Comparison of nonlinear and linear PCA on surface wind, surface height, and SST in the South China Sea

We compared nonlinear principal component analysis (NLPCA) with linear principal component analysis (LPCA) with the data of sea surface wind anomalies (SWA), surface height anomalies (SSHA), and sea surface temperature anomalies (SSTA), taken in the South China Sea (SCS) between 1993 and 2003. The SCS monthly data for SWA, SSHA and SSTA (i.e., the anomalies with climatological seasonal cycle removed) were pre-filtered by LPCA, with only three leading modes retained. The first three modes of SWA, SSHA, and SSTA of LPCA explained 86%, 71%, and 94% of the total variance in the original data, respectively. Thus, the three associated time coefficient functions (TCFs) were used as the input data for NLPCA network. The NLPCA was made based on feed-forward neural network models. Compared with classical linear PCA, the first NLPCA mode could explain more variance than linear PCA for the above data. The nonlinearity of SWA and SSHA were stronger in most areas of the SCS. The first mode of the NLPCA on the SWA and SSHA accounted for 67.26% of the variance versus 54.7%, and 60.24% versus 50.43%, respectively for the first LPCA mode. Conversely, the nonlinear SSTA, localized in the northern SCS and southern continental shelf region, resulted in little improvement in the explanation of the variance for the first NLPCA.

Contribuição de bactérias diazotrópicas na cultura da bananeira: perspectivas de utilização na produção integrada.

Esta pesquisa objetivou avaliar a ocorrência de bactérias diazotróficas na cultura da bananeira no Estado do Ceará (Brasil), selecionar bactérias diazotróficas endofíticas em associação com mudas da cultivar Grande Naine, avaliar produção de bananas nas cultivares Grande Naine (subgrupo Cavendish), Ambrosia, Buccaner e Calypso (subgrupo Gros Michel) em resposta à inoculação de bactéria selecionada em mudas e verificar o potencial de bactéria diazotrófica na proteção de plantas da cultivar Maçã contra o fungo Fusarium oxysporum f. sp. cubense, causador da fusariose na bananeira. As bananeiras das cultivares Pacovan e Prata (subgrupo Prata) e Couruda (subgrupo Figo) plantadas no Ceará estavam associadas de bactérias diazotróficas relacionadas aos gêneros Burkholderia e Herbaspirillum. Em experimento com mudas micropropagadas da cultivar Grande Naine constatou-se que bactérias endofíticas do tipo Burkholderia variam em eficiência na promoção do crescimento das plantas. A inoculação do isolado de bactéria relacionada a B. cepacia AB202 em mudas resultou no aumento de produtividade das cultivares dos subgrupos Cavendish (2.900kg ha- 1) e Gros Michel (1.400kg ha-1). Na cultivar Maçã, a tecnologia permitiu reduzir a incidência de fusariose em 7,4% (113 plantas por ha). Estes resultados confirmam a influência de bactérias diazotróficas na cultura da bananeira, sugerindo a possibilidade do uso desta tecnologia por viveiristas e produtores de banana em busca da produção integrada de frutas.

Diversidade de bactérias endofíticas na cultura da mandioca.

A diversidade de bactérias endofíticas na cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz) foi avaliada em plantas coletadas em plantios comerciais no estado de São Paulo e em etnovariedades coletadas em aldeias indígenas e pequenos agricultores nos estados do Amazonas e Bahia. A identificação das bactérias foi realizada pela análise do perfil dos ácidos graxos (FAME). Nos três estados foram identificadas 48 espécies bacterianas pertencentes a 27 gêneros, sendo que os mais freqüentemente isolados foram: Bacillus, Burkholderia, Enterobacter, Serratia e Stenotrophomonas. O gênero Bacillus foi encontrado com maior freqüência em todas as regiões amostradas e o maior número de espécies deste gênero foi encontrado no estado de São Paulo. No estado do Amazonas, à exceção do B. pumilus, e na Bahia, à exceção do B. atrophaeus, todas as espécies de Bacillus encontradas foram pertencentes ao grupo do B. cereus. Nas plantas dos estados do Amazonas e da Bahia foram encontradas espécies bacterianas endofíticas pertencentes aos três grupos bacterianos, ou seja, Proteobacteria, Firmicute e Actinobacteria; o mesmo não foi observado para o estado de São Paulo, onde não foram isoladas bactérias do grupo Actinobacteria. O número de gêneros bacterianos encontrados, associados a 11 diferentes famílias, no estado do Amazonas, demonstra a maior diversidade de bactérias endofíticas nas plantas provenientes deste estado.

Ocorrência de bactérias diazotróficas endofíticas na mandioca (Manihot esculenta Crantz).

Este trabalho teve como objetivo selecionar bactérias endofíticas da mandioca com potencial para a fixação de N2 atmosférico. Foram utilizados isolados bacterianos endofíticos de plantas de mandioca provenientes dos estados de São Paulo, Amazonas e Bahia. No estado de São Paulo as plantas foram coletadas em plantios comerciais nos municípios de Iêpe, Araras e Mogi Guaçu. No estado do Amazonas e da Bahia foram coletadas etnovariedades mantidas pelos índios e pequenos agricultores, nas regiões de Autazes e em Porto Seguro, respectivamente. O potencial para fixação do N2 atmosférico foi avaliado pelo crescimento das bactérias em meio de cultura livre de N, pela atividade de redução do acetileno e pela presença do gene nifH. Espécies bacterianas endofíticas com capacidade para crescer em meio de cultura livre de N foram encontradas nos três estados e foram classificadas dentro do subgrupo das g- Proteobacteria e dos Bacilli. As amplificações por PCR do gene nifH foram realizadas em espécies bacterianas pertencentes às g-Proteobacteria. Baseado no crescimento em meio de cultura livre de nitrogênio e na presença do gene nifH, oito isolados bacterianos obtidos das plantas de mandioca foram selecionados para posteriores testes in planta.

Caracterização de bactérias e fungos envolvidos na degradação de sulfentrazona em solos.

2008

Caracterização molecular de microrganismos isolados do ecossistema agrícola do cerrado. I. Bactérias endofíticas do milho.

2003

Bioquímica molecular como ferramenta para conservação e uso da biodiversidade agrícola tropical: desenvolvimento de marcador imunoquímico para identificação da bactérias endofíticas do milho.

Marcadores moleculares estão sendo amplamente utilizados na agricultura. Entre as várias aplicações práticas, destacam-se a identificação de raças, linhagens e estirpes, eliminação de réplicas em bancos de germoplasma, identificação de genes associados com a performance da planta, entre outros. Em todos esses casos, a definição da estratégia que deverá ser adotada precisa considerar os custos para a obtenção dos marcadores. Ênfase crescente tem sido dada para identificar marcadores menos onerosos. Marcadores bioquímicos constituem um tipo especial de marcador molecular que se caracteriza pela análise do produto da expressão gênica. Destacam-se dois tipos principais: isoenzimas e proteínas. Esses marcadores também são definidos como marcadores fenotípicos, pois podem resultar da interação genótipo/ambiente. Embora de aplicação limitada, o uso desses marcadores em algumas áreas ou em casos especiais fornece informações seguras e úteis para a identificação de indivíduos. Recentemente, as técnicas de SDS-PAGE, RAPD-PCR, ARDRA e seqüenciamento de genes ribossomais foram empregadas no Laboratório de Bioquímica Molecular de Microrganismos da Embrapa Milho e Sorgo, para identificar bactérias endofíticas isoladas do milho. Naquele estudo, foi verificada, em todos os isolados, a presença de um polipeptídio de aproximadamente 42 kDa e cuja expressão era bastante elevada. O objetivo deste trabalho consistiu em aprofundar os estudos sobre o polipeptídio de 42 kDa, visando o desenvolvimento de marcadores imunoquímicos para identificar e estudar a dinâmica de colonização bactérias endofíticas em plantas de milho.

Predição de proteína, matéria seca e fósforo em grãos de milho pela espectroscopia de reflectância no infravermelho próximo.

Este trabalho tem como objetivo o desenvolvimento de curvas de calibração por espectroscopia de reflectância no infravermelho próximo (NIRS) para os teores de matéria seca, proteína e fósforo em amostras de milho processado. Neste trabalho, foi utilizada a espectroscopia no infravermelho com Transformada de Fourier aplicando a técnica de reflectância difusa, cujos dados espectrais foram correlacionados aos valores nutricionais do milho através do método de regressão dos mínimos quadrados parciais (PLS) e diferentes pré-tratamentos matemáticos nos espectros. Para a construção de modelo de calibração, foram utilizados os dados de referência de análises químicas dos valores do teor de matéria seca, proteína bruta e fósforo (P) de 191 amostras de milho em grão de diferentes procedências e variedades. Destas amostras, 114 foram usadas para o modelo de calibração, 48 para validação. A espectroscopia de reflectância no infravermelho próximo, associada ao método de calibração multivariada (PLS), é uma técnica alternativa viável para a determinação do teor de proteína total e matéria seca em amostras de milho moído. As curvas ajustadas para proteína bruta, matéria seca e fósforo apresentaram performance adequada para utilização em amostras provenientes de ensaios de screening ou onde se tem grande número de repetições de amostras por tratamentos. Para utilização em determinações analíticas, como método de rotina laboratorial, os modelos de calibração devem ser aprimorados.

Método molecular para estudos ecológicos de bactérias diazotróficas do gênero Paenibacillus em amostras ambientais.

O objetivo deste trabalho foi desenvolver e testar um protocolo de PCR específico para a amplificação de espécies de bactérias fixadoras de nitrogênio do gênero Paenibacillus, utilizando-se a estratégia de clonagem e sequenciamento do gene nifH. .

Métodos quantitativos para determinação de características bioquímicas e fisiológicas associadas com bactérias promotoras do crescimento vegetal.

Metodologia para as análises em laboratório; Produção de sideróforos; Produção de ácido indol acético (AIA); Produção de citocininas e giberelinas; Fixação assimbiotica de N2; Produção de quitinase; Producao de B-1,3-glucanase; Produção de 1-aminociclopropano-1-carboxylato deaminase; Produção de ácido cianidrico; Solubilizacao de fosfatos; Produção de pectinase; Produção de celulase; Antagonismo direto a fungos; Antagonismo indireto a fungos (compostos volateis); Antagonismo entre bacterias.

Quantificação e isolamento de bactérias diazotróficas associadas a coqueiro (Cocos nucifera L.).

1997

Pontos críticos de infecção por fungos, oomicetos e bactérias em tubérculos de batata.

Após a colheita, os tubérculos de batata ficam sujeitos ao ataque de micro-organismos fitopatogênicos que levam ao seu apodrecimento. As ?portas? de entrada desses agentes nos tubérculos, aqui chamadas de pontos críticos de infecção (PCI), podem ser de causa natural ou induzidos durante o manuseio do produto.

Bactérias e as suas redes sociais

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas

Nonlinear PCA with Local Approach for Diesel Engine Fault Detection and Diagnosis

This brief examines the application of nonlinear statistical process control to the detection and diagnosis of faults in automotive engines. In this statistical framework, the computed score variables may have a complicated nonparametric distri- bution function, which hampers statistical inference, notably for fault detection and diagnosis. This brief shows that introducing the statistical local approach into nonlinear statistical process control produces statistics that follow a normal distribution, thereby enabling a simple statistical inference for fault detection. Further, for fault diagnosis, this brief introduces a compensation scheme that approximates the fault condition signature. Experimental results from a Volkswagen 1.9-L turbo-charged diesel engine are included.