Significance of DNA base excision repair in the maintenance of mitochondrial function in Saccharomyces cerevisiae /

Mitochondria have an important role in cell metabolism, being the major site of ATP production via oxidative phosphorylation (OXPHOS). Accumulation of mtDNA mutations have been linked to the development of respiratory dysfunction, apoptosis, and aging. Base excision repair (BER) is the major and the only certain repair pathway existing in mitochondria that is in responsible for removing and repairing various base modifications as well as abasic sites (AP sites). In this research, Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) BER gene knockout strains, including 3 single DNA glycosylase gene knockout strains and Ap endonuclease (Apn 1 p) knockout strain were used to examine the importance of this DNA repair pathway to the maintenance of respiratory function. Here, I show that individual DNA glycosylases are nonessential in maintenance of normal function in yeast mitochondria, corroborating with previous research in mammalian experimental models. The yeast strain lacking Apn 1 p activity exhibits respiratory deficits, including inefficient and significantly low intracellular ATP level, which maybe due to partial uncoupling of OXPHOS. Growth of this yeast strain on respiratory medium is inhibited, but no evidence was found for increased ROS level in Apn 1 p mitochondria. This strain also shows an increased cell size, and this observation combined with an uncoupled OXPHOS may indicate a premature aging in the Apnlp knockout strain, but more evidence is needed to support this hypothesis. However, the BER is necessary for maintenance of mitochondrial function in respiring S.cerevisiae.

Identification of novel retinoid receptors and their roles in vertebrate and invertebrate nervous systems

In vertebrates, signaling by retinoic acid (RA) is known to play an important role in embryonic development, as well as organ homeostasis in the adult. In organisms such as adult axolotls and newts, RA is also important for regeneration of the CNS, limb, tail, and many other organ systems. RA mediates many of its effects in development and regeneration through nuclear receptors, known as retinoic acid receptors (RARs) and retinoid X receptors (RXRs). This study provides evidence for an important role of the RA receptor, RAR~2, in ,( '. regeneration ofthe spinal cord and tail of the adult newt. It has previously been proposed that the ability of the nervous system to regenerate might depend on the presence or absence of this RAR~2 isoform. Here, I show for the very first time, that the regenerating spinal cord of the adult newt expresses this ~2 receptor isoform, and inhibition of retinoid signaling through this specific receptor with a selective antagonist inhibits tail and spinal cord regeneration. This provides the first evidence for a role of this receptor in this process. Another species capable of CNS ~~generation in the adult is the invertebrate, " Lymnaea stagnalis. Although RA has been detected in a small number of invertebrates (including Lymnaea), the existence and functional roles of the retinoid receptors in most invertebrate non-chordates, have not been previously studied. It has been widely believed, however, that invertebrate non-chordates only possess the RXR class of retinoid receptors, but not the RARs. In this study, a full-length RXR cDNA has been cloned, which was the first retinoid receptor to be discovered in Lymnaea. I then went on to clone the very first full-length RAR eDNA from any non-chordate, invertebrate species. The functional role of these receptors was examined, and it was shown that normal molluscan development was altered, to varying degrees, by the presence of various RXR and RAR agonists or antagonists. The resulting disruptions in embryogenesis ranged from eye and shell defects, to complete lysis of the early embryo. These studies strongly suggest an important role for both the RXR and RAR in non-chordate development. The molluscan RXR and RAR were also shown to be expressed in the adult, nonregenerating eNS, as well as in individual motor neurons regenerating in culture. More specifically, their expression displayed a non-nuclear distfibution, suggesting a possible non-genomic role for these 'nuclear' receptors. It was shown that immunoreactivity for the RXR was present in almost all regenerating growth cones, and (together with N. Farrar) it was shown that this RXR played a novel, non-genomic role in mediating growth cone turning toward retinoic acid. Immunoreactivity for the novel invertebrate RAR was also found in the regenerating growth cones, but future work will be required to determine its functional role in nerve cell regeneration. Taken together, these data provide evidence for the importance of these novel '. retinoid receptors in development and regeneration, particularly in the adult nervous system, and the conservation of their effects in mediating RA signaling from invertebrates to vertebrates.

Elucidation of the Retinoid Signalling Pathway Involved in Axon Guidance in Lymnaea stagnalis and Xenopus laevis

The vitamin A metabolite, retinoic acid (RA), is known to play a crucial role in several developmental processes including axial patterning and differentiation. More recently, RA has been implicated in the regenerative process acting through its classical signaling pathway, the nuclear receptors, retinoic acid receptor (RAR) and retinoid X receptor (RXR), to mediate gene transcription. Moreover, RA has been shown to act as a guidance molecule for growth cones of regenerating motorneurons of the pond snail, Lymnaea stagnalis. Our lab has recently shown that RA can induce this morphological response independent of nuclear transcription, however, the role of the retinoid receptors in RA-induced chemoattraction is still unknown. Here, I show that the retinoid receptors, RXR and RAR, may mediate the growth cones response to the metabolically active retinoic acid isomers, all-trans and 9-cis RA, in Lymnaea stagnalis. Data presented here show that both an RXR and RAR antagonist can block growth cone turning in response to application of both isomers. Because no prior investigations have shown growth cone turning of individual vertebrate neurons, I aimed to show that both retinoic acid isomers were capable of inducing growth cone turning of embryonic spinal cord neurons in the frog, Xenopus laevis. For the first time in Xenopus, I showed that both all-trans and 9-cis RA were able to induce significantly more neurite outgrowth from cultured embryonic spinal cord neurons and induce positive growth cone turning of individual growth cones. In addition, I showed that the presence of the RXR antagonist, HX531, blocked 9-cis RA-induced growth cone turning and the RARβ antagonist, LE135, blocked all-trans RA-induced growth cone turning in this species. Evidence provided here shows for the first time, conservation of retinoic acid-induced growth cone turning in a vertebrate model system. In addition, these data show that the receptors involved in this morphological response may be the same in vertebrates and invertebrates.

'To do justice and judgement' : the place of passion in public life

Please consult the paper edition of this thesis to read. It is available on the 5th Floor of the Library at Call Number: Z 9999 P65 F47 2003

A Survey of hMLH1 mRNA Splicing Profiles in Human Cell Lines: Comparing Primary Cultured Fibroblasts Before and After Oxidative Stress and Transiently versus Stably Demethylated Colon Cancer Derived Cell Lines

Most human genes undergo alternative splicing and loss of splicing fidelity is associated with disease. Epigenetic silencing of hMLH 1 via promoter cytosine methylation is causally linked to a subset of sporadic non-polyposis colon cancer and is reversible by 5-aza-2' -deoxycytidine treatment. Here I investigated changes in hMLHI mRNA splicing profiles in normal fibroblasts and colon cancer-derived human cell lines. I established the types and frequencies of hMLHI mRNA transcripts generated under baseline conditions, after hydrogen peroxide induced oxidative stress, and in acutely 5-aza-2' -deoxycytidine-treated and stably derepressed cancer cell lines. I found that hMLHI is extensively spliced under all conditions including baseline (50% splice variants), the splice variant distribution changes in response to oxidative stress, and certain splice variants are sensitive to 5- aza-2' -deoxycytidine treatment: Splice variant diversity and frequency of exon 17 skipping correlates with the level of hMLHI promoter methylation suggesting a link between promoter methylation and mRNA splicing.

Phosphorylation du CTD de l'ARN polymérase II et impact de l'histone H2A.Z sur le positionnement des nucléosomes chez S. cerevisiae

La phosphorylation du domaine C-terminal de l’ARN polymérase II permet à ce complexe protéique d’exécuter la transcription des gènes, en plus de coupler à la transcription des événements moléculaires comme la maturation des ARNm. Mes résultats montrent que même si cette phosphorylation suit un patron similaire à l’ensemble des gènes, il existe des exceptions pouvant être dues à des mécanismes alternatifs de phosphorylation du CTD. Le présent ouvrage s’intéresse également au rôle qu’occupe la variante d’histone H2A.Z dans l’organisation de la chromatine. Des études précédentes on montré que le positionnement de certains nucléosomes le long de l’ADN serait influencé par H2A.Z et aurait une influence sur la capacité de transcrire les gènes. Par une approche génomique utilisant les puces à ADN, j’ai cartographié l’impact de la délétion de H2A.Z sur la structure des nucléosomes. Enfin, des résultats intéressants sur la dynamique d’incorporation de H2A.Z à la chromatine ont été obtenus.

Luther on love and law : a historical investigation of Martin Luther's application of scriptural authority to Church and State

Cette thèse s’ouvre avec des commentaires du siècle dernier sur les opinions de Luther à propos de l’autorité du gouvernement et de l’Église, ainsi que sur la nature humaine et la fonction de la loi. Je présente ensuite où ces critiques situent Luther par rapport à la tradition scholastique et par rapport à la tradition romaine au sein de l’Église. Puis, j’explore les œuvres de Luther pour mettre en lumière ses arguments concernant l’Église, la source de son autorité, ainsi que la relation de celle-ci avec les gouvernements, autrement dit les autorités temporelles. De là, je m’intéresse à la comparaison que le réformateur fait entre la place de l’Église dans la société et celle de l’autorité temporelle. Enfin, j’analyse les écrits de Luther à propos de deux évènements concernant la construction du Royaume de Dieu et plus précisément, dans quelle mesure l’Église dépend, ou non, des autorités temporelles pour construire ce Royaume. Nous allons trouver une réponse surprenante à la question de comment l’église est indépendante de l’autorité temporelle dans l’ouvrage spécifique au royaume de Dieu. Le but de ma thèse est de répondre à certains critiques qui reprochent à Luther de s’appuyer sur l’autorité temporelle pour établir l’Église, et par conséquent de donner au temporel le contrôle sur le spirituel. Nous découvrirons que Luther tire son autorité des Écritures. Nous découvrirons aussi les conséquences que cette autorité a sur sa philosophie politique, c'est-à-dire l’importance de la soumission aux autorités gouvernantes en même temps que la libération des individus de la tyrannie d’une fausse doctrine.

Portrait du journalisme à la pige à l’heure de la convergence

Cette recherche explore le journalisme indépendant dans le contexte contemporain de convergences socio-techno-médiatiques. Je questionne ici l’existence d’un lien entre les pratiques de pige et de convergence en journalisme et son apport dans le développement de l’univers journalistique. Il s’agit d’une étude exploratoire et empirique, consacrée aux expériences des journalistes indépendants et développée autour des concepts de tactique, résistance, liberté et gouvernance. J’ai constitué ainsi un cadre théorique à partir de l’articulation théorique de Michel Foucault relative au pouvoir. Je défends l’idée selon laquelle la pige et la convergence en journalisme sont chacun des mouvements libres qui coexistent et qui, ensemble, constituent une force motrice pour le dispositif de pouvoir que le journalisme représente dans un système démocratique avancé. La liberté de mouvement des journalistes indépendants leur permet de mener plus loin le journalisme dans le contexte actuel de convergences et d’augmenter l’horizon d’applicabilité de ce domaine de la communication de masse.

Revue critique des arguments en faveur et à l'encontre de la théorie humienne de la motivation

Bien qu'elle constitue toujours l'orthodoxie en philosophie de l'esprit, la théorie humienne de la motivation (selon laquelle la motivation origine toujours d'un désir et jamais d'une croyance seule) a été plusieurs fois critiquée au cours des dernières décennies. Je passe ici en revue les principaux arguments avancés à la fois pour appuyer et rejeter cette théorie. Du côté humien, j'examine l'argument des croyances identiques, l'argument de la direction d'ajustement et l'argument de l'uniformité théorique. Du côté anti-humien, l'objection voulant que la notion de direction d'ajustement soit circulairement caractérisée, l'objection des croyances irrationnelles et l'objection selon laquelle certains états mentaux présenteraient deux directions d'ajustement. Je conclus qu'aucune de ces objections ne devrait nous conduire à rejeter la théorie humienne, mais aussi que cette dernière trouve son principal appui du côté des considérations relatives à l'uniformité théorique et non du côté de l'argument de la direction d'ajustement comme le pensent plusieurs.

Adorno et le projet d'une théorie dialectique de l'oeuvre d'art

Le projet d’une théorie dialectique de l’œuvre d’art est sans doute un des plus complexes que Theodor Adorno ait tenu en haleine, projet qui table sur les horizons théoriques les plus diversifiés du philosophe de Francfort. Il ne s’agit donc pas ici d’en résumer la pertinence et les prémisses, de rendre justice à sa pleine complexité. Ce que je propose bien plutôt de faire c’est de développer trois façons inter-reliées de comprendre ce projet. En partant d’abord de la situation de l’esthétique contemporaine à Adorno, nous voudrions regarder en face la solution qu’offre la Théorie esthétique pour revitaliser l’esthétique philosophique. Il s’agit donc d’abord de questionner les catégories traditionnelles de l’esthétique qui semblent inadéquates à la réalité de l’art moderne « à l’époque où il devient objet de réflexion ». Le second aspect concerne l’interprétation et la méthode de présentation. « L’essai comme forme » qu’Adorno exécute et développe de pair avec la tendance parataxique de la poésie d’Hölderlin est l’objet des Notes sur la littérature. Ces travaux font écho à des notions clefs de la Théorie esthétique, déjà en germes dans « L’actualité de la philosophie » : l’interprétation, le contenu de vérité et le caractère énigmatique. Je propose finalement de restituer une certaine évolution du matériau-dissonance, ce qui recoupe et « matérialise » les deux premières perspectives.

Las capacidades ético-discursivas como capacidades para el reconocimiento recíproco: bases de un modelo de desarrollo humano

I defend three discourse ethical capabilities for human development: 1) Capability for selfunderstanding; 2) Capability to ground judgements in a dialogue with the affected; 3) Capability to carry out, with others, the justice projects agreed by common consent. Here I interpret them as capabilities for “reciprocal recognition.” I claim that the forms of selfrelation of the subject, defined by Axel Honneth, complement the capability for selfunderstanding. Honneth also offers an idea of justice that reviews the second mentioned capability. But I question the concept of “struggle” in Honneth from the perspective of the third capability, showing the advantages of co-responsibility. Then, I show that the three capabilities can be specified in indicators in each one of the spheres of the society where important ethical issues are confronted, and I give the example of what happens within the business sector. Finally, I defend a procedure to measure such indicators with concrete data. This procedure will allow us to evaluate the ethical level of a society evaluating the “ethical capabilities” of their citizens.

Les trajectoires socioprofessionnelles des nouveaux arrivants, travailleurs qualifiés au Québec : qu'est-ce qu'une «intégration réussie»?

Les études qui portent sur l’intégration professionnelle des travailleurs immigrants s’intéressent majoritairement aux résultats des acteurs sur le marché du travail ou à leur parcours d’intégration en mettant l’accent sur les barrières à l’intégration, plus rarement sur les stratégies des acteurs. Peu d’études s’intéressent aux trajectoires des travailleurs qualifiés qui ont réussi leur intégration socioprofessionnelle depuis une perspective centrée sur leur expérience subjective. Notre étude se situe résolument dans une approche micro-individuelle, donc, centrée sur les acteurs, ici, de nouveaux immigrants, travailleurs qualifiés, en processus d’intégration. Elle porte sur le déroulement de leur processus d’intégration, depuis leur décision d’immigrer jusqu’à la situation actuelle, après 5 à 10 ans passés au Québec. Notre perspective, axée sur l’expérience individuelle de l’immigrant, visait en même temps à relier les facteurs micro, macro et meso sociaux interagissant continuellement pour produire des trajectoires d’intégration uniques. Cette recherche qualitative, inspirée par le courant de la sociologie clinique, analyse les trajectoires socioprofessionnelles de sujets qui occupaient au moment de l’entrevue des emplois qualifiés, situés minimalement au niveau de leur diplôme. Elle portait sur la situation pré-migratoire : les motifs de départ, le choix de la destination; puis le parcours d’intégration socioprofessionnelle au Québec et finalement la situation actuelle du point de vue des objectifs et de la satisfaction personnelle des sujets. Il nous importait de mettre en lumière l’expérience personnelle d’intégration vue depuis la perspective subjective des acteurs. Ce faisant, nous avons étudié l’agentivité des travailleurs qualifiés qui se sont posés en tant qu’acteurs actifs et réflexifs face aux déterminant sociaux et limitations qui pesaient sur eux. Une deuxième question de recherche reliée à celle des trajectoires portait sur le regard subjectif des sujets sur l’intégration. Nous avons voulu savoir ce que c’est pour chacun que l’« intégration réussie » (au Québec) et l’intégration professionnelle « réussie ». De cette façon, il devient possible de révéler la diversité des positions et des perceptions individuelles des sujets quant à la question de l’intégration sans présumer du ou des résultats possibles de leur cheminement. Nos résultats révèlent la diversité des attentes individuelles face à l’immigration et à l’intégration dans le pays de destination et donc, ils nous invitent à tenir compte de la particularité de chaque sujet. L’immigration et l’intégration s’inscrivent pour les sujets dans une démarche individuelle plus large, celle de la réalisation de leurs projets de vie. Ces projets se situent à plusieurs niveaux et leur réalisation agit comme un guide des démarches individuelles qui visent à atteindre une vie qui s’avère satisfaisante, réussie, pleine ou complète, selon les acteurs. Il nous a été possible de rendre visibles les efforts que les acteurs ont déployés et déploient pour accomplir leurs projets et poursuivre leur chemin vers la réalisation de soi. Notre recherche a démontré qu’il est nécessaire de tenir compte tant de la subjectivité et des différences entre les acteurs au moment d’analyser leurs parcours que des résultats de leur intégration afin de concevoir des programmes qui intègrent davantage la complexité des processus en marche. Au final, il s’agit de contribuer plus efficacement à ce que les diverses expériences d’immigration et d’intégration soient « réussies ».

Derrida et Bergson : dialogue médiat sur la question de l'immédiat

Si le rapport entre Derrida et Bergson n’a pas fait l’objet de nombreuses études, les commentaires existants témoignent à peu près tous d’une vision commune : entre les deux philosophes, les divergences peuvent être atténuées, voire dissoutes, par la considération de convergences plus fondamentales. Les pages qui suivent seront l’occasion pour nous de faire contrepoids à cette vulgate interprétative. Sans nier l’existence de points de contact entre Derrida et Bergson, nous voudrions en effet montrer qu’un important désaccord subsiste entre eux au sujet de la possibilité de l’intuition. Alors que Derrida met en cause les doctrines intuitionnistes, Bergson érige l’intuition en méthode philosophique. Le présent mémoire prendra pour fil conducteur les motifs de cette discorde. Réduit à sa plus simple expression, l’objectif que nous y poursuivrons sera de montrer que les pensées bergsonienne et derridienne, lorsque mises en dialogue, révèlent un désaccord partiel qui permet de réfléchir de façon féconde sur la possibilité de l’intuition. Pour être plus exact, nous caresserons ici une triple ambition : i/ cerner étroitement l’objet du litige entre Derrida et Bergson, trop peu souligné par les commentateurs, et dont nous montrons qu’il s’articule à une entente partielle ; ii/ tirer au clair les diverses raisons qui amènent l’un à s’en prendre à l’intuition, l’autre à embrasser la méthode intuitive ; iii/ établir que certains arguments de Bergson, bien qu’ils connaissent un regain d’intérêt depuis quelques années, paraissent lacunaires lorsqu’on les confronte à différentes objections.

Les écoles privées à projet religieux ou spirituel : analyse de trois «communautés» éducatives : juive, musulmane et Steiner : à Montréal

La légitimité des écoles privées fondées sur un projet religieux ou spirituel fait l’objet de débats épineux tant au Québec qu’ailleurs, depuis plusieurs années (chapitre 1). À la différence des nombreux travaux normatifs déjà produits sur ces questions, cette thèse propose une contribution empirique sur la réalité de certaines de ces écoles à Montréal. Notre objectif général consiste donc à comprendre comment la dimension religieuse ou spirituelle d'écoles privées de groupes ou courants minoritaires (juives, musulmanes, Steiner) se traduit dans les discours et pratiques de l'école. La mise en lien d’écoles abritant des projets éducatifs minoritaires de différentes natures vise par ailleurs à poser un regard plus large sur l’identité, ethnique ou religieuse. Après avoir analysé les trois écoles, nous examinons les différences ou convergences significatives entre elles. Puis, nous tentons de mieux comprendre comment leurs discours et leurs pratiques nous renseignent sur les attentes parallèles relatives à l’éducation en contexte libéral. Nous portons alors attention (chapitre 2) aux interactions entre le curriculum « séculier » et une perspective religieuse ou spirituelle, à la conception de l'autonomie dans la scolarisation, à la formation du citoyen et à la hiérarchisation des valeurs éducatives. En nous inspirant entre autres de Juteau (1999), nous considérons ces écoles comme des « communautés » éducatives. Notre démarche méthodologique (chapitre 3), d’inspiration ethnographique, s’articule autour d'observations participantes en 5e et en 6e année du primaire et en 1re et 2e année du secondaire (environ 3 jours par classe) et à plus de 45 entrevues, menées auprès des enseignants, des directions d’école et des parents d’élèves. Même si notre dispositif ne consiste pas à faire « émerger » une théorie, nous nous inspirons de la méthode de la « théorisation ancrée » pour analyser nos données. Le premier chapitre d’analyse (chapitre 4) illustre d’abord un cas relativement « pur » de communalisation, puisque l’école Steiner produit du spirituel sans forcément se situer dans un rapport de force avec d’autres groupes sociaux. Cela reflète donc comment une lignée identitaire peut être construite grâce à l’enracinement dans une tradition et une mémoire « créées» par l’école. L’école musulmane (chapitre 5) adapte plutôt les références associées à la religion de manière à constituer un « pont » entre la socialisation primaire et celle de la société d’accueil. On constate en effet que la direction et les enseignants de l’école ne réinventent pas la lignée croyante, mais ne la reproduisent pas non plus à l’identique. En ce qui concerne l’école juive (chapitre 6), elle permet surtout d’attester une communauté ethnoreligieuse extérieure. La tradition juive enseignée à l’école, souvent qualifiée de « traditionalisme non religieux » par les acteurs scolaires, présente donc peu de réinterprétations ou de transformations dans ce contexte scolaire. Un dernier chapitre d’analyse (chapitre 7), abordant les trois écoles dans une perspective comparative, met notamment en perspective comment ces trois institutions transmettent une culture identitaire et un style de vie débordant le cadre scolaire, qui englobent les croyances religieuses et/ou spirituelles, mais ne s’y réduisent pas.

A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting

La microscopie par fluorescence de cellules vivantes produit de grandes quantités de données. Ces données sont composées d’une grande diversité au niveau de la forme des objets d’intérêts et possèdent un ratio signaux/bruit très bas. Pour concevoir un pipeline d’algorithmes efficaces en traitement d’image de microscopie par fluorescence, il est important d’avoir une segmentation robuste et fiable étant donné que celle-ci constitue l’étape initiale du traitement d’image. Dans ce mémoire, je présente MinSeg, un algorithme de segmentation d’image de microscopie par fluorescence qui fait peu d’assomptions sur l’image et utilise des propriétés statistiques pour distinguer le signal par rapport au bruit. MinSeg ne fait pas d’assomption sur la taille ou la forme des objets contenus dans l’image. Par ce fait, il est donc applicable sur une grande variété d’images. Je présente aussi une suite d’algorithmes pour la quantification de petits complexes dans des expériences de microscopie par fluorescence de molécules simples utilisant l’algorithme de segmentation MinSeg. Cette suite d’algorithmes a été utilisée pour la quantification d’une protéine nommée CENP-A qui est une variante de l’histone H3. Par cette technique, nous avons trouvé que CENP-A est principalement présente sous forme de dimère.