome, relativement fréquent en pédiatrie de fièvre récurrente, appelé PFAPA (acronyme de fièvre périodique avec adénite stomatite, pharyngite et cervical aphteuse) puisse avoir une origine génétique. L'étiologie de cette maladie n'étant pas claire, nous avons tenté d'identifier le spectre génétique de patients PFAPA. Comme nous n'avons pas pu mettre à jour un nouveau gène unique muté et responsable de la maladie chez tous les individus dépistés, il semblerait qu'un modèle génétique plus complexe suggérant l'implication de plusieurs gènes dans la pathologie ait été identifié chez les patients touchés. Ces gènes seraient notamment impliqués dans des processus liés à l'inflammation ce qui élargirait l'impact de ces études à d'autres maladies auto-inflammatoires.

Measuring discrepancies between knowledge, preoccupation and fear of aids in populations.

A simple tool to quantify discrepancies between knowledge, preoccupation and fear regarding hiv and aids is presented. This tool is based on standard questions available in health surveys. Some results using recent Swiss data are presented, and the method is discussed.

Aineettoman talouden tuomat haasteet päätöksentekoa tukevalle mittaamiselle

Pro gradu tutkielman tavoitteena on kuvata informaatiotalouden aikakauden tuomia haasteita päätöksentekoa tukevalla mittaamiselle. Keskeisenä tavoitteena tutkimuksessa oli hahmottaa millaisia haasteita aineeton talous, liiketoimintaympäristön muutokset ja kiristyvä kilpailu tuovat yrityksen päätöksentekoa tukevalle mittaamiselle. Samalla yritettiin luoda käsitys siitä millainen merkitys aineettomilla asioilla on nykypäivän yrityksille. Tutkimuksen empiirinen osuus tehtiin keväällä 2006 suomalaisille logistiikka-alan yrityksille. Tutkimus toteutettiin www- lomakehaastatteluna, johon vastasi lähes 130 alan päätöksentekijää. Tutkimuksen eri hypoteeseja testattiin tilastollisilla menetelmillä. Hypoteesit vahvistavat kirjallisuudesta löytyneet havainnot siitä, että aineettomat asiat ovat yrityksille tärkeitä. Haasteena yrityksillä on aineettomien mittareiden ja asioiden käyttö päätöksenteon tukena. Lähes kaikki tutkimukseen vastanneet olivat kehittäneet viime aikoina mittaamistaan ja pitivät aineettomia asioita tärkeinä. Samaan aikaan päätöksentekoa tukena oli edelleen vahvasti taloudellinen informaatio, vaikka yksilötasolla aineettomat asiat nähtiin vahvimpina lisäarvon tuottajina. Tutkimuksen keskeisenä havaintona oli aineettomien asioiden merkityksen muutos siirryttäessä yksilötasolta organisaatiotasolle.

The Role of an Enterprise Portal in Knowledge Management Strategy, Case: Private Equity Investor

Työ tutkii yritysportaalin roolia organisaation tietojohtamisessa. Tutkimusongelman ratkaisemiseksi luodaan viitekehys, jossa yritysportaalin ja tietojohtamisen teoriat linkittyvät. Työn empiirisessä osassa viitekehys on pohjana case-yritykselle rakennettavalle yritysportaalille. Laadullinen tutkimus käsittää teoriaosuuden sekä osallistuvaan case-tutkimukseen perustuvan empiriaosuuden. Työn runko muodostuu kahden vastakkaisen tietojohtamisajattelun vuoropuhelusta, jotka ovat informaatioteknologiaan- ja strategiseen johtamiseen perustuvat näkökulmat. Toimivan tietojohtamismallin täytyy sisältää molemmat aspektit. Jokainen organisaatio tarvitsee informaation hallintaan liittyviä toiminnallisuuksia ja täten eksplisiittisen tiedon hallinta tietojärjestelmien avulla on onnistuneen tietojohtamisen kulmakiviä. Tätä perusinfrastruktuuria on mahdollista laajentaa hiljaisen tiedon hallintaan perustuvilla tietojohtamismenetelmillä. Työn ratkaisu näiden kahden näkemyksen, 'kovan' informaatioteknogiaan painottuvan sekä 'pehmeän' ihmisnäkökulman integrointiin, on yritysportaali. Työssä käytettävä yritysportaalin viitekehys rakentuu kolmeen päätoiminnallisuuteen; sisällönhallintaan, yhteistyöominaisuuksiin ja liiketoimintatiedon hallintaan. Työ todistaa yhteyden viitekehyksen sekä tietojohtamisen perusmallien, kuten tietojohtamisen prosessimallin sekä tietoympäristöjen välillä. Yritysportaali voi täten toimia, ei ainoastaan yksittäisten tietojohtamistyökalujen implementoinnissa, vaan tietojohtamisstrategian luomisen apuna tarjoten alustan tai 'katalyytin' kokonaisvaltaiselle tietojohtamiselle.