Descubrimiento de información y minería de datos para la toma de decisiones en Biotecnología

En la actualidad la información es uno de los elementos de mayor valor agregado, más cuando es expresión novedosa y útil que permite acelerar el proceso de toma de decisiones o aumentar el conocimiento sobre determinados elementos. Los volúmenes de información que se generan en forma permanente (por ej. en el ámbito hospitalario, experimento genómicos, epidimeológicos, etc.) están creciendo considerablemente. El análisis y procesos diagnósticos exitosos implican la utilización de un número cada vez mayor de variables a asociar. Por otra parte, el formato digital está reemplazando cada vez más el papel en todos los ambientes, desde el empresarial hasta el de salud, pasando indudablemente por el de los experimentos científicos, particularmente los experimentos genéticos. Estos procesos de recolección o generación de información producen volúmenes tales que superan las capacidades humanas para analizarlas. Esta limitación se debe a varios factores, entre los que podemos mencionar, la disponibilidad en tiempo y la incapacidad de relacionar grandes volúmenes con eventos y una gran cantidad de variables. Entonces ¿Qué hacer con toda la información disponible? ¿Cómo extraer conocimiento de dicha información? El Descubrimiento de Información en Bases de Datos (DIBD) y las técnicas de Minería de Datos (MD) (entre las que podemos mencionar aquellas provenientes del campo de la Inteligencia Artificial, tales como los modelos Neuronales Artificiales) son metodologías asociadas, tendientes a resolver los problemas de la extracción de información novel y útil sobre un conjunto de datos y/o señales biomédicas. Este proyecto trata sobre el desarrollo y aplicación de metodologías de análisis de datos para el descubrimiento de información en bases de datos biológicas y biomédicas, tendientes a mejorar y/o desarrollar nuevas técnicas de diagnóstico, como también para el análisis de señales e información biomédica.

Valor prognóstico da ecocardiografia sob estresse com dipiridamol em mulheres

FUNDAMENTO: A ecocardiografia sob estresse é uma importante ferramenta diagnóstica e prognóstica na cardiopatia isquêmica. OBJETIVO: Avaliar a importância da ecocardiografia sob estresse com dipiridamol (EEDI) na investigação de isquemia miocárdica em mulheres e sua capacidade de predizer eventos combinados (morte cardiovascular, infarto agudo do miocárdio [IAM], angina instável, procedimentos de revascularização miocárdica [cirúrgica ou percutânea] em um seguimento médio de 16 meses. MÉTODOS: EStudo prospectivo, com utilização do protocolo de dipiridamol na dose de 0,84 mg em 10 minutos, associado à atropina (0,25 mg/min até 1,0 mg). RESULTADOS: Foram avaliadas 147 mulheres. A EEDI foi positiva em 14 pacientes (9,5%), negativa em 128 (87,1%) e inconclusiva em 5 (3,4%). Eventos ocorreram em 8 pacientes, 7 tinham EEDI positiva. Os outros 138 não tiveram eventos. Desses, 128 tinham EEDI negativa. A sensibilidade, a especificidade, a acurácia, os valores preditivos positivo e negativo do teste frente aos eventos foram respectivamente: 83%, 95%, 94%, 42% e 99%. A sobrevida livre de eventos para pacientes com EEDI negativa foi de 99,2%, comparada com 58% para EEDI positiva (p < 0,001). A análise univariada identificou o resultado do EEDI, o eletrocardiograma (ECG) basal, a fração de ejeção do VE, a dislipidemia, o índice de movimentação parietal do VE de repouso e pico, antecedentes de IAM, de revascularização miocárdica, como fatores prognósticos associados aos desfechos. Os resultados da EEDI e do ECG basal permaneceram com associação significativa com os desfechos na análise multivariada (p < 0,001). CONCLUSÃO: O ECG basal e o EEDI positivo foram variáveis independentes para a ocorrência de desfechos. O EEDI apresentou excelente valor preditivo negativo, confirmando sua utilidade na avaliação prognóstica em tais pacientes.

Correlação da composição de placas à histologia virtual com proteína C-reativa

FUNDAMENTOS: Estudos prévios demonstram que o principal determinante de vulnerabilidade da placa aterosclerótica é a sua composição. Recentemente, diversos métodos de imagens e marcadores laboratoriais têm sido investigados visando identificar lesões vulneráveis. O ultrassom com Histologia Virtual® (HV) permite a diferenciação e quantificação dos componentes da placa. Por sua vez, a proteína C-reativa (PCR) é apontada como importante preditor de eventos adversos. A correlação entre este marcador e as características da placa não é bem estabelecida. OBJETIVOS: Avaliar a constituição da lesão culpada em pacientes com síndrome coronária aguda (SCA) - conforme caracterizada pela HV - e investigar a relação dos componentes da placa com o marcador inflamatório PCR. MÉTODOS: Cinquenta e dois pacientes com SCA e com indicação de intervenção coronária percutânea foram submetidos a dosagens de PCR de alta sensibilidade antes e 24 horas após a ICP. Análise por ultrassom HV da lesão-alvo foi realizada antes da ICP. RESULTADOS: A média de idade foi de 55,3 ± 4,9 anos, sendo 76,9% homens, 67,3% hipertensos e 30,8% diabéticos. A área luminal mínima foi de 3,9 ± 1,3 mm², e a carga de placa de 69 ± 11,3%. Os componentes da placa foram assim identificados: fibrótico (59,6 ± 15,8%), fibrolipídico (7,6 ± 8,2%), cálcio (12,1 ± 9,2%), necrótico (20,7 ± 12,7%). Não observamos correlação entre os níveis basais de PCR ou a variação dentre os valores pré e pós-ICP com os componentes da placa. CONCLUSÃO: Neste estudo, a composição das placas pela HV foi predominantemente fibrótica, com alto conteúdo necrótico. Não foi encontrada correlação entre a PCR e os componentes da lesão culpada em pacientes com SCA.

Evaluation of the speed-oligo direct Mycobacterium tuberculosis assay for molecular detection of mycobacteria in clinical respiratory specimens.

We present the first evaluation of a novel molecular assay, the Speed-oligo Direct Mycobacterium tuberculosis (SO-DMT) assay, which is based on PCR combined with a dipstick for the detection of mycobacteria and the specific identification of M. tuberculosis complex (MTC) in respiratory specimens. A blind evaluation was carried out in two stages: first, under experimental conditions on convenience samples comprising 20 negative specimens, 44 smear- and culture-positive respiratory specimens, and 11 sputa inoculated with various mycobacterium-related organisms; and second, in the routine workflow of 566 fresh respiratory specimens (4.9% acid-fast bacillus [AFB] smear positives, 7.6% MTC positives, and 1.8% nontuberculous mycobacteria [NTM] culture positives) from two Mycobacterium laboratories. SO-DMT assay showed no reactivity in any of the mycobacterium-free specimens or in those with mycobacterium-related organisms. Compared to culture, the sensitivity in the selected smear-positive specimens was 0.91 (0.92 for MTC and 0.90 for NTM), and there was no molecular detection of NTM in a tuberculosis case or vice versa. With respect to culture and clinical data, the sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values for the SO-DMT system in routine specimens were 0.76 (0.93 in smear positives [1.0 for MTC and 0.5 for NTM] and 0.56 in smear negatives [0.68 for MTC and 0.16 for NTM]), 0.99, 0.85 (1.00 in smear positives and 0.68 in smear negatives), and 0.97, respectively. Molecular misidentification of NTM cases occurred when testing 2 gastric aspirates from two children with clinically but not microbiologically confirmed lung tuberculosis. The SO-DMT assay appears to be a fast and easy alternative for detecting mycobacteria and differentiating MTC from NTM in smear-positive respiratory specimens.

Dose de nitrogênio associada à produtividade de batata e índices do estado de nitrogênio na folha

O nitrogênio é um dos elementos de grande impacto na produtividade da batata, e seu efeito nas plantas pode ser avaliado por meio de técnicas de diagnóstico do estado nutricional. Este trabalho teve o objetivo de determinar a dose ótima econômica de N para a produção de tubérculos e estimar o nível crítico de índices do estado de N na folha de duas cultivares de batata. O experimento foi conduzido de maio a agosto de 2008, em delineamento em blocos ao acaso em esquema fatorial 4 x 2, sendo quatro doses de N (0, 100, 200 e 400 kg ha-1 de N, aplicadas em pré-plantio como ureia) e duas cultivares de batata (Ágata e Asterix), com quatro repetições. Aos 21 dias após a emergência foram determinadas a leitura SPAD e os teores de N e de clorofila na quarta folha a partir do ápice (QF). A produtividade de tubérculos comerciais aumentou até 45.065 e 46.500 kg ha-1 com o aumento da dose de N até 297 e 250 kg ha-1 para Ágata e Asterix, respectivamente. Para essas cultivares, a dose para obtenção da máxima eficiência econômica foi de 290 e 245 kg ha-1 de N, respectivamente. Nas duas cultivares, houve efeito positivo de doses de N sobre o índice SPAD e teores de N e de clorofila na QF. Os valores críticos foram de 40,5 e 43,7 para o índice SPAD, de 66,7 e 75,2 g kg-1 para o teor foliar de N e de 6,13 e 6,96 mg g-1 para o teor de clorofila total na matéria fresca das folhas, respectivamente, para Ágata e Asterix. Os valores da leitura do índice SPAD correlacionaram-se com os valores de clorofila total extraível na quarta folha e com a produção de tubérculos de batata, indicando a possibilidade de medir o valor SPAD aos 21 DAE para prognosticar a produtividade de tubérculos de batata.

Variaciones de la anatomía del nervio dentario inferior. Revisión bibliográfica

La correcta identificación del conducto dentario inferior o conducto mandibular, por el que discurre el nervio dentario inferior, es esencial cuando se precisa realizar cualquier intervención de Cirugía Bucal en la región mandibular posterior. En este artículo se revisa la literatura publicada referida a la anatomía del nervio dentario inferior y se relaciona con las diferentes técnicas de diagnóstico por la imagen (radiología y tomografía) así como con la disección anatómica de mandíbulas de cadáver, lo que nos permite conocer las variaciones en cuanto a la morfología, el recorrido del nervio dentario inferior por el interior de la mandíbula y sus relaciones con las diversas estructuras con las que entra en contacto.

Estudo comparativo das seqüências rápidas ponderadas em T2, utilizando-se sincronização respiratória, apnéia, supressão de gordura, bobina de corpo e bobina de sinergia para a avaliação do fígado pela ressonância magnética

OBJETIVO: Comparar, qualitativa e quantitativamente, as imagens de ressonância magnética do fígado, ponderadas em T2, utilizando-se seqüências rápidas, diferenciadas pela técnica de controle respiratório, pela utilização de supressão de gordura e pelo tipo de bobina de radiofreqüência. MATERIAIS E MÉTODOS: Estudo prospectivo em 71 pacientes consecutivos, sendo realizadas seis seqüências para comparação: 1) supressão de gordura com sincronização respiratória e bobina de corpo; 2) supressão de gordura em apnéia e bobina de corpo; 3) sem supressão de gordura com sincronização respiratória e bobina de corpo; 4) sem supressão de gordura em apnéia e bobina de corpo; 5) com supressão de gordura com sincronização respiratória e bobina de sinergia; 6) com supressão de gordura em apnéia e bobina de sinergia. A avaliação qualitativa foi baseada em três critérios: detecção de determinadas estruturas anatômicas do fígado, definição dos contornos hepáticos, e presença de artefatos de respiração. A análise quantitativa foi obtida através da relação das intensidades de sinal do fígado e do ruído de fundo. RESULTADOS: O valor médio dos índices globais de qualidade de imagem para cada uma das seis seqüências supracitadas foi de 7,8, 4,6, 7,9, 5,2, 6,7 e 4,6, respectivamente. As seqüências obtidas com sincronização respiratória apresentaram melhor qualidade de imagem e relação sinal/ruído superiores às seqüências com apnéia (p < 0,001). As seqüências realizadas com e sem supressão de gordura apresentaram qualidade de imagem e relação sinal/ruído semelhantes (p > 0,05). As seqüências obtidas com bobina de sinergia apresentaram qualidade de imagem semelhante (p > 0,05) e relação sinal/ruído inferior àquelas com bobina de corpo (p < 0,001). CONCLUSÃO: Associando-se as análises qualitativa e quantitativa das imagens, as melhores seqüências foram aquelas obtidas com sincronização respiratória e bobina de corpo, utilizando-se ou não supressão de gordura.

Avaliação das fístulas urogenitais por urorressonância magnética

OBJETIVO: As fístulas vesicovaginais e ureterovaginais são complicações incomuns, secundárias a doenças ou a cirurgias pélvicas. O sucesso terapêutico dessas fístulas depende de adequada avaliação pré-operatória para o diagnóstico e visualização do seu trajeto. Este trabalho tem o objetivo de demonstrar o potencial da urorressonância no diagnóstico das fístulas urogenitais e na visualização dos seus trajetos. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram analisados, retrospectivamente, os prontuários médicos e as imagens radiológicas e de urorressonância magnética de sete pacientes do sexo feminino com diagnóstico de fístula urogenital. Para a urorressonância foram realizadas seqüências 3D-HASTE com saturação de gordura. RESULTADOS: Seis pacientes apresentavam fístula vesicovaginal e uma paciente tinha diagnóstico de fístula ureterovaginal à direita. Com a utilização da urorressonância magnética, foi possível demonstrar o trajeto da fístula em seis das sete pacientes (85,7%), sem a necessidade de cateterização vesical ou da injeção de contraste. CONCLUSÃO: Este estudo demonstra o potencial e a aplicabilidade da urorressonância na avaliação dessas fístulas.

Precisão diagnóstica das doenças cirúrgicas nos exames por congelação

OBJETIVO: Avaliar o grau de precisão diagnóstica dos exames por congelação em diferentes sítios anatômicos realizados em um serviço universitário de patologia. MÉTODOS: Foi realizado estudo retrospectivo a partir de banco de dados informatizado de todos os exames por congelação. Estes diagnósticos foram comparados com os definitivos em parafina, utilizados como controles. Os exames foram distribuídos em três grupos: inconclusivos, concordantes e não concordantes, sendo este último subdivido em falsos positivos e falsos negativos. As principais indicações dos exames e os sítios anatômicos envolvidos com as divergências diagnósticas também foram analisados. RESULTADOS: Quatrocentas e trinta e três peças cirúrgicas foram submetidas a exames por congelação, sendo a principal indicação o diagnóstico da lesão (75,75%). Em 404 exames (93,30%) os diagnósticos das biópsias por congelação e em parafina foram concordantes. Em 20 (4,62%) casos os resultados das biópsias por congelação foram inconclusivos e em nove (2,08%) ocorreram falsos negativos. Não houve resultados falsos positivos. O principal órgão avaliado foi a tireoide (25,64%). Na análise global, a região do corpo mais relacionada com os diagnósticos inconclusivos por congelação foi a tireoide (sete casos) e em relação aos sítios específicos foram os pulmões/pleura/mediastino (13,33%). Pele foi o órgão que mais apresentou diagnósticos discordantes entre biópsias por congelação e em parafina. CONCLUSÃO: A acurácia da congelação de forma global foi de 93,30%; por sítios anatômicos específicos, a precisão diagnóstica variou de 86,67% a 100%.

Investigação e reprodução assistida no tratamento da infertilidade masculina

A infertilidade masculina afeta 10% dos casais em idade reprodutiva em todo o mundo e pode ser tratada em muitos casos. Além de outras etiologias bem documentadas como causadoras da infertilidade masculina, as causas genéticas cada vez mais têm sido diagnosticadas. Reconstrução microcirúrgica do trato reprodutivo ou varicocelectomia é preferível à captação de espermatozóides com fertilização in vitro e injeção intracitoplasmática de espermatozóides em homens vasectomizados ou com varicocele na ausência de fatores de risco para infertilidade feminina. Se ocorrer uma obstrução epididimária após a vasectomia ou se a mulher possuir uma idade avançada, a decisão para reconstrução microcirúrgica ou captação de espermatozóides com fertilização in vitro ou injeção intracitoplasmática de espermatozóides deve ser individualizada. Captação espermática com fertilização in vitro e injeção intracitoplasmática de espermatozóides é preferível ao tratamento cirúrgico quando o tratamento do fator feminino requer fertilização in vitro ou quando as chances de sucesso com a captação de espermatozóides e injeção intracitoplasmática de espermatozóides são superiores às chances com o tratamento cirúrgico.

Amenorréia e anormalidades do cromossomo X

OBJETIVO: correlacionar as manifestações clínicas de pacientes com amenorréia e anormalidades do cromossomo X. MÉTODOS: realizou-se uma análise retrospectiva dos achados clínicos e laboratoriais das pacientes com amenorréia e anormalidades do cromossomo X, atendidas entre janeiro de 1975 e novembro de 2007. Suas medidas antropométricas foram avaliadas através de tabelas de crescimento padrão, sendo que, quando presentes, dismorfias menores e maiores foram anotadas. O estudo dos cromossomos foi realizado através do cariótipo com bandamento GTG. RESULTADOS: do total de 141 pacientes com amenorréia, 16% apresentavam anormalidades numéricas e 13% estruturais do cromossomo X. Destas pacientes com anormalidade do X (n=41), 35 possuíam descrição clínica completa. Todas elas apresentavam hipogonadismo hipergonadotrófico. Amenorréia primária foi observada em 24 pacientes, das quais 91,7% com fenótipo de síndrome de Turner. Com exceção de um caso com deleção Xq22-q28, todas as demais pacientes com este fenótipo apresentavam alterações envolvendo Xp (uma com uma linhagem 46,XY associada). Os dois casos restantes com apenas amenorréia primária possuíam deleções proximais de Xq. Entre as 11 pacientes com amenorréia secundária, 54,5% apresentavam fenótipo de Turner (todas com monossomia do X isolada ou em mosaico). Entre aquelas com fenótipo de falência ovariana isolada observaram-se somente deleções Xq e trissomia do X. CONCLUSÕES: a análise cromossômica deve sempre ser realizada em mulheres com falência ovariana de causa não conhecida, mesmo na ausência de achados dismórficos. Esta também é de extrema importância em pacientes sindrômicas, pois, além de confirmar o diagnóstico, é capaz de identificar pacientes em risco, como nos casos com uma linhagem 46,XY.

Avaliação da maturidade pulmonar fetal pela contagem dos corpos lamelares no líquido amniótico

OBJETIVO: comparar o teste de contagem de corpos lamelares (CCL) no líquido amniótico com o teste da polarização fluorescente (PF) como parâmetro diagnóstico para avaliação da maturidade pulmonar fetal. MÉTODO: estudo transversal, analítico e controlado realizado com 60 gestantes atendidas no período de março de 2002 a dezembro de 2007. Foram colhidas amostras de líquido amniótico e realizados os testes de CCL e PF (TDxFLM II), considerados de referência, e comparados à presença ou ausência da Síndrome do Desconforto Respiratório (SDR). Foram estabelecidos valores de corte para maturidade de 30 mil corpos lamelares/µL para o teste da CCL e 55 mg/g de albumina para o PF. Foram avaliadas as características maternas e perinatais, a evolução neonatal e o desempenho dos testes diagnósticos para predição da maturidade pulmonar fetal. Na análise estatística, foram utilizadas medidas descritivas e calculados os valores referentes à sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e negativo dos testes, considerando-se significativos valores de p<0,05. RESULTADOS: a idade materna variou entre 15 e 43 anos, com média de 26,6 anos. A idade gestacional variou entre 24,3 e 41,6 semanas, com média de 35,1 semanas. A Síndrome do Desconforto Respiratório foi diagnosticada em 13,3% dos neonatos. As características perinatais, como peso, índice de Apgar, incidência de SDR, foram comparadas aos resultados dos testes de CCL e PF, sendo observada uma correspondência, estatisticamente significativa (p<0,05), entre os grupos de neonatos clinicamente classificados como imaturos e maduros em ambos os testes. Os testes foram concordantes em 68,3% dos casos. Quando se comparou o teste da PF com o teste da CCL, a sensibilidade foi de 100% para ambos, e a especificidade do teste da CCL foi superior (73,1%), quando comparado com o teste de PF (51,9%). O padrão-ouro para determinação da maturidade fetal é a ocorrência da SDR. O valor preditivo positivo do teste da CCL foi superior (36,4%) quando comparado ao teste da PF (24,2%) (p<0,05), sendo que o valor preditivo negativo foi de 100% para ambos os testes. CONCLUSÕES: este estudo demonstrou que o teste da CCL apresenta 100% de sensibilidade e especificidade superior ao teste de referência (PF). Além disso, a CCL é considerada um teste rápido, acessível, barato e factível em nossa realidade, podendo ser utilizado como teste confiável na predição da maturidade pulmonar fetal.

Endometriose em cicatriz cirúrgica: uma série de 42 pacientes

OBJETIVO: avaliar a frequência e o quadro clínico de pacientes com endometriose incisional. MÉTODOS: estudo retrospectivo descritivo a partir da revisão de prontuários de pacientes submetidas à ressecção de nódulos em cicatriz cirúrgica na Faculdade de Medicina do ABC, no período de novembro de 1990 a setembro de 2003. A idade, a paridade, o número de cesáreas, os sintomas, a localização do tumor, o diagnóstico inicial, o tratamento e a recorrência foram relatados e analisados. Os resultados foram representados por porcentagem, média e desvio padrão. RESULTADOS: foram encontrados 42 pacientes com diagnóstico de endometriose em cicatriz. Dos 42 casos, 37 eram de endometriose em cicatriz de cesárea; 3 casos em episiotomia e 2 casos em ápice vesical aderido à histerorrafia. A média de idade das pacientes foi de 32,4 anos com desvio padrão de ±6,2 anos. Todas tinham como antecedente cirúrgico exclusivo o parto, e a queixa principal foi nodulação com dor perimenstrual em 40% dos casos. Em 57% das pacientes, a avaliação clínica foi complementada pelo exame de ultrassonografia pélvica ou transvaginal. As pacientes foram tratadas com ressecção completa do nódulo e a recidiva ocorreu em apenas dois casos. CONCLUSÃO: a endometriose em cicatriz cirúrgica é incomum; entretanto, tem diagnóstico inicial fácil se o quadro clínico for conhecido. O tratamento eficaz é cirúrgico.

Detecção de Citomegalovírus Humano e Herpesvírus Simples tipo 2 em amostras cervicais

OBJETIVO: Testar a presença de DNA de Citomegalovírus Humano (HCMV) e Herpesvírus Simples tipo 2 (HSV-2) em amostras cervicais de mulheres atendidas em um serviço de atenção primária à saúde no município de Coari, Amazonas, Brasil. MÉTODOS: Participaram deste estudo 361 mulheres sexualmente ativas, variando entre 18 e 78 anos, atendidas em Unidades Básicas de Saúde para exame ginecológico de rotina. As amostras cervicais foram coletadas por meio de escova endocervical. A detecção dos vírus deu-se por meio de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em tempo real. RESULTADOS: A média de idade das mulheres participantes foi de 36,4 anos (desvio-padrão (DP)=13,4). Foi encontrado DNA de HCMV em amostras cervicais de 30 mulheres (8,3%; IC95% 5,8 - 11,8) e de HSV-2 em 2 mulheres (0,6%; IC95% 0,1 - 2,2). Duas mulheres relataram ser portadoras do HIV, estando uma delas infectada com o HCMV. Não foram encontradas associações estatisticamente significativas entre a infecção pelos patógenos estudados e as variáveis socioeconômicas, clínicas e comportamentais. CONCLUSÕES: A prevalência de infecção pelo HCMV encontrada na amostra estudada chama a atenção para a necessidade do rastreio desse vírus na gestação e da vigilância nos pacientes imunocomprometidos. A baixa prevalência do HSV-2 deve-se provavelmente ao fato de a amostra cervical não ser adequada para este tipo de estudo por causa das características da biologia viral relacionadas à neurolatência.