TcruziDB, an Integrated Database, and the WWW Information Server for the Trypanosoma cruzi Genome Project

Data analysis, presentation and distribution is of utmost importance to a genome project. A public domain software, ACeDB, has been chosen as the common basis for parasite genome databases, and a first release of TcruziDB, the Trypanosoma cruzi genome database, is available by ftp from ftp://iris.dbbm.fiocruz.br/pub/genomedb/TcruziDB as well as versions of the software for different operating systems (ftp://iris.dbbm.fiocruz.br/pub/unixsoft/). Moreover, data originated from the project are available from the WWW server at http://www.dbbm.fiocruz.br. It contains biological and parasitological data on CL Brener, its karyotype, all available T. cruzi sequences from Genbank, data on the EST-sequencing project and on available libraries, a T. cruzi codon table and a listing of activities and participating groups in the genome project, as well as meeting reports. T. cruzi discussion lists (tcruzi-l@iris.dbbm.fiocruz.br and tcgenics@iris.dbbm.fiocruz.br) are being maintained for communication and to promote collaboration in the genome project

Response to Heterologous Leishmanins in Cutaneous Leishmaniasis in Nigeria: Discovery of a New Focus

A pilot study was undertaken to preliminary illustrate the leishmanin skin test (LST) positivity to distinct antigen preparations (derived from promastigote of either Leishmania major or L. amazonensis, or pooled L. mexicana, L. amazonensis and L. guyanensis) in cutaneous leishmaniasis (CL) patients and healthy subjects living in two endemic foci in Nigeria. The study was designed to provide insights into whether cross-species leishmanin, such as that prepared from New World Leishmania could be useful to detect cases of Old World leishmanial infection and to compare the results with LST using L. major-derived leishmanin. The overall LST positivity in individuals from Keana tested with the cross-species leishmanin was 28.7% (27/94), while the positivity rate in the subjects from Kanana tested with the same leishmanin was 54.5% (6/11). Lower positivity values were obtained when L. major (12.5%; 11/88) or L. amazonensis (15.8%; 9/57) was tested as antigen in grossly comparable populations. Moreover, the pooled leishmanin identified most of the subjects (13/14; 92.9%) with active or healed CL, and the maximum reaction sizes were found among positive subjects in this group. No healthy controls (10 total) showed specific DTH response. The LST was useful for assessing the prevalence of subclinical infection and for measuring CL transmission over time. We report for the first time the occurrence of CL in Kanana village of Langtang South local government area of Plateau State

Knowledge of Glasgow coma scale by air-rescue physicians.

OBJECTIVE: To assess the theoretical and practical knowledge of the Glasgow Coma Scale (GCS) by trained Air-rescue physicians in Switzerland. METHODS: Prospective anonymous observational study with a specially designed questionnaire. General knowledge of the GCS and its use in a clinical case were assessed. RESULTS: From 130 questionnaires send out, 103 were returned (response rate of 79.2%) and analyzed. Theoretical knowledge of the GCS was consistent for registrars, fellows, consultants and private practitioners active in physician-staffed helicopters. The clinical case was wrongly scored by 38 participants (36.9%). Wrong evaluation of the motor component occurred in 28 questionnaires (27.2%), and 19 errors were made for the verbal score (18.5%). Errors were made most frequently by registrars (47.5%, p = 0.09), followed by fellows (31.6%, p = 0.67) and private practitioners (18.4%, p = 1.00). Consultants made significantly less errors than the rest of the participating physicians (0%, p < 0.05). No statistically significant differences were shown between anesthetists, general practitioners, internal medicine trainees or others. CONCLUSION: Although the theoretical knowledge of the GCS by out-of-hospital physicians is correct, significant errors were made in scoring a clinical case. Less experienced physicians had a higher rate of errors. Further emphasis on teaching the GCS is mandatory.

MEVA-Ambiental: MEtodologia per a la Valoració de l'Aprenentatge. Centrada en l'educació ambiental

Aquest projecte abasta el disseny i el desenvolupament d’un model prototípic de Metodologia per a la Valoració de l’Aprenentatge Ambiental, a la qual anomenem “MEVA-Ambiental”. Per a fer possible aquesta fita ens hem basat en fonaments ontològics i constructivistes per representar i analitzar el coneixement a fi de poder quantificar l’Increment de Coneixement (IC). Per nosaltres l’IC esdevé un indicador socio-educatiu que ens servirà per a determinar l’efectivitat dels tallers d’educació ambiental en percentatge. En procedir d’aquesta manera, les qualificacions resultats poden es poden prendre com punt de partida per a desenvolupar estudis en el temps i comprendre com “s’ancora” el nou coneixement a l’estructura cognitiva dels aprenents. Més enllà del plantejament teòric de mètode, també proveïm la solució tècnica que mostra com n’és de funcional i d’aplicable la part empírica metodològica. A aquesta solució que hem anomenat “MEVA-Tool”, és una eina virtual que automatitza la recollida i tractament de dades amb una estructura dinàmica basada en “qüestionaris web” que han d’emplenar els estudiants, una “base de dades” que acumula la informació i en permet un filtratge selectiu, i més “Llibre Excel” que en fa el tractament informatiu, la representació gràfica dels resultats, l’anàlisi i conclusions.

SwissSidechain: a molecular and structural database of non-natural sidechains.

Amino acids form the building blocks of all proteins. Naturally occurring amino acids are restricted to a few tens of sidechains, even when considering post-translational modifications and rare amino acids such as selenocysteine and pyrrolysine. However, the potential chemical diversity of amino acid sidechains is nearly infinite. Exploiting this diversity by using non-natural sidechains to expand the building blocks of proteins and peptides has recently found widespread applications in biochemistry, protein engineering and drug design. Despite these applications, there is currently no unified online bioinformatics resource for non-natural sidechains. With the SwissSidechain database (http://www.swisssidechain.ch), we offer a central and curated platform about non-natural sidechains for researchers in biochemistry, medicinal chemistry, protein engineering and molecular modeling. SwissSidechain provides biophysical, structural and molecular data for hundreds of commercially available non-natural amino acid sidechains, both in l- and d-configurations. The database can be easily browsed by sidechain names, families or physico-chemical properties. We also provide plugins to seamlessly insert non-natural sidechains into peptides and proteins using molecular visualization software, as well as topologies and parameters compatible with molecular mechanics software.

Anopheline Species Complexes in Brazil. Current Knowledge of Those Related to Malaria Transmission

A summary of the problems related to the systematics of primary and secondary Brazilian anophelines vectors of malaria is presented.

Kookan : share your knowledge

El projecte Kookan pretén ser una eina de cara a l'intercanvi de coneixements. Fa servir les noves tecnologies en l'entorn web i les tendències de xarxes socials per apropar la possibilitat de conèixer gent amb les mateixes inquietuds, amb uns horaris semblants i a una distància adient per tal de realitzar aquests intercanvis.

Systems biology of plants : from intraspecific genome variation to computational morphodynamics

Recently, the introduction of second generation sequencing and further advance-ments in confocal microscopy have enabled system-level studies for the functional characterization of genes. The degree of complexity intrinsic to these approaches needs the development of bioinformatics methodologies and computational models for extracting meaningful biological knowledge from the enormous amount of experi¬mental data which is continuously generated. This PhD thesis presents several novel bioinformatics methods and computational models to address specific biological questions in Plant Biology by using the plant Arabidopsis thaliana as a model system. First, a spatio-temporal qualitative analysis of quantitative transcript and protein profiles is applied to show the role of the BREVIS RADIX (BRX) protein in the auxin- cytokinin crosstalk for root meristem growth. Core of this PhD work is the functional characterization of the interplay between the BRX protein and the plant hormone auxin in the root meristem by using a computational model based on experimental evidence. Hyphotesis generated by the modelled to the discovery of a differential endocytosis pattern in the root meristem that splits the auxin transcriptional response via the plasma membrane to nucleus partitioning of BRX. This positional information system creates an auxin transcriptional pattern that deviates from the canonical auxin response and is necessary to sustain the expression of a subset of BRX-dependent auxin-responsive genes to drive root meristem growth. In the second part of this PhD thesis, we characterized the genome-wide impact of large scale deletions on four divergent Arabidopsis natural strains, through the integration of Ultra-High Throughput Sequencing data with data from genomic hybridizations on tiling arrays. Analysis of the identified deletions revealed a considerable portion of protein coding genes affected and supported a history of genomic rearrangements shaped by evolution. In the last part of the thesis, we showed that VIP3 gene in Arabidopsis has an evo-lutionary conserved role in the 3' to 5' mRNA degradation machinery, by applying a novel approach for the analysis of mRNA-Seq data from random-primed mRNA. Altogether, this PhD research contains major advancements in the study of natural genomic variation in plants and in the application of computational morphodynamics models for the functional characterization of biological pathways essential for the plant. - Récemment, l'introduction du séquençage de seconde génération et les avancées dans la microscopie confocale ont permis des études à l'échelle des différents systèmes cellulaires pour la caractérisation fonctionnelle de gènes. Le degrés de complexité intrinsèque à ces approches ont requis le développement de méthodologies bioinformatiques et de modèles mathématiques afin d'extraire de la masse de données expérimentale générée, des information biologiques significatives. Ce doctorat présente à la fois des méthodes bioinformatiques originales et des modèles mathématiques pour répondre à certaines questions spécifiques de Biologie Végétale en utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme modèle. Premièrement, une analyse qualitative spatio-temporelle de profiles quantitatifs de transcripts et de protéines est utilisée pour montrer le rôle de la protéine BREVIS RADIX (BRX) dans le dialogue entre l'auxine et les cytokinines, des phytohormones, dans la croissance du méristème racinaire. Le noyau de ce travail de thèse est la caractérisation fonctionnelle de l'interaction entre la protéine BRX et la phytohormone auxine dans le méristème de la racine en utilisant des modèles informatiques basés sur des preuves expérimentales. Les hypothèses produites par le modèle ont mené à la découverte d'un schéma différentiel d'endocytose dans le méristème racinaire qui divise la réponse transcriptionnelle à l'auxine par le partitionnement de BRX de la membrane plasmique au noyau de la cellule. Cette information positionnelle crée une réponse transcriptionnelle à l'auxine qui dévie de la réponse canonique à l'auxine et est nécessaire pour soutenir l'expression d'un sous ensemble de gènes répondant à l'auxine et dépendant de BRX pour conduire la croissance du méristème. Dans la seconde partie de cette thèse de doctorat, nous avons caractérisé l'impact sur l'ensemble du génome des délétions à grande échelle sur quatre souches divergentes naturelles d'Arabidopsis, à travers l'intégration du séquençage à ultra-haut-débit avec l'hybridation génomique sur puces ADN. L'analyse des délétions identifiées a révélé qu'une proportion considérable de gènes codant était affectée, supportant l'idée d'un historique de réarrangement génomique modelé durant l'évolution. Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons montré que le gène VÏP3 dans Arabidopsis a conservé un rôle évolutif dans la machinerie de dégradation des ARNm dans le sens 3' à 5', en appliquant une nouvelle approche pour l'analyse des données de séquençage d'ARNm issue de transcripts amplifiés aléatoirement. Dans son ensemble, cette recherche de doctorat contient des avancées majeures dans l'étude des variations génomiques naturelles des plantes et dans l'application de modèles morphodynamiques informatiques pour la caractérisation de réseaux biologiques essentiels à la plante. - Le développement des plantes est écrit dans leurs codes génétiques. Pour comprendre comment les plantes sont capables de s'adapter aux changements environnementaux, il est essentiel d'étudier comment leurs gènes gouvernent leur formation. Plus nous essayons de comprendre le fonctionnement d'une plante, plus nous réalisons la complexité des mécanismes biologiques, à tel point que l'utilisation d'outils et de modèles mathématiques devient indispensable. Dans ce travail, avec l'utilisation de la plante modèle Arabidopsis thalicinci nous avons résolu des problèmes biologiques spécifiques à travers le développement et l'application de méthodes informatiques concrètes. Dans un premier temps, nous avons investigué comment le gène BREVIS RADIX (BRX) régule le développement de la racine en contrôlant la réponse à deux hormones : l'auxine et la cytokinine. Nous avons employé une analyse statistique sur des mesures quantitatives de transcripts et de produits de gènes afin de démontrer que BRX joue un rôle antagonisant dans le dialogue entre ces deux hormones. Lorsque ce-dialogue moléculaire est perturbé, la racine primaire voit sa longueur dramatiquement réduite. Pour comprendre comment BRX répond à l'auxine, nous avons développé un modèle informatique basé sur des résultats expérimentaux. Les simulations successives ont mené à la découverte d'un signal positionnel qui contrôle la réponse de la racine à l'auxine par la régulation du mouvement intracellulaire de BRX. Dans la seconde partie de cette thèse, nous avons analysé le génome entier de quatre souches naturelles d'Arabidopsis et nous avons trouvé qu'une grande partie de leurs gènes étaient manquant par rapport à la souche de référence. Ce résultat indique que l'historique des modifications génomiques conduites par l'évolution détermine une disponibilité différentielle des gènes fonctionnels dans ces plantes. Dans la dernière partie de ce travail, nous avons analysé les données du transcriptome de la plante où le gène VIP3 était non fonctionnel. Ceci nous a permis de découvrir le rôle double de VIP3 dans la régulation de l'initiation de la transcription et dans la dégradation des transcripts. Ce rôle double n'avait jusqu'alors été démontrée que chez l'homme. Ce travail de doctorat supporte le développement et l'application de méthodologies informatiques comme outils inestimables pour résoudre la complexité des problèmes biologiques dans la recherche végétale. L'intégration de la biologie végétale et l'informatique est devenue de plus en plus importante pour l'avancée de nos connaissances sur le fonctionnement et le développement des plantes.

Knowledge of Glasgow coma scale by air-rescue physicians

Rapport de synthèse Introduction : Le Glasgow coma score (GCS) est un outil reconnu permettant l'évaluation des patients après avoir subi un traumatisme crânien. Il est réputé pour sa simplicité et sa reproductibilité permettant ainsi aux soignants une évaluation appropriée et continue du status neurologique des patients. Le GCS est composé de trois catégories évaluant la réponse oculaire, verbale et motrice. En Suisse, les soins préhospitaliers aux patients victimes d'un trauma crânien sévère sont effectués par des médecins, essdntiellement à bord des hélicoptères médicalisés. Avant une anesthésie générale nécessaire à ces patients, une évaluation du GCS est essentielle indiquant au personnel hospitalier la gravité des lésions cérébrales. Afin d'évaluer la connaissance du GCS par les médecins à bord des hélicoptères médicalisés en Suisse, nous avons élaboré un questionnaire, contenant dans une première partie des questions sur les connaissances générales du GCS suivi d'un cas clinique. Objectif : Evaluation des connaissances pratiques et théoriques du GCS par les médecins travaillant à bord des hélicoptères médicalisés en Suisse. Méthode : Etude observationnelle prospective et anonymisée à l'aide d'un questionnaire. Evaluation des connaissances générales du GCS et de son utilisation clinique lors de la présentation d'un cas. Résultats : 16 des 18 bases d'hélicoptères médicalisés suisses ont participé à notre étude. 130 questionnaires ont été envoyés et le taux de réponse a été de 79.2%. Les connaissances théoriques du GCS étaient comparables pour tous les médecins indépendamment de leur niveau de formation. Des erreurs dans l'appréciation du cas clinique étaient présentes chez 36.9% des participants. 27.2% ont commis des erreurs dans le score moteur et 18.5% dans le score verbal. Les erreurs ont été répertoriées le plus fréquemment chez les médecins assistants (47.5%, p=0.09), suivi par les chefs de clinique (31.6%, p=0.67) et les médecins installés en cabinet (18.4%, p=1.00). Les médecins cadres ont fait significativement moins d'erreurs que les autres participants (0%, p<0.05). Aucune différence significative n'à été observée entre les différentes spécialités (anesthésie, médecine interne, médecine général et «autres »). Conclusion Même si les connaissances théoriques du GCS sont adéquates parmi les médecins travaillant à bord des hélicoptères médicalisés, des erreurs dans son application clinique sont présentes dans plus d'un tiers des cas. Les médecins avec le moins d'expériences professionnelle font le plus d'erreurs. Au vu de l'importance de l'évaluation correcte du score de Glasgow initial, une amélioration des connaissances est indispensable.

Discovery of new intracellular pathogens by amoebal coculture and amoebal enrichment approaches.

Intracellular pathogens such as legionella, mycobacteria and Chlamydia-like organisms are difficult to isolate because they often grow poorly or not at all on selective media that are usually used to cultivate bacteria. For this reason, many of these pathogens were discovered only recently or following important outbreaks. These pathogens are often associated with amoebae, which serve as host-cell and allow the survival and growth of the bacteria. We intend here to provide a demonstration of two techniques that allow isolation and characterization of intracellular pathogens present in clinical or environmental samples: the amoebal coculture and the amoebal enrichment. Amoebal coculture allows recovery of intracellular bacteria by inoculating the investigated sample onto an amoebal lawn that can be infected and lysed by the intracellular bacteria present in the sample. Amoebal enrichment allows recovery of amoebae present in a clinical or environmental sample. This can lead to discovery of new amoebal species but also of new intracellular bacteria growing specifically in these amoebae. Together, these two techniques help to discover new intracellular bacteria able to grow in amoebae. Because of their ability to infect amoebae and resist phagocytosis, these intracellular bacteria might also escape phagocytosis by macrophages and thus, be pathogenic for higher eukaryotes.

Primary School Survey 2006 - Knowledge and use of Alcohol Cigarettes and Drugs (PDF 565 KB)

Primary School Survey 2006 - Knowledge and use of alcohol, cigarettes and drugs.