Increased frequency of micronuclei in the lymphocytes of patients chronically infected with hepatitis B or hepatitis C virus

In this study, we analysed the frequency of micronuclei (MN), nucleoplasmic bridges (NPBs) and nuclear buds (NBUDs) and evaluated mutagen-induced sensitivity in the lymphocytes of patients chronically infected with hepatitis B virus (HBV) or hepatitis C virus (HCV). In total, 49 patients with chronic viral hepatitis (28 HBV-infected and 21 HCV-infected patients) and 33 healthy, non-infected blood donor controls were investigated. The frequencies (‰) of MN, NPBs and NBUDs in the controls were 4.41 ± 2.15, 1.15 ± 0.97 and 2.98 ± 1.31, respectively. The frequencies of MN and NPBs were significantly increased (p < 0.0001) in the patient group (7.01 ± 3.23 and 2.76 ± 2.08, respectively) compared with the control group. When considered separately, the HBV-infected patients (7.18 ± 3.57) and HCV-infected patients (3.27 ± 2.40) each had greater numbers of MN than did the controls (p < 0.0001). The HCV-infected patients displayed high numbers of NPBs (2.09 ± 1.33) and NBUDs (4.38 ± 3.28), but only the HBV-infected patients exhibited a significant difference (NPBs = 3.27 ± 2.40, p < 0.0001 and NBUDs = 4.71 ± 2.79, p = 0.03) in comparison with the controls. Similar results were obtained for males, but not for females, when all patients or the HBV-infected group was compared with the controls. The lymphocytes of the infected patients did not exhibit sensitivity to mutagen in comparison with the lymphocytes of the controls (p = 0.06). These results showed that the lymphocytes of patients who were chronically infected with HBV or HCV presented greater chromosomal instability.

Targeting of DNA polymerase to the adenovirus origin of DNA replication by interaction with nuclear factor I.

Efficient initiation by the DNA polymerase of adenovirus type 2 requires nuclear factor I (NFI), a cellular sequence-specific transcription factor. Three functions of NFI--dimerization, DNA binding, and activation of DNA replication--are colocalized within the N-terminal portion of the protein. To define more precisely the role of NFI in viral DNA replication, a series of site-directed mutations within the N-terminal domain have been generated, thus allowing the separation of all three functions contained within this region. Impairment of the dimerization function prevents sequence-specific DNA binding and in turn abolishes the NFI-mediated activation of DNA replication. NFI DNA-binding activity, although necessary, is not sufficient to activate the initiation of adenovirus replication. A distinct class of NFI mutations that abolish the recruitment of the viral DNA polymerase to the origin also prevent the activation of replication. Thus, a direct interaction of NFI with the viral DNA polymerase complex is required to form a stable and active preinitiation complex on the origin and is responsible for the activation of replication by NFI.

Hepatitis C Virus Nonstructural 5A Protein Inhibits Lipopolysaccharide-Mediated Apoptosis of Hepatocytes by Decreasing Expression of Toll-Like Receptor 4.

Background. Hepatitis C virus (HCV) nonstructural protein 5A (NS5A) has been shown to modulate multiple cellular processes, including apoptosis. The aim of this study was to assess the effects of HCV NS5A on apoptosis induced by Toll-like receptor (TLR) 4 ligand, lipopolysaccharide (LPS). Methods. Apoptotic responses to TLR4 ligands and the expression of molecules involved in TLR signaling pathways in human hepatocytes were examined with or without expression of HCV NS5A. Results. HCV NS5A protected HepG2 hepatocytes against LPS-induced apoptosis, an effect linked to reduced TLR4 expression. A similar downregulation of TLR4 expression was observed in Huh-7-expressing genotype 1b and 2a. In agreement with these findings, NS5A inhibited the expression of numerous genes encoding for molecules involved in TLR4 signaling, such as CD14, MD-2, myeloid differentiation primary response gene 88, interferon regulatory factor 3, and nuclear factor-κB2. Consistent with a conferred prosurvival advantage, NS5A diminished the poly(adenosine diphosphate-ribose) polymerase cleavage and the activation of caspases 3, 7, 8, and 9 and increased the expression of anti-apoptotic molecules Bcl-2 and c-FLIP. Conclusions. HCV NS5A downregulates TLR4 signaling and LPS-induced apoptotic pathways in human hepatocytes, suggesting that disruption of TLR4-mediated apoptosis may play a role in the pathogenesis of HCV infection.

Synergistic action of GA-binding protein and glucocorticoid receptor in transcription from the mouse mammary tumor virus promoter.

B lymphocytes are among the first cells to be infected by mouse mammary tumor virus (MMTV), and they play a crucial role in its life cycle. To study transcriptional regulation of MMTV in B cells, we have analyzed two areas of the long terminal repeat (LTR) next to the glucocorticoid receptor binding site, fp1 (at position -139 to -146 from the cap site) and fp2 (at -157 to -164). Both showed B-cell-specific protection in DNase I in vitro footprinting assays and contain binding sites for Ets transcription factors, a large family of proteins involved in cell proliferation and differentiation and oncogenic transformation. In gel retardation assays, fp1 and fp2 bound the heterodimeric Ets factor GA-binding protein (GABP) present in B-cell nuclear extracts, which was identified by various criteria: formation of dimers and tetramers, sensitivity to pro-oxidant conditions, inhibition of binding by specific antisera, and comigration of complexes with those formed by recombinant GABP. Mutations which prevented complex formation in vitro abolished glucocorticoid-stimulated transcription from an MMTV LTR linked to a reporter gene in transiently transfected B-cell lines, whereas they did not affect the basal level. Exogenously expressed GABP resulted in an increased level of hormone response of the LTR reporter plasmid and produced a synergistic effect with the coexpressed glucocorticoid receptor, indicating cooperation between the two. This is the first example of GABP cooperation with a steroid receptor, providing the opportunity for studying the integration of their intracellular signaling pathways.

Comparison of a multiplexed bead-based assay with an immunofluorescence and an enzyme-immuno assay for the assessment of Epstein-Barr virus serologic status.

We have compared a multiplexed bead-based assay (BBA) with an enzyme immunoassay (EIA) and immunofluorescence assay (IFA) for the assessment of the Epstein-Barr virus (EBV) serostatus. Three hundred and ninety-three sera, classified according to IFA results as seronegative (n=100), acute infection (n=100), past infection (n=100) and indeterminate (n=93), were tested by BBA and EIA. Overall, the three methods gave similar results with a relatively high (75.2%) concordance with the consensus interpretation of the serostatus. The most significant discordances were: (i) 58 samples had uninterpretable results for BBA, in majority due to the detection of non-antigen specific antibody binding by control beads. (ii) almost half the samples positive for anti-Epstein-Barr nuclear antigen (EBNA) IgG by BBA or EIA were negative by IFA. Among the latter, only a minority had a history of immunocompromise or treatment, or detectable anti-early antigen antibody. This discrepancy probably reflects a poor sensitivity of IFA for anti-EBNA IgG detection. EIA and BBA had a similar performance and had substantial practical advantages over IFA with respect to testing for EBV serostatus.

Estrogen-dependent in vitro transcription from the vitellogenin promoter in liver nuclear extracts.

One approach to analyzing the molecular mechanisms of gene expression in vivo is to reconstitute these events in cell-free systems in vitro. Although there is some evidence for tissue-specific transcription in vitro, transcriptionally active extracts that mimic a steroid hormone-dependent enhancement of transcription have not been described. In the study reported here, nuclear extracts of liver from the frog Xenopus laevis were capable of estrogen-dependent induction of a homologous vitellogenin promoter that contained the estrogen-responsive element.

Molecular interactions involved in the transactivation of the human T-cell leukemia virus type 1 promoter mediated by Tax and CREB-2 (ATF-4).

The human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) Tax protein activates viral transcription through three 21-bp repeats located in the U3 region of the HTLV-1 long terminal repeat and called Tax-responsive elements (TxREs). Each TxRE contains nucleotide sequences corresponding to imperfect cyclic AMP response elements (CRE). In this study, we demonstrate that the bZIP transcriptional factor CREB-2 is able to bind in vitro to the TxREs and that CREB-2 binding to each of the 21-bp motifs is enhanced by Tax. We also demonstrate that Tax can weakly interact with CREB-2 bound to a cellular palindromic CRE motif such as that found in the somatostatin promoter. Mutagenesis of Tax and CREB-2 demonstrates that both N- and C-terminal domains of Tax and the C-terminal region of CREB-2 are required for direct interaction between the two proteins. In addition, the Tax mutant M47, defective for HTLV-1 activation, is unable to form in vitro a ternary complex with CREB-2 and TxRE. In agreement with recent results suggesting that Tax can recruit the coactivator CREB-binding protein (CBP) on the HTLV-1 promoter, we provide evidence that Tax, CREB-2, and CBP are capable of cooperating to stimulate viral transcription. Taken together, our data highlight the major role played by CREB-2 in Tax-mediated transactivation.

Aminoterminal amphipathic α-helix AH1 of hepatitis C virus nonstructural protein 4B possesses a dual role in RNA replication and virus production.

Nonstructural protein 4B (NS4B) is a key organizer of hepatitis C virus (HCV) replication complex formation. In concert with other nonstructural proteins, it induces a specific membrane rearrangement, designated as membranous web, which serves as a scaffold for the HCV replicase. The N-terminal part of NS4B comprises a predicted and a structurally resolved amphipathic α-helix, designated as AH1 and AH2, respectively. Here, we report a detailed structure-function analysis of NS4B AH1. Circular dichroism and nuclear magnetic resonance structural analyses revealed that AH1 folds into an amphipathic α-helix extending from NS4B amino acid 4 to 32, with positively charged residues flanking the helix. These residues are conserved among hepaciviruses. Mutagenesis and selection of pseudorevertants revealed an important role of these residues in RNA replication by affecting the biogenesis of double-membrane vesicles making up the membranous web. Moreover, alanine substitution of conserved acidic residues on the hydrophilic side of the helix reduced infectivity without significantly affecting RNA replication, indicating that AH1 is also involved in virus production. Selective membrane permeabilization and immunofluorescence microscopy analyses of a functional replicon harboring an epitope tag between NS4B AH1 and AH2 revealed a dual membrane topology of the N-terminal part of NS4B during HCV RNA replication. Luminal translocation was unaffected by the mutations introduced into AH1, but was abrogated by mutations introduced into AH2. In conclusion, our study reports the three-dimensional structure of AH1 from HCV NS4B, and highlights the importance of positively charged amino acid residues flanking this amphipathic α-helix in membranous web formation and RNA replication. In addition, we demonstrate that AH1 possesses a dual role in RNA replication and virus production, potentially governed by different topologies of the N-terminal part of NS4B.

Measles virus infection – Interplay between virus and host cells

Measles, caused by measles virus (MV), is a highly contagious viral disease causing severe respiratory infection and a typical rash. Despite the availability of a protective vaccine, measles is still the leading vaccine-preventable cause of childhood mortality worldwide. The high mortality associated with the disease is mainly due to an increased susceptibility to secondary infections during the period of immunosuppression that continues for several weeks after recovery. The present study was undertaken to elucidate the role of cytoskeletal components in the regulation of MV infection. The most interesting finding was that MV replication was activated in unstimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMC) when globular actin was converted into the filamentous form with jasplakinolide. This provides a new aspect in our understanding of MV infection in PBMC. In the second part of the thesis we investigated MV-induced structural changes of cellular nuclear matrix, which is a proteinaceous framework of the nucleus similar to the cytoskeleton in the cytoplasm. We showed that cleavage of nuclear markers was virusspecific and a general caspase inhibitor rescued MV-infected cells from cell death. Furthermore, we studied MV-induced innate immune mechanisms in lung epithelial and endothelial cells. Our results showed that MV infection resulted in activation of the double stranded RNA (dsRNA) binding molecules melanoma differentiation-associated gene 5 (mda-5), retinoic acid inducible gene I (RIG-I), and toll-like receptor 3 (TLR3) gene expression, followed by high expression of antiviral cytokine mRNA.

Analysis of the nucleotide sequence of the coat protein and 3'-untranslated region of two Brazilian Potato virus Y isolates

Two Brazilian Potato virus Y (PVY) isolates were biologically characterized as necrotic (PVY-NBR) and common (PVY-OBR) based upon symptoms on test plants. Additional characterization was performed by sequencing a cDNA corresponding to the 3' terminal region of the viral genome. The sequence consisted of 195 nucleotides (nt) coding part of the nuclear inclusion body b (NIb) gene, 804 nt of the coat protein (CP) gene, and 328 nt (PVY-OBR) or 326 nt (PVY-NBR) of the 3'-untranslated region (UTR). Translation of the sequence resulted in one single open reading frame with part of the NIb and a CP of 267 amino acids. The two isolates shared 95.1% similarity in the CP amino acid sequence. The CP and the 3'-UTR sequence of the Brazilian isolates were compared to those of other PVY isolates previously reported and unrooted phylogenetic trees were constructed. The trees revealed a separation of two distinct clusters, one comprising most of the common strains and the other comprising the necrotic strains. PVY-OBR was clustered in the common group and PVY-NBR in the necrotic one.

Caracterização da região 3'-terminal do genoma de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus

O presente trabalho caracteriza a região 3'-terminal do genoma de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar 972 nt da região 3'-terminal do RNA viral. Foi obtido fragmento de tamanho esperado que inclui o gene da proteína capsidial e a região 3'-terminal não codificadora. O gene da proteína capsidial (ORF4) contém 801 nucleotídeos, incluindo-se o códon de terminação UGA, com seqüência deduzida de 266 aminoácidos e massa molecular estimada de 28.800 Da. Sessenta e um aminoácidos terminais da ORF2 estão sobrepostos na ORF4. O "sinal de localização nuclear", encontrado dentro do "Domínio R" na região 5'-terminal da ORF4 de alguns sobemovírus, não foi identificado no SBMV-SP. Esse dado pode explicar a ausência de partículas virais do SBMV-SP no núcleo celular. A seqüência do SBMV-SP apresentou identidade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 91% e 93% com o isolado "Arkansas" (SBMV-ARK) descrito nos EUA. Os resultados obtidos indicam que o SBMV-SP e o SBMV-ARK são isolados muito proximamente relacionados.

Étude de la sortie du virus herpès simplex de type 1 (HSV 1) hors du noyau

Le virus herpès simplex de type 1 (HSV 1) affecte la majorité de la population mondiale. HSV 1 cause de multiples symptômes délétères dont les plus communs sont les lésions orofaciales usuellement appelées feux sauvages. Le virus peut aussi causer des effets plus sérieux comme la cécité ou des troubles neurologiques. Le virus réside de façon permanente dans le corps de son hôte. Malgré l’existence de nombreux traitements pour atténuer les symptômes causés par HSV 1, aucun médicament ne peut éliminer le virus. Dans le but d’améliorer les connaissances concernant le cycle viral de HSV 1, ce projet cible l’étude du transport du virus dans la cellule hôte. Ce projet aura permis la collecte d’informations concernant le modus operandi de HSV 1 pour sortir des compartiments cellulaires où il séjourne. Les différentes expérimentations ont permis de publier 3 articles dont un article qui a été choisi parmi les meilleurs papiers par les éditeurs de « Journal of Virology » ainsi qu’un 4e article qui a été soumis. Premièrement, un essai in vitro reproduisant la sortie de HSV 1 du noyau a été mis sur pied, via l’isolation de noyaux issus de cellules infectées. Nous avons démontré que tout comme dans les cellules entières, les capsides s’évadent des noyaux isolés dans l’essai in vitro en bourgeonnant avec la membrane nucléaire interne, puis en s’accumulant sous forme de capsides enveloppées entre les deux membranes nucléaires pour finalement être relâchées dans le cytoplasme exclusivement sous une forme non enveloppée. Ces observations appuient le modèle de transport de dé-enveloppement/ré-enveloppement. Deuxièmement, dans le but d’identifier des joueurs clefs viraux impliqués dans la sortie nucléaire du virus, les protéines virales associées aux capsides relâchées par le noyau ont été examinées. La morphologie multicouche du virus HSV 1 comprend un génome d’ADN, une capside, le tégument et une enveloppe. Le tégument est un ensemble de protéines virales qui sont ajoutées séquentiellement sur la particule virale. La séquence d’ajout des téguments de même que les sites intracellulaires où a lieu la tégumentation sont l’objet d’intenses recherches. L’essai in vitro a été utilisé pour étudier cette tégumentation. Les données recueillies suggèrent un processus séquentiel qui implique l’acquisition des protéines UL36, UL37, ICP0, ICP8, UL41, UL42, US3 et possiblement ICP4 sur les capsides relâchées par le noyau. Troisièmement, pour obtenir davantage d’informations concernant la sortie de HSV 1 des compartiments membranaires de la cellule hôte, la sortie de HSV 1 du réseau trans golgien (TGN) a aussi été étudiée. L’étude a révélé l’implication de la protéine kinase D cellulaire (PKD) dans le transport post-TGN de HSV 1. PKD est connue pour réguler le transport de petits cargos et son implication dans le transport de HSV 1 met en lumière l’utilisation d’une machinerie commune pour le transport des petits et gros cargos en aval du TGN. Le TGN n’est donc pas seulement une station de triage, mais est aussi un point de rencontre pour différentes voies de transport intracellulaire. Tous ces résultats contribuent à une meilleure compréhension du processus complexe de maturation du virus HSV 1, ce qui pourrait mener au développement de meilleurs traitements pour combattre le virus. Les données amassées concernant le virus HSV 1 pourraient aussi être appliquées à d’autres virus. En plus de leur pertinence dans le domaine de la virologie, les découvertes issues de ce projet apportent également de nouveaux détails au niveau du transport intracellulaire.

Réponse cellulaire pan-spécifique : analyse de la présentation d’antigènes conservés du virus de l’influenza

Les méthodes de vaccination actuelles contre l’influenza, axées sur la réponse à anticorps dirigée contre des antigènes hautement variables, nécessitent la production d’un vaccin pour chaque nouvelle souche. Le défi est maintenant de stimuler simultanément une réponse cellulaire pan-spécifique ciblant des antigènes conservés du virus, tel que la protéine de la matrice (M1) ou la nucléoprotéine (NP). Or, la présentation antigénique de ces protéines est peu définie chez l’humain. Nous avons analysé la présentation endogène par les complexes majeurs d’histocompatibilité de classes (CMH)-I et -II de M1 et de NP. Ainsi, les protéines M1 et NP ont été exprimées dans des cellules présentatrices d’antigènes (CPAs). Notamment, des épitopes de M1 et de NP endogènes peuvent être présentées par CMH-I et -II, ce qui résulte en une activation respectivement de lymphocytes T CD8+ et CD4+ précédemment isolés. Étant donné l’importance des lymphocytes T CD4+ dans la réponse cellulaire, nous avons cloné M1 ou NP en fusion avec des séquences de la protéine gp100 permettant la mobilisation vers les compartiments du CMH-II sans affecter la présentation par CMH-I. Des CPAs exprimant de façon endogène ces constructions modifiées ou sauvages ont ensuite été utilisées pour stimuler in vitro des lymphocytes T humains dont la qualité a été évaluée selon la production de cytokines et la présence de molécules de surface (ELISA ou marquage de cytokines intracellulaire). Nous avons observé une expansion de lymphocytes T CD8+ et CD4+ effecteurs spécifiques sécrétant diverses cytokines pro-inflammatoires (IFN-γ, TNF, MIP-1β) dans des proportions comparables avec une présentation par CMH-II basale ou améliorée. Cette qualité indépendante du niveau de présentation endogène par CMH-II de M1 et de NP des lymphocytes T CD4+ et CD8+ suggère que cette présentation est suffisante à court terme. En outre, la présentation endogène de M1 et NP a permis de stimuler des lymphocytes T spécifiques à des épitopes conservés du virus, tel qu’identifié à l’aide une méthode d’identification originale basée sur des segments d’ARNm, « mRNA PCR-based epitope chase (mPEC) ». Ensemble, ces nouvelles connaissances sur la présentation antigénique de M1 et de NP pourraient servir à établir de nouvelles stratégies vaccinales pan-spécifiques contre l’influenza.

Identification du rôle et des modifications post-traductionnelles modulant l’export nucléaire de l’hélicase virale E1 au cours du cycle de réplication du virus du papillome humain

Les virus du papillome humain (VPH) sont de petits virus à ADN double brin infectant les épithéliums de la peau et des muqueuses. La réplication nécessaire au maintien de leur génome dans les cellules infectées dépend des protéines virales E1 et E2. Au cours de la réplication, E1 est recrutée à l’origine de réplication par E2 afin d’être assemblée en doubles hexamères capables de dérouler l’ADN. E1 contient un domaine C-terminal responsable de l’activité ATPase/hélicase, un domaine central de liaison à l’origine et une région N-terminale régulant la réplication in vivo. Cette région contient des signaux de localisation et d’export nucléaire qui modulent le transport intracellulaire de E1. Chez le virus du papillome bovin (VPB), il a été proposé que ce transport est régulé par la sumoylation de E1. Finalement, la région N-terminale de E1 contient un motif de liaison aux cyclines permettant son interaction avec la cycline E/A-Cdk2. La phosphorylation de E1 par cette dernière régule différemment l’export nucléaire des protéines E1 du VPB et du VPH. Dans la première partie de cette étude, nous avons démontré que bien que la protéine E1 des VPH interagit avec Ubc9, l’enzyme de conjugaison de la voie de sumoylation, cette voie n’est pas requise pour son accumulation au noyau. Dans la seconde partie, nous avons déterminé que l’accumulation nucléaire de E1 est plutôt régulée pas sa phosphorylation. En fait, nous avons démontré que l’export nucléaire de E1 est inhibé par la phosphorylation de sérines conservées de la région N-terminale de E1 par Cdk2. Puis, nous avons établi que l’export nucléaire de E1 n’est pas nécessaire à l’amplification du génome dans les kératinocytes différenciés mais qu’il est requis pour le maintien du génome dans les kératinocytes non différenciés. En particulier, nous avons découvert que l’accumulation nucléaire de E1 inhibe la prolifération cellulaire en induisant un arrêt du cycle cellulaire en phase S et que cet effet anti-prolifératif est contrecarrée par l’export de E1 au cytoplasme. Dans la troisième partie de cette étude, nous avons démontré que l’arrêt cellulaire induit par E1 dépend de sa liaison à l’ADN et à l’ATP, et qu’il est accompagné par l’activation de la voie de réponse aux dommages à l’ADN dépendante de ATM (Ataxia Telangiectasia Mutated). Ces deux événements semblent toutefois distincts puisque la formation d’un complexe E1-E2 réduit l’activation de la voie de réponse aux dommages par E1 sans toutefois prévenir l’arrêt de cycle cellulaire. Finalement, nous avons démontré que la réplication transitoire de l’ADN viral peut avoir lieu dans des cellules arrêtées en phase S, indépendamment de l’activation de la voie de réponse aux dommages à l’ADN et de la kinase ATM. Globalement, nos résultats démontrent que l’export nucléaire de E1 est régulé par sa phosphorylation et non par sa sumoylation. Ils démontrent également que l’export nucléaire de E1 est essentiel au maintien du génome dans les kératinocytes, possiblement parce qu’il prévient l’inhibition de la prolifération cellulaire et l’activation de la voie de réponse aux dommages à l’ADN en limitant l’accumulation de E1 au noyau.

Développement d'une méthode d'isolation des noyaux adaptée aux macrophages pour une caractérisation protéomique d'une nouvelle structure autophagique induite par le virus HSV-1

L’autophagie est un processus cellulaire catabolique qui a été conservé durant l’évolution de la levure à l’homme. Cet important mécanisme consiste en une dégradation des composants cytoplasmiques dans une structure lytique, le lysosome. Il existe trois types de l’autophagie : la microautophagie, l’autophagie médiée par les chaperones et la macroautophagie nommée « autophagie ». Il a été démontré que lors de l’autophagie, le matériel cytoplasmique (protéines cytosoliques et organites) est séquestré dans l’autophagosome qui finit par fusionner avec le lysosome, formant ainsi l’autophagolysosome. Le matériel séquestré et la membrane interne de l’autophagosome seront dégradés par les hydrolases lysosomales. Plusieurs études se sont focalisées sur la détermination de la machinerie moléculaire et les mécanismes de l’autophagie. Il a été démontré l’implication de 31 molécules Atg essentielles dans le processus de l’autophagie. L’identification de ces protéines a permis de déceler le rôle de l’autophagie non seulement dans le maintien de l’homéostasie cellulaire mais aussi dans la défense contre les agents pathogènes. En effet, l’autophagie joue un rôle important dans l’immunité innée conduisant à contrôler l’évasion des pathogènes dont les bactéries et les virus. Également, l’autophagie est impliquée dans l’immunité adaptative en favorisant la présentation des antigènes viraux par le CMH de classe II aux cellules T CD4+. De plus, une étude récente suggère que l’autophagie contribue à la présentation antigénique par le CMH de classe I aux cellules T CD8+ durant une infection virale par le virus HSV-1 (Herpes simplex type 1). Toutefois, certains virus y compris HSV-1 ont pu développer des mécanismes pour contourner et inhiber en partie le rôle protecteur de l’autophagie. Récemment, une étude dans notre laboratoire a mis en évidence, lors d’une infection virale par HSV-1 des cellules macrophages BMA, la présence d’une nouvelle structure autophagique dans une phase tardive de l’infection. Cette nouvelle structure est différente des autophagosomes classiques à double membrane et est caractérisée morphologiquement par quatre membranes dérivées de l’enveloppe nucléaire interne et externe. Peu de choses ont été rapportées sur cette nouvelle voie autophagique qui peut être un mécanisme de défense cellulaire quand l’autophagie classique dans le cytosol est inhibée par HSV-1. Il devient donc intéressant de caractériser les molécules impliquées dans la formation de ces autophagosomes issus du noyau par spectrométrie de masse. Pour ce faire, il était impératif d’établir un outil d’isolation des noyaux à partir de macrophages infectés par HSV-1 dans lesquels les autophagosomes issus des noyaux seront formés. La validation de cette méthode d’isolation a été effectuée en déterminant la pureté et l’intégrité des noyaux isolés à partir des cellules non infectées (contrôle) et infectées par HSV-1. La pureté des préparations de noyaux isolés a été caractérisée par l’absence de contaminants cellulaires et un enrichissement en noyaux. Également, il a fallu déterminer la cinétique de formation des autophagosomes issus des noyaux pour les deux lignées cellulaires de macrophages utilisées dans ce projet. Dans une perspective future, l’analyse protéomique à partir des échantillons purs des noyaux isolés (non infectés et infectés) mènera à identifier les protéines impliquées dans la formation des autophagosomes dérivés des noyaux, ce qui permettra ultérieurement d’effectuer des études sur les mécanismes moléculaires et les fonctions de cette nouvelle voie autophagique.