The Interlaboratory Robustness Of Next-Generation Sequencing (IRON) Study Phase II: Deep-Sequencing Analyses Of Hematological Malignancies Performed In 8,867 Cases By An International Network Involving 27 Laboratories

Introduction: Amplicon deep-sequencing using second-generation sequencing technology is an innovative molecular diagnostic technique and enables a highly-sensitive detection of mutations. As an international consortium we had investigated previously the robustness, precision, and reproducibility of 454 amplicon next-generation sequencing (NGS) across 10 laboratories from 8 countries (Leukemia, 2011;25:1840-8).

Aims: In Phase II of the study, we established distinct working groups for various hematological malignancies, i.e. acute myeloid leukemia (AML), acute lymphoblastic leukemia (ALL), chronic lymphocytic leukemia (CLL), chronic myelogenous leukemia (CML), myelodysplastic syndromes (MDS), myeloproliferative neoplasms (MPN), and multiple myeloma. Currently, 27 laboratories from 13 countries are part of this research consortium. In total, 74 gene targets were selected by the working groups and amplicons were developed for a NGS deep-sequencing assay (454 Life Sciences, Branford, CT). A data analysis pipeline was developed to standardize mutation interpretation both for accessing raw data (Roche Amplicon Variant Analyzer, 454 Life Sciences) and variant interpretation (Sequence Pilot, JSI Medical Systems, Kippenheim, Germany).

Results: We will report on the design, standardization, quality control aspects, landscape of mutations, as well as the prognostic and predictive utility of this assay in a cohort of 8,867 cases. Overall, 1,146 primer sequences were designed and tested. In detail, for example in AML, 924 cases had been screened for CEBPA mutations. RUNX1 mutations were analyzed in 1,888 cases applying the deep-sequencing read counts to study the stability of such mutations at relapse and their utility as a biomarker to detect residual disease. Analyses of DNMT3A (n=1,041) were focused to perform landscape investigations and to address the prognostic relevance. Additionally, this working group is focusing on TET2, ASXL1, and TP53 analyses. A novel prognostic model is being developed allowing stratification of AML into prognostic subgroups based on molecular markers only. In ALL, 1,124 pediatric and adult cases have been screened, including 763 assays for TP53 mutations both at diagnosis and relapse of ALL. Pediatric and adult leukemia expert labs developed additional content to study the mutation incidence of other B and T lineage markers such as IKZF1, JAK2, IL7R, PAX5, EP300, LEF1, CRLF2, PHF6, WT1, JAK1, PTEN, AKT1, IL7R, NOTCH1, CREBBP, or FBXW7. Further, the molecular landscape of CLL is changing rapidly. As such, a separate working group focused on analyses including NOTCH1, SF3B1, MYD88, XPO1, FBXW7 and BIRC3. Currently, 922 cases were screened to investigate the range of mutational burden of NOTCH1 mutations for their prognostic relevance. In MDS, RUNX1 mutation analyses were performed in 977 cases. The prognostic relevance of TP53 mutations in MDS was assessed in additional 327 cases, including isolated deletions of chromosome 5q. Next, content was developed targeting genes of the cellular splicing component, e.g. SF3B1, SRSF2, U2AF1, and ZRSR2. In BCR-ABL1-negative MPN, nine genes of interest (JAK2, MPL, TET2, CBL, KRAS, EZH2, IDH1, IDH2, ASXL1) have been analyzed in a cohort of 155 primary myelofibrosis cases searching for novel somatic mutations and addressing their relevance for disease progression and leukemia transformation. Moreover, an assay was developed and applied to CMML cases allowing the simultaneous analysis of 25 leukemia-associated target genes in a single sequencing run using just 20 ng of starting DNA. Finally, nine laboratories are studying CML, applying ultra-deep sequencing of the BCR-ABL1 tyrosine kinase domain. Analyses were performed on 615 cases investigating the dynamics of expansion of mutated clones under various tyrosine kinase inhibitor therapies.

Conclusion: Molecular characterization of hematological malignancies today requires high diagnostic sensitivity and specificity. As part of the IRON-II study, a network of laboratories analyzed a variety of disease entities applying amplicon-based NGS assays. Importantly, the consortium not only standardized assay design for disease-specific panels, but also achieved consensus on a common data analysis pipeline for mutation interpretation. Distinct working groups have been forged to address scientific tasks and in total 8,867 cases had been analyzed thus far.

Composite hunting technologies from the Terminal Pleistocene and Early Holocene, Niah Cave, Borneo

Renewed archaeological investigation of the West Mouth of Niah Cave, Borneo has demonstrated that even within lowland equatorial environments depositional conditions do exist where organic remains of late glacial and early post-glacial age can be preserved. Excavations by the Niah Cave Research Project (NCP) (2000-2003) towards the rear of the archaeological reserve produced several bone points and worked stingray spines, which exhibit evidence of hafting mastic and fibrous binding still adhering to their shafts. The position of both gives strong indication of how these cartilaginous points were hafted and gives insight into their potential function. These artefacts were recovered from secure and (14)C dated stratigraphic horizons. The results of this study have implications for our understanding the function of the Terminal Pleistocene and Early Holocene bone tools recovered from other regions of Island Southeast Asia. They demonstrate that by the end the Pleistocene rainforest foragers in Borneo were producing composite technologies that probably included fishing leisters and potentially the bow and arrow. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

OS ESPAÇOS MUSEOLÓGICOS NA PROMOÇÃO DO DESTINO ÉVORA (PORTUGAL): ESTUDO DE CASO

Os museus exercem um papel fundamental na promoção do turismo e no desenvolvimento de áreas rurais e urbanas. Eles preservam a identidade cultural de uma sociedade e possibilitam aos mais jovens um contato com a cultura e história do passado. Os museus desempenham uma função crucial dentro do turismo cultural e são, em muitos casos, um motivo de atração para muitos turistas. É, muitas vezes, através dos museus que os visitantes ficam a conhecer os hábitos e costumes de uma certa sociedade. O presente artigo pretende analisar o contributo dos museus da cidade de Évora na promoção do destino. Para atingir o objetivo foi aplicado um inquérito por questionário aos visitantes dos museus e núcleos museológicos e uma entrevista aos responsáveis pelos referidos espaços.

Positive radial solutions of the Dirichlet problem for the Minkowski-Curvature equation in a ball

We study the existence and multiplicity of positive radial solutions of the Dirichlet problem for the Minkowski-curvature equation { -div(del upsilon/root 1-vertical bar del upsilon vertical bar(2)) in B-R, upsilon=0 on partial derivative B-R,B- where B-R is a ball in R-N (N >= 2). According to the behaviour off = f (r, s) near s = 0, we prove the existence of either one, two or three positive solutions. All results are obtained by reduction to an equivalent non-singular one-dimensional problem, to which variational methods can be applied in a standard way.

Práticas de segurança da informação: um estudo de caso num centro hospitalar

Dissertação de Mestrado apresentada ao Instituto de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção de grau de Mestre em Auditoria, sob a orientação de Luís Silva Rodrigues

Práticas de segurança da informação num Centro Hospitalar

As Tecnologias e Sistemas de Informação (TSI) estão presentes em vários domínios da rede organizacional do mundo inteiro, sendo o desenvolvimento de um bom sistema de gestão da informação crucial para o funcionamento de qualquer organização. É, portanto, necessário garantir que a informação está protegida e que o sistema de informação está em conformidade com o conjunto de normas da área de segurança da informação seguido pela organização. Este artigo pretende elaborar uma avaliação do sistema de gestão em termos de segurança da informação de um centro hospitalar, seguindo os requisitos e recomendações de um framework utilizado a nível mundial na área de auditoria de sistemas de informação.

Porque é ou não verdadeiro o olhar de certas personagens?: trabalho de projeto

Trabalho de Projeto submetido à Escola Superior de Teatro e Cinema para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Desenvolvimento de Projecto Cinematográfico - especialização em Dramaturgia e Realização.

Ensino da Língua Portuguesa em Contexto Multilingue Escolar Timorense

Este estudo pretende analisar o processo da reintrodução da Língua Portuguesa no Sistema Educativo timorense e a forma como, em articulação com as diversas línguas nacionais, tem contribuído para a consolidação da identidade linguística e sociocultural do povo de Timor-Leste, através de um melhor conhecimento das suas línguas, culturas e tradições. Neste sentido, é nosso objetivo identificar a trajetória da língua portuguesa no Sistema Educativo de Timor-Leste desde a sua chegada à ilha, nos meados do século XVI e tendo sido inicialmente língua de Evangelização, depois como língua de administração e de instrução. No seu convívio com as línguas timorenses, ao contrário do que se tem passado com outras línguas, a língua portuguesa coexistiu com estas línguas no decorrer de cerca de quinhentos anos. Do seu convívio no ‘paraíso linguístico’, como lhe chama Soares (2014), deu-se a transmissão de valores linguístico-culturais através do “empréstimo” de novos termos sobretudo na área da religião, da administração, saúde, educação, entre outras. Este enriquecimento linguístico foi um fator importante que deixou marcas profundas, tendo contribuído para estabelecer a diferença sobretudo no período conturbado da ocupação indonésia. O tétum que era utilizado como língua veicular até à chegada dos missionários foi a que mais beneficiou com este contacto e enriquecimento, sendo ambas reconhecidas pela Constituição do país com o estatuto de línguas oficiais. O processo da sua reintrodução no Sistema Educativo timorense passou por uma fase não menos difícil em virtude da longa interrupção no período da ocupação indonésia, em que foi totalmente banida do sistema educativo, tendo sido substituído pela língua indonésia. Hoje está a ser retomada como língua de escolarização e reconhecida pelo artigo 13º da Constituição do país como língua oficial a par do tétum, pois a convivialidade desta língua com as línguas nacionais timorenses e o reconhecimento pela Constituição do país também alargou os seus horizontes para além das fronteiras como membro da CPLP, usufruindo de todos os benefícios atribuídos a esta comunidade. A publicação da Lei de Bases da Educação assegurou o estatuto destas línguas, tendo assim adquirido maior visibilidade. A língua portuguesa assume a função de língua escrita, assumindo o tétum a função da oralidade assim como as demais línguas nacionais, uma vez que a cultura timorense é essencialmente oral. Estas funções poderão ser assumidas com o apoio de uma formação eficiente e adequada dos docentes, pois o domínio linguístico deficiente por parte do professor terá também impacto menos positivo nos alunos. Na LBE também é dado um especial enfoque à formação de professores do Ensino Básico, sobretudo na área da língua portuguesa, uma vez que se pretende atingir os ODMs a médio prazo, em 2015 e a longo prazo, em 2030. A formação contínua dos professores, assegurada pelo INFORDEPE, que não é senão a prossecução da formação inicial, pode ser vista como forma de criar condições para a sua constante atualização científica, pedagógica e didática, de forma a responder às exigências impostas pela LBE e pelo Regime de Carreira Docente. Além disso, os docentes também terão oportunidade de se atualizar e adquirir as competências necessárias para o desempenho das suas funções na preparação da nova geração, exposta a novos desafios e novos obstáculos que nem sempre serão fáceis de ser ultrapassados. A introdução das línguas maternas no início da escolaridade básica proposta pelo Projeto Educação Multilingue baseada no Ensino da Língua Materna que está em funcionamento em três distritos do país tem por objetivo criar as condições mínimas de forma a apoiar aprendizagem das crianças, facilitando a sua assimilação nos níveis mais avançados, uma vez que nem todas as crianças chegam à escola com domínio da(s) língua(s) de escolarização. Apesar destas vantagens, porém, é necessário pensar melhor e ter em conta outros fatores, entre eles, a falta de professores com formação nestas línguas. Sabemos que, de facto, o projeto pode trazer benefícios porque constitui não só a forma de evitar o desaparecimento das referidas línguas por serem ainda maioritariamente ágrafas, mas também cria uma aproximação entre a escola e as crianças e as próprias famílias, mas necessita de ser melhor pensado. Isto porque a carência de professores especializados nas diferentes línguas que necessitam de formação e capacitação pode ainda constituir um elevado custo para o Estado.

Vies de saints.

Apollonia (126 v). - Barbatus (124 v). - Bonifacius m. (80 v). - Catherina (135 v). - Decem millia mart. (89 v). - Dimitrius (63). - Dionysius (94). - Eufraxia (115 v). - Eufrosina (111v). - Eustachius (106). - Eutropius (77). - Febronia (68 v). - Joh. Bassandus (151 v). - Maria Magd. (127 v). - Petrus Celestinus (59 v). - Prisca (59). - Restituta (62). - Robertus abbas (83 v). - Rob. de Salle (1). - Rochus (79 v). - Sabbas (36 v). - Sabina (127). - Severinus (45).

Vitae sancti

Agericus Virdunensis (71). Aigulfus (134v). Albanus (220). Alexander episcopus et m. (184v). Amancius (212v). Ambrosius Caturcensis (69). Andreas (140). Antidius Bisuntinus (79). Attalus abbas (63). Augustinus (228v). Baomirus (211v). Benedicta (283). Bonifacius (35). Calixtus (286v). Cantius, Cantianus et Cantianilla (252). Caraunus (19). Carilefus (188). Catherina (173). Chrisantus et Daria (199). Christina (221). Ciricus et Julita (44v). Clemens (255v). Crispinus (293v). Decem millia mart. (52). Desiderius Lingonensis (1). Donatianus et Rogatianus (2v). Ebrulfus abbas (168). Eulalia (239v). Eusebius presb. (215). Felix et Adauctus (228). Felix papa et m. (214v). Ferreolus et Ferrutio (218). Fides (275v). Fides, Spes et Garitas (199v). Florentinus (95). Fotinus et Blandina (26v). Fronto (295v). Germanus Parisiensis (14, 87). Gervasius et Protasius (48). Gildardus (112v). Herasmus (31v). Honorina (195v). Isicius (210v). Januarius (288v). Julianus et Basilissa (203). Justina et Ciprianus (262). Lambertus (242). Leonardus (303v). Lucas (253v, 291). Lupus Senonensis (184). Machutus (173v). Maiolus (107). Marcellus m. (57v). Marcellus papa (224v). Mauricius (205v, 248v, 256). Maxentius (56). Maximinus (22v). Maximus m. (86v). Medardus (38). Mennas (312). Nicolaus (99, 162v). Pachomius (116v). Parthenius et Calocerus (217). Petrus m. et episcopus (203). Piaton (273v). Quintinus (202, 298v). Sabina (227v). Sanso (149v). Saturninus (161). Sergius et Bachus (277v). Symphorianus (254v). Thecla (208v, 261). Theobaldus (59v). Urbanus Lingonensis (65v). Urbanus papa (5). Valerius Lingonensis. (83).

Vitae sanctorum

Adrianus m. (23v). Alexis (233v). Ambrosius (134). Andreas (92). Audoenus (140v). Aurea (63v). Bartholomeus (2). Bricius (83v). Cecilia (84). Chrisancius et Daria (202). Clemens m. (89v). Clodowaldus (20v). Columba (212). Cornelius papa (34v). Cosmas et Damianus (44). Crucis exaltatio (33). Cyprianus episcopus Carthaginensis (35). Egidius (17v). Eligius (156). Eufemia (35v, 242). Eufrorisa (212v). Eugenia (206). Eulalia (211). Eustachius (199). Evurcius (142). Exuperius (138). Felix et germana ejus Regula (237v). Franciscus (176). Fuscianus, Gencianus et Victoricus (162v). Genovefa (145). Georgius, Aurelius et Natalia (4v). Gorgonius (30). Grisogonus (91). Guillelmus archiepiscopus (107). Hilarius Pictavensis auctore Fortunato (111). Katherina (150). Jacinthus m. (33). Jeronimus (47v). Johannes Baptiste decollatio (9). Julianus m. (223v). Laurentius conf. auctore Johanne Cardinali (188). Leodegarius m. (58v). Lucia (164). Lupus episcopus (15v). Macra (222v). Maglorius (68v). Marcellus episcopus (80). Marie nativitas (28v). Maria Egyptiaca (246v). Martina (215v). Matheus (39). Mauricius (42v). Medericus (12). Michael (46). Nicolaus episcopus (94). Pantaleo (238). Pelagia (235). Quintinus (77v). Remigius (51). Sabina (245). Simeon (220v). Simon et Judas (74). Sulpicius (122). Theodorus (82). Thomas Cantuariensis (165v). Thomas apost. (100). Undecim millia virgines (171). Ursinus (147).

Schram Family of Wainfleet Township documents, 1839-1901 (not inclusive)

George William Schram (1809-1885), son of Garrett Schram and Leah Van Etten, married Orpha Pearson on Nov.13, 1835. His son Marsena John Schram (farmer) was born in May of 1840, in Canada. He died on Nov. 17, 1926 in Wexford County, Michigan. He was married in 1867 to Sarah (1825-1887).Marsena married again on April 18, 1910 to Ann Clarinda Warner (1861-1924). He was working as a carpenter at this time. They had another son, William who was born about 1838 and he married Sabina Chambers on Jan. 21, 1862. The 1861 census for Wainfleet lists siblings of Marsena John Schram as Sarah J. (age 14), Georgiana (age 5), and William (age 21). The Schrams lived on Concession 5 and owned approximately 144 acres of land. David Thompson was born Feb. 4, 1873 and died Feb. 19, 1951. He married Sally Ann Wilson on Sept. 7, 1825 in Pelham. She died about 1840 in Indiana Ontario (near Cayuga). Lemuel Victor Hogue was born Dec.1, 1854 and died Jan. 12, 1929. He was married to Elizabeth Wills who was born Aug. 2, 1861 and died Mar. 8, 1926. Sources: http://www.findagrave.com/cgi-bin/fg.cgi?page=gr&GRid=99294842 http://wc.rootsweb.ancestry.com/cgi-bin/igm.cgi?op=GET&db=seadragon5&id=I91708

Role of nucleotides on lung epithelial cells : mechanism of release and development of a side-view microscopic chamber to study nucleotide-dependent airway surface liquid height

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Analyse de l’implantation d’un plan d’action pour le renforcement du rôle professionnel de la sage-femme dans le Royaume du Maroc

Dans le cadre d’une stratégie nationale visant les objectifs du Millénaire pour le développement 4 et 5 au Maroc - réduire la mortalité maternelle et infantile -, un plan d’action a été développé au sein des trois systèmes (socioculturel, éducationnel, disciplinaire) dans lesquels évolue un rôle professionnel de la santé et ce, pour renforcer le rôle professionnel de la sage-femme. La présente thèse vise à évaluer le niveau d’implantation du plan d’action et à comprendre les facteurs contextuels ayant affecté son implantation et susceptibles d’empêcher l’atteinte de ses effets. Le cadre conceptuel adopté dérive du modèle de Hatem-Asmar (1997) concernant l’interaction entre les systèmes éducationnel, disciplinaire et socioculturel pour changer un rôle professionnel de la santé; et le cadre de Damschroder et al. (2009) pour l’analyse de l’implantation d’une intervention en santé. Le devis est une étude de cas unique à trois niveaux d’analyse. Les données sont recueillies à partir de multiples sources de données : 11 entrevues individuelles semi-structurées, 20 groupes de discussion, observations d’activités de formation, analyse de documents. Les résultats ont montré des déficits notables au niveau de l’implantation. Seize barrières et sept facilitateurs ont été catégorisés sous les construits du cadre de Damschroder et al. (2009) et sous les dimensions des trois systèmes. Un alignement inadéquat entre les dimensions (valeurs, méthodes, acteurs et finalités) du système socioculturel et celles (valeurs, méthodes, acteurs) des systèmes éducationnel et disciplinaire d’une part, avec le plan d’action d’autre part empêche son implantation globale. La structure bureaucratique et le manque de préparation du système socioculturel ont constitué les barrières les plus influentes sur: la diffusion de l’information; l’implication des acteurs du terrain dans le processus; et l’état de préparation du système éducationnel. Les principaux facilitateurs étaient : les valeurs promues à l’égard des droits humains et le mouvement politique pour renforcer le rôle professionnel de la sage-femme et réduire la mortalité maternelle. Quant au plan, il a été perçu comme étant bénéfique mais complexe et émanant d’une source externe. Les résultats mettent l’accent sur la nécessité de contourner les barrières identifiées dans les trois systèmes afin d’obtenir des contextes propices à la production des effets. Par ailleurs, les résultats ont soulevé aussi sept barrières qui risquent de compromettre l’atteinte des effets désirés. Elles concernent: le cadre légal, les représentations sociales et le support médiatique au niveau du système socioculturel; le réseautage et les mécanismes de communication, les caractéristiques liées au rôle, à l’environnement de pratique, et le niveau de préparation du système disciplinaire. Notre recherche confirme qu’un changement visant le système éducationnel isolément représente une vision réductrice pour le renforcement du rôle des sages-femmes. Une combinaison des conditions contextuelles favorables au niveau des dimensions des trois systèmes est requise pour atteindre le but de la stratégie gouvernementale, soit fournir des sages-femmes qualifiées selon les normes globales de la Confédération Internationale des sages-femmes, capables d’offrir des soins de qualité en santé de la reproduction qui permettront de contribuer à réduire la mortalité maternelle et néonatale.

La competencia de tratamiento de la información y digital como eje globalizador en la escuela unitaria.

Seleccionado en la convocatoria: Ayudas a la innovación e investigación educativa en centros docentes de niveles no universitarios, Gobierno de Aragón 2010-11a