Interrogation of individual intratumoral B lymphocytes from lung cancer patients for molecular target discovery.

Intratumoral B lymphocytes are an integral part of the lung tumor microenvironment. Interrogation of the antibodies they express may improve our understanding of the host response to cancer and could be useful in elucidating novel molecular targets. We used two strategies to explore the repertoire of intratumoral B cell antibodies. First, we cloned VH and VL genes from single intratumoral B lymphocytes isolated from one lung tumor, expressed the genes as recombinant mAbs, and used the mAbs to identify the cognate tumor antigens. The Igs derived from intratumoral B cells demonstrated class switching, with a mean VH mutation frequency of 4%. Although there was no evidence for clonal expansion, these data are consistent with antigen-driven somatic hypermutation. Individual recombinant antibodies were polyreactive, although one clone demonstrated preferential immunoreactivity with tropomyosin 4 (TPM4). We found that higher levels of TPM4 antibodies were more common in cancer patients, but measurement of TPM4 antibody levels was not a sensitive test for detecting cancer. Second, in an effort to focus our recombinant antibody expression efforts on those B cells that displayed evidence of clonal expansion driven by antigen stimulation, we performed deep sequencing of the Ig genes of B cells collected from seven different tumors. Deep sequencing demonstrated somatic hypermutation but no dominant clones. These strategies may be useful for the study of B cell antibody expression, although identification of a dominant clone and unique therapeutic targets may require extensive investigation.

Antibody deficiency due to a missense mutation in CD19 demonstrates the importance of the conserved tryptophan 41 in immunoglobulin superfamily domain formation.

Immunoglobulin superfamily (IgSF) domains are conserved structures present in many proteins in eukaryotes and prokaryotes. These domains are well-capable of facilitating sequence variation, which is most clearly illustrated by the variable regions in immunoglobulins (Igs) and T cell receptors (TRs). We studied an antibody-deficient patient suffering from recurrent respiratory infections and with impaired antibody responses to vaccinations. Patient's B cells showed impaired Ca(2+) influx upon stimulation with anti-IgM and lacked detectable CD19 membrane expression. CD19 sequence analysis revealed a homozygous missense mutation resulting in a tryptophan to cystein (W52C) amino acid change. The affected tryptophan is CONSERVED-TRP 41 located on the C-strand of the first extracellular IgSF domain of CD19 and was found to be highly conserved, not only in mammalian CD19 proteins, but in nearly all characterized IgSF domains. Furthermore, the tryptophan is present in all variable domains in Ig and TR and was not mutated in 117 Ig class-switched transcripts of B cells from controls, despite an overall 10% amino acid change frequency. In vitro complementation studies and CD19 western blotting of patient's B cells demonstrated that the mutated protein remained immaturely glycosylated. This first missense mutation resulting in a CD19 deficiency demonstrates the crucial role of a highly conserved tryptophan in proper folding or stability of IgSF domains.

Genetic diversity of entomopathogenic nematodes (Nematoda: Steinernematidae and Heterorhabditidae) and the nematode Bursaphelenchus xylophilus (Nematoda: Aphelenchoididae) from continental Portugal

“Diversidade genética dos nemátodes entomopatogénicos (Nematoda: Steinernematidae e Heterorhabditidae) e do nemátode Bursaphelenchus xylophilus (Nematoda: Aphelenchoididade) em Portugal continental” Os nematodes entomopatogénicos são utilizados como agentes de controlo biológico. Para compreender a sua diversidade, foi realizada uma prospecção em Portugal. Cinco espécies, nomeadamente Steinernema feltiae, S. intermedium, S. kraussei, Steinernema sp. e Heterorhabditis bacteriophora foram identificadas. As sequências de ITS, região D2D3 do 28S rRNA, COXI e cytb foram utilizadas para estudar a diversidade genética das duas espécies mais abundantes, S. feltiae and H. bacteriophora, não tendo sido encontradas diferenças significativas entre isolados. O nemátode da madeira do pinheiro, Bursaphelenchus xylophilus, provoca doença nos pinheiros tendo sido detectada pela primeira vez na Europa e em Portugal em 1999. Para avaliar a diversidade genética dos isolados Portugueses e identificar o padrão de propagação da doença, foram utilizadas a sequência da região IGS do 5.8S rRNA, e os genes cytb e cellulase, combinados com os padrões ISSR. Os padrões de ISSR mostraram elevada diversidade genética entre os recentes isolados Portugueses, sugerindo a possibilidade de uma nova introdução. As árvores filogenéticas dos genes da celulase e cytb sugeriram uma origem Asiática para os isolados Portugueses; ABSTRACT: Entomopathogenic nematodes are used as biocontrol agents. To understand their diversity, a survey was undertaken in Portugal. Five species, namely Steinernema feltiae, S. intermedium, S. kraussei, Steinernema sp. and Heterorhabditis bacteriophora were identified. The ITS, 28S rRNA D2D3 region, COXI and cytb sequences, used to study the genetic diversity of the two most abundant species, S. feltiae and H. bacteriophora, showed no significant differences among the isolates. Bursaphelenchus xylophilus causes severe disease in pine trees and was detected for the first time in Europe and in Portugal in 1999. To evaluate the genetic diversity of Portuguese isolates and identify disease spread pathways, the sequence of 5.8S rRNA IGS region, cytb and cellulase genes, combined with ISSR fingerprints were used. ISSR fingerprints show a high genetic variability among recent Portuguese isolates, suggesting the possibility of a new introduction. Phylogenetic trees based on cellulase and cytb genes suggests an Asian origin for Portuguese isolates.

A Case of Canine Borreliosis in Iran Caused by Borrelia persica

Tick-borne relapsing fever is an endemic disease in Iran, with most cases attributed to infection by B. persica, which is transmitted by Ornithodoros tholozani soft ticks. Here, we report spirochetemia in blood of a puppy residing in Tehran, Iran. The causative species was identified by use of highly discriminative IGS sequencing; the 489 bp IGS sequence obtained in our study showed 99% identity (100% coverage) when compared with Borrelia persica sequences derived from clinical cases or from Ornithodoros tholozani ticks. Our IGS sequence also showed 99% similarity over 414 bp (85% coverage) with a strain from a domestic dog, and 96% over 328 bp (69% coverage) with a strain from a domestic cat. Pet-keeping in cosmopolitan cities like Tehran has become increasingly popular in recent years. Animals are often transported into the city in cages or cardboard boxes that might also harbour minute tick larvae and/or early stages of the nymphs bringing them into the urban environment. This may pose a threat to household members who buy and keep these puppies and as a result may come into close contact with infected ticks.

Análise de estratégias de processamento de dados GPS

Nos últimos anos, a rede de estações GPS permanentes tem crescido de forma sustentada em todo o mundo. Também em Portugal existe um número cada vez maior de estações permanentes, a maior parte das quais ligadas a instituições públicas e universidades. O volume de dados produzido por estas redes implica a criação de procedimentos automáticos de processamento de observações com metodologias adequadas. Tendo como objectivo principal processar os dados GPS provenientes de uma rede de estações da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL), foi elaborado um sistema de processamento automático de observações para um conjunto alargado de estações. A rede é constituída por estações IGS (Madrid, Maspalomas, Ponta Delgada, San Fernando e Villa Franca del Campo), por estações EUREF (Cascais, Vila Nova de Gaia e Lagos) e estações da FCUL (Flores, Graciosa, Santa Maria, Instituto de Meteorologia da Madeira, Observatório Astronómico de Lisboa Norte, Observatório Astronómico de Lisboa Sul). O processamento de observações GPS foi feito com recurso ao Bernese Processing Engine, uma componente do Bernese GPS Software 4.2, e foram utilizadas diferentes estratégias que incluem a modificação do ângulo de máscara, a determinação de gradientes troposféricos e a inclusão do efeito de carga oceânica. Neste trabalho são analisadas várias séries temporais e discutidas as vantagens e desvantagens de cada uma das estratégias utilizadas.

Phylogenetic insights of Avena genus based on genomic analysis of 45S rDNA molecular organization

Tese de mestrado. Biologia (Biologia Molecular e Genética). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Aspectos biológico-pesqueros de la Lisa Mugil cephalus L. en el litoral peruano

La lisa Mugil cephalus, es uno de los recursos que sustentan la pesquería artesanal en el Perú; a pesar de su importancia, escasos son los estudios relacionados con su biología. Con el objeto de determinar su biología y pesquería, se analizan las cifras de desembarques de las Estadísticas de la Pesquería Marina (Flores et al., 1994) de los años 1980 a 1992, las cifras de captura por artes de pesca obtenidas por la pesca artesanal en once caletas del litoral peruano entre los años 1986 y 1988, y, para el estudio de los aspectos biológicos, la información de los Laboratorios Costeros del IMARPE: Paita (05°05 ' S), Callao (12°03 'S), Pisco (13°44 'S) e Ilo (17°38.4 'S), periodo 1979 a 1992. La lisa se distribuye en toda la costa del Perú con mayores volúmenes de captura en el norte del país (5° a 7° S); en el sur, los valores suelen ser bajos. En Paita los ejemplares capturados se encontraron por encima de la talla mínima reglamentaria de captura (35 cm), mientras que en Callao, Pisco e Ilo, por debajo de la misma. La longitud media a la cual el 50% de individuos alcanza su primera madurez es 29 cm y 34 cm al primer desove. Los valores de índice gonadosomático (IGS), indican que la lisa desova en primavera-verano. El análisis de la relación peso-longitud separada por sexos en las zonas de Paita, Callao, Pisco e Ilo mostró que las hembras alcanzaron mayores pesos que los machos a la misma longitud. En ambos sexos se evidenció un crecimiento isométrico.

Aspectos reproductivos de la anchoveta peruana durante el periodo 1992-2000

Se colectaron y se analizaron con métodos histológicos, ovarios de anchoveta adulta(> 12 cm LT), para comparar algunos parámetros reproductivos: fracción desovante parcial por mes (FDPM),fecundidad parcial (FP), factor de condición (FC) e índice gonadosomático (IGS), durante años normales y años El Niño. El material se obtuvo del monitoreo de las pesquerías en los puertos de desembarque desde mayo 1992 hasta abril 2000, además de once cruceros de evaluación de biomasa de anchoveta entre 1997 y 2000. La FDPM mostró una buena correlación directa con elGS (R = 0,89), pero una correlación inversa con el FC (R=0,7). Este factor comparado con la temperatura superficial del mar (TSM) mensual presentó una baja correlación (R =0,4), pero ésta fue mayor cuando se comparó con la desviación estándar de la TSM mensual (R = -0,7) . Este resultado confirmó que la estación de desove coincidió con el periodo de menor variabilidad de la TSM. En relación a El Niño 1997-98,la anchoveta respondió con una estación de desove más corta, un retraso en máximo de desove una reducción de la FP.

Evaluación de la capacidad y condición reproductiva de la Merluza (Merluccius gayi peruanus)

Se estudia los aspectos más significativos de la biología reproductiva de la merluza Merluccius gayi peruanus, información que puede servir como punto de partida para la determinación del stock desovante, mediante la aplicación del método de producción de huevos. El material estuvo constituido por 210 ejemplares colectados en setiembre de 1987 a bordo de los barcos de arrastre costero con base en el Puerto de Paita y de información biológica proveniente de los muestreos que se efectuaron en el Laboratorio Regional de Paita, entre enero de 1984 y diciembre de 1986. El análisis de las gónadas. determinado por la distribución de frecuencias de los diámetros ovulares y por observaciones histológicas, señalan a la merluza como una especie de desarrollo ovocitario asincrónico lo que le dá el carácter de desovador parcial. Se comprobó que el IGS, es el complemento numenco que mejor describe, en forma empírica, la actividad sexual; el análisis mensual permitió d-eterminar que en los años de 1984- 1986 el desove principal se produjo en invierno-primavera, sin observarse muy definido el pico secundario correspondiente a los meses de verano. Mediante el recuento de oocltos hidratados, se pudo determinar la fecundidad modal que alcanza valores promedio de 117 227. Se determinó el peso gonadal como la variable para estimar la fecundidad por su mayor correlación.

Comunidad bentónica del chanque Concholepas concholepas en el litoral de Tacna, Perú. 2007

El estudio se realizó en octubre 2007, en el banco natural Meca-Las Lozas al norte de la Región Tacna. La longitud peristomal de C. concholepas varió de 27 a 109 mm, promedio 53,96 mm y moda principal 54 mm; 98,8% de los ejemplares menores a la talla comercial; proporción sexual de 1,0♂♂:1,1♀♀; IGS de 1,53%. Población estimada en 4.821.922 individuos; con densidad media de 4 ind/m2. Biomasa total estimada en 254,1 t, biomasa media de 0,218 kg/m². La macrofauna bentónica de invertebrados asociados al chanque incluyó 69 taxa de 11 phyla. La diversidad varió entre 1,78 y 2,58 bits/ind., el índice de predominio varió entre 0,54 a 0,78.

Biología y pesquería del perico o dorado Coryphaena hippurus, febrero 2010

La prospección para evaluar la biología y pesquería de Coryphaena hippurus perico o dorado, se efectuó del 10 de febrero al 1 de marzo 2010, a bordo del BIC Imarpe V. El área de extracción fue de 4°59’32,8’’ a 10°15’20,1’’S y de 79°55’16,2’’ a 84°35’04,2’’W; la captura total fue 1.500,5 kg. La CPUE varió de 0,9 a 18,2 kg/Nº Anzuelos/1000*hora efectiva de pesca. Se encontró alta selección interespecífi ca del espinel superfi cial, al capturar 87,8% de perico y 8 especies de peces, tortugas y cefalópodos. El rango de tallas para hembras fue 79 - 141 cm de LT, en machos fue 100 - 157 cm LT. El factor de condición de Fulton en machos varió de 0,30 a 0,46 y en hembras de 0,32 a 0,40. Se determinó para hembras: L∞=148,92 cm, tasa de crecimiento anual (K) 1,081, se estimó t0 = -0,076 años, el Índice de performance Ǿ= 4,38; para machos, estos parámetros fueron L∞=169,75 cm, tasa de crecimiento anual (K) de 0,893, t0 = -0,115, índice de performance Ǿ= 4,40. La curva de crecimiento en talla para hembras, indica que a un año de edad la LT es 102,4 cm y en machos 107 cm. El máximo crecimiento en peso para hembras y machos fue a 1,5 años de vida. El Índice gonadosomático (IGS) fl uctuó de 3,2 a 4,6 mostrando comportamiento heterogéneo. La proporción sexual fue de 2:1 favorable a las hembras. La fecundidad parcial fue de 324.416 ovocitos por tanda de desove. La fecundidad relativa fue 56 ovocitos/ gramo de peso corporal. El tipo de alimento fue peces, cefalópodos y crustáceos con dominancia de Exocoetus volitans (%IRI = 31,6), Argonauta spp. (%IRI = 26,4) mostrando variaciones según zonas y tallas. El consumo de alimento fue 472,7 g/ind./día correspondiente a 7,4% de su peso corporal, presentando fl uctuaciones con respecto a la talla; alimentándose en horas de la mañana, con un máximo entre las 8:00 y 9:59 horas. Se encontraron 5.762 parásitos, identifi cándose 8 especies en cuatro taxas. La prevalencia parasitaria indica que Tentacularia coryphaenae y Bathycotyle coryphaenae alcanzan el 100%, seguido por Hysterothylacium sp. 62% y Caligus coryphaenae 46%. El mayor número de parásitos se encontró en el estómago. Los peces entre 96–100 cm de LT son los más parasitados. La mayor incidencia parasitaria se encontró en la zona norte, en el tramo Paita-Salaverry. Los registros de temperatura en la columna de agua fueron de 12,7 a 27,3 °C y las ATSM de 0,2 a 4,1 °C. Por el frente oceánico se observaron comportamientos térmicos cálidos asociados a las masas de Aguas Ecuatoriales Superfi ciales y Aguas Subtropicales Superfi ciales y por la zona costera se localizaron Aguas Costeras Frías tanto en Chimbote como en Chicama con temperaturas próximas a 22,0 °C. La concentración de oxígeno disuelto superfi cial se presentó favorable para el perico.

Anomalías de los índices reproductivos de anchoveta Engraulis ringens en relación al ambiente

Con la finalidad de calcular el impacto de una condición cálida o fría sobre la reproducción de la anchoveta, se analiza el comportamiento de las anomalías de los índices reproductivos (Índice gonadosomático (IGS), Fracción desovante (FD), Índice del contenido graso (CG) y Factor de condición (FC) como una manera de visualizar el efecto del ambiente sobre la reproducción de los recursos, lo que se verá reflejado directamente en los índices reproductivos.

Marine yeasts — a review

Yeasts are ubiquitous in their distribution and populations mainly depend on the type and concentration of organic materials. The distribution of species, as well as their numbers and metabolic characteristics were found to be governed by existing environmental conditions. Marine yeasts were first discovered from the Atlantic Ocean and following this discovery, yeasts were isolated from different sources, viz. seawater, marine deposits, seaweeds, fish, marine mammals and sea birds. Nearshore environments are usually inhabited by tens to thousands of cells per litre of water, whereas low organic surface to deep-sea oceanic regions contain 10 or fewer cells/litre. Aerobic forms are found more in clean waters and fermentative forms in polluted waters. Yeasts are more abundant in silty muds than in sandy sediments. The isolation frequency of yeasts fell as the depth of the sampling site is increased. Major genera isolated in this study were Candida, Cryptococcus, Debaryomyces and Rhodotorula. For biomass estimation ergosterol method was used. Classification and identification of yeasts were performed using different criteria, i.e. morphology, sexual reproduction and physiological/biochemical characteristics. Fatty acid profiling or molecular sequencing of the IGS and ITS regions and 28S gene rDNA ensured accurate identification.

Proyecto de investigación: Vida y Muerte Empresarial, estudios empíricos de perdurabilidad, empresas perdurables saludables, Premio Empresario Colombiano al Año, Mariposa Lorenz, Caso: Productos Ramo S.A.

La Universidad del Rosario, junto a la facultad de Administración, anualmente hace entrega del Premio "Mariposa de Lorenz" al empresario más destacado del año, por su dirección estratégica, eficiencia operacional, responsabilidad social y ética empresarial. Este premio se realiza con el propósito de reconocer la perdurabilidad de las empresas colombianas. Para esta investigación se hizo un análisis del Caso - Productos Ramo S.A. Empresa que en el año 2007 recibió este premio - la cual tenía como fin estudiar el por qué la empresa había sido escogida como ganadora tomando 3 disciplinas de la administración: dirección, gerencia e internacionalización, todas llevando un mismo hilo conductor a: la perdurabilidad. Los resultados obtenidos a los largo de toda la investigación llevaron a que la empresa ha sido perdurable gracias a la unión interna que ha mantenido a los largo de los años, fundamentada en políticas, valores y principios claros que han hecho de Productos Ramo S.A. Líderes en su sector.

Baltasar y el balón mágico : soñemos Europa con un cuento viajero.

Centros que han participado en el proyecto: Collège Joseph Durand (Montpezat, Francia), Collège de St. Cirgues (Montagne, Francia), IGS Thesdorf (Pinnegerg, Alemania), Offene Hauptschule (Viena, Austria), Scuola Média Statale 'Don Carlo Gnocchi' (Lavagna, Italia), Escola Básica 'D. Pedro IV' (Queluz, Portugal), C.P. 'Ntra. Sra. de la Soledad (Aceuchal, España). Proyecto ideado por Jean-Marie Simon. Responsables del proyecto: Albert Salomon (Inspector de Relaciones Internacionales de la Academia de Grenoble, Francia) y Christine Duminy Sauzeau (Asesora literaria. Instituto Universitaire de Formation des Maîtres de Grenoble, Francia)