Low-Cost Ultra-Wide Genotyping Using Roche/454 Pyrosequencing for Surveillance of HIV Drug Resistance

Background: Great efforts have been made to increase accessibility of HIV antiretroviral therapy (ART) in low and middle-income countries. The threat of wide-scale emergence of drug resistance could severely hamper ART scale-up efforts. Population-based surveillance of transmitted HIV drug resistance ensures the use of appropriate first-line regimens to maximize efficacy of ART programs where drug options are limited. However, traditional HIV genotyping is extremely expensive, providing a cost barrier to wide-scale and frequent HIV drug resistance surveillance. Methods/Results: We have developed a low-cost laboratory-scale next-generation sequencing-based genotyping method to monitor drug resistance. We designed primers specifically to amplify protease and reverse transcriptase from Brazilian HIV subtypes and developed a multiplexing scheme using multiplex identifier tags to minimize cost while providing more robust data than traditional genotyping techniques. Using this approach, we characterized drug resistance from plasma in 81 HIV infected individuals collected in Sao Paulo, Brazil. We describe the complexities of analyzing next-generation sequencing data and present a simplified open-source workflow to analyze drug resistance data. From this data, we identified drug resistance mutations in 20% of treatment naive individuals in our cohort, which is similar to frequencies identified using traditional genotyping in Brazilian patient samples. Conclusion: The developed ultra-wide sequencing approach described here allows multiplexing of at least 48 patient samples per sequencing run, 4 times more than the current genotyping method. This method is also 4-fold more sensitive (5% minimal detection frequency vs. 20%) at a cost 3-5 x less than the traditional Sanger-based genotyping method. Lastly, by using a benchtop next-generation sequencer (Roche/454 GS Junior), this approach can be more easily implemented in low-resource settings. This data provides proof-of-concept that next-generation HIV drug resistance genotyping is a feasible and low-cost alternative to current genotyping methods and may be particularly beneficial for in-country surveillance of transmitted drug resistance.

Bereits Goethe, Freund der Frauen und Kenner des Weines plauderte und pokulierte mit Sophie de la Roche im Brückenkeller.

Signatur des Originals: S 36/F07982

Carl von La Roche, Kniestück

Signatur des Originals: S 36/G04167

Carl von La Roche, Hüftbild

Signatur des Originals: S 36/G04168

Proyecto de ordenacion del monte Dehesa Roche numero 16 del catalogo de los de utilidad publica del termino y propios de Conil de la Frontera

El monte número 16 del Catálogo de los de utilidad pública denominado Dehesa Roche y Pinar de Roche está situado en la Provincia de Cádiz, Partido Judicial de Chiclana de la Frontera y Término Municipal de Conil de la Frontera, no siendo de esperar que su posición administrativa sufra variación alguna

El concepto de límite en el B-mu de François Roche

Algunos proyectos, como el Dusty relief/B-mu (2002) de François Roche demuestran como edificios complejos, que toman distancia desde los modelos mecanicistas para referirse a nuevos paradigmas, se pueden interpretar y comprenderse mejor gracias a un análisis perceptivo que acerca el proyecto de arquitectura a cuestiones como la relación psicológica del hombre con la arquitectura, el miedo al espacio, y las patologías vinculadas a la percepción y a las neurosis modernas. En este caso, aparte de las repercusiones que la fachada de polvo podría tener en el ámbito de la ecología urbana, es interesante analizar algunos aspectos ligados a la dicotomía entre forma externa y volúmenes internos para la que François Roche cita como referencia el raumplan de Adolf Loos, pero que presenta motivos para una reflexión vinculada a los aspectos perceptivos. El artículo trata de analizar como François Roche proyecta sus edificios extremando la dicotomía entre interior/visual y exterior/táctil, desarrollando así una nueva relación con el lugar. Roche diseña la fachada exterior del B-mu autoimponiéndose una limitación del sentido de la vista, a favor de una dimensión háptica del proyecto y lo hace envolviendo los ámbitos arquitectónicos más familiares de una interfaz abstracta y táctil.

Sermons du Pere de la Roche, Prête de l'Oratoire de Jesus pour le caresme : tome second.

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Traité de l'exploitation des mines : où l'on décrit les situations des mines, l'art d'entailler la roche & la substance des filons, de former les puits & les galeries, de procurer de l'air aux souterrains, d'en vuider les eaux, d'élever les roches & les mines au jour, & de percer la terre : avec un traité particulier sur la préparation et le lavage des mines /

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Les sculptures et les gravures sur roche de la N

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Memoria sobre el cólico cerrado : (adicion al artículo cólico de plomo de los Nuevos Elementos de patología médico-quirúrgica por Roche, Sanson y Lenoir, cuarta edicion) /

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