Distributional profiles of homologous open reading frames among bacterial phyla: implications for vertical and lateral transmission

If open reading frames (ORFs) have been transmitted primarily by vertical descent, the distributional profile of orthologues of each ORF should be congruent with the organismal tree or a subtree thereof. Distributional patterns not reconciled parsimoniously with tree-like descent and loss are prima facie evidence of lateral gene transfer. Herein, a rigorous criterion for recognizing ORF distributions is described and implemented; it does not require the inference of phylogenetic trees, nor does it assume any specific tree. Because lineage-specific differences in rates of sequence change can also generate unexpected distributional patterns, rate artefacts, were controlled for by requiring pairwise matches between ORFs to exceed a rigorous inclusion threshold, but absence of a match was assessed against a more-permissive exclusion threshold. Applying this dual-threshold criterion to cross-domain and cross-phylum distributional patterns for ORFs in 23 bacterial genomes, a relative abundance of ORFs was observed that find a match in exactly seven other bacterial phyla; 94-99% of these ORFs also find matches among the Archaea and/or Eukarya. In the larger (and some smaller) bacterial genomes, ORFs that find matches in exactly one other bacterial phylum are also relatively abundant, but fewer of these have non-bacterial homologues; most of their matches within the Bacteria are to the Proteobacteria and/or Firmicutes, which cannot be sister lineages to all bacteria. ORFs that are neither distributed universally among the Bacteria, nor necessarily shared with topologically adjacent lineages, are preferentially enriched in large bacterial genomes.

A Poincare-Birkhoff-Witt commutator lemma for U-q[gl(m vertical bar n)]

We present and prove in detail a Poincare-Birkhoff-Witt commutator lemma for the quantum superalgebra U-q[gl(m\n)]. (C) 2003 American Institute of Physics.

Are wing size, wing shape and asymmetry related to field fitness of Trichogramma egg parasitoids?

The effects of wing shape, wing size, and fluctuating asymmetry in these measures oil the field fitness of T. nr. brassicae and T. pretiosum were investigated. Trichogramma wasps mass-reared on eggs of the factitious host Sitotroga cerealella were released in tomato paddocks and those females ovipositing on Helicoverpo spp. eggs were recaptured. Comparisons of the recaptured group with a sample from the release population were used to assess fitness. Wing data were obtained by positioning landmarks on mounted forewings. Size was then measured as the centroid size computed from landmark distances, while Procrustes analysis followed by principal component analysis was used to assess wing shape. Similar findings were obtained for both Trichogramma species: fitness of wasps was strongly related to wing size and some shape dimensions, but not to the asymmetries of these measures. Wasps which performed well in the field had larger wings and a different wing shape compared to wasps from the mass reared population. Both size and the shape dimensions were linearly associated with fitness although there was also some evidence for non-linear selection on shape. The results suggest that wing shape and wing size are reliable predictors of field fitness for these Trichogramma wasps.

Applying discrete element modelling to vertical and horizontal shaft impact crushers

The PFC3D (particle flow code) that models the movement and interaction of particles by the DEM techniques was employed to simulate the particle movement and to calculate the velocity and energy distribution of collision in two types of impact crusher: the Canica vertical shaft crusher and the BJD horizontal shaft swing hammer mill. The distribution of collision energies was then converted into a product size distribution for a particular ore type using JKMRC impact breakage test data. Experimental data of the Canica VSI crusher treating quarry and the BJD hammer mill treating coal were used to verify the DEM simulation results. Upon the DEM procedures being validated, a detailed simulation study was conducted to investigate the effects of the machine design and operational conditions on velocity and energy distributions of collision inside the milling chamber and on the particle breakage behaviour. (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.

gl(2 vertical bar 2) current superalgebra and non-unitary conformal field theory

Motivated by application of current superalgebras in the study of disordered systems such as the random XY and Dirac models, we investigate gl(2\2) current superalgebra at general level k. We construct its free field representation and corresponding Sugawara energy-momentum tensor in the non-standard basis. Three screen currents of the first kind are also presented. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Coorte retrospectiva de crianças e adolescentes, infectados pelo HIV por transmissão vertical, no Espírito Santo : comorbidades, mortalidade e sobrevida

INTRODUÇÃO: O diagnóstico e terapia antirretroviral precoce em lactentes, infectados pelo HIV por transmissão vertical, reduz a progressão do HIV e comorbidades que podem levar ao óbito. OBJETIVO GERAL: Avaliar o perfil clínico e epidemiológico em uma coorte de crianças e adolescentes com aids, infectados por transmissão vertical do HIV, por um período de onze anos, atendidos em hospital estadual de referência, no Estado do Espírito Santo. OBJETIVOS ESPECÍFICOS: 1. Descrever a frequência das comorbidades diagnosticadas após o diagnóstico de HIV e verificar sua distribuição, segundo dados demográficos, epidemiológicos e clínicos, e segundo a classificação dos casos em uma coorte de crianças e adolescentes com aids. 2. Avaliar os fatores preditores de risco de progressão para aids e óbito e causas de morte. 3. Estimar a taxa de sobrevida. MÉTODOS: Coorte retrospectiva de crianças e adolescentes infectados pelo HIV, por transmissão vertical (TV), atendidas no Serviço de Atendimento Especializado (SAE) do Hospital Infantil Nossa Senhora da Glória (HINSG), de janeiro 2001 a dezembro 2011, em Vitória – ES/Brasil. A coleta de dados foi realizada em protocolo específico padronizado, e dados sobre as comorbidades, mortalidade e sua causa básica foram obtidos dos prontuários médicos, da Declaração de Óbito e do banco de dados SIM (Sistema de Informação sobre Mortalidade). O diagnóstico de aids e comorbidades foi de acordo com CDC (Centers for Disease Control and Prevention)/1994. RESULTADOS: Foi arrolado um total de 177 pacientes, sendo 97 (55%) do sexo feminino; 60 (34%) eram menores de1ano, 67 (38%) tinham de 1 a 5 anos e 50 (28%) tinham6 anos ou mais de idade no ingresso ao serviço. A mediana das idades na admissão foi de 30 meses (Intervalo Interquartis (IIQ) 25-75%: 5-72 meses). Em relação à classificação clínico-imunológica, 146 pacientes (82,5%) apresentavam a forma moderada/grave no momento do ingresso no Serviço e 26 (14,7%) foram a óbito. Os sinais clínicos mais frequentes foram hepatomegalia (81,62%), esplenomegalia (63,8%), linfadenopatia (68,4%) e febre persistente (32,8%). As comorbidades mais frequentes foram anemia (67,2%), pneumonia/sepses/meningite - primeiro episódio (64,2%), OMA/sinusite recorrente (55,4%), infecções bacterianas graves recorrentes (47,4%) e dermatites (43,1%). Encontrou-se associação entre classificação clínico-imunológica grave e ingresso no serviço com menos de um ano de idade com algumas comorbidades (p<0,001). O tempo total do acompanhamento dos pacientes foi de 11 anos, com mediana de cinco anos (IIQ: 2-8 anos). No final do período estudado, 132 (74,6%) pacientes estavam em acompanhamento, 11 (6,2%) foram transferidos para outros serviços eem oito (4,5%) houve perda de seguimento. Quanto ao óbito, observou-se uma redução de casos ao longo do tempo. A maioria dos pacientes que foram a óbito deu entrada no serviço com classificação clínica imunológica grave (77%-20/26), apresentava anemia moderada/grave e estava em uso de terapia antirretroviral (TARV) por mais de 3 meses (17/24-71%).Os principais fatores de risco para o óbito foram: faixa etária < 1 ano (p=0,005), pneumonia por P. jirovecii (p=0,010), percentual de linfócito T CD4+ nadir <15% (p=0,012), anemia crônica (p=0,012), estágio clínico imunológico grave (p=0,003), infecções bacterianas graves recorrentes(p=0,003) e tuberculose (p=0,037). Ter iniciado TARV antes dos 6 meses de vida (diagnóstico e tratamento precoces) foi associado à sobrevida(OR 2,86, [Intervalo de Confiança (IC) de 95%: 1,12-7,25] p=0,027).O principal diagnóstico registrado para os óbitos foram infecções bacterianas graves (12/21-57%). Foi encontrada uma elevada taxa de sobrevida, com 85,3% de probabilidade de sobrevivência por mais de 10 anos (IC 95% 9,6-10,7). CONCLUSÕES: A maioria das crianças teve diagnóstico tardio da infecção pelo HIV aumentando o risco de progressão para aids e óbito por falta de tratamento precoce. A tendência de mortalidade das crianças infectadas pelo HIV se mostrou uma constante com queda nos dois últimos anos do estudo, e ainda persistem as infecções bacterianas como maior causa de óbito. Portanto, melhoria no cuidado pré-natal e acompanhamento pediátrico com vista ao diagnóstico precoce das crianças infectadas verticalmente devem fazer parte do cuidado integral à criança com aids, o que poderia reduzir a mortalidade destas crianças.

Uma solução da equação difusão-advecção com o termo contragradiente

Neste trabalho, apresenta­se uma solução para equação de difusão­advecção considerando o  termo  contragradiente  que  é um termo  adicional. Esse termo  adicional  contém informações  sobre a assimetria, escala de tempo Lagrangeana e velocidade turbulenta vertical. A solução  da equação foi obtida pela utilização da técnica de Transformada de Laplace, considerando a  Camada  Limite  Planetária  (CLP)  como  um  sistema  de  multicamadas.  Os  parâmetros  turbulentos foram derivados da teoria de difusão estatística de Taylor, combinada com a teoria  da similaridade. Assim, são apresentadas simulações para diferentes valores de assimetria, o  que  propiciou  a  obtenção  de  uma  concentração  de  contaminantes  em  diferentes  alturas,  em  uma  camada  limite  convectiva.  A  avaliação  do  desempenho  do  modelo,  considerando  a  assimetria  no  processo  de  dispersão  de  poluentes  atmosféricos, foi realizada  através  de  um  experimento  de  tanque  convectivo  tradicional.  Nesse  experimento,  o  termo  contragradiente  influenciou a concentração de poluentes para uma camada limite convectiva. Entretanto, com  as  parametrizações  utilizadas,  o  modelo  não  conseguiu  captar  de  forma  eficiente  o  comportamento da concentração em pontos mais distantes da fonte.

Proposta de medição da posição vertical da laringe em repouso

OBJETIVO: Esta pesquisa tem como objetivo propor uma forma de medir a posição vertical da laringe (PVL) no pescoço, em repouso, de adultos jovens sem queixas vocais. FORMA DE ESTUDO: Estudo de coorte transversal. MATERIAL E MÉTODO: Participaram da pesquisa 68 sujeitos, faixa etária de 18 a 44 anos de idade, sendo 33 do sexo feminino e 35 do sexo masculino. Os pontos de referência utilizados para a pesquisa foram os ângulos da mandíbula direito e esquerdo (AMD e AME), o centro do arco da cartilagem cricóidea (CC) e o centro da fúrcula esternal (FE). Para a obtenção das medidas, os sujeitos foram orientados a permanecerem sentados com a cabeça em hiperextensão máxima. Os materiais utilizados foram um compasso e uma régua de 20cm. RESULTADOS: A obtenção das medidas se mostrou ser de fácil realização e não apresentou qualquer tipo de desconforto aos participantes. Houve diferença estatisticamente significante entre os sexos feminino e masculino quanto à posição vertical da laringe, sendo que as mulheres apresentaram a laringe em posição mais alta que os homens. A posição vertical da laringe foi de fácil obtenção e parece ser um parâmetro muito interessante no acompanhamento clínico intra-sujeitos.

A política externa do Brasil no século XXI: os eixos combinados de cooperação horizontal e vertical

Avaliando a primeira década do século XXI, a política externa do Brasil tem passado por uma evolução significativa caracterizada por uma posição internacional e projeção de poder assertiva, dinamizando parcerias estratégicas com países desenvolvidos e emergentes. O objetivo deste artigo é analisar as prioridades desta agenda e os potenciais relacionados a estes esforços de cooperação bi e multilateral horizontal e vertical.

Proposta metodológica para o cálculo de espaçamento entre sulcos de mulching vertical

O mulching vertical é uma prática mecânica para contenção do escoamento superficial que, apesar de mostrar-se promissora, ainda se encontra em fase de validação. Assim, este estudo teve como objetivo propor e testar uma metodologia para o cálculo do espaçamento entre sulcos de mulching vertical, quanto à eficiência na redução das perdas de água, solo e nutrientes por escoamento superficial, em condições de campo. A pesquisa foi desenvolvida entre outubro de 2009 e março de 2010, durante o ciclo da cultura do milho (Zea mays), em uma área de semeadura direta consolidada. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados, com quatro repetições e seis tratamentos constituídos de sulcos de mulching vertical, construídos perpendicularmente ao declive, distribuídos em diferentes distâncias. Nas amostras de escoamento, foram analisados os seguintes atributos: volume de água perdido, massa de solo no sedimento e nutrientes no sedimento e na água de escoamento superficial. Não foram constatadas diferenças significativas para o efeito de tratamentos nas perdas de solo. De forma geral, os tratamentos com 0 e 5,4 m entre sulcos foram os mais eficientes em conter as perdas de água e de nutrientes (na água e no sedimento). Pela metodologia proposta e nas condições avaliadas, o mulching vertical não se mostrou eficiente em conter as perdas de água, solo e nutrientes por escoamento superficial.

Sistemas de automação e manutenção de edifícios: eficiência energética dos sistemas de elevação vertical para transporte de pessoas

O presente trabalho incide sobre a análise da eficiência energética dos elevadores. Para se poder entender esta questão, são apresentadas diversas informações que permitem conhecer os factores associados aos consumos de energia activa, procurando-se perceber qual o rendimento destes equipamentos. Inicialmente são analisados os diversos componentes, que fazem parte de um elevador e os locais em que esses componentes são instalados. Abordam-se as diferentes soluções de accionamento, os diversos tipos de utilização e as diferentes tecnologias que podem ser aplicadas. O estudo dos consumos de energia eléctrica dos elevadores, foi efectuado com base na metodologia desenvolvida pelo grupo E4, do programa Utilização Eficiente da Energia, da Comunidade Europeia, cujo suporte foi o DRAFT ISSO/DIS 25745 - 1 Energy Performance of Lifts and Escalators - Part 1: Energy Measurement and Conformance. Os consumos de energia eléctrica serão caracterizados com os elevadores a serem monitorizados individualmente e sem carga na cabina. A apresentação de resultados obtidos terá em linha de conta: a energia eléctrica consumida com o equipamento em modo de funcionamento, ou seja, com este a realizar ciclos completos, e a potência eléctrica consumida com a instalação em modo de standby, ou seja em não operação. No presente trabalho, são divulgados estudos do grupo E4, em que foram monitorizados elevadores em quatro países da Europa: Portugal, Alemanha, Itália e Polónia. Estes estudos permitem estimar os consumos anuais de energia eléctrica, a nível de funcionamento e a nível de standby e estimar o consumo total, seguindo como base a metodologia anteriormente referida. Para se caracterizar o parque Europeu de elevadores, o grupo E4 recorreu à ELA, Associação Europeia de Elevadores, tendo assim sido possível estimar o consumo anual numa Europa a 27, acrescido do parque da Suíça e da Noruega. Pretende-se com isso poder estimar o potencial de redução no consumo energético no parque analisado, com a aplicação das Melhores Tecnologias Disponíveis (MTD) e com a aplicação de tecnologias que ainda estão em fase de desenvolvimento. (MTND). Paralelamente o autor irá apresentar as monitorizações que efectuou a três elevadores, para os quais procurou validar as leituras efectuadas, comparando os consumos obtidos, com os consumos registados pelas monitorizações do grupo E4 e respectivas estimativas de consumos anuais de energia. As monitorizações do autor, serão utilizadas na catalogação desses três equipamentos a nível de classes de eficiência energética, tendo por base a VDI 4707/Part 1 - Lifts - Energy Efficiency - VDI manual Building Services - Volume 5: Transportation Systems. Procura-se, também, criar um método de apoio na tomada de decisão nas diversas fases de um ciclo do elevador, nomeadamente: desde a especificação, a selecção do sistema de accionamento, a selecção dos sistemas auxiliares, a instalação e a operação do elevador, com vista à melhoria da eficiência energética, e á instalação futura ou à modernização dos equipamentos existentes. Abordam-se as barreiras existentes que inibem a mudança no sector de elevação, para a implementação das MTD no parque de elevadores existente ou no desenvolvimento de novas tecnologias que possibilitem a melhoria da eficiência energética, MTND. Por ultimo, aborda-se de forma simples a temática da supervisão técnica nos elevadores, através da monitorização e supervisão dos diversos componentes, com vista à optimização da gestão da manutenção e procurando interligar esta gestão à melhoria da eficiência energética. Consegue-se concluir que apenas com a aplicação das MTD, podem ser obtidos ganhos de eficiência energética, e também que este tema não tem tido a importância que merece, pois, na análise da eficiência energética de um edifício, a eficiência dos elevadores não é tida em consideração. A ausência de legislação específica, que torne a análise da eficiência energética dos elevadores obrigatória, será um dos problemas referidos. Reforça-se que, a potencialidade de poupança energética na Europa não deve ser desprezada.

Monetary and fiscal policies interactions in a monetary union with country-size asymmetry

Within a country-size asymmetric monetary union, idiosyncratic shocks and national fiscal stabilization policies cause asymmetric cross-border effects. These effects are a source of strategic interactions between noncoordinated fiscal and monetary policies: on the one hand, due to larger externalities imposed on the union, large countries face less incentives to develop free-riding fiscal policies; on the other hand, a larger strategic position vis-à-vis the central bank incentives the use of fiscal policy to, deliberately, influence monetary policy. Additionally, the existence of non-distortionary government financing may also shape policy interactions. As a result, optimal policy regimes may diverge not only across the union members, but also between the latter and the monetary union. In a two-country micro-founded New-Keynesian model for a monetary union, we consider two fiscal policy scenarios: (i) lump-sum taxes are raised to fully finance the government budget and (ii) lump-sum taxes do not ensure balanced budgets in each period; therefore, fiscal and monetary policies are expected to impinge on debt sustainability. For several degrees of country-size asymmetry, we compute optimal discretionary and dynamic non-cooperative policy games and compare their stabilization performance using a union-wide welfare measure. We also assess whether these outcomes could be improved, for the monetary union, through institutional policy arrangements. We find that, in the presence of government indebtedness, monetary policy optimally deviates from macroeconomic to debt stabilization. We also find that policy cooperation is always welfare increasing for the monetary union as a whole; however, indebted large countries may strongly oppose to this arrangement in favour of fiscal leadership. In this case, delegation of monetary policy to a conservative central bank proves to be fruitful to improve the union’s welfare.

Stabilization constraints from different-average public debt levels in a Monetary Union with country-size asymmetry

In the sequence of the recent financial and economic crisis, the recent public debt accumulation is expected to hamper considerably business cycle stabilization, by enlarging the budgetary consequences of the shocks. This paper analyses how the average level of public debt in a monetary union shapes optimal discretionary fiscal and monetary stabilization policies and affects stabilization welfare. We use a two-country micro-founded New-Keynesian model, where a benevolent central bank and the fiscal authorities play discretionary policy games under different union-average debt-constrained scenarios. We find that high debt levels shift monetary policy assignment from inflation to debt stabilization, making cooperation welfare superior to noncooperation. Moreover, when average debt is too high, welfare moves directly (inversely) with debt-to-output ratios for the union and the large country (small country) under cooperation. However, under non-cooperation, higher average debt levels benefit only the large country.

Neutrinos and the Matter-Antimatters Asymmetry in the Universe

The discovery of neutrino oscillations provides a solid evidence for nonzero neutrino masses and leptonic mixing. The fact that neutrino masses are so tiny constitutes a puzzling problem in particle physics. From the theoretical viewpoint, the smallness of neutrino masses can be elegantly explained through the seesaw mechanism. Another challenging issue for particle physics and cosmology is the explanation of the matter-antimatter asymmetry observed in Nature. Among the viable mechanisms, leptogenesis is a simple and well-motivated framework. In this paper we briefly review these aspects, making emphasis on the possibility of linking neutrino physics to the cosmological bary asymmetry originated from leptogenesis.