An MRI-based approach for the measurement of the dorsolateral prefrontal cortex in humans

The dorsolateral prefrontal cortex (DLPFC) has been implicated in the pathophysiology of mental disorders. Previous region-of-interest MRI studies that attempted to delineate this region adopted various landmarks and measurement techniques, with inconsistent results. We developed a new region-of-interest measurement method to obtain morphometric data of this region from structural MRI scans, taking into account knowledge from cytoarchitectonic postmortem studies and the large inter-individual variability of this region. MRI scans of 10 subjects were obtained, and DLPFC tracing was performed in the coronal plane by two independent raters using the semi-automated software Brains2. The intra-class correlation coefficients between two independent raters were 0.94 for the left DLPFC and 0.93 for the right DLPFC. The mean +/- S.D. DLPFC volumes were 9.23 +/- 2.35 ml for the left hemisphere and 8.20 +/- 2.08 ml for the right hemisphere. Our proposed method has high inter-rater reliability and is easy to implement, permitting the standardized measurement of this region for clinical research applications. (C) 2009 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved.

Monitoring and isolation of blood dendritic cells from apheresis products in healthy individuals: a platform for cancer immunotherapy

The fundamental role of dendritic cells (DC in initiating and directing the primary immune response is well established. Furthermore, it is now accepted that DC may be useful in new vaccination strategies for preventing certain malignant and infectious diseases. As blood DC (BDC physiology differs from that of the DC homologues generated in vitro from monocyte precursors, it is becoming more relevant to consider BDC for therapeutic interventions. Until recently, protocols for the isolation of BDC were laborious and inefficient; therefore, their use for investigative cancer immunotherapy is not widespread. In this study, we carefully documented BDC counts, yields and subsets during apheresis (Cobe Spectra), the initial and essential procedure in creating a BDC isolation platform for cancer immunotherapy. We established that an automated software package (Version 6,0 AutoPBPC) provides an operator-independent reliable source of motionuclear cells (MNC for BDC preparation. Further, we observed that BDC might be recovered in high yields, often greater than 100% relative to the number of circulating BDC predicted by blood volume. An average of 66 million (range, 17-179) BDC per 10-1 procedure were obtained, largely satisfying the needs for immunization. Higher yields were possible on total processed blood volumes of 151. BDC were not activated by the isolation procedure and, more importantly, both BDC subsets (CD11c(+)CD123(low) and CD11c(-)CD123(high)) were equally represented. Finally, we established that the apheresis product could be used for antibody-based BDC immunoselection and demonstrated that fully functional BDC can be obtained by this procedure. (C) 2002 Published by Elsevier Science B.V.

Suporte a testes automáticos em aplicações web geradas com a OutSystems Platform

Dissertação de natureza científica para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

A semi-automatic approach to code smells detection

Eradication of code smells is often pointed out as a way to improve readability, extensibility and design in existing software. However, code smell detection remains time consuming and error-prone, partly due to the inherent subjectivity of the detection processes presently available. In view of mitigating the subjectivity problem, this dissertation presents a tool that automates a technique for the detection and assessment of code smells in Java source code, developed as an Eclipse plugin. The technique is based upon a Binary Logistic Regression model that uses complexity metrics as independent variables and is calibrated by expert‟s knowledge. An overview of the technique is provided, the tool is described and validated by an example case study.

Análise de complexidade de programas em ferramentas de apoio à decisão

Dissertação de mestrado em Engenharia de Sistemas

Development of an integrated approach to reliability management and operation

The research described in this thesis has been developed as a part of the Reliability and Field Data Management for Multi-component Products (REFIDAM) Project. This project was founded under the Applied Research Grants Scheme administered by Enterprise Ireland. The project was a partnership between Galway-Mayo Institute of Technology and Thermo King Europe. The project aimed to develop a system in order to manage the information required for reliability assessment and improvement of multi-component products, by establishing information flows within the company and information exchange with fleet users.

Avaluació de la tecnologia de les GPUs

En el projecte s’ha dut a terme un estudi sobre la tecnologia que aporten les targetes gràfiques (GPU) dins l’àmbit de programació d’aplicacions que tradicionalment eren executades en la CPU o altrament conegut com a GPGPU. S’ha fet una anàlisi profunda del marc tecnològic actual explicant part del maquinari de les targetes gràfiques i de què tracta el GPGPU. També s’han estudiat les diferents opcions que existeixen per poder realitzar els tests de rendiment que permetran avaluar el programari, quin programari està dissenyat per ser executat amb aquesta tecnologia i quin és el procediment a seguir per poder utilitzar-los. S’han efectuat diverses proves per avaluar el rendiment de programari dissenyat o compatible d’executar en la GPU, realitzant taules comparatives amb els temps de còmput. Un cop finalitzades les diferents proves del programari, es pot concloure que no tota aplicació processada en la GPU aporta un benefici. Per poder veure millores és necessari que l’aplicació reuneixi una sèrie de requisits com que disposi d’un elevat nombre d’operacions que es puguin realitzar en paral lel, que no existeixin condicionants per a l’execució de les operacions i que sigui un procés amb càlcul aritmètic intensiu.

ATS3-testausjärjestelmän evaluointi

Työ tehtiin Nokia Technology Platforms S60 Mobile Runtime-yksikölle. Työn tavoitteena oli evaluoida ATS3-testausjärjestelmä. ATS3-järjestelmällä voidaan automatisoida ohjelmistotestausta. Evaluoinnilla pyrittiin selvittämään voidaanko tuotekehitysvaiheessa oleva järjestelmä ottaa jo käyttöön vai vaatiiko se vielä lisäkehitystä. Työssä kerrotaan aluksi yleisesti ohjelmistotestauksesta. Siinä käydään läpi myös testausprosessin vaiheet sekä kerrotaan lyhyesti avuksi kehitetyistä työkaluista. Työssä kerrotaan myös ATS3-järjestelmän edeltäjien ominaisuuksista, sekä miten ne eroavat tarkastelun kohteena olevasta järjestelmästä. Varsinainen evaluointi alkoi tutustumalla ja asentamalla järjestelmä. Tämän jälkeen suoritettiin samat testit sekä ATS2.x-järjestelmässä että ATS3-järjestelmäss. Testauksen jälkeen analysoitiin testitulosten yhdenmukaisuuden perusteella, voidaanko siirtyä käyttömään ATS3-järjestelmää. Testitulokset olivat käytännässä yhdenmukaiset suoritettaessa testejä matkapuhelimessa, mutta emulaattoritestaus täytyi jättää väliin. Lukuisista yrityksistä sekä järjestelmän kehittäjän avusta huolimatta testejä ei onnistuttu suorittamaan ATS3-järjestelmän emulaattoriympäristössä. Näin ollen päädyttiin tulokseen, ettei järjestelmää voida ottaa vielä käytöön emulaattoritestauksessa, vaan se vaatii lisätutkimusta sekä perehtymistä järjestelmään.

Robust volume-targeted balanced steady-state free-precession coronary magnetic resonance angiography in a breathhold at 3.0 Tesla: a reproducibility study.

BACKGROUND: Transient balanced steady-state free-precession (bSSFP) has shown substantial promise for noninvasive assessment of coronary arteries but its utilization at 3.0 T and above has been hampered by susceptibility to field inhomogeneities that degrade image quality. The purpose of this work was to refine, implement, and test a robust, practical single-breathhold bSSFP coronary MRA sequence at 3.0 T and to test the reproducibility of the technique. METHODS: A 3D, volume-targeted, high-resolution bSSFP sequence was implemented. Localized image-based shimming was performed to minimize inhomogeneities of both the static magnetic field and the radio frequency excitation field. Fifteen healthy volunteers and three patients with coronary artery disease underwent examination with the bSSFP sequence (scan time = 20.5 ± 2.0 seconds), and acquisitions were repeated in nine subjects. The images were quantitatively analyzed using a semi-automated software tool, and the repeatability and reproducibility of measurements were determined using regression analysis and intra-class correlation coefficient (ICC), in a blinded manner. RESULTS: The 3D bSSFP sequence provided uniform, high-quality depiction of coronary arteries (n = 20). The average visible vessel length of 100.5 ± 6.3 mm and sharpness of 55 ± 2% compared favorably with earlier reported navigator-gated bSSFP and gradient echo sequences at 3.0 T. Length measurements demonstrated a highly statistically significant degree of inter-observer (r = 0.994, ICC = 0.993), intra-observer (r = 0.894, ICC = 0.896), and inter-scan concordance (r = 0.980, ICC = 0.974). Furthermore, ICC values demonstrated excellent intra-observer, inter-observer, and inter-scan agreement for vessel diameter measurements (ICC = 0.987, 0.976, and 0.961, respectively), and vessel sharpness values (ICC = 0.989, 0.938, and 0.904, respectively). CONCLUSIONS: The 3D bSSFP acquisition, using a state-of-the-art MR scanner equipped with recently available technologies such as multi-transmit, 32-channel cardiac coil, and localized B0 and B1+ shimming, allows accelerated and reproducible multi-segment assessment of the major coronary arteries at 3.0 T in a single breathhold. This rapid sequence may be especially useful for functional imaging of the coronaries where the acquisition time is limited by the stress duration and in cases where low navigator-gating efficiency prohibits acquisition of a free breathing scan in a reasonable time period.

Improving the Accuracy and Usability of Iowa Falling Weight Deflectometer Data, May 2013

This study aims to improve the accuracy and usability of Iowa Falling Weight Deflectometer (FWD) data by incorporating significant enhancements into the fully-automated software system for rapid processing of the FWD data. These enhancements include: (1) refined prediction of backcalculated pavement layer modulus through deflection basin matching/optimization, (2) temperature correction of backcalculated Hot-Mix Asphalt (HMA) layer modulus, (3) computation of 1993 AASHTO design guide related effective SN (SNeff) and effective k-value (keff ), (4) computation of Iowa DOT asphalt concrete (AC) overlay design related Structural Rating (SR) and kvalue (k), and (5) enhancement of user-friendliness of input and output from the software tool. A high-quality, easy-to-use backcalculation software package, referred to as, I-BACK: the Iowa Pavement Backcalculation Software, was developed to achieve the project goals and requirements. This report presents theoretical background behind the incorporated enhancements as well as guidance on the use of I-BACK developed in this study. The developed tool, I-BACK, provides more fine-tuned ANN pavement backcalculation results by implementation of deflection basin matching optimizer for conventional flexible, full-depth, rigid, and composite pavements. Implementation of this tool within Iowa DOT will facilitate accurate pavement structural evaluation and rehabilitation designs for pavement/asset management purposes. This research has also set the framework for the development of a simplified FWD deflection based HMA overlay design procedure which is one of the recommended areas for future research.

Improving the Accuracy and Usability of Iowa Falling Weight Deflectometer Data: Tech Transfer Summary, May 2013

This study aims to improve the accuracy and usability of Iowa Falling Weight Deflectometer (FWD) data by incorporating significant enhancements into the fully-automated software system for rapid processing of the FWD data. These enhancements include: (1) refined prediction of backcalculated pavement layer modulus through deflection basin matching/optimization, (2) temperature correction of backcalculated Hot-Mix Asphalt (HMA) layer modulus, (3) computation of 1993 AASHTO design guide related effective SN (SNeff) and effective k-value (keff ), (4) computation of Iowa DOT asphalt concrete (AC) overlay design related Structural Rating (SR) and kvalue (k), and (5) enhancement of user-friendliness of input and output from the software tool. A high-quality, easy-to-use backcalculation software package, referred to as, I-BACK: the Iowa Pavement Backcalculation Software, was developed to achieve the project goals and requirements. This report presents theoretical background behind the incorporated enhancements as well as guidance on the use of I-BACK developed in this study. The developed tool, I-BACK, provides more fine-tuned ANN pavement backcalculation results by implementation of deflection basin matching optimizer for conventional flexible, full-depth, rigid, and composite pavements. Implementation of this tool within Iowa DOT will facilitate accurate pavement structural evaluation and rehabilitation designs for pavement/asset management purposes. This research has also set the framework for the development of a simplified FWD deflection based HMA overlay design procedure which is one of the recommended areas for future research.

Desenvolupament d'una aplicació informàtica per a la gestió d'activitats d'investigació

Aquest projecte es dirigeix a tots aquells docents que gestionen informació d'activitats dinvestigació des de diferents eines tecnològiques i que precisen de connexió a Internet i de diverses Webs. Per centralitzar aquestes dades, neix TeachPro, un software automatitzat que gestiona i emmagatzema informació sobre les activitats de gestió per tal que l'usuari en disposi de manera ràpida i organitzada. Tot això, sense connexió a Internet. Les dades són gestionades mitjançant una interfície a partir de la qual l'usuari podrà consultar, afegir, modificar, o eliminar tota aquella informació que desitgi. Totes aquestes dades seran emmagatzemades en una base de dades local.

Taajuusmuuttajan ohjelmiston testaus

Tämän diplomityön tavoitteena oli kehittää menetelmiä ja ohjeitataajuusmuuttajan sulautetun ohjelmiston kehityksen aikaiseen testaukseen. Soveltuvia menetelmiä etsittiin tutkimalla laajasti kirjallisuutta sekä selvittämälläyrityksen testauskäytäntöä. Tutkittuja kirjallisuudesta löytyneitä menetelmä olivat testauskehykset, simulointi ja staattinen sekä automaattinen testaus. Kirjallisuudesta etsittiin myös menetelmiä, joiden avulla testausprosessia voidaan helpottaa tai muuten parantaa. Tällaisista menetelmistä tutkittiin muun muassa testidatan valintaa, testauslähtöistä kehitystä sekä testattavuuden parantamista. Lisäksi selvitettiin uudelleenkäytettävien testien ohjelmointiin soveltuvia ohjelmointikieliä. Haastatteluiden ja dokumentaation avulla saatiin hyvä käsitys yrityksessä vallitsevasta testauskäytännöstä sekä sen ongelmakohdista. Testauksen ongelmiksi havaittiin testausprosessin järjestelmällisyyden puute sekä tarve suunnittelijoiden testauskoulutukseen. Testausprosessin parantamiseksi esitetään moduulitestauskehyksen käyttöönottoa. Lisäksi suunnittelijoiden testauskoulutuksella arvioidaan olevan suuri vaikutus koko testausprosessiin. Testitapausten suunnitteluun esitetään menetelmiä, joiden avulla voidaan suunnitella kattavampia testejä.

Integrating testcase generator into Eclipse environment

Tämädiplomityö tutkii kuinka Eclipse -ympäristöä voidaan käyttää testitapausten generoinnissa. Eräs diplomityön pääaiheista on tutkia voidaanko olemassa olevilla Eclipsen komponenteilla parantaa symboolitietoutta, jotta testitapausten generointiin saataisiin lisää tietoa. Aluksi diplomityö antaa lyhyen katsauksen ohjelmistojentestaukseen, jotta lukija ymmärtää mitä ohjelmistotekniikan osa-aluetta diplomityö käsittelee. Tämän jälkeen kerrotaan lisää tietoa itse testitapausten generointiprosessista. Kun perusteet on käsitelty, tutustetaan lukija Eclipse -ympäristöön, mikä se on, mistä se koostuu ja mitä sillä voidaan tehdä. Tarkempaa tietoa kerrotaan Eclipsen komponenteista joita voidaan käyttää apuna testitapausten generoinnissa. Integrointi esimerkkinä diplomityössä esitellään valmiin testitapausgeneraattorin integrointi Eclipse -ympäristöön. Lopuksi Eclipse -pohjaista ratkaisua verrataan symboolitietouden sekä ajoajan kannalta aikaisempaan ratkaisuun. Diplomityön tuloksena syntyi prototyyppi jonka avulla todistettiin, että Eclipse - ympäristöön on mahdollista integroida testitapausgeneraattori ja että se voi lisätä symboolitietoutta. Tämätietouden lisäys kuitenkin lisäsi myös tarvittavaa ajoaikaa, joissakintapauksissa jopa merkittävästi. Samalla todettiin, että tällä hetkellä on menossa projekteja joiden tarkoituksena on parantaa käytettyjen Eclipse komponenttien suorituskykyä ja että tämä voi parantaa tuloksia tulevaisuudessa.

Laadullinen tutkimus ohjelmistotestauksen tehokkuuteen vaikutavista tekjöistä

Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää ohjelmistotestauksen tehokkuuteen vaikuttavia tekijöitä tutkimalla yritysten ohjelmistotestausta, hyviä toimintatapojasekä toiminnan ongelmia. Tutkimalla yritysten ohjelmistotestausta on mahdollista kehittää ohjelmistotestauksen tehokkuutta parantavia toimenpiteitä ja malleja. Tutkimuksen ensimmäisessä vaiheessa oli mukana 26 yritystä, joista valittiin viisi case-yritystä tutkimuksen jatkovaiheisiin. Työn teoriaosuudessa esitetään sekä ohjelmistotestauksen teoria että käytetyn tutkimusmenetelmän teoriaa. Tässä diplomityössä keskitytään valittuihin viiteen case-yritykseen. Näiden viiden yrityksen sekä aiemman vaiheen 26 yrityksen kohdalla tehtiin kvalitatiivinen tutkimus käyttäen grounded-teorian mukaista tutkimusmenetelmää. Tämän kvalitatiivisen eli laadullisen tutkimuksen näkökulmat perustuivat aiempiin teknologiaselvitysvaiheen tuloksiin. Tämän diplomityön näkökulmana oli prosessien kehittäminen. Työn tuloksena löytyi tekijöitä, joilla näyttää olevan vaikutuksia testauksen tehokkuuteen. Tulosten avulla pystytään muodostamaan parannusehdotuksia testauksen tehokkuuden parantamiseksi yhdessä tutkimushankkeen muiden osa-alueiden tulosten kanssa. Testauksen tehokkuuteen vaikuttavatprosessinäkökulmasta mm. aikataulupaineet, lisääntyvä monimutkaisuus sekä ulkoahankittujen ohjelmiston osien testaamisen hankaluus. Ongelmia voidaan ratkaistatestauksen aikaisella mukanaololla projekteissa, ohjelmistotuotannon luonteen huomioimisella testauksessa, testauksen priorisoinnilla sekä ulkoisten komponenttien testattavuuden parantamisella.