La bible et les découvertes modernes en Palestine, en Egypte et en Assyrie

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Ensayo sobre la América precolombina

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Arqueología mexicana: civilización de algunos de las diferentes tribus que habitaron el territorio hoy mexicano, en la antigüedad

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Compendio de la historia antigua de México

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Mañanas de la Alameda de México

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Historia antigua y de la conquista de México

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Relación de las ceremonias y ritos y población y gobernación de los indios de la provincia de Michoacán

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La escultura del México antiguo

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Contestación a la dúplica del Sr. Lic. Alfredo Chavero en la controversia del monolito de Coatlinchán

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Sumana relación de las cosas de la Nueva España: con noticia individual de los descendientes legítimos de los conquistadores y primeros pobladores españoles

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Historia del descubrimiento y conquista de Yucatán: con una reseña de la historia antigua de esta península

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Nombres indígenas todavía en uso en el Estado de Zacatecas

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Elementos de geografía del Estado de Zacatecas: obra expresamente arreglada para uso de las escuelas oficiales del mismo estado

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Bosquejo histórico de Zacatecas

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Antigüedades peruanas

Este libro escrito junto al explorador y naturalista suizo Johann Jakob von Tschudi (Juan Diego de Tshudi) es la obra de difusión más conocida de Rivero y Ustáriz, tanto por sus bellas ilustraciones como por su importancia en la historia de la arqueología peruana y latinoamericana. La obra incluye cinco láminas de la estatuaria del macizo Colombiano, conocida actualmente como "San Agustín".