L’étude des stratégies de séparations préparatrices de protéines par électrophorèse capillaire

La protéomique est un sujet d'intérêt puisque l'étude des fonctions et des structures de protéines est essentiel à la compréhension du fonctionnement d'un organisme donné. Ce projet se situe dans la catégorie des études structurales, ou plus précisément, la séquence primaire en acides aminés pour l’identification d’une protéine. La détermination des protéines commence par l'extraction d'un mélange protéique issu d'un tissu ou d'un fluide biologique pouvant contenir plus de 1000 protéines différentes. Ensuite, des techniques analytiques comme l’électrophorèse en gel polyacrylamide en deux dimensions (2D-SDS-PAGE), qui visent à séparer ce mélange en fonction du point isoélectrique et de la masse molaire des protéines, sont utilisées pour isoler les protéines et pour permettre leur identification par chromatographie liquide and spectrométrie de masse (MS), typiquement. Ce projet s'inspire de ce processus et propose que l'étape de fractionnement de l'extrait protéique avec la 2D-SDS-PAGE soit remplacé ou supporté par de multiples fractionnements en parallèle par électrophorèse capillaire (CE) quasi-multidimensionnelle. Les fractions obtenues, contenant une protéine seule ou un mélange de protéines moins complexe que l’extrait du départ, pourraient ensuite être soumises à des identifications de protéines par cartographie peptidique et cartographie protéique à l’aide des techniques de séparations analytiques et de la MS. Pour obtenir la carte peptidique d'un échantillon, il est nécessaire de procéder à la protéolyse enzymatique ou chimique des protéines purifiées et de séparer les fragments peptidiques issus de cette digestion. Les cartes peptidiques ainsi générées peuvent ensuite être comparées à des échantillons témoins ou les masses exactes des peptides enzymatiques sont soumises à des moteurs de recherche comme MASCOT™, ce qui permet l’identification des protéines en interrogeant les bases de données génomiques. Les avantages exploitables de la CE, par rapport à la 2D-SDS-PAGE, sont sa haute efficacité de séparation, sa rapidité d'analyse et sa facilité d'automatisation. L’un des défis à surmonter est la faible quantité de masse de protéines disponible après analyses en CE, due partiellement à l'adsorption des protéines sur la paroi du capillaire, mais due majoritairement au faible volume d'échantillon en CE. Pour augmenter ce volume, un capillaire de 75 µm était utilisé. Aussi, le volume de la fraction collectée était diminué de 1000 à 100 µL et les fractions étaient accumulées 10 fois; c’est-à-dire que 10 produits de séparations étaient contenu dans chaque fraction. D'un autre côté, l'adsorption de protéines se traduit par la variation de l'aire d'un pic et du temps de migration d'une protéine donnée ce qui influence la reproductibilité de la séparation, un aspect très important puisque 10 séparations cumulatives sont nécessaires pour la collecte de fractions. De nombreuses approches existent pour diminuer ce problème (e.g. les extrêmes de pH de l’électrolyte de fond, les revêtements dynamique ou permanent du capillaire, etc.), mais dans ce mémoire, les études de revêtement portaient sur le bromure de N,N-didodecyl-N,N-dimethylammonium (DDAB), un surfactant qui forme un revêtement semi-permanent sur la paroi du capillaire. La grande majorité du mémoire visait à obtenir une séparation reproductible d'un mélange protéique standard préparé en laboratoire (contenant l’albumine de sérum de bovin, l'anhydrase carbonique, l’α-lactalbumine et la β-lactoglobulin) par CE avec le revêtement DDAB. Les études portées sur le revêtement montraient qu'il était nécessaire de régénérer le revêtement entre chaque injection du mélange de protéines dans les conditions étudiées : la collecte de 5 fractions de 6 min chacune à travers une séparation de 30 min, suivant le processus de régénération du DDAB, et tout ça répété 10 fois. Cependant, l’analyse en CE-UV et en HPLC-MS des fractions collectées ne montraient pas les protéines attendues puisqu'elles semblaient être en-dessous de la limite de détection. De plus, une analyse en MS montrait que le DDAB s’accumule dans les fractions collectées dû à sa désorption de la paroi du capillaire. Pour confirmer que les efforts pour recueillir une quantité de masse de protéine étaient suffisants, la méthode de CE avec détection par fluorescence induite par laser (CE-LIF) était utilisée pour séparer et collecter la protéine, albumine marquée de fluorescéine isothiocyanate (FITC), sans l'utilisation du revêtement DDAB. Ces analyses montraient que l'albumine-FITC était, en fait, présente dans la fraction collecté. La cartographie peptidique a été ensuite réalisée avec succès en employant l’enzyme chymotrypsine pour la digestion et CE-LIF pour obtenir la carte peptidique.

Développement d’une méthode bio-informatique permettant de relier les gènes aux métabolites

L’objectif de ce projet était de faire le lien entre gènes et métabolites afin d’éventuellement proposer des métabolites à mesurer en lien avec la fonction de gènes. Plus particulièrement, nous nous sommes intéressés aux gènes codant pour des protéines ayant un impact sur le métabolisme, soit les enzymes qui catalysent les réactions faisant partie intégrante des voies métaboliques. Afin de quantifier ce lien, nous avons développé une méthode bio-informatique permettant de calculer la distance qui est définie comme le nombre de réactions entre l’enzyme encodée par le gène et le métabolite dans la carte globale du métabolisme de la base de données Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Notre hypothèse était que les métabolites d’intérêt sont des substrats/produits se trouvant à proximité des réactions catalysées par l’enzyme encodée par le gène. Afin de tester cette hypothèse et de valider la méthode, nous avons utilisé les études d’association pangénomique combinées à la métabolomique (mGWAS) car elles rapportent des associations entre variants génétiques, annotés en gènes, et métabolites mesurés. Plus précisément, la méthode a été appliquée à l’étude mGWAS par Shin et al. Bien que la couverture des associations de Shin et al. était limitée (24/299), nous avons pu valider de façon significative la proximité entre gènes et métabolites associés (P<0,01). En somme, cette méthode et ses développements futurs permettront d’interpréter de façon quantitative les associations mGWAS, de prédire quels métabolites mesurer en lien avec la fonction d’un gène et, plus généralement, de permettre une meilleure compréhension du contrôle génétique sur le métabolisme.

Modélisation de l’activité électrique des oreillettes avant et après ablation par cathéter

- Réalisé au centre de recherche de l'hospital du Sacré-Coeur de Montréal. - Programme conjoint entre Université de Montréal et École Polytechnique de Montréal.

Proposta de modelos de satisfação dos consumidores de serviços

A presente dissertação abordou a construção de modelos de satisfação dos consumidores para vários tipos de serviços, através da identificação dos determinantes da satisfação e respectivas relações causais. Para conduzir o estudo, foi selecionada uma tipologia de serviços e escolhidas organizações caracterizadas dentro dos quatro tipos de serviços selecionados. Foram definidos os determinantes a serem incluídos nos modelos baseado no referencial teórico sobre satisfação do consumidor. Os modelos de causa e efeito para a satisfação do consumidor dos serviços avaliados (restaurante à la carte, escola de línguas, tele-entrega e estação de rádio) foram construídos a partir de pesquisa a clientes destes tipos de serviço e foram validados tecnicamente através de entrevistas às organizações escolhidas. Uma vez comparados os modelos obtidos, constatou-se que existem diferenças significativas entre eles, em função das características particulares de cada tipo de serviço, descartando-se a possibilidade de um modelo único adaptar-se ao comportamento dos quatro tipos de serviços. A comparação com os modelos apresentados na literatura revelou que não existe nenhum modelo que se ajuste aos modelos obtidos para cada tipo de serviço, encontrando-se algumas convergências e outras divergências no que concerne aos determinantes e suas relações causais.

SIG e álgebra de mapas na elaboração de um mapa de potencial de erosão em áreas de silvicultura

Cette étude visait à générer une carte du potentiel d'érosion pour la Ferme Santa Edwirges, située à Lorena /SP. Les résultats ont etés classifiés en faible, modéré, élève et très élève potentiel d'érosion et la carte obtenue a été comparé par rapport aux autres cartes existantes pour la zone d'étude. La méthodologie proposée se basant sur une application qualitative simple L’équation Universelle de Perte de Sol (USLE ou EUPS), en considérant les parties de l'équation: érodibilité, la topographie et l'utilisation des terres. Les donnés ont etés intégrés par l'algèbre de carte dans l’environnement SIG de ArcGIS. Pour la représentation de chacune de ces parcelles, nous avons utilisé une carte des formations superficielles de la ferme, généré à partir d'une ré-interprétation de la carte géologique, une carte de la pente et une carte d'utilisation des terres, attribuant un poids d’important pour chaque catégorie de ces cartes dans le processus d'érosion et dans l'algèbre proposée. Les résultats obtenus sont compatibles avec les zones identifiées comme les plus critiques sur terrain. La ferme a été identifiée comme de potentiel d'érosion modérée et la partie sud de la ferme le plus critique, suivi du groupe conduit par la zone de cisaillement, par contre les plaines proches des rivières ont eté identifié comme la zone plus stable avec moins de potentiel d'érosionDe la comparaison des résultats de ce travail et d'autres qui ont fait antérieurement dans la zone d’intéresse, qui ont utilisé les paramètres géotechniques dans la représentation de l'érosivité des sols, nous avons pu voir des résultats similaires, en particulier dans les zones à potentiel élevé et faible pour l'érosion. De la discussion et analyse des résultats, la méthodologie proposée à eté validée

Costruzioni modulari in linguaggi con tipi dipendenti.

In questa tesi si indaga come è possibile strutturare in modo modulare programmi e prove in linguaggi con tipi dipendenti. Il lavoro è sviluppato nel linguaggio di programmazione con tipi dipendenti Agda. Il fine è quello di tradurre l'approccio Datatypes à la carte, originariamente formulato per Haskell, in Type Theory: puntiamo ad ottenere un simile embedding di una nozione di sottotipaggio per tipi ricorsivi, che permetta sia la definizione di programmi con side-effect dove i diversi effetti sono definiti modularmente, che la modularizzazione di sintassi, semantica e ragionamento relativi a descrizioni di linguaggi.

L'illusione della scrittura, le metamorfosi del labirinto. Le città invisibili di Calvino e il modello ovidiano.

Résumé: Par le biais de cette thèse, nous nous aventurons dans le monde des Villes invisibles d'Italo Calvino à travers un voyage qui nous portera à affronter des thèmes tels que l'insuffisance du langage pour décrire les multiples formes de la réalité ; l'importance de la relation entre l'oeil et l'esprit ; les instruments déployés par Italo Calvino pour atteindre son objectif: toucher du doigt l'essence même de la réalité. Pour ce faire, l'écrivain puisera dans une tradition séculaire d'oeuvres littéraires, y compris et surtout Ovide et ses Métamorphoses, qui fera l'objet dune étude plus poussée étant donné que Calvino et lui partagent la conviction que l'art et l'illusion qu'il comporte nous guident vers une réalité nouvelle. Nous finirons par l'étude de certains concepts récurrents dans la littérature en général, mais surtout dans celle de l'écrivain. Des thèmes comme l'échiquier, le labyrinthe ou encore la carte nous apparaissent comme autant de moyens employés par Calvino pour comprendre notre monde. Le tout à travers un voyage initiatique qui nous permettra non seulement de mieux comprendre la réalité dans laquelle nous vivons et par conséquent nous-même, mais aussi d'entrer dans l'esprit de l'auteur sans toutefois oublier que nous ne pouvons qu'effleurer la surface de ce dernier. Abstract: Through this thesis, we will enter the world of Italo Calvino's Invisible cities in a trip that will bring us to analyse subjects such as the language inadequacy when it comes to describing reality and its multiple forms ; the importance of the link between the eye and the mind ; the tools used by Italo Calvino in order to achieve his goal: reach the very essence of reality. To do so, the writer will make full use of a tradition that comes from centuries of literary books, included and most of all Ovid and his Metamorphoses, which we will study more deeply as Calvino shares with him the belief that art and illusion that derives from it, bring us towards a new reality. Finally, we will analyse some topics which are generally recurrent not only in literature, but also in Calvino's work. Topics such as chessboard, labyrinth, map that are may different ways used by Calvino to understand our world. All of this will take us through an initiatory trip that will allow us not only to better understand the reality we live in and therefore ourselves, but also to enter the writer's mind without however forgetting that we cannot but only scratch the surface of the latter.

Oostende, Belgium, ca. 1727 (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Nouveau plan de la ville d'Ostende : ville forte du Comté de Flandre celebre par l'octroy de l'empereur pour la navigation aux Indes Orientales. It was published by chez R. & J. Ottens, sur le Nieuwendyk à la Carte du Monde ca. 1727. Scale [ca. 1:3,900]. Covers Oostende, Belgium. Map in French.The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to the Belgian Lambert 1972 coordinate system. All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, index maps, legends, or other information associated with the principal map. This map shows features such as roads, drainage, built-up areas and selected buildings, fortifications, ground cover, and more. Relief shown by hachures. Includes index.This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps from the Harvard Map Collection. These maps typically portray both natural and manmade features. The selection represents a range of originators, ground condition dates, scales, and map purposes.

South America, 1838 (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Carte de l'Amérique Méridionale, dressée par Alcide d'Orbigny d'aprés ses itinéraires sur parties qu'il à parcourues servant à l'intelligence de son voyage et de ses observations sur l'homme américain ; gravé sur pierre par L. Bouffard ; lith de Lemercier Benard et Cie. It was published by Pitois-Levrault et Cie Libraire in 1838. Scale [ca. 1:15,000,000]. Covers South America. Map in French. The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to a non-standard 'World Sinusoidal' projection with the central meridian at 57.662770 degrees west. All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, index maps, legends, or other information associated with the principal map. This map shows features such as drainage, roads, cities and other human settlements, cultural territories, selected land and sea exploration routes, shoreline features, and more. Relief shown by hachures. Includes inset: Bolivia d'après la carte Lapie (1829). This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps from the Harvard Map Collection and the Harvard University Library as part of the Open Collections Program at Harvard University project: Organizing Our World: Sponsored Exploration and Scientific Discovery in the Modern Age. Maps selected for the project correspond to various expeditions and represent a range of regions, originators, ground condition dates, scales, and purposes.

Arabian Peninsula, ca. 1747-1767 (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Carte de la coste d'Arabie, Mer Rouge et Golfe de Perse : tir�e de la Carte de l'Oc�an Oriental publi�e en 1740 par Ordre de Mgr le Comte de Maurepas augment�e sur des remarques particuli�res et dress�e sur des observations astronomiques = Kaart van de Kust van Arabi�, de Roode-Zee en de Gulf van Persi� Gemaakt na de Fransse-Kaart van den Ooster-Ocean uitgegeven A. 1740 op Bevel van den Hre Grave de Maurepas Vermeederd op byzondere Aanmerkingen, en geschikt volgens Sterrekundige-Waarnemingen, J. V. Schley. It was published by Pierre de Hondt between 1747 and 1767. Scale [ca. 1:14,000,000]. Covers the Arabian Peninsula. Map in French and Dutch. The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to the World Gall Stereographic projection. All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, index maps, legends, or other information associated with the principal map. This map shows features such as drainage, cities and other human settlements, shoreline features, and more. This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps from the Harvard Map Collection as part of the Open Collections Program at Harvard University project: Islamic Heritage Project. Maps selected for the project represent a range of regions, originators, ground condition dates, scales, and purposes. The Islamic Heritage Project consists of over 100,000 digitized pages from Harvard's collections of Islamic manuscripts and published materials. Supported by Prince Alwaleed Bin Talal and developed in association with the Prince Alwaleed Bin Talal Islamic Studies Program at Harvard University.

Boston Harbor, Massachusetts, 1780 (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Carte particulière du havre de Boston, réduite de la carte anglaise de J.E.S. Des Barres, écuyer ; la déclinaison de l'aiguille aimantée à été observée de 6d. 4'. N.O. en 8bre. 1778, par M. le marquis de Chabert qui à sussi déterminé à terre la latitude de divers points auxquels cette carte à été assujetie. It was published by Dépôt des cartes et plans de la marine, 1780. Scale [ca. 1:33,000]. Covers Boston Harbor and adjacent lands. The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to the Massachusetts State Plane Coordinate System, Mainland Zone (in Feet) (Fipszone 2001). All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, or other information associated with the principal map. This map shows coastal features such as rocks, flats, channels, points, coves, islands, and more. Depths are shown by soundings and shading. It also shows land features such as roads, settlements, drainage, and more. Relief is shown by hachures. This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps of Massachusetts from the Harvard Map Collection. These maps typically portray both natural and manmade features. The selection represents a range of regions, originators, ground condition dates (1755-1922), scales, and purposes. The digitized selection includes maps of: the state, Massachusetts counties, town surveys, coastal features, real property, parks, cemeteries, railroads, roads, public works projects, etc.

Modélisation de l’activité électrique des oreillettes avant et après ablation par cathéter

- Réalisé au centre de recherche de l'hospital du Sacré-Coeur de Montréal. - Programme conjoint entre Université de Montréal et École Polytechnique de Montréal.

Geologische Bibliographie der Schweiz, 1900-1910,

Supplements H. L. Rollier's "Geologische bibliographie der Schweiz...(1770-1900)" pub. 1907-08 in 2 v. as v. 29 of the series.

Bulletin.

At head of title: Institut de France. Académie des sciences.