Transporte eletrônico e quiralidade molecular: um estudo de dispositivos orgânicos em sistemas de dois terminais

No presente trabalho, investigamos o transporte eletrônico molecular em dois compostos orgânicos, o Ponceau SS (PSS) e o Oligo-(para)fenileno-vinileno (PPV) através de cálculos ab initio e função de Green de não equilíbrio (FGNE). Estes métodos demonstraram equivalência para a descrição destes dispositivos moleculares. Fizemos cálculos quânticos para o Hamiltoniano derivado de Hartree-Fock (HF) e obtivemos as propriedades de corrente-voltagem (I-V) para as duas estruturas moleculares. Com o método FGNE conseguimos modelar o transporte através de um sistema de multiníveis eletrônicos obtendo a corrente descrevendo as regiões de ressonância e a assimetria do sistema. Como resposta o PSS demonstrou assimetria para polarizações direta e reversa e a ressonância é alcançada mostrando que o dispositivo opere como um transistor molecular bi-direcional. Para o PPV investigamos também as propriedades geométricas através da conexão entre transporte eletrônico e o grau de quiralidade molecular que foi calculado usando o índice quiral que depende apenas das posições atômicas. Obtivemos que moléculas quirais e propriedades estruturais podem induzir uma assimetria no transporte eletrônico, resultando num processo de retificação. Também obtivemos que a resposta elétrica (I-V) e momento de dipolo elétrico são proporcionais ao grau de quiralidade molecular. Estes resultados sugerem que o transporte eletrônico neste sistema pode ser explorado na avaliação do seu grau de quiralidade.

Estudo da estrutura molecular dos cromossomos supranuméricos em Moenkhausia sanctaefilomenae (Teleostei, Characiformes, Characidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Epidemiologia molecular, fatores de risco e prognóstico da infecção por Enterococcus spp resistentes à vancomicina em situação de introdução recente: um estudo em dois hospitais públicos de Bauru-SP

Pós-graduação em Doenças Tropicais - FMB

Estudo biotecnológico, citogenético e molecular em espécies de orquídeas endêmicas da flora brasileira

Pós-graduação em Biociências - FCLAS

Ecologia molecular como ferramenta no estudo populacional do último megamamífero sulamericano: a anta (Tapirus terrestris) no Pantanal de Nhecolândia, MS

O presente estudo foi desenvolvido no Núcleo São Miguel Arcanjo do Parque Estadual Carlos Botelho, situado na Serra de Paranapiacaba, região sudeste do estado de São Paulo, Brasil. Quantificaram-se os regenerantes lenhosos ≤ 10 cm de altura sob interferência da cobertura de Calathea communis Wanderley & S. Vieira (Maranthaceae), envolvendo os ambientes de encosta e fundo de vale, em três períodos: junho e outubro de 2011, assim como em fevereiro de 2012. Foram utilizados os parâmetros de densidade, sobrevivência e colonização (input) para a caracterização da regeneração. No sorteio dos pontos de amostragem, cada um de 6transectos (aproximadamente 1 Km de extensão) foi sub-dividido em 20 frações de 50 metros, sendo sorteados 10 pontos por transecção. Do total de 120 parcelas (1X1m) que amostraram as plântulas, 60 localizaram-se em ambiente de fundo de vale e 60 na encosta, sendo que em cada condição topográfica 30 parcelas foram montadas sob a cobertura de C.communis e 30 na sua ausência. Os dados foram discutidos com base na aplicação de uma análise de variância fatorial, associada ao teste de Tukey de comparação de médias “a posteriori”. Observou-se que, para a densidade, a presença e ausência de Calathea communis geraram diferenças significativas (p≤0,05) nos períodos de outubro/2011 e fevereiro/2012, no entanto, para os ambientes topográficos só ocorreu variação significativa da densidade no período de fevereiro/2012. Quanto à sobrevivência, as diferenças significativas foram relacionadas à topografia, mas apenas no período de fevereiro/2012. Considerando-se os valores de input, estes foram maiores nas parcelas situadas em fundo de vale e em condições de ausência de Calathea, embora tais diferenças não sejam significativas (p≥0,05), segundo indicações da análise de variância

Estudo das interações de peptídeos antimicrobianos e sistemas miméticos de membrana por dinâmica molecular

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo clássico e quântico da dissociação molecular induzida por laser

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo morfológico, morfométrico e molecular de espécies do complexo Triatoma brasiliensis (Hemiptera, Reduviidae, Triatominae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Epidemiologia molecular e estudo dos fatores de virulência de Staphylococcus aureus resistentes à oxacilina isolados de feridas em pacientes atendidos em unidades básicas de saúde da cidade de Botucatu

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo das interações de complexos de inclusão flavonoide/ciclodextrina com modelos de membrana biológica por simulações de dinâmica molecular

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo biológico, morfológico e molecular de duas cepas de Trypanosoma Cruzi (Kinetoplastida, Trypanosomatidae) isoladas de exemplares de Triatoma Sordida e Triatoma Rubrovaria (Hemiptera, Reduviidae)

A doença de Chagas, conhecida também como tripanossomíase americana, foi descrita por Carlos Ribeiro Justiniano das Chagas em 1909 em Lassance, Minas Gerais. Ela é causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi e transmitido ao homem por insetos hemípteros conhecidos como barbeiros dos quais os gêneros mais importantes são Panstrongylus, Rhodinus e Triatoma. Essa zoonose atinge aproximadamente 10 milhões de pessoas em todo o mundo, principalmente na América Latina. Sabe-se que esse parasito apresenta grande variabilidade intraespecífica evidenciada por diferenças na patologia, virulência, constituição antigênica e habilidade de evasão à resposta imunológica e essa diversidade pode estar associada à sua adaptação e sobrevivência em diferentes hospedeiros. A diversidade patogênica, imunológica e morfológica inerente a esse flagelado dependem de fatores ainda indeterminados, como variação regional e individual da doença humana em infecções naturais e experimentais. Com o intuito de contribuir para ampliar o conhecimento sobre as populações de T. cruzi, propõe-se o estudo biológico, morfológico e molecular de duas cepas isoladas dos exemplares, Triatoma sordida (SI7) e Triatoma rubrovaria (QMM12) por Rosa et al. 2004; 2008 coletados nos Estados da Bahia e Rio Grande do Sul, respectivamente.

Estudo biológico, morfológico e molecular de duas cepas de Trypanosoma Cruzi (Kinetoplastida, Trypanosomatidae) isoladas de exemplares de Triatoma Sordida e Triatoma Rubrovaria (Hemiptera, Reduviidae)

A doença de Chagas, conhecida também como tripanossomíase americana, foi descrita por Carlos Ribeiro Justiniano das Chagas em 1909 em Lassance, Minas Gerais. Ela é causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi e transmitido ao homem por insetos hemípteros conhecidos como barbeiros dos quais os gêneros mais importantes são Panstrongylus, Rhodinus e Triatoma. Essa zoonose atinge aproximadamente 10 milhões de pessoas em todo o mundo, principalmente na América Latina. Sabe-se que esse parasito apresenta grande variabilidade intraespecífica evidenciada por diferenças na patologia, virulência, constituição antigênica e habilidade de evasão à resposta imunológica e essa diversidade pode estar associada à sua adaptação e sobrevivência em diferentes hospedeiros. A diversidade patogênica, imunológica e morfológica inerente a esse flagelado dependem de fatores ainda indeterminados, como variação regional e individual da doença humana em infecções naturais e experimentais. Com o intuito de contribuir para ampliar o conhecimento sobre as populações de T. cruzi, propõe-se o estudo biológico, morfológico e molecular de duas cepas isoladas dos exemplares, Triatoma sordida (SI7) e Triatoma rubrovaria (QMM12) por Rosa et al. 2004; 2008 coletados nos Estados da Bahia e Rio Grande do Sul, respectivamente.

QSAR e dinâmica molecular no estudo de sistemas biomoleculares: predição da atividade biológica de antagonistas do receptor sigma-1 e simulações de bicamadas lipídicas

Diferentes abordagens teóricas têm sido utilizadas em estudos de sistemas biomoleculares com o objetivo de contribuir com o tratamento de diversas doenças. Para a dor neuropática, por exemplo, o estudo de compostos que interagem com o receptor sigma-1 (Sig-1R) pode elucidar os principais fatores associados à atividade biológica dos mesmos. Nesse propósito, estudos de Relações Quantitativas Estrutura-Atividade (QSAR) utilizando os métodos de regressão por Mínimos Quadrados Parciais (PLS) e Rede Neural Artificial (ANN) foram aplicados a 64 antagonistas do Sig-1R pertencentes à classe de 1-arilpirazóis. Modelos PLS e ANN foram utilizados com o objetivo de descrever comportamentos lineares e não lineares, respectivamente, entre um conjunto de descritores e a atividade biológica dos compostos selecionados. O modelo PLS foi obtido com 51 compostos no conjunto treinamento e 13 compostos no conjunto teste (r² = 0,768, q² = 0,684 e r²teste = 0,785). Testes de leave-N-out, randomização da atividade biológica e detecção de outliers confirmaram a robustez e estabilidade dos modelos e mostraram que os mesmos não foram obtidos por correlações ao acaso. Modelos também foram gerados a partir da Rede Neural Artificial Perceptron de Multicamadas (MLP-ANN), sendo que a arquitetura 6-12-1, treinada com as funções de transferência tansig-tansig, apresentou a melhor resposta para a predição da atividade biológica dos compostos (r²treinamento = 0,891, r²validação = 0,852 e r²teste = 0,793). Outra abordagem foi utilizada para simular o ambiente de membranas sinápticas utilizando bicamadas lipídicas compostas por POPC, DOPE, POPS e colesterol. Os estudos de dinâmica molecular desenvolvidos mostraram que altas concentrações de colesterol induzem redução da área por lipídeo e difusão lateral e aumento na espessura da membrana e nos valores de parâmetro de ordem causados pelo ordenamento das cadeias acil dos fosfolipídeos. As bicamadas lipídicas obtidas podem ser usadas para simular interações entre lipídeos e pequenas moléculas ou proteínas contribuindo para as pesquisas associadas a doenças como Alzheimer e Parkinson. As abordagens usadas nessa tese são essenciais para o desenvolvimento de novas pesquisas em Química Medicinal Computacional.

Estudo da microestrutura e dinâmica molecular do Poly(3-(2\'-ethylhexyl)thiophene)(P3EHT) via ressonância magnética nuclear

O estudo da microestrutura e dinâmica molecular de polímeros conjugados é de grande importância para o entendimento das propriedades físicas desta classe de materiais. No presente trabalho utilizou-se técnicas de ressonância magnética nuclear em baixo e alto campo para elucidar os processos de dinâmica molecular e cristalização do polímero Poly(3-(2’-ethylhexyl)thiophene) - P3EHT. O P3EHT é um polímero modelo para tal estudo, pois apresenta temperatura de fusão bem inferior a sua temperatura de degradação. Esta característica permite acompanhar os processos de cristalização in situ utilizando RMN. Além disso, sua similaridade ao já popular P3HT o torna um importante candidato a camada ativa em dispositivos eletrônicos orgânicos. O completo assinalamento do espectro de 13C para o P3EHT foi realizado utilizando as técnicas de defasamento dipolar e HETCOR. Os processos de dinâmica molecular, por sua vez, foram sondados utilizando DIPSHIFT. Observou-se um gradiente de mobilidade na cadeia lateral do polímero. Além disso, os baixos valores de parametros de ordem obtidos em comparação a experimentos similares realizados no P3HT na literatura indicam um aparente aumento no volume livre entre cadeias consecutivas na fase cristalina. Isso indica que a presença do grupo etil adicional no P3EHT causa um completo rearranjo das moléculas e dificulta seu empacotamento. Constatou-se ainda pouca variação das curvas de DIPSHIFT para os carbonos da cadeia lateral como função do método de excitação utilizado, o que aponta para um polímero que apresenta cadeia lateral móvel mesmo em sua fase cristalina. Os dados de dinâmica molecular foram corroborados por medidas de T1, T1ρ e TCH. Utilizando filtros dipolares em baixo campo observou-se três temperaturas de transição para o P3EHT: 250 K, 325 K e 350 K. A cristalização desse material é um processo lento. Verificou-se que o mesmo pode se estender por até até 24h a temperatura ambiente. Mudanças no espectro de 13C utilizando CPMAS em alto campo indicam um ordenamento dos anéis tiofeno (empacotamento π – π) como o principal processo de cristalização para o P3EHT.

Transformações químicas, caracterizações e estudo de modelagem molecular do clerodano bioativo trans-desidrocrotonina

In this work it were developed synthetic and theoretical studies for clerodane-type diterpenes obtained from Croton cajucara Benth which represents one of the most important medicinal plant of the Brazil amazon region. Specifically, the majoritary biocompound 19-nor-clerodane trans-dehydrocrotonin (t-DCTN) isolated from the bark of this Croton, was used as target molecule. Semi-synthetic derivatives were obtained from t-DCTN by using the followed synthetic procedures: 1) catalytic reduction with H2, 2) reduction using NaBH4 and 3) reduction using NaBH4/CeCl3. The semi-synthetic 19-nor-furan-clerodane alcohol-type derivatives were denominated such as t-CTN, tCTN-OL, t-CTN-OL, t-DCTN-OL, t-DCTN-OL, being all of them characterized by NMR. The furan-clerodane alcohol derivatives t-CTN-OL and tCTN-OL were obtained form the semi-synthetic t-CTN, which can be isolated from the bark of C. cajucara. A theoretical protocol (DFT/B3LYP) involving the prevision of geometric and magnetic properties such as bond length and angles, as well as chemical shifts and coupling constants, were developed for the target t-DCTN in which was correlated NMR theoretical data with structural data, with satisfactory correlation with NMR experimental data (coefficients ranging from 0.97 and 0.99) and X-ray diffraction data. This theoretical methodology was also validated for all semi-synthetic derivatives described in this work. In addition, topological data from the Quantum Theory of Atoms in Molecules (QTAIM) showed the presence of H-H and (C)O--H(C) intramolecular stabilized interactions types for t-DCTN e t-CTN, contributing to the understanding of the different reactivity of this clerodanes in the presence of NaBH4.