La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.

L’effet de la prothèse totale du genou sur la cinématique 3D : vers le développement de biomarqueurs mécaniques de la douleur

La prothèse totale du genou (PTG) est une chirurgie couramment pratiquée pour traiter les patients souffrant d’arthrose sévère du genou. Bien que cette technique chirurgicale soit efficace pour diminuer la douleur, améliorer la fonction du genou et rentable d’un point de vue socio-économique, un pourcentage non négligeable de patients n’est pas satisfait suite à la chirurgie, principalement due à une douleur persistante ou due à une perception d’avoir une mauvaise fonction articulaire, sans cause identifiée. Cependant, l’impact de cette chirurgie sur la cinématique tridimensionnelle (3D) du genou demeure mal compris. Dans le but de mieux comprendre pourquoi certains patients ressentent toujours de la douleur suite à cette chirurgie, cette étude analysera, dans un premier temps, l’effet prospectif de la chirurgie sur la cinématique 3D du genou. Puis dans un second temps, comparera la cinématique 3D de sujet souffrant de douleur à celle de sujets asymptomatiques suite à la prothèse. Pour parvenir à ces deux objectifs, deux études distinctes ont été entreprises. Une première étude prospective a porté sur l’évolution de la cinématique 3D du genou d’un groupe de 19 sujets, recrutés sur la liste d’attente pour prothèse totale du genou de deux chirurgiens du CHUM, hôpital Notre-Dame, puis la cinématique a été comparée avec un groupe contrôle de 17 sujets avec des genoux sains. Une seconde étude a comparé la cinématique 3D de 20 sujets souffrant de douleur post-PTG avec 20 sujets avec des genoux asymptomatiques suite à leur chirurgie. La première étude a permis de montrer que la cinématique dans le plan frontal suite à la prothèse totale du genou était corrigée vers celle des sujets sains. Contrairement à celle mesurée dans les autres plans (sagittal et axial) qui, malgré de petites corrections, demeure différente de la cinématique des sujets sains. La seconde étude a permis d’identifier un marqueur biomécanique de la douleur chez les sujets souffrant de douleur post-PTG. Effectivement, contrairement aux sujets asymptomatiques, suite à leur chirurgie, les patients souffrants de douleur marchent avec une contracture en flexion plus importante tout au long de la phase d’appui. Les résultats de ces deux études tendent à montrer que la prothèse totale du genou modifie la cinématique 3D du genou, sans toutefois redevenir semblable à celle d’un genou normal. De plus, certains marqueurs biomécaniques peuvent être associés à de la douleur suite à la chirurgie. Une meilleure compréhension de l’impact de la PTG sur la cinématique 3D du genou permettra d’offrir de meilleurs traitements en préparation et après la chirurgie et pourrait mener à de nouveaux designs de prothèses.

SUPPLY CHAIN MANAGEMENT IN INDIAN PETROLEUM REFINING INDUSTRY

Model development for selection of location for refinery in India and identification of characteristics to be looked into when configuring it and to develop models for integrated supply chain planning for a refinery. Locating and removing inbound, internal and outbound logistic problems in an existing refinery and overall design of a logistic information system for a refinery are the main objectives of the study. A brief description of supply chain management (SCM), elements of SCM and their significance, logistics cost in petroleum industry and its impacts, and dynamics of petroleum its logistic practices are also to be presented. Scope of application of SCM in petroleum refinery will also be discussed. A review of the investigations carried out by earlier researches in the area of supply chain management in general and with specific reference to petroleum refining.

The Inertio-Elastic Planar Entry Flow of Low-Viscosity Elastic Fluids in Micro-fabricated Geometries

The non-Newtonian flow of dilute aqueous polyethylene oxide (PEO) solutions through microfabricated planar abrupt contraction-expansions is investigated. The contraction geometries are fabricated from a high-resolution chrome mask and cross-linked PDMS gels using the tools of soft-lithography. The small length scales and high deformation rates in the contraction throat lead to significant extensional flow effects even with dilute polymer solutions having time constants on the order of milliseconds. The dimensionless extra pressure drop across the contraction increases by more than 200% and is accompanied by significant upstream vortex growth. Streak photography and videomicroscopy using epifluorescent particles shows that the flow ultimately becomes unstable and three-dimensional. The moderate Reynolds numbers (0.03 ≤ Re ≤ 44) associated with these high Deborah number (0 ≤ De ≤ 600) microfluidic flows results in the exploration of new regions of the Re-De parameter space in which the effects of both elasticity and inertia can be observed. Understanding such interactions will be increasingly important in microfluidic applications involving complex fluids and can best be interpreted in terms of the elasticity number, El = De/Re, which is independent of the flow kinematics and depends only on the fluid rheology and the characteristic size of the device.

Análisis estructural del sector estratégico de vehículos automotores

Esta investigación se realizo con el fin de conocer el comportamiento y dinámica del sector automotriz en Colombia, haciendo especial énfasis en el sector de los vehículos de gama media, debido a que son el segmento de mayor movimiento del mercado automotriz en Colombia. El estudio se llevo a cabo utilizando el periodo de estudio entre 2004 y 2009 para identificar la situación actual del sector, en el que participaron las cuatro principales ensambladoras del país según la clasificación CIIU utilizada por la Superintendencia de Sociedades.

Analisis de la politica exterior china para Africa Subsahariana en materia politica y energetica. Una aproximacion a la relacion sino sudanesa. Periodo 1996 - 2005

Este trabajo explica las razones por las cuales China se estrecha sus vinculos con Afirca. El tema principal es el inicio de la relacion sino-sudanesa y la evolucion de esta hasta el fin de la guerra civil en Sudan.

Capacidades dinámicas que influyen en la operación de la Red de Turismo de La Candelaria

El desarrollo de la presente investigación, centra su atención en las capacidades dinámicas que influyen en la operación de la Red de Turismo de La Candelaria de Bogotá. Para este fin, se realizó una encuesta a 100 directivos o dueños de las empresas que conforman dicha red, y que es una muestra significativa para los propósitos de la investigación, puesto que permite describir a nivel de la empresa y a nivel de la red, la influencia de las capacidades dinámicas de absorción, adaptación e innovación. Como resultados, se obtuvieron que al nivel de empresas las tres capacidades dinámicas influyen en la operación de la misma, encontrándose una mayor relación entre las capacidades de “Innovación – Adaptación"; a nivel de red empresarial ocurre lo contrario, puesto que la relación de las capacidades dinámicas de “Innovación – Adaptación” es nula, mientras que las relaciones entre “Absorción – Innovación” y “Absorción – Adaptación” poseen una alta relación para la operación de la red. Lo anterior, se deriva del análisis realizado de los datos tabulados de la encuesta aplicada a las empresas de la red de turismo, con los estudios empíricos hallados que proponen escalas de medición para las capacidades dinámicas de absorción, adaptación e innovación, y el marco teórico elaborado como soporte para la presente investigación.

Análisis de la importancia geopolítica del Estrecho de Ormuz para la política exterior iraní, durante el período 2005-2011

El estrecho de Ormuz es considerado el cuello de botella más importante para el comercio internacional de los hidrocarburos. En la actualidad, la soberanía sobre este punto geográfico se encuentra compartida entre el Sultanato de Omán y la República Islámica de Irán. El siguiente documento analiza la importancia geopolítica que convierte al estrecho de Ormuz en un lugar estratégico para la política exterior iraní durante el período 2005-2011. Como respuesta a las condenas internacionales, Irán amenazó a la comunidad internacional con cerrar el paso por el estrecho si continuaban las sanciones contra su programa nuclear. De esto modo, la hipótesis se centró en el nivel de disuasión con el que cuenta el estrecho, es así como la investigación se divide en tres partes, siendo la primera el desarrollo de un contexto geopolítico que combina intereses y características del estrecho de Ormuz, la segunda explica las tensiones y dinámicas surgidas en el período de estudio, haciendo énfasis en la variable geoestratégica del estrecho y por último, la tercera parte además de describir el programa nuclear, acerca al lector con el concepto de disuasión y de igual modo plantea las consecuencias de un posible bloqueo dentro de la zona.

Participación de los adultos mayores del municipio de Cachipay – Cundinamarca en la construcción de una política pública que responda al fenómeno del envejecimiento

El interés de esta Investigación Diagnóstica es mostrar la importancia de la participación social de los adultos mayores en el proceso de diseño de políticas públicas en el Municipio de Cachipay. Se demuestra que las necesidades sentidas y las expectativas de atención integral identificadas desde los adultos mayores, aportan información fundamental y complementaria a los diagnósticos elaborados con base únicamente en fuentes institucionales. Tomando conceptos de vulnerabilidad, exclusión social, el principio de respeto a los derechos humanos y siguiendo la norma nacional contenida en la Ley 1251 de 2008 de envejecimiento y vejez, la investigación avanza en la identificación de conceptos, instrumentos y dinámicas de participación social, para que el gobierno local diseñe políticas públicas concertadas que garanticen una vida digna a la población de la tercera edad.

Aproximación a un marco teórico para la construcción de una metodología para el estudio sistémico de sectores estratégicos

En la búsqueda de adaptabilidad por parte de las organizaciones, para sobrevivir y crecer frente a los cambios, así como de los procesos de formulación y revisión de la estrategia empresarial para la toma de decisiones, la exploración e interpretación del entorno, sus elementos y dinámica se han convertido en una necesidad apremiante. En este contexto, una de las herramientas que permite a las organizaciones mejorar la visión sectorial es la metodología del Análisis Estructural de Sectores Estratégicos (en adelante AESE). Esta visión que se construye a partir de la aplicación de dicha metodología se deriva de los procesos de análisis y de síntesis. En el mismo sentido, la falta de uniformidad del mundo actual, la cantidad de factores que impactan el desempeño organizacional y la complejidad de las interacciones que se dan en los sectores estratégicos conducen a la búsqueda un nuevo enfoque para comprenderlos e intervenirlos. Lo anterior debido a que es claro que desde el pensamiento analítico no se contemplan las múltiples interrelaciones en los sectores estratégicos, su permanente variación, ni los procesos circulares que en ellos se dan, por lo cual la visión que proporciona se considera limitada para comprender la realidad y guiar a los directivos empresariales en la toma de decisiones estratégicas. Por el contrario, el uso del pensamiento sistémico en el estudio sectorial sí posibilita la comprensión de los sectores como sistemas, su diseño, estructura (relaciones) y funcionamiento (dinámica) a fin de obtener una visión de conjunto para intervenirlos. Dentro de los beneficios que brinda la aplicación del pensamiento sistémico (dinámica de sistemas) se encuentra la posibilidad de simular un modelo dinámico que permite determinar el futuro de los sectores estratégicos y guiar a las organizaciones a la definición de políticas alineadas con la búsqueda de la perdurabilidad. Luego, el presente trabajo de investigación pretende establecer los elementos teóricos, conceptuales y metodológicos, asociados con la toma de decisiones estratégicas y con el pensamiento sistémico (dinámica de sistemas), que contribuyen a la construcción de una metodología para el Estudio Sistémico de Sectores Estratégicos (en adelante ESSE).

La dimensión transnacional del movimiento feminista marroquí: génesis, desarrollo e impacto social (1980-2008)

Esta monografía busca explicar cómo han incidido el contexto internacional y las relaciones transnacionales en el movimiento feminista de Marruecos. De este modo, este estudio defiende que las Conferencias Mundiales sobre la Mujer de la ONU crearon una estructura de oportunidad política que favoreció el surgimiento y el desarrollo de este movimiento. Asimismo, dicho contexto construyó un espacio para que las activistas feministas marroquíes crearan y se insertaran en Redes de Defensa Transnacional, las cuales contribuyeron a cambiar la condición de la mujer en Marruecos, a través de reformas a los Códigos de Familia y Nacionalidad y el levantamiento de las reservas a la CEDAW. Para esto se hará un estudio interdisciplinario haciendo uso de la teoría de los movimientos sociales y del activismo transnacional. Igualmente, se utilizará una metodología cualitativa, principalmente a través de las herramientas del análisis de contenido y el trabajo de campo de la autora.

Urbanismo ambiental y evaluación estratégica

La tesis doctoral "Urbanismo Ambiental y Evaluación Estratégica" investiga y propone un renovado papel del urbanismo y muy especialmente de la ordenación del territorio como instrumentos no tan sólo de valor para la protección del medio ambiente sino también para la consecución de las políticas hacia un desarrollo sostenible. Con tal fín se reflexiona y potencia la visión/función del suelo como recurso ambiental, también en su función urbanística, y de su mano las consecuencias e interacciones que tal conceptuación puede tener en la Comunidad Europea desde su competencia compartida con los Estados Miembros en materia de medio ambiente, concretamente en su capacidad para incidir, mediante técnicas normativas y no normativas en el urbanismo y la ordenación del territorio en cuanto instrumentos de regulación y ordenación del recurso ambiental suelo. En esta nueva andadura del urbanismo ambientalizado o, si se prefiere, en la carrera hacia el desarrollo urbanístico sostenible, la técnica de evaluación ambiental estratégica de determinados planes y programas se revela como fundamental, especialmente si se consigue que su transposición a los ordenamientos internos de los Estados Miembros se lleve a cabo con pleno respeto a las notas insosyalables defendidas en la tesis de técnica preventiva y no reparativa, dinámica, con capacidad de incidencia en la elección misma del modelo de plan y con miras finalistas a la sostenibilidad. Con ella podrá generalizarse el urbanismo ambiental y acelerarse el proceso de revisión que tienen pendiente las materias de urbanismo y ordenación del territorio desde la nueva concepción del suelo como recurso ambiental y mediante la recepción e integración de los principios ambientalistas.

Gestão democrática dos Sistemas Municipais de Educação : uma análise a partir do Conselho Municipal de Educação de Canindé de São Francisco/SE (2008 – 2010)

O objeto de estudo da Dissertação é o quotidiano e a dinâmica do Conselho Municipal de Educação de Canindé de São Francisco – CONMECSF, com a finalidade de desvendar como acontecem os processos sociais presentes na prática, configurando suas ações junto às administrações municipais e à sociedade organizada. A compreensão do objeto demandou algumas interlocuções teóricas com vários autores clássicos e contemporâneos, no sentido de esclarecer a natureza das mediações desenvolvidas nessa instância do sistema educacional, sem perder de vista suas relações com a categoria da totalidade. A pesquisa desenvolvida caracteriza-se como qualitativa pela sua própria especificidade, inspirando-se no estudo de caso e em seus procedimentos metodológicos. Por intermédio desta, são analisadas as produções e as práticas do Conselho Municipal de Educação de Canindé de São Francisco, via documentos e representações sociais de educadores locais quanto às políticas públicas educacionais nesse município, no período compreendido entre 2008 a 2010, de modo a configurar a gestão do sistema municipal de educação. Os achados da investigação apontam para a validade da forma de atuação do CMECSF, na perspectiva de um acompanhamento a ser aperfeiçoado da execução e efetividade das políticas públicas.

As práticas de supervisão e liderança dos coordenadores do departamento de Matemática e Ciências Experimentais na harmonização de um emergente mega departamento

A escola é uma organização cuja missão se traduz no aperfeiçoamento das práticas pedagógicas e na melhoria da qualidade do ensino e da aprendizagem (Lima, 2008) muito embora se veja confrontada diariamente com vários desafios de ordem política, social, económica e ideológica que obrigam todos os agentes educativos a encontrar formas para os ultrapassar (Nóvoa, 2009). Atualmente, o sucesso dos mega agrupamentos recentemente criados pela tutela emerge como um enorme desafio quanto à organização e nova dinâmica da escola como instituição, realçando o papel fundamental dos promotores e harmonizadores da mudança que constituem os órgãos de gestão e nomeadamente os de gestão intermédia, representados pelos coordenadores dos departamentos curriculares. Com efeito, é a eles que cabe o difícil e delicado papel de unir realidades diferentes coordenando-as, orientando-as e harmonizando-as respeitando simultaneamente as diferentes ambições e expetativas dos alunos quanto ao seu futuro, as culturas escolares e os professores que de um momento para o outro são obrigados a adaptarem-se a contextos sociais ainda mais heterogéneos. Desta forma, a tarefa dos coordenadores de departamento vê-se substancialmente acrescida e dificultada não só pelo aumento do número de docentes que constitui o departamento mas, mais ainda pela explosão das diferenças que surgem entre os vários docentes, as suas práticas e o universo de alunos do mega agrupamento que se deve constituir numa única comunidade escolar (Sergiovanni, 2004). No intuito de realçar o papel dos coordenadores na promoção da integração das duas escolas e na implementação da efetiva colaboração entre coordenadores e grupos disciplinares, objetivo geral deste trabalho, é proposta uma ação de formação na modalidade de projeto. Esta proposta resulta da análise das entrevistas realizadas aos coordenadores do mega departamento de Matemática e Ciências Experimentais do mega agrupamento onde a autora deste estudo exerce funções, e através das quais se procurava responder à questão: qual o papel dos coordenadores na promoção de integração das duas escolas e na implementação da efetiva colaboração entre os coordenadores e grupos disciplinares.

Convectively coupled equatorial waves: A new methodology for identifying wave structures in observational data

Convectively coupled equatorial waves are fundamental components of the interaction between the physics and dynamics of the tropical atmosphere. A new methodology, which isolates individual equatorial wave modes, has been developed and applied to observational data. The methodology assumes that the horizontal structures given by equatorial wave theory can be used to project upper- and lower-tropospheric data onto equatorial wave modes. The dynamical fields are first separated into eastward- and westward-moving components with a specified domain of frequency–zonal wavenumber. Each of the components for each field is then projected onto the different equatorial modes using the y structures of these modes given by the theory. The latitudinal scale yo of the modes is predetermined by data to fit the equatorial trapping in a suitable latitude belt y = ±Y. The extent to which the different dynamical fields are consistent with one another in their depiction of each equatorial wave structure determines the confidence in the reality of that structure. Comparison of the analyzed modes with the eastward- and westward-moving components in the convection field enables the identification of the dynamical structure and nature of convectively coupled equatorial waves. In a case study, the methodology is applied to two independent data sources, ECMWF Reanalysis and satellite-observed window brightness temperature (Tb) data for the summer of 1992. Various convectively coupled equatorial Kelvin, mixed Rossby–gravity, and Rossby waves have been detected. The results indicate a robust consistency between the two independent data sources. Different vertical structures for different wave modes and a significant Doppler shifting effect of the background zonal winds on wave structures are found and discussed. It is found that in addition to low-level convergence, anomalous fluxes induced by strong equatorial zonal winds associated with equatorial waves are important for inducing equatorial convection. There is evidence that equatorial convection associated with Rossby waves leads to a change in structure involving a horizontal structure similar to that of a Kelvin wave moving westward with it. The vertical structure may also be radically changed. The analysis method should make a very powerful diagnostic tool for investigating convectively coupled equatorial waves and the interaction of equatorial dynamics and physics in the real atmosphere. The results from application of the analysis method for a reanalysis dataset should provide a benchmark against which model studies can be compared.