Diversidade genética e resistência aos anti-retrovirais inibidores enzimáticos de vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) de uma população de toxicodependentes por via endovenosa da Grande Lisboa

Neste estudo procedeu-se à caracterização da diversidade genética das regiões codificantes da protease (PR), transcritase reversa (RT) e integrase (IN) do gene pol do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1), bem como à pesquisa de polimorfismos genéticos associados à diminuição da susceptibilidade aos anti-retrovirais inibidores enzimáticos, circulante numa população de 51 indivíduos utilizadores de drogas por via endovenosa (IDUs) da Grande Lisboa. Em termos globais, a análise filogenética realizada com base em 38 sequências nucleotídicas concatenadas revelou que 12 (31,6%), 13 (34,2%) e 13 (34,2%) das sequências analisadas eram dos subtipos B, G/CRF14_BG e de formas genéticas não-B/não-G (1 F1, 4 CRF02_AG e 8 formas recombinantes únicas), respectivamente. Relativamente à pesquisa de mutações associadas a resistência (perfil genotípico), foram encontradas 15, presentes em 50,0% (22/44) dos indivíduos, com uma distribuição de 1-3/indivíduo (4, todas acessórias, na PR; 6 na RT; 5 na IN, uma principal e 4 acessórias). Todavia, apenas 26,7% (4/15) dessas mutações conferiam uma expressão fenotípica de resistência a uma das classes de inibidores (da RT ou IN), em 9,1% (4/44) dos indivíduos. Foi ainda observada uma elevada frequência de outros polimorfismos genéticos, mais frequentes em subtipos não-B, alguns dos quais considerados assinaturas de subtipo. A homologia genética total ou parcial com os subtipos B e G, reconhecida neste estudo, reflectirá a sua predominância na população de IDUs. Este resultado sugere também que a epidemia de HIV-1 em Portugal poderá estar a evoluir para um padrão epidemiológico singular, no qual os subtipos B, G e suas formas recombinantes predominam. A proporção observada de indivíduos portadores de vírus com mutações associadas a resistência, mesmo em indivíduos naive relativamente à terapêutica, indica que a sua transmissão se encontra em curso entre a população de IDUs, tendo, certamente, um impacto relevante ao nível da abordagem terapêutica e monitorização da infecção.

Desenvolvimento de um ensaio de hibridação múltipla (MHA-MULTIPLE REGION HYBRIDIZATION ASSAY) para identificação presumível de vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) dos subtipos B, G e de formas recombinantes CRF14_BG e CRF02_AG circulantes em Portugal

A maioria dos métodos utilizados na caracterização genética do HIV-1 baseia-se na análise de regiões específicas do genoma viral, fornecendo informação parcial sobre o mesmo e, por consequência, revelando-se inadequados para a identificação de vírus recombinantes. O único método que permite uma caracterização integral do genoma viral passa pela sua sequenciação completa. No entanto, este é um método dispendioso, laborioso e de difícil implementação quando se pretende a análise de elevados números de amostras. Como alternativa a este último, o conjunto de métodos genericamente designados de MHA (Multiple Region Hybridization Assay) baseiam-se na amplificação, por PCR em tempo-real, de várias regiões ao longo do genoma viral e na sua caracterização com sondas específicas (TaqMan). Tendo este modelo por base, o objectivo deste estudo foi o desenvolvimento de um ensaio de hibridação múltipla (MHABG0214) passível de ser aplicado ao estudo de um elevado número de amostras. Este método foi desenvolvido tendo como objectivo a genotipagem as estirpes circulantes dominantes na epidemia Portuguesa, nomeadamente os subtipos B, G e formas genéticas recombinantes CRF02_AG e CRF14_BG. Com base em alinhamentos de sequências de referência de genoma completo, delinearam-se primers universais e subtipo-específicos para a amplificação de diversas regiões codificantes distribuídas ao longo do genoma do HIV-1 (Gag, Protease, Transcriptase Reversa, Integrase, Rev, Gp120 e Gp41). A optimização foi efectuada, inicialmente, para um conjunto de amostras de referência e seguidamente avaliada num conjunto de 50 amostras clínicas. O MHABG0214 foi implementado numa estratégia de PCR em tempo-real, numa detecção dependente de SYBR® Green I para todas as regiões ou, como alternativa, usando sondas TaqMan (Gp41). Apresentamos ainda uma estratégia em que a análise de resultados se baseia, simplesmente, numa abordagem usando PCR/gel de agarose convencional. Estas abordagens constituem ferramentas úteis na identificação das estirpes de HIV-1 em Portugal.

HDL in HIV-1 infection: a quality perspective through paraoxonase-1 activities

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Prevalence of HIV-1/2, HTLV-I/II, hepatitis B virus (HBV), hepatitis C virus (HCV), Treponema pallidum and Trypanosoma cruzi among prison inmates at Manhuaçu, Minas Gerais State, Brazil

The purpose of this study was to determine the seroprevalence of human immunodeficiency virus (HIV-1/2), human T-cell lymphotropic virus (HTLV-I/II), hepatitis B virus (HBV), hepatitis C virus (HCV), Treponema pallidum and Trypanosoma cruzi among 63 male prisoners in Manhuaçu, Minas Gerais, Brazil and to compare this with data from eligible blood donors. The positive results were as follows: 11/63 (17.5%) for HBV, 5/63 (7.4%) for syphilis, 4/63 (6.3%) for HCV, 3/63 (4.8%) for Chagas' disease, 2/63 (3.2%) for HIV-1/2 and 1/63 (1.6%) for HTLV-I/II. The seroprevalence in prisoners was higher than among blood donors, mainly for antibodies to HIV-1/2, HCV and HBV. This is probably due to low social economic level, illiteracy, higher proportion with a prior history of intravenous drug use and/or unsafe sexual behavior. Therefore, these prisoners constitute a high risk group and routine screening and counseling are recommended.

Molecular epidemiology of HIV-1 in Rio Grande, RS, Brazil

We conducted a molecular epidemiological study to investigate HIV-1 strains in Rio Grande, southern Brazil, searching for an association with transmission mode and risk behavior. Patients (185) identified at an AIDS treatment reference Hospital, from 1994 to 1997, were included; from which 107 blood samples were obtained. Nested PCR was realized once for each sample; for amplified samples (69) HIV subtypes were classified using the heteroduplex mobility assay. Subtypes identified were B (75%), C (22%) and F (3%). All infections with C were diagnosed after 1994. Comparing patients with B and C, no differences were detected regarding demographic, clinical and laboratory characteristics; survival analysis did not reveal differences in HIV to AIDS evolution. A higher proportion of injecting drug users, IDU (not significant, p<.07) was found among those with C. This suggests that C may have been introduced in this area through IDU, and is being spread, probably by their sexual partners, to persons with other risk practices.

Longitudinal comparison between plasma and seminal HIV-1 viral loads during antiretroviral treatment

This study was designed to investigate the impact of anti-retroviral therapy on both plasma and seminal HIV-1 viral loads and the correlation between viral loads in these compartments after treatment. Viral load, CD4+ and CD8+ T-cell counts were evaluated in paired plasma and semen samples from 36 antiretroviral therapy-naïve patients at baseline and on days 45, 90, and 180 of treatment. Slopes for blood and seminal viral loads in all treated patients were similar (p = 0.21). Median HIV-1 RNA titers in plasma and semen at baseline were 4.95 log10 and 4.48 log10 copies/ml, respectively. After 180 days of therapy, the median viral load declined to 3.15 log10 copies/ml (plasma) and 3.2 log10 copies/ml (semen). At this timepoint 22 patients presented HIV-1 viral load below 400 copies/ml in either plasma or semen, but only 9 had viral loads below 400 copies/ml in both compartments.

Avaliação do polimorfismo no gene da metilenotetrahidrofolato redutase e concentração de folato e vitamina B12 em pacientes portadores do HIV-1 em tratamento com anti-retrovirais

Neste trabalho, investigamos concentração da vitamina B12 e folato, considerando-se a influência dos genótipos da metilenotetrahidrofolato redutase, o perfil imunológico e a terapia antiretroviral utilizada na população brasileira portadora do HIV. Um grupo de 86 indivíduos portadores do HIV-1 e 29 doadores de sangue foram recrutados para compor a casuística. Entre os infectados pelo HIV-1, observou-se menor concentração de B12 no grupo com maior número de linfócitos TCD4+. Não encontramos diferença na distribuição genotípica para as mutações MTHFR C677T e A1298C entre infectados e não infectados pelo HIV-1. Indivíduos portadores do HIV, genótipo C677C, apresentaram concentrações menores de B12 em relação ao grupo controle de mesmo genótipo. A terapia antiretroviral não mostrou qualquer influência nos valores de folato e vitamina B12. Estudos adicionais são necessários para reavaliar a prevalência de menores concentrações de B12 e folato e de hiperhomocisteinemia na população portadora do HIV sob a ótica do uso de HAART e da melhoria na sobrevida dos pacientes.

Freqüência das infecções pelo HIV-1, rubéola, sífilis, toxoplasmose, citomegalovírus, herpes simples, hepatite B, hepatite C, doença de Chagas e HTLV I/II em gestantes, do Estado de Mato Grosso do Sul

Objetivou-se avaliar a freqüência das infecções por sífilis, rubéola, hepatite B, hepatite C, toxoplasmose, doença de Chagas, HTLV I/II, herpes simples, HIV-1 e citomegalovírus em gestantes e relacionar a faixa etária das pacientes com a freqüência das infecções. Estudo transversal de 32.512 gestantes submetidas à triagem pré-natal no período de novembro de 2002 a outubro de 2003. As freqüências encontradas foram de 0,2% para infecção pelo vírus HIV-1, 0,03% para rubéola, 0,8% para sífilis, 0,4% para toxoplasmose, 0,05% para infecção aguda pelo citomegalovírus, 0,02% pelo vírus herpes simples, 0,3% para hepatite B (HBsAg), 0,1% para hepatite C, 0,1% para HTLV I/II e 0,1% para doença de Chagas. Houve associação significativa entre faixa etária e infecções por rubéola, citomegalovírus, doença de Chagas e herpes vírus. As freqüências de rubéola, sífilis, toxoplasmose, doença de Chagas e citomegalovírus nas gestantes encontram-se abaixo dos valores descritos na literatura.

Epidemiological and molecular characteristics of HIV-1 infection among female commercial sex workers, men who have sex with men and people living with AIDS in Paraguay

An HIV seroprevalence and molecular study was conducted among 935 subjects: 723 female commercial sex workers, 92 men who have sex with men and 120 HIV-positive volunteers. The reported injection drug use rates were 0.7% in female commercial sex workers and 3% in men who have sex with men. Sexually transmitted infections were reported in 265 (37%) of the female commercial sex workers and 38 (41%) of the men who have sex with men. A total of 20 (2.8%) female commercial sex workers and 12 (13%) men who have sex with men became HIV infected during the study period. A history of sexually transmitted infection increased the risk of subsequent HIV infection twofold (adjusted odds ratio of 2.5) among the female commercial sex workers, while cocaine use had an adjusted odds ratios of 6.61 among men who have sex with men. From 130 samples, and based on heteroduplex mobility assaying for the env gene, with sequencing of part of pol and/or full genomes, subtype B was the predominant subtype identified (66%); followed by subtype F (22%) and subtype C (4%). Recombinant CRF12-BF strains were identified in 6% and CRF17_BF was identified in 2%.

Characterization of mannose-binding lectin plasma levels and genetic polymorphisms in HIV-1-infected individuals

INTRODUCTION: The present study investigated the association between mannose-binding lectin (MBL) gene polymorphism and serum levels with infection by HIV-1. METHODS: Blood samples (5mL) were collected from 97 HIV-1-infected individuals resident in Belém, State of Pará, Brazil, who attended the Special Outpatient Unit for Infections and Parasitic Diseases (URE-DIPE). CD4+ T-lymphocyte count and plasma viral load were quantified. A 349bp fragment of exon 1 of the MBL was amplified via PCR, using genomic DNA extracted from controls and HIV-1-infected individuals, following established protocols. MBL plasma levels of the patients were quantified using an enzyme immunoassay kit. RESULTS: Two alleles were observed: MBL*O, with a frequency of 26.3% in HIV-1-infected individuals; and the wild allele MBL*A (73.7%). Similar frequencies were observed in the control group (p > 0.05). Genotype frequencies were distributed according to the Hardy-Weinberg equilibrium in both groups. Mean MBL plasma levels varied by genotype, with statistically significant differences between the AA and AO (p < 0.0001), and AA and OO (p < 0.001) genotypes, but not AO and OO (p = 0.17). Additionally, CD4+ T-lymphocytes and plasma viral load levels did not differ significantly by genotype (p > 0.05). CONCLUSIONS: The results of this study do not support the hypothesis that MBL gene polymorphism or low plasma MBL concentrations might have a direct influence on HIV-1 infection, although a broader study involving a large number of patients is needed.

Vertical transmission of HIV-1 in the western region of the State of São Paulo

INTRODUCTION: This study aimed to determine the prevalence of vertical HIV-1 transmission in the western region of the State of São Paulo, Brazil. METHODS: The study analyzed the medical records of HIV-1-infected mothers and infant pairs living in the municipalities of São Paulo Regional Health Departments DRS II (Araçatuba) and DRS XI (Presidente Prudente). From March 2001 to March 2006, blood samples were collected and referred to the Molecular Biology Unit of the Adolfo Lutz Institute (ALI), Presidente Prudente. HIV-1-RNA viral load was determined by bDNA assay. RESULTS: The number of births (109/217, 50.2%) and vertical HIV-1 transmissions (6/109, 5.5%) that occurred in DRS II was similar to births (108/217, 49.8%) and vertical transmissions (7/108, 6.5%) in DRS XI (p > 0.05). Although 80% (4/5) of the infected children were male in DRS II, while in DRS XI, 75% (6/8) were female, no differences between sex regarding infected and noninfected children in the regions of Araçatuba and Presidente Prudente were verified. The overall vertical HIV-1 transmission rate was 6%. No consistent reduction in the prevalence of vertical HIV-1 transmission occurred over the years. About 20% of mothers did not know the HIV-1 status of their newborns eight months after delivery. CONCLUSIONS: In the present study, MTCT prevalence rates were about 70% higher than those previously determined in the State of São Paulo, with noreduction throughout the period.Furthermore, a significant number of mothers did not know the HIV-status of their newborns eight months after delivery.

Fatores de risco associados a alterações renais em pacientes infectados por HIV-1

INTRODUÇÃO: A doença renal é uma das principais comorbidades envolvendo pacientes infectados com o HIV, em razão da melhora da sobrevida proporcionada pela terapêutica antirretroviral. O objetivo deste estudo foi detectar fatores de risco, possivelmente correlacionados com função renal alterada, em pacientes infectados pelo HIV. MÉTODOS: Estudo transversal foi realizado em 254 pacientes infectados pelo HIV, atendidos em ambulatório na Santa Casa de Vitória. Eles foram entrevistados e submetidos a coletas de amostras de sangue para contagem de células CD4, quantificação de carga viral do HIV-1, dosagens de glicose, lipídeos e creatinina. A proteinúria foi avaliada em amostra de primeira urina da manhã. A filtração glomerular foi estimada com as fórmulas de modified diet in renal disease (MDRD) simplificada e Cockcroft-Gault. RESULTADOS: Cento e três (40,6%) pacientes tinham alguma anormalidade no exame de urina, sendo proteinúria o achado mais comum (46; 18,1% pacientes). Vinte e cinco (9,8%) pacientes tinham filtração glomerular estimada inferior a 60ml/min/1.73m² de acordo com MDRD. A análise de regressão logística multivariada mostrou que baixa filtração glomerular foi positivamente correlacionada com raça negra [OR 9,6 (IC95% 1,28-23,80)], hipertensão arterial sistêmica [OR 3,3 (IC95% 1,28-23,81)], idade acima de 51 anos [OR 3,3 (IC95%1,11-9,90)], proteinúria [OR 5,2 {IC95% 1,67-16,25}]; hematúria [OR 3,2 (1,12-9,29)] e negativamente com pacientes em uso de zidovudina [OR 0,2 (0,04-0,78)]. CONCLUSÕES: Os fatores de risco tradicionais para doença renal como raça negra, hipertensão arterial e idade avançada foram correlacionados com menor filtração glomerular estimada em nossos pacientes.