Coltop3D: A new software for structural analysis with high resolution 3D point clouds and DEM

Coltop3D is a software that performs structural analysis by using digital elevation model (DEM) and 3D point clouds acquired with terrestrial laser scanners. A color representation merging slope aspect and slope angle is used in order to obtain a unique code of color for each orientation of a local slope. Thus a continuous planar structure appears in a unique color. Several tools are included to create stereonets, to draw traces of discontinuities, or to compute automatically density stereonet. Examples are shown to demonstrate the efficiency of the method.

Trace-element and phosphorus contents in sediment associated with Cretaceous oceanic anoxic events

ABSTRACT : During my SNSF-funded Ph.D. thesis project, I studied the evolution of redox conditions and organic-carbon preservation in the western Tethyan realm during three major positive excursions in the Cretaceous δ13C record, corresponding to the Valanginian, Early Aptian and Late Cenomanian. These periods were characterized by important global environmental and climate change, which was associated with perturbations in the carbon cycle. For the period of the Valanginian δ13C excursion, total organic carbon (TOC) contents and the quality of preserved organic matter are typical of oxic pelagic settings in the western Tethys. This is confirmed by the absence of major excursions in the stratigraphic distribution of RSTE during the δ13C shift. Published TOC data from other parts of the Valanginian oceans indicate that dys- to anaerobic zones were restricted to marginal seas within the Atlantic and Southern Ocean, and to the Pacific. Phosphorus (P) and mineralogical contents suggest a stepwise climatic evolution during the Valanginian, with a humid and warm climate prior to the δ13C shift leading to an increase in continental runoff. During the δ13C shift, a decrease in detrital input and P contents suggests a change in the climate towards more and conditions. During the early Aptian oceanic anoxic event (OAE 1a), a general increase followed by a rapid decrease in P contents suggests enhanced nutrient input at the beginning of OAE 1a. The return to lower values during OAE 1 a, associated with an increase in RSTE contents, may have been related to the weakened capacity to retain P in the sedimentary reservoir due to bottom-water oxygen depletion. In basinal settings, the RSTE distribution indicates well-developed anoxic conditions during OAE la, whereas in the shallower-water environments, conditions were oxic to suboxic, rather than anoxic. Furthermore, in the deeper part of the Tethys, two distinct enrichments have been observed, indicating fluctuations in the intensity of water column anoxia during the δ73C excursion. We also studied the effect of the end-Cenomanian oceanic anoxic event (OAE 2) on an expanded section in the Chrummflueschlucht (E of Euthal, Ct Switzerland). The goal here was to identify paleoceanographic and paleoenvironmental conditions during OAE 2 in this part of the northern Tethyan margin. The results show that this section is one of the most complete sections for the Cenomanian-Turonian boundary interval known from the Helvetic realm, despite a small hiatus between sediments corresponding to peaks 1 and 2 in the δ13C record. The evolution of P contents points to an increase in the input of this nutrient at the onset of OAE 2. The trends in RSTE contents show, however, that this part of the Helvetic realm was not affected by a strong depletion in oxygen conditions during OAE 2, despite its hemipelagic position. A further goal of this project was to submit the samples to a total extraction method (a combined HF/HNO3/HCI acid digestion) and compare the results obtained by the partial HNO3 acid extraction in order to standardize the analytical prócedures in the extraction of RSTE. The obtained results for samples of OAE 1 a suggest that RSTE trends using the partial HNO3 digestion are very comparable to those obtained by the total digestion method and subsequently normalized with regards to AI contents. RÉSUMÉ : Durant ce projet de thèse, financé par le Swiss National Science Funding (SNSF), j'ai étudié l'évolution des conditions redox et de la préservation de carbone organique dans le domnaine ouesttéthysien pendant trois excursions majeures du δ13C au Crétacé correspondant au Valanginien, à l'Aptien inférieur et à la limite Cénomanien-Turonien. Ces périodes sont caractérisées par des changements climatiques et environnementaux globaux associés à des perturbations dans le cylce du carbone. Pour L'excursion positive en δ13C du Valanginien, les analyses du carbone organique total (COT) et les observations palynologiques du domaine téthysien ont présenté des indications d'environnement pélagique relativementbienoxygéné. L'absence d'enrichissements en éléments traces sensibles aux conditions redox (TE) pendant l'excursion positive en δ13C confirme ces interprétations. Les données publiées de COT dans d'autres partie du globe indiquent cependant l'existence de conditions dys- à anaérobiques dans certains bassins restreints de l'Atlantique, l'Océan Austral et du Pacifique. L'évolution du phosphore (P) et la composition minéralogique des sédiments semblent indiquer un climat relativement chaud et humide avant l'excursion en δ13C entraînant une augmentation de l'altération continentale. Pendant le shift isotopique, une diminution des apports détritiques et du P suggèrent une transition vers des conditions plus arides. À l'Aptien Inférieur, le début de l'événement anoxique (OAE 1a) est marqué par une augmentation générale du P dans les sédiments indiquant une augmentation du niveau trophique à la base de l'excursion isotopique. Durant l'événement anoxique, les sédiments sont relativement appauvris en P. Cette diminution rapide associée à des enrichissements en TE est probablement liée à une remobilisation plus importante du P lors de la mise en place de conditions anoxiques dans les eaux de fond. Dans les environnements de bassin, le comportement des TE (enrichissements bien marqués) attestent de conditions réductrices bien marquées alors que dans les environnements moins profonds, les conditions semblent plutôt oxiques à dysoxiques. De plus, deux niveaux d'enrichissement en TE ont été observés dans la partie plus profonde de la Téthys, indiquant des fluctuations assez rapides dans l'intensité de l'anoxie de la colonne d'eau. Nous avons ensuite étudié les effets de l'événement anoxique de la fin du Cenomanien (OAE 2) dans un basin marginal de la marge nord de la Téthys avec la coupe de Chrummflueschlucht (à l'est de Euthal, Ct Schwyz). Les résultats ont montré que cette coupe présente un des enregistrements sédimentaires des plus complets de l'OAE 2 dans le domaine helvétique malgré un hiatus entre le pic 1 et 2 de l'excursion en δ13C. L'évolution du P montre une augmentation au début de l'OAE 2. Cependant, la distribution des TE indique que cette région n'a pas été affectée par des conditions réductrices trop importantes. Un second aspect de ce travail a été l'étude des différentes méthodes sur l'analyse de la distribution des TE. Des échantillons de l'OAE 1a ont été soumis à deux types d'extractions, l'une dite «totale » (attaque combinée d'acides HF/HNO3/HCI) et l'autre dite partielle » (HNO3). Les résultats obtenus suggèrent que les courbes de tendances des TE acquises par extraction partielle sont semblables à celle obtenues par extraction totale et normalisées par l'AI.

Au corps des mots, à l'ouest du soleil

Justine est une adolescente qui présente un fonctionnement limite et dont les symptômes principaux sont des vomissements provoqués et répétés. Elle expulse les aliments comme elle évacue la pensée. Elle investit les actes en se débarrassant de la tension interne. L'effraction de la sexualité renforce l'impossibilité d'investir une position passive comme si elle réactivait le temps originaire de la séduction. L'auteur décrit la difficulté à trouver sa place dans l'espace de la psychothérapie, alors qu'il y a échec de la mise en scène psychique chez la patiente. Condamnée à l'expulsion dans un premier temps, et cherchant à contrer son vécu de passivité, elle évoque l'épreuve périlleuse que représente l'approche mélancolique vers la reconnaissance de l'altérité de l'objet, dans les traces internes qu'il lui a laissées.

Scheduling in virtual infrastructure

For the execution of the scientific applications, different methods have been proposed to dynamically provide execution environments for such applications that hide the complexity of underlying distributed and heterogeneous infrastructures. Recently virtualization has emerged as a promising technology to provide such environments. Virtualization is a technology that abstracts away the details of physical hardware and provides virtualized resources for high-level scientific applications. Virtualization offers a cost-effective and flexible way to use and manage computing resources. Such an abstraction is appealing in Grid computing and Cloud computing for better matching jobs (applications) to computational resources. This work applies the virtualization concept to the Condor dynamic resource management system by using Condor Virtual Universe to harvest the existing virtual computing resources to their maximum utility. It allows existing computing resources to be dynamically provisioned at run-time by users based on application requirements instead of statically at design-time thereby lay the basis for efficient use of the available resources, thus providing way for the efficient use of the available resources.

Histopathologic features associated with susceptibility and resistance of biomphalaria snails to infection with Schistosoma mansoni

Resistance and susceptibility of Biomphalaria snails to Schistosoma mansoni sporocysts occur in different degrees. Histopathology reflects these diferences. In a state of tolerance numerous sporocysts in different stages of differentiation are seen in the absence of host tissue reaction. However extensive diffuse and focal proliferation of amebocytes with sequestration and destruction of many parasitic structures appear in resistant snails. Some snails are totally resistant and when exposed to infecting miracidia may never eliminate cercarie. Sequential histopathological examination has revealed that in such cases the infected miracidia are destroyed a few minutes to 24 hr after penetration in the snail. However, B. glabrata that were exposed to S. mansoni miracidia and three moths later failed to shed cercariae, exhibited focal and diffuse proliferation of amebocytes in many organs in the absence of pasitic structures. These lesions were similar to those observed in resistant snails that were still eliminating a few cercariae, with the difference that no recognizable sporocystic structures or remmants were present. Histological investigation carried out in similarly resistant B. tenagophila and B. straminea presented essentially normal histologic structures. Only occasionally a few focal proliferative (granulomatous) amebocytic reactions were seen in ovotestis and in the tubular portion of the kidney. Probably, there are two types of reactions to miracidium presented by totally resistant snails: one would implicate the immediate destruction of the miracidium leaving no traces in the tissues; the other involving late reactions that seem to completely destroy invading sporocysts and leave histological changes.

DIP-STR: A new marker for resolving unbalanced DNA mixtures

The genetic characterization of unbalanced mixed stains remains an important area where improvementis imperative. Most cases of aggression, homicide and sexual assault produce biological traces withrelatively large amount of the victim's DNA and small amount of the aggressor's DNA. If this ratio issmaller than 1:10 it is currently not possible to obtain a conventional autosomal DNA profile of the minorcontributor, with potential loss of crucial DNA evidence. Y-STR analysis represents a solution for somecases but has several limitations. We propose here a method based on a new compound genetic markerformed by a Deletion/Insertion Polymorphism (DIP) linked to a Short Tandem Repeat polymorphism(STR), that we name DIP-STR. By means of allele-specific amplifications of DIP-STR haplotypes, we canproduce a high resolution autosomal DNA profile of a donor that contributes less than 0.1% to a DNAmixture. Based on these features DIP-STR markers may outperform conventional Y-STR markers inmixed stain analysis.

L’eficàcia rehabilitadora de la pena de treballs en benefici a la comunitat. Avaluació del model d’execució a la província de Barcelona

El present treball aspira a servir com primera aproximació a una avaluació del model actual d'execució de la pena de Treballs en Benefici de la Comunitat en el nostre actual sistema de penes, a partir de la valoració sobre la presència dels elements que la investigació criminològica ha destacat com a rellevants en matèria de rehabilitació amb penats condemnats a penes de treball comunitari. D’aquesta manera, hem optat per realitzar una investigació qualitativa mitjançant entrevistes a una mostra de penats que van finalitzar el compliment d'una pena de TBC a la província de Barcelona entre el mes d'octubre de 2008 i el de gener de 2009 per tal de conèixer la seva percepció sobre la presència d’aquests elements.

La eficacia rehabilitadora de la pena de trabajos en beneficio de la comunidad. Evaluación del modelo de ejecución en la provincia de Barcelona

Se presenta una evaluación del modelo actual de funcionamiento en la ejecución penal de la pena de trabajos en beneficio a la comunidad. Para ello, junto con el análisis internacional del uso de este tipo de medida en otros países y contextos penales, se han analizado una muestra de penados que finalizaron esta medida entre el mes de octubre de 2008 hasta enero de 2009 en la provincia de Barcelona y se ha entrevistado a algunos de ellos con el objetivo de conocer su percepción sobre el funcionamiento y resultado de las intervenciones.

Charles d'Orléans, un lyrisme entre Moyen Age et modernité

L'oeuvre de Charles d'Orléans ne garde guère de traces des vingt-cinq ans passés dans les prisons anglaises. Ses poésies sont une mise en scène du moi, destinée à des amis qui goûtent son jeu avec les métaphores, les clins d'oeil intertextuels. Son moi se construit au fil d'un dialogue avec ses prédécesseurs, ses contemporains, puis est façonné par l'image qu'on s'en fait au fil des siècles. Les différentes facettes de cette subjectivité en mouvement font l'objet de la présente étude. La première partie examine ce que Charles d'Orléans doit à la tradition ; la seconde offre une lecture interne de ses poésies ; la troisième les situe dans le paysage littéraire de l'époque ; la quatrième étudie leur réception. Les articles réunis ici ont été retravaillés en profondeur, la réflexion revue et élargie : de nombreuses pages sont inédites, certains chapitres réécrits de fond en comble.

A Preliminary Investigation on the Chemical Composition of the Cell Surface of Five Enteropathogenic Escherichia coli Serotypes

The cell surfaces of five enteropathogenic Escherichia coli serotypes (O111:H2; O111:H12; O125:H9; O119:H6; O26:H11) were assayed by chemical methods, lectin agglutination tests and spectroscopy associated to transmission electron microscopy. Results of lectin agglutination assays showed that all strains reacted with mannosebinding lectins. Strains belonging to serotype O125:H9 also agglutinated with lectins which recognize galactose and Nacetylgalactosamine residues. The bacterial cells were treated with 0.01M phosphate buffered saline (pH 7.0) at 100oC for 2 hr and the extracts were submitted to precipitation and fractionated by Cetavlon. Phosphate, total sugar and protein contents were determined. Gas liquid chomatography-mass spectrometry analysis of alditol acetates showed the presence of galactose, mannose, fucose, glucose and traces of ribose. Spectroscopic analysis of intact cells showed the presence of a capsule-like structure which was not totally preserved after extraction. Some cells were still surrounded by an amorphous capsular-like material after polysaccharide extraction.

A dynamic assessment of medication-taking behavior during pregnancy and postpartum: should cART adherence be reinforced during postpartum?

This study compared adherence (persistence and execution) during pregnancy and postpartum in HIV-positive women having taken part in the adherence-enhancing program of the Community Pharmacy of the Department of Ambulatory Care and Community Medicine in Lausanne between 2004 and 2012. This interdisciplinary program combined electronic drug monitoring and semi-structured, repeated motivational interviews. This was a retrospective, observational study. Observation period spread over from first adherence visit after last menstruation until 6 months after childbirth. Medication-taking was recorded by electronic drug monitoring. Socio-demographic and delivery data were collected from Swiss HIV Cohort database. Adherence data, barriers and facilitators were collected from pharmacy database. Electronic data were reconciled with pill-count and interview notes in order to include reported pocket-doses. Execution was analyzed over 3-day periods by a mixed effect logistic model, separating time before and after childbirth. This model allowed us to estimate different time slopes for both periods and to show a sudden fall associated with childbirth. Twenty-five pregnant women were included. Median age was 29 (IQR: 26.5, 32.0), women were in majority black (n_17,68%) and took a cART combining protease and nucleoside reverse transcriptase inhibitors (n_24,96%). Eleven women (44%) were ART-naı¨ve at the beginning of pregnancy. Twenty women (80%) were included in the program because of pregnancy. Women were included at all stages of pregnancy. Six women (24%) stopped the program during pregnancy, 3 (12%) at delivery, 4 (16%) during postpartum and 12 (48%) stayed in program at the end of observation time. Median number of visits was 4 (3.0, 6.3) during pregnancy and 3 (0.8, 6.0) during postpartum. Execution was continuously high during pregnancy, low at beginning of postpartum and increased gradually during the 6 months of postpartum. Major barriers to adherence were medication adverse events and difficulties in daily routine. Facilitators were motivation for promoting child-health and social support. The dramatic drop and very slow increase in cART adherence during postpartum might result in viral rebound and drug resistance. Although much attention is devoted to pregnant women, interdisciplinary care should also be provided to women in the community during first trimester of postpartum to support them in sustaining cART adherence.

Comprendre

La trace matérielle est une information élémentaire sur une activité qui a lieu dans un environnement physique et social immédiat et qui relève principalement de la sécurité. Leur exploitation doit donc s'étendre au-delà du système judiciaire, vers le renseignement en général et l'étude de phénomènes. Des profils chimiques extraits à partir des saisies de stupéfiants, des montres contrefaites, des courriels non-sollicités, les restes d'incendies sont des exemples de traces qui résultent d'activités répétitives qu'il convient de mieux saisir. La science forensique et la criminologie se rencontrent alors pour étudier des problèmes de sécurité munis de nouveaux jeux d'information. La constitution de banques de données pertinentes est d'ailleurs une préoccupation majeure de la recherche en criminologie. Par des sondages toujours plus larges et des techniques modernes d'acquisition s'appuyant sur les technologies de l'information, la criminologie peut maintenant étendre les analyses comparatives et longitudinales de phénomènes liés à la délinquance des jeunes. Mais la validité et la pertinence de comparaisons doivent être discutées, notamment lorsque les analyses portent sur la violence envers les femmes dans des contextes différents.

Détecter et reconnaître

La détection des traces pertinentes, pas toujours visibles, est le défi auquel le scientifique qui examine un champ d'investigation est systématiquement confronté : il cherche parfois des quantités infimes de matière qui dessinent des crêtes papillaires ou qui lui permettront d'extraire un profil d'ADN. Il cible ses recherches lorsque sur le lieu d'un incendie, l'odeur peut le diriger vers les restes d'un produit inflammable, lorsqu'il extrait des traces numériques pertinentes de gigantesques quantités d'informations ou lorsqu'il teste spécifiquement si une personne a consommé un produit. Le projet d'augmenter simultanément la capacité de détecter la présence de traces latentes et de reconnaître ce qui peut le mieux expliquer une présence ou une action combine nécessairement à la fois le développement de nouvelles techniques et leur intégration dans une approche globale du champ d'investigation dont les fondements sont encore à consolider.

A novel role for proline- and acid-rich basic region leucine zipper (PAR bZIP) proteins in the transcriptional regulation of a BH3-only proapoptotic gene.

Proline- and acid-rich (PAR) basic region leucine zipper (bZIP) proteins thyrotroph embryonic factor (TEF), D-site-binding protein (DBP), and hepatic leukemia factor have been involved in neurotransmitter homeostasis and amino acid metabolism. Here we demonstrate a novel role for these proteins in the transcriptional control of a BH3-only gene. PAR bZIP proteins are able to transactivate the promoter of bcl-gS. This promoter is particularly responsive to TEF activation and is silenced by NFIL3, a repressor that shares the consensus binding site with PAR bZIP proteins. Consistently, transfection of TEF induces the expression of endogenous bcl-gS in cancer cells, and this induction is independent of p53. A naturally occurring variant of DBP (tDBP), lacking the transactivation domain, has been identified and shown to impede the formation of active TEF dimers in a competitive manner and to reduce the TEF-dependent induction of bcl-gS. Of note, treatment of cancer cells with etoposide induces TEF activation and promotes the expression of bcl-gS. Furthermore, blockade of bcl-gS or TEF expression by a small interfering RNA strategy or transfection with tDBP significantly reduces the etoposide-mediated apoptotic cell death. These findings represent the first described role for PAR bZIP proteins in the regulation of a gene involved in the execution of apoptosis.

Salut mental i execució penal

La recerca vol complimentar l’encàrrec de la Secretaria de Serveis Penitenciaris, Rehabilitació i Justícia juvenil, feta al Centre d’Estudis Jurídics i Formació Especialitzada respecte al coneixement de la problemàtica de les persones sotmeses a sancions penals que pateixen algun tipus de trastorn mental. L’interès de la recerca es centra en conèixer l’abast del fenomen de la salut mental en l’execució penal a nivell quantitatiu i conèixer més a fons les característiques i particularitats del col•lectiu afectat, per tal de poder millorar la seva atenció des dels serveis d’execució penal i la seva derivació un cop finalitzat el compliment de la pena o mesura. En la primera part de l’estudi s’aproxima al col•lectiu de persones afectades de trastorns mentals que es troben complint una pena de presó o una mesura de seguretat a Catalunya durant un període determinat de temps. Concretament la mostra la composen els interns penitenciaris de les presons ubicades a les comarques de Barcelona que durant l’any 2005 van passar com a mínim un dia per una unitat de psiquiatria dels centres penitenciaris: CP Homes Barcelona, CP Quatre Camins, CP Brians 1 i la Unitat Hospitalària Penal Penitenciària. També formen part de l’estudi les persones sotmeses a mesures de seguretat de les comarques de Barcelona que estaven d’alta durant l’any 2005. S’analitzen nombroses variables que descriuen aquest col•lectiu i la manera en que s’adapten al compliment de la pena. També es compara aquest grup de persones amb altres col•lectius de penats sense problemes mentals declarats. La segona part de l’estudi recull mitjançant la tècnica Delphi, l’opinió de professionals i experts vinculats al tema de la salut mental i l’execució de penes, a qui s’ha preguntat sobre diverses qüestions clau. Concretament se’ls ha preguntat pel diagnòstic de les persones penades amb trastorns mentals, el seu tractament, les propostes de derivació i les perspectives de futur en aquest tema. S’ha posat especial èmfasi en les previsions i estimacions que fan eles experts sobre les possibilitats futures de la sanitat penitenciària i les propostes de solució i millora dels principals problemes detectats per ells mateixos.