A novel bioinformatics pipeline to discover genes related to arbuscular mycorrhizal symbiosis based on their evolutionary conservation pattern among higher plants.

BACKGROUND: Genes involved in arbuscular mycorrhizal (AM) symbiosis have been identified primarily by mutant screens, followed by identification of the mutated genes (forward genetics). In addition, a number of AM-related genes has been identified by their AM-related expression patterns, and their function has subsequently been elucidated by knock-down or knock-out approaches (reverse genetics). However, genes that are members of functionally redundant gene families, or genes that have a vital function and therefore result in lethal mutant phenotypes, are difficult to identify. If such genes are constitutively expressed and therefore escape differential expression analyses, they remain elusive. The goal of this study was to systematically search for AM-related genes with a bioinformatics strategy that is insensitive to these problems. The central element of our approach is based on the fact that many AM-related genes are conserved only among AM-competent species. RESULTS: Our approach involves genome-wide comparisons at the proteome level of AM-competent host species with non-mycorrhizal species. Using a clustering method we first established orthologous/paralogous relationships and subsequently identified protein clusters that contain members only of the AM-competent species. Proteins of these clusters were then analyzed in an extended set of 16 plant species and ranked based on their relatedness among AM-competent monocot and dicot species, relative to non-mycorrhizal species. In addition, we combined the information on the protein-coding sequence with gene expression data and with promoter analysis. As a result we present a list of yet uncharacterized proteins that show a strongly AM-related pattern of sequence conservation, indicating that the respective genes may have been under selection for a function in AM. Among the top candidates are three genes that encode a small family of similar receptor-like kinases that are related to the S-locus receptor kinases involved in sporophytic self-incompatibility. CONCLUSIONS: We present a new systematic strategy of gene discovery based on conservation of the protein-coding sequence that complements classical forward and reverse genetics. This strategy can be applied to diverse other biological phenomena if species with established genome sequences fall into distinguished groups that differ in a defined functional trait of interest.

Idarubicin-loaded ONCOZENE drug-eluting embolic agents for chemoembolization of hepatocellular carcinoma: in vitro loading and release and in vivo pharmacokinetics.

PURPOSE: To present in vitro loading and release characteristics of idarubicin with ONCOZENE (CeloNova BioSciences, Inc, San Antonio, Texas) drug-eluting embolic (DEE) agents and in vivo pharmacokinetics data after transarterial chemoembolization with idarubicin-loaded ONCOZENE DEE agents in patients with hepatocellular carcinoma. MATERIALS AND METHODS: Loading efficacy of idarubicin with ONCOZENE DEE agents 100 µm and DC Bead (Biocompatibles UK Ltd, Farnham, United Kingdom) DEE agents 100-300 µm was monitored at 10, 20, and 30 minutes loading time by high-pressure liquid chromatography. A T-apparatus was used to monitor the release of idarubicin from the two types of DEE agents over 12 hours. Clinical and 24-hour pharmacokinetics data were recorded after transarterial chemoembolization with idarubicin-loaded ONCOZENE DEE agents in four patients with unresectable hepatocellular carcinoma. RESULTS: Idarubicin loading in ONCOZENE DEE agents was > 99% at 10 minutes. Time to reach 75% of the release plateau level was 37 minutes ± 6 for DC Bead DEE agents and 170 minutes ± 19 for ONCOZENE DEE agents both loaded with idarubicin 10 mg/mL. After transarterial chemoembolization with idarubicin-loaded ONCOZENE DEE agents, three partial responses and one complete response were observed with only two asymptomatic grade 3 biologic adverse events. Median time to maximum concentration for idarubicin in patients was 10 minutes, and mean maximum concentration was 4.9 µg/L ± 1.7. Mean area under the concentration-time curve from 0-24 hours was equal to 29.5 µg.h/L ± 20.5. CONCLUSIONS: ONCOZENE DEE agents show promising results with very fast loading ability, a favorable in vivo pharmacokinetics profile with a sustained release of idarubicin during the first 24 hours, and encouraging safety and responses. Histopathologic and clinical studies are needed to evaluate idarubicin release around the DEE agents in tumor tissue and to confirm safety and efficacy.

El arte abstracto y lo indecible: el fondo abisal de la obra de arte

A partir de una serie de pinturas murales que el artista norteamericano Mark Rothko realizó en los años 1963-66 para una capilla que lleva su nombre en la ciudad de Houston (Texas), se establece un recomdo por la teología negativa en las tres Religiones del Libro (judaísmo, cristianismo, Islam). El fin es establecer una relación entre la denominada «Escuela de Nueva York» (Mark Rothko, Ad Reinhardt, Barnett Newman, ... ) y la mística especulativa, fundada en las ideas comunes -a la teología apofática y a la «abstracción contemplativan- del Deus absconditus, la visión ascética, el despojamiento y la esencia de la imagen.

Magnetic coupling in the weac ferromagnet CuF2

CuF2 is known to be an antiferromagnetic compound with a weak ferromagnetism due to the anisotropy of its monoclinic unit cell (Dzialoshinsky-Moriya mechanism). We investigate the magnetic ordering of this compound by means of ab initio periodic unrestricted Hartree-Fock calculations and by cluster calculations which employ state-of-the-art configuration interaction expansions and modern density functional theory techniques. The combined use of periodic and cluster models permits us to firmly establish that the antiferromagnetic order arises from the coupling of one-dimensional subunits which themselves exhibit a very small ferromagnetic coupling between Cu neighbor cations. This magnetic order could be anticipated from the close correspondence between CuF2 and rutile crystal structures.

An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome.

The human genome encodes the blueprint of life, but the function of the vast majority of its nearly three billion bases is unknown. The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project has systematically mapped regions of transcription, transcription factor association, chromatin structure and histone modification. These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions. Many discovered candidate regulatory elements are physically associated with one another and with expressed genes, providing new insights into the mechanisms of gene regulation. The newly identified elements also show a statistical correspondence to sequence variants linked to human disease, and can thereby guide interpretation of this variation. Overall, the project provides new insights into the organization and regulation of our genes and genome, and is an expansive resource of functional annotations for biomedical research.

Renovació del sistema de gestió d'assistència a l'Institut de Vidreres

Implantació i adaptació de l'aplicació django-aula, per a passar llista i anotar incidències de l'alumnat a un institut, incloent la renovació de la interfície gràfica per a adaptar-la a dispositius petits i tàctils.

Renovació del sistema de gestió d'assistència a l'Institut de Vidreres

Implantació i adaptació de l'aplicació Django-aula per passar llista i anotar incidències de l'alumnat a un institut, incloent la renovació de la interfície gràfica per adaptar-la a dispositius petits i tàctils.

Social inequalities of functioning and perceived health in Switzerland: a representative cross-sectional analysis.

Many people worldwide live with a disability, i.e. limitations in functioning. The prevalence is expected to increase due to demographic change and the growing importance of non-communicable disease and injury. To date, many epidemiological studies have used simple dichotomous measures of disability, even though the WHO's International Classification of Functioning, Disability, and Health (ICF) provides a multi-dimensional framework of functioning. We aimed to examine associations of socio-economic status (SES) and social integration in 3 core domains of functioning (impairment, pain, limitations in activity and participation) and perceived health. We conducted a secondary analysis of representative cross-sectional data of the Swiss Health Survey 2007 including 10,336 female and 8,424 male Swiss residents aged 15 or more. Guided by a theoretical ICF-based model, 4 mixed effects Poisson regressions were fitted in order to explain functioning and perceived health by indicators of SES and social integration. Analyses were stratified by age groups (15-30, 31-54, ≥55 years). In all age groups, SES and social integration were significantly associated with functional and perceived health. Among the functional domains, impairment and pain were closely related, and both were associated with limitations in activity and participation. SES, social integration and functioning were related to perceived health. We found pronounced social inequalities in functioning and perceived health, supporting our theoretical model. Social factors play a significant role in the experience of health, even in a wealthy country such as Switzerland. These findings await confirmation in other, particularly lower resourced settings.

The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris)

Sugar beet (Beta vulgaris ssp. vulgaris) is an important crop of temperate climates which provides nearly 30% of the world's annual sugar production and is a source for bioethanol and animal feed. The species belongs to the order of Caryophylalles, is diploid with 2n = 18 chromosomes, has an estimated genome size of 714-758 megabases and shares an ancient genome triplication with other eudicot plants. Leafy beets have been cultivated since Roman times, but sugar beet is one of the most recently domesticated crops. It arose in the late eighteenth century when lines accumulating sugar in the storage root were selected from crosses made with chard and fodder beet. Here we present a reference genome sequence for sugar beet as the first non-rosid, non-asterid eudicot genome, advancing comparative genomics and phylogenetic reconstructions. The genome sequence comprises 567 megabases, of which 85% could be assigned to chromosomes. The assembly covers a large proportion of the repetitive sequence content that was estimated to be 63%. We predicted 27,421 protein-coding genes supported by transcript data and annotated them on the basis of sequence homology. Phylogenetic analyses provided evidence for the separation of Caryophyllales before the split of asterids and rosids, and revealed lineage-specific gene family expansions and losses. We sequenced spinach (Spinacia oleracea), another Caryophyllales species, and validated features that separate this clade from rosids and asterids. Intraspecific genomic variation was analysed based on the genome sequences of sea beet (Beta vulgaris ssp. maritima; progenitor of all beet crops) and four additional sugar beet accessions. We identified seven million variant positions in the reference genome, and also large regions of low variability, indicating artificial selection. The sugar beet genome sequence enables the identification of genes affecting agronomically relevant traits, supports molecular breeding and maximizes the plant's potential in energy biotechnology.

ALTAS DENSIDADES DE PLANTIO NA CULTURA DO ABACAXI CV. SMOOTH CAYENNE, SOB CONDIÇÕES DE SEQUEIRO

No Brasil têm-se usado densidades de plantio relativamente baixas para a obtenção de frutos grandes, com reflexos negativos na produtividade da cultura do abacaxi. No entanto, frutos cada vez menores têm sido comercializados no mercado internacional, o que poderá também ocorrer no mercado nacional. Este trabalho teve o objetivo de avaliar o efeito de altas densidades em sistemas de plantio em filas duplas sobre a produção quantitativa e qualitativa de abacaxi cv. Smooth Cayenne, sob condições de sequeiro. Densidades de plantio, variando de 51.280 plantas/ha a 100.000 plantas/ha, foram estudadas em delineamento experimental de blocos casualizados, com cinco repetições e doze tratamentos, distribuídos em esquema fatorial 4 x 3, correspondendo a quatro combinações de espaçamentos entre linhas duplas e entre linhas simples na fila dupla (90cm x 40 cm, 90 cm x 30 cm, 80 cm x 30 cm , 70 cm x 30 cm) e três espaçamentos entre plantas nas linhas de plantio (30 cm, 25 cm, 20 cm). A análise de variância determinou diferença estatística apenas para a produtividade, em função do espaçamento entre plantas na linha de plantio, sendo mais elevada para o espaçamento de 20 cm. O peso do fruto, as suas dimensões e a sua qualidade (açucares, acidez, teor de suco, relação açúcares/acidez) não foram significativamente influenciados pelas densidades de plantio estudadas, mantendo-se dentro dos padrões da cultivar. Para cada aumento de 10.000 plantas por hectare, a produtividade cresceu em 8,27 t/ha e o peso médio do fruto caiu 102 g. Nas condições ambientais dos Tabuleiros Costeiros do Norte da Bahia, a cultura do abacaxi cv. Smooth Cayenne apresenta potencial para uso em altas densidades de plantio, mesmo em cultivo de sequeiro, podendo-se atingir produtividade acima de 80t/ha e peso médio do fruto superior a 1,0 kg.

DESBASTE DE MUDAS TIPO FILHOTE DO ABACAXI CV. PÉROLA: 1. PRODUÇÃO E QUALIDADE DO FRUTO

O abacaxizeiro Pérola tem como uma das suas principais características a geração de elevado número de mudas tipo filhote, formando um cacho na parte superior do pedúnculo. Os filhotes desenvolvem-se no mesmo período da formação do fruto. Em plantio comercial na região do litoral Norte da Bahia, foi desenvolvido este estudo com o objetivo de avaliar o efeito do desbaste de mudas tipo filhote sobre aspectos vegetativos e produtivos do abacaxi cv. Pérola, cultivado sob condições de sequeiro. Nesta primeira parte, serão apresentados os efeitos sobre a produção e a qualidade do fruto. Em delineamento em blocos completos ao acaso, com sete repetições, foram estudados seis tratamentos, sendo a testemunha, sem desbaste, e os seguintes cinco níveis de desbaste de mudas tipo filhote: 1 - todas as mudas desbastadas; 2 -mantidas duas mudas do lado do sol poente; 3 - mantidas quatro mudas, com desbaste, de cima para baixo; 4 - mantidas quatro mudas, com desbaste, de baixo para cima; 5 - mantidas seis mudas. Por meio da análise de variância e teste de comparação entre as médias, foram avaliados aspectos da qualidade química e física dos frutos, tais como sólidos solúveis totais (SST), acidez total titulável (ATT), relação SST/ATT, peso do fruto com coroa, comprimento do fruto, peso e comprimento da coroa, produtividade, número e o peso médio dos frutos. O desbaste não determinou diferenças estatísticas para a produtividade da cultura e o peso do fruto, observando-se, no entanto, tendência consistente para a elevação dos valores deste último. O desbaste de mudas não afetou a qualidade do fruto, que apresentou características químicas, físicas e físico-químicas dentro dos padrões da cultivar Pérola.

Desbaste de mudas tipo filhote do abacaxi cv. Pérola -- 2: análises de crescimento e de correlações

O abacaxi cv. Pérola, variedade mais plantada no Brasil, forma um número excessivo de mudas tipo filhote durante o mesmo período de desenvolvimento do fruto. Em plantio comercial da região do litoral Norte da Bahia, foi desenvolvido estudo com o objetivo de avaliar o efeito do desbaste de mudas tipo filhote sobre aspectos vegetativos e produtivos da cultura, desenvolvida sob condições de sequeiro. Nesta segunda parte, são apresentados os efeitos sobre o acúmulo de matérias fresca e seca nos diversos órgãos da planta e analisadas as correlações entre caracteres vegetativos e do fruto. Em delineamento em blocos completos ao acaso, em parcelas subdivididas, com sete repetições, foram estudados seis tratamentos, sendo a testemunha (sem desbaste) e cinco níveis de intensidade de desbaste de mudas tipo filhote, e três épocas de avaliação. Por meio da análise de variância, teste de comparação entre as médias e coeficientes de correlação, foram avaliados caracteres de crescimento vegetativo em pesos fresco e seco (planta inteira, raiz, caule, pedúnculo, folhas e mudas) aos 90; 120 e 150 dias após o tratamento de indução floral, e a sua correlação com caracteres do fruto. O desbaste favoreceu o acúmulo de matéria seca nas mudas tipo filhote remanescentes e na coroa do fruto, que é outro tipo de muda. A eliminação de todos os filhotes determinou a alteração da correlação entre o peso do fruto e o peso da coroa de negativa para positiva. A distribuição de matéria seca entre os órgãos mostrou partição em favor do fruto, com redução do peso seco de caule, folhas e pedúnculo na fase de maturação do fruto, a partir de 120 dias após o tratamento de indução floral.

Influência da irrigação no ciclo do abacaxizeiro cv. Pérola em área de tabuleiro costeiro da Bahia

Neste estudo, objetivou-se avaliar a influência da irrigação sobre o ciclo do abacaxizeiro-'Pérola'. O trabalho foi conduzido na Embrapa Mandioca e Fruticultura, em Cruz das Almas (BA), num Latossolo Amarelo Distrófico A moderado textura franco argilo-arenosa fase transição floresta tropical subperenifólia/subcaducifólia, típico dos Tabuleiros Costeiros, situado a uma altitude de 220 m, com pluviosidade média anual de 1.170 mm e temperatura média de 24,5 ºC. Utilizou-se um delineamento experimental em blocos casualizados e as lâminas de água, aplicadas por aspersão, num esquema "line source", foram de 608; 568; 525; 468 e 334 mm/ano. Durante o período experimental (09/94 a 12/95), ocorreu uma precipitação efetiva de 671 mm/ano. Houve efeito positivo das lâminas crescentes de irrigação sobre a diferenciação floral natural e antecipação no período de colheita do fruto, o que resultou no encurtamento do ciclo da planta, sem que se observasse prejuízo ao peso médio do fruto, das parcelas submetidas às maiores lâminas d'água. Nestas, mais de 70% dos frutos foram colhidos com uma antecipação de 22 dias em relação ao final da colheita. As maiores lâminas de irrigação permitiram igualmente uma distribuição mais eqüitativa da colheita, no período em que ela ocorreu.

Relações entre parâmetros de crescimento do fruto da manga cv. haden

Um estudo realizado na maior região produtora e exportadora de manga no Nordeste brasileiro (Petrolina-PE) mostrou uma típica curva sigmoidal para o crescimento do fruto de manga cv. Haden. Além disso, um método não destrutivo para medições de crescimento do fruto foi estudado com base nas relações entre as massas seca e fresca, volume e o produto dos diâmetros do fruto de manga da cv. Haden. Os resultados mostraram que as massas seca e fresca podem ser estimadas a partir do volume do fruto calculado com base no produto dos seus diâmetros. Estudos de correlação mostraram coeficientes (r²) superiores a 0,91 para todas as épocas de avaliação ao longo do período de desenvolvimento do fruto, desde a floração plena à colheita. Foi também observado que déficit hídrico durante o crescimento do fruto reduz o acúmulo de massa seca do fruto, indicando que a prática da suspensão da irrigação, com o objetivo de adiantar a colheita e aumentar o teor de açucares do fruto, pode não ser vantajosa, uma vez que há uma redução da massa fresca do fruto.