Diseño para fabricación digital: definición unívoca entre forma y fabricación en arquitectura

La presente investigación se inicia planteando el objetivo de identificar los parámetros geométricos que son exclusivos del proceso de generación de la Forma y relacionarlos con los invariantes relacionados con la Fabricación digital aplicada a la Arquitectura. Con ello se pretende recuperar la geometría como herramienta principal del proceso de Proyecto ampliando su ámbito de actuación al encontrar una relación con los procesos de fabricación digital. El primer capítulo describe los antecedentes y contexto histórico centrándose especialmente en la influencia de la capacidad de definir geometrías complejas digitalmente mediante la aplicación de algoritmos. En los primeros ejemplos la aproximación del Arquitecto a proyectos con geometrías complejas no euclídeas aún se emplea sin precisión en la comunicación de la geometría ideada para su puesta en obra. Las técnicas constructivas obligan a asumir una tolerancia de desviación entre proyecto y obra y la previsión del comportamiento de esa geometría no permite asegurar su comportamiento final. No será hasta la introducción de herramientas CAD en el proceso de ideación arquitectónica cuando el Arquitecto se capacite para generar geometrías no representables de forma analógica. Sin embargo, la imposibilidad de trasladar la geometría proyectada a la praxis constructiva impedirá la plasmación de un proceso completo, salvo en las contadas ocasiones que se recogen en este texto. “El análisis cronológico de las referencias establece como aspecto esencial para la construcción de geometrías complejas la capacidad primero para definir y comunicar de forma precisa e inequívoca la geometría y después la capacidad de analizar el desempeño prestacional de dicha propuesta geométrica”. La presente investigación se inicia planteando el objetivo de identificar los parámetros geométricos que son exclusivos del proceso de generación de la Forma y relacionarlos con los invariantes relacionados con la Fabricación digital aplicada a la Arquitectura. Con ello se pretende recuperar la geometría como herramienta principal del proceso de Proyecto ampliando su ámbito de actuación al encontrar una relación con los procesos de fabricación digital. El primer capítulo describe los antecedentes y contexto histórico centrándose especialmente en la influencia de la capacidad de definir geometrías complejas digitalmente mediante la aplicación de algoritmos. En los primeros ejemplos la aproximación del Arquitecto a proyectos con geometrías complejas no euclídeas aún se emplea sin precisión en la comunicación de la geometría ideada para su puesta en obra. Las técnicas constructivas obligan a asumir una tolerancia de desviación entre proyecto y obra y la previsión del comportamiento de esa geometría no permite asegurar su comportamiento final. No será hasta la introducción de herramientas CAD en el proceso de ideación arquitectónica cuando el Arquitecto se capacite para generar geometrías no representables de forma analógica. Sin embargo, la imposibilidad de trasladar la geometría proyectada a la praxis constructiva impedirá la plasmación de un proceso completo, salvo en las contadas ocasiones que se recogen en este texto. “El análisis cronológico de las referencias establece como aspecto esencial para la construcción de geometrías complejas la capacidad primero para definir y comunicar de forma precisa e inequívoca la geometría y después la capacidad de analizar el desempeño prestacional de dicha propuesta geométrica”. Establecida la primera conclusión, el capítulo de contexto histórico continúa enfocándose sobre la aplicación de las técnicas digitales en el Proceso de proyecto primero, y en la puesta en obra después. Los casos de estudio identifican claramente como un punto de inflexión para la generación de formas complejas mediante un software CAD el Museo Guggenheim de Bilbao en 1992. El motivo esencial para elegir este proyecto como el primer proyecto digital es el uso de la herramienta de definición digital de la geometría para su reproducción inequívoca en obra. “La revolución digital ha aportado al Arquitecto la posibilidad de abandonar las tipologías arquitectónicas basados en restricciones geométricas-constructivas. La aplicación de técnicas de fabricación digital ha permitido la capacidad de diseñar con independencia del sistema constructivo y libertad formal. En este nuevo contexto las prestaciones suponen los nuevos límites conceptuales, ya que el acceso y disposición de la información del comportamiento de las alternativas que cada geometría conlleva demanda del Arquitecto la jerarquización de los objetivos y la formulación en un conjunto coherente de parámetros”. Los proyectos que emplean herramientas digitales para la resolución de las distintas etapas del proceso proyectual se verán incrementados de forma exponencial desde 1992 hasta nuestros días. A pesar del importante auge de las técnicas de diseño asistido por ordenador el principal desafío sigue siendo la vinculación de las geometrías y materiales propuestos con las capacidades de las técnicas de manufactura y puesta en obra. El proceso de diseño para fabricación en un entorno digital es una tecnología madura en otras industrias como la aeroespacial o la automovilística, incluso la de productos de consumo y decoración, sin embargo en el sector de Construcción es un sistema inmaduro e inconexo. Las particularidades de la industria de la construcción aún no han sido abordadas en su totalidad y las propuestas de investigación realizadas en este ámbito se han centrado hasta 2015 en partes del proceso y no en el proceso total. “El principal obstáculo para la estandarización e implantación globalizada de un proceso digital desde el origen de la forma hasta la construcción es la inexistencia de un protocolo integrado que integre las limitaciones de fabricación, económicas y de puesta en obra junto a la evaluación de desempeño prestacional durante la fases iniciales de proyecto”. En el capítulo número 3 se estudian los distintos procesos de generación de la forma. Se propone una definición específica para el ámbito de la investigación de “forma” en el entendemos que se incluye la envolvente exterior y el conjunto organizativo de espacios interiores conectados. Por lo tanto no es excluyente del interior. El objetivo de este estudio es analizar y clasificar los procesos para la generación digital de formas en los distintos proyectos seleccionados como emblemáticos de cada tipología. Se concluye que la aproximación a este proceso es muy variada y compleja, con aplicación segregada y descoordinada entre los distintos agentes que han intervenir. En un proceso de generación formal analógico los parámetros que intervienen son en parte conscientes y en parte inconscientes o aprendidos. El Arquitecto sólo tiene control sobre la parte consciente de los parámetros a integrar en el diseño, de acuerdo a sus conocimientos y capacidades será capaz de manejar un número limitado de parámetros. La parte aprendida permanece en el inconsciente y dirige el proceso analógico, aportando prejuicios estéticos incorporados durante el proceso formativo y propio del entorno cultural. “El empleo de herramientas digitales basadas en la evaluación prestacional durante el proceso de selección formal permite al Arquitecto conocer “en tiempo real” el desempeño en el conjunto de prestaciones evaluadoras del conjunto de alternativas geométricas a la propuesta previamente definida por la intuición arquitectónica. El proceso definido no persigue identificar una solución óptima sino asistir al Arquitecto en el proceso de generación de la forma mediante la evaluación continua de los vectores direccionales más idóneos que el procedimiento generativo plantea”. La definición de complejidad en generación y producción de formas en relación con el proceso de diseño digital paramétrico global o integrado, es esencial para establecer un protocolo que optimice su gestión. “Se propone como definición de complejidad como factor resultante de multiplicar el número de agentes intervinientes por el número de parámetros e interacciones comunes que intervienen en el proceso de generación de la forma, dividido por la complejidad de intercambio de información digital desde el origen hasta la fase de fabricación y construcción”. Una vez analizados los procesos de generación digital de Arquitectura se propone identificar los parámetros geométricos que definen el proceso de Diseño digital, entendiendose por Diseño el proceso que engloba desde la proposición de una forma inicial basada en la intuición del Arquitecto, la generación y evaluación de variantes y posterior definición digital para producción, tanto de un objeto, un sistema o de la totalidad del Proyecto. En la actualidad el proceso de Diseño es discontinuo y lineal organizandose los parámetros por disciplinas en las que está estructurada las atribuciones profesionales en la industria de la construcción. Para simplificar la identificación y listado se han agrupado siguiendo estos grupos de conocimiento. Entendemos parametros invariables aquellos que son independientes de Tipologías arquitectónicas o que dependen del mismo proceso de generación de la Forma. “El listado de los parámetros que intervienen en un proceso de generación formal es una abstracción de una realidad compleja. La parametrización de las decisiones que intervienen en la selección de una forma determinada mediante “well defined problems” es imposible. El proceso que esta tesis describe entiende esta condición como un elemento que pone en valor el propio procedimiento generativo por la riqueza que la subjetividad que el equipo de diseño aporta”. La segunda parte esencial de esta investigación pretende extraer las restricciones propias del estado del arte de la fabricación digital para posteriormente incorporarlos en los procesos digitales de definición de la Forma arquitectónica. “La integración de las restricciones derivadas de las técnicas de fabricación y construcción digitales en el proceso de generación de formas desde el ámbito de la Arquitectura debe referirse a los condicionantes geométricos asociados a cada sistema constructivo, material y técnica de fabricación. La geometría es además el vínculo que permite asociar el conjunto de parámetros prestacionales seleccionados para un Proyecto con los sistemas de fabricación digital”. A estos condicionantes geométricos obtenidos del análisis de cada sistema de fabricación digital se les ha denominado “invariantes geométricos”. Bajo este término se engloban tanto límites dimensionales de fabricación, como materiales compatibles, tolerancias de manufactura e instalación y cualidades prestacionales asociadas. El objetivo de esta propuesta es emplear la geometría, herramienta fundamental y propia del Arquitecto, como nexo de unión entre el conjunto complejo y heterogéneo de parámetros previamente listados y analizados. Para ello se han simplificado en tablas específicas para cada parámetro prestacional los condicionantes geométricos que se derivan de los Sistemas de fabricación digital compatibles (ver apéndice 1). El estudio y evaluación de las capacidades y objetivos de las distintas plataformas de software disponibles y de las experiencias profesionales evaluadas en los proyectos presentados, permiten concluir que la propuesta de plataforma digital de diseño integral multi-paramétrico de formas arquitectónicas requiere de un protocolo de interoperatibilidad específico aún no universalmente establecido. Actualmente el enfoque de la estrategia para normalizar y universalizar el contexto normativo para regular la interoperatibilidad se centra en figura del gestor denominado “BIM manager”. Las atribuciones y roles de esta figura se enfocan a la gestión del continente y no del contenido (Definición de los formatos de intercambio, niveles de desarrollo (LOD) de los componentes o conjuntos constructivos, detección de interferencias y documentación del propio modelo). Siendo este ámbito un desarrollo necesario para la propuesta de universalización del sistema de diseño para fabricación digital integrado, la presente investigación aporta un organigrama y protocolo asociado. El protocolo: 1. Establece la responsabilidad de identificar y definir la Información que debe determinar el proceso de generación y desarrollo de la forma arquitectónica. 2. Define la forma digital apropiada para generar la geometría del Proyecto, incluyendo la precisión necesaria para cada componente y el nivel de detalle necesario para su exportación inequívoca al proceso de fabricación. 3. Define el tempo de cada etapa de diseño identificando un nivel de detalle acorde. 4. Acopla este organigrama dentro de las estructuras nuevas que se proponen en un entorno BIM para asegurar que no se producen solapes o vacíos con las atribuciones que se identifican para el BIM Manager. “El Arquitecto debe dirigir el protocolo de generación coordinada con los sistemas de producción digital para conseguir que la integración completa. El protocolo debe asistir al proceso de generación de forma mediante la evaluación del desempeño prestacional de cada variante en tiempo real. La comunicación entre herramientas digitales es esencial para permitir una ágil transmisión de información. Es necesario establecer un protocolo adaptado a los objetivos y las necesidades operativas de cada proyecto ya que la estandarización de un protocolo único no es posible”. Una decisión estratégica a la hora de planificar una plataforma de diseño digital común es establecer si vamos a optar por un Modelo digital único o diversos Modelos digitales federados. Cada uno de los modos de trabajo tiene fortalezas y debilidades, no obstante en el ámbito de investigación se ha concluido que un proceso integrado de Diseño que incorpore la evaluación prestacional y conceptual definida en el Capítulo 3, requiere necesariamente de varios modelos de software distintos que han de relacionarse entre sí mediante un protocolo de comunicación automatizado. Una plataforma basada en un modelo federado consiste en establecer un protocolo de comunicación entre los programas informáticos empleados por cada disciplina. En este modelo de operación cada equipo de diseño debe establecer las bases de comunicación en función del número y tipo de programas y procesos digitales a emplear. En esta investigación se propone un protocolo basado en los estándares de intercambio de información que estructura cualquier proceso de generación de forma paramétrico “La investigación establece el empleo de algoritmos evolutivos como el sistema actual óptimo para desarrollar un proceso de generación de formas basadas en la integración y coordinación de invariantes geométricos derivados de un conjunto de objetivos prestacionales y constructivos. No obstante, para la aplicación en el caso práctico realizado se ha podido verificar que la evaluación del desempeño aún no puede realizarse en una única herramienta y por lo tanto el proceso de selección de las variantes genéticas óptimas ha de ejecutarse de forma manual y acumulativa. El proceso debe realizarse de manera federada para la selección evolutiva de los invariantes geométricos dimensionales”. La evaluación del protocolo de integración y los condicionantes geométricos obtenidos como parámetros geométricos que controlan las posibles formas compatibles se realiza mediante su aplicación en un caso práctico. El ejercicio simula la colaboración multidisciplinar con modelos federados de plataformas distintas. La elección del tamaño y complejidad constructiva del proyecto se ha modulado para poder alcanzar un desarrollo completo de cada uno de los parámetros prestacionales seleccionados. Continuando con el mismo objetivo propuesto para los parámetros prestacionales, la tipología constructiva-estructural seleccionada para el ejercicio permite la aplicación la totalidad de invariantes geométricos asociados. El objetivo de este caso práctico es evaluar la capacidad alterar la forma inicialmente propuesta mediante la evaluación del desempeño prestacional de conjunto de variantes geométricas generadas a partir de un parámetro dimensional determinado. Para que este proceso tenga sentido, cada una de las variantes debe ser previamente validada conforme a las limitaciones geométricas propias de cada sistema de fabricación y montaje previstos. El interés de las conclusiones obtenidas es la identificación de una variante geométrica distante a la solución simétrica inicialmente como la solución óptima para el conjunto de parámetros seleccionados. Al tiempo se ha comprobado como la participación de un conjunto de parámetros multi-disciplinares que representan la realidad compleja de los objetivos arquitectónicos favorecen la aparición de variaciones genéticas con prestaciones mejoradas a la intuición inicial. “La herencias tipológicas suponen un límite para la imaginación de variantes formales al proceso de ideación arquitectónica. El ejercicio realizado demuestra que incluso en casos donde aparentemente la solución óptima aparenta ser obvia una variante aleatoria puede mejorar su desempeño global. La posibilidad de conocer las condiciones geométricas de las técnicas de fabricación digital compatibles con el conjunto de parámetros seleccionados por el Arquitecto para dirigir el proceso asegura que los resultados del algoritmo evolutivo empleado sean constructivamente viables. La mejora de imaginación humana con la aportación de geometrías realmente construibles supone el objetivo último de esta tesis”. ABSTRACT Architectural form generation process is shifting from analogical to digital. Digital technology has changed the way we design empowering Architects and Engineers to precisely define any complex geometry envisioned. At the same time, the construction industry, following aeronautical and automotive industries, is implementing digital manufacturing techniques to improve efficiency and quality. Consequently construction complexity will no longer be related to geometry complexity and it is associated to coordination with digital manufacturing capacities. Unfortunately it is agreed that non-standard geometries, even when proposed with performance optimization criteria, are only suitable for projects with non-restricted budgets. Furthemore, the lack of coordinated exportation protocol and geometry management between design and construction is avoiding the globalization of emergence process in built projects Present research first objective is to identify exclusive form-generation parameters related to digital manufacturing geometrical restraints. The intention was to use geometry as the form-generation tool and integrate the digital manufacturing capacities at first stages of the project. The first chapter of this text describes the investigation historical context focusing on the influence between accurate geometry definition at non-standard forms and its construction. At first examples of non-Euclidean geometries built the communication between design and construction were based on analogical partial and imprecise documentation. Deficient communication leads to geometry adaptation on site leaving the final form uncontrolled by the Architect. Computer Aided Design enable Architects to define univocally complex geometries that previously where impossible to communicate. “The univocally definition of the Form, and communication between design and construction is essential for complex geometry Projects”. The second chapter is focused on digital technologies application in form finding process and site construction. The case studies selected identifies a clear inflexion node at 1992 with the Guggenheim Museum in Bilbao. The singularity of this project was the use of Aeronautics software to define digitally the external envelope complex geometry to enable the contractor to build it. “The digital revolution has given the Architect the capacity to design buildings beyond the architectural archetypes driven by geometric-constructive limitations. The application of digital manufacturing techniques has enabled a free-form construction without geometrical limitations. In this new context performance shall be the responsible to set new conceptual boundaries, since the behavior of each possible geometry can be compare and analyze beforehand. The role of the Architect is to prioritize the performance and architectural objectives of each project in a complete and coherent set of parameters”. Projects using digital tools for solving various stages of the design process were increased exponentially since 1992 until today. Despite the significant rise of the techniques of computer-aided design the main challenge remains linking geometries and materials proposed at each design with the capabilities of digital manufacturing techniques. Design for manufacturing in a digital environment is a mature technology in other industries such as aerospace and automotive, including consumer products and decoration, but in the construction sector is an immature and disjointed system. The peculiarities of the construction industry have not yet been addressed in its entirety and research proposals made in this area until 2015 have focused in separate parts of the process and not the total process. “The main obstacle to global standardization and implementation of a complete digital process from the form-finding to construction site is the lack of an integrated protocol that integrates manufacturing, economic and commissioning limitations, together with the performance evaluation of each possible form”. The different form generation processes are studied at chapter number 3. At the introduction of this chapter there is a specific definition of "form" for the research field. Form is identified with the outer envelope geometry, including the organizational set of connected indoor spaces connected to it. Therefore it is not exclusive of the interior. The aim of this study is to analyze and classify the main digital form generation processes using different selected projects as emblematic of each type. The approach to this process is complex, with segregated and uncoordinated different actors have to intervene application. In an analogical form-generation process parameters involved are partly conscious and partly unconscious or learned. The architect has control only over limited part of the parameters to be integrated into the design, according to their knowledge and. There is also a learned aesthetical prejudice that leads the form generation process to a specific geometry leaving the performance and optimization criteria apart from the decision making process. “Using performance evaluation digital tools during form finding process provides real-time comparative information to the Architect enabling geometry selection based on its performance. The generative form generation process described at this document does not ambition to identify the optimum geometry for each set of parameters. The objective is to provide quick information at each generation of what direction is most favorable for the performance parameters selected”. Manufacturing complexity definition in relation to a global and integral process of digital design for manufacture is essential for establishing an efficient managing protocol. “The definition of complexity associated to design for production in Architecture is proposed as the factor between number of different agents involved in the process by the number of interactions required between them, divided by the percentage of the interchange of information that is standardized and proof of information loss”. Design in architecture is a multi-objective process by definition. Therefore, addressing generation process linked to a set of non-coherent parameters requires the selection of adequate generative algorithm and the interaction of the architect. During the second half of the twentieth century and early twenty-first century it have been developed various mathematical algorithms for multi-parametric digital design. Heuristic algorithms are the most adequate algorithms for architectural projects due to its nature. The advantage of such algorithms is the ability to efficiently handle large scale optimization cases where a large number of design objectives and variables are involved. These generative processes do not pursue the optimum solution, in fact it will be impossible to proof with such algorithm. This is not a problem in architectural design where the final goal is to guide the form finding process towards a better performance within the initial direction provided by the architect. This research has focused on genetic algorithms due to its capacity to generate geometric alternatives in multiple directions and evaluate the fitness against a set of parameters specified in a single process. "Any protocol seeks to achieve standardization. The design to manufacturing protocol aims to provide a coordinated and coherent form generation process between a set of design parameters and the geometrical requirements of manufacturing technique. The protocol also provides an information exchange environment where there is a communication path and the level of information is ensured. The research is focused on the process because it is considered that each project will have its own singularities and parameters but the process will stay the same. Again the development of a specific tool is not a goal for the research, the intention is to provide an open source protocol that is valid for any set of tools”. Once the digital generation processes are being analized and classified, the next step is to identify the geometric parameters that define the digital design process. The definition of design process is including from the initial shape proposal based on the intuition of the architect to the generation, evaluation, selection and production of alternatives, both of an object , system or of the entire project . The current design process in Architecture is discontinuous and linear, dividing the process in disciplines in which the construction industry is structured. The proposal is to unify all relevant parameters in one process. The parameters are listed in groups of knowledge for internal classification but the matrix used for parameter relationship determination are combined. “A multi-parameter determination of the form-finding process is the integration all the measurable decisions laying behind Architect intuition. It is not possible to formulate and solve with an algorithm the design in Architecture. It is not the intention to do so with the proposal of this research. The process aims to integrate in one open protocol a selection of parameters by using geometry as common language. There is no optimum solution for any step of the process, the outcome is an evaluation of performance of all the form variations to assist the Architect for the selection of the preferable solution for the project”. The research follows with the geometrical restrictions of today Digital manufacturing techniques. Once determined it has been integrated in the form-finding process. “Digital manufacturing techniques are integrated in the form-finding process using geometry as common language. Geometric restraints define the boundary for performance parametric form-finding process. Geometrical limitations are classified by material and constructive system”. Choose between one digital model or several federate models is a strategic decision at planning a digital design for manufacturing protocol. Each one of the working models have strengths and weakens, nevertheless for the research purposes federated models are required to manage the different performance evaluation software platforms. A protocol based on federated models shall establish a communication process between software platforms and consultants. The manager shall integrate each discipline requirements defining the communication basis. The proposed protocol is based on standards on information exchange with singularities of the digital manufacturing industry. “The research concludes evolutionary algorithms as current best system to develop a generative form finding process based on the integration and coordination of a set of performance and constructive objectives. However, for application in professional practice and standardize it, the performance evaluation cannot be done in only one tool and therefore the selection of optimal genetic variants must be run in several iterations with a cumulative result. Consequently, the evaluation process within the geometrical restraints shall be carried out with federated models coordinated following the information exchange protocol”. The integration protocol and geometric constraints evaluation is done by applying in a practical case study. The exercise simulates multidisciplinary collaboration across software platforms with federated models. The choice of size and construction complexity of the project has been modulated to achieve the full development of each of the parameters selected. Continuing with the same objective proposed for the performance parameters the constructive and structural type selected for the exercise allows the application all geometric invariants associated to the set of parameters selected. The main goal of the case study is to proof the capacity of the manufacturing integrated form finding process to generate geometric alternatives to initial form with performance improved and following the restrictions determined by the compatible digital manufacturing technologies. The process is to be divided in consecutive analysis each one limited by the geometrical conditions and integrated in a overall evaluation. The interest of this process is the result of a non-intuitive form that performs better than a double symmetrical form. The second conclusion is that one parameter evaluation alone will not justify the exploration of complex geometry variations, but when there is a set of parameters with multidisciplinary approach then the less obvious solution emerge as the better performing form. “Architectural typologies impose limitation for Architects capacity to imagine formal variations. The case study and the research conclusions proof that even in situations where the intuitive solution apparently is the optimum solution, random variations can perform better when integrating all parameters evaluation. The capacity of foreseing the geometrical properties linking each design parameter with compatible manufacturing technologies ensure the result of the form-finding process to be constructively viable. Finally, the propose of a complete process where the geometry alternatives are generated beyond the Architect intuition and performance evaluated by a set of parameters previously selected and coordinated with the manufacturing requirements is the final objective of the Thesis”.

La Ordenación del Territorio en las Ciudades Globales Europeas: El caso de Madrid

En la Comunidad de Madrid el modelo de ocupación del territorio en las dos últimas décadas ha obedecido a factores de oferta del mercado y no a las necesidades de la población, ello provoca un consumo de suelo y de recursos que conducen a una sobrexplotación insostenible. Las metrópolis globales están experimentando rápidas e intensas transformaciones, basadas en los paradigmas emergentes de la globalización, la gobernanza, la metropolizacion y la dispersión de las actividades en el territorio y a través de ellos se abordan los planes de Londres, París y las tentativas de Madrid. La globalización provoca la pérdida de soberanía de las administraciones publicas y la competitividad entre las ciudades globales en Europa, Londres, Paris y Madrid, son centros de poder, de concentración y crecimiento donde se produce la dualización del espacio y donde la desigualdad participa de la restructuración urbana, concentración de pobreza frente a espacios de la nueva clase emergente en donde dominan los sectores de servicios y las tecnologías de la información. Frente al desarrollo urbano neoliberal de regulación a través del mercado y basada en criterios de eficiencia de la Nueva Gestión Pública, se vislumbra la posibilidad de que la sociedad se administre a si misma por medio de acciones voluntarias y responsables que promuevan los intereses colectivos mediante el reconocimiento de su propia identidad, introduciendo el concepto de gobernanza. Frente, a la explotación del territorio por parte de la sociedad extractiva que genera corrupcion, se propone un modelo de cooperación público-privada basado en la confianza mutua, un marco regulador estable, la transparencia y la información a cuyo flujo más homogéneo contribuirán sin duda las TICs. En todo este proceso, las regiones metropolitanas en Europa se erigen como motores del crecimiento, donde los límites administrativos son superados, en un territorio cada vez más extendido y donde los gobiernos locales tienen que organizarse mediante un proceso de cooperación en la provisión de servicios que ayuden a evitar los desequilibrios territoriales. El fenómeno de la dispersión urbana en desarrollos de baja densidad, los centros comerciales periféricos, la expulsión hacia la periferia de las actividades de menor valor añadido y la concentración de funciones directivas en el centro, conducen a una fragmentación del territorio en islas dependientes del automóvil y a procesos de exclusión social por la huida de las rentas altas y la expulsión de las rentas bajas de los centros urbanos. Se crean fragmentos monofuncionales y discontinuos, apoyados en las autovías, lugares carentes de identidad y generadores de despilfarro de recursos y una falta de sostenibilidad ambiental, económica y social. El estudio de la cultura de la planificación en Europa ayuda a comprender los diferentes enfoques en la ordenación del territorio y el proceso de convergencia entre las diferentes regiones. Los documentos de la UE se basan en la necesidad de la competitividad para el crecimiento europeo y la cohesión social y en relación al territorio en los desarrollos policéntricos, la resolución del dualismo campo-ciudad, el acceso equilibrado a las infraestructuras, la gestión prudente de la naturaleza, el patrimonio y el fomento de la identidad. Se proponen dos niveles de estudio uno actual, los últimos planes de Londres y Paris y el otro la evolución de las tentativas de planes en la Región madrileña siempre en relación a los paradigmas emergentes señalados y su reflejo en los documentos. El Plan de Londres es estratégico, con una visión a largo plazo, donde se confiere un gran interés al proceso, al papel del alcalde como líder y su adaptación a las circunstancias cambiantes, sujeto a las incertidumbres de una ciudad global. El desarrollo del mismo se concibe a través de la colaboración y cooperación entre las administraciones y actores. La estructura del documento es flexible, establece orientaciones y guías indicativas, para la redacción de los planes locales, no siendo las mismas vinculantes y con escasa representación grafica. El Plan de París es más un plan físico, similar al de otros centros europeos, trabaja sobre los sectores y sobre los territorios, con información extensa, con características de “Plan Latino” por la fuerza de la expresión gráfica, pero al mismo tiempo contiene una visión estratégica. Es vinculante en sus determinaciones y normativas, se plantea fomentar, pero también prohibir. Ambos planes tratan la competitividad internacional de sus centros urbanos, la igualdad social, la inclusión de todos los grupos sociales y la vivienda como una cuestión de dignidad humana. Londres plantea la gobernanza como cooperación entre sector público-privado y la necesaria cooperación con las regiones limítrofes, en París las relaciones están más institucionalizadas resaltando la colaboración vertical entre administraciones. Ambos plantean la densificación de nodos servidos por transporte público, modos blandos y el uso los TODs y la preservación de la infraestructura verde jerarquizada, la potenciación de la red azul y la mejora del paisaje de las periferias. En las “tentativas” de planes territoriales de Madrid se constata que estuvieron sujetas a los ciclos económicos. El primer Documento las DOT del año 1984, no planteaba crecimiento, ni económico ni demográfico, a medio plazo y por ello no proponía una modificación del modelo radio concéntrico. Se trataba de un Plan rígido volcado en la recuperación del medio rural, de la ciudad, el dimensionamiento de los crecimientos en función de las dotaciones e infraestructuras existentes. Aboga por la intervención de la administración pública y la promoción del pequeño comercio. Destaca el desequilibrio social en función de la renta, la marginación de determinados grupos sociales, el desequilibrio residencia/empleo y la excesiva densidad. Incide en la necesidad de viviendas para los más desfavorecidos mediante el alquiler, la promoción suelo público y la promoción del ferrocarril para dar accesibilidad al espacio central. Aboga por el equipamiento de proximidad y de pequeño tamaño, el tratamiento paisajístico de los límites urbanos de los núcleos y el control de las actividades ilegales señalando orientaciones para el planeamiento urbano. Las Estrategias (1989) contienen una visión: la modificación del modelo territorial, mediante la intervención pública a través de proyectos. Plantea la reestructuración económica del territorio, la reconversión del aparato productivo, la deslocalización de actividades de escaso valor añadido y una mayor ubicuidad de la actividad económica. Incide en la difusión de la centralidad hacia el territorio del sur, equilibrándolo con el norte, tratando de recomponer empleo y residencia, integrando al desarrollo económico las periferias entre sí y con el centro. Las actuaciones de transporte consolidarían las actuaciones, modificando el modelo radio concéntrico facilitando la movilidad mediante la red de cercanías y la intermodalidad. El plan se basaba en el liderazgo del Consejero, no integrando sectores como el medio ambiente, ni estableciendo un documento de seguimiento de las actuaciones que evaluara los efectos de las políticas y su aportación al equilibrio territorial, a través de los proyectos realizados. El Documento Preparatorio de las Bases (1995), es más de un compendio o plan de planes, recoge análisis y propuestas de los documentos anteriores y de planes sectoriales de otros departamentos. Presenta una doble estructura: un plan físico integrador clásico, que abarca los sectores y territorios, y recoge las Estrategias previas añadiendo puntos fuertes, como el malestar urbano y la rehabilitación el centro. Plantea la consecución del equilibrio ambiental mediante el crecimiento de las ciudades existentes, la vertebración territorial basada en la movilidad y en la potenciación de nuevas centralidades, la mejora de la habitabilidad y rehabilitación integral del Centro Urbano de Madrid, y la modernización del tejido productivo existente. No existe una idea-fuerza que aglutine todo el documento, parte del reconocimiento de un modelo existente concentrado y congestivo, un centro urbano dual y dos periferias al este y sur con un declive urbano y obsolescencia productiva y al oeste y norte con una dispersión que amenaza al equilibrio medioambiental. Señala como aspectos relevantes, la creciente polarización y segregación social, la deslocalización industrial, la aparición de las actividades de servicios a las empresas instaladas en las áreas metropolitanas, y la dispersión de las actividades económicas en el territorio por la banalización del uso del automóvil. Se plantea el reto de hacer ciudad de la extensión suburbana y su conexión con el sistema metropolitano, mediante una red de ciudades integrada y complementaria, en búsqueda de un mayor equilibrio y solidaridad territorial. Las Bases del PRET (1997) tenían como propósito iniciar el proceso de concertación en que debe basarse la elaboración del Plan. Parte de la ciudad mediterránea compacta, y diversa, y de la necesidad de que las actividades económicas, los servicios y la residencia estén en proximidad, resolviéndolo mediante una potente red de transporte público que permitiese una accesibilidad integrada al territorio. El flujo de residencia hacia la periferia, con un modelo ajeno de vivienda unifamiliar y la concentración del empleo en el centro producen desequilibrio territorial. Madrid manifiesta siempre apostó por la densificación del espacio central urbanizado, produciendo su congestión, frente al desarrollo de nuevos suelos que permitieran su expansión territorial. Precisa que es necesario preservar los valores de centralidad de Madrid, como generador de riqueza, canalizando toda aquella demanda de centralidad, hacia espacios más periféricos. El problema de la vivienda no lo ve solo como social, sino como económico, debido a la pérdida de empleos que supone su paralización. Observa ya los crecimientos residenciales en el borde de la region por el menor valor del suelo. Plantea como la política de oferta ha dado lugar a un modelo de crecimiento fragmentado, desequilibrado, desestructurado, con fuertes déficits dotacionales y de equipamiento, que inciden en la segregación espacial de las rentas, agravando el proceso de falta de identidad morfológica y de desarraigo de los valores urbanos. El plan señalaba que la presión sobre el territorio creaba su densificación por las limitaciones de espacio, Incidía en limitar el peso de la intervención pública, no planteando propuestas de cooperación público-privado. La mayor incoherencia estriba en que los objetivos eran innovadores y coinciden en su mayoría con las propuestas estudiadas de Londres o Paris, pero se intentan implementar a través de un cambio hacia un modelo reticulado homogéneo, expansivo sobre el territorio, que supone un consumo de suelo y de infraestructuras para solucionar un problema inexistente, la gestión de la densidad. Durante las dos últimas décadas en ausencia de un plan regional, la postura neoliberal fue la de un exclusivo control de legalidad del planeamiento, los municipios entraron en un proceso de competencia para aprovechar las iniciales ventajas económicas de los crecimientos detectados, que proporcionaban una base económica “sólida” a unos municipios con escasos recursos en sus presupuestos municipales. La legislación se modifica a requerimiento de grupos interesados, no existiendo un marco estable. Se pierde la figura del plan no solo a nivel regional, si no en los sectores y el planeamiento municipal donde los municipios tiende a basarse en modificaciones puntuales con la subsiguiente pérdida del modelo urbanístico. La protección ambiental se estructura mediante un extenso nivel de figuras, con diversidad de competencias que impide su efectiva protección y control. Este proceso produce un despilfarro en la ocupación del suelo, apoyada en las infraestructuras viarias, y un crecimiento disperso y de baja densidad, cada vez más periférico, produciéndose una segmentación social por dualización del espacio en función de niveles de renta. Al amparo del boom inmobiliario, se produce una falta de política social de vivienda pública, más basada en la dinamización del mercado con producción de viviendas para rentas medias que en políticas de alquiler para determinados grupos concentrándose estas en los barrios desfavorecidos y en la periferia sur. Se produce un incremento de la vivienda unifamiliar, muchas veces amparada en políticas públicas, la misma se localiza en el oeste principalmente, en espacios de valor como el entorno del Guadarrama o con viviendas más baratas por la popularización de la tipología en la frontera de la Región. El territorio se especializa a modo de islas monofuncionales, las actividades financieras y de servicios avanzados a las empresas se localizan en el norte y oeste próximo, se pierde actividad industrial que se dispersa más al sur, muchas veces fuera de la región. Se incrementan los grandes centros comerciales colgados de las autovías y sin población en su entorno. Todo este proceso ha provocado una pérdida de utilización del transporte público y un aumento significativo del uso del vehículo privado. En la dos últimas décadas se ha producido en la región de Madrid desequilibrio territorial y segmentación social, falta de implicación de la sociedad en el territorio, dispersión del crecimiento y un incremento de los costes ambientales, sociales y económicos, situación, que solo, a través del uso racional del territorio se puede reconducir, apoyado en una planificación integrada sensible y participativa. ABSTRACT In Madrid the model of land occupation in the past two decades has been driven by market supply factors rather than the needs of the population. This results in a consumption of land and resources that leads to unsustainable overexploitation. Addressing this issue must be done through sensitive and participatory integrated planning. Global cities are experiencing rapid and intense change based on the emerging paradigms of globalization, governance, metropolization and the dispersion of activities in the territory. Through this context, a closer look will be taken at the London and Paris plans as well as the tentative plans of Madrid. Globalization causes the loss of state sovereignty and the competitiveness among global cities in Europe; London, Paris and Madrid. These are centres of power, concentration and growth where the duality of space is produced, and where inequality plays a part in urban restructuration. There are concentrated areas of poverty versus areas with a new emerging class where the services sector and information technologies are dominant. The introduction of ICTs contributes to a more homogeneous flow of information leading, us to the concept of governance. Against neoliberal urban development based on free market regulations and efficiency criteria as established by the “New Public Management”, emerge new ways where society administers itself through voluntary and responsible actions to promote collective interests by recognizing their own identity. A new model of public-private partnerships surfaces that is based on mutual trust, transparency, information and a stable regulatory framework in light of territorial exploitation by the “extractive society” that generates corruption. Throughout this process, European metropolitan regions become motors of growth where administrative boundaries are overcome in an ever expanding territory where government is organized through cooperative processes to provide services that protect against regional imbalances. Urban sprawl or low-density development as seen in peripheral shopping centres, the off-shoring of low added-value activities to the periphery, and the concentration of business and top management functions in the centre, leads to a fragmentation of the territory in automobile dependent islands and a process of social exclusion brought on by the disappearance of high incomes. Another effect is the elimination of low income populations from urban centres. In consequence, discontinuous expansions and mono-functional places that lack identity materialize supported by a highway network and high resource consumption. Studying the culture of urban planning in Europe provides better insight into different approaches to spatial planning and the process of convergence between different regions. EU documents are based on the need of competitiveness for European growth and social cohesion. In relation to polycentric development territory they are based on a necessity to solve the dualism between field and city, balanced access to infrastructures, prudent management of nature and solidifying heritage and identity Two levels of study unfold, the first being the current plans of London and Île-de-France and the second being the evolution of tentative plans for the Madrid region as related to emerging paradigms and how this is reflected in documents. The London Plan is strategic with a long-term vision that focuses on operation, the role of the mayor as a pivotal leader, and the adaptability to changing circumstances brought on by the uncertainties of a global city. Its development is conceived through collaboration and cooperation between governments and stakeholders. The document structure is flexible, providing guidance and indicative guidelines on how to draft local plans so they are not binding, and it contains scarce graphic representation. The Plan of Paris takes on a more physical form and is similar to plans of other European centres. It emphasizes sectors and territories, using extensive information, and is more characteristic of a “Latin Plan” as seen in its detailed graphic expression. However, it also contains a strategic vision. Binding in its determinations and policy, it proposes advancement but also prohibition. Both plans address the international competitiveness of urban centres, social equality, inclusion of all social groups and housing as issues of human dignity. London raises governance and cooperation between public and private sector and the need for cooperation with neighbouring regions. In Paris, the relations are more institutionalized highlighting vertical collaboration between administrations. Both propose nodes of densification served by public transportation, soft modes and the use of TOD, the preservation of a hierarchical green infrastructure, and enhancing the landscape in urban peripheries. The tentative territorial plans for the Madrid region provide evidence that they were subject to economic cycles. The first document of master guidelines (1984) does not address either economic or demographic growth in the mid term and therefore does not propose the modification of the radio-concentric model. It is a rigid plan focused on rural and urban recovery and the dimensioning of growth that depends on endowments and infrastructures. It advocates government intervention and promotes small business. The plan emphasizes social imbalance in terms of income, marginalization of certain social groups, the imbalance of residence/employment and excessive density. It stresses the need for social rent housing for the underprivileged, promotes public land, and the supports rail accessibility to the central area. It backs facilities of proximity and small size, enhancing the landscaping of city borders, controlling illegal activities and draws out guidelines for urban planning. The strategies (1989) contain a vision: Changing the territorial model through public intervention by means of projects. They bring to light economic restructuring of territory, the reconversion of the productive apparatus, relocation of low value-added activities, and greater ubiquity of economic activity. They also propose the diffusion of centrality towards southern territories, balancing it with the north in an attempt to reset employment and residence that integrates peripheral economic development both in the periphery and the centre. Transport would consolidate the project, changing the radius-concentric model and facilitating mobility through a commuter and inter-modality network. The plan derives itself from the leadership of the minister and does not integrate sectors such as environment. It also does not incorporate the existence of a written document that monitors performance to evaluate the effects of policies and their contribution to the territorial balance. The Preparatory Document of the Bases, (1995) is more a compendium, or plan of plans, that compiles analysis and proposals from previous documents and sectorial plans from other departments. It has a dual structure: An integrating physical plan covering the sectors and territories that includes the previous strategies while adding some strengths. One such point is the urban discomfort and the rehabilitation of the centre. It also poses the achievement of environmental balance through the growth of existing cities, the territorial linking based on mobility, strengthening new centres, improving the liveability and comprehensive rehabilitation of downtown Madrid, and the modernization of the existing production network. There is no one powerful idea that binds this document. This is due to the recognition of an existing concentrate and congestive model, a dual urban centre, two eastern and southern suburbs suffering from urban decay, and an obsolescent productive north and west whose dispersion threatens the environmental balance. Relevant aspects the document highlights are increasing polarization and social segregation, industrial relocation, the emergence of service activities to centralized companies in metropolitan areas and the dispersion of economic activities in the territory by the trivialization of car use. It proposes making the city from the suburban sprawl and its connection to the metropolitan system through a network of integrated and complementary cities in search of a better balance and territorial solidarity. The Bases of PRET (1997) aims to start the consultation process that must underpin the development of the plan. It stems from a compact and diverse Mediterranean city along with the need for economic activities, services and residences that are close. To resolve the issue, it presents a powerful network of public transport that allows integrated accessibility to the territory. The flow of residence to the periphery based on a foreign model of detached housing and an employment concentration in the centre produces territorial imbalance. Madrid always opted for the densification of the central space, producing its congestion, against the development of new land that would allow its territorial expansion. The document states that the necessity to preserve the values of the housing problem is not only viewed as social, but also economic due to the loss of jobs resulting from their paralysis. It notes the residential growth in the regional border due to the low price of land and argues that the policy of supply has led to a fragmented model of growth that is unbalanced, unstructured, with strong infrastructure and facility deficits that affect the spatial segregation of income and aggravate the lack of morphological identity, uprooting urban values. The pressure on the territory caused its densification due to space limitation; the proposed grid model causes land consumption and infrastructure to solve a non-problem, density. Focusing on limiting the weight of public intervention, it does not raise proposals for public-private cooperation. The biggest discrepancy is that the targets were innovative and mostly align with the proposals in London and Paris. However, it proposes to be implemented through a shift towards a uniform gridded model that is expansive over territory. During the last two decades, due to the absence of a regional plan, a neoliberal stance held exclusive control of the legality of urban planning. The municipalities entered a competition process to take advantage of initial economic benefits of such growth. This provided a “solid” economic base for some municipalities with limited resources in their municipal budgets. The law was amended without a legal stable framework at the request of stakeholders. The character of the plan is lost not only regionally, but also in the sectors and municipal planning. This tends to be based on specific changes with the loss of an urban model. Environmental protection is organized through an extensive number of protection figures with diverse competencies that prevent its effective protection. This process squanders the use of the land, backed by increasing road infrastructure, dispersed occupations with low-density growth causing a social segmentation due to space duality based on income levels. During the housing boom, there is a reduction in social public housing policy mostly due to a boost in the market of housing production for average incomes than in rental policies for needy social groups that focus on disadvantaged neighbourhoods and southern suburbs. As a result, there is an increase in single-family housing, often protected by public policy. This is located primarily in the west in areas of high environmental value such as Guadarrama. There is also cheaper housing due to the popularization of typology in the border region. There, territory works as a mono-functional islands. Financial activities and advanced services for companies are located to the north and west where industrial activity is lost as it migrates south, often outside the region. The number of large shopping centres hanging off the highway infrastructure with little to no surrounding population increases. This process leads to the loss of dependency on public transport and a significant increase in the use of private vehicles. The absence of regional planning has produced more imbalance, more social segmentation, more dispersed growth and a lot of environmental, social and economic costs that can only be redirected through rational territorial.

Effects of inspections in small world social networks with different contagion rules

Inspections are used to prevent tax evasion or any other unlawful behavior. ? The effect of inspections depends on the network topology and the contagion rule. ? The network is modeled as a Watts?Strogatz Small World that is tuned from regular to random. ? Two contagion rules are applied: continuous and discontinuous. ? The equilibrium populations of payers and evaders are obtained in terms of these system parameters.

Solution structure of a 142-residue recombinant prion protein corresponding to the infectious fragment of the scrapie isoform

The scrapie prion protein (PrPSc) is the major, and possibly the only, component of the infectious prion; it is generated from the cellular isoform (PrPC) by a conformational change. N-terminal truncation of PrPSc by limited proteolysis produces a protein of ≈142 residues designated PrP 27–30, which retains infectivity. A recombinant protein (rPrP) corresponding to Syrian hamster PrP 27–30 was expressed in Escherichia coli and purified. After refolding rPrP into an α-helical form resembling PrPC, the structure was solved by multidimensional heteronuclear NMR, revealing many structural features of rPrP that were not found in two shorter PrP fragments studied previously. Extensive side-chain interactions for residues 113–125 characterize a hydrophobic cluster, which packs against an irregular β-sheet, whereas residues 90–112 exhibit little defined structure. Although identifiable secondary structure is largely lacking in the N terminus of rPrP, paradoxically this N terminus increases the amount of secondary structure in the remainder of rPrP. The surface of a long helix (residues 200–227) and a structured loop (residues 165–171) form a discontinuous epitope for binding of a protein that facilitates PrPSc formation. Polymorphic residues within this epitope seem to modulate susceptibility of sheep and humans to prion disease. Conformational heterogeneity of rPrP at the N terminus may be key to the transformation of PrPC into PrPSc, whereas the discontinuous epitope near the C terminus controls this transition.

Continuous and lurching traveling pulses in neuronal networks with delay and spatially decaying connectivity

Propagation of discharges in cortical and thalamic systems, which is used as a probe for examining network circuitry, is studied by constructing a one-dimensional model of integrate-and-fire neurons that are coupled by excitatory synapses with delay. Each neuron fires only one spike. The velocity and stability of propagating continuous pulses are calculated analytically. Above a certain critical value of the constant delay, these pulses lose stability. Instead, lurching pulses propagate with discontinuous and periodic spatio-temporal characteristics. The parameter regime for which lurching occurs is strongly affected by the footprint (connectivity) shape; bistability may occur with a square footprint shape but not with an exponential footprint shape. For strong synaptic coupling, the velocity of both continuous and lurching pulses increases logarithmically with the synaptic coupling strength gsyn for an exponential footprint shape, and it is bounded for a step footprint shape. We conclude that the differences in velocity and shape between the front of thalamic spindle waves in vitro and cortical paroxysmal discharges stem from their different effective delay; in thalamic networks, large effective delay between inhibitory neurons arises from their effective interaction via the excitatory cells which display postinhibitory rebound.

Architecture of the Nuclear Periphery of Rat Pachytene Spermatocytes: Distribution of Nuclear Envelope Proteins in Relation to Synaptonemal Complex Attachment Sites

The nucleus of spermatocytes provides during the first meiotic prophase an interesting model for investigating relationships of the nuclear envelope (NE) with components of the nuclear interior. During the pachytene stage, meiotic chromosomes are synapsed via synaptonemal complexes (SCs) and attached through both ends to the nuclear periphery. This association is dynamic because chromosomes move during the process of synapsis and desynapsis that takes place during meiotic prophase. The NE of spermatocytes possesses some peculiarities (e.g., lower stability than in somatic cells, expression of short meiosis-specific lamin isoforms called C2 and B3) that could be critically involved in this process. For better understanding of the association of chromosomes with the nuclear periphery, in the present study we have investigated the distribution of NE proteins in relation to SC attachment sites. A major outcome was the finding that lamin C2 is distributed in the form of discontinuous domains at the NE of spermatocytes and that SC attachment sites are embedded in these domains. Lamin C2 appears to form part of larger structures as suggested by cell fractionation experiments. According to these results, we propose that the C2-containing domains represent local reinforcements of the NE that are involved in the proper attachment of SCs.

Unusual horizontal transfer of a long interspersed nuclear element between distant vertebrate classes

We have shown previously by Southern blot analysis that Bov-B long interspersed nuclear elements (LINEs) are present in different Viperidae snake species. To address the question as to whether Bov-B LINEs really have been transmitted horizontally between vertebrate classes, the analysis has been extended to a larger number of vertebrate, invertebrate, and plant species. In this paper, the evolutionary origin of Bov-B LINEs is shown unequivocally to be in Squamata. The previously proposed horizontal transfer of Bov-B LINEs in vertebrates has been confirmed by their discontinuous phylogenetic distribution in Squamata (Serpentes and two lizard infra-orders) as well as in Ruminantia, by the high level of nucleotide identity, and by their phylogenetic relationships. The horizontal transfer of Bov-B LINEs from Squamata to the ancestor of Ruminantia is evident from the genetic distances and discontinuous phylogenetic distribution. The ancestor of Colubroidea snakes is a possible donor of Bov-B LINEs to Ruminantia. The timing of horizontal transfer has been estimated from the distribution of Bov-B LINEs in Ruminantia and the fossil data of Ruminantia to be 40–50 My ago. The phylogenetic relationships of Bov-B LINEs from the various Squamata species agrees with that of the species phylogeny, suggesting that Bov-B LINEs have been maintained stably by vertical transmission since the origin of Squamata in the Mesozoic era.

A zinc finger-containing papain-like protease couples subgenomic mRNA synthesis to genome translation in a positive-stranded RNA virus

The genome expression of positive-stranded RNA viruses starts with translation rather than transcription. For some viruses, the genome is the only viral mRNA and expression is regulated primarily at the translational level and by limited proteolysis of polyproteins. Other virus groups also generate subgenomic mRNAs later in the reproductive cycle. For nidoviruses, subgenomic mRNA synthesis (transcription) is discontinuous and yields a 5′ and 3′ coterminal nested set of mRNAs. Nidovirus transcription is not essential for genome replication, which relies on the autoprocessing products of two replicase polyproteins that are translated from the genome. We now show that the N-terminal replicase subunit, nonstructural protein 1 (nsp1), of the nidovirus equine arteritis virus is in fact dispensable for replication but crucial for transcription, thereby coupling replicase expression and subgenomic mRNA synthesis in an unprecedented manner. Nsp1 is composed of two papain-like protease domains and a predicted N-terminal zinc finger, which was implicated in transcription by site-directed mutagenesis. The structural integrity of nsp1 is essential, suggesting that the protease domains form a platform for the zinc finger to operate in transcription.

SfiI endonuclease activity is strongly influenced by the non-specific sequence in the middle of its recognition site

The SfiI endonuclease cleaves DNA at the sequence GGCCNNNN↓NGGCC, where N is any base and ↓ is the point of cleavage. Proteins that recognise discontinuous sequences in DNA can be affected by the unspecified sequence between the specified base pairs of the target site. To examine whether this applies to SfiI, a series of DNA duplexes were made with identical sequences apart from discrete variations in the 5 bp spacer. The rates at which SfiI cleaved each duplex were measured under steady-state conditions: the steady-state rates were determined by the DNA cleavage step in the reaction pathway. SfiI cleaved some of these substrates at faster rates than other substrates. For example, the change in spacer sequence from AACAA to AAACA caused a 70-fold increase in reaction rate. In general, the extrapolated values for kcat and Km were both higher on substrates with inflexible spacers than those with flexible structures. The dinucleotide at the site of cleavage was largely immaterial. SfiI activity is thus highly dependent on conformational variations in the spacer DNA.

Does the granular matter?

Granular materials, such as sand, gravel, powders, and pharmaceutical pills, are large aggregates of macroscopic, individually solid particles, or “grains.” Far from being simple materials with simple properties, they display an astounding range of complex behavior that defies their categorization as solid, liquid, or gas. Just consider how sand can stream through the orifice of an hourglass yet support one's weight on the beach; how it can form patterns strikingly similar to a liquid when vibrated, yet respond to stirring by “unmixing” of large and small grains. Despite much effort, there still is no comprehensive understanding of other forms of matter, like ordinary fluids or solids. In what way, therefore, is granular matter special, and what makes it so difficult to understand? An emerging interdisciplinary approach to answering these questions focuses directly on the material's discontinuous granular nature.

The physiological significance of β-actin mRNA localization in determining cell polarity and directional motility

β-actin mRNA is localized near the leading edge in several cell types, where actin polymerization is actively promoting forward protrusion. The localization of the β-actin mRNA near the leading edge is facilitated by a short sequence in the 3′ untranslated region, the “zip code.” Localization of the mRNA at this region is important physiologically. Treatment of chicken embryo fibroblasts with antisense oligonucleotides complementary to the localization sequence (zip code) in the 3′ untranslated region leads to delocalization of β-actin mRNA, alteration of cell phenotype, and a decrease in cell motility. To determine the components of this process responsible for the change in cell behavior after β-actin mRNA delocalization, the Dynamic Image Analysis System was used to quantify movement of cells in the presence of sense and antisense oligonucleotides to the zip code. It was found that net path length and average speed of antisense-treated cells were significantly lower than in sense-treated cells. Total path length and the velocity of protrusion of antisense-treated cells were not affected compared with those of control cells. These results suggest that a decrease in persistence of direction of movement and not in velocity results from treatment of cells with zip code-directed antisense oligonucleotides. To test this, direct analysis of directionality was performed on antisense-treated cells and showed a decrease in directionality (net path/total path) and persistence of movement. Less directional movement of antisense-treated cells correlated with a unpolarized and discontinuous distribution of free barbed ends of actin filaments and of β-actin protein. These results indicate that delocalization of β-actin mRNA results in delocalization of nucleation sites and β-actin protein from the leading edge followed by loss of cell polarity and directional movement.

Increased accommodation of nascent RNA in a product site on RNA polymerase II during arrest.

RNA polymerases encounter specific DNA sites at which RNA chain elongation takes place in the absence of enzyme translocation in a process called discontinuous elongation. For RNA polymerase II, at least some of these sequences also provoke transcriptional arrest where renewed RNA polymerization requires elongation factor SII. Recent elongation models suggest the occupancy of a site within RNA polymerase that accommodates nascent RNA during discontinuous elongation. Here we have probed the extent of nascent RNA extruded from RNA polymerase II as it approaches, encounters, and departs an arrest site. Just upstream of an arrest site, 17-19 nucleotides of the RNA 3'-end are protected from exhaustive digestion by exogenous ribonuclease probes. As RNA is elongated to the arrest site, the enzyme does not translocate and the protected RNA becomes correspondingly larger, up to 27 nucleotides in length. After the enzyme passes the arrest site, the protected RNA is again the 18-nucleotide species typical of an elongation-competent complex. These findings identify an extended RNA product groove in arrested RNA polymerase II that is probably identical to that emptied during SII-activated RNA cleavage, a process required for the resumption of elongation. Unlike Escherichia coli RNA polymerase at a terminator, arrested RNA polymerase II does not release its RNA but can reestablish the normal elongation mode downstream of an arrest site. Discontinuous elongation probably represents a structural change that precedes, but may not be sufficient for, arrest by RNA polymerase II.

A Schistosoma mansoni fatty acid-binding protein, Sm14, is the potential basis of a dual-purpose anti-helminth vaccine.

Molecular cloning of components of protective antigenic preparations has suggested that related parasite fatty acid-binding proteins could form the basis of the protective immune crossreactivity between the parasitic trematode worms Fasciola hepatica and Schistosoma mansoni. Molecular models of the two parasite proteins showed that both molecules adopt the same basic three-dimensional structure, consisting of a barrel-shaped molecule formed by 10 antiparallel beta-pleated strands joined by short loops, and revealed the likely presence of crossreactive, discontinuous epitopes principally derived from amino acids in the C-terminal portions of the molecules. A recombinant form of the S. mansoni antigen, rSm14, protected outbred Swiss mice by up to 67% against challenge with S. mansoni cercariae in the absence of adjuvant and without provoking any observable autoimmune response. The same antigen also provided complete protection against challenge with F. hepatica metacercariae in the same animal model. The results suggest that it may be possible to produce a single vaccine that would be effective against at least two parasites, F. hepatica and S. mansoni, of veterinary and human importance, respectively.

Análise da estrutura populacional e do desequilíbrio de ligação de um painel de acessos de sorgo: uma abordagem usando teoria da coalescência

A estrutura populacional e o desequilíbrio de ligação são dois processos fundamentais para estudos evolutivos e de mapeamento associativo. Tradicionalmente, ambos têm sido investigados por meio de métodos clássicos comumente utilizados. Tais métodos certamente forneceram grandes avanços no entendimento dos processos evolutivos das espécies. No entanto, em geral, nenhum deles utiliza uma visão genealógica de forma a considerar eventos genéticos ocorridos no passado, dificultando a compreensão dos padrões de variação observados no presente. Uma abordagem que possibilita a investigação retrospectiva com base no atual polimorfismo observado é a teoria da coalescência. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar, com base na teoria da coalescência, a estrutura populacional e o desequilíbrio de ligação de um painel mundial de acessos de sorgo (Sorghum bicolor). Para tanto, análises de mutação, migração com fluxo gênico e recombinação foram realizadas para cinco regiões genômicas relacionadas à altura de plantas e maturidade (Dw1, Dw2, Dw4, Ma1 e Ma3) e sete populações previamente selecionadas. Em geral, elevado fluxo gênico médio (Μ = m/μ = 41,78 − 52,07) foi observado entre as populações considerando cada região genômica e todas elas simultaneamente. Os padrões sugeriram intenso intercâmbio de acessos e história evolutiva específica para cada região genômica, mostrando a importância da análise individual dos locos. A quantidade média de migrantes por geração (Μ) não foi simétrica entre pares recíprocos de populações, de acordo com a análise individual e simultânea das regiões. Isso sugere que a forma pela qual as populações se relacionaram e continuam interagindo evolutivamente não é igual, mostrando que os métodos clássicos utilizados para investigar estrutura populacional podem ser insatisfatórios. Baixas taxas médias de recombinação (ρL = 2Ner = 0,030 − 0,246) foram observadas utilizando o modelo de recombinação constante ao longo da região. Baixas e altas taxas médias de recombinação (ρr = 2Ner = 0,060 − 3,395) foram estimadas utilizando o modelo de recombinação variável ao longo da região. Os métodos tradicional (r2) e via coalescência (E[r2 rhomap]) utilizados para a estimação do desequilíbrio de ligação mostraram resultados próximos para algumas regiões genômicas e populações. No entanto, o r2 sugeriu padrões descontínuos de desequilíbrio em várias ocasiões, dificultando o entendimento e a caracterização de possíveis blocos de associação. O método via coalescência (E[r2 rhomap]) forneceu resultados que pareceram ter sido mais consistentes, podendo ser uma estratégia eventualmente importante para um refinamento dos padrões não-aleatórios de associação. Os resultados aqui encontrados sugerem que o mapeamento genético a partir de um único pool gênico pode ser insuficiente para detectar associações causais importantes para características quantitativas em sorgo.

Inovação e indústria da moda: um modelo de inovação em estilos e tendências.

Este trabalho tem como intuito propor um modelo de inovação para a indústria da moda feminina. O modelo visa compreender o comportamento de estilos e tendências determinados e difundidos pelas empresas. A construção deste modelo é justificada pela contribuição que um estudo sobre inovação pode proporcionar à indústria da moda, a qual enfrenta baixos padrões de competitividade no mercado externo e interno. Além disso, embora existam muitos artigos sobre o assunto, poucos foram os modelos de inovação para a indústria da moda encontrados por esta pesquisa. Uma avaliação destes modelos indicou que existe espaço para a proposta de um modelo que aborde o comportamento de estilos e tendências ao longo do tempo. A estrutura de composição do modelo é sustentada por três pilares conceituais: teoria econômica neoschumpeteriana, modelos de inovação e modelos de inovação para a indústria da moda. A característica central do modelo é avaliar se existem estilos que permanecem em moda de maneira contínua ou descontínua. Como existe similaridade conceitual entre os estilos, no que se refere à identidade de gênero (androginia e feminilidade), foi efetuada uma aglutinação de alguns estilos dentro desta denominação. Nem todos os estilos se encaixaram nesta classificação. Então, estes estilos foram denominados como neutros. Como a pesquisa tem abordagem fenomenológica, qualitativa e longitudinal, foi adotada a metodologia hipotética dedutiva para a construção do modelo. Para verificação da validade das hipóteses foi usada uma análise exploratória dos dados por meio de estatística descritiva e decomposição da estrutura de variabilidade através de uma análise de componentes principais (PCA). Ambas as análises forneceram evidências a respeito das hipóteses em questão, as quais também foram testadas através de um teste binomial e de uma análise de variância multivariada por meio de permutações. Os resultados comprovaram que existem estilos que permanecem em moda de maneira contínua e que existem períodos de polarização das aglutinações de estilo.