Evaluating leaf litter beetle data sampled by Winkler extraction from Atlantic forest sites in southern Brazil

Evaluating leaf litter beetle data sampled by Winkler extraction from Atlantic forest sites in southern Brazil. To evaluate the reliability of data obtained by Winkler extraction in Atlantic forest sites in southern Brazil, we studied litter beetle assemblages in secondary forests (5 to 55 years after abandonment) and old-growth forests at two seasonally different points in time. For all regeneration stages, species density and abundance were lower in April compared to August; but, assemblage composition of the corresponding forest stages was similar in both months. We suggest that sampling of small litter inhabiting beetles at different points in time using the Winkler technique reveals identical ecological patterns, which are more likely to be influenced by sample incompleteness than by differences in their assemblage composition. A strong relationship between litter quantity and beetle occurrences indicates the importance of this variable for the temporal species density pattern. Additionally, the sampled beetle material was compared with beetle data obtained with pitfall traps in one old-growth forest. Over 60% of the focal species captured with pitfall traps were also sampled by Winkler extraction in different forest stages. Few beetles with a body size too large to be sampled by Winkler extraction were only sampled with pitfall traps. This indicates that the local litter beetle fauna is dominated by small species. Hence, being aware of the exclusion of large beetles and beetle species occurring during the wet season, the Winkler method reveals a reliable picture of the local leaf litter beetle community.

Drift compensation of gas sensor array data by Orthogonal Signal Correction

Drift is an important issue that impairs the reliability of gas sensing systems. Sensor aging, memory effects and environmental disturbances produce shifts in sensor responses that make initial statistical models for gas or odor recognition useless after a relatively short period (typically few weeks). Frequent recalibrations are needed to preserve system accuracy. However, when recalibrations involve numerous samples they become expensive and laborious. An interesting and lower cost alternative is drift counteraction by signal processing techniques. Orthogonal Signal Correction (OSC) is proposed for drift compensation in chemical sensor arrays. The performance of OSC is also compared with Component Correction (CC). A simple classification algorithm has been employed for assessing the performance of the algorithms on a dataset composed by measurements of three analytes using an array of seventeen conductive polymer gas sensors over a ten month period.

Test-retest reliability of thermal quantitative sensory testing on two sites within the L5 dermatome of the lumbar spine and lower extremity.

INTRODUCTION: Quantitative sensory testing (QST) is widely used in human research to investigate the integrity of the sensory function in patients with pain of neuropathic origin, or other causes such as low back pain. Reliability of QST has been evaluated on both sides of the face, hands and feet as well as on the trunk (Th3-L3). In order to apply these tests on other body-parts such as the lower lumbar spine, it is important first to establish reliability on healthy individuals. The aim of this study was to investigate intra-rater reliability of thermal QST in healthy adults, on two sites within the L5 dermatome of the lumbar spine and lower extremity. METHODS: Test-retest reliability of thermal QST was determined at the L5-level of the lumbar spine and in the same dermatome on the lower extremity in 30 healthy persons under 40 years of age. Results were analyzed using descriptive statistics and intraclass correlation coefficient (ICC). Values were compared to normative data, using Z-transformation. RESULTS: Mean intraindividual differences were small for cold and warm detection thresholds but larger for pain thresholds. ICC values showed excellent reliability for warm detection and heat pain threshold, good-to-excellent reliability for cold pain threshold and fair-to-excellent reliability for cold detection threshold. ICC had large ranges of confidence interval (95%). CONCLUSION: In healthy adults, thermal QST on the lumbar spine and lower extremity demonstrated fair-to-excellent test-retest reliability.

Reliability of methods used for the risk assessment of mixture of micropollutants in aquatic enviromments : from theoretical concepts to field observations

Ces dernières années, de nombreuses recherches ont mis en évidence les effets toxiques des micropolluants organiques pour les espèces de nos lacs et rivières. Cependant, la plupart de ces études se sont focalisées sur la toxicité des substances individuelles, alors que les organismes sont exposés tous les jours à des milliers de substances en mélange. Or les effets de ces cocktails ne sont pas négligeables. Cette thèse de doctorat s'est ainsi intéressée aux modèles permettant de prédire le risque environnemental de ces cocktails pour le milieu aquatique. Le principal objectif a été d'évaluer le risque écologique des mélanges de substances chimiques mesurées dans le Léman, mais aussi d'apporter un regard critique sur les méthodologies utilisées afin de proposer certaines adaptations pour une meilleure estimation du risque. Dans la première partie de ce travail, le risque des mélanges de pesticides et médicaments pour le Rhône et pour le Léman a été établi en utilisant des approches envisagées notamment dans la législation européenne. Il s'agit d'approches de « screening », c'est-à-dire permettant une évaluation générale du risque des mélanges. Une telle approche permet de mettre en évidence les substances les plus problématiques, c'est-à-dire contribuant le plus à la toxicité du mélange. Dans notre cas, il s'agit essentiellement de 4 pesticides. L'étude met également en évidence que toutes les substances, même en trace infime, contribuent à l'effet du mélange. Cette constatation a des implications en terme de gestion de l'environnement. En effet, ceci implique qu'il faut réduire toutes les sources de polluants, et pas seulement les plus problématiques. Mais l'approche proposée présente également un biais important au niveau conceptuel, ce qui rend son utilisation discutable, en dehors d'un screening, et nécessiterait une adaptation au niveau des facteurs de sécurité employés. Dans une deuxième partie, l'étude s'est portée sur l'utilisation des modèles de mélanges dans le calcul de risque environnemental. En effet, les modèles de mélanges ont été développés et validés espèce par espèce, et non pour une évaluation sur l'écosystème en entier. Leur utilisation devrait donc passer par un calcul par espèce, ce qui est rarement fait dû au manque de données écotoxicologiques à disposition. Le but a été donc de comparer, avec des valeurs générées aléatoirement, le calcul de risque effectué selon une méthode rigoureuse, espèce par espèce, avec celui effectué classiquement où les modèles sont appliqués sur l'ensemble de la communauté sans tenir compte des variations inter-espèces. Les résultats sont dans la majorité des cas similaires, ce qui valide l'approche utilisée traditionnellement. En revanche, ce travail a permis de déterminer certains cas où l'application classique peut conduire à une sous- ou sur-estimation du risque. Enfin, une dernière partie de cette thèse s'est intéressée à l'influence que les cocktails de micropolluants ont pu avoir sur les communautés in situ. Pour ce faire, une approche en deux temps a été adoptée. Tout d'abord la toxicité de quatorze herbicides détectés dans le Léman a été déterminée. Sur la période étudiée, de 2004 à 2009, cette toxicité due aux herbicides a diminué, passant de 4% d'espèces affectées à moins de 1%. Ensuite, la question était de savoir si cette diminution de toxicité avait un impact sur le développement de certaines espèces au sein de la communauté des algues. Pour ce faire, l'utilisation statistique a permis d'isoler d'autres facteurs pouvant avoir une influence sur la flore, comme la température de l'eau ou la présence de phosphates, et ainsi de constater quelles espèces se sont révélées avoir été influencées, positivement ou négativement, par la diminution de la toxicité dans le lac au fil du temps. Fait intéressant, une partie d'entre-elles avait déjà montré des comportements similaires dans des études en mésocosmes. En conclusion, ce travail montre qu'il existe des modèles robustes pour prédire le risque des mélanges de micropolluants sur les espèces aquatiques, et qu'ils peuvent être utilisés pour expliquer le rôle des substances dans le fonctionnement des écosystèmes. Toutefois, ces modèles ont bien sûr des limites et des hypothèses sous-jacentes qu'il est important de considérer lors de leur application. - Depuis plusieurs années, les risques que posent les micropolluants organiques pour le milieu aquatique préoccupent grandement les scientifiques ainsi que notre société. En effet, de nombreuses recherches ont mis en évidence les effets toxiques que peuvent avoir ces substances chimiques sur les espèces de nos lacs et rivières, quand elles se retrouvent exposées à des concentrations aiguës ou chroniques. Cependant, la plupart de ces études se sont focalisées sur la toxicité des substances individuelles, c'est à dire considérées séparément. Actuellement, il en est de même dans les procédures de régulation européennes, concernant la partie évaluation du risque pour l'environnement d'une substance. Or, les organismes sont exposés tous les jours à des milliers de substances en mélange, et les effets de ces "cocktails" ne sont pas négligeables. L'évaluation du risque écologique que pose ces mélanges de substances doit donc être abordé par de la manière la plus appropriée et la plus fiable possible. Dans la première partie de cette thèse, nous nous sommes intéressés aux méthodes actuellement envisagées à être intégrées dans les législations européennes pour l'évaluation du risque des mélanges pour le milieu aquatique. Ces méthodes sont basées sur le modèle d'addition des concentrations, avec l'utilisation des valeurs de concentrations des substances estimées sans effet dans le milieu (PNEC), ou à partir des valeurs des concentrations d'effet (CE50) sur certaines espèces d'un niveau trophique avec la prise en compte de facteurs de sécurité. Nous avons appliqué ces méthodes à deux cas spécifiques, le lac Léman et le Rhône situés en Suisse, et discuté les résultats de ces applications. Ces premières étapes d'évaluation ont montré que le risque des mélanges pour ces cas d'étude atteint rapidement une valeur au dessus d'un seuil critique. Cette valeur atteinte est généralement due à deux ou trois substances principales. Les procédures proposées permettent donc d'identifier les substances les plus problématiques pour lesquelles des mesures de gestion, telles que la réduction de leur entrée dans le milieu aquatique, devraient être envisagées. Cependant, nous avons également constaté que le niveau de risque associé à ces mélanges de substances n'est pas négligeable, même sans tenir compte de ces substances principales. En effet, l'accumulation des substances, même en traces infimes, atteint un seuil critique, ce qui devient plus difficile en terme de gestion du risque. En outre, nous avons souligné un manque de fiabilité dans ces procédures, qui peuvent conduire à des résultats contradictoires en terme de risque. Ceci est lié à l'incompatibilité des facteurs de sécurité utilisés dans les différentes méthodes. Dans la deuxième partie de la thèse, nous avons étudié la fiabilité de méthodes plus avancées dans la prédiction de l'effet des mélanges pour les communautés évoluant dans le système aquatique. Ces méthodes reposent sur le modèle d'addition des concentrations (CA) ou d'addition des réponses (RA) appliqués sur les courbes de distribution de la sensibilité des espèces (SSD) aux substances. En effet, les modèles de mélanges ont été développés et validés pour être appliqués espèce par espèce, et non pas sur plusieurs espèces agrégées simultanément dans les courbes SSD. Nous avons ainsi proposé une procédure plus rigoureuse, pour l'évaluation du risque d'un mélange, qui serait d'appliquer d'abord les modèles CA ou RA à chaque espèce séparément, et, dans une deuxième étape, combiner les résultats afin d'établir une courbe SSD du mélange. Malheureusement, cette méthode n'est pas applicable dans la plupart des cas, car elle nécessite trop de données généralement indisponibles. Par conséquent, nous avons comparé, avec des valeurs générées aléatoirement, le calcul de risque effectué selon cette méthode plus rigoureuse, avec celle effectuée traditionnellement, afin de caractériser la robustesse de cette approche qui consiste à appliquer les modèles de mélange sur les courbes SSD. Nos résultats ont montré que l'utilisation de CA directement sur les SSDs peut conduire à une sous-estimation de la concentration du mélange affectant 5 % ou 50% des espèces, en particulier lorsque les substances présentent un grand écart- type dans leur distribution de la sensibilité des espèces. L'application du modèle RA peut quant à lui conduire à une sur- ou sous-estimations, principalement en fonction de la pente des courbes dose- réponse de chaque espèce composant les SSDs. La sous-estimation avec RA devient potentiellement importante lorsque le rapport entre la EC50 et la EC10 de la courbe dose-réponse des espèces est plus petit que 100. Toutefois, la plupart des substances, selon des cas réels, présentent des données d' écotoxicité qui font que le risque du mélange calculé par la méthode des modèles appliqués directement sur les SSDs reste cohérent et surestimerait plutôt légèrement le risque. Ces résultats valident ainsi l'approche utilisée traditionnellement. Néanmoins, il faut garder à l'esprit cette source d'erreur lorsqu'on procède à une évaluation du risque d'un mélange avec cette méthode traditionnelle, en particulier quand les SSD présentent une distribution des données en dehors des limites déterminées dans cette étude. Enfin, dans la dernière partie de cette thèse, nous avons confronté des prédictions de l'effet de mélange avec des changements biologiques observés dans l'environnement. Dans cette étude, nous avons utilisé des données venant d'un suivi à long terme d'un grand lac européen, le lac Léman, ce qui offrait la possibilité d'évaluer dans quelle mesure la prédiction de la toxicité des mélanges d'herbicide expliquait les changements dans la composition de la communauté phytoplanctonique. Ceci à côté d'autres paramètres classiques de limnologie tels que les nutriments. Pour atteindre cet objectif, nous avons déterminé la toxicité des mélanges sur plusieurs années de 14 herbicides régulièrement détectés dans le lac, en utilisant les modèles CA et RA avec les courbes de distribution de la sensibilité des espèces. Un gradient temporel de toxicité décroissant a pu être constaté de 2004 à 2009. Une analyse de redondance et de redondance partielle, a montré que ce gradient explique une partie significative de la variation de la composition de la communauté phytoplanctonique, même après avoir enlevé l'effet de toutes les autres co-variables. De plus, certaines espèces révélées pour avoir été influencées, positivement ou négativement, par la diminution de la toxicité dans le lac au fil du temps, ont montré des comportements similaires dans des études en mésocosmes. On peut en conclure que la toxicité du mélange herbicide est l'un des paramètres clés pour expliquer les changements de phytoplancton dans le lac Léman. En conclusion, il existe diverses méthodes pour prédire le risque des mélanges de micropolluants sur les espèces aquatiques et celui-ci peut jouer un rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. Toutefois, ces modèles ont bien sûr des limites et des hypothèses sous-jacentes qu'il est important de considérer lors de leur application, avant d'utiliser leurs résultats pour la gestion des risques environnementaux. - For several years now, the scientists as well as the society is concerned by the aquatic risk organic micropollutants may pose. Indeed, several researches have shown the toxic effects these substances may induce on organisms living in our lakes or rivers, especially when they are exposed to acute or chronic concentrations. However, most of the studies focused on the toxicity of single compounds, i.e. considered individually. The same also goes in the current European regulations concerning the risk assessment procedures for the environment of these substances. But aquatic organisms are typically exposed every day simultaneously to thousands of organic compounds. The toxic effects resulting of these "cocktails" cannot be neglected. The ecological risk assessment of mixtures of such compounds has therefore to be addressed by scientists in the most reliable and appropriate way. In the first part of this thesis, the procedures currently envisioned for the aquatic mixture risk assessment in European legislations are described. These methodologies are based on the mixture model of concentration addition and the use of the predicted no effect concentrations (PNEC) or effect concentrations (EC50) with assessment factors. These principal approaches were applied to two specific case studies, Lake Geneva and the River Rhône in Switzerland, including a discussion of the outcomes of such applications. These first level assessments showed that the mixture risks for these studied cases exceeded rapidly the critical value. This exceeding is generally due to two or three main substances. The proposed procedures allow therefore the identification of the most problematic substances for which management measures, such as a reduction of the entrance to the aquatic environment, should be envisioned. However, it was also showed that the risk levels associated with mixtures of compounds are not negligible, even without considering these main substances. Indeed, it is the sum of the substances that is problematic, which is more challenging in term of risk management. Moreover, a lack of reliability in the procedures was highlighted, which can lead to contradictory results in terms of risk. This result is linked to the inconsistency in the assessment factors applied in the different methods. In the second part of the thesis, the reliability of the more advanced procedures to predict the mixture effect to communities in the aquatic system were investigated. These established methodologies combine the model of concentration addition (CA) or response addition (RA) with species sensitivity distribution curves (SSD). Indeed, the mixture effect predictions were shown to be consistent only when the mixture models are applied on a single species, and not on several species simultaneously aggregated to SSDs. Hence, A more stringent procedure for mixture risk assessment is proposed, that would be to apply first the CA or RA models to each species separately and, in a second step, to combine the results to build an SSD for a mixture. Unfortunately, this methodology is not applicable in most cases, because it requires large data sets usually not available. Therefore, the differences between the two methodologies were studied with datasets created artificially to characterize the robustness of the traditional approach applying models on species sensitivity distribution. The results showed that the use of CA on SSD directly might lead to underestimations of the mixture concentration affecting 5% or 50% of species, especially when substances present a large standard deviation of the distribution from the sensitivity of the species. The application of RA can lead to over- or underestimates, depending mainly on the slope of the dose-response curves of the individual species. The potential underestimation with RA becomes important when the ratio between the EC50 and the EC10 for the dose-response curve of the species composing the SSD are smaller than 100. However, considering common real cases of ecotoxicity data for substances, the mixture risk calculated by the methodology applying mixture models directly on SSDs remains consistent and would rather slightly overestimate the risk. These results can be used as a theoretical validation of the currently applied methodology. Nevertheless, when assessing the risk of mixtures, one has to keep in mind this source of error with this classical methodology, especially when SSDs present a distribution of the data outside the range determined in this study Finally, in the last part of this thesis, we confronted the mixture effect predictions with biological changes observed in the environment. In this study, long-term monitoring of a European great lake, Lake Geneva, provides the opportunity to assess to what extent the predicted toxicity of herbicide mixtures explains the changes in the composition of the phytoplankton community next to other classical limnology parameters such as nutrients. To reach this goal, the gradient of the mixture toxicity of 14 herbicides regularly detected in the lake was calculated, using concentration addition and response addition models. A decreasing temporal gradient of toxicity was observed from 2004 to 2009. Redundancy analysis and partial redundancy analysis showed that this gradient explains a significant portion of the variation in phytoplankton community composition, even when having removed the effect of all other co-variables. Moreover, some species that were revealed to be influenced positively or negatively, by the decrease of toxicity in the lake over time, showed similar behaviors in mesocosms studies. It could be concluded that the herbicide mixture toxicity is one of the key parameters to explain phytoplankton changes in Lake Geneva. To conclude, different methods exist to predict the risk of mixture in the ecosystems. But their reliability varies depending on the underlying hypotheses. One should therefore carefully consider these hypotheses, as well as the limits of the approaches, before using the results for environmental risk management

Improving the Understanding and the Reliability of the Concept of "Sufficiency" in Friction Ridge Examination

The National Academies has stressed the need to develop quantifiable measures for methods that are currently qualitative in nature, such as the examination of fingerprints. Current protocols and procedures to perform these examinations rely heavily on a succession of subjective decisions, from the initial acceptance of evidence for probative value to the final assessment of forensic results. This project studied the concept of sufficiency associated with the decisions made by latent print examiners at the end of the various phases of the examination process. During this 2-year effort, a web‐based interface was designed to capture the observations of 146 latent print examiners and trainees on 15 pairs of latent/control prints. Two main findings resulted from the study: The concept of sufficiency is driven mainly by the number and spatial relationships between the minutiae observed on the latent and control prints. Data indicate that demographics (training, certification, years of experience) or non‐minutiae based features (such as level 3 features) do not play a major role in examiners' decisions; Significant variability was observed between detecting and interpreting friction ridge features and at all levels of details, as well as for factors that have the potential to influence the examination process, such as degradation, distortion, or influence of the background and the development technique.

Construct validity and internal reliability of a French version of FACES III in adolescents and adults

Family cohesion and adaptability, as operationalised in the Family Adaptability and Cohesion Scales III (FACES III), are two hypothesised dimensions of family functioning. We tested the properties of a French version of FACES III in school-children (mean age: 13 years; S.D:0.85) recruited from the general population and their parents. Separate confirmatory factor analyses were performed for adolescents and adults. The results of both analyses were compatible with a two-factor structure similar to that proposed by the authors of the original instrument. However, orthogonality between the two factors was only supported in the adult data. Internal reliability estimates were 0.78 and 0.68 in adolescents and 0.82 and 0.65 in adults, for cohesion and adaptability respectively.

Detecting and measuring deprivation in primary care: development, validity and reliability of a self-reported questionnaire - the DiPCare-Q

Background: General practitioners play a central role in taking deprivation into consideration when caring for patients in primary care. Validated questions to identify deprivation in primary-care practices are still lacking. For both clinical and research purposes, this study therefore aims to develop and validate a standardized instrument measuring both material and social deprivation at an individual level. Methods: The Deprivation in Primary Care Questionnaire (DiPCare-Q) was developed using qualitative and quantitative approaches between 2008 and 2011. A systematic review identified 199 questions related to deprivation. Using judgmental item quality, these were reduced to 38 questions. Two focus groups (primary-care physicians, and primary-care researchers), structured interviews (10 laymen), and think aloud interviews (eight cleaning staff) assured face validity. Item response theory analysis was then used to derive the DiPCare-Q index using data obtained from a random sample of 200 patients who were to complete the questionnaire a second time over the phone. For construct and criterion validity, the final 16 questions were administered to a random sample of 1,898 patients attending one of 47 different private primary-care practices in western Switzerland (validation set) along with questions on subjective social status (subjective SES ladder), education, source of income, welfare status, and subjective poverty. Results: Deprivation was defined in three distinct dimensions (table); material deprivation (eight items), social deprivation (five items) and health deprivation (three items). Item consistency was high in both the derivation (KR20 = 0.827) and the validation set (KR20 = 0.778). The DiPCare-Q index was reliable (ICC = 0.847). For construct validity, we showed the DiPCare-Q index to be correlated to patients' estimation of their position on the subjective SES ladder (rs = 0.539). This position was correlated to both material and social deprivation independently suggesting two separate mechanisms enhancing the feeling of deprivation. Conclusion: The DiPCare-Q is a rapid, reliable and validated instrument useful for measuring both material and social deprivation in primary care. Questions from the DiPCare-Q are easy to use when investigating patients' social history and could improve clinicians' ability to detect underlying social distress related to deprivation.

Assessing inter-rater reliability when the raters are fixed: two concepts and two estimates.

Intraclass correlation (ICC) is an established tool to assess inter-rater reliability. In a seminal paper published in 1979, Shrout and Fleiss considered three statistical models for inter-rater reliability data with a balanced design. In their first two models, an infinite population of raters was considered, whereas in their third model, the raters in the sample were considered to be the whole population of raters. In the present paper, we show that the two distinct estimates of ICC developed for the first two models can both be applied to the third model and we discuss their different interpretations in this context.

Calibration and Reliability of a Nuclear Asphalt Content Gauge, MLR-87-02, 1987

Based on results of an evaluation performed during the winter of 1985-86, six Troxler 3241-B Asphalt Content Gauges were purchased for District use in monitoring project asphalt contents. Use of these gauges will help reduce the need for chemical based extractions. Effective use of the gauges depends on the accurate preparation and transfer of project mix calibrations from the Central Lab to the Districts. The objective of this project was to evaluate the precision and accuracy of a gauge in determining asphalt contents and to develop a mix calibration transfer procedure for implementation during the 1987 construction. The first part of the study was accomplished by preparing mix calibrations in the Central Lab gauge and taking multiple measurements of a sample with known asphalt content. The second part was accomplished by preparing transfer pans, obtaining count data on the pans using each gauge, and transferring calibrations from one gauge to another through the use of calibration transfer equations. The transferred calibrations were tested by measuring samples with a known asphalt content. The study established that the Troxler 3241-B Asphalt Content Gauge yields results of acceptable accuracy and precision as evidenced by a standard deviation of 0.04% asphalt content on multiple measurements of the same sample. The calibration transfer procedure proved feasible and resulted in the calibration transfer portion of Materials I.M. 335 - Method of Test For Determining the Asphalt Content of Bituminous Mixtures by the Nuclear Method.

Computer-aided volume measurement of posttraumatic orbits reconstructed with AO titanium mesh plates: accuracy and reliability

PURPOSE: To prospectively evaluate the accuracy and reliability of "freehand" posttraumatic orbital wall reconstruction with AO (Arbeitsgemeinschaft Osteosynthese) titanium mesh plates by using computer-aided volumetric measurement of the bony orbits. METHODS: Bony orbital volume was measured in 12 patients from coronal CT scan slices using OsiriX Medical Image software. After defining the volumetric limits of the orbit, the segmentation of the bony orbital region of interest of each single slice was performed. At the end of the segmentation process, all regions of interest were grouped and the volume was computed. The same procedure was performed on both orbits, and thereafter the volume of the contralateral uninjured orbit was used as a control for comparison. RESULTS: In all patients, the volume data of the reconstructed orbit fitted that of the contralateral uninjured orbit with accuracy to within 1.85 cm3 (7%). CONCLUSIONS: This preliminary study has demonstrated that posttraumatic orbital wall reconstruction using "freehand" bending and placement of AO titanium mesh plates results in a high success rate in re-establishing preoperative bony volume, which closely approximates that of the contralateral uninjured orbit.

Data triangulation in the context of opioids monitoring via wastewater analyses.

BACKGROUND: The need to contextualise wastewater-based figures about illicit drug consumption by comparing them with other indicators has been stressed by numerous studies. The objective of the present study was to further investigate the possibility of combining wastewater data to conventional statistics to assess the reliability of the former method and obtain a more balanced picture of illicit drug consumption in the investigated area. METHODS: Wastewater samples were collected between October 2013 and July 2014 in the metropolitan area of Lausanne (226,000 inhabitants), Switzerland. Methadone, its metabolite 2-ethylidene-1,5-dimethyl-3,3-diphenylpyrrolidine (EDDP), the exclusive metabolite of heroin, 6-monoacetylmorphine (6-MAM), and morphine loads were used to estimate the amounts of methadone and heroin consumed. RESULTS: Methadone consumption estimated from EDDP was in agreement with the expectations. Heroin estimates based on 6-MAM loads were inconsistent. Estimates obtained from morphine loads, combined to prescription/sales data, were in agreement with figures derived from syringe distribution data and general population surveys. CONCLUSIONS: The results obtained for methadone allowed assessing the reliability of the selected sampling strategy, supporting its ability to capture the consumption of a small cohort (i.e., 743 patients). Using morphine as marker, in combination with prescription/sales data, estimates in accordance with other indicators about heroin use were obtained. Combining different sources of data allowed strengthening the results and suggested that the different indicators (i.e., administration route, average dosage and number of consumers) contribute to depict a realistic representation of the phenomenon in the investigated area. Heroin consumption was estimated to approximately 13gday(-1) (118gday(-1) at street level).

Using time and stochastic models for software reliability forecasting and analysis

Tämä työ luo katsauksen ajallisiin ja stokastisiin ohjelmien luotettavuus malleihin sekä tutkii muutamia malleja käytännössä. Työn teoriaosuus sisältää ohjelmien luotettavuuden kuvauksessa ja arvioinnissa käytetyt keskeiset määritelmät ja metriikan sekä varsinaiset mallien kuvaukset. Työssä esitellään kaksi ohjelmien luotettavuusryhmää. Ensimmäinen ryhmä ovat riskiin perustuvat mallit. Toinen ryhmä käsittää virheiden ”kylvöön” ja merkitsevyyteen perustuvat mallit. Työn empiirinen osa sisältää kokeiden kuvaukset ja tulokset. Kokeet suoritettiin käyttämällä kolmea ensimmäiseen ryhmään kuuluvaa mallia: Jelinski-Moranda mallia, ensimmäistä geometrista mallia sekä yksinkertaista eksponenttimallia. Kokeiden tarkoituksena oli tutkia, kuinka syötetyn datan distribuutio vaikuttaa mallien toimivuuteen sekä kuinka herkkiä mallit ovat syötetyn datan määrän muutoksille. Jelinski-Moranda malli osoittautui herkimmäksi distribuutiolle konvergaatio-ongelmien vuoksi, ensimmäinen geometrinen malli herkimmäksi datan määrän muutoksille.

Data collection and criticality analysis for cost effective maintenance during the life cycle of a flue gas line

Työn tarkoituksena oli kerätä käyttövarmuustietoa savukaasulinjasta kahdelta suomalaiselta sellutehtaalta niiden käyttöönotosta aina tähän päivään asti. Käyttövarmuustieto koostuu luotettavuustiedoista sekä kunnossapitotiedoista. Kerätyn tiedon avulla on mahdollista kuvata tarkasti laitoksen käyttövarmuutta seuraavilla tunnusluvuilla: suunnittelemattomien häiriöiden lukumäärä ja korjausajat, laitteiden seisokkiaika, vikojen todennäköisyys ja korjaavan kunnossapidon kustannukset suhteessa savukaasulinjan korjaavan kunnossapidon kokonaiskustannuksiin. Käyttövarmuustiedon keräysmetodi on esitelty. Savukaasulinjan kriittisten laitteiden määrittelyyn käytetty metodi on yhdistelmä kyselytutkimuksesta ja muunnellusta vian vaikutus- ja kriittisyysanalyysistä. Laitteiden valitsemiskriteerit lopulliseen kriittisyysanalyysiin päätettiin käyttövarmuustietojen sekä kyselytutkimuksen perusteella. Kriittisten laitteiden määrittämisen tarkoitus on löytää savukaasulinjasta ne laitteet, joiden odottamaton vikaantuminen aiheuttaa vakavimmat seuraukset savukaasulinjan luotettavuuteen, tuotantoon, turvallisuuteen, päästöihin ja kustannuksiin. Tiedon avulla rajoitetut kunnossapidon resurssit voidaan suunnata oikein. Kriittisten laitteiden määrittämisen tuloksena todetaan, että kolme kriittisintä laitetta savukaasulinjassa ovat molemmille sellutehtaille yhteisesti: savukaasupuhaltimet, laahakuljettimet sekä ketjukuljettimet. Käyttövarmuustieto osoittaa, että laitteiden luotettavuus on tehdaskohtaista, mutta periaatteessa samat päälinjat voidaan nähdä suunnittelemattomien vikojen todennäköisyyttä esittävissä kuvissa. Kustannukset, jotka esitetään laitteen suunnittelemattomien kunnossapitokustannusten suhteena savukaasulinjan kokonaiskustannuksiin, noudattelevat hyvin pitkälle luotettavuuskäyrää, joka on laskettu laitteen seisokkiajan suhteena käyttötunteihin. Käyttövarmuustiedon keräys yhdistettynä kriittisten laitteiden määrittämiseen mahdollistavat ennakoivan kunnossapidon oikean kohdistamisen ja ajoittamisen laitteiston elinaikana siten, että luotettavuus- ja kustannustehokkuusvaatimukset saavutetaan.

Mapping Bias Overestimates Reference Allele Frequencies at the HLA Genes in the 1000 Genomes Project Phase I Data.

Next-generation sequencing (NGS) technologies have become the standard for data generation in studies of population genomics, as the 1000 Genomes Project (1000G). However, these techniques are known to be problematic when applied to highly polymorphic genomic regions, such as the human leukocyte antigen (HLA) genes. Because accurate genotype calls and allele frequency estimations are crucial to population genomics analyses, it is important to assess the reliability of NGS data. Here, we evaluate the reliability of genotype calls and allele frequency estimates of the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) reported by 1000G (phase I) at five HLA genes (HLA-A, -B, -C, -DRB1, and -DQB1). We take advantage of the availability of HLA Sanger sequencing of 930 of the 1092 1000G samples and use this as a gold standard to benchmark the 1000G data. We document that 18.6% of SNP genotype calls in HLA genes are incorrect and that allele frequencies are estimated with an error greater than ±0.1 at approximately 25% of the SNPs in HLA genes. We found a bias toward overestimation of reference allele frequency for the 1000G data, indicating mapping bias is an important cause of error in frequency estimation in this dataset. We provide a list of sites that have poor allele frequency estimates and discuss the outcomes of including those sites in different kinds of analyses. Because the HLA region is the most polymorphic in the human genome, our results provide insights into the challenges of using of NGS data at other genomic regions of high diversity.

Capturing diagnosis-timing in ICD-coded hospital data: recommendations from the WHO ICD-11 topic advisory group on quality and safety.

PURPOSE: To develop a consensus opinion regarding capturing diagnosis-timing in coded hospital data. METHODS: As part of the World Health Organization International Classification of Diseases-11th Revision initiative, the Quality and Safety Topic Advisory Group is charged with enhancing the capture of quality and patient safety information in morbidity data sets. One such feature is a diagnosis-timing flag. The Group has undertaken a narrative literature review, scanned national experiences focusing on countries currently using timing flags, and held a series of meetings to derive formal recommendations regarding diagnosis-timing reporting. RESULTS: The completeness of diagnosis-timing reporting continues to improve with experience and use; studies indicate that it enhances risk-adjustment and may have a substantial impact on hospital performance estimates, especially for conditions/procedures that involve acutely ill patients. However, studies suggest that its reliability varies, is better for surgical than medical patients (kappa in hip fracture patients of 0.7-1.0 versus kappa in pneumonia of 0.2-0.6) and is dependent on coder training and setting. It may allow simpler and more precise specification of quality indicators. CONCLUSIONS: As the evidence indicates that a diagnosis-timing flag improves the ability of routinely collected, coded hospital data to support outcomes research and the development of quality and safety indicators, the Group recommends that a classification of 'arising after admission' (yes/no), with permitted designations of 'unknown or clinically undetermined', will facilitate coding while providing flexibility when there is uncertainty. Clear coding standards and guidelines with ongoing coder education will be necessary to ensure reliability of the diagnosis-timing flag.