Association analyses of 249,796 individuals reveal 18 new loci associated with body mass index

Obesity is globally prevalent and highly heritable, but its underlying genetic factors remain largely elusive. To identify genetic loci for obesity susceptibility, we examined associations between body mass index and approximately 2.8 million SNPs in up to 123,865 individuals with targeted follow up of 42 SNPs in up to 125,931 additional individuals. We confirmed 14 known obesity susceptibility loci and identified 18 new loci associated with body mass index (P < 5 x 10(-)(8)), one of which includes a copy number variant near GPRC5B. Some loci (at MC4R, POMC, SH2B1 and BDNF) map near key hypothalamic regulators of energy balance, and one of these loci is near GIPR, an incretin receptor. Furthermore, genes in other newly associated loci may provide new insights into human body weight regulation.

John and Ursula Schlosstein nee Gottschalk with their infant son Ralph. portraits family

Digital Image

Meta-analysis identifies 13 new loci associated with waist-hip ratio and reveals sexual dimorphism in the genetic basis of fat distribution

Waist-hip ratio (WHR) is a measure of body fat distribution and a predictor of metabolic consequences independent of overall adiposity. WHR is heritable, but few genetic variants influencing this trait have been identified. We conducted a meta-analysis of 32 genome-wide association studies for WHR adjusted for body mass index (comprising up to 77,167 participants), following up 16 loci in an additional 29 studies (comprising up to 113,636 subjects). We identified 13 new loci in or near RSPO3, VEGFA, TBX15-WARS2, NFE2L3, GRB14, DNM3-PIGC, ITPR2-SSPN, LY86, HOXC13, ADAMTS9, ZNRF3-KREMEN1, NISCH-STAB1 and CPEB4 (P = 1.9 × 10−9 to P = 1.8 × 10−40) and the known signal at LYPLAL1. Seven of these loci exhibited marked sexual dimorphism, all with a stronger effect on WHR in women than men (P for sex difference = 1.9 × 10−3 to P = 1.2 × 10−13). These findings provide evidence for multiple loci that modulate body fat distribution independent of overall adiposity and reveal strong gene-by-sex interactions.

Surgical fusion of early onset severe scoliosis increases survival in Rett syndrome: A cohort study

Aim Scoliosis is a common co-morbidity in Rett syndrome and spinal fusion may be recommended if severe. We investigated the impact of spinal fusion on survival and risk of severe lower respiratory tract infection in Rett syndrome. Method Data were ascertained from hospital medical records, the Australian Rett Syndrome Database, a longitudinal and population-based registry, and from the Australian Institute of Health and Welfare National Death Index database. Cox regression and generalized estimating equation models were used to estimate the effects of spinal surgery on survival and severe respiratory infection respectively in 140 females who developed severe scoliosis (Cobb angle ≥45°) before adulthood. Results After adjusting for mutation type and age of scoliosis onset, the rate of death was lower in the surgery group (hazard ratio [HR] 0.30, 95% confidence interval [CI] 0.12–0.74; p=0.009) compared to those without surgery. Rate of death was particularly reduced for those with early onset scoliosis (HR 0.17, 95% CI 0.06–0.52; p=0.002). There was some evidence to suggest that spinal fusion was associated with a reduction in risk of severe respiratory infection among those with early onset scoliosis (risk ratio 0.41, 95% CI 0.16–1.03; p=0.06). Interpretation With appropriate cautions, spinal fusion confers an advantage to life expectancy in Rett syndrome.

Contract with John Moore for building house on Mill Street

Digital image

Warrant to pay John Moore for building house on Mill Street

Digital image

John Searlen teoria tietoisuudesta

Tutkielmassa esitellään ja arvioidaan John Searlen teoriaa tietoisuudesta. Tietoisuus (consciousness) on Searlen mukaan tärkein mielenfilosofinen käsite. Searle ei määrittele käsitettä tarkasti, vaan tyytyy esittämään sitä kuvaavia esimerkkejä ja analogioita. Tietoisuuden keskeisimmiksi ominaisuuksiksi Searlen teoriassa näyttävät muodostuvan intentionaalisuus (intentionality), subjektiivisuus (subjectivity) ja kausaalinen vaikutus käyttäytymiseen (mental causation). Näihin ominaisuuksiin liittyvät myös Searlen painavimmat tietoisuudesta esittämät argumentit. Argumenttien analysointi on tutkielman tärkein tavoite. Searlen yhteysperiaatteen (Connection Principle) mukaan intentionaalisia tiloja voi olla vain olennolla, jolla voi olla tietoisia intentionaalisia tiloja, ja jokainen alitajuinen intentionaalinen tila on ainakin potentiaalisesti tietoinen. Toisin sanoen intentionaalisuuden ja tietoisuuden välillä vallitsee välttämätön yhteys seuraavasti: on loogisesti välttämätöntä, että jokainen intentionaalinen tila voi ainakin periaattessa päästä tietoisuuteen.Tutkielmassa kuitenkin osoitetaan, että yhteysperiaateeseen on syytä suhtautua epäillen. Searlen yhteysperiaatteen puolesta esittämä argumentti näyttää nimittäin sisältävän dilemman. Jos erottelu intrinsiseen ja näennäiseen intentionaalisuuteen tulkitaan Searlen tavoin, syyllistytään sen olettamiseen, mikä pitäisi todistaa; jos taas erottelu tulkitaan toisin kuin Searle, argumentti ei tue yhteysperiaatetta. Searlen mukaan mentaaliset tilat ovat aina jonkun mentaalisia tiloja. Tästä väitteestä Searle pyrkii johtamaan toisen, paljon radikaalimman väitteen: mielen ilmiöt kuuluvat omaan ontologiseen kategoriaansa, subjektiivisten mentaalisten tilojen kategoriaan. Searlen käsitystä tukee Thomas Nagelin esittämä, hyvin samansisältöinen argumentti. Yksimielisyys ei kuitenkaan ole erehtymättömyyden tae, sillä Paul Churchlandin kritiikki näyttää pahasti horjuttavan Searlen subjektiivisuusargumentin uskottavuutta. Churchland väittää Searlen syyllistyvän intensionaaliseen virhepäätelmään. Yksittäisen henkilön episteemisen pääsyn rajoittuneisuudesta ei Churchlandin mukaan voida tehdä mitään ontologisia johtopäätöksiä, koska tiedetyksi tuleminen ei ole objektin aito ominaisuus. Vastaväite näyttää olevan kohtalokas Searlen subjektiivisuusargumentille. Subjektiivisuuden ongelma näyttää olevan perustava metafyysinen vedenjakaja, joka jakaa mielenfilosofiset teoriat toisaalta materialistisiin, toisaalta dualistisiin. Searle uskoo, että mieli-ruumis -ongelma (mind-body problem) on ratkaistavissa ilman, että tarvitsee valita kumpaakaan. Ratkaisu sisältyy kahteen Searlen näennäisesti yhteensopimattomaan teesiin. Ensimmäisen teesin mukaan mentaaliset tilat ovat todellisia ilmiöitä, eikä niitä voida redusoida mihinkään muuhun tai eliminoida määrittelemällä ne uudestaan. Toisen teesin mukaan aivojen operaatiot aiheuttavat mentaaliset tilat ja mentaaliset tilat ovat aivojen piirteitä. Teeseistä jälkimmäinen osoittautuu ongelmalliseksi syistä, jotka Jaegwon Kim on esittänyt. Jos mentaaliset tilat olisivat aivojen ominaisuuksia, ei mielen ja aivojen välinen suhde voisi olla kausaalinen, koska kausaatiossa (causation) on aina kyse kahden erillisen entiteetin tai tapahtuman välisestä relaatiosta, jossa suhteen osapuolien välillä on oltava ajallista etäisyyttä. Toiseksi Searlen vertaus tietoisuuden ja aivojen suhteesta kappaleen kiinteyden ja sen mikrorakenteen suhteeseen epäonnistuu, koska tietoisuus ja kiinteys kuuluvat Searlen teoriassa eri ontologisiin kategorioihin, eikä niitä siten voi ongelmattomasti rinnastaa. Searlen analogia kiinteyteen murtuu myös siksi, että kappaleen mikrorakenne ei yksinkertaisesti aiheuta sen kiinteyttä. Tietoisuus ei siis voi olla samanaikaisesti aivojen ominaisuus ja aivojen kausaalisen toiminnan seuraus. Tutkielmassa päädytään puolustamaan kantaa, että Searlen argumentit eivät ole vakuuttavia ja että Searle ei ole onnistunut eksplikoimaan teoriaa, joka välttäisi dualismiin ja materialismiin liittyvät tunnetut ongelmat. Kysymys mikä on mielen suhde ruumiiseen, jää siten avoimeksi. Avainsanat: intentionaalisuus, mentaalinen, mieli-ruumis -ongelma, Searle, subjektiivisuus, tietoisuus

PolyPatEx : an R package for paternity exclusion in autopolyploids

Microsatellite markers have demonstrated their value for performing paternity exclusion and hence exploring mating patterns in plants and animals. Methodology is well established for diploid species, and several software packages exist for elucidating paternity in diploids; however, these issues are not so readily addressed in polyploids due to the increased complexity of the exclusion problem and a lack of available software. We introduce polypatex, an r package for paternity exclusion analysis using microsatellite data in autopolyploid, monoecious or dioecious/bisexual species with a ploidy of 4n, 6n or 8n. Given marker data for a set of offspring, their mothers and a set of candidate fathers, polypatex uses allele matching to exclude candidates whose marker alleles are incompatible with the alleles in each offspring–mother pair. polypatex can analyse marker data sets in which allele copy numbers are known (genotype data) or unknown (allelic phenotype data) – for data sets in which allele copy numbers are unknown, comparisons are made taking into account all possible genotypes that could arise from the compared allele sets. polypatex is a software tool that provides population geneticists with the ability to investigate the mating patterns of autopolyploids using paternity exclusion analysis on data from codominant markers having multiple alleles per locus.

Untitled (after Steven and John)

'Untitled (after Steven and John)' takes inspiration from Spielbergian tracking shots and Baldessarian collages to create ghostly apparitions that explore the affective power of the cinematic close up. By appropriating and obfuscating this common filmic convention, the work investigates the intersubjective potential of the moving image.

Book Review: "The Interface: IBM and the Transformation of Corporate Design, 1945-1975", John Harwood, Minneapolis: University of Minnesota Press, 2011

Within the history of twentieth-century design, there are a number of well-known objects and stories that are invoked time and time again to capture a pivotal moment or summarize a much broader historical transition. For example, Marcel Breuer’s Model B3 chair is frequently used as a stand-in for the radical investigations of form and new industrial materials occurring at the Bauhaus in the mid-1920s. Similarly, Raymond Loewy’s streamlined pencil sharpener has become historical shorthand for the emergence of modern industrial design in the 1930s. And any discussion of the development of American postwar “organic design” seems incomplete without reference to Charles and Ray Eames’s molded plywood leg splint of 1942. Such objects and narratives are dear to historians of modern design. They are tangible, photogenic subjects that slot nicely into exhibitions, historical surveys, and coffee-table best sellers...

Pragmatismi poliittisena filosofiana. Yksilö ja yhteisö John Deweyn ajttelussa

John Dewey (1859-1952) oli yhdysvaltalainen filosofi, pedagogi ja julkinen keskustelija, jonka ajattelu on merkittävästi vaikuttanut pragmatismina tunnetun filosofisen suuntauksen kehittymiseen. Tässä Pro gradu -tutkielmassa tarkastellaan Devveyn poliittista filosofiaa ja ajattelua. Tarkoituksena on selvitellä, millaista on Devveyn poliittinen filosofia ja voiko hänen pragmatistinen poliittinen filosofiansa tarjota jotain mielenkiintoista myös tämän päivän poliittisen filosofian kentälle. Tutkielmassa tarkastellaan Devveyn esittämää kritiikkiä klassista liberalismia ja individualismia kohtaan, Devveyn omaa poliittisen filosofian projektia sekä sen kohtaama kritiikkiä ja arvioidaan Devveyn poliittista filosofiaa yleisesti. Tarkastelun kohteena ovat muun muassa Devveyn käsitykset yksilöstä, valtiosta, demokratiasta, vallasta ja tiedosta. Ensisijaisena lähteenä tutkielmassa on Devveyn koottujen teosten sarja vuosilta 1882-1953, ennen kaikkea 1920-30-lukujen tuotanto. Lisäksi lähteenä on useita tuoreita artikkeleita sekä kommentaareja. Keskeisin löytö tutkielmassa on, että Devveyn poliittisen filosofian oleellinen piirre on "anti-essentialismi", eli huomion siirtäminen pois jostain oletetuista yksilöiden ja ryhmien olemuksista tai sisäisestä luonnosta niiden välisiin suhteisiin ja näiden ilmauksiin. Tähän liittyen Devveyn poliittisen filosofian keskeiseksi lähtökohdaksi osoittautuu perinteisen yksilö-yhteisö jaottelun kyseenalaistaminen. Tutkielma tarjoaa laajan katsauksen Devveyn poliittiseen ajatteluun sekä pragmatistiseen poliittiseen filosofiaan.