Estimativas de herdabilidade para perímetro escrotal de animais da raça Nelore

Estimaram-se parâmetros genéticos e de ambiente para perímetro escrotal ao sobreano (PE) de 9.355 animais da raça Nelore. Foram considerados no modelo o efeito aleatório de animal e os efeitos fixos de grupo contemporâneo (GC) e os efeitos linear e quadrático das covariáveis idade ao sobreano (IDS) e peso ao sobreano ajustado aos 550 dias de idade (PSAJ). O grupo contemporâneo foi definido pelas variáveis: ano, estação e fazenda de nascimento, grupo de manejo ao nascimento, desmama e sobreano. As estimativas de herdabilidade foram 0,42 ± 0,04, quando considerados PSAJ e IDS como covariáveis; 0,41± 0,04, considerando-se PSAJ como covariável; e 0,35 ± 0,03, com apenas IDS como covariável.

Herdabilidades e correlações entre pesos do nascimento à idade adulta em rebanhos da raça Nelore

Dados de 19.458 animais da raça Nelore, nascidos entre 1975 e 2002 e pertencentes a oito fazendas participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), foram utilizados para estimar componentes de covariância, herdabilidade e correlações genéticas dos pesos ao nascimento, à desmama, ao sobreano e aos 2, 3 e 5 anos de idade. Utilizou-se o método da máxima verossimilhança restrita, em análises uni, bi e multicaracterísticas, com modelos que incluíram o efeito genético aditivo direto, como aleatório, além dos efeitos fixos de grupo de contemporâneos e os efeitos linear e quadrático da idade do animal à pesagem (com exceção do modelo para peso ao nascer) e da idade da mãe ao parto. O efeito aleatório de ambiente permanente materno também foi incluído nos modelos de análise do peso ao nascer, peso à desmama e peso ao sobreano e o efeito aleatório genético materno somente no modelo do peso à desmama. As herdabilidades estimadas em análise multicaracterística para os pesos ao nascer, à desmama, ao sobreano, aos 2, 3 e aos 5 anos de idade foram 0,25; 0,33; 0,34; 0,32; 0,33 e 0,35, respectivamente. As correlações genéticas estimadas entre os pesos foram positivas e de moderadas a altas magnitudes e tenderam a diminuir com o aumento da distância entre as pesagens, o que indica que a seleção para peso em qualquer idade deverá promover mudança genética nos pesos nas demais idades, inclusive no peso adulto de fêmeas da raça Nelore. As estimativas de herdabilidade obtidas na análise multicaracterística foram superiores, sobretudo para os pesos aos 3 e aos 5 anos de idade, o que sugere melhor partição das variâncias genética e de ambiente em comparação às análises uni e bicaracterísticas, porém a alta demanda de recursos computacionais em análises de muitas características pode ainda dificultar o uso dessas análises em grandes bancos de dados.

Mapping quantitative trait loci in Gallus gallus using principal components

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Modelos de regressão aleatória com diferentes estruturas de variância residual para descrever o tamanho da leitegada

Objetivou-se comparar modelos de regressão aleatória com diferentes estruturas de variância residual, a fim de se buscar a melhor modelagem para a característica tamanho da leitegada ao nascer (TLN). Utilizaram-se 1.701 registros de TLN, que foram analisados por meio de modelo animal, unicaracterística, de regressão aleatória. As regressões fixa e aleatórias foram representadas por funções contínuas sobre a ordem de parto, ajustadas por polinômios ortogonais de Legendre de ordem 3. Para averiguar a melhor modelagem para a variância residual, considerou-se a heterogeneidade de variância por meio de 1 a 7 classes de variância residual. O modelo geral de análise incluiu grupo de contemporâneo como efeito fixo; os coeficientes de regressão fixa para modelar a trajetória média da população; os coeficientes de regressão aleatória do efeito genético aditivo-direto, do comum-de-leitegada e do de ambiente permanente de animal; e o efeito aleatório residual. O teste da razão de verossimilhança, o critério de informação de Akaike e o critério de informação bayesiano de Schwarz apontaram o modelo que considerou homogeneidade de variância como o que proporcionou melhor ajuste aos dados utilizados. As herdabilidades obtidas foram próximas a zero (0,002 a 0,006). O efeito de ambiente permanente foi crescente da 1ª (0,06) à 5ª (0,28) ordem, mas decrescente desse ponto até a 7ª ordem (0,18). O comum-de-leitegada apresentou valores baixos (0,01 a 0,02). A utilização de homogeneidade de variância residual foi mais adequada para modelar as variâncias associadas à característica tamanho da leitegada ao nascer nesse conjunto de dado.

Estimação de parâmetros genéticos para a produção de leite no dia do controle e em 305 dias para primeiras lactações de vacas da raça Holandesa

Dados de 39.578 controles leiteiros de 3.766 primeiras lactações de vacas da raça Holandesa, ocorridas de 1994 a 2002, foram analisados com os objetivos de estimar parâmetros genéticos para as produções de leite no dia do controle (PLDC) e para a produção até 305 dias de lactação (P305) e comparar estes dois critérios de seleção. Os componentes de variância foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal univariado ou bivariado. Para as PLDC, os modelos incluíram o efeito aleatório genético aditivo, o efeito fixo de grupo contemporâneo e, como covariáveis, a idade da vaca ao parto (efeitos linear e quadrático) e os dias em lactação (efeito linear). Para a P305, foi utilizado o mesmo modelo, substituindo dias em lactação por duração da lactação. Os grupos de contemporâneos foram formados por ano, mês do controle e rebanho (para as PLDC) e por ano, época do parto e rebanho (para a P305). As herdabilidades estimadas para a P305 foram de 0,27 e 0,25 para as análises univariadas e bivariadas, respectivamente. Para as PLDC, as herdabilidades variaram de 0,11 a 0,31. Para o modelo bivariado (pelo qual avaliaram-se simultaneamente P305 e as PLDC), as herdabilidades para os controles (PLDC) foram menores, variando de 0,08 a 0,25. As maiores estimativas ocorreram para as produções do 4º e 5º controles, correspondendo aos 2º e 3º meses de lactação. As correlações genéticas entre P305 e os controles individuais foram positivas e elevadas, variando de 0,83 a 1,00. Os resultados indicaram que a seleção direta para P305, como tradicionalmente realizada, implicaria maiores ganhos genéticos para a produção de leite (PL) na maioria dos controles quinzenais. Além disso, a seleção direta para as produções parciais poderia proporcionar ganhos correlacionados também para a P305, mas estes ganhos seriam menores que os obtidos via seleção direta.

Analysis of the Stayability in Milk Buffaloes using Survival Models

In this study the trait Stayability (SA) was evaluated according to the year of cull after first calvin, i.e., SA 1 to 6 for 1 to 6 years from first calving in lactating females from bubaline milk herds spread in nine farms located in São Paulo state. Informations were used regarding 1027 lactating Murrah breed buffaloes. The statistical analyses were made using LIFEREG (SAS, 1999) procedure. The SA was evaluated using the fixed effects: farm production, birth year, calving season (Season 1- April to September and Season 2 October - March) and class of milk yield at 270 days. The age at first calving (AFC) was considered as a random effect. The mean observed for total milk yield was 1458.75Kg. Calving Season 2 encloses 65.6% of births. The means of cull age, in months, and the percentage of SA were, respectively: 10.69 e 69% (SA1), 19.30 e 63% (SA2), 26.4 e 54% (SA3), 33.15 e 42% (SA4), 38.53 e 36% (SA5) e 42.65 e 26% (SA6). It is verified that most of culls happens after the first lactation, among the sixth and eleventh month after first calving. It was observed that the factors: farm production, birth year and class of milk yield at 270 days affected significantly all SAs. Factors like calving season and the age at first calving (AFC) were only significant for SAL Being significant the factor AFC in level of 1% and factor time in 10%. For other SAs these factors were not statistically significant.

Bayesian outlier analysis in binary regression

We propose alternative approaches to analyze residuals in binary regression models based on random effect components. Our preferred model does not depend upon any tuning parameter, being completely automatic. Although the focus is mainly on accommodation of outliers, the proposed methodology is also able to detect them. Our approach consists of evaluating the posterior distribution of random effects included in the linear predictor. The evaluation of the posterior distributions of interest involves cumbersome integration, which is easily dealt with through stochastic simulation methods. We also discuss different specifications of prior distributions for the random effects. The potential of these strategies is compared in a real data set. The main finding is that the inclusion of extra variability accommodates the outliers, improving the adjustment of the model substantially, besides correctly indicating the possible outliers.

Estimativa da mudança genética na produção de leite e gordura em bovinos da raça Holandesa

The objective of this study was to estimate the genetic trends of the milk and fat yield in three herds maintained in São Paulo State, Brazil. The estimation of genetic, environmental and phenotypic trends were based on 716 first lactations. The cows were sired by 134 bulls. The statistical models included the fixed effects of herds, kind of gestation, season and year of the calving, age of the cow at calving, besides the random effect of the bulls. The statistical analyses, by the last squares method showed effects for bulls, herds and age of the cows on milk and fat yield. The genetic, environmental and phenotypic trends estimated were -10.20; 6.74 and -3.46 kg for milk yield and -1.90; 2.20 and 0.12 kg for fat yield.

Linhagem materna: Qual a sua influência em características pré e pós desmama em bovinos da raça Nelore?

The present work had as objective to evaluate the effects of the introduction of the maternal lineage (Lc), representing the mitochondrial inheritance, in the model of genetic evaluation on birth weight (BW), weight for 120 days (W120), weaning weight (WW), weight at 12 month (W12), weight at 18 month (W18), weight gain from weaning to 18 month (WG18), scrotal perimeter (SP) and temperament (TEMP) of a Brazilian Nelore herd. Two models had been used for raise a comparison among of estimates the (co)variances components and genetic parameter, been the first equal one to currently used in the genetic evaluations of this herd, and second included the random effect of maternal lineage. Amongst the analyzed characteristics, the maternal lineage effect was significant (P<0.05) for W18 and SP only it, where this effect was responsible for 3% and 7%, respectively, of phenotypic variance could be explained by Lc effect. For besides characteristics, however not significant, this effect was responsible for 1% and 9% of phenotypic variance.

Decreasing pH of mammary gland secretions is associated with parturition and is correlated with electrolyte concentrations in prefoaling mares

The objectives of this study were to determine pH of the mammary gland secretions and the corresponding electrolyte concentrations in prefoaling mares. Pregnant mares (seven primiparous and seven multiparous) were monitored daily from 310.320 days of gestation until parturition. Prefoaling mammary gland secretions were collected, and pH was immediately determined with a pH meter and pH strip test. An aliquot of prefoaling mammary secretions was frozen and stored until further analyses. After parturition, samples from day .4 to 0 (day of foaling) were thawed and electrolyte concentrations (ie, Ca2+, Mg2+, Na+, K+ and Cl-) were determined with an automated analyser. Data were analysed via a mixed model with the mare as a random effect. Correlations were determined between pH and electrolyte concentrations by the Pearson product-moment for each pair. There was significant reduction in pH of mammary secretions on the day of foaling (P<0.0001), and most mares (11/14) with a pH .7 foaled within 24 hours. There was high correlation between the two pH methods (r=0.93). Additionally, there were significant (P<0.05) increases in Ca2+ and K+ concentrations, and significant decreases in Na+ and Cl- concentrations from one day before to the day of foaling. The pH of mammary secretions was highly and significantly (P<0.001) correlated with Na + (r=0.87), Cl- (r=0.85), Ca2+ (r=-0.88); and K+(r=.0.80) concentrations, and moderately correlated with Mg 2+ (r=-0.58). Daily evening pH measure of the mammary gland secretions can predict foaling in most mares.

Estimates of genetic parameters and eigenvector indices for milk production of Holstein cows

The objectives of the present study were to estimate genetic parameters of monthly test-day milk yield (TDMY) of the first lactation of Brazilian Holstein cows using random regression (RR), and to compare the genetic gains for milk production and persistency, derived from RR models, using eigenvector indices and selection indices that did not consider eigenvectors. The data set contained monthly TDMY of 3,543 first lactations of Brazilian Holstein cows calving between 1994 and 2011. The RR model included the fixed effect of the contemporary group (herd-month-year of test days), the covariate calving age (linear and quadratic effects), and a fourth-order regression on Legendre orthogonal polynomials of days in milk (DIM) to model the population-based mean curve. Additive genetic and nongenetic animal effects were fit as RR with 4 classes of residual variance random effect. Eigenvector indices based on the additive genetic RR covariance matrix were used to evaluate the genetic gains of milk yield and persistency compared with the traditional selection index (selection index based on breeding values of milk yield until 305 DIM). The heritability estimates for monthly TDMY ranged from 0.12 ± 0.04 to 0.31 ± 0.04. The estimates of additive genetic and nongenetic animal effects correlation were close to 1 at adjacent monthly TDMY, with a tendency to diminish as the time between DIM classes increased. The first eigenvector was related to the increase of the genetic response of the milk yield and the second eigenvector was related to the increase of the genetic gains of the persistency but it contributed to decrease the genetic gains for total milk yield. Therefore, using this eigenvector to improve persistency will not contribute to change the shape of genetic curve pattern. If the breeding goal is to improve milk production and persistency, complete sequential eigenvector indices (selection indices composite with all eigenvectors) could be used with higher economic values for persistency. However, if the breeding goal is to improve only milk yield, the traditional selection index is indicated. © 2013 American Dairy Science Association.

Estimación de parámetros genéticos para producción de leche en el día de control en búfalas de primer parto

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Parâmetros genéticos para a mortalidade pré e pós-natal em bovinos da raça Nelore

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estimativas de parâmetros genéticos de características de carcaça, medidas por ultrassonografia, e suas relações com escores visuais na raça Nelore

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Interação genótipo ambiente sobre características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore

Pós-graduação em Genética e Melhoramento Animal - FCAV