Polyamides and polyesters made of bile acids in the main chain

La préparation de polymères à base d’acides biliaires, molécules biologiques, a attiré l'attention des chercheurs en raison des applications potentielles dans les domaines biomédicaux et pharmaceutiques. L’objectif de ce travail est de synthétiser de nouveaux biopolymères dont la chaîne principale est constituée d’unités d’acides biliaires. La polymérisation par étapes a été adoptée dans ce projet afin de préparer les deux principales classes de polymères utilisés en fibres textiles: les polyamides et les polyesters. Des monomères hétéro-fonctionnels à base d’acides biliaires ont été synthétisés et utilisés afin de surmonter le déséquilibre stoechiométrique lors de la polymérisation par étapes. Le dérivé de l’acide lithocholique modifié par une fonction amine et un groupement carboxylique protégé a été polymérisé en masse à températures élevées. Les polyamides obtenus sont très peu solubles dans les solvants organiques. Des polyamides et des polyesters solubles en milieu organique ont pu être obtenus dans des conditions modérées en utilisant l’acide cholique modifié par des groupements azide et alcyne. La polymérisation a été réalisée par cycloaddition azoture-alcyne catalysée par l'intermédiaire du cuivre(Ι) avec deux systèmes catalytiques différents, le bromure de cuivre(I) et le sulfate de cuivre(II). Seul le bromure de cuivre(Ι) s’est avéré être un catalyseur efficace pour le système, permettant la préparation des polymères avec un degré de polymérisation égale à 50 et une distribution monomodale de masse moléculaire (PDI ˂ 1.7). Les polymères synthétisés à base d'acide cholique sont thermiquement stables (307 °C ≤ Td ≤ 372 °C) avec des températures de transition vitreuse élevées (137 °C ≤ Tg ≤ 167 °C) et modules de Young au-dessus de 280 MPa, dépendamment de la nature chimique du lien.

The Role of Specific Amino Acids in the Formation of Ternary Complexes in Nitrogenase Regulation in the Photosynthetic Bacterium Rhodobacter capsulatus

L'azote est l'un des éléments les plus essentiels dans le monde pour les êtres vivants, car il est essentiel pour la production des éléments de base de la cellule, les acides aminés, les acides nucléiques et les autres constituants cellulaires. L’atmosphère est composé de 78% d'azote gazeux, une source d'azote inutilisable par la plupart des organismes à l'exception de ceux qui possèdent l’enzyme nitrogénase, tels que les bactéries diazotrophique. Ces micro-organismes sont capables de convertir l'azote atmosphérique en ammoniac (NH3), qui est l'une des sources d'azote les plus préférables. Cette réaction exigeant l’ATP, appelée fixation de l'azote, est catalysée par une enzyme, nitrogénase, qui est l'enzyme la plus importante dans le cycle de l'azote. Certaines protéines sont des régulateurs potentiels de la synthèse de la nitrogénase et de son activité; AmtB, DraT, DraG, les protéines PII, etc.. Dans cette thèse, j'ai effectué diverses expériences afin de mieux comprendre leurs rôles détailés dans Rhodobacter capsulatus. La protéine membranaire AmtB, très répandue chez les archaea, les bactéries et les eucaryotes, est un membre de la famille MEP / Amt / Rh. Les protéines AmtB sont des transporteurs d'ammonium, importateurs d'ammonium externe, et ont également été suggéré d’agir comme des senseurs d'ammonium. Il a été montré que l’AmtB de Rhodobacter capsulatus fonctionne comme un capteur pour détecter la présence d'ammonium externe pour réguler la nitrogénase. La nitrogénase est constituée de deux métalloprotéines nommées MoFe-protéine et Fe-protéine. L'addition d'ammoniaque à une culture R. capsulatus conduit à une série de réactions qui mènent à la désactivation de la nitrogénase, appelé "nitrogénase switch-off". Une réaction critique dans ce processus est l’ajout d’un groupe ADP-ribose à la Fe-protéine par DraT. L'entrée de l'ammoniac dans la cellule à travers le pore AmtB est contrôlée par la séquestration de GlnK. GlnK est une protéine PII et les protéines PII sont des protéines centrales dans la régulation du métabolisme de l'azote. Non seulement la séquestration de GlnK par AmtB est importante dans la régulation nitrogénase, mais la liaison de l'ammonium par AmtB ou de son transport partiel est également nécessaire. Les complexes AmtB-GlnK sont supposés de lier DraG, l’enzyme responsable pour enlever l'ADP-ribose ajouté à la nitrogénase par DraT, ainsi formant un complexe ternaire. Dans cette thèse certains détails du mécanisme de transduction du signal et de transport d'ammonium ont été examinés par la génération et la caractérisation d’un mutant dirigé, RCZC, (D335A). La capacité de ce mutant, ainsi que des mutants construits précédemment, RCIA1 (D338A), RCIA2 (G344C), RCIA3 (H193E) et RCIA4 (W237A), d’effectuer le « switch-off » de la nitrogénase a été mesurée par chromatographie en phase gazeuse. Les résultats ont révélé que tous les résidus d'acides aminés ci-dessus ont un rôle essentiel dans la régulation de la nitrogénase. L’immunobuvardage a également été effectués afin de vérifier la présence de la Fe-protéine l'ADP-ribosylée. D335, D388 et W237 semblent être cruciales pour l’ADP-ribosylation, puisque les mutants RCZC, RCIA1 et RCIA4 n'a pas montré de l’ADP-ribosylation de la Fe-protéine. En outre, même si une légère ADP-ribosylation a été observée pour RCIA2 (G344C), nous le considérons comme un résidu d'acide aminé important dans la régulation de la nitrogénase. D’un autre coté, le mutant RCIA3 (H193E) a montré une ADP-ribosylation de la Fe-protéine après un choc d'ammonium, par conséquent, il ne semble pas jouer un rôle important dans l’ADP-ribosylation. Par ailleurs R. capsulatus possède une deuxième Amt appelé AmtY, qui, contrairement à AmtB, ne semble pas avoir des rôles spécifiques. Afin de découvrir ses fonctionnalités, AmtY a été surexprimée dans une souche d’E. coli manquant l’AmtB (GT1001 pRSG1) (réalisée précédemment par d'autres membres du laboratoire) et la formation des complexes AmtY-GlnK en réponse à l'addition d’ammoniac a été examinée. Il a été montré que même si AmtY est en mesure de transporter l'ammoniac lorsqu'il est exprimé dans E. coli, elle ne peut pass’ associer à GlnK en réponse à NH4 +.

Polymères de coordination et éponge cristalline : de nouveaux matériaux pour la conversion de l’énergie solaire et la résolution de la structure cristalline de composés huileux.

Le premier volet de ce travail portera sur l’expérience acquise lors d’un stage d’étude à Tokyo, au Japon, dans le groupe de recherche du Pr. Makoto Fujita, une sommité d’envergure internationale dans le domaine de l’auto-assemblage. En continuité avec les plus récents travaux du Pr. Fujita, des systèmes poreux auto-assemblés présentant des cavités fonctionnalisées ont été développés dans le but d’encapsuler des acides gras afin d’en déterminer la structure cristalline. Ces éponges ont été caractérisées par des techniques courantes telles que la spectroscopie à résonance magnétique nucléaire 1H, 13C{1H} et Cosy, la spectrométrie de masse, l’analyse élémentaire, la microscopie optique infrarouge ainsi que la diffraction des rayons X. Une autre approche employée pour obtenir de meilleures propriétés spectroscopiques fut la synthèse de dendrimères métalliques de génération 0. Un nouveau ligand de type 1,3,5-triazine a été synthétisé par une réaction typique de cyclisation de nitrile en présence catalytique d’hydrure de sodium. Des espèces mono-, bis- et trinucléaire de Ru(II) furent synthétisés ainsi que deux espèces hétérométalliques de Ru(II)/Pt(II) et de Ru(II)/Os(II). Tous les complexes obtenus furent caractérisés par spectroscopie à résonance magnétique nucléaire (1H, 13C{1H} et Cosy) à l’état liquide, par spectroscopie de masse à haute résolution et par analyse élémentaire. La génération de dihydrogène à partir de l’espèce hétérométallique a été étudiée. Les propriétés optiques et électroniques ont été analysées par spectroscopie UV-Vis, par analyse de la luminescence, du temps de vie de luminescence, par des analyses de rendement quantique ainsi que par des analyses de voltampérométrie cyclique à balayage. Finalement, dans le but d’améliorer les propriétés spectroscopiques d’absorption de complexes métalliques, nous avons synthétisé une série de polymères homo- et hétérométalliques, intégrant des ligands de type bis(2,2’:6,2’’-terpyridine). Les complexes générés furent caractérisés par diverses techniques tel que la spectroscopie à résonance magnétique nucléaire (1H, 13C{1H} et Cosy) à l’état liquide, par spectroscopie de masse à haute résolution ainsi que par analyse élémentaire. Les propriétés optiques et électroniques ont été analysées par spectroscopie UV-Vis, par analyse de la luminescence, du temps de vie de luminescence, par des analyses de rendement quantique ainsi que par des analyses de voltampérométrie cyclique à balayage.

Amino acids substitutions in σ1 and μ1 outer capsid proteins of a Vero cell-adapted mammalian orthoreovirus are required for optimal virus binding and disassembly

In a recent study, the serotype 3 Dearing strain of mammalian orthoreovirus was adapted to Vero cells; cells that exhibit a limited ability to support the early steps of reovirus uncoating and are unable to produce interferon as an antiviral response upon infection. The Vero cell-adapted virus (VeroAV) exhibits amino acids substitutions in both the σ1 and μ1 outer capsid proteins but no changes in the σ3 protein. Accordingly, the virus was shown not to behave as a classical uncoating mutant. In the present study, an increased ability of the virus to bind at the Vero cell surface was observed and is likely associated with an increased ability to bind onto cell-surface sialic acid residues. In addition, the kinetics of μ1 disassembly from the virions appears to be altered. The plasmid-based reverse genetics approach confirmed the importance of σ1 amino acids substitutions in VeroAV's ability to efficiently infect Vero cells, although μ1 co-adaptation appears necessary to optimize viral infection. This approach of combining in vitro selection of reoviruses with reverse genetics to identify pertinent amino acids substitutions appears promising in the context of eventual reovirus modification to increase its potential as an oncolytic virus.

Polyunsaturated Fatty Acids (PUFA) Regulate Neurotransmitter Contents in Rat Brain

The effects of feeding of 6-propyllhiouracil (6-I'fU) and potyunsaturatcd fatty acids (I'UFA) independently and ill combination and administration (ip) of a single close of Iriiodothyronine (I',) (2.51ig/IOOg body wl) along with feeding of 6- PTU and PUFA were studied in cal brain. Dopamine (DA), 5-hydroxytryplophan (5-IIl'I'), serolouin (5-Ill), 5-hydioxy indole acetic acid (5-111AA), norepinephrine (NF) :uul ceinephrinn (I?I'l) contenls were assayed in the hypothalannls and ccrc bral cortex regions. It was found that 6-P"l'U Iccding resulted in decrease in dopamine, 5-III', 5 II I I' and 5 IIiAA in both regions. In animals fed wills PUFA followed by adnliuislralion of T,. the I)A level was found normal.

Biochemical Effect of Dicarboxylic Acids on Oxalate Metabolism in Experimental Rats and Studies on Oxalate Degrading Bacteria

The current study is an attempt to find a means of lowering oxalate concentration in individuals susceptible to recurrent calcium oxalate stone disease.The formation of renal stone composed of calcium oxalate is a complex process that remains poorly understood and treatment of idiopathic recurrent stone formers is quite difficult and this area has attracted lots of research workers. The main objective of this work are to study the effect of certain mono and dicarboxylic acids on calcium oxalate crystal growth in vitro, isolation and characterization of oxalate degrading bacteria, study the biochemical effect of sodium glycollate and dicarboxylic acids on oxalate metabolism in experimental stone forming rats and To investigate the effect of dicarboxylic acids on oxalate metabolism in experimental hyperoxaluric rats. Oxalic acid is one of the most highly oxidized organic compound widely distributed in the diets of man and animals, and ingestion of plants that contain high concentration of oxalate may lead to intoxication. Excessive ingestion of dietary oxalate may lead to hyperoxaluria and calcium oxalate stone disease.The formation of calcium oxalate stone in the urine is dependent on the saturation level of both calcium and oxalate. Thus the management of one or both of these ions in individuals susceptible to urolithiasis appears to be important. The control of endogenous oxalate synthesis from its precursors in hyperoxaluric situation is likely to yield beneficial results and can be a useful approach in the medical management of urinary stones. A variety of compounds have been investigated to curtain endogenous oxalate synthesis which is a crucial factor, most of these compounds have not proved to be effective in the in vivo situation and some of them are not free from the toxic effect. The non-operative management of stone disease has been practiced in ancient India in the three famous indigenous systems of medicine, Ayurveda, Unani and Siddha, and proved to be effective.However the efficiency of most of these substances is still questionable and demands further study. Man as well as other mammals cannot metabolize oxalic acid. Excessive ingestion of oxalic acid can arise from oxalate rich food and from its major metabolic precursors, glycollate, glyoxylate and ascorbic acid can lead to an acute oxalate toxicity. Increasedlevels of circulating oxalate, which can result in a variety of diseases including renal failure and oxalate lithiasis. The ability to enzymatically degrade oxalate to less noxious Isubstances, formate and CO2, could benefit a great number of individuals including those afflicted with hyperoxaluria and calcium oxalate stone disease.

Physical and optical properties of phthalocyanine doped inorganic glasses

Physical and optical properties of various free base and metallic phthalocyanine (Pc) doped glass matrix are reported for the first time. Absorption spectral measurements of H2Pc, MnPc, NiPc, CoPc, CuPc, MoOPc, ZnPc and FePc doped borate glass matrix have been made in the 200–1100 nm region and the spectra obtained are analyzed in the 2.1–6.2 eV region to obtain the optical band gap (Eg) and the width of the band tail (Et). Other important optical and physical parameters viz. refractive index (n), molar extinction coefficient ("), density (½), glass transition temperature (Tg), molecular concentration (N ), polaron radius (rp), intermolecular separation (R), molar refractivity (Rm) are also reported

Physical and optical properties of phthalocyanine doped inorganic glasses

Physical and optical properties of various free base and metallic phthalocyanine (Pc) doped glass matrix are reported for the first time. Absorption spectral measurements of H2Pc, MnPc, NiPc, CoPc, CuPc, MoOPc, ZnPc and FePc doped borate glass matrix have been made in the 200–1100 nm region and the spectra obtained are analyzed in the 2.1–6.2 eV region to obtain the optical band gap (Eg) and the width of the band tail (Et). Other important optical and physical parameters viz. refractive index (n), molar extinction coefficient ("), density (½), glass transition temperature (Tg), molecular concentration (N ), polaron radius (rp), intermolecular separation (R), molar refractivity (Rm) are also reported.

Physical and optical properties of phthalocyanine doped inorganic glasses

Physical and optical properties of various free base and metallic phthalocyanine (Pc) doped glass matrix are reported for the first time. Absorption spectral measurements of H2Pc, MnPc, NiPc, CoPc, CuPc, MoOPc, ZnPc and FePc doped borate glass matrix have been made in the 200–1100 nm region and the spectra obtained are analyzed in the 2.1–6.2 eV region to obtain the optical band gap (Eg) and the width of the band tail (Et). Other important optical and physical parameters viz. refractive index (n), molar extinction coefficient ("), density (½), glass transition temperature (Tg), molecular concentration (N ), polaron radius (rp), intermolecular separation (R), molar refractivity (Rm) are also reported.

Salting Coefficients of Fluorobenzoic Acids

The Setschenow parameter and thermodynamic parameters of transfer of 2-, 3- and 4-fluorobenzoic acid from water to salt solution are reported. The data have been rationalized by considering the structure breaking effects of the ions of the salts, the localized hydrolysis model and the internal pressure theory.

Salting coefficient of hydroxybenzoic acids

The Setschenow parameter and thermodynamic parameters of transfer of 2- and 4- hydroxybenzoic acids from water to salt solutions have been reported. The data have been rationalised by considering the structure breaking effects of the ions of the salts, the localized hydrolysis model, the internal pressure theory and the theory of water structure due to Symons.

Salting Coefficients of 2-, 3-, and 4-Methylbenzoic Acids

The Setschenow parameter and thermodynamic parameters of transfer of 2-, 3-, and 4-methylbenzoic acids from water to salt solutions have been reported. The data have been rationalized by considering the structure breaking effects of the ions of the salts, the localized hydrolysis model, and the internal pressure theory.

Thermodynamics of Transfer of Aminobenzoic Acids from Water to Aqueous Salt Solutions

The Setschenow parameter and thermodynamic parameters of transfer of 2- and 4-aminobenzoic acids from water to salt solutions have been reported. The results are discussed in terms of the structure- breaking effects of the ions of the salts, the localized hydrolysis model, and the internal pressure theory.