Estudo numérico da interação de ondas com um quebra-mar poroso utilizando o código IHFOAM

A presente dissertação tem como principal objetivo a validação da ferramenta IHFOAM do código OpenFOAM para problemas de interação de ondas com estruturas costeiras porosas, concretamente a interação de ondas com o quebra-mar poente do porto de pesca de Albufeira. Numa primeira parte deste trabalho analisa-se o comportamento do código com malhas de diferentes tipos, mais especificamente, estuda-se os efeitos sobre o escoamento de uma malha não estruturada no meio poroso em relação a uma malha estruturada. Isto é de extrema importância, devido ao tempo dispensado na construção de uma malha estruturada com elementos rectangulares. É ainda estudada a dependência da simulação numérica com o modelo de turbulência. O estudo mostra que os efeitos dos diferentes tipos de malha na zona porosa influenciam pouco o escoamento, sendo aceitável o recurso a malhas não estruturadas na zona porosa, em contraste com a escolha do modelo de turbulência que se mostra muito importante para a simulação. Numa segunda parte, são calibrados os parâmetros do meio poroso usados pelo modelo numérico. Apresenta-se o método utilizado para a calibração dos parâmetros e são estudados os seus efeitos sobre o comportamento hidráulico da estrutura. O estudo é realizado com duas alturas de ondas, uma altura de onda que não gera galgamento e uma altura de onda que gera galgamento. Foram colocadas várias sondas numéricas ao longo de um canal de ondas que medem a elevação de superfície livre simulada. Para os ensaios com galgamento, mediu-se a altura da água galgada e o volume galgado, podendo-se assim estudar os efeitos dos parâmetros do meio poroso do quebra-mar sobre o galgamento. A calibração sequencial dos parâmetros mostrou-se muito eficaz, gerando resultados muito bons. Ao longo do estudo entende-se a forte dependência do comportamento hidrodinâmico da estrutura, dos parâmetros e a necessidade de os calibrar, para cada caso estudado. Conclui-se que o IHFOAM é muito interessante para o estudo numérico de interação de onda-estrutura porosa, obtendo resultados satisfatórios para a superfície livre dentro e fora do quebra-mar. O galgamento, sendo um processo muito rápido, foi razoavelmente simulado e captado pelo código.

Development of computational tools for the integrated analysis of DNA microarray data with applications in cancer research

The MAP-i Doctoral Program of the Universities of Minho, Aveiro and Porto

Fluorescence-based approaches towards the assessment of structural and functional alterations in lysosomes and vacuoles induced by lactoferrin and acetic acid

Dissertação de mestrado em Biofísica e Bionanossistemas

HPV- detección por técnicas de patología molecular

Se trabaja con materiales de citologías y biopsias de cervix uterino en un grupo de pacientes controles biopsiados por otras sospechas clínicas sin diagnóstico clínico, colposcópico ni citológico de presunción de infección por HPV, y tres grupos de pacientes problemas, scorizados como presuntamente negativos, presuntamente sospechosos y presuntamente infectados, basados en presencia de cortes histológicos de acantosis, hiperplasia de células basales y asas capilares, coilocitorisis, cambios nucleares, binucleación y disqueratosis. Se correlacionan las biopsias con los estudios citológicos; sobre los cortes histológicos se procede a efectuar técnicas de hibridización in situ con sondas Innogenex para los virus 6-11, 6-18, grupo del 30. Se han estudiado las asociaciones del HPV en cervix con otras patologías (especialmente infecciosas) en nuestro medio, lesiones simuladoras de infección por el HPV y se trabajará en los grupos sospechosos y presuntamente infectados que sean positivos para la HIS, con marcaciones de detección de grado de actividad proliferativa para Mib1 y p53 y su relación con los subtipos virales. En las lesiones intraepiteliales relacionadas con el HPV se investigarán en la lesión y en la mucosa vecina receptores estrogénicos y progestacionales para tratar de determinar si la infección viral afecta la expresión de estos receptores.

Glicoconjugados en el Sistema Nervioso Central en desarrollo

Se continúa con el estudio de la biosíntesis y expresión de glicoconjugados en el desarrollo del Sistema Nervioso Central de aves y mamíferos. La diferenciación de las células neurales va acompañada por variaciones en las actividades de gangliósido glicosiltransferasas claves. Dichas variaciones contribuyen a generar cambios importantes en la calidad de los gangliósidos de la superficie celular. En este proyecto se trata de: I) Examinar los diferentes niveles potenciales de control de la actividad de estas enzimas, como así también del complejo mecanismo de transporte intracelular que culmina con la síntesis y localización celular del producto terminado. II) Indagar el proceso que vincula los diferentes compartimentos metabólicos que operan durante la biosíntesis y/o reciclado. III) Estimar los niveles de transcriptos para la N-acetilgalactosaminiltransferasa de cerebro de pollo, usando sondas de cDNA apropiadas. IV) Estimar la cantidad de proteína enzimática y determinar su ubicación celular y subcelular utilizando anticuerpos obtenidos contra la enzima expresada como proteína de fusión en células pro- o eucariotas. V) Examinar el efecto de la transformación de células COS-7 y/o NIH3T3 con oncogenes o protooncogenes constitutivamente activados sobre el metabolismo de sus gangliósidos. VI) Determinar condiciones para optimizar la obtención de gangliósidos de potencial aplicación en la terapia de melanomas y también de derivados de ácido siálico inhibidores de neuraminidasa, de potencial aplicación para limitar las patologías generadas por el virus de la influenza o gripe.

Dinámica estructural de membrana plasmática de epitelio urinario con distinta composición en ácidos grasos

Hoy se conoce que los lípidos de la dieta son factores ambientales importantes en el desarrollo del cáncer. En efecto, tanto el cáncer de mama como el de colon han sido relacionados con alto consumo de grasas saturadas. Por otra parte, hay evidencias clínicas y experimentales que señalan que la deficiencia en ácidos grasos esenciales (DAGE) está asociada a lesiones tumorigénicas, tales como elevada proliferación celular y anormal diferenciación especialmente en epitelios queratinizantes y urinario. (...) La patobiología del cáncer de vejiga, de alta incidencia en nuestro medio, es un enigma. Varios fenómenos de membrana relacionados al cáncer (interacción intercelular, transducción transmembrana, metástasis) son sensibles a cambios en la rigidez de membrana. Este proyecto contempla el estudio de parámetros dinámicos de lípidos de membrana plasmática de epitelio de vejiga con variada composición de ácidos grasos. Se determinará: a) La depolarización de la fluorescencia de sondas fluorescentes que predominantemente reflejan el orden estructural de los lípidos de membrana. b) La anisotropia de la fluorescencia de fluoroforos que por su ubicación dentro de la bicapa lipídica reflejan gradientes de fluidez a través de la membrana. Los datos permitirán caracterizar las condiciones dietarias en ácidos grasos que determinan propiedades de membrana que pueden influenciar la promoción y/o desarrollo del cáncer de vejiga.

Aspectos moleculares del metabolismo de colina en Pseudomona aeruginosa

Con la realización de este proyecto se pretende contribuir al conocimiento del metabolismo de colina y de otros compuestos de amonio cuaternario en Pseudomonas aeruginosa . Se enfocará el estudio mediante el abordaje microbiológico y molecular. Se buscarán, mediante mutagénesis química y transposicional, cepas bacterianas alteradas en el metabolismo de colina. Se tendrán en cuenta las que presenten fenotipos negativos en su capacidad de producir fosfatasa ácida, de transportar colina y de osmoprotegerse con betaína. Se caracterizarán las mutantes obtenidas anteriormente a este proyecto (cepa Pa10 y Pa5, afectadas en actividad betaína homocisteína metiltransferasa y colinesterasa, respectivamente) y las próximas por obtener en el laboratorio. Se procederá al análisis molecular mediante el rescate del gen interrumpido por Tn5-751 o Tn5-phoA. Se construirán sondas específicas para tal fin. Se realizarán estudios de complementación en E. coli DH5, utilizando vectores adecuados, mediante técnicas ampliamentes citadas en la bibliografía. Nuestra principal intención es demostrar si existe una relación entre los operones involucrados en la degradación de colina (genes chu), la síntesis de ChE, Ac.Pasa y PLC con los regulones involucrados en la disponibilidad de fosfato (Pho) y de nitrógeno (Ntr).

Estudios genético-poblacionales en especies de interés sanitario

Se reúnen en esta presentación tres proyectos relacionados que vienen desarrollándose desde hace varios años con subsidios independientes de ese Consejo. Los tres refieren a estudios genético poblacionales de especies de interés sanitario. Los temas son los siguientes: Tema I. Estudios de poblaciones de roedores Cricétidos. Tema II. Estudios de variabilidad genética en Aedes albifasciatus (Diptera, Culicidae). Tema III. Estudios de polimorfismo enzimático en aislamientos de Trypanosoma cruzi. En todos los casos se obtendrán muestras de poblaciones en distintas regiones del país y en ellas se realizará: a) análisis de polimorfismo enzimático detectable mediante técnicas de electroforesis en geles. b) Determinación de frecuencias alélicas, proporción de loci polimórficos y heterocigosis media por locus. c) Cálculo de Nm, estimador del grado de intercambio génico entre poblaciones de una especie. d) Cálculo de distancia genética y similitud entre poblaciones. e) Amplificación de DNA mitocondrial (tema II) y DNA quinetoplástico de minicírculos (tema III) y posterior caracterización por RFLP y sondas de DNAc.

Identificación de genotipos de aislamientos de Trypanosoma cruzi mediante análisis de ADN

El estudio mediante zimogramas electroforéticos de extractos de Trypanozoma cruzi /i> aislados de humanos, animales domésticos y selváticos y de vectores procedentes de toda el área endémica de Argentina, permitió reconocer la existencia de 12 zimodemos (z) o "cepas isoenzimáticas". De los zimodemos aislados de hospederos humanos, sólo dos Z1 y Z12 se encuentran con gran frecuencia y tienen amplia distribución geográfica. Se ha observado una correlación significativa entre el zimodemo del parásito infectante y el cuadro clínico. El compromiso cardíaco es significativamente mayor en pacientes con Z12 que en aquellos con Z1. Por esta razón, la tipificación de la cepa infectante puede ser útil con fines pronósticos. Sin embargo, la metodología utilizada para la determinación del zimodemo es muy laboriosa e insume mucho tiempo, lo que reduce las posibilidades de aplicación clínica. Dada la similitud del agrupamiento obtenido por el análisis de los zimodemos y del ADNk, los problemas de la caracterización isoenzimática de aislamientos pueden ser evitados mediante estudio del ADN del parásito. (...) Objetivo general Identificación de zimodemos de Trypanosoma cruzi mediante análisis de ADN. Objetivos específicos a) Aislamientos de T. cruzi de pacientes chagásicos crónicos con diferentes cuadros clínicos serán caracterizados utilizando isoenzimas como marcadores genéticos. b) Se establecerá la relación entre la sintomatología observada en cada caso y el zimodemo al cual pertenecen los parásitos aislados. c) A partir del ADN aislado se procederá a: 1. Amplificación de segmentos de ADN al azar dando lugar a fragmentos de ADN que permitan identificar los diferentes zimodemos. 2. Hibridización con sondas de ADN, lo que permitiría identificar el zimodemo al que pertenecen los parásitos de dicho aislamiento. 3. Amplificar, mediante PCR, la región HVRm de T. cruzi directamente en muestras biológicas y proceder a su tipificación con sondas específicas.

Possibilidades de transmissão e vias de inoculação da lepra murina em ratos e outros animais

1) O A. revê as vias de infecção naturais e os processos de inoculações empregados em ratos, no estudo da lepra murina. 2) Na natureza, o contacto prolongado de animal sadio com doente e a infecção por via gástrica devem ser os modos comuns de contaminação. 3) Foram encontrados dentro do Polyplax spinulosa (Burmeister) capturados em ratos leprosos, bacilos ácido álcool resistentes. Tentativas de cultura com êste material, foram infrutíferas. 4) O A. infectou ratos colocando no estômago, por meio de sondas de vidro, material leproso. Em cinco animais, todos se infectaram. 5) Por via subcutânea e por via intraperitoneal, a infecção se processa em quase 100% dos casos. 6) Foi possível infectar gambás (Didelphis aurita) com lepra murina. Êsses animais provavelmente são mais suscetíveis à lepra dos ratos que à humana. 7) Conseguiu-se infectar pinto por inoculação de emulsão de lepra murina no músculo do peito, por via intraperitoneal e por via gástrica. 8) Pombos também se infectaram após inoculação no músculo do peito e por via venosa.

Aplicación de técnicas de citogenética molecular para la detección de aneuploidía y clastogenicidad en células humanas expuestas a arsénico

Los objetivos de esta investigación son: a) Determinar la potencialidad genotóxica de diversos compuestos de arsénico (incluyendo inorgánicos y sus formas metiladas) con el ensayo de micronúcleos utilizando cultivos de células humanas; y b)Estudiar la posible acción aneugénica y clastogénica de los compuestos analizados, determinando el origen de los micronúcleos inducidos mediante la técnica FISH, utilizando sondas pancentroméricas.

Safety and immunomodulatory effects of three probiotic strains isolated from the feces of breast-fed infants in healthy adults: SETOPROB study.

We previously described the isolation and characterization of three probiotic strains from the feces of exclusively breast-fed newborn infants: Lactobacillus paracasei CNCM I-4034, Bifidobacterium breve CNCM I-4035 and Lactobacillus rhamnosus CNCM I-4036. These strains were shown to adhere to intestinal mucus in vitro, to be sensitive to antibiotics and to resist biliary salts and low pH. In the present study, a multicenter, randomized, double-blind, placebo-controlled trial with 100 healthy volunteers in three Spanish cities was carried out to evaluate the tolerance, safety, gut colonization and immunomodulatory effects of these three probiotics. Volunteers underwent a 15-day washout period, after which they were randomly divided into 5 groups that received daily a placebo, a capsule containing one of the 3 strains or a capsule containing a mixture of two strains for 30 days. The intervention was followed by another 15-day washout period. Patients did not consume fermented milk for the entire duration of the study. Gastrointestinal symptoms, defecation frequency and stool consistency were not altered by probiotic intake. No relevant changes in blood and serum, as well as no adverse events occurred during or after treatment. Probiotic administration slightly modified bacterial populations in the volunteers' feces. Intestinal persistence occurred in volunteers who received L. rhamnosus CNCM I-4036. Administration of B. breve CNCM I-4035 resulted in a significant increase in fecal secretory IgA content. IL-4 and IL-10 increased, whereas IL-12 decreased in the serum of volunteers treated with any of the three strains. These results demonstrate that the consumption of these three bacterial strains was safe and exerted varying degrees of immunomodulatory effects.

Sonda gástrica em recém-nascido pré-termo: estudo das alterações de flexibilidade do polímero constituinte

A assistência ao recém-nascido pré-termo (RN-PT) em unidade neonatal, fazendo uso contínuo de sonda orogástrica, tem nos despertado para a aparente alteração da flexibilidade da sonda, percebida durante a remoção das mesmas para a substituição habitual, com cerca de 72 horas. Na ausência de elementos que esclareçam tal fato e de subsídios para considerá-la, ou não, como risco adicional à condição de saúde destas crianças, este estudo teve como principal objetivo: comparar a flexibilidade das sondas gástricas de natureza vinílica, usadas por recém-nascidos pré-termo em períodos de 24, 48 e 72 horas.

Validação de conteúdo de indicadores de qualidade para avaliação do cuidado de enfermagem

O objetivo do estudo é submeter dez Indicadores de Qualidade do Cuidado de Enfermagem na Prevenção de Eventos Adversos à validação de conteúdo. Participaram nove experts, que responderam a três formulários. Os resultados apontaram a validade dos indicadores, porém com reformulações. Resultaram do processo doze indicadores: Identificação do leito do paciente; Identificação de risco para queda do leito; Identificação de acessos venosos periféricos; Verificação de lesões cutâneas pós-infiltrativas; Identificação de equipos para infusão venosa; Identificação de frascos de soro e controle da velocidade de infusão; Identificação de sondas gástricas; Fixação da sonda vesical de demora e posicionamento da bolsa coletora de diurese; Checagem dos procedimentos na prescrição de enfermagem; Controle de sinais vitais; Checagem dos procedimentos de enfermagem na prescrição médica e Elaboração da prescrição diária e completa pelo enfermeiro. A partir dos resultados acredita-se no procedimento de validação de conteúdo como imprescindível para o desenvolvimento de medidas avaliativas.

Eventos adversos: análise de um instrumento de notificação utilizado no gerenciamento de enfermagem

A direção de enfermagem de um hospital universitário terciário da região Centro-Sul do Estado de São Paulo, visando a segurança do paciente e o estabelecimento de meio de comunicação entre equipe e direção, implementou em janeiro de 2004 o Boletim de Notificação de Eventos Adversos. O objetivo deste estudo foi analisar a utilização deste instrumento de comunicação e identificar: frequência, tipo, natureza e período dos incidentes/eventos adversos. Realizou-se análise descritiva dos dados de 826 boletins elaborados no período de janeiro/2004 a junho/2006. Verificou-se adesão à utilização do instrumento. Predominaram notificações de ocorrências assistenciais, embora notificações administrativas tenham apresentado número crescente de registros. Eventos adversos mais frequentes relacionaram-se à medicação, quedas, cateteres, sondas/drenos e integridade da pele. A praticidade do instrumento viabilizou sua utilização também por auxiliares e técnicos de enfermagem. A análise sistematizada e acompanhamento dos eventos adversos associados aos recursos de comunicação mostraram-se fundamentais para a segurança do paciente.