Influência de componentes locais e da paisagem na estrutura de uma metacomunidade de anfíbios anuros em uma paisagem fragmentada na Região Neotropical

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Dados ecológicos da herpetofauna do Parque Estadual da Ilha Anchieta, Ubatuba, São Paulo, Brasil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Efeitos da defaunação na comunidades de pequenos mamíferos na Mata Atlântica

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo comparativo da diversidade de vespas sociais (Hymenoptera, Vespidae) em mata ciliar e cultura de cana-de-açúcar na região de Ipeúna - SP

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Diversidade de mamíferos de médio e grande porte e sua relação com o mosaico vegetacional na fazenda experimental Edgárdia, Unesp, Botucatu/SP

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Composição, riqueza e abundância de espécies de anfíbios na região do médio rio Xingú

Este estudo teve como objetivo inventariar a fauna de anfíbios nos diferentes hábitats da região do Médio Rio Xingu. Para tanto, foram selecionadas seis localidades, sendo as amostragens realizadas em três incursões, entre novembro de 2007 e março de 2008, totalizando 48 dias. Foram identificados seis tipos de hábitats na região amostrada: floresta de terra-firme, floresta sazonalmente alagável (várzea), margem do rio, “pedral”, lagoa e área alterada. Para a coleta de dados foram utilizadas duas metodologias: armadilhas de interceptação e queda e procura ativa. As armadilhas foram instaladas apenas nas áreas de floresta de terra-firme, enquanto a procura ativa foi empregada em todos os tipos de hábitats identificados. As amostragens resultaram no registro de 56 espécies de anfíbios e outras oito espécies foram identificadas e registradas em estudos anteriores na área. A diversidade e riqueza de espécies foram maiores na localidade Caracol, onde predominou a floresta de terra-firme, e menor na localidade Ilha Grande, dominada por floresta sazonalmente alagável. Foram registrados nove modos reprodutivos na área de estudo, sendo todos observados na floresta de terra-firme e apenas três nos “pedrais”, o que parece refletir a baixa heterogeneidade ambiental dessa área. Para comparar as localidades estudadas foram realizadas duas análises de similaridade, uma para cada metodologia de coleta utilizada. A análise de similaridade dos dados de procura ativa apontou maior semelhança na composição das espécies entre as áreas de floresta de terra-firme do que entre os outros hábitats. A análise de agrupamento realizada entre a composição de espécies obtida nesse estudo e outros levantamentos realizados na Amazônia agrupou esta área com outra também localizada no Médio Xingu.

Mamíferos de médio e grande porte do Parque Nacional das nascentes do Rio Parnaíba, Brasil

O Parque Nacional das Nascentes do Rio Parnaíba está localizado na divisa dos Estados do Piauí, Maranhão, Tocantins e Bahia. Para verificar a composição, riqueza, abundância relativa e padrão de atividade da mastofauna de médio e grande porte do Parque, bem como a utilização das fitofisionomias presentes na área por essas espécies, foi realizado um inventário utilizando armadilhas-fotográficas, entrevistas semi-estruturadas e métodos complemetares de amostragem. Foi registrado um total de 37 espécies de mamíferos de médio e grande porte, distribuídos em 14 famílias e sete ordens. Vinte dessas espécies foram registradas por meio de armadilhas-fotográficas, 16 por meio de avistamentos e vestígios (rastros, fezes e carcaças), e todas por meio de entrevistas com moradores da região. O estimador de riqueza nãoparamétrico Jackknife1 calculou 22 espécies (D.P. ± 1,41) para o Parque. Quanto às fitofisionomias, apenas mata de galeria e cerrado sensu stricto apresentaram diferença significativa quanto à riqueza e abundância relativa. Dentre as espécies registradas no Parque, as raposas Cerdocyon thous e Lycalopex vetulus foram as mais abundantes, respectivamente. Quanto ao uso do habitat, somente Cerdocyon thous e Mazama gouazoubira apresentaram diferença significativa entre as fitofisionomias, sendo a primeira de hábito generalista e registrada principalmente em áreas de cerrado sensu stricto, e a segunda mais freqüente em áreas de vegetação mais densa (cerradão). No que diz respeito à composição de espécies, a análise de agrupamento indicou as áreas de cerradão e cerrado sensu stricto como as de maior similaridade, o que provavelmente se deve à maior semelhança florística entre esses ambientes. A análise de composição regional mostrou que o Parque apresenta uma maior similaridade quanto à composição de espécies com as UCs localizadas no Sul do Estado do Piauí (E.E. de Uruçuí-Una e PARNA da Serra das Confusões) do que com as demais áreas de Cerrado.

História natural e ecologia das serpentes da Floresta Nacional de Caxiuanã e áreas adjacentes, Pará, Brasil

A busca por padrões de estrutura e composição das comunidades é essencial para prover informações que permitam o manejo sustentado de populações e monitoramento de atividades antrópicas. Na região neotropical, onde ocorre grande riqueza de espécies e complexas relações ecológicas entre elas, estudos envolvendo ofidiofauna ainda são escassos, o que faz com que o entendimento dos processos responsáveis pela estruturação de suas comunidades ainda seja incipiente. No Brasil, vários trabalhos foram desenvolvidos na tentativa de explicitar os fenômenos responsáveis pelos padrões de ocorrência e interações das espécies de serpentes. Objetivando esclarecer quais os fatores que determinam os padrões observados e que afinidades (ecológicas e/ou históricas) as espécies compartilham, foi realizado estudo da taxocenose de serpentes da FLONA de Caxiuanã e áreas adjacentes, durante os anos de 2005 e 2006. Utilizou-se conjuntamente quatro métodos de amostragem (Procura Limitada por Tempo-PLT, Encontros Ocasionais-EO, Armadilhas de Interceptação e Queda-AIQ e Coletas por Terceiros-CT), em cinco áreas (IBAMA e Caquajó, no interior da FLONA de Caxiuanã; Enseada e dois pontos com influência antrópica: Marinaú e Mojuá, estando esses três últimos localizados em áreas adjacentes à FLONA. Foram registrados 378 espécimes distribuídos em cinco famílias, 35 gêneros e 50 espécies. Com os novos registros obtidos nesse estudo, o número de espécies de serpentes para a FLONA de Caxiuanã e áreas adjacentes passa de 63 para 69. Os métodos que apresentaram melhor desempenho em número de indivíduos foram PLT (199/378) e CT (159/378). EO (11/378) e AIQ (9/378) foram os métodos menos eficazes. A riqueza estimada (Jackknife 1), a partir de dados obtidos através de PLT, foi de 56 (+ ou – 4) espécies. O número de espécies estimado para as áreas preservadas foi maior que para áreas antropizadas. A composição das espécies de serpentes da área estudada apresentou maior similaridade com outras taxocenoses de áreas amazônicas. As espécies mais abundantes, acessadas através de PLT, foram Imantodes cenchoa, Corallus hortulanus e Leptodeira annulata. Quando todos os métodos foram considerados, Bothrops atrox, Imantodes cenchoa e Corallus hortulanus foram as espécies mais representadas. As áreas mais antropizadas, localizadas fora da FLONA (Marinaú e Mojuá), apresentaram menores abundância e riqueza de espécies em comparação com áreas protegidas, localizadas no interior da FLONA. Nove espécies foram consideradas potencialmente especialistas: Lachesis muta (pequenos mamíferos), Atractus schach (minhocas), Dipsas catesbyi (moluscos - lesmas), Helicops trivitatus e Hydrops triangularis (peixes), Siphlophis compressus (lagartos), Xenopholis scalaris, Taeniophallus brevirostris (anfíbios anuros) e Tantilla melanocephala (centopéias). Os itens mais acessados foram “lagartos”, “anfíbios anuros” e “pequenos mamíferos”. Serpentes com hábitos primária ou exclusivamente diurnas prevaleceram na comunidade analisada. A ausência de sazonalidade reprodutiva foi característica da maioria das espécies e isso se deve, muito provavelmente, à pouca diferença na temperatura ao longo do ano. A taxocenose de serpentes da FLONA de Caxiuanã e áreas adjacentes está, basicamente, formada por grupos contendo espécies onde, em geral, hábitos diários e de dieta estão sobrepostos. Além dos diversos fatores ecológicos, também fatores históricos, como adaptações morfológicas das espécies, têm grande influência na composição da taxocenose analisada. A grande dificuldade na realização de estudos de comunidades de serpentes está na escassez de dados das espécies, portanto torna-se imperioso que estudos de Ecologia e História Natural continuem sendo exaustivamente conduzidos em uma mesma localidade, objetivando a elucidação dos padrões de respostas aos diversos fatores relacionados à existência das espécies nos diferentes biomas.

Estudo de populações do psilídeo-de-concha Glycaspis brimblecombei (Hemiptera: Psyllidae) e de seu parasitóide Psyllaephagus bliteus (Hymenoptera: Encyrtidae) em floresta de Euclyptus camaldulensis por dois métodos de amostragem

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Non-volant mammals from Nucleo Santa Virginia, Serra do Mar State Park, Sao Paulo, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estimating abundance of killer whales in the nearshore waters of the Gulf of Alaska and Aleutian Islands using line-transect sampling

Killer whale (Orcinus orca Linnaeus, 1758) abundance in the North Pacific is known only for a few populations for which extensive longitudinal data are available, with little quantitative data from more remote regions. Line-transect ship surveys were conducted in July and August of 2001–2003 in coastal waters of the western Gulf of Alaska and the Aleutian Islands. Conventional and Multiple Covariate Distance Sampling methods were used to estimate the abundance of different killer whale ecotypes, which were distinguished based upon morphological and genetic data. Abundance was calculated separately for two data sets that differed in the method by which killer whale group size data were obtained. Initial group size (IGS) data corresponded to estimates of group size at the time of first sighting, and post-encounter group size (PEGS) corresponded to estimates made after closely approaching sighted groups.

A Model-Based Approach for Making Ecological Inference from Distance Sampling Data

We consider a fully model-based approach for the analysis of distance sampling data. Distance sampling has been widely used to estimate abundance (or density) of animals or plants in a spatially explicit study area. There is, however, no readily available method of making statistical inference on the relationships between abundance and environmental covariates. Spatial Poisson process likelihoods can be used to simultaneously estimate detection and intensity parameters by modeling distance sampling data as a thinned spatial point process. A model-based spatial approach to distance sampling data has three main benefits: it allows complex and opportunistic transect designs to be employed, it allows estimation of abundance in small subregions, and it provides a framework to assess the effects of habitat or experimental manipulation on density. We demonstrate the model-based methodology with a small simulation study and analysis of the Dubbo weed data set. In addition, a simple ad hoc method for handling overdispersion is also proposed. The simulation study showed that the model-based approach compared favorably to conventional distance sampling methods for abundance estimation. In addition, the overdispersion correction performed adequately when the number of transects was high. Analysis of the Dubbo data set indicated a transect effect on abundance via Akaike’s information criterion model selection. Further goodness-of-fit analysis, however, indicated some potential confounding of intensity with the detection function.

SAMPLING OF CORN TO ASSESS BIRD DAMAGE: A Preliminary Review of a Comprehensive Study

"How large a sample is needed to survey the bird damage to corn in a county in Ohio or New Jersey or South Dakota?" Like those in the Bureau of Sport Fisheries and Wildlife and the U.S.D.A. who have been faced with a question of this sort we found only meager information on which to base an answer, whether the problem related to a county in Ohio or to one in New Jersey, or elsewhere. Many sampling methods and rates of sampling did yield reliable estimates but the judgment was often intuitive or based on the reasonableness of the resulting data. Later, when planning the next study or survey, little additional information was available on whether 40 samples of 5 ears each or 5 samples of 200 ears should be examined, i.e., examination of a large number of small samples or a small number of large samples. What information is needed to make a reliable decision? Those of us involved with the Agricultural Experiment Station regional project concerned with the problems of bird damage to crops, known as NE-49, thought we might supply an ans¬wer if we had a corn field in which all the damage was measured. If all the damage were known, we could then sample this field in various ways and see how the estimates from these samplings compared to the actual damage and pin-point the best and most accurate sampling procedure. Eventually the investigators in four states became involved in this work1 and instead of one field we were able to broaden the geographical base by examining all the corn ears in 2 half-acre sections of fields in each state, 8 sections in all. When the corn had matured well past the dough stage, damage on each corn ear was assessed, without removing the ear from the stalk, by visually estimating the percent of the kernel surface which had been destroyed and rating it in one of 5 damage categories. Measurements (by row-centimeters) of the rows of kernels pecked by birds also were made on selected ears representing all categories and all parts of each field section. These measurements provided conversion factors that, when fed into a computer, were applied to the more than 72,000 visually assessed ears. The machine now had in its memory and could supply on demand a map showing each ear, its location and the intensity of the damage.

Comparison of bacterial plaque samples from titanium implant and tooth surfaces by different methods

Studies have shown similarities in the microflora between titanium implants or tooth sites when samples are taken by gingival crevicular fluid (GCF) sampling methods. The purpose of the present study was to study the microflora from curette and GCF samples using the checkerboard DNA-DNA hybridization method to assess the microflora of patients who had at least one oral osseo-integrated implant and who were otherwise dentate. Plaque samples were taken from tooth/implant surfaces and from sulcular gingival surfaces with curettes, and from gingival fluid using filter papers. A total of 28 subjects (11 females) were enrolled in the study. The mean age of the subjects was 64.1 years (SD+/-4.7). On average, the implants studied had been in function for 3.7 years (SD+/-2.9). The proportion of Streptococcus oralis (P<0.02) and Fusobacterium periodonticum (P<0.02) was significantly higher at tooth sites (curette samples). The GCF samples yielded higher proportions for 28/40 species studies (P-values varying between 0.05 and 0.001). The proportions of Tannerella forsythia (T. forsythensis), and Treponema denticola were both higher in GCF samples (P<0.02 and P<0.05, respectively) than in curette samples (implant sites). The microbial composition in gingival fluid from samples taken at implant sites differed partly from that of curette samples taken from implant surfaces or from sulcular soft tissues, providing higher counts for most bacteria studied at implant surfaces, but with the exception of Porphyromonas gingivalis. A combination of GCF and curette sampling methods might be the most representative sample method.

Proteins in silico-modeling and sampling

Proteins are linear chain molecules made out of amino acids. Only when they fold to their native states, they become functional. This dissertation aims to model the solvent (environment) effect and to develop & implement enhanced sampling methods that enable a reliable study of the protein folding problem in silico. We have developed an enhanced solvation model based on the solution to the Poisson-Boltzmann equation in order to describe the solvent effect. Following the quantum mechanical Polarizable Continuum Model (PCM), we decomposed net solvation free energy into three physical terms– Polarization, Dispersion and Cavitation. All the terms were implemented, analyzed and parametrized individually to obtain a high level of accuracy. In order to describe the thermodynamics of proteins, their conformational space needs to be sampled thoroughly. Simulations of proteins are hampered by slow relaxation due to their rugged free-energy landscape, with the barriers between minima being higher than the thermal energy at physiological temperatures. In order to overcome this problem a number of approaches have been proposed of which replica exchange method (REM) is the most popular. In this dissertation we describe a new variant of canonical replica exchange method in the context of molecular dynamic simulation. The advantage of this new method is the easily tunable high acceptance rate for the replica exchange. We call our method Microcanonical Replica Exchange Molecular Dynamic (MREMD). We have described the theoretical frame work, comment on its actual implementation, and its application to Trp-cage mini-protein in implicit solvent. We have been able to correctly predict the folding thermodynamics of this protein using our approach.