Use of cellular impedance to characterize ligand functional selectivity at G protein-coupled receptors

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPGs) représentent la plus grande famille de cibles thérapeutiques pour le traitement d’une panoplie de pathologies humaines. Bien que plusieurs décennies de recherche aient permis de façonner nos connaissances sur ces protéines membranaires, notre compréhension des déterminants moléculaires de leur activité signalétique reste encore limitée. De ces domaines de recherche, une avancée récente a mis à jour un nouveau phénomène, appelé sélectivité fonctionnelle des ligands, qui a bouleversé les paradigmes décrivant leu fonctionnement de ces récepteurs. Ce concept émane d’observations montrant que l’activité pharmacologique de certains ligands n’est pas nécessairement conservée sur tout le répertoire signalétiques connu du récepteur et peu se restreindre à l'activation sélective d’un sous-groupe de voies de signalisation.Ce nouveau modèle pharmacologique de l'activation des RCPG ouvre de nouvelles possibilités pour la découverte de médicaments plus efficace et sûr, ciblant les RCPGs. En effet, il permet la conception de molécules modulant spécifiquement les voies signalétiques d’intérêt thérapeutique, sans engager les autres voies qui pourraient mener à des effets secondaires indésirables ou de la tolérance. Cette thèse décrit l'utilisation d'une nouvelle approche sans marquage, basée sur la mesure du changement l'impédance cellulaire. Par la mesure des changements cellulaires, comme la morphologie, l’adhésion et/ou la redistribution des macromolécules, cette approche permet de mesurer de façon simultanée l'activité de plusieurs voies de signalisation impliqués dans ces réponses. Utilisant le récepteur β2-adrénergique (β2AR) comme modèle, nous avons démontré que les variations dans l’impédance cellulaire étaient directement liées à l’activation de multiples voies de signalisation suite à la stimulation du récepteur par son ligand. L’agoniste type du β2AR, l’isoprotérénol, s’est avéré induire une réponse d’impédance dose-dépendante constituée, dans le temps, de plusieurs caractéristiques distinctes pouvant être bloquées de façon compétitive par l’antagoniste ICI118,551 Par l’utilisation d’inhibiteurs sélectifs, nous avons été en mesure de déterminer la contribution de plusieurs voies signalétiques canoniques, comme les voies dépendantes de Gs et Gi, la production d’AMPc et l’activation de ERK1/2, sur ces changements. De plus, la dissection de la réponse d’impédance a permis d’identifier une nouvelle voie de mobilisation du Ca2+ contribuant à la réponse globale des changements initiés par la stimulation du β2AR. Dans une autre étude, nous avons rapporté que la réponse calcique induite par le β2AR serait attribuable à une transactivation Gs-dépendant du récepteur purinergique P2Y11, lui-même couplé à la protéine Gq. La mesure d’impédance permettant de distinguer et de décrire une pléiade d’activités signalétiques, nous avons émis l’hypothèse que des ligands arborant des profils signalétiques différents généreraient des réponses d’impédance distinctes. Le criblage d’une librairie de ligands spécifiques au β2AR a révélé une grande variété de signatures d’impédance. Grâce au développement d’une approche computationnelle innovatrice, nous avons été en mesure de regrouper ces signatures en cinq classes de composés, un regroupement qui s’est avéré hautement corrélé avec le profil signalétique des différents ligands. Nous avons ensuite combiné le criblage de composés par impédance avec l’utilisation d’inhibiteurs sélectifs de voies signalétiques afin d’augmenter la résolution du regroupement. En évaluant l’impact d’une voie signalétique donnée sur la signature d’impédance, nous avons été en mesure de révéler une plus grande variété de textures parmi les ligands. De plus, cette méthode s’est avérée efficace pour prédire le profil signalétique d’une librairie de composés non caractérisés, ciblant le β2AR. Ces travaux ont mené à l’élaboration d’une méthode permettant d’exprimer visuellement la sélectivité fonctionnelle de ligands et ont révélé de nouvelles classes de composés pour ce récepteur. Ces nouvelles classes de composés ont ensuite été testées sur des cardiomyocytes humains, confirmant que les composés regroupés dans différentes classes produisent des effets distincts sur la contractilité de ces cellules. Globalement, ces travaux démontrent la pertinence de l’utilisation de l’impédance cellulaire pour une évaluation précise des différences fonctionnelles parmi les composés ciblant les RCPGs. En fournissant une représentation pluridimensionnelle de la signalisation émanant des RCPGs à l’aide d’un seul essai ne requérant pas de marquage, les signatures d’impédance représentent une stratégie simple et innovante pour l’évaluation de la fonctionnalité sélective des ligands. Cette méthode pourrait être d’une grande utilité dans le processus de découverte de nouveaux médicaments.

Knowledge transfer intervention theory : a model grounded in the strategies used by intermediate agents in the context of education

La présente thèse se base sur les principes de la théorisation ancrée (Strauss & Corbin, 1998) afin de répondre au manque de documentation concernant les stratégies adoptées par des « agents intermédiaires » pour promouvoir l’utilisation des connaissances issues de la recherche auprès des intervenants en éducation. Le terme « agent intermédiaire » réfère aux personnes qui sont positionnées à l’interface entre les producteurs et les utilisateurs des connaissances scientifiques et qui encouragent et soutiennent les intervenants scolaires dans l’application des connaissances scientifiques dans leur pratique. L’étude s’inscrit dans le cadre d’un projet du ministère de l’Éducation, du Loisir et du Sport du Québec visant à améliorer la réussite scolaire des élèves du secondaire provenant de milieux défavorisés. Des agents intermédiaires de différents niveaux du système éducatif ayant obtenu le mandat de transférer des connaissances issues de la recherche auprès des intervenants scolaires dans les écoles visées par le projet ont été sollicités pour participer à l’étude. Une stratégie d’échantillonnage de type « boule-de-neige » (Biernacki & Waldorf, 1981; Patton, 1990) a été employée afin d’identifier les personnes reconnues par leurs pairs pour la qualité du soutien offert aux intervenants scolaires quant à l’utilisation de la recherche dans leur pratique. Seize entrevues semi-structurées ont été réalisées. L’analyse des données permet de proposer un modèle d’intervention en transfert de connaissances composé de 32 stratégies d’influence, regroupées en 6 composantes d’intervention, soit : relationnelle, cognitive, politique, facilitatrice, évaluative, de même que de soutien et de suivi continu. Les résultats suggèrent que les stratégies d’ordre relationnelle, cognitive et politique sont interdépendantes et permettent d’établir un climat favorable dans lequel les agents peuvent exercer une plus grande influence sur l’appropriation du processus de l’utilisation des connaissances des intervenants scolaire. Ils montrent en outre que la composante de soutien et de suivi continu est importante pour maintenir les changements quant à l’utilisation de la recherche dans la pratique chez les intervenants scolaires. Les implications théoriques qui découlent du modèle, ainsi que les explications des mécanismes impliqués dans les différentes composantes, sont mises en perspective tant avec la documentation scientifique en transfert de connaissances dans les secteurs de la santé et de l’éducation, qu’avec les travaux provenant de disciplines connexes (notamment la psychologie). Enfin, des pistes d’action pour la pratique sont proposées.

Studying Your Own Country. Social Scientific Knowledge For Our Times and Places; Presidential Address to the Canadian Political Science Association, St Catharines, May 28, 2014

Political science is both a generalizing and an anchored, nationally defined, discipline. Too often, the first perspective tends to crowd out the latter, because it appears more prestigious, objective, or scientific. Behind the international/national dichotomy, there are indeed rival conceptions of social science, and important ontological, epistemological and methodological assumptions. This article discusses these assumptions and stresses the critical contribution of idiographic, single-outcome studies, the importance of producing relevant, usable knowledge, and the distinctive implications of studying one’s own country, where a scholar is also a citizen, involved in more encompassing national conversations. The aim is not to reject the generalizing, international perspective, or even the comparative approach, but rather to reaffirm the importance of maintaining as well, and in fact celebrating, the production of social scientific knowledge directly relevant for our own times and places.

Information Dynamics and Knowledge Management in Science & Technology

This paper describes the current information dynamics and its effect in higher education and research in science and technology. Open access movement ,Institutional repositories ,Digital libraries,Knowledge gateways,Blogs,Wikis,and social bookmark tools have rapidly emerged on the web creating a new scenerio that radically changes the knowledge production process such as the creation of information,formats and sources of information,coding and processing ,accessing managing sharing and dissemination of information.The management of knowledge created by academia of Cochin University Of Science And Technology is examined in this challenging context of information dynamics.

Institutional Repositories: New Horizon of Science & Technology Knowledge Transactions

Today higher education system and R&D in science & Technology has undergone tremendous changes from the traditional class room learning system and scholarly communication. Huge volume of Academic output and scientific communications are coming in electronic format. Knowledge management is a key challenge in the current century .Due to the advancement of ICT, Open access movement, Scholarly communications, Institutional repositories, ontology, semantic web, web 2.0 etc has revolutionized knowledge transactions and knowledge management in the field of science & technology. Today higher education has moved into a stage where competitive advantage is gained not just through access of infonnation but more importantly from new Knowledge creations.This paper examines the role of institutional repository in knowledge transactions in current scenario of Higher education.

IR: Knowledge Creation, Knowledge Management and Knowledge Dissemination

Open access iiiovemerit and open source software movement plays an important role in creation of knowledge, knowledge management and knowledge dissemination. Scholarly communication and publishing are increasingly taking place in the electronic environment. With a growing proportion of the scholarly record now existing only in digital format, serious issues regarding access and preservation are being raised that are central to future scholarship. Institutional Repositories provide access to past. present and future scholarly literature and research documentation; ensures its preservation; assists users in discovery and use; and offers educational programs to enable users to develop lifelong literacy. This paper explores these aspects on how IR of Cochin University of Science & Technology supports scientific community for knowledge creation. knowledge Management, and knowledge dissemination.

Knowledge management and open access e-theses: Indian initiatives

This paper aims to describe recent developments in the services provided by Indian electronic thesis and dissertation (ETD) repositories. It seeks to explore the prospect of knowledge formation and diffusion in India and to discuss the potential of open access e-theses repositories for knowledge management.This study is based on literature review and content analysis of IndianETDrepository websites. Institutional repositories and electronic thesis and dissertation projects in India were identified through a literature survey as well as internet searching and browsing. The study examines the tools, type of contents, coverage and aims of Indian ETD repositories.The paper acknowledges the need for knowledge management for national development. It highlights the significance of an integrated platform for preserving, searching and retrieving Indian theses. It describes the features and functions of Indian ETD repositories.The paper provides insights into the characteristics of the national repository of ETDs of India, which encourage and support open access to publicly-funded research

Isp Knowledge Portal : A Resource Discovery Tool In Optics

The need to structure knowledge is as important now as it ever has been. This paper has tried to study the ISP knowledge portal to explore how knowledge on various resources and topics in photonics and related areas are organized in the knowledge portal of International School of Photonics, CUSAT. The study revealed that ISP knowledge portal is one of the best portals in the filed. It provides a model for building an effective knowledge portal in other fields

Knowledge Management: Creating Competitive Intelligence for the Future

In this knowledge era, the value of corporations, academic organizations and individuals is directly related to their knowledge and intellectual capital(IC). A newand potentially paradigm shift focus in the intersection between knowledge and intelligence is the recognition of the importance of understanding the intellectual capital of organizations. This paper explains how Cochin University of Science and Technology (CUSAT) is identifying and managing its intellectual capital for creating competitive advantage for the future. This paper also explores the different cost effective knowledge management strategies applied at CUSAT for managing its intellectual capital

Use of Online Information Resources for Knowledge Organisation in Library and Information Centres: A Case Study of CUSAT

The paper discusses the use of online information resources for organising knowledge in library and information centres in Cochin University of Science and Technology (CUSAT). The paper discusses the status and extent of automation in CUSAT library. The use of different online resources and the purposes for which these resources are being used, is explained in detail. Structured interview method was applied for collecting data. It was observed that 67 per cent users consult online resources for assisting knowledge organisation. Library of Congress catalogue is the widely used (100 per cent) online resource followed by OPAC of CUSAT and catalogue of British Library. The main purposes for using these resources are class number building and subject indexing

Development of Hierarchical Clustering Techniques for Gridded Data from Mixed Data Sequences

Knowledge discovery in databases is the non-trivial process of identifying valid, novel potentially useful and ultimately understandable patterns from data. The term Data mining refers to the process which does the exploratory analysis on the data and builds some model on the data. To infer patterns from data, data mining involves different approaches like association rule mining, classification techniques or clustering techniques. Among the many data mining techniques, clustering plays a major role, since it helps to group the related data for assessing properties and drawing conclusions. Most of the clustering algorithms act on a dataset with uniform format, since the similarity or dissimilarity between the data points is a significant factor in finding out the clusters. If a dataset consists of mixed attributes, i.e. a combination of numerical and categorical variables, a preferred approach is to convert different formats into a uniform format. The research study explores the various techniques to convert the mixed data sets to a numerical equivalent, so as to make it equipped for applying the statistical and similar algorithms. The results of clustering mixed category data after conversion to numeric data type have been demonstrated using a crime data set. The thesis also proposes an extension to the well known algorithm for handling mixed data types, to deal with data sets having only categorical data. The proposed conversion has been validated on a data set corresponding to breast cancer. Moreover, another issue with the clustering process is the visualization of output. Different geometric techniques like scatter plot, or projection plots are available, but none of the techniques display the result projecting the whole database but rather demonstrate attribute-pair wise analysis

Design of a Knowledge-Based Geographic Information System

A GIS has been designed with limited Functionalities; but with a novel approach in Aits design. The spatial data model adopted in the design of KBGIS is the unlinked vector model. Each map entity is encoded separately in vector fonn, without referencing any of its neighbouring entities. Spatial relations, in other words, are not encoded. This approach is adequate for routine analysis of geographic data represented on a planar map, and their display (Pages 105-106). Even though spatial relations are not encoded explicitly, they can be extracted through the specially designed queries. This work was undertaken as an experiment to study the feasibility of developing a GIS using a knowledge base in place of a relational database. The source of input spatial data was accurate sheet maps that were manually digitised. Each identifiable geographic primitive was represented as a distinct object, with its spatial properties and attributes defined. Composite spatial objects, made up of primitive objects, were formulated, based on production rules defining such compositions. The facts and rules were then organised into a production system, using OPS5

Prognosemethode für das Schutzgut ‚Landschaft’ im Rahmen der Strategischen Umweltprüfung

Im Mittelpunkt der Dissertation stehen das Schutzgut ‚Landschaft’ sowie ‚Prognosemethoden in der Umweltprüfung’. Mit beiden Themenbereichen verbinden sich bereits heute ungelöste methodische Probleme, die mit der Umsetzung der Richtlinie zur Strategischen Umweltprüfung (SUP) zusätzlich komplexer und deren Lösung mithin anspruchsvoller werden. Dies hängt einerseits damit zusammen, dass eine gesetzeskonforme Gleichbehandlung aller Schutzgüter zunehmend eingefordert wird und gerade das Schutzgut ‚Landschaft’ in einer SUP methodisch besondere Aufmerksamkeit verlangt. Zum anderen führt die gängige planungsmethodische Diskussion allein nicht zu geeigneten Antworten auf o.g. Fragen, und es bedarf der Prüfung verschiedener Methodenbausteine, auch aus anderen Wissensgebieten, um – über ein eindimensionales Landschaftsverständnis einerseits und die bisher bekannten linearen Wirkungsprognosen andererseits hinaus gehend – mehrfach verknüpfte Prognoseschritte zur Anwendung in der SUP zu entwickeln, in denen das Schutzgut ‚Landschaft’ modellhaft für Bewertungsschritte nachvollziehbar abgebildet wird. Hierbei müssen entscheidungsrelevante Prognosezeiträume ebenso beachtet werden, wie in diesen Zeiträumen möglicherweise auftretende sekundäre, kumulative, synergetische, positive und negative Auswirkungen der zu beurteilenden Planung. Dieser Ziel- und Aufgabenstellung entsprechend erfolgt die theoretische Herangehensweise der Arbeit von zwei Seiten: 1. Die Funktionen und Stellung von Prognosen innerhalb der SUP wird erläutert (Kap. 2), und es wird der Frage nachgegangen, welche Anforderungen an Prognosemethoden zu stellen sind (Kap. 2.4) und welche Prognosemethoden in der SUP Verwendung finden bzw. finden können (Kap. 3). Der Schwerpunkt wird dabei auf die Anwendung der Szenariotechnik gelegt. 2. Es wird dargestellt wie Landschaft für Aufgaben der Landschaftsplanung und Umweltprüfung bisher üblicherweise erfasst und analysiert wird, um in Prognoseschritten handhabbar behandelt zu werden (Kap. 4). Beide Zugänge werden sodann zusammengeführt (Kap. 5), um am Beispiel einer Hochwasserschutzkonzeption im Rahmen der SUP Landschaftliche Prognosen zu erarbeiten. Die Prognose setzt methodisch mit der Beschreibung des zu verwendenden Landschaftsmodells und der Klärung des Modellzwecks ein. Bezugsbasis ist die Beschreibung des Charakters einzelner logisch hergeleiteter Landschaftseinheiten bzw. Landschaftsräume, die typisiert werden. Die Prognose selber unterscheidet zwischen der Abschätzung zu erwartender Landschaftsveränderungen im Sinne der ‚Status-quo-Prognose’ (einschließlich der Entwicklung von drei Szenarien möglicher Zukunftslandschaften bis 2030) und der Wirkungsabschätzungen verschiedener Maßnahmen bzw. Planungsalternativen und zwar zunächst raumunabhängig, und dann raumkonkret. Besondere Bedeutung bei den Wirkungsabschätzungen erhält die klare Trennung von Sach- und Wertebene, eine angemessene Visualisierung und die Dokumentation von Informationslücken und Unsicherheiten bei der Prognose. Diskutiert wird u.a. (Kap. 6) · die Bildung und Abgrenzung landschaftlicher Einheiten und Typen in Bezug zu der Aufgabe, landschaftliche Eigenart zu definieren und planerisch handhabbar und anwendbar zu bestimmen, · die Bedeutung angemessener Visualisierung zur Unterstützung von Beteiligungsverfahren und · die Bestimmung des so genannten ‚Raumwiderstandes’. Beigefügt sind zwei Karten des gesamten Bearbeitungsgebietes: Karte 1 „Landschaftstypen“, Karte 2 „Maßnahmentypen des Hochwasserschutzes mit möglichen Synergieeffekten für die Landschaft“.