Evaluating DNA damage response (DDR) activation in human prostate cancer

Introduction: Au Canada, le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez les hommes et le plus mortel après les cancers du poumon et du côlon. Il y a place à optimiser le traitement du cancer de la prostate de manière à mettre en œuvre une médecine personnalisée qui s’adapte aux caractéristiques de la maladie de chaque patient de façon individuelle. Dans ce mémoire, nous avons évalué la réponse aux dommages de l’ADN (RDA) comme biomarqueur potentiel du cancer de la prostate. Les lésions potentiellement oncogènes de l'ADN déclenche une cascade de signalisation favorisant la réparation de l'ADN et l’activation des points de contrôle du cycle cellulaire pour préserver l’intégrité du génome. La RDA est un mécanisme central de suppression tumorale chez l’homme. La RDA joue un rôle important dans l’arrêt de la prolifération des cellules dont les génomes sont compromis, et donc, prévient la progression du cancer en agissant comme une barrière. Cette réponse cellulaire détermine également comment les cellules normales et cancéreuses réagissent aux agents utilisés pour endommager l'ADN lors du traitement du cancer comme la radiothérapie ou la chimiothérapie, en plus la présence d,un certain niveau de RDA dans les cellules du cancer de la prostate peuvent également influer sur l'issue de ces traitements. L’activation des signaux de la RDA peut agir comme un frein au cancer dans plusieurs lésions pré-néoplasiques de l'homme, y compris le cancer de la prostate. Il a été démontré que la RDA est augmentée dans les cellules de néoplasie intra- épithéliale (PIN) comparativement aux cellules prostatiques normales. Toutefois, le devient de la RDA entre le PIN et l’adénocarcinome est encore mal documenté et aucune corrélation n'a été réalisée avec les données cliniques des patients. Notre hypothèse est que les niveaux d’activation de la RDA seront variables selon les différents grades et agressivité du cancer de la prostate. Ces niveaux pourront être corrélés et possiblement prédire les réponses cliniques aux traitements des patients et aider à définir une stratégie plus efficace et de nouveaux biomarqueurs pour prédire les résultats du traitement et personnaliser les traitements en conséquence. Nos objectifs sont de caractériser l'activation de la RDA dans le carcinome de la prostate et corréler ses données avec les résultats cliniques. Méthodes : Nous avons utilisé des micro-étalages de tissus (tissue microarrays- TMAs) de 300 patients ayant subi une prostatectomie radicale pour un cancer de la prostate et déterminé le niveau d’expression de protéines de RDA dans le compartiment stromal et épithélial des tissus normaux et cancéreux. Les niveaux d’expression de 53BP1, p-H2AX, p65 et p-CHK2 ont été quantifiés par immunofluorescence (IF) et par un logiciel automatisé. Ces marqueurs de RDA ont d’abord été validés sur des TMAs-cellule constitués de cellules de fibroblastes normales ou irradiées (pour induire une activation du RDA). Les données ont été quantifiées à l'aide de couches binaires couramment utilisées pour classer les pixels d'une image pour que l’analyse se fasse de manière indépendante permettant la détection de plusieurs régions morphologiques tels que le noyau, l'épithélium et le stroma. Des opérations arithmétiques ont ensuite été réalisées pour obtenir des valeurs correspondant à l'activation de la RDA qui ont ensuite été corrélées à la récidive biochimique et l'apparition de métastases osseuses. Résultats : De faibles niveaux d'expression de la protéine p65 dans le compartiment nucléaire épithélial du tissu normal de la prostate sont associés à un faible risque de récidive biochimique. Par ailleurs, nous avons aussi observé que de faibles niveaux d'expression de la protéine 53BP1 dans le compartiment nucléaire épithéliale du tissu prostatique normal et cancéreux ont été associés à une plus faible incidence de métastases osseuses. Conclusion: Ces résultats confirment que p65 a une valeur pronostique chez les patients présentant un adénocarcinome de la prostate. Ces résultats suggèrent également que le marqueur 53BP1 peut aussi avoir une valeur pronostique chez les patients avec le cancer de la prostate. La validation d'autres marqueurs de RDA pourront également être corrélés aux résultats cliniques. De plus, avec un suivi des patients plus long, il se peut que ces résultats se traduisent par une corrélation avec la survie. Les niveaux d'activité de la RDA pourront éventuellement être utilisés en clinique dans le cadre du profil du patient comme le sont actuellement l’antigène prostatique spécifique (APS) ou le Gleason afin de personnaliser le traitement.

Essays on bootstrap in econometrics

Ma thèse est composée de trois essais sur l'inférence par le bootstrap à la fois dans les modèles de données de panel et les modèles à grands nombres de variables instrumentales #VI# dont un grand nombre peut être faible. La théorie asymptotique n'étant pas toujours une bonne approximation de la distribution d'échantillonnage des estimateurs et statistiques de tests, je considère le bootstrap comme une alternative. Ces essais tentent d'étudier la validité asymptotique des procédures bootstrap existantes et quand invalides, proposent de nouvelles méthodes bootstrap valides. Le premier chapitre #co-écrit avec Sílvia Gonçalves# étudie la validité du bootstrap pour l'inférence dans un modèle de panel de données linéaire, dynamique et stationnaire à effets fixes. Nous considérons trois méthodes bootstrap: le recursive-design bootstrap, le fixed-design bootstrap et le pairs bootstrap. Ces méthodes sont des généralisations naturelles au contexte des panels des méthodes bootstrap considérées par Gonçalves et Kilian #2004# dans les modèles autorégressifs en séries temporelles. Nous montrons que l'estimateur MCO obtenu par le recursive-design bootstrap contient un terme intégré qui imite le biais de l'estimateur original. Ceci est en contraste avec le fixed-design bootstrap et le pairs bootstrap dont les distributions sont incorrectement centrées à zéro. Cependant, le recursive-design bootstrap et le pairs bootstrap sont asymptotiquement valides quand ils sont appliqués à l'estimateur corrigé du biais, contrairement au fixed-design bootstrap. Dans les simulations, le recursive-design bootstrap est la méthode qui produit les meilleurs résultats. Le deuxième chapitre étend les résultats du pairs bootstrap aux modèles de panel non linéaires dynamiques avec des effets fixes. Ces modèles sont souvent estimés par l'estimateur du maximum de vraisemblance #EMV# qui souffre également d'un biais. Récemment, Dhaene et Johmans #2014# ont proposé la méthode d'estimation split-jackknife. Bien que ces estimateurs ont des approximations asymptotiques normales centrées sur le vrai paramètre, de sérieuses distorsions demeurent à échantillons finis. Dhaene et Johmans #2014# ont proposé le pairs bootstrap comme alternative dans ce contexte sans aucune justification théorique. Pour combler cette lacune, je montre que cette méthode est asymptotiquement valide lorsqu'elle est utilisée pour estimer la distribution de l'estimateur split-jackknife bien qu'incapable d'estimer la distribution de l'EMV. Des simulations Monte Carlo montrent que les intervalles de confiance bootstrap basés sur l'estimateur split-jackknife aident grandement à réduire les distorsions liées à l'approximation normale en échantillons finis. En outre, j'applique cette méthode bootstrap à un modèle de participation des femmes au marché du travail pour construire des intervalles de confiance valides. Dans le dernier chapitre #co-écrit avec Wenjie Wang#, nous étudions la validité asymptotique des procédures bootstrap pour les modèles à grands nombres de variables instrumentales #VI# dont un grand nombre peu être faible. Nous montrons analytiquement qu'un bootstrap standard basé sur les résidus et le bootstrap restreint et efficace #RE# de Davidson et MacKinnon #2008, 2010, 2014# ne peuvent pas estimer la distribution limite de l'estimateur du maximum de vraisemblance à information limitée #EMVIL#. La raison principale est qu'ils ne parviennent pas à bien imiter le paramètre qui caractérise l'intensité de l'identification dans l'échantillon. Par conséquent, nous proposons une méthode bootstrap modifiée qui estime de facon convergente cette distribution limite. Nos simulations montrent que la méthode bootstrap modifiée réduit considérablement les distorsions des tests asymptotiques de type Wald #$t$# dans les échantillons finis, en particulier lorsque le degré d'endogénéité est élevé.

Les mouvements passifs: un traitement de choix chez la clientèle blessée médullaire?

Travail d'intégration présenté à la Faculté de médecine en vue de l’obtention du grade de maîtrise professionnelle en physiothérapie

Essais en économetrie et économie de l'éducation

Cette thèse est organisée en trois chapitres. Les deux premiers s'intéressent à l'évaluation, par des méthodes d'estimations, de l'effet causal ou de l'effet d'un traitement, dans un environnement riche en données. Le dernier chapitre se rapporte à l'économie de l'éducation. Plus précisément dans ce chapitre j'évalue l'effet de la spécialisation au secondaire sur le choix de filière à l'université et la performance. Dans le premier chapitre, j'étudie l'estimation efficace d'un paramètre de dimension finie dans un modèle linéaire où le nombre d'instruments peut être très grand ou infini. L'utilisation d'un grand nombre de conditions de moments améliore l'efficacité asymptotique des estimateurs par variables instrumentales, mais accroit le biais. Je propose une version régularisée de l'estimateur LIML basée sur trois méthodes de régularisations différentes, Tikhonov, Landweber Fridman, et composantes principales, qui réduisent le biais. Le deuxième chapitre étend les travaux précédents, en permettant la présence d'un grand nombre d'instruments faibles. Le problème des instruments faibles est la consequence d'un très faible paramètre de concentration. Afin d'augmenter la taille du paramètre de concentration, je propose d'augmenter le nombre d'instruments. Je montre par la suite que les estimateurs 2SLS et LIML régularisés sont convergents et asymptotiquement normaux. Le troisième chapitre de cette thèse analyse l'effet de la spécialisation au secondaire sur le choix de filière à l'université. En utilisant des données américaines, j'évalue la relation entre la performance à l'université et les différents types de cours suivis pendant les études secondaires. Les résultats suggèrent que les étudiants choisissent les filières dans lesquelles ils ont acquis plus de compétences au secondaire. Cependant, on a une relation en U entre la diversification et la performance à l'université, suggérant une tension entre la spécialisation et la diversification. Le compromis sous-jacent est évalué par l'estimation d'un modèle structurel de l'acquisition du capital humain au secondaire et de choix de filière. Des analyses contrefactuelles impliquent qu'un cours de plus en matière quantitative augmente les inscriptions dans les filières scientifiques et technologiques de 4 points de pourcentage.

L’engagement professionnel chez les nouveaux enseignants et la satisfaction des gestionnaires d’école à l’égard du travail effectué par les enseignants novices

Le monde actuel, marqué par une augmentation incessante des exigences professionnelles, requiert des enseignants une adaptation constante aux changements sociaux, culturels et économiques. Si, pour les enseignants expérimentés, l’accommodation à ces transformations est accompagnée de plusieurs défis, pour les nouveaux enseignants qui ne maîtrisent pas complètement tous les aspects de la profession, l’intégration au milieu scolaire peut être extrêmement difficile ou même insupportable, au point où certains quittent le métier. Néanmoins, à force de persévérance, un certain nombre des nouveaux enseignants franchissent les obstacles imposés par la profession. Dans leur cas, la satisfaction et l’engagement professionnel peuvent être des caractéristiques importantes qui les incitent à continuer à exercer leurs activités d’enseignement. Dans ce contexte, l’étude vise l’analyse des éléments liés à la construction de l’identité professionnelle des enseignants lors de leur insertion dans le métier, à partir des perceptions des nouveaux enseignants et de celles des gestionnaires des écoles primaires et secondaires. L’harmonie entre la perception de ces deux groupes d’acteurs scolaires peut constituer un important facteur du rendement des professionnels dans leur métier et de l’efficacité des institutions d’enseignement. Ainsi, du côté des nouveaux enseignants, l’étude examine les variables qui peuvent être liées à leur engagement professionnel et de celui des gestionnaires, elle vise à analyser les éléments qui peuvent être liés à leur satisfaction sur le travail effectué par les nouveaux enseignants. La présente étude, de type quantitatif, est constituée des analyses secondaires des données issues des enquêtes pancanadiennes auprès des directions et des enseignants d’écoles primaires et secondaires du Canada, menées en 2005 et 2006 par une équipe de professeurs de différentes universités canadiennes. Les analyses statistiques sont basées sur deux modèles théoriques : (1) l’engagement professionnel des nouveaux enseignants et (2) la satisfaction des gestionnaires sur le travail effectué par les nouveaux enseignants. Ces modèles sont examinés en suivant la théorie classique des tests (TCT) et celle des réponses aux items (TRI) afin de profiter des avantages de chacune des méthodes. Du côté de la TCT, des analyses de cheminement et des modélisations aux équations structurelles ont été effectuées pour examiner les modèles théoriques. Du côté de la TRI, des modélisations de Rasch ont été utilisées pour examiner les propriétés psychométriques des échelles utilisées par la recherche afin de vérifier si les données sont bien ajustées aux modèles et si les items se regroupent de façon logique pour expliquer les traits latents à l’étude. Les résultats mettent en évidence le rapport humain qui définit la profession enseignante. Autrement dit, pour les nouveaux enseignants, les émotions en classe, conséquence du processus d’interaction avec leurs élèves, sont le facteur majeur lié à l’engagement professionnel. Dans le même sens, la relation des nouveaux enseignants avec les divers membres de la communauté scolaire (parents des élèves, gestionnaires, personnel de l’école et autres enseignants) est un facteur-clé de la satisfaction des gestionnaires quant au travail des nouveaux enseignants. Les analyses indiquent également l’importance de la satisfaction au travail dans le modèle des nouveaux enseignants. Cette variable est un important déterminant de l’engagement professionnel et peut être associée à tous les autres éléments du modèle des nouveaux enseignants. Finalement, les résultats indiquent le besoin de construction des variables latentes avec un plus grand nombre d’items pour mieux positionner les personnes dans l’échelle de mesure. Ce résultat est plutôt important pour le modèle des gestionnaires qui indique de mauvais ajustements items-personnes.

Dynamic Facility Location with Modular Capacities : Models, Algorithms and Applications in Forestry

Les décisions de localisation sont souvent soumises à des aspects dynamiques comme des changements dans la demande des clients. Pour y répondre, la solution consiste à considérer une flexibilité accrue concernant l’emplacement et la capacité des installations. Même lorsque la demande est prévisible, trouver le planning optimal pour le déploiement et l'ajustement dynamique des capacités reste un défi. Dans cette thèse, nous nous concentrons sur des problèmes de localisation avec périodes multiples, et permettant l'ajustement dynamique des capacités, en particulier ceux avec des structures de coûts complexes. Nous étudions ces problèmes sous différents points de vue de recherche opérationnelle, en présentant et en comparant plusieurs modèles de programmation linéaire en nombres entiers (PLNE), l'évaluation de leur utilisation dans la pratique et en développant des algorithmes de résolution efficaces. Cette thèse est divisée en quatre parties. Tout d’abord, nous présentons le contexte industriel à l’origine de nos travaux: une compagnie forestière qui a besoin de localiser des campements pour accueillir les travailleurs forestiers. Nous présentons un modèle PLNE permettant la construction de nouveaux campements, l’extension, le déplacement et la fermeture temporaire partielle des campements existants. Ce modèle utilise des contraintes de capacité particulières, ainsi qu’une structure de coût à économie d’échelle sur plusieurs niveaux. L'utilité du modèle est évaluée par deux études de cas. La deuxième partie introduit le problème dynamique de localisation avec des capacités modulaires généralisées. Le modèle généralise plusieurs problèmes dynamiques de localisation et fournit de meilleures bornes de la relaxation linéaire que leurs formulations spécialisées. Le modèle peut résoudre des problèmes de localisation où les coûts pour les changements de capacité sont définis pour toutes les paires de niveaux de capacité, comme c'est le cas dans le problème industriel mentionnée ci-dessus. Il est appliqué à trois cas particuliers: l'expansion et la réduction des capacités, la fermeture temporaire des installations, et la combinaison des deux. Nous démontrons des relations de dominance entre notre formulation et les modèles existants pour les cas particuliers. Des expériences de calcul sur un grand nombre d’instances générées aléatoirement jusqu’à 100 installations et 1000 clients, montrent que notre modèle peut obtenir des solutions optimales plus rapidement que les formulations spécialisées existantes. Compte tenu de la complexité des modèles précédents pour les grandes instances, la troisième partie de la thèse propose des heuristiques lagrangiennes. Basées sur les méthodes du sous-gradient et des faisceaux, elles trouvent des solutions de bonne qualité même pour les instances de grande taille comportant jusqu’à 250 installations et 1000 clients. Nous améliorons ensuite la qualité de la solution obtenue en résolvent un modèle PLNE restreint qui tire parti des informations recueillies lors de la résolution du dual lagrangien. Les résultats des calculs montrent que les heuristiques donnent rapidement des solutions de bonne qualité, même pour les instances où les solveurs génériques ne trouvent pas de solutions réalisables. Finalement, nous adaptons les heuristiques précédentes pour résoudre le problème industriel. Deux relaxations différentes sont proposées et comparées. Des extensions des concepts précédents sont présentées afin d'assurer une résolution fiable en un temps raisonnable.

Algorithmes heuristiques et exacts pour le problème de l’ensemble dominant connexe minimum.

Dans ce mémoire, nous abordons le problème de l’ensemble dominant connexe de cardinalité minimale. Nous nous penchons, en particulier, sur le développement de méthodes pour sa résolution basées sur la programmation par contraintes et la programmation en nombres entiers. Nous présentons, en l’occurrence, une heuristique et quelques méthodes exactes pouvant être utilisées comme heuristiques si on limite leur temps d’exécution. Nous décrivons notamment un algorithme basé sur l’approche de décomposition de Benders, un autre combinant cette dernière avec une stratégie d’investigation itérative, une variante de celle-ci utilisant la programmation par contraintes, et enfin une méthode utilisant uniquement la programmation par contraintes. Des résultats expérimentaux montrent que ces méthodes sont efficaces puisqu’elles améliorent les méthodes connues dans la littérature. En particulier, la méthode de décomposition de Benders avec une stratégie d’investigation itérative fournit les résultats les plus performants.

Searching for novel gene functions in yeast : identification of thousands of novel molecular interactions by protein-fragment complementation assay followed by automated gene function prediction and high-throughput lipidomics

La compréhension de processus biologiques complexes requiert des approches expérimentales et informatiques sophistiquées. Les récents progrès dans le domaine des stratégies génomiques fonctionnelles mettent dorénavant à notre disposition de puissants outils de collecte de données sur l’interconnectivité des gènes, des protéines et des petites molécules, dans le but d’étudier les principes organisationnels de leurs réseaux cellulaires. L’intégration de ces connaissances au sein d’un cadre de référence en biologie systémique permettrait la prédiction de nouvelles fonctions de gènes qui demeurent non caractérisées à ce jour. Afin de réaliser de telles prédictions à l’échelle génomique chez la levure Saccharomyces cerevisiae, nous avons développé une stratégie innovatrice qui combine le criblage interactomique à haut débit des interactions protéines-protéines, la prédiction de la fonction des gènes in silico ainsi que la validation de ces prédictions avec la lipidomique à haut débit. D’abord, nous avons exécuté un dépistage à grande échelle des interactions protéines-protéines à l’aide de la complémentation de fragments protéiques. Cette méthode a permis de déceler des interactions in vivo entre les protéines exprimées par leurs promoteurs naturels. De plus, aucun biais lié aux interactions des membranes n’a pu être mis en évidence avec cette méthode, comparativement aux autres techniques existantes qui décèlent les interactions protéines-protéines. Conséquemment, nous avons découvert plusieurs nouvelles interactions et nous avons augmenté la couverture d’un interactome d’homéostasie lipidique dont la compréhension demeure encore incomplète à ce jour. Par la suite, nous avons appliqué un algorithme d’apprentissage afin d’identifier huit gènes non caractérisés ayant un rôle potentiel dans le métabolisme des lipides. Finalement, nous avons étudié si ces gènes et un groupe de régulateurs transcriptionnels distincts, non préalablement impliqués avec les lipides, avaient un rôle dans l’homéostasie des lipides. Dans ce but, nous avons analysé les lipidomes des délétions mutantes de gènes sélectionnés. Afin d’examiner une grande quantité de souches, nous avons développé une plateforme à haut débit pour le criblage lipidomique à contenu élevé des bibliothèques de levures mutantes. Cette plateforme consiste en la spectrométrie de masse à haute resolution Orbitrap et en un cadre de traitement des données dédié et supportant le phénotypage des lipides de centaines de mutations de Saccharomyces cerevisiae. Les méthodes expérimentales en lipidomiques ont confirmé les prédictions fonctionnelles en démontrant certaines différences au sein des phénotypes métaboliques lipidiques des délétions mutantes ayant une absence des gènes YBR141C et YJR015W, connus pour leur implication dans le métabolisme des lipides. Une altération du phénotype lipidique a également été observé pour une délétion mutante du facteur de transcription KAR4 qui n’avait pas été auparavant lié au métabolisme lipidique. Tous ces résultats démontrent qu’un processus qui intègre l’acquisition de nouvelles interactions moléculaires, la prédiction informatique des fonctions des gènes et une plateforme lipidomique innovatrice à haut débit , constitue un ajout important aux méthodologies existantes en biologie systémique. Les développements en méthodologies génomiques fonctionnelles et en technologies lipidomiques fournissent donc de nouveaux moyens pour étudier les réseaux biologiques des eucaryotes supérieurs, incluant les mammifères. Par conséquent, le stratégie présenté ici détient un potentiel d’application au sein d’organismes plus complexes.

Facteurs contextuels dans l'évaluation d'une politique de santé maternelle au Burkina Faso

Cette thèse s’intéresse à l’influence des facteurs contextuels sur la mise en œuvre et les effets d’une politique de santé maternelle au Burkina Faso. Cette politique nommée la subvention SONU vise à faire augmenter la couverture des accouchements dans les établissements de santé publics en agissant sur l’accessibilité économique des ménages. La thèse propose une évaluation des processus de cette politique. Le cadre d’analyse repose sur des propositions théoriques issues du champ de l’étude des politiques sanitaires (les acteurs et leurs relations de pouvoir) et de l’anthropologie médicale critique (les représentations). L’étude s’est déroulée dans le district sanitaire de Djibo, situé dans la région du Sahel. Il s’agit d’une étude de cas multiples où chaque centre de santé représentait un cas. L’approche méthodologique employée était qualitative. Une enquête de terrain, des entretiens, des groupes de discussion, des observations non participantes et une analyse documentaire ont été les méthodes de collecte de données utilisées. Les résultats préliminaires de l’étude ont été présentés aux parties prenantes. Le premier article évalue l’implantation de cette subvention SONU au niveau d’un district et rend compte de l’influence des rapports de pouvoir sur la mise en œuvre de cette dernière. Les résultats indiquent que toutes les composantes de cette subvention sont mises en œuvre, à l’exception du fond d’indigence et de certaines composantes relatives à la qualité technique des soins telles que les sondages pour les bénéficiaires et l’équipe d’assurance qualité dans l’hôpital du district. Les professionnels et les gestionnaires de la santé expliquent les difficultés dans l’application de politique de subvention par un manque de clarté et de compréhension des directives officielles. Les relations de pouvoir entre les différents groupes d’acteurs ont une influence sur la mise en œuvre de cette politique. Les rapports entre gestionnaires du district et agents de santé sont basés sur des rapports hiérarchiques. Ainsi, les gestionnaires contrôlent le travail des agents de santé et imposent des changements à la mise en œuvre de la politique. Les rapports entre soignants et patients sont variables. Dans certains centres de santé, les communautés perçoivent positivement cette relation alors que dans d’autres, elle est perçue négativement. Les perceptions sur les relations entre les accoucheuses villageoises et les agents de santé sont également partagées. Pour les agents de santé, ces actrices peuvent être de potentielles alliées pour renforcer l’efficacité de la politique SONU en incitant les femmes à utiliser les services de santé, mais elles sont aussi perçues comme des obstacles, lorsqu’elles continuent à effectuer des accouchements à domicile. Les difficultés de compréhension des modalités de remboursement entrainent une rigidité dans les rapports entre agents de santé et comités de gestion. Le deuxième article vise à comprendre la variation observée sur la couverture des accouchements entre plusieurs centres de santé après la mise en œuvre de cette politique SONU. Les facteurs contextuels et plus spécifiquement humains ont une influence sur la couverture des accouchements assistés. Le leadership des agents de santé, caractérisé par l’initiative personnelle, l’éthique professionnelle et l’établissement d’un lien de confiance entre les populations et l’équipe sanitaire expliquent la différence d’effets observée sur la couverture des accouchements assistés après la mise en œuvre de cette dernière. Le troisième article analyse l’usage stratégique des référentiels ethnoculturels par certaines équipes sanitaires pour expliquer l’échec partiel de la politique SONU dans certains centres de santé. La référence à ces facteurs vise essentiellement à normaliser et légitimer l’absence d’effet de la politique sur la couverture des accouchements assistés. Elle contribue également à blâmer les populations. Enfin, le recours à ces référentiels tend à écarter les interprétations socioéconomiques et politiques qui sous-tendent la problématique des accouchements dans les établissements de santé publics. Sur le plan pratique, cette thèse permet de mieux comprendre le processus de mise en œuvre d’une politique de santé maternelle. Elle montre que les dimensions relatives à l’équité et à la qualité des soins sont négligées dans ce processus. Cette recherche met en lumière les difficultés auxquelles sont confrontés les agents de santé dans la mise en oeuvre de cette politique. Elle met également en exergue les facteurs qui expliquent l’hétérogénéité observée sur la couverture des accouchements assistés entre les centres de santé après la mise en œuvre de cette politique. Sur le plan théorique, cette thèse montre l’importance d’identifier les rapports de pouvoir qui s’exercent entre les différents acteurs impliqués dans les politiques sanitaires. Elle rappelle l’influence considérable des facteurs contextuels sur la mise en œuvre et les effets des politiques. Enfin, cette recherche révèle le poids des représentations sociales des acteurs dans la compréhension des effets des politiques. Cette thèse contribue au développement des connaissances dans le champ des politiques publiques sur le plan des thématiques abordées (mise en œuvre, rapports de pouvoir) et de l’approche méthodologique (enquête de terrain) utilisée. Elle participe aussi aux réflexions théoriques sur le concept de leadership des professionnels de la santé en Afrique.

Étude de dispositifs électroniques moléculaires à l'aide de modèles simples

Cette thèse en électronique moléculaire porte essentiellement sur le développement d’une méthode pour le calcul de la transmission de dispositifs électroniques moléculaires (DEMs), c’est-à-dire des molécules branchées à des contacts qui forment un dispositif électronique de taille moléculaire. D’une part, la méthode développée vise à apporter un point de vue différent de celui provenant des méthodes déjà existantes pour ce type de calculs. D’autre part, elle permet d’intégrer de manière rigoureuse des outils théoriques déjà développés dans le but d’augmenter la qualité des calculs. Les exemples simples présentés dans ce travail permettent de mettre en lumière certains phénomènes, tel que l’interférence destructive dans les dispositifs électroniques moléculaires. Les chapitres proviennent d’articles publiés dans la littérature. Au chapitre 2, nous étudions à l’aide d’un modèle fini avec la méthode de la théorie de la fonctionnelle de la densité de Kohn-Sham un point quantique moléculaire. De plus, nous calculons la conductance du point quantique moléculaire avec une implémentation de la formule de Landauer. Nous trouvons que la structure électronique et la conductance moléculaire dépendent fortement de la fonctionnelle d’échange et de corrélation employée. Au chapitre 3, nous discutons de l’effet de l’ajout d’une chaîne ramifiée à des molécules conductrices sur la probabilité de transmission de dispositifs électroniques moléculaires. Nous trouvons que des interférences destructives apparaissent aux valeurs propres de l’énergie des chaînes ramifiées isolées, si ces valeurs ne correspondent pas à des états localisés éloignés du conducteur moléculaire. Au chapitre 4, nous montrons que les dispositifs électroniques moléculaires contenant une molécule aromatique présentent généralement des courants circulaires qui sont associés aux phénomènes d’interférence destructive dans ces systèmes. Au chapitre 5, nous employons l’approche « source-sink potential » (SSP) pour étudier la transmission de dispositifs électroniques moléculaires. Au lieu de considérer les potentiels de sources et de drains exactement, nous utilisons la théorie des perturbations pour trouver une expression de la probabilité de transmission, T(E) = 1 − |r(E)|2, où r(E) est le coefficient de réflexion qui dépend de l’énergie. Cette expression dépend des propriétés de la molécule isolée, en effet nous montrons que c’est la densité orbitalaire sur les atomes de la molécule qui sont connectés aux contacts qui détermine principalement la transmission du dispositif à une énergie de l’électron incident donnée. Au chapitre 6, nous présentons une extension de l’approche SSP à un canal pour des dispositifs électroniques moléculaires à plusieurs canaux. La méthode à multiples canaux proposée repose sur une description des canaux propres des états conducteurs du dispositif électronique moléculaire (DEM) qui sont obtenus par un algorithme auto-cohérent. Finalement, nous utilisons le modèle développé afin d’étudier la transmission du 1-phényl-1,3-butadiène branché à deux rangées d’atomes couplées agissant comme contacts à gauche et à la droite.

On Recurrent and Deep Neural Networks

L'apprentissage profond est un domaine de recherche en forte croissance en apprentissage automatique qui est parvenu à des résultats impressionnants dans différentes tâches allant de la classification d'images à la parole, en passant par la modélisation du langage. Les réseaux de neurones récurrents, une sous-classe d'architecture profonde, s'avèrent particulièrement prometteurs. Les réseaux récurrents peuvent capter la structure temporelle dans les données. Ils ont potentiellement la capacité d'apprendre des corrélations entre des événements éloignés dans le temps et d'emmagasiner indéfiniment des informations dans leur mémoire interne. Dans ce travail, nous tentons d'abord de comprendre pourquoi la profondeur est utile. Similairement à d'autres travaux de la littérature, nos résultats démontrent que les modèles profonds peuvent être plus efficaces pour représenter certaines familles de fonctions comparativement aux modèles peu profonds. Contrairement à ces travaux, nous effectuons notre analyse théorique sur des réseaux profonds acycliques munis de fonctions d'activation linéaires par parties, puisque ce type de modèle est actuellement l'état de l'art dans différentes tâches de classification. La deuxième partie de cette thèse porte sur le processus d'apprentissage. Nous analysons quelques techniques d'optimisation proposées récemment, telles l'optimisation Hessian free, la descente de gradient naturel et la descente des sous-espaces de Krylov. Nous proposons le cadre théorique des méthodes à région de confiance généralisées et nous montrons que plusieurs de ces algorithmes développés récemment peuvent être vus dans cette perspective. Nous argumentons que certains membres de cette famille d'approches peuvent être mieux adaptés que d'autres à l'optimisation non convexe. La dernière partie de ce document se concentre sur les réseaux de neurones récurrents. Nous étudions d'abord le concept de mémoire et tentons de répondre aux questions suivantes: Les réseaux récurrents peuvent-ils démontrer une mémoire sans limite? Ce comportement peut-il être appris? Nous montrons que cela est possible si des indices sont fournis durant l'apprentissage. Ensuite, nous explorons deux problèmes spécifiques à l'entraînement des réseaux récurrents, à savoir la dissipation et l'explosion du gradient. Notre analyse se termine par une solution au problème d'explosion du gradient qui implique de borner la norme du gradient. Nous proposons également un terme de régularisation conçu spécifiquement pour réduire le problème de dissipation du gradient. Sur un ensemble de données synthétique, nous montrons empiriquement que ces mécanismes peuvent permettre aux réseaux récurrents d'apprendre de façon autonome à mémoriser des informations pour une période de temps indéfinie. Finalement, nous explorons la notion de profondeur dans les réseaux de neurones récurrents. Comparativement aux réseaux acycliques, la définition de profondeur dans les réseaux récurrents est souvent ambiguë. Nous proposons différentes façons d'ajouter de la profondeur dans les réseaux récurrents et nous évaluons empiriquement ces propositions.

Analyse de l’implantation d’un plan d’action pour le renforcement du rôle professionnel de la sage-femme dans le Royaume du Maroc

Dans le cadre d’une stratégie nationale visant les objectifs du Millénaire pour le développement 4 et 5 au Maroc - réduire la mortalité maternelle et infantile -, un plan d’action a été développé au sein des trois systèmes (socioculturel, éducationnel, disciplinaire) dans lesquels évolue un rôle professionnel de la santé et ce, pour renforcer le rôle professionnel de la sage-femme. La présente thèse vise à évaluer le niveau d’implantation du plan d’action et à comprendre les facteurs contextuels ayant affecté son implantation et susceptibles d’empêcher l’atteinte de ses effets. Le cadre conceptuel adopté dérive du modèle de Hatem-Asmar (1997) concernant l’interaction entre les systèmes éducationnel, disciplinaire et socioculturel pour changer un rôle professionnel de la santé; et le cadre de Damschroder et al. (2009) pour l’analyse de l’implantation d’une intervention en santé. Le devis est une étude de cas unique à trois niveaux d’analyse. Les données sont recueillies à partir de multiples sources de données : 11 entrevues individuelles semi-structurées, 20 groupes de discussion, observations d’activités de formation, analyse de documents. Les résultats ont montré des déficits notables au niveau de l’implantation. Seize barrières et sept facilitateurs ont été catégorisés sous les construits du cadre de Damschroder et al. (2009) et sous les dimensions des trois systèmes. Un alignement inadéquat entre les dimensions (valeurs, méthodes, acteurs et finalités) du système socioculturel et celles (valeurs, méthodes, acteurs) des systèmes éducationnel et disciplinaire d’une part, avec le plan d’action d’autre part empêche son implantation globale. La structure bureaucratique et le manque de préparation du système socioculturel ont constitué les barrières les plus influentes sur: la diffusion de l’information; l’implication des acteurs du terrain dans le processus; et l’état de préparation du système éducationnel. Les principaux facilitateurs étaient : les valeurs promues à l’égard des droits humains et le mouvement politique pour renforcer le rôle professionnel de la sage-femme et réduire la mortalité maternelle. Quant au plan, il a été perçu comme étant bénéfique mais complexe et émanant d’une source externe. Les résultats mettent l’accent sur la nécessité de contourner les barrières identifiées dans les trois systèmes afin d’obtenir des contextes propices à la production des effets. Par ailleurs, les résultats ont soulevé aussi sept barrières qui risquent de compromettre l’atteinte des effets désirés. Elles concernent: le cadre légal, les représentations sociales et le support médiatique au niveau du système socioculturel; le réseautage et les mécanismes de communication, les caractéristiques liées au rôle, à l’environnement de pratique, et le niveau de préparation du système disciplinaire. Notre recherche confirme qu’un changement visant le système éducationnel isolément représente une vision réductrice pour le renforcement du rôle des sages-femmes. Une combinaison des conditions contextuelles favorables au niveau des dimensions des trois systèmes est requise pour atteindre le but de la stratégie gouvernementale, soit fournir des sages-femmes qualifiées selon les normes globales de la Confédération Internationale des sages-femmes, capables d’offrir des soins de qualité en santé de la reproduction qui permettront de contribuer à réduire la mortalité maternelle et néonatale.

Intimité au Québec : étude ethnographique d'un réseau personnel

Cette recherche a pour objectif général de rendre compte de l’expérience de l’intimité, de la famille à l’amitié, tel qu’elle est quotidiennement vécue dans la vie de différentes personnes dans mon réseau personnel. Elle tient compte du contexte postmoderne du vécu de l’intimité, caractérisé par des relations plus flexibles et une multiplication des modèles (Allan, 2008 ; Stacey, 1991). J’y problématise l’intimité sous l’angle des tensions qui émergent dans notre expérience quotidienne par rapport aux normes et aux idéaux d’intimité. M’inspirant de la pensée queer, j’aborde l’intimité d’un point de vue critique, à partir de plusieurs auteures (notamment Berlant, 2000 et Butler, 2002) qui remettent en question les normes d’une intimité durable, associée notamment à l’amour familial et un idéal communicationnel de dévoilement de soi. L’expérience personnelle constitue alors un lieu où des tensions s’expriment et peuvent être saisies, un lieu qui est un point de départ pour développer une critique nuancée. L’ethnographie que j’ai réalisée auprès de gens dans la vingtaine et la trentaine a mobilisé un ensemble de méthodes : observation, réflexivité, entrevues individuelles et de groupes avec treize personnes, méthodes visuelles (création de schémas et de dessins). Ancrée en communication, elle constitue une recherche transdisciplinaire qui mobilise notamment des études sociologiques et des textes critiques. Elle propose un portrait de l’intimité spécifique au Québec et à mon réseau personnel, constitué de petits groupes et de relations dyadiques. Ce réseau est majoritairement composé de jeunes adultes ouverts à certaines intimités non traditionnelles (comme les couples de même sexe) et vivant dans la région métropolitaine de Montréal. Mes analyses explorent d’abord les formes d’intimité caractérisant mon réseau, tant conventionnelles, comme le couple et la famille, que moins conventionnelles, comme le célibat. Ainsi, je me penche sur certaines normes d’intimité, comme celle du couple, en analysant comment elles s’accomplissent, produisent du sens et ont des effets inégaux sur différents sujets. Mes analyses lient des idéaux à des pratiques concrètes et matérielles, notamment l’investissement de l’intimité dans la maison et la propriété privée. Je me tourne également vers certaines formes d’intimité moins souvent abordées, principalement les petits groupes d’amis. J’aborde la communication de manière à décentrer le dévoilement de soi entre deux personnes, souvent perçu comme élément central à l’intimité (Jamieson, 1998), et à prendre en compte les dynamiques de groupe et leurs effets de pouvoir. Ciblant l’idéal de dévoilement, j’analyse en quoi il s’articule à des normes (de couple, familiales, des groupes d’amis) et côtoie différentes autres pratiques communicationnelles comme celles impliquant les médias mobiles et numériques. En guise de discussion finale, je reviens sur les grandes lignes du projet et je développe une réflexion sur les défis posés par la combinaison d’approches critiques et ethnographiques. En somme, la contribution de ma recherche consiste à analyser le vécu de l’intimité en regard de concepts issus d’études culturelles et critiques.

Détection d'évènements à partir de Twitter

Nous proposons dans cette thèse un système permettant de déterminer, à partir des données envoyées sur les microblogs, les évènements qui stimulent l’intérêt des utilisateurs durant une période donnée et les dates saillantes de chaque évènement. Étant donné son taux d’utilisation élevé et l’accessibilité de ses données, nous avons utilisé la plateforme Twitter comme source de nos données. Nous traitons dans ce travail les tweets portant sur la Tunisie dont la plupart sont écrits par des tunisiens. La première tâche de notre système consistait à extraire automatiquement les tweets d’une façon continue durant 67 jours (de 8 février au 15 avril 2012). Nous avons supposé qu’un évènement est représenté par plusieurs termes dont la fréquence augmente brusquement à un ou plusieurs moments durant la période analysée. Le manque des ressources nécessaires pour déterminer les termes (notamment les hashtags) portant sur un même sujet, nous a obligé à proposer des méthodes permettant de regrouper les termes similaires. Pour ce faire, nous avons eu recours à des méthodes phonétiques que nous avons adaptées au mode d’écriture utilisée par les tunisiens, ainsi que des méthodes statistiques. Pour déterminer la validité de nos méthodes, nous avons demandé à des experts, des locuteurs natifs du dialecte tunisien, d’évaluer les résultats retournés par nos méthodes. Ces groupes ont été utilisés pour déterminer le sujet de chaque tweet et/ou étendre les tweets par de nouveaux termes. Enfin, pour sélectionner l'ensemble des évènements (EV), nous nous sommes basés sur trois critères : fréquence, variation et TF-IDF. Les résultats que nous avons obtenus ont montré la robustesse de notre système.

Altérations de la repolarisation ventriculaire induites par l’exercice dans la sténose congénitale modérée de la valve aortique

Introduction: La surcharge de pression ventriculaire augmente à l’exercice chez les patients avec une sténose de valve aortique (SVA). Lorsqu’il n’y a aucun symptôme apparent, il est cependant difficile d’indiquer l’intervention chirurgicale en utilisant seulement les indices de surcharge de pression ventriculaire. D’autres paramètres, tels que la dispersion de la repolarisation ventriculaire (d-QT), qui augmentent avec le gradient de pression transvalvulaire (GPT), n’ont pas été étudiés dans la SVA. L’objectif de l’étude était de déterminer le modèle de réponse du segment QT et de la d-QT à l’épreuve d’effort chez des enfants avec une SVA congénitale modérée afin d’évaluer l’impact de la surcharge de pression ventriculaire selon une perspective électrophysiologique. Matériel et méthodes: 15 patients SVA modérés ont été comparés à 15 sujets contrôles appariés pour l’âge (14.8±2.5 ans vs. 14.2±1.5 ans) et pour le sexe (66,7% de sujets mâles). Tous les sujets ont fait une épreuve d’effort avec enregistrement électrocardiographique à 12 dérivations. Le segment QT a été mesuré à partir du début du complexe QRS jusqu’à l’apex de l’onde T (QTa) au repos, à l’effort maximal ainsi qu’après 1 et 3 minutes de récupération. La longueur du segment QT a été corrigée selon l’équation de Fridericia et la d-QT a été calculée. Résultats: La longueur du segment QT corrigée (QTc) était similaire au repos entre les groupes d’étude, mais était significativement élevée chez les SVA en comparaison avec le groupe contrôle à l’effort maximal (p=0.004) ainsi qu’après 1 (p<0.001) et 3 (p<0.001) minutes de récupération. Une interaction significative a été identifiée entre les groupes pour la d-QT (p=0.034) et les tests post hoc ont révélé une différence significative seulement au repos (p=0.001). Conclusions: Les anomalies de repolarisation ventriculaire peuvent être révélées par l’évaluation de la repolarisation électrique lors de l’épreuve d’effort chez les SVA modérées asymptomatiques. L’utilisation de la réponse du QT à l’effort pourrait être bénéfique pour l’optimisation de la stratification du risque chez ces patients.