Comparaison de deux stratégies pour favoriser la généralisation des apprentissages chez des enfants ayant un trouble du spectre de l’autisme

Les enfants atteints d’un trouble du spectre de l’autisme (TSA) présentent souvent des difficultés à généraliser leurs apprentissages à des nouveaux stimuli, contextes et individus (Brown & Bebko, 2012; Happé & Frith, 2006; Lovaas, Koegel, Simmons, & Long, 1973; Plaisted, O'Riordan, & Baron-Cohen, 1998). Pour cette raison, il est important d’utiliser des techniques promouvant la généralisation au sein des programmes d’intervention leur étant destinés. Cette recherche visait à évaluer l’efficacité de deux des techniques les plus fréquemment utilisées dans les programmes d’intervention comportementale intensive (ICI), soit l’enseignement séquentiel et l’enseignement simultané, afin de déterminer si l’une d’elles était systématiquement plus efficace que l’autre pour promouvoir la généralisation des concepts chez les enfants ayant un TSA. Des devis expérimentaux à cas unique ont été utilisés pour évaluer les effets des deux techniques sur la généralisation de quatre enfants ayant un diagnostic de TSA et recevant des services d’ICI en clinique privée. Pour deux participants, la méthode enseignement simultané a démontré une plus grande efficacité quant à la généralisation des concepts enseignés. Pour les deux autres, les deux techniques se sont avérées aussi efficaces. Bien que préliminaires, les résultats suggèrent qu’il serait préférable d’appliquer la méthode enseignement simultané lors de l’enseignement de concepts chez les enfants ayant un TSA en contexte d’ICI.

Utilisation des potentiels évoqués visuels stationnaires pour mieux évaluer la neurotoxicité visuelle chez les enfants exposés au vigabatrin

Le traitement de l’épilepsie chez le jeune enfant représente un enjeu majeur pour le développement de ce dernier. Chez la grande majorité des enfants atteints de spasmes infantiles et chez plusieurs atteints de crises partielles complexes réfractaires, le vigabatrin (VGB) représente un traitement incontournable. Cette médication, ayant démontré un haut taux d’efficacité chez cette population, semble toutefois mener à une atteinte du champ visuel périphérique souvent asymptomatique. L’évaluation clinique des champs visuels avec la périmétrie chez les patients de moins de neuf ans d’âge développemental est toutefois très difficile, voire impossible. Les études électrophysiologiques classiques menées auprès de la population épileptique pédiatrique suggèrent l’atteinte des structures liées aux cônes de la rétine. Les protocoles standards ne sont toutefois pas spécifiques aux champs visuels et les déficits soulignés ne concordent pas avec l’atteinte périphérique observée. Cette thèse vise donc à élaborer une tâche adaptée à l’évaluation des champs visuels chez les enfants en utilisant un protocole objectif, rapide et spécifique aux champs visuels à partir des potentiels évoqués visuels (PEVs) et à évaluer, à l’aide de cette méthode, les effets neurotoxiques à long terme du VGB chez des enfants épileptiques exposés en bas âge. La validation de la méthode est présentée dans le premier article. La stimulation est constituée de deux cercles concentriques faits de damiers à renversement de phase alternant à différentes fréquences temporelles. La passation de la tâche chez l’adulte permet de constater qu’une seule électrode corticale (Oz) est nécessaire à l’enregistrement simultané des réponses du champ visuel central et périphérique et qu’il est possible de recueillir les réponses électrophysiologiques très rapidement grâces l’utilisation de l’état-stationnaire (steady-state). La comparaison des données d’enfants et d’adultes normaux permet de constater que les réponses recueillies au sein des deux régions visuelles ne dépendent ni de l’âge ni du sexe. Les réponses centrales sont aussi corrélées à l’acuité visuelle. De plus, la validité de cette méthode est corroborée auprès d’adolescents ayant reçu un diagnostic clinique d’un déficit visuel central ou périphérique. En somme, la méthode validée permet d’évaluer adéquatement les champs visuels corticaux central et périphérique simultanément et rapidement, tant chez les adultes que chez les enfants. Le second article de cette thèse porte sur l’évaluation des champs visuels, grâce à la méthode préalablement validée, d’enfants épileptiques exposés au VGB en jeune âge en comparaison avec des enfants épileptiques exposés à d’autres antiépileptiques et à des enfants neurologiquement sains. La méthode a été bonifiée grâce à la variation du contraste et à l’enregistrement simultané de la réponse rétinienne. On trouve que la réponse corticale centrale est diminuée à haut et à moyen contrastes chez les enfants exposés au VGB et à haut contraste chez les enfants exposés à d’autres antiépileptiques. Le gain de contraste est altéré au sein des deux groupes d’enfants épileptiques. Par contre, l’absence de différences entre les deux groupes neurologiquement atteints ne permet pas de faire la distinction entre l’effet de la médication et celui de la maladie. De plus, la réponse rétinienne périphérique est atteinte chez les enfants épileptiques exposés au Sabril® en comparaison avec les enfants neurologiquement sains. La réponse rétinienne périphérique semble liée à la durée d’exposition à la médication. Ces résultats corroborent ceux rapportés dans la littérature. En somme, les résultats de cette thèse offrent une méthode complémentaire, rapide, fiable, objective à celles connues pour l’évaluation des champs visuels chez les enfants. Ils apportent aussi un éclairage nouveau sur les impacts à long terme possibles chez les enfants exposés au VGB dans la petite enfance.

Le diagnostic des tuméfactions latérales solides cervicales chez l'enfant

Introduction : Faute de tests diagnostiques précis, une étude histologique est souvent nécessaire pour diagnostiquer les tuméfactions latérales solides cervicales (TLSC) chez l’enfant. Nous étudierons les modalités diagnostiques pour les TLSC afin de créer une approche diagnostique standardisée intégrant de nouveaux outils diagnostics à ceux actuellement offerts. Méthodologie : Après révision des étiologies et des modalités diagnostiques, une revue de la littérature a été effectuée. Une étude rétrospective entre 2002 à 2012 est présentée suivie d’une étude de faisabilité de la cytoponction. Puis, un arbre décisionnel est créé basé sur nos résultats et sur l’avis d’un groupe d’experts de différentes disciplines médicales. Résultats : Le diagnostic différentiel des TLSC est varié, la littérature scientifique est désuète et la comparaison reste difficile. Pour nos 42 enfants avec un âge médian de sept ans, les tuméfactions inflammatoires représentent 59% (26/44 biopsies) des TLSC, surtout des lymphadénites à mycobactérie atypique (13/26) qui ont un dépistage ardu et multimodal. La biopsie fut peu contributive à la prise en charge dans 39% (17/44) des cas. La cytoponction sous échoguidance est une technique diagnostique faisable et moins invasive que la biopsie. L’arbre décisionnel offre aux cliniciens une approche diagnostique standardisée des TLSC appuyée sur des faits scientifiques que nous souhaitons valider par une étude prospective. Conclusion : Les TLSC chez l’enfant représentent un défi diagnostic et notre arbre décisionnel répond au manque de standardisation dans l’approche diagnostique. Une étude prospective sur notre arbre décisionnel est en voie d’acceptation au CHU Sainte-Justine.

Facteurs environnementaux immédiats et santé des enfants dans les zones de l’Observatoire de population de Ouagadougou (Burkina Faso)

Comme la plupart des villes en Afrique subsaharienne, Ouagadougou, capitale du Burkina Faso, a connu au cours de ces dernières décennies une croissance démographique rapide. Cette situation pose de nombreux problèmes d’ordre sanitaire et environnemental. Pourtant, les liens entre la santé et l’environnement immédiat sont encore faiblement étudiés du fait de la qualité des données qui, lorsqu’elles existent, se révèlent peu appropriées. La présente thèse vise à analyser les liens entre l’environnement immédiat et certains symptômes de maladies, plus spécifiquement la fièvre et la diarrhée ; deux problèmes majeurs de santé liés à l’environnement chez les enfants de moins de 5 ans dans les villes d’Afrique subsaharienne. Cette étude se base sur des données de l’Observatoire de population de Ouagadougou (OPO) recueillies entre 2009 et 2010 dans l’objectif d’étudier les inégalités de santé en milieu urbain (notamment les données de l’enquête santé portant sur 950 enfants de moins de 5 ans recueillies en 2010). La thèse décrit d’abord la santé environnementale en milieu urbain en dépassant l’opposition classique quartiers lotis/quartiers non lotis (zones d’habitation formelles/zones d’habitation informelles). Elle s’intéresse ensuite à l’évaluation plus fine des liens entre l’environnement immédiat et la fièvre en tenant compte des facteurs démographiques et socio-économiques pertinents dans l’estimation. Enfin, la thèse approfondit les analyses sur la co-occurrence de la diarrhée et de la fièvre en mettant en évidence les effets conjoints des facteurs environnementaux et démographiques. À l’aide des analyses spatiales basées sur la distance euclidienne, des analyses factorielles et de classification, cette étude décrit le contexte sanitaire des quartiers formels et informels et analyse la pertinence de la dichotomie entre les quartiers lotis et les quartiers non lotis dans les zones suivies par l’OPO. L’étude effectue également des analyses multivariées en recourant respectivement aux modèles logit simple et ordonné pour estimer les effets propres de l’environnement immédiat sur la fièvre et la co-occurrence de la diarrhée et de la fièvre chez les enfants. Les résultats de l’étude montrent que les risques environnementaux sont variables d’un quartier à l’autre, et que les quartiers lotis bien qu’étant les plus pourvus en services urbains de base sont les plus exposés aux dangers environnementaux. Néanmoins, ce constat ne suffit pas pour rendre compte de la vulnérabilité des enfants dans les quartiers lotis que dans les quartiers non lotis, puisque l’accès à l’eau, l’assainissement, la nature du sol, et le niveau d’éducation de la mère sont des facteurs clés dans l’occurrence des symptômes liés à l’environnement immédiat. On note également une hétérogénéité concernant la santé environnementale, notamment dans les zones non loties. En considérant les effets de l’environnement immédiat sur la fièvre chez les enfants, les résultats montrent que ces effets baissent après la prise en compte des variables démographiques, socio-économiques et du quartier de résidence. Les facteurs de l’environnement tels que la gestion des ordures ménagères et celle des eaux usées discriminent significativement la fièvre. Les enfants à Nioko 2 (quartier non loti), par exemple, ont deux fois plus de risque d’avoir eu de la fièvre par rapport à Kilwin (quartier loti). Les effets conjoints des facteurs environnementaux et démographiques sont également mis en exergue dans la co-occurrence de la diarrhée et de la fièvre, même si ces effets diminuent régulièrement avec le nombre des symptômes chez les enfants. Le fait d’être dans un ménage insalubre ou d’avoir le sol extérieur en terre augmente la propension de co-occurrence de la diarrhée et de la fièvre. En revanche, cette co-occurrence chez les enfants diminue significativement avec l’âge. Les effets de l’environnement sur l’occurrence ou la co-occurrence des symptômes existent, quand bien même ces effets diminuent avec la prise en compte des facteurs démographiques et socio-économiques et du quartier de résidence. Les résultats de la thèse plaident pour un effort méthodologique, afin d’affiner la définition des variables de l’environnement en milieu urbain.

Un pilote avec groupe témoin : effets de la méditation de pleine conscience sur la qualité de vie, le sommeil et l’humeur chez des adolescents atteints de cancer

L’annonce d’un diagnostic de cancer provoque souvent une forte réaction émotionnelle et un stress important tant chez les adultes que chez les adolescents et leurs parents. Certains d’entre eux cherchant à soulager cette détresse se tournent vers des méthodes alternatives positives de gestion de stress, dans le but d’atténuer les effets psychologiques indésirables du cancer. Les thérapies ciblant à la fois le corps et l’esprit gagnent en popularité dans ces populations. Une avenue prometteuse est la méditation de pleine conscience (MPC), inspirée de la philosophie bouddhiste et adaptée dans le cadre d’interventions thérapeutiques pour améliorer la qualité de vie des patients souffrant de maladies chroniques. À ce jour, des études dans le domaine de la santé ont suggéré que la MPC pouvait avoir des effets bénéfiques sur les symptômes et la gestion de plusieurs maladies chroniques dont le cancer, faisant d’elle une avenue thérapeutique intéressante dans le traitement des effets psychologiques indésirables liés à ces maladies. La recherche émergente en pédiatrie suggère des effets comparables chez les enfants et adolescents. L’objectif de la présente thèse a été de développer un essai clinique randomisé visant à évaluer les effets de la MPC sur la qualité de vie, le sommeil et l’humeur chez des adolescents atteints de cancer, en documentant les étapes d’implantation du projet, les embuches qui ont été rencontrées durant son implantation et les résultats obtenus. La thèse est présentée sous la forme de deux articles scientifiques. Le premier article présente la méthodologie qui avait été planifiée pour ce projet mais qui n’a pu être réalisée en raison d’embuches rencontrées dans la complétion de ce pilote. Ainsi, les étapes préliminaires du développement de ce projet de recherche, en accordant une place prépondérante au manuel d’intervention rédigé à cette fin. La mise en place et la structure de ce projet, nommément le devis méthodologique employé, la taille d’échantillon visée, les méthodes de recrutement mises en place et les stratégies de randomisation prévues, sont décrites en détail dans cet article. Pour les fins de ce projet, un manuel d’intervention de MPC a été rédigé. L’intervention en MPC, menée par deux instructeurs formés en MPC, s’est échelonnée sur une durée de huit semaines, à raison d’une séance d’une heure trente par semaine. Une description détaillée de chaque séance est incluse dans cet article, dans un but de dissémination du protocole de recherche. Des analyses intragroupe serviront à évaluer l’impact de l’intervention en méditation de pleine conscience sur la qualité de vie, le sommeil et l’humeur pré-à-post intervention et au suivi à six mois. Des analyses intergroupes prévues sont décrites afin de comparer les effets de l’intervention entre les participants du groupe contrôle et du groupe expérimental. Les limites potentielles de ce projet, notamment la participation volontaire, le risque d’attrition et la petite taille d’échantillon sont décrites en détail dans cet article. Le deuxième article présente, dans un premier temps, le déroulement du projet de recherche, en mettant en lumière les embuches rencontrées dans son implantation. Ainsi, les leçons à tirer de l’implantation d’un tel essai clinique en milieu hospitalier au Québec sont décrites selon trois axes : 1) les défis liés au recrutement et à la rétention des participants; 2) l’acceptabilité et la compréhensibilité de l’intervention en pleine conscience; et 3) le moment où l’intervention s’est déroulée (timing) et l’impact sur l’engagement requis des participants dans le projet. Durant une période de recrutement de neuf mois, 481 participants potentiels ont été filtrés. 418 (86,9 %) d’entre eux ont été exclus. 63 participants potentiels, vivant à moins d’une heure de Montréal, ont été approchés pour prendre part à ce projet. De ce nombre, seulement 7 participants (1,4%) ont accepté de participer aux rencontres de MPC et de compléter les mesures pré-post intervention. Un bassin d’éligibilité réduit, ainsi que des taux de refus élevés et des conflits d’horaire avec les activités scolaires ont eu un impact considérable sur la taille d’échantillon de ce projet et sur l’absentéisme des participants. Malgré l’intérêt manifeste des équipes médicales pour la recherche psychosociale, les ressources requises pour mener à terme de tels essais cliniques sont trop souvent sous- estimées. Les stratégies de recrutement et de rétention des participants méritent une attention spéciale des chercheurs dans ce domaine. Dans un deuxième temps, le deuxième article de cette thèse a pour objectif de présenter les résultats de l’intervention en MPC chez des jeunes ayant le cancer, en examinant spécifiquement l’impact de l’intervention sur la qualité de vie, le sommeil et l’humeur des jeunes pré-post intervention et lors du suivi à six mois. Faisant écho aux embuches décrites préalablement décrites, les analyses statistiques n’ont permis de déceler aucun effet statistiquement significatif de notre intervention. Aucune différence significative n’est notée entre les participants du groupe expérimental et les participants du groupe contrôle. Les difficultés rencontrées dans de la complétion des devoirs et de la pratique de techniques de méditation entre les séances, décrites en détail cet article, expliquent en partie ces résultats. Globalement, le contexte développemental spécifique à l’adolescence, ayant possiblement eu un impact sur l’adhérence des participants à la thérapie proposée et à leur motivation à prendre part aux rencontres, les scores sous-cliniques lors du premier temps de mesure, l’impact du soutien social inhérent au contexte de thérapie de groupe, ainsi que les caractéristiques personnelles des thérapeutes, pourraient avoir influencé les résultats de ce pilote. Les résultats de ce projet pilote nous laissent croire que la prudence est de mise dans la généralisation des bienfaits et de l’efficacité de la pleine conscience observés chez les adultes atteints de cancer dans son application aux adolescents en oncologie. En conclusion, la présente thèse contribue à enrichir la recherche dans le domaine de la MPC chez les jeunes en questionnant néanmoins la pertinence d’une telle intervention auprès d’une population d’adolescents souffrant de cancer. Ainsi, il convient d’analyser les résultats obtenus en tenant compte des limites méthodologiques de ce projet et de poser un regard critique sur la faisabilité et la reproductibilité d’un projet d’une telle envergure auprès d’une même population. Les leçons tirées de l’implantation d’un tel projet en milieu hospitalier pédiatrique se sont avérées d’une importance centrale dans sa complétion et feront partie intégrante de toute tentative de réplication. D’autres essais cliniques de cette nature seront inévitablement requis afin de statuer sur l’efficacité de la MPC chez des adolescents atteints cancer et sur la faisabilité de l’implantation de cette méthode d’intervention auprès d’une population pédiatrique hospitalière.

Études fonctionnelles de deux nouvelles protéines centrosomales, NPHP5 et Cep76, et leurs implications dans les maladies humaines

Les centrosomes sont de petits organites qui régulent divers processus cellulaires comme la polarité ou la mitose dans les cellules de mammifères. Ils sont composés de deux centrioles entourés par une matrice péricentriolaire. Ces centrosomes sont les principaux centres organisateurs de microtubules. De plus, ils favorisent la formation de cils, des protubérances sur la surface des cellules quiescentes qui sont critiques pour la transduction du signal. Une grande variété de maladies humaines telles que les cancers ou les ciliopathies sont liées à un mauvais fonctionnement des centrosomes et des cils. C’est pourquoi le but de mes projets de recherche est de comprendre les mécanismes nécessaires à la biogénèse et au fonctionnement des centrosomes et des cils. Tout d'abord, j’ai caractérisé une nouvelle protéine centrosomale nommée nephrocystine - 5 (NPHP5). Cette protéine est localisée dans les cellules en interphase au niveau de la région distale des centrioles. Sa déplétion inhibe la migration des centrosomes à la surface cellulaire lors de l’étape précoce de la formation des cils. NPHP5 interagit avec la protéine CEP290 via sa région C-terminale qui est essentielle pour la ciliogenèse. Elle interagit également avec la calmoduline ce qui empêche son auto-agrégation. J’ai démontré que les domaines de liaison de NHPH5 à CEP290 et à la calmoduline, ainsi que son domaine de localisation centrosomale sont séparables. De plus, j’ai démontré que les protéines NPHP5 présentant des mutations pathogènes ne peuvent plus interagir avec CEP290 et ne sont plus localisées aux centrosomes, rendant ainsi ces protéines non fonctionnelles. Enfin, en utilisant une approche pharmacologique pour moduler les événements en aval dans la voie ciliogénique, j’ai montré que la formation des cils peut être restaurée même en absence de NPHP5. D’autre part, j’ai étudié le rôle de NPHP5 dans l'assemblage et le trafic du complexe BBSome dans le cil. Le BBSome est composé de huit sous-unités différentes qui s’assemblent en un complexe fonctionnel dont on sait peu de chose sur la régulation spatiotemporelle de son processus d'assemblage. J’ai précédemment montré que NPHP5 favorisait la formation des cils et que son dysfonctionnement contribuait au développement de néphronophtise (NPHP). Bien que la NPHP et le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) soient des ciliopathies qui partagent des caractéristiques cliniques communes, la base moléculaire de ces ressemblances phénotypiques n’est pas comprise. J’ai constaté que NPHP5, localisé à la base du cil, contient deux sites de liaison distincts pour le BBSome. De plus, j’ai démontré que NPHP5 et son partenaire CEP290 interagissent de façon dynamique avec le BBSome pendant la transition de la prolifération à la quiescence. La déplétion de NPHP5 ou CEP290 conduit à la dissociation d’au moins deux sous-unités du BBSome formant alors un sous-complexe dont la capacité de migration dans le cil n’est pas compromise. J’ai montré que le transport des cargos vers le compartiment ciliaire par ce sous-complexe n’est que partiellement altéré. Enfin, j’ai également concentré mes recherches sur une autre protéine centrosomale peu caractérisée. La protéine centrosomale de 76 kDa (Cep76) a été précédemment impliquée dans le maintien d’une duplication unique des centrioles par cycle cellulaire, et dans une interaction avec la kinase cycline-dépendante 2 (CDK2). Cep76 est préférentiellement phosphorylée par le complexe cycline A/CDK2 sur le site unique S83. Cet événement est essentiel pour supprimer l'amplification des centrioles en phase S. J’ai démontré que Cep76 inhibe cette amplification en bloquant la phosphorylation de Plk1 au niveau des centrosomes. D’autre part, Cep76 peut être acétylée au site K279 en phase G2, ce qui régule négativement son activité et sa phosphorylation sur le site S83. Ces études permettent d'améliorer notre compréhension de la biologie des centrosomes et des cils et pourraient conduire au développement de nouvelles applications diagnostiques et thérapeutiques.

Identification de caractéristiques agronomiques pour le diagnostic et la prise de décision de régénération des vergers de cacaoyers en Côte d’Ivoire

The rehabilitation of the old cocoa ( Theobroma cacao L. ) farms is one of the major challenges for a sustainable cocoa production. A study was carried out to set up a guide which could be used as a decision making tool for a quick and efficient diagnosis of the old cocoa orchards and to choose the appropriate regeneration option (rehabilitation or replanting). A sample of 90 rehabilitated cocoa farms and of 75 replanted cocoa farms was surveyed in 12 regions representing the three main cocoa producing sectors in the country. Data were collected on the key agronomic characteristics of these cacao farms. These were cocoa variety, farm size, age, yield, planting density, number of shade trees and the level of damages caused by insects and diseases. The results showed that age, planting density and yield were the discriminating criteria of these farms. The average values of these criteria were 25 to 30 years for the age, 800 to 1 000 trees ha-1 for the planting density and 250 to 400 kg ha-1 an-1 for the yield. Based on these criteria and their average values, a decision making guide was designed for the diagnosis of cocoa farms and the choice of regeneration option. According to this guide, old cocoa farms (more than 25 years), degraded and unproductive should be replanted. However, younger farms having planting density and yield higher than the average values above should be rehabilitated.

Effets de la vitamine D et du sexe sur l’association entre l’arthrite et les maladies cardiovasculaires

Se basant sur les données d’un large registre américain, le National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES) des années 2005-2006, nous avons réalisé une étude transversale où 3406 hommes et femmes âgés entre 20 et 69 ans ont été retenus. L’objectif était d’évaluer l’association entre l’arthrite et les maladies cardiovasculaires (MCV) ainsi que les effets du sexe et de la vitamine D sur cette association. L’arthrite et les maladies cardiovasculaires étaient rapportées dans un questionnaire médical, et l’exposition à la vitamine D était mesurée à partir des concentrations sériques de la 25-hydroxyvitamine D (25(OH)D). Des ajustements pour diverses variables confondantes ont été considérés dans les modèles multivariés. Les analyses statistiques ont été stratifiées par niveau sérique de vitamine D (déficient et suffisant) et appliquées séparément chez les hommes et les femmes. La régression logistique multiple a été utilisée pour évaluer l’association entre l’arthrite et les MCV ; des rapports de cotes (RC) avec leurs intervalles de confiance à 95% ont été calculés. Le modèle complet comprenait un terme d’interaction triple entre l’arthrite, le sexe et la vitamine D, et ce, dans le but d’étudier les possibles effets modifiants du sexe et des concentrations sériques de vitamine D sur l’association entre l’arthrite et les MCV. Pour mesurer ces effets, nous avons calculé des rapports des RC (RRC) avec leurs intervalles de confiance à 95% ; un RRC de 1 signifiant une absence d’effet modifiant. Nous avons observé une double association statistiquement significative entre le diagnostic auto-déclaré de l’arthrite et celui des MCV, mais cette association n’a pas été différente en fonction des concentrations sériques de vitamine D, ni en fonction du sexe.

Development of diagnostic and prognostic algorithms for SF6 puffer circuit breakers from transient waveforms : a validation proposal

- This paper presents a validation proposal for development of diagnostic and prognostic algorithms for SF6 puffer circuit-breakers reproduced from actual site waveforms. The re-ignition/restriking rates are duplicated in given circuits and the cumulative energy dissipated in interrupters by the restriking currents. The targeted objective is to provide a simulated database for diagnosis of re-ignition/restrikes relating to the phase to earth voltage and the number of re-ignition/restrikes as well as estimating the remaining life of SF6 circuit-breakers. The model-based diagnosis of a tool will be useful in monitoring re-ignition/restrikes as well as predicting a nozzle’s lifetime. This will help ATP users with practical study cases and component data compilation for shunt reactor switching and capacitor switching. This method can be easily applied with different data for the different dielectric curves of circuit breakers and networks. This paper presents modelling details and some of the available cases, required project support, the validation proposal, the specific plan for implementation and the propsed main contributions.

Final report : a software diagnostic tool for evaluating distress mechanisms in bridges exposed to aggressive environments

Durability issues of reinforced concrete construction cost millions of dollars in repair or demolition. Identification of the causes of degradation and a prediction of service life based on experience, judgement and local knowledge has limitations in addressing all the associated issues. The objective of this CRC CI research project is to develop a tool that will assist in the interpretation of the symptoms of degradation of concrete structures, estimate residual capacity and recommend cost effective solutions. This report is a documentation of the research undertaken in connection with this project. The primary focus of this research is centred on the case studies provided by Queensland Department of Main Roads (QDMR) and Brisbane City Council (BCC). These organisations are endowed with the responsibility of managing a huge volume of bridge infrastructure in the state of Queensland, Australia. The main issue to be addressed in managing these structures is the deterioration of bridge stock leading to a reduction in service life. Other issues such as political backlash, public inconvenience, approach land acquisitions are crucial but are not within the scope of this project. It is to be noted that deterioration is accentuated by aggressive environments such as salt water, acidic or sodic soils. Carse, 2005, has noted that the road authorities need to invest their first dollars in understanding their local concretes and optimising the durability performance of structures and then look at potential remedial strategies.

The development of a serological-based diagnostic test for Dasheen mosaic potyvirus (DsMV)

Dasheen mosaic potyvirus (DsMV) is an important virus affecting taro. The virus has been found wherever taro is grown and infects both the edible and ornamental aroids, causing yield losses of up to 60%. The presence of DsMV, and other viruses,prevents the international movement of taro germplasm between countries. This has a significant negative impact on taro production in many countries due to the inability to access improved taro lines produced in breeding programs. To overcome this problem, sensitive and reliable virus diagnostic tests need to be developed to enable the indexing of taro germplasm. The aim of this study was to generate an antiserum against a recombinant DsMV coat protein (CP) and to develop a serological-based diagnostic test that would detect Pacific Island isolates of the virus. The CP-coding region of 16 DsMV isolates from Papua New Guinea, Samoa, Solomon Islands, French Polynesia, New Caledonia and Vietnam were amplified,cloned and sequenced. The size of the CP-coding region ranged from 939 to 1038 nucleotides and encoded putative proteins ranged from 313 to 346 amino acids, with the molecular mass ranging from 34 to 38 kDa. Analysis ofthe amino acid sequences revealed the presence of several amino acid motifs typically found in potyviruses,including DAG, WCIE/DN, RQ and AFDF. When the amino acid sequences were compared with each other and the DsMV sequences on the database, the maximum variability was21.9%. When the core region ofthe CP was analysed, the maximum variability dropped to 6% indicating most variability was present in the N terminus. Within seven PNG isolates ofDsMV, the maximum variability was 16.9% and 3.9% over the entire CP-coding region and core region, respectively. The sequence ofPNG isolate P1 was most similar to all other sequences. Phylogenetic analysis indicated that almost all isolates grouped according to their provenance. Further, the seven PNG isolates were grouped according to the region within PNG from which they were obtained. Due to the extensive variability over the entire CP-coding region, the core region ofthe CP ofPNG isolate Pl was cloned into a protein expression vector and expressed as a recombinant protein. The protein was purified by chromatography and SDS-PAGE and used as an antigen to generate antiserum in a rabbit. In western blots, the antiserum reacted with bands of approximately 45-47 kDa in extracts from purified DsMV and from known DsMV -infected plants from PNG; no bands were observed using healthy plant extracts. The antiserum was subsequently incorporated into an indirect ELISA. This procedure was found to be very sensitive and detected DsMV in sap diluted at least 1:1,000. Using both western blot and ELISA formats,the antiserum was able to detect a wide range ofDsMV isolates including those from Australia, New Zealand, Fiji, French Polynesia, New Caledonia, Papua New Guinea, Samoa, Solomon Islands and Vanuatu. These plants were verified to be infected with DsMV by RT-PCR. In specificity tests, the antiserum was also found to react with sap from plants infected with SCMV, PRSV-P, PRSV-W, but not with PVY or CMV -infected plants.

Diagnostic and treatment pathways for men with prostate cancer in Queensland : investigating spatial and demographic inequalities

Background: Patterns of diagnosis and management for men diagnosed with prostate cancer in Queensland, Australia, have not yet been systematically documented and so assumptions of equity are untested. This longitudinal study investigates the association between prostate cancer diagnostic and treatment outcomes and key area-level characteristics and individual-level demographic, clinical and psychosocial factors.---------- Methods/Design: A total of 1064 men diagnosed with prostate cancer between February 2005 and July 2007 were recruited through hospital-based urology outpatient clinics and private practices in the centres of Brisbane, Townsville and Mackay (82% of those referred). Additional clinical and diagnostic information for all 6609 men diagnosed with prostate cancer in Queensland during the study period was obtained via the population-based Queensland Cancer Registry. Respondent data are collected using telephone and self-administered questionnaires at pre-treatment and at 2 months, 6 months, 12 months, 24 months, 36 months, 48 months and 60 months post-treatment. Assessments include demographics, medical history, patterns of care, disease and treatment characteristics together with outcomes associated with prostate cancer, as well as information about quality of life and psychological adjustment. Complementary detailed treatment information is abstracted from participants’ medical records held in hospitals and private treatment facilities and collated with health service utilisation data obtained from Medicare Australia. Information about the characteristics of geographical areas is being obtained from data custodians such as the Australian Bureau of Statistics. Geo-coding and spatial technology will be used to calculate road travel distances from patients’ residences to treatment centres. Analyses will be conducted using standard statistical methods along with multilevel regression models including individual and area-level components.---------- Conclusions: Information about the diagnostic and treatment patterns of men diagnosed with prostate cancer is crucial for rational planning and development of health delivery and supportive care services to ensure equitable access to health services, regardless of geographical location and individual characteristics. This study is a secondary outcome of the randomised controlled trial registered with the Australian New Zealand Clinical Trials Registry (ACTRN12607000233426)