A semantic-based approach to attain reproducibility of computational environments in scientific workflows: a case study

Reproducible research in scientific workflows is often addressed by tracking the provenance of the produced results. While this approach allows inspecting intermediate and final results, improves understanding, and permits replaying a workflow execution, it does not ensure that the computational environment is available for subsequent executions to reproduce the experiment. In this work, we propose describing the resources involved in the execution of an experiment using a set of semantic vocabularies, so as to conserve the computational environment. We define a process for documenting the workflow application, management system, and their dependencies based on 4 domain ontologies. We then conduct an experimental evaluation using a real workflow application on an academic and a public Cloud platform. Results show that our approach can reproduce an equivalent execution environment of a predefined virtual machine image on both computing platforms.

Auditorium: una tipología del siglo XX

Se recoge en esta tesis doctoral la definición y clasificación de los edificios cuya finalidad es proporcionar espacios para escuchar y producir música. Se centra en aquellos construidos a lo largo del siglo XX, en el área geográfica y cultural que forman Europa occidental y Estados Unidos. Se analizan edificios construidos en el pasado, en una serie que se origina a mediados del siglo XIX y que se culmina terciado el propio siglo XX. Son edificios que contienen espacios pensados para músicas que, sin embargo, en su mayoría fueron creadas en un periodo anterior, desde mediados del siglo XVIII hasta las primeras décadas del siglo pasado. Un auditorium es un edificio cuya idea conlleva la compleja herencia de los múltiples lugares, abiertos y cerrados, que han alojado la música a lo largo del tiempo. Es un edificio que es útil a la sociedad y que ocupa un lugar significativo dentro de la ciudad, y es consecuencia del campo de fuerzas que constituyen los avances técnicos, el progreso de las sociedades urbanas y la evolución del arte, al compartir estrechamente, música y arquitectura, el interés por hallar la expresión de una nueva relación con la naturaleza. Se parte de la hipótesis de que el auditorium puede constituir un tipo arquitectónico con entidad suficiente para generar una tipología. Entendida ésta como una herramienta que dota de conocimientos útiles a quien va a proyectar un edificio para la música y también que permita abrir el campo de pensamiento sobre el espacio musical, sin necesidad de recurrir a modelos previos, aunque se hayan manifestado útiles y precisos. Se comienza con una aproximación a una definición del término «auditorium » y se analizan a qué funciones responde y en qué es distinto de otros edificios, a través de determinar las características formales propias. Para ello se articula la tesis en varios bloques de análisis. I Elementos para una tipología Se indaga en los atributos que determinan la naturaleza de los auditorios para definir cómo son estos edificios y qué características y condiciones tienen, no sólo las salas sino también los edificios que las contienen, buscando el origen de los espacios musicales y su relación con las personas que allí se han reunido para celebrar, a través de la música, acontecimientos colectivos. Relación que ha comportado desplazamientos por los distintos espacios que ha compartido, supeditada a otras actividades, hasta que finalmente, la música ha reclamado espacios propios. Pero también se establece otra relación física entre las distintas posiciones que ocupan en el espacio cuantos intervienen en la celebración del hecho musical, músicos y público. De otra parte se analiza cómo son sus espacios interiores, salas y vestíbulos, y los volúmenes y formas de los edificios en relación con la ciudad. Su conexión con la idea del paisaje abierto y con el carácter originario de la cueva. II Cinco tiempos Los edificios sobre los que se van explorar estas capacidades son en muchos casos arquitecturas divulgadas y conocidas. Sin embargo no todas han tenido desde su aparición el mismo grado de aprecio ni reconocimiento, y sólo el paso del tiempo ha confirmado su excelencia. El estudio se estructura en los periodos marcados por los acontecimientos bélicos y las grandes crisis que sacudieron Europa y Norte América desde comienzos del siglo XX. La identificación de los elementos significativos de la tipología se hace a través del análisis de distintos tiempos que agrupan casos heterogéneos, tiempos entendidos unas veces como la relación entre edificios coetáneos y otra como proyectos pensados por un mismo arquitecto y se detiene, entre otros, en cuatro excepcionales edificios que condensan la experiencia de varias décadas y demuestran su plenitud arquitectónica, por haber evolucionado de modelos precedentes o por su novedosas aportaciones. El Royal Festival Hall (1951), el Kresge Auditorium (1954), el Kulttuuritalo (1958) y la Philharmonie de Berlín (1963), sirven de base para una clasificación del auditorium. III Cronología gráfica Este apartado es fundamentalmente gráfico y consta un inventario de más de 100 archivos correspondientes a otros tantos auditorios y sus salas, en orden cronológico. Cada archivo cuenta con una imagen del exterior del edificio y otra del interior de la sala. Se han incorporado en cada uno de los archivos, dos dibujos a la misma escala. El primero muestra la planta de la sala con tres parámetros: la ocupación del público en referencia al lugar que ocupa la orquesta, la relación de tamaño entre la sala y las de los cuatro auditorios de referencia y la distancia al foco de sonido, la orquesta, mediante una escala en metros. Estos tres parámetros están superpuestos al que he considerado espacio audible, un rectángulo de 60 por 90 metros, en el que el foco está desplazado, por considerar que el sonido de una orquesta tiene una componente directional y que en esas dimensiones la energía sonora no decae. En el friso bajo el dibujo, aparecen cuatro iconos que informan de la relación formal de la sala con la del auditorium. Puede ser una sala dentro de un edificio sin correspondencia formal, un edificio en el que se manifiesta exteriormente el volumen de la sala, un edificio que tiene la forma de la sala y resuelve el resto del programa funcional sin manifestarlo exteriormente o, finalmente un edificio complejo cuya forma absorbe dos o más salas de música. El segundo dibujo es la sección longitudinal de la sala, recortada sobre un fondo negro para destacar su forma y proporción, todas están a la misma escala y en la misma dirección respecto del escenario para facilitar su lectura y comparación. En el parte inferior de la sección, aparecen cuatro esquemas de la forma y distribución en planta sobre el que destaca la de cada caso de estudio. La forma del techo de las salas de música de los auditorios, expresada a través de la sección longitudinal, es uno de los elementos que caracteriza el espacio musical. El perímetro de la sección, determina su superficie y por tanto, el volumen total interior. Es una herramienta técnica que permite dirigir el sonido reflejado en él, hasta cualquier lugar del interior de la sala, garantizando una distribución homogénea y evitando concentraciones perjudiciales o «sombras acústicas», lugares donde no llegan las primeras reflexiones. IV Geometría de las salas El análisis efectuado permite la elaboración de paralelos de tres de los elementos fundamentales de la tipología de las salas de los auditorium y que definen el espacio musical. El perímetro de la sección y su superficie que establecen el volumen total interior, que es un factor determinante en la reverberación de una sala. La forma y superficie del techo, que interviene directamente en el cálculo de la absorción del sonido, en función de la cualidad reflejante o absorbente del material con el que está construido, y por otra parte en la distribución del sonido en el espacio. Y por último, la forma del suelo de las salas también expresada a través de la sección longitudinal, es otro de los elementos que caracteriza el espacio musical. El modelado del suelo permite mediante distintas pendientes garantizar la correcta visión del escenario y por tanto permite también una buena audición, puesto que la llegada directa del sonido está asegurada. La otra limitación dimensional es el ancho de la grada. Cuando se ha buscado incrementar al máximo la capacidad de una sala, se han establecido graderíos en balcones en voladizo para no penalizar la distancia al escenario, de manera que algunas partes del graderío quedan cubiertas, en detrimento de su calidad acústica al privarlas de las primeras reflexiones que proceden del techo. V Auditórium y ciudad El auditorium es un edificio singular que establece con la ciudad una relación particular y que contiene en su interior una o varias salas especiales destinadas a oír y ejecutar música, a las que se accede a través de otros espacios de carácter social. Han ido evolucionando y modificándose de manera ininterrumpida, dando lugar a edificios de diversa complejidad en su programa y a salas cada vez mas especificas para cumplir mejor su cometido, perfeccionando su sonido y buscando la más elevada musicalidad. Estos edificios disponen de otros ámbitos de relación, son los espacios interiores, vestíbulos y escaleras, generalmente generosos en superficie y espacialidad, previos al espacio musical, corazón del auditorium donde suena la música en condiciones acústicas precisas. También el lugar donde se construyen los auditoriums en las ciudades tiene un especial significado, porque generalmente han buscado interponer espacios abiertos o ajardinados que suavicen el contacto directo con la ciudad y que implican, por otra parte, una preparación de las personas que asisten para escuchar los conciertos. Con el paso del tiempo, la aceptación generalizada de formas afianzadas en la ciudad, será uno de los vehículos que permita contaminar a otros tipos de edificios y alcanzar una libertad formal renovadora de los paisajes urbanos. Conclusiones La disolución del espacio musical convencional pregonado por el pabellón Philips del año 1958, no ha impedido que hoy siga vivo para el arquitecto el reto del proyecto y construcción del auditorium. Hoy conviven experiencias musicales totales; imagen, luz y movimiento, ocupando todo tipo de espacios públicos, cerrados o al aire libre, con la voluntad de conseguir espacios capaces de crear la intimidad y las precisas condiciones ambientales que hagan posible la recreación de las músicas del pasado en una especie de emocionante museo sonoro vivo. Como edificios urbanos, los auditoriums han conseguido un lugar destacado en la iconografía urbana después de un largo camino hasta conseguir el reconocimiento social. Se puede, así, establecer que estos edificios han introducido en la ciudad una nueva manera de expresarse la arquitectura. Que lo inesperado de sus formas y volúmenes en el espacio urbano, o la sorpresa de sus interiores altamente técnicos, justificados para satisfacer las nuevas necesidades impuestas por una audiencia cada vez más y más experta, obtienen la aceptación urbana por su utilidad social y por su capacidad de establecer una relación distinta entre las personas, la ciudad y la naturaleza. Coda Finalmente, el epílogo habla de la metamorfosis del espacio musical y de la convivencia de distintos espacios musicales en la actualidad. Desde la creación de las primeras y sencillas salas de música hasta las grandes salas filarmónicas que se construyen en las últimas décadas, la arquitectura ha proporcionado lugares adecuados para contener y disfrutar la música, espacios que se han modificado según cambiaban las formas musicales. Sin embargo el sonido parece mostrarse reticente a ser encerrado en el espacio y busca aliarse con el tiempo para conseguir un desplazamiento permanente. Seguramente es en el pabellón Philips de Bruselas en 1958 donde se presenta el último intento de la arquitectura de contener la música, que impulsada por tecnologías absolutamente nuevas, se mueve como dardos que atraviesan el espacio en todos los lugares y en todas las direcciones. Desde aquellas décadas centrales del pasado siglo, y superando los mas optimistas intentos de distribuir masivamente la música a través de incipientes tecnologías, se puede afirmar que vivimos en una inmersión sonora universal. Anexos Incluyen, una colección de mapas de la geografía de los auditorios europeos y norte-americanos, referenciados a los periodos de su construcción, y una relación de los auditorios estudiados con referencias bibliográficas. ABSTRACT This doctoral thesis does not only look at the ways in which architecture and music relate with one another; it also seeks to be an exact, scientific study of auditoriums, a building type that first appeared in the 20th century as a place in which to produce and listen to music. It studies concert halls, raised in Europe and the United Stated in the 20th century, for the purpose of recreating older music, that were the result of the evolution of various ancient building types. Auditoriums have a complex heritage of architecture of all times, openair and covered alike, and occupy important spots in cities. They incorporate the technical innovations of their times, and are reflections not only of the music played within them, but also of the societies that built them. Music and architecture share an interest in connecting with nature. Auditorium, a 20th-century Typology tries to define this building typology, and with that, be a practical tool in designing and constructing spaces for music, besides exploring the relationship between the two disciplines, architecture and music, and establishing the foundations for an entire school of thought. It is organized in five chapters, each focusing on a particular aspect of auditoriums, all towards defining a possible typology: I Typology elements. A study of the origin of auditoriums, and of how the different parts of these buildings —the actual concert hall, the foyer, the open spaces— relate with the city and with nature, which is ever present in music and in the origin of auditoriums. II Five sequences. A chronological journey through the 20th century, in periods marked by the two world wars and the consequent crises, with case studies of four exceptional buildings: the Royal Festival Hall (1951), the Kresge Auditorium (1954), the Kulttuuritalo (1958), and the Berlin Philharmonie (1963). III Graphic chronology. A methodical sequence looking at a hundred auditoriums, with each entry presenting images of the concert hall and the building as a whole, and two drawings on the same scale. Each concert hall floor plan shows how the orchestra relates with the audience, and it is compared to the floor plans of the four case-study examples named above. We also see how the hall is set into the building. The second drawing is the longitudinal section of the hall. Ceiling shape much determines the character of concert hall spaces, while technical data like air volume and the amount of absorbent and reflecting materials used have a direct bearing on the reflection of sound and on the overall musical quality of the auditorium. IV Geometry of concert halls. Graphic analysis of the key elements of a music space: the ceiling and the floor plan. The section is a necessary tool for determining the reverberation time of a concert hall, and is closely linked to the shape of the floor plan. In concert halls, there is a strong connection between the ceiling, the walls, and the floor, as there is between different musical instruments. It also includes maps showing where these European and American buildings are located geographically as well as in time. V The auditorium in the city. This chapter presents a series of maps showing the location of auditoriums in the city. They are often located in squares and gardens, open public spaces that serve to emotionally prepare the listener for an imminent musical experience. Time has shown that concert halls have changed the urban landscape and city life. Conclusions As a building type, auditoriums —though «dissolved» by the Philips Pavilion in 1958— remain valid spaces for listening to music. As intimate and unique spaces for social gathering and musical creation, they have done their part in transforming cities. Acoustics play a key role in these technical interiors, but just as important is the rapport that is struck between the musicians and the audience, and between musical works of the past, present, and future. Auditoriums are urban buildings that have been very successful throughout history. They have enriched our cities with surprising shapes and volumes, introduced new interiors in architecture, and struck new relationships between people, the city, and nature. As such, they are necessary. Coda Finally, the epilogue presents the evolution of the music space, from the early simple music halls to the highly complex philharmonic halls of recent years. Architecture has produced spaces for the enjoyment of music that have been modified for new musical creations, while remaining useful for the historical repertoire. Sound, and thus music, has as complex a relationship with space as it does with time. The coda of this thesis is the Philips Pavilion of 1958, perhaps the last attempt to propose a new kind of architecture for music with the latest technology. Annexes The thesis includes a collection of site maps of European and American auditoriums, complete with completion dates and descriptions.

Mining Abstractions in Scientific Workows

Los flujos de trabajo científicos han sido adoptados durante la última década para representar los métodos computacionales utilizados en experimentos in silico, así como para dar soporte a sus publicaciones asociadas. Dichos flujos de trabajo han demostrado ser útiles para compartir y reproducir experimentos científicos, permitiendo a investigadores visualizar, depurar y ahorrar tiempo a la hora de re-ejecutar un trabajo realizado con anterioridad. Sin embargo, los flujos de trabajo científicos pueden ser en ocasiones difíciles de entender y reutilizar. Esto es debido a impedimentos como el gran número de flujos de trabajo existentes en repositorios, su heterogeneidad o la falta generalizada de documentación y ejemplos de uso. Además, dado que normalmente es posible implementar un mismo método utilizando algoritmos o técnicas distintas, flujos de trabajo aparentemente distintos pueden estar relacionados a un determinado nivel de abstracción, basándose, por ejemplo, en su funcionalidad común. Esta tesis se centra en la reutilización de flujos de trabajo y su abstracción mediante la exploración de relaciones entre los flujos de trabajo de un repositorio y la extracción de abstracciones que podrían ayudar a la hora de reutilizar otros flujos de trabajo existentes. Para ello, se propone un modelo simple de representación de flujos de trabajo y sus ejecuciones, se analizan las abstracciones típicas que se pueden encontrar en los repositorios de flujos de trabajo, se exploran las prácticas habituales de los usuarios a la hora de reutilizar flujos de trabajo existentes y se describe un método para descubrir abstracciones útiles para usuarios, basadas en técnicas existentes de teoría de grafos. Los resultados obtenidos exponen las abstracciones y prácticas comunes de usuarios en términos de reutilización de flujos de trabajo, y muestran cómo las abstracciones que se extraen automáticamente tienen potencial para ser reutilizadas por usuarios que buscan diseñar nuevos flujos de trabajo. Abstract Scientific workflows have been adopted in the last decade to represent the computational methods used in in silico scientific experiments and their associated research products. Scientific workflows have demonstrated to be useful for sharing and reproducing scientific experiments, allowing scientists to visualize, debug and save time when re-executing previous work. However, scientific workflows may be difficult to understand and reuse. The large amount of available workflows in repositories, together with their heterogeneity and lack of documentation and usage examples may become an obstacle for a scientist aiming to reuse the work from other scientists. Furthermore, given that it is often possible to implement a method using different algorithms or techniques, seemingly disparate workflows may be related at a higher level of abstraction, based on their common functionality. In this thesis we address the issue of reusability and abstraction by exploring how workflows relate to one another in a workflow repository, mining abstractions that may be helpful for workflow reuse. In order to do so, we propose a simple model for representing and relating workflows and their executions, we analyze the typical common abstractions that can be found in workflow repositories, we explore the current practices of users regarding workflow reuse and we describe a method for discovering useful abstractions for workflows based on existing graph mining techniques. Our results expose the common abstractions and practices of users in terms of workflow reuse, and show how our proposed abstractions have potential to become useful for users designing new workflows.

Conservation of Computational Scientific Execution Environments for Workflow-based Experiments Using Ontologies

La reproducibilidad de estudios y resultados científicos es una meta a tener en cuenta por cualquier científico a la hora de publicar el producto de una investigación. El auge de la ciencia computacional, como una forma de llevar a cabo estudios empíricos haciendo uso de modelos matemáticos y simulaciones, ha derivado en una serie de nuevos retos con respecto a la reproducibilidad de dichos experimentos. La adopción de los flujos de trabajo como método para especificar el procedimiento científico de estos experimentos, así como las iniciativas orientadas a la conservación de los datos experimentales desarrolladas en las últimas décadas, han solucionado parcialmente este problema. Sin embargo, para afrontarlo de forma completa, la conservación y reproducibilidad del equipamiento computacional asociado a los flujos de trabajo científicos deben ser tenidas en cuenta. La amplia gama de recursos hardware y software necesarios para ejecutar un flujo de trabajo científico hace que sea necesario aportar una descripción completa detallando que recursos son necesarios y como estos deben de ser configurados. En esta tesis abordamos la reproducibilidad de los entornos de ejecución para flujos de trabajo científicos, mediante su documentación usando un modelo formal que puede ser usado para obtener un entorno equivalente. Para ello, se ha propuesto un conjunto de modelos para representar y relacionar los conceptos relevantes de dichos entornos, así como un conjunto de herramientas que hacen uso de dichos módulos para generar una descripción de la infraestructura, y un algoritmo capaz de generar una nueva especificación de entorno de ejecución a partir de dicha descripción, la cual puede ser usada para recrearlo usando técnicas de virtualización. Estas contribuciones han sido aplicadas a un conjunto representativo de experimentos científicos pertenecientes a diferentes dominios de la ciencia, exponiendo cada uno de ellos diferentes requisitos hardware y software. Los resultados obtenidos muestran la viabilidad de propuesta desarrollada, reproduciendo de forma satisfactoria los experimentos estudiados en diferentes entornos de virtualización. ABSTRACT Reproducibility of scientific studies and results is a goal that every scientist must pursuit when announcing research outcomes. The rise of computational science, as a way of conducting empirical studies by using mathematical models and simulations, have opened a new range of challenges in this context. The adoption of workflows as a way of detailing the scientific procedure of these experiments, along with the experimental data conservation initiatives that have been undertaken during last decades, have partially eased this problem. However, in order to fully address it, the conservation and reproducibility of the computational equipment related to them must be also considered. The wide range of software and hardware resources required to execute a scientific workflow implies that a comprehensive description detailing what those resources are and how they are arranged is necessary. In this thesis we address the issue of reproducibility of execution environments for scientific workflows, by documenting them in a formalized way, which can be later used to obtain and equivalent one. In order to do so, we propose a set of semantic models for representing and relating the relevant information of those environments, as well as a set of tools that uses these models for generating a description of the infrastructure, and an algorithmic process that consumes these descriptions for deriving a new execution environment specification, which can be enacted into a new equivalent one using virtualization solutions. We apply these three contributions to a set of representative scientific experiments, belonging to different scientific domains, and exposing different software and hardware requirements. The obtained results prove the feasibility of the proposed approach, by successfully reproducing the target experiments under different virtualization environments.

OSIRIS – The scientific camera system onboard Rosetta

The Optical, Spectroscopic, and Infrared Remote Imaging System OSIRIS is the scientific camera system onboard the Rosetta spacecraft (Figure 1). The advanced high performance imaging system will be pivotal for the success of the Rosetta mission. OSIRIS will detect 67P/Churyumov-Gerasimenko from a distance of more than 106 km, characterise the comet shape and volume, its rotational state and find a suitable landing spot for Philae, the Rosetta lander. OSIRIS will observe the nucleus, its activity and surroundings down to a scale of ~2 cm px−1. The observations will begin well before the onset of cometary activity and will extend over months until the comet reaches perihelion. During the rendezvous episode of the Rosetta mission, OSIRIS will provide key information about the nature of cometary nuclei and reveal the physics of cometary activity that leads to the gas and dust coma. OSIRIS comprises a high resolution Narrow Angle Camera (NAC) unit and a Wide Angle Camera (WAC) unit accompanied by three electronics boxes. The NAC is designed to obtain high resolution images of the surface of comet 7P/Churyumov-Gerasimenko through 12 discrete filters over the wavelength range 250–1000 nm at an angular resolution of 18.6 μrad px−1. The WAC is optimised to provide images of the near-nucleus environment in 14 discrete filters at an angular resolution of 101 μrad px−1. The two units use identical shutter, filter wheel, front door, and detector systems. They are operated by a common Data Processing Unit. The OSIRIS instrument has a total mass of 35 kg and is provided by institutes from six European countries

A gaze to rural education according to scientific discourses during the last decade

He largest proportion of illiteracy and lack of access to education in the world is concentrated in rural areas; therefore it is important to ensure there is access to quality education in these spots. This challenge is assumed by different branches of social research and it is reflected within the publication of articles in scientific journals. In the present document the scientific discourse surrounding the theme of rural education during the last decade was analyzed. To do this, the paper focuses on three aspects: the countries that set the agenda, the geographical areas that represent most of the attention and the prevalent themes within continents. It was observed that USA was the most productive country in terms of scientific writings with 30%; that Asia is really interested in health issues associated to rural education; that in Europe gender issues are on the table and that the African and Asian continents, as well as Latin America, are interested only on their own issues, as 100% of the times they only wrote about themselves.

...Scientific results of the cruises of the yachts "Eagle" and "Ara", 1921-1928, William K. Vanderbilt, commanding. Crustacea... By Lee Boone.

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...Scientific results of the cruises of the yachts "Eagle" and "Ara", 1921-1928, William K. Vanderbilt, commanding. Crustacea... By Lee Boone.

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...Scientific results of the cruises of the yachts "Eagle" and "Ara", 1921-1928, William K. Vanderbilt, commanding. Crustacea... By Lee Boone.

catalog

Scientific reports of the Agricultural Research Institute, Pusa.

191620

The Annual of scientific discovery: or, Year-book of facts in science and art.

1866-1867

The Annual of scientific discovery: or, Year-book of facts in science and art.

1870

The Annual of scientific discovery: or, Year-book of facts in science and art.

1859