The mzTab Data Exchange Format: Communicating Mass-spectrometry-based Proteomics and Metabolomics Experimental Results to a Wider Audience.

The HUPO Proteomics Standards Initiative has developed several standardized data formats to facilitate data sharing in mass spectrometry (MS)-based proteomics. These allow researchers to report their complete results in a unified way. However, at present, there is no format to describe the final qualitative and quantitative results for proteomics and metabolomics experiments in a simple tabular format. Many downstream analysis use cases are only concerned with the final results of an experiment and require an easily accessible format, compatible with tools such as Microsoft Excel or R. We developed the mzTab file format for MS-based proteomics and metabolomics results to meet this need. mzTab is intended as a lightweight supplement to the existing standard XML-based file formats (mzML, mzIdentML, mzQuantML), providing a comprehensive summary, similar in concept to the supplemental material of a scientific publication. mzTab files can contain protein, peptide, and small molecule identifications together with experimental metadata and basic quantitative information. The format is not intended to store the complete experimental evidence but provides mechanisms to report results at different levels of detail. These range from a simple summary of the final results to a representation of the results including the experimental design. This format is ideally suited to make MS-based proteomics and metabolomics results available to a wider biological community outside the field of MS. Several software tools for proteomics and metabolomics have already adapted the format as an output format. The comprehensive mzTab specification document and extensive additional documentation can be found online.

All-Ireland Health Data Inventory. Part 1: Metadata for key data sources, version 1.0

The All-Ireland Health Data Inventory. Part 1 is a catalogue of key sources of health data in the Republic and Northern Ireland. It includes relevant datasets from the major information reviews, conducted in the North and South, in the past few years. Information is essential for informed decision making and service provision. This inventory draws together information sources to facilitate such decision making. The inventory is intended as a resource for health professionals, researchers and the general public, providing the first phase of a ‘one-stop’ catalogue of health data. The datasets have been catalogued using an expanding numbering system which will allow for the inclusion of future resources. The Institute of Public Health in Ireland is in the process of expanding the Inventory to include further data sources.

Generació de documents en application/pdf a partir d'una estructura XML

Aquesta memòria vol mostrar que la tecnologia XML és la millor alternativa per a afrontar el repte tecnològic existent en els sistemes d'extracció d'informació de les aplicacions de nova generació. Aquests sistemes, d'una banda, han de garantir la seva independència respecte dels esquemes de les bases de dades dels quals s'alimenten i, de l'altra, han de ser capaços de mostrar la informació en múltiples formats.

Estudi de com OWL amplia la funcionalitat d'RDF i aquest, a la seva vegada, d'XML

Aquest document explica com és aquesta web actual o sintàctica, basada en llenguatge HTML, i perquè no treu més profit de la ingent quantitat d'informació que conté. També explica d'una manera detallada quina és l'alternativa que la comunitat informàtica proposa per tal de superar aquests inconvenients.

Web semántica: RDF y SGBD que lo soportan

En aquest treball es fa una breu introducció a la web semàntica i el seu estat actual. S'analitzen els llenguatges que hi ha a la base del munt de recomanacions del World Wide Web Consortium (XML, XML Schema, RDF i RDF Schema) i s'examinen diferents sistemes de gestió de bases de dades que donen suport a les metadades, que són la base de la web semàntica.

Arctic warming will promote Atlantic-Pacific fish interchange

Throughout much of the Quaternary Period, inhospitable environmental conditions above the Arctic Circle have been a formidable barrier separating most marine organisms in the North Atlantic from those in the North Pacific(1,2). Rapid warming has begun to lift this barrier(3), potentially facilitating the interchange of marine biota between the two seas(4). Here, we forecast the potential northward progression of 515 fish species following climate change, and report the rate of potential species interchange between the Atlantic and the Pacific via the Northwest Passage and the Northeast Passage. For this, we projected niche-based models under climate change scenarios and simulated the spread of species through the passages when climatic conditions became suitable. Results reveal a complex range of responses during this century, and accelerated interchange after 2050. By 2100 up to 41 species could enter the Pacific and 44 species could enter the Atlantic, via one or both passages. Consistent with historical and recent biodiversity interchanges(5,6), this exchange of fish species may trigger changes for biodiversity and food webs in the North Atlantic and North Pacific, with ecological and economic consequences to ecosystems that at present contribute 39% to global marine fish landings.

Disseny i implementació d'un marc de treball de presentació amb XML per a aplicacions J2EE a partir del Framework Struts

L'objectiu principal d'aquest projecte és la separació total dels rols de programador i de dissenyador de vistes en el disseny d'aplicacions distribuïdes fetes mitjançant tecnologia J2EE, i també el suport d'una sola aplicació a diferents tipus de client i idiomes alhora, sense la necessitat de codi extra o específic per a aconseguir-ho.

Generació, actualització y consulta de bases de dades relacionals utilitzant XML (Servei d'emmagatzemament de dades a internet)

El que es vol, en aquest projecte, és generar una sèrie d'eines que permetin a una entitat externa d'interactuar en una base de dades relacional sense necessitat de coneixements específics sobre bases de dades. Quan es diu interactuar, s'hi inclou des de la creació de la base de dades fins a la consulta de la informació, passant per l'actualització d'aquesta base de dades.

Estudi de com OWL amplia la funcionalitat d' RDF i aquest, a la vegada d' XML.

L'objectiu general d'aquest treball és conèixer el concepte de web semàntica i aprofundir-hi, i també entendre els principis bàsics d'algunes de les tecnologies en què recolza: les ontologies, l'XML, l'RDF i l'OWL.

XML/XQuery Languages : estat de l'Art

Aquesta memòria vol introduir el lector dins del camp de l'XML, fent referència al mateix llenguatge XML i a l'anomenada família XML, formada per totes les tecnologies i els estàndards que estan relacionats amb l'XML i que en fan un llenguatge realment potent i versàtil.

Sistemes de BD XML natius : estat de l'art

Aquest projecte avalua l'estat actual dels sistemes de BD:XML natius que permeten desar i recuperar documents XML, i alhora els compara amb les solucions clàssiques adoptades per als SGBD relacionals, els quals afegeixen extensions (XML, per exemple) al capdamunt del model relacional.

Aplicació web per estructurar en XML la informació recollida durant les interaccions síncrones de Grups Virtuals

Dissenyar una aplicació web que permeti al client l'obtenció d'informació estructurada i de fàcil manipulació a partir de l'enregistrament de sessions xat que contindran les converses categoritzades exposades a la sessió.

Comparativa entre Xindice i eXist com a sistemes de bases de dades XML natives

Aquest TFC es basa en el desenvolupament d'un sistema informàtic que permeti fer cerques de persones dins una organització del tipus d'un institut de formació professional, en el qual s'imparteixin cicles formatius de grau mitjà i de grau superior, i batxillerat. La informació estarà desada en documents que incorporaran dades sobre els alumnes, els cursos i la relació que hi ha entre aquests alumnes i diferents organitzacions (per exemple, empreses on fan les seves pràctiques).

Bases de dades XML natives per gestionar documents MPEG-7

Aquest projecte estudia fonamentalment el llenguatge XML i l'ús que se'n fa com a mitjà per a compartir informació entre sistemes i aplicacions diferents, gràcies a la utilització del format text com a base de creació.

XML / XQuery Languages : estado del arte

Aquest treball fa un recull d'informació de l'estàndard XML i dels llenguatges de consultes XQuery, que són llenguatges de consultes dissenyats per a fer accessos a aquest tipus de dades.