A comparison of immunohistochemical assays and FISH in detecting the ALK translocation in diagnostic histological and cytological lung tumor material.

Introduction: Detection of the ALK rearrangement in a solid tumor gives these patients the option of crizotinib as an oral form of anticancer treatment. The current test of choice is fluorescence in situ hybridization (FISH), but various cheaper and more convenient immunohistochemical (IHC) assays have been proposed as alternatives. 
Methods: Fifteen FISH-positive cases from patients, seven with data on crizotinib therapy and clinical response, were evaluated for the presence of ALK protein using three different commercially available antibodies: D5F3, using the proprietary automated system (Ventana), ALK1 (Dako), and 5A4 (Abcam). A further 14 FISH-negative and three uncertain (<15% rearrangement detected) cases were also retrieved. Of the total 32 specimens, 17 were excisions and 15 were computed tomography-guided biopsies or cytological specimens. All three antibodies were applied to all cases. Antibodies were semiquantitatively scored on intensity, and the proportion of malignant cells stained was documented. Cutoffs were set by receiver operating curve analysis for positivity to optimize correct classification. 
Results: All three IHC assays were 100% specific but sensitivity did vary: D5F3 86%, ALK 79%, 5A4 71%. Intensity was the most discriminating measure overall, with a combination of proportion and intensity not improving the test. No FISH-negative IHC-positive cases were seen. Two FISH-positive cases were negative with all three IHC assays. One of these had been treated with crizotinib and had failed to show clinical response. The other harbored a second driving mutation in the EGFR gene.
Conclusions: IHC with all three antibodies is especially highly specific (100%) although variably sensitive (71%-86%), specifically in cases with scanty material. D5F3 assay was most sensitive in these latter cases. Occasional cases are IHC-positive but FISH-negative, suggesting either inaccuracy of one assay or occasional tumors with ALK rearrangement that do not express high levels of ALK protein.

Hibridación in situ fluorescente (FISH)

Background: At the end of 80s, cloning technologies with the increase of the antibodies’ sensibility made easier the development of technologies based on Fluorescence in situ Hibridation (FISH). Nowadays, It’s widely used in the field of basic investigation as much as clinic diagnostic. Method: FISH is a technique that combines molecular biology with histochemistry way to detect specific nucleotide sequences so that chromosome’s section or even whole chromosome can be marked on metaphases cells (cell in division) and on attached cellular nucleus. This detection is realized using DNA fluorescence probes (marked with fluorophores), that can be different according to the structures manage to detect: large single-locus probes, small unique-sequence probes, chromosome- or region-specific “paints” or repetitive sequence probes and genomic DNA probes. Some of the applications of this technique is that can be so useful in the detection of numerical and structural chromosomal alterations such as polyploidies or genomic rearrangement, to mapping metaphases cells and even to detect bacteria or another type of microorganism. In addition, FISH allows us to monitoring diseases (antitumor therapies, quantification of genomic altered cells…) and the precise location of chromosomic broken spots on tumor searching for new genes involved in cancer and detect and map interested known genes. Conclusion: FISH has many advantages ahead of conventional cytogenetic techniques (bands G karyotype) overall at the time of establish a clinic diagnostic to detect tumors and chromosomic aberration, presenting a higher sensibility and specificity as well as being a relative quick technique (24 hours).

Fluorescence in situ hybridization analysis of hindgut bacteria associated with the development of equine laminitis

In the article 'Fluorescence in situ hybridization analysis of hindgut bacteria associated with the development of equine laminitis' (Milinovich et al., 2007), it is found that with reference to Horse 1, the histological signs of laminitis were first observed at 12 h post-oligofructose administration, and not 30 h as was indicated in the Results section under the subheading 'Induction of Laminitis' and in Fig. 1.

Prospección y caracterización preliminar in situ de Manilkara zapota L. y Chrysophylum cainito L. en Nicaragua

La prospección y caracterización preliminar in situ de Manilkara zapota L. y Chrysophyllum cainita L. fue realizado en todo Nicaragua. Inicialmente se recopiló toda información existente a cerca de estas especies, luego se realizó un inventario y caracterización in situ; además se obtuvo información a través de entrevistas realizadas a los poseedores de los árboles y se registraron con fichas de datos etnobotánicos, finalmente se elaboró una guía de descriptores básicos permitiendo la toma de datos tanto cuantitativos como cualitativos. Para la interpretación de los caracteres cualitativos se utilizó la ficha de inventarios de la caracterización preliminar y los caracteres cuantitativos obtenidos en las giras de colectas se introdujeron en una base de datos para luego ser procesados a través del programa de análisis estadístico SAS; además se realizó un análisis de agrupamiento, seleccionándose para este fin el análisis de conglomerados (Cluster analysis). Se hizo referencia a aspectos económicos y sociales, así se determinó que los nombres comunes varían de acuerdo a la zona, región y lengua; en cuanto al uso se establece que el más frecuente es el consumo de fruto fresco, pero también se le atribuyen propiedades medicinales y maderables. Existe poca información sobre las tazas de producción y consumo, la comercialización de su fruto es a nivel interno dentro de los diferentes mercados locales de las regiones y por lo general estas especies se encuentran como árboles aislados entre otros frutales a nivel de huertos familiares y raramente se encuentran manejados como plantaciones comerciales debido a que la producción es a largo plazo, esto sumado a la introducción de frutas exóticas causan la erosión genética de las especies. La mayor distribución de ambas especies se encontró en la región ecológica 1, presentando el 83.58 por ciento del total de muestras evaluadas para Manilkara zapota L (146 muestras evaluadas) y 56.47 por ciento para Chrysophyllum cainito L (85 muestras evaluadas); esto se debe a que esta región presenta condiciones adecuadas para el establecimiento de Sapotáceas.

Prospección y caracterización preliminar in situ de tres especies de Pouteria en Nicaragua

Se colectaron Y caracterizaron 1,148 accesiones de Poutería Sapota Jacquin; Pouteria viridis Pittier y Poutería campechiana H.B.K. Provenientes de las cuatro regiones ecológicas en que se encuentra dividido el país. El estudio se estableció a través del Programa de Recursos Genéticos Nicaragüenses (REGEN), de la Universidad Nacional Agraria (UNA), Managua. De todas las accesiones solo se procesaron 290, ya que el resto presentaban caracteres incompletos. De este total, 33 accesiones eran de Pouteria campechiana H.B.K., 34 accesiones de Pouteria viridis Pittier, y 223 accesiones de Pouteria sapota Jacquin. Se observaron 18 descriptores, entre los cuales 9 son cuantitativos y 9 son cualitativos. Los datos se sometieron al paquete estadístico SAS (sistema de análisis estadístico) el que determinó los caracteres que influyen mayormente en la variabilidad de las especies del género Poutería como son, diámetro del árbol, altura del árbol, peso del fruto, peso de la semilla, número de semillas por fruto, forma del fruto textura de la pulpa, color de la pulpa, color de la cáscara. Después se realizó el análisis e interpretación de los agrupamientos (cluster) por el método WARD mínima varianza, resultando tres fenogramas, uno para cada especie del género Pouteria. Los fenogramas de Pouteria virídis Píttier, Pouteria sapota Jacquin y Pouteria campechiana H.B.K. Están formados por 6 agrupamientos cada uno con sus respectivos grados de similitud. El fenograma de Pouteria sapota Jacquin presentaba una mayor variabilidad de agrupamiento con 44 grupos (cluster) Los efemogramas mostraron la gran diversidad de características particulares de cada grupo. La existencia de grupos de árboles con similares características de diferentes regiones que mostraron el origen materno de éstos árboles capaces de adaptarse a diferentes sitios, manteniendo la mínima diferencia en sus características morfológicas y fisiológicas

Comparaciones en los patrones de crecimiento de quince poblaciones de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) conservadas en fincas de agricultores (in situ) y ex situ

El presente estudió se llevó a cabo en la estación experimental “La compañía” con el propósito de comparar el patrón de crecimiento de 15 poblaciones locales de frijol común conservadas en fincas de agricultores y en Bancos de Germoplasma. Se consideraron tres factores de estudio con mediciones repetidas en el tiempo en un BCA con tres repeticiones. Las variables evaluadas fueron: Longitud de tallo en centímetros (cm), área foliar total en centímetros cuadrados (cm2), materia seca de láminas foliares en gramos por planta (g.p- 1 ). materia seca de restos de componentes de la planta en gramos por planta (g.p-'), materia seca total en gramos por planta (g.p-1 ) , tasa media de crecimiento absoluto en gramos por día (g.dia- 1). tasa media de crecimiento relativo en gramos por gramo presente en la planta por día (g.g- 1 día•1 índice de cosecha, y rendimiento por parcela en gramos por parcela (g. parcela-1) Las poblaciones locales y los materiales de color de semilla crema (Gualiceño) mostraron patrones de crecimiento y valores estadísticamente superiores (P< O. O 1) para longitud de tallo, área foliar y materia seca de láminas foliares al compararlas con las poblaciones almacenadas ex situ del REGEN (Nicaragua) y del CIAT (Colombia) y de color de semilla rojo o café. Sin embargo, al evaluar la materia seca total, tasa media de crecimiento absoluto y tasa media de crecimiento relativo no se registraron diferencias estadísticas significativas entre ninguno de los factores bajo estudio. Por otro lado, se apreció una interacción color por tipo de conservación estadísticamente significativa para rendimiento por parcela e índice de cosecha (Pente para cada variable). habiendo sobresalido al igual para el resto de variables las poblaciones locales y el grupo de materiales de color crema de semilla. Esto evidencia de que la selección natural aunada a la practicada por el hombre, han permitido una diferenciación de las rutas evolutivas de estas poblaciones de frijol común y retuerza la necesidad de la conservación de las variedades locales en fincas a fin de permitir la generación de diversidad novel en comparación con esas "mismas" poblaciones almacenadas ex situ en bancos de germoplasma.

Caracterización y evaluación preliminar in situ de sesenta y nueve accesiones de guanábana (Annona muricata L.) en la región del Pacífico y norte de Nicaragua

El presente estudio se desarrolló durante el período de mayo-2001 a septiembre-2002 con el objetivo de establecer la relación del germoplasma de guanábana (Annona muricata L) en los departamentos de Chinandega, León, Managua, Masaya, Granada, Rivas, Matagalpa y Jinotega, mediante taxonomía numérica. La matriz estuvo conformada por 69 accesiones y 20 variables cuantitativas y cualitativas. Esta especie florece todo el año, la mayor producción se obtiene entre agosto y septiembre en la región norte, y entre mayo y en la región del Pacifico. La fruta se consume fresca, las hojas tienen uso medicinal, y las semillas poseen propiedades insecticidas. El comercio es más frecuente en Masaya, Granada y Managua, siendo estos frutos de buena calidad (dulces, aromáticos y jugosos). La erosión genética está condicionada principalmente por la competencia con otros frutales, avance de la frontera agrícola, industrialización incipiente, entre otras. El análisis de componentes principales determinó que el 50.5% de la variación total la aportan los 3 primeros componentes (28.6 %, 12.9% y 9.0 %, respectivamente), éstos conformados por caracteres de frutos y semilla. Asimismo, a través del análisis de agrupamiento según el método Ward y el coeficiente de correlación Pearson como distancia resultó un fenograma de 2 grandes grupos, los cuales a una distancia de 16.5 formaron 4 clusteres que presentan características comunes y varianzas mínimas; de éstos se logró agrupar los materiales de los departamentos de Chinandega y León, Matagalpa y Jinotega, Masaya, Granada y Managua, y un cuarto grupo por accesiones que presentan los mayores promedios en los caracteres de frutos.

Prospección y caracterización preliminar in situ de cinco especies de sapotaceas en Nicaragua

Este trabajo consistió en una prospección (1994) y caracterización in situ (1995-1998) de cinco especies de la familia Sapotaceas en Nicaragua. Con fichas de inventario y fichas etnobotánicas se recopiló la información, obteniéndose 246 registros de Manilkara zapota L. (níspero), 287 de Chrysophyllum cainito L. (caimito), 508 de Pouteria sapota Jacquin (zapote rojo), 49 de Pouteria viridis Pittier (zapote verde) y 46 muestras de Pouteria campechialia H.B.K (zapote mico). Se determinaron estadísticos básicos, análisis Cluster y Componentes Principales. Estas especies tienen uso medicinal y se encuentran generalmente en huertos familiares y muy poco como plantaciones comerciales, los frutos se comercializan en mercados locales, excepto P. campechiana. P. sapota, P. viridis y M. zapota son las más apetecidas como fruta fresca, estos presentaron frutos con promedios de 323 y 95 gramos, algunos con peso superior a los 1000 gramos, sabor dulce, buen aroma, jugosidad y fácil desprendimiento de pulpa. Se muestrearon frutos de M. zapota de más de 500 gramos, el promedio fue 134 gramos, de forma redonda, alargada y ovalada, y sabor muy dulce. C. cainita presentó peso promedio de más de 100 gramos; los frutos son muy dulces, cáscara verde, blanca y morada. En Rivas e isla de Ometepe, Leon, Chinandega, Masaya y Granada se encontro la mayor diversidad fenotipica y frutos de mejor calidad (zapote y nispero). Este estudio demuestra que existe gran diversidad genetica en el pais que tiene gran potencial.

Análisis descriptivo de la degradación ruminal in situ de piscidium de Moringa oleífera en la Finca Santa Rosa, Managua, Nicaragua

Se realizó un estudio en la finca Santa Rosa propiedad de la Universidad Nacional Agraria ubicada en Managua-Nicaragua. El objetivo de este estudio fue realizar un análisis descriptivo de la composición química de la harina de piscidium de Moringa oleifera [Materia seca (MS), Proteína Bruta (PB), Fibra Cruda (FC), Extracto etéreo (EE) y Ceniza (CE)] así como la degradación ruminal in situ de la MS (DMS), PB (DPB) y FC (DFC) de la misma. Se utilizó la técnica de degradación in situ para evaluar la cinética de la degradabilidad de piscidium de Moringa en el rumen. Los tiempos de incubación evaluados fueron 3, 6, 9, 12, 24, 48, 72h. Los resultados obtenidos mostraron que la composición química de piscidium de Moringa presentó valores de 97.16% MS, 5.27% PB, 59.7% FC, 1.08% EE y CE de 8.18%. La DMS fue de 36.12% a las 72 h de incubación. La DPB tuvo una rápida degradabilidad en las primeras 6 h (29.75%) con un máximo de degradación potencial a las 72 h de 45.71%, sin embargo la DFC fue lenta durante las primeras 12 h, (6.77%), posterior a las mismas se incrementó la degradabilidad de la FC alcanzando un máximo potencial de degradabilidad de 19.38% a las 72 h de incubación. Los resultados indican que la harina de piscidium de Moringa es un alimento de mayor valor nutritivo que muchos alimentos toscos o lignificados, sin embargo para mejorar su aprovechamiento en la alimentación animal debe ser acompañado con una fuente nitrogenada o ser incluido como material de relleno en alimentos concentrados, bloques multinutricionales o amonificado.

Applications of in situ Fluorometers in Nearshore waters, Cape Elizabeth, Maine, February 2-4,2005: workshop proceedings

The Alliance for Coastal Technologies (ACT) Workshop "Applications of in situ Fluorometers in Nearshore Waters" was held in Cape Elizabeth, Maine, February 2-4,2005, with sponsorship by the Gulf of Maine Ocean Observing System (GoMOOS), one of the ACT partner organization. The purpose of the workshop was to explore recent trends in fluorometry as it relates to resource management applications in nearshore environments. Participants included representatives from state and federal environmental management agencies as well as research institutions, many of whom are currently using this technology in their research and management applications. Manufacturers and developers of fluorometric measuring systems also attended the meeting. The Workshop attendees discussed the historical and present uses of fluorometry technology and identified the great potential for its use by coastal managers to fulfill their regulatory and management objectives. Participants also identified some of the challenges associated with the correct use of Fluorometers to estimate biomass and the rate of primary productivity. The Workshop concluded that in order to expand the existing use of fluorometers in both academic and resource management disciplines, several issues concerning data collection, instrument calibration, and data interpretation needed to be addressed. Participants identified twelve recommendations, the top five of which are listed below: Recommendations 1) Develop a "Guide" that describes the most important aspects of fluorescence measurements. This guide should be written by an expert party, with both research and industry input, and should be distributed by all manufacturers with their instrumentation. The guide should also be made available on the ACT website as well as those of other relevant organizations. The guide should include discussions on the following topics: The benefits of using fluorometers in research and resource management applications; What fluorometers can and cannot provide in terms of measurements; The necessary assumptions required before applying fluorometry; Characterization and calibration of fluorometers; (pdf contains 32 pages)

Estudio de catalizadores basados en zeolitas HZSM-5 sometidas a tratamiento in situ con vapor de agua para la transformación de 1-buteno a propileno

El propileno es un monómero muy versátil y es la materia prima para una amplia gama de polímeros, intermedios y productos químicos. Esta versatilidad se debe a su estructura química: al igual que el etileno, el propileno contiene un doble enlace carbono - carbono, pero a diferencia de éste, el propileno contiene también un grupo metil - alílico (un grupo metilo adyacente a un doble enlace), otorgando a los químicos, diseñadores catalíticos e ingenieros dos distintas alternativas para llevar a cabo las trasformaciones químicas, por lo que son más numerosos los derivados del propilen o que del etileno (Plotkin, 2005).

Evaluation of the In Situ Ichthyoplankton Imaging System (ISIIS): comparison with the traditional (bongo net) sampler

Plankton and larval fish sampling programs often are limited by a balance between sampling frequency (for precision) and costs. Advancements in sampling techniques hold the potential to add considerable efficiency and, therefore, add sampling frequency to improve precision. We compare a newly developed plankton imaging system, In Situ Ichthyoplankton Imaging System (ISIIS), with a bongo sampler, which is a traditional plankton sampling gear developed in the 1960s. Comparative sampling was conducted along 2 transects ~30–40 km long. Over 2 days, we completed 36 ISIIS tow-yo undulations and 11 bongo oblique tows, each from the surface to within 10 m of the seafloor. Overall, the 2 gears detected comparable numbers of larval fishes, representing similar taxonomic compositions, although larvae captured with the bongo were capable of being identified to lower taxonomic levels, especially larvae in the small (<5 mm), preflexion stages. Size distributions of the sampled larval fishes differed considerably between these 2 sampling methods, with the size range and mean size of larval fishes larger with ISIIS than with the bongo sampler. The high frequency and fine spatial scale of ISIIS allow it to add considerable sampling precision (i.e., more vertical sections) to plankton surveys. Improvements in the ISIIS technology (including greater depth of field and image resolution) should also increase taxonomic resolution and decrease processing time. When coupled with appropriate net sampling (for the purpose of collecting and verifying the identification of biological samples), the use of ISIIS could improve overall survey design and simultaneously provide detailed, process-oriented information for fisheries scientists and oceanographers.

In situ study on effect of food competition on diet shifts and growth of silver and bighead carps in large biomanipulation fish pens in Meiliang Bay, Lake Taihu

Silver and bighead carps were cultured in large fish pens to reduce the risks of cyanobacterial bloom outbreaks in Meiliang Bay, Lake Tauhu in 2004 and 2005. Diet compositions and growth rates of the carps were studied from April to November each year. Both carp species fed mainly on zooplankton (> 50% in diet) in 2004 when competition was low, but selected more phytoplankton in 2005 when competition was high. Silver carp had a broader diet breadth than did bighead carp. Higher densities and fewer food resources increased diet breadths but decreased the diet overlap in both types of carps. It can be predicted that silver and bighead carps would be released from diet competition and shift to feed mainly on zooplankton at low densities, decreasing the efficiency of controlling cyanobacterial blooms. Conclusively, when silver and bighead carps are used to control cyanobacterial blooms, a sufficiently high stocking density is very important for a successful practice.