Structural rules for the formation of backbone-backbone interactions between closely packed RNA double helices

Les interactions entre les squelettes sucre-phosphate de nucléotides jouent un rôle important dans la stabilisation des structures tertiaires de larges molécules d’ARN. Elles sont régies par des règles particulières qui gouverne leur formation mais qui jusque là demeure quasiment inconnues. Un élément structural d’ARN pour lequel les interactions sucre-phosphate sont importantes est le motif d’empaquetage de deux doubles hélices d’ARN le long du sillon mineur. Ce motif se trouve à divers endroits dans la structure du ribosome. Il consiste en deux doubles hélices interagissant de manière à ce que le squelette sucre-phosphate de l’une se niche dans le sillon mineur de l’autre et vice versa. La surface de contact entre les deux hélices est majoritairement formée par les riboses et implique au total douze nucléotides. La présente thèse a pour but d’analyser la structure interne de ce motif et sa dépendance de stabilité résultant de l’association optimale ou non des hélices, selon leurs séquences nucléotidiques. Il est démontré dans cette thèse qu’un positionnement approprié des riboses leur permet de former des contacts inter-hélices, par l’entremise d’un choix particulier de l’identité des pairs de bases impliquées. Pour différentes pairs de bases participant à ce contact inter-hélices, l’identité optimale peut être du type Watson-Crick, GC/CG, or certaines pairs de bases non Watson-Crick. Le choix adéquat de paires de bases fournit une interaction inter-hélice stable. Dans quelques cas du motif, l’identité de certaines paires de bases ne correspond pas à la structure la plus stable, ce qui pourrait refléter le fait que ces motifs devraient avoir une liberté de formation et de déformation lors du fonctionnement du ribosome.

Systems biology of the human MHC class I immunopeptidome

Le système de différenciation entre le « soi » et le « non-soi » des vertébrés permet la détection et le rejet de pathogènes et de cellules allogéniques. Il requiert la surveillance de petits peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH I). Les molécules du CMH I sont des hétérodimères composés par une chaîne lourde encodée par des gènes du CMH et une chaîne légère encodée par le gène β2-microglobuline. L’ensemble des peptides est appelé l’immunopeptidome du CMH I. Nous avons utilisé des approches en biologie de systèmes pour définir la composition et l’origine cellulaire de l’immunopeptidome du CMH I présenté par des cellules B lymphoblastoïdes dérivés de deux pairs de fratries avec un CMH I identique. Nous avons découvert que l’immunopeptidome du CMH I est spécifique à l’individu et au type cellulaire, qu’il dérive préférentiellement de transcrits abondants, est enrichi en transcrits possédant d’éléments de reconnaissance par les petits ARNs, mais qu’il ne montre aucun biais ni vers les régions génétiques invariables ni vers les régions polymorphiques. Nous avons également développé une nouvelle méthode qui combine la spectrométrie de masse, le séquençage de nouvelle génération et la bioinformatique pour l’identification à grand échelle de peptides du CMH I, dont ceux résultants de polymorphismes nucléotidiques simples non-synonymes (PNS-ns), appelés antigènes mineurs d’histocompatibilité (AMHs), qui sont les cibles de réponses allo-immunitaires. La comparaison de l’origine génomique de l’immunopeptidome de soeurs avec un CMH I identique a révélé que 0,5% des PNS-ns étaient représentés dans l’immunopeptidome et que 0,3% des peptides du CMH I seraient immunogéniques envers une des deux soeurs. En résumé, nous avons découvert des nouveaux facteurs qui modèlent l’immunopeptidome du CMH I et nous présentons une nouvelle stratégie pour l’indentification de ces peptides, laquelle pourrait accélérer énormément le développement d’immunothérapies ciblant les AMHs.

Flou de mouvement réaliste en temps réel

Le flou de mouvement de haute qualité est un effet de plus en plus important en rendu interactif. Avec l'augmentation constante en qualité des ressources et en fidélité des scènes vient un désir semblable pour des effets lenticulaires plus détaillés et réalistes. Cependant, même dans le contexte du rendu hors-ligne, le flou de mouvement est souvent approximé à l'aide d'un post-traitement. Les algorithmes de post-traitement pour le flou de mouvement ont fait des pas de géant au niveau de la qualité visuelle, générant des résultats plausibles tout en conservant un niveau de performance interactif. Néanmoins, des artefacts persistent en présence, par exemple, de mouvements superposés ou de motifs de mouvement à très large ou très fine échelle, ainsi qu'en présence de mouvement à la fois linéaire et rotationnel. De plus, des mouvements d'amplitude importante ont tendance à causer des artefacts évidents aux bordures d'objets ou d'image. Ce mémoire présente une technique qui résout ces artefacts avec un échantillonnage plus robuste et un système de filtrage qui échantillonne selon deux directions qui sont dynamiquement et automatiquement sélectionnées pour donner l'image la plus précise possible. Ces modifications entraînent un coût en performance somme toute mineur comparativement aux implantations existantes: nous pouvons générer un flou de mouvement plausible et temporellement cohérent pour plusieurs séquences d'animation complexes, le tout en moins de 2ms à une résolution de 1280 x 720. De plus, notre filtre est conçu pour s'intégrer facilement avec des filtres post-traitement d'anticrénelage.

Cell lines and animal model in the analysis of pharmacogenomics markers in childhood acute lymphoblastic leukemia

La leucémie aiguë lymphoblastique (LAL) est le cancer pédiatrique le plus fréquent. Elle est la cause principale de mortalité liée au cancer chez les enfants due à un groupe de patient ne répondant pas au traitement. Les patients peuvent aussi souffrir de plusieurs toxicités associées à un traitement intensif de chimiothérapie. Les études en pharmacogénétique de notre groupe ont montré une corrélation tant individuelle que combinée entre les variants génétiques particuliers d’enzymes dépendantes du folate, particulièrement la dihydrofolate réductase (DHFR) ainsi que la thymidylate synthase (TS), principales cibles du méthotrexate (MTX) et le risque élevé de rechute chez les patients atteints de la LAL. En outre, des variations dans le gène ATF5 impliqué dans la régulation de l’asparagine synthetase (ASNS) sont associées à un risque plus élevé de rechute ou à une toxicité ASNase dépendante chez les patients ayant reçu de l’asparaginase d’E.coli (ASNase). Le but principal de mon projet de thèse est de comprendre davantage d’un point de vue fonctionnel, le rôle de variations génétiques dans la réponse thérapeutique chez les patients atteints de la LAL, en se concentrant sur deux composants majeurs du traitement de la LAL soit le MTX ainsi que l’ASNase. Mon objectif spécifique était d’analyser une association trouvée dans des paramètres cliniques par le biais d’essais de prolifération cellulaire de lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCLs, n=93) et d’un modèle murin de xénogreffe de la LAL. Une variation génétique dans le polymorphisme TS (homozygosité de l’allèle de la répétition triple 3R) ainsi que l’haplotype *1b de DHFR (défini par une combinaison particulière d’allèle dérivé de six sites polymorphiques dans le promoteur majeur et mineur de DHFR) et de leurs effets sur la sensibilité au MTX ont été évalués par le biais d’essais de prolifération cellulaire. Des essais in vitro similaires sur la réponse à l’ASNase de E. Coli ont permis d’évaluer l’effet de la variation T1562C de la région 5’UTR de ATF5 ainsi que des haplotypes particuliers du gène ASNS (définis par deux variations génétiques et arbitrairement appelés haplotype *1). Le modèle murin de xénogreffe ont été utilisé pour évaluer l’effet du génotype 3R3R du gène TS. L’analyse de polymorphismes additionnels dans le gène ASNS a révélé une diversification de l’haplotype *1 en 5 sous-types définis par deux polymorphismes (rs10486009 et rs6971012,) et corrélé avec la sensibilité in vitro à l’ASNase et l’un d’eux (rs10486009) semble particulièrement important dans la réduction de la sensibilité in vitro à l’ASNase, pouvant expliquer une sensibilité réduite de l’haplotype *1 dans des paramètres cliniques. Aucune association entre ATF5 T1562C et des essais de prolifération cellulaire en réponse à ASNase de E.Coli n’a été détectée. Nous n’avons pas détecté une association liée au génotype lors d’analyse in vitro de sensibilité au MTX. Par contre, des résultats in vivo issus de modèle murin de xénogreffe ont montré une relation entre le génotype TS 3R/3R et la résistance de manière dose-dépendante au traitement par MTX. Les résultats obtenus ont permis de fournir une explication concernant un haut risque significatif de rechute rencontré chez les patients au génotype TS 3R/3R et suggèrent que ces patients pourraient recevoir une augmentation de leur dose de MTX. À travers ces expériences, nous avons aussi démontré que les modèles murins de xénogreffe peuvent servir comme outil préclinique afin d’explorer l’option d’un traitement individualisé. En conclusion, la connaissance acquise à travers mon projet de thèse a permis de confirmer et/ou d’identifier quelques variants dans la voix d’action du MTX et de l’ASNase qui pourraient faciliter la mise en place de stratégies d’individualisation de la dose, permettant la sélection d’un traitement optimum ou moduler la thérapie basé sur la génétique individuelle.

L’implantation des ingrédients actifs du programme LifeSkills Training Transitions dans un milieu scolaire québécois

Rapport académique présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l’obtention du grade de M. Sc. en criminologie, option intervention

A Shine of Truth in the "universal delusional context of reification" (Theodor W. Adorno)

“A Shine of Truth in the ‘universal delusional context of reification’ (Theodor W. Adorno)” comprend sept chapitres, un prologue et un épilogue. Chaque partie se construit à deux niveaux : (1) à partir des liens qui se tissent entre les phrases contiguës ; et (2) à partir des liens qui se tissent entre les phrases non contiguës. Les incipit des paragraphes forment l’argument principal de la thèse. Le sujet de la thèse, Schein (apparence, illusion, clarté) est abordé de manière non formaliste, c’est à dire, de manière que la forme donne d’elle-même une idée de la chose : illusion comme contradiction imposée. Bien que le sujet de la thèse soit l’illusion, son but est la vérité. Le Chapitre I présente une dialectique de perspectives (celles de Marx, de Lukács, de Hegel, de Horkheimer et d'Adorno) pour arriver à un critère de vérité, compte tenu du contexte d’aveuglement universel de la réification ; c’est la détermination de la dissolution de l’apparence. Le Chapitre II présente le concept d’apparence esthétique—une apparence réversible qui s’oppose à l’apparence sociale générée par l’industrie de la culture. Le Chapitre III cherche à savoir si la vérité en philosophie et la vérité en art sont deux genres distincts de vérités. Le Chapitre IV détermine si l’appel à la vérité comme immédiateté de l’expression, fait par le mouvement expressionniste du 20e siècle, est nouveau, jugé à l’aune d’un important antécédent à l’expressionisme musical : « Der Dichter spricht » de Robert Schumann. Le Chapitre V se penche sur la question à savoir si le montage inorganique est plus avancé que l’expressionisme. Le Chapitre VI reprend là où Peter Bürger clôt son essai Theorie de l’avant-garde : ce chapitre cherche à savoir à quel point l’oeuvre d’art après le Dada et le Surréalisme correspond au modèle hégélien de la « prose ». Le Chapitre VII soutient que Dichterliebe, op. 48, (1840), est une oeuvre d’art vraie. Trois conclusions résultent de cette analyse musicale détaillée : (1) en exploitant, dans certains passages, une ambigüité dans les règles de l’harmonie qui fait en sorte tous les douze tons sont admis dans l’harmonie, l’Opus 48 anticipe sur Schoenberg—tout en restant une musique tonale ; (2) l’Opus 48, no 1 cache une tonalité secrète : à l'oeil, sa tonalité est soit la majeur, soit fa-dièse mineur, mais une nouvelle analyse dans la napolitaine de do-dièse majeur est proposée ici ; (3) une modulation passagère à la napolitaine dans l’Opus 48, no 12 contient l’autre « moitié » de la cadence interrompue à la fin de l’Opus 48, no 1. Considérés à la lumière de la société fausse, l’Allemagne des années 1930, ces trois aspects anti-organiques témoignent d’une conscience avancée. La seule praxis de vie qu’apporte l’art, selon Adorno, est la remémoration. Mais l’effet social ultime de garder la souffrance vécue en souvenir est non négligeable : l’émancipation universelle.

Biomimicry and innovation in sustainable design : understanding its innovation supporting characteristics compared to ecodesign

Depuis la dernière décennie, le biomimétisme est une discipline en plein essor dans le monde du design durable. De plus en plus, cette stratégie prend place dans plusieurs facettes du design, que ce soit dans le design industriel, dans l’architecture ou encore dans le design urbain. Le livre de Janine Benyus intitulé Biomimétisme: Quand la Nature Inspire des Innovations Durables (1997) est largement reconnu comme étant le catalyseur de la stratégie et comme l’indique le titre du livre, le biomimétisme est très souvent associé à l’innovation. Le but principal de cette recherche est de mieux comprendre le lien entre le biomimétisme et l’innovation. Cette recherche sur le biomimétisme comprend un objectif mineur et deux objectifs majeurs. Le premier objectif cherche à comprendre le véritable lien entre le biomimétisme et l’écodesign. Le second objectif vise non seulement à valider la théorie selon laquelle le biomimétisme est une stratégie menant à des solutions de design innovantes, mais également à établir quels types d’innovations ont été générés par cette stratégie. Finalement, le troisième objectif est d’identifier les aspects du biomimétisme qui mènent à des solutions de design innovantes. Pour accomplir ces objectifs, cette recherche utilisera une approche qualitative supportée par des études de cas et une revue de littérature. Afin de contextualiser les deux derniers objectifs, cette étude établit que le biomimétisme et l’écodesign sont des stratégies complémentaires plutôt qu’en compétition. Les conclusions de cette recherche démontrent que la théorie proposant que le biomimétisme soit une stratégie d’innovation est valide et que la discipline est surtout apte à générer l’innovation radicale. Finalement, la recherche indique que l’analogie de distance et la transdisciplinarité sont les deux aspects du biomimétisme aidant à produire des solutions de design innovantes. Le biomimétisme est mieux connu dans le contexte du design durable et cette recherche permet de mieux comprendre le biomimétisme dans le contexte de l’innovation. Considérant que le biomimétisme est une discipline qui suscite beaucoup d’intérêt des milieux académiques et privés, cette recherche participe à l’expansion de la connaissance sur le sujet et propose de nouvelles pistes de recherche sur le biomimétisme et l’innovation.

Mesurer l'apport unique de l'adhésion à la culture des gangs de rue à l'explication des conduites délinquantes chez les adolescents et les hommes contrevenants

L’apport disproportionné aux taux de criminalité des membres des gangs de rue est, nul doute, une proposition empirique robuste. De nombreuses études ont conclu que l’association aux gangs de rue est un facteur de risque supplémentaire à celui que constitue déjà la fréquentation de pairs délinquants au nombre des meilleurs prédicteurs de la délinquance avec les antécédents criminels et les traits antisociaux de la personnalité. Pourtant, la contribution spécifique de l’association aux gangs de rue à l’explication de la délinquance est largement méconnue. Au nombre des variables les plus souvent citées pour l’expliquer figure néanmoins le concept de l’adhésion à la culture de gang qui n’a toutefois jamais été spécifiquement opérationnalisé. Le but de la thèse est d’étudier la contribution spécifique de l’adhésion d’un contrevenant à la culture des gangs de rue à l’explication de la délinquance. Plus précisément, elle a comme objectifs de définir la culture des gangs de rue, d’opérationnaliser l’adhésion à la culture des gangs de rue, d’examiner la fidélité de la mesure de l’adhésion à la culture de gang et d’étudier sa relation avec la nature, la variété et la fréquence des conduites délinquantes de contrevenants placés sous la responsabilité des centres jeunesse et des services correctionnels du Québec. Trois articles scientifiques, auxquels un chapitre régulier est joint, ont servi la démonstration de la thèse. D’abord, le premier article présente les démarches relatives au développement de la première Mesure de l’adhésion à la culture de gang, la MACg. Plus précisément, l’article présente la recension des écrits qui a permis de proposer une première définition de la culture de gang et d’opérationnaliser le concept. Il fait aussi état de la démarche de la validation de la pertinence de son contenu et des données préliminaires qui révèlent la très bonne cohérence interne de la MACg. Cette première étude est suivie de la présentation, dans le cadre d’un chapitre régulier, des résultats de l’examen de la cotation des principaux indicateurs de la culture de gang. Cette démarche constitue un complément nécessaire à l’examen de la validité apparente de la MACg. Les résultats révèlent des degrés de concordance très satisfaisants entre les observations de divers professionnels des centres jeunesse et des services correctionnels du Québec qui ont été invités à coter les indicateurs de la culture de gang à partir de deux histoires fictives d’un contrevenant mineur et d’un second d’âge adulte. Puis, le deuxième article présente les résultats d’un premier examen de la fidélité de la MACg à l’aide du modèle de Rasch de la Théorie de la réponse aux items. Ses résultats soutiennent l’unidimensionnalité de la MACg et sa capacité à distinguer des groupes d’items et de personnes le long d’un continuum de gravité d’adhésion à la culture de gang. Par contre, le fonctionnement différentiel et le mauvais ajustement de certains items sont observés, ainsi que l’inadéquation de la structure de réponses aux items (de type Likert) privilégiée lors de l’élaboration de la MACg. Une version réaménagée de cette dernière est donc proposée. Enfin, le troisième et dernier article présente les résultats de l’examen de la relation entre la délinquance et l’adhésion d’un contrevenant à la culture de gang telle que mesurée par la MACg. Les résultats soutiennent l’apport unique de l’adhésion d’un contrevenant à la culture de gang à la diversité et à la fréquence des conduites délinquantes auto-rapportées par des contrevenants placés sous la responsabilité des centres jeunesse et des services correctionnels du Québec. Le score à l’échelle originale et réaménagée de la MACg s’avère, d’ailleurs, un facteur explicatif plus puissant que l’âge, la précocité criminelle, les pairs délinquants et la psychopathie au nombre des meilleurs prédicteurs de la délinquance. L’étude met aussi en lumière l’étroite relation entre une forte adhésion à la culture de gang et la présence marquée de traits psychopathiques annonciatrice de problèmes particulièrement sérieux. Malgré ses limites, la thèse contribuera significativement aux développements des bases d’un nouveau modèle explicatif de l’influence de l’association aux gangs de rue sur les conduites des personnes. La MACg pourra aussi servir à l’évaluation des risques des hommes contrevenants placés sous la responsabilité du système de justice pénale et à l’amélioration de la qualité des interventions qui leur sont dédiées.

Adolescents, neurosciences et prise de décisions médicales: devrions-nous revoir certaines dispositions du Code civil du Québec?

Article

Arte e institucionalização: (o papel das atividades artísticas musicais no processo de institucionalização do menor)

O objetivo deste trabalho foi o de tentar entender o contexto do menor institucionalizado, questionando até que ponto a arte na instituição é buscada pela arte; se a arte propicia a busca de identidade e influi na auto-estima do menor, e se ela contribui para a reintegraçãodo me nor na sociedade. Este estudo volta-se em sua introdução para a ca racterização da problemática do menor partindo de uma descrição sobre o SAM (Serviço de Assistência a Menores) e a FUNABEM (Fundação Nacional do Bem-Estar do Menor) para poder situar o menor institucionalizado e compreender o seu processo de institucionalização, ressaltando, nesta, dados relativos às atividades mucicais. Inicialmente, apresenta-se o resultado de estudos de teses e subsídios de livros e artigos publicados sobre o menor institucionalizado e o processo de institucional ização. A seguir o referencial teórico é explicitado abor dando-se aspectos importantes e, em especial os efeitos da institucionalização e da arte no desenvolvimento psicossocial do menor. Duas instituições foram mais de perto descritas: (SAM e FUNABEM) e, em seguida, partiu-se para a caracterização da ASSEAF (Associação de. Ex-alunos da Fundação Nacio nal do Bem-Estar do Menor), onde foram buscados os ex-alunos que participaram da pesquisa. A metodologia da pesquisa se aproxima a fenomeno lógica, tendo como sujeitos os ex-alunos do SAM e da FUNA BEM ligados à arte, os quais se encontravam alguns na ASSEAF, e outros, no Corpo de Bombei ros do Estado do Rio de Janeiro. Estes ex-alunos deram seus depoimentos em situação de entrevistas semi- estrutura das. Foram realizados também discussões em grupo, levantamento de documentos e outras informações constantes dos arquivos da ASSEAF. Os resultados da análise são discutidos tendo sido feita a categorização de todo o material recolhido. Concluiu-se, do ponto de vista dos ex-alunos,que a arte musical deveria ser procurada, respondendo por uma vocação - em alguns casos isto até acontece - mas, na instituição, esta procura funciona como uma troca de vantagens e benefícios; prestígio para o aluno versus prestígio para a instituição. Nessa troca de benefícios, a arte posibilita a busca de identidade à medida em que proporciona oportunidades de realização pessoal, elevação da auto-estima, melhoria de relacionamentos, e, sobretudo, uma identificação com a música. Porém, os efeitos da prática das atividades artísticas musicais não são suficientemente consistentes no sentido de determinar a plena reintegração do menor a sociedade, pois depende de um grande número de fatores. Mesmo no plano dessa visão positiva em relação à arte musical, encontram-se evidências de ambiguidade que perpassam por todas as representações analisadas nas conclusões. Assim é que os ex-alunos, muitas vezes, reforçam o uso institucional da prática artística musical, em contraposição aos efeitos benéficos que dela advêm. E, quando falam na música como centro de sua identificação, indicam o interesse e o esforço pessoal como fatores marcantes em direção a essa possibilidade de identificação.

Egresso da FUNABEM: sua reintegração na sociedade

Este trabalho partiu da questão do menor institucionalizado e da constatação de que grande parte da população brasileira está à margem do processo econômico e cultural. Também a margem desse processo está o egresso da Fundação Nacional do Bem Estar do Menor - FUNABEM, que se encontrava numa situação de menor carente, abandonado ou de conduta irreguIar, foi interno em instituição de amparo ao bem-estar e agora, após a institucionalização, encontra-se na mesma situação: abandonado à sua sorte. Desse modo, viu-se a necessidade de investigação das causas de existência de urna "população marginal" de egressos da FUNABEM, vivendo em condições de notória miserabilidade, uma vez que foram institucionalizados por estarem abandonados e sem recursos mínimos de subsistência, estando novamente abandonados ao atingirem a maioridade. Para entender o surgimento do menor abandonado e sua "carreira", dentro do contexto das populações carentes, buscou-se literatura pertinente, formando um conjunto teórico capaz de orientar a identificação e a compreensão do significado de sua existência. A unidade metodológica do trabalho realizado, visando melhor compreensão do tema abordado, teve o seguinte seguimento: -Na primeira parte, a visão global sobre o egresso, processo de marginalização, institucionalização e o processo de desligamento. -Na segunda parte, a pesquisa e seus resultados. Na pesquisa, o estudo centralizou-se na Associação dos Ex-alunos de FUNABEM - ASSEAF - como principal campo de investigação, muito embora outras fontes fossem utilizadas com o objetivo de colher dados necessários. A análise e interpretações dos resultados permitiram concluir que a situação dos egressos pode ser subdividida em tópicos que destacam visões específicas - visão dos que cuidam do menor abandonado e do ex-aluno, visão do ex-aluno, visão que é veiculada pela imprensa. A análise de conteúdo foi o procedimento usado para extrair essas diferentes visões. O resultado da pesquisa conclui que, após o desligamento da instituição, crescem os riscos de não integração do egresso, porque se repete o processo de marginalização acrescentando-se exigências e pressões sociais mais críticas, dado o fato de serem "maiores", do ponto de vista jurídico. Do mesmo modo, demonstra que as soluções, adotadas para fazer frente à problemática do menor abandonado - no âmbito policial e assistencial - têm sido ineficazes, o que se explica principalmente pelo fato de essas soluções não serem nem planejadas, nem executadas com base no conhecimento já existente sobre as causas econômicas e sociais desta problemática. Mais do que soluções de controle jurídico-policial e de assistência governamental, são necessárias mudanças radicais e efetivas a nível de estrutura econômica e dos seus reflexos político-sociais em benefício das classes menos favorecidas.

Préludes pour piano [op. 103] /

Plate no.: Heugel & Cie.: 24675--24677, 25079--25084.

Recueil de gammes et arpèges mesurbes pour le basson /

v. 1. Gammes d'ut majeur à la ♯ mineur.- v. 2. Gammes de fa majeur à la ♭ mineur.

Traité pratique et théorique des mines /

On half title verso: Strasbourg : De l'imprimerie de Levrault.

Sonata I für Violoncell mit Begleitung eines 2ten Violoncells /

Caption title.