Microsatellite loci isolation from river buffalo using enriched partial genomic libraries

The extensive use of buffalo in agriculture, especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Brazil presents the largest water buffalo populations in the New World, with 1 1 million heads including swamp and river types. To design rational breeding strategies for optimum utilization and conservation of available genetic variability in the Brazilian buffalo's population, it is essential to understand their genetic architecture and relationship among various breeds. This depends, in part, on the knowledge of their genetic structure based on molecular markers like microsatellites. In the present study, we developed six enriched partial genomic libraries for river buffalo using selective hybridization methods. Genomic DNA was hybridized with six different arrays of repeat motif, 5' biotinylated - (CA)(15), (CT)(15), (AGG)(8), (GAAA)(8), (GATA)(8), (AAAAC)(8) - and bound to streptavidin coated beads. The cloning process generated a total of 1920 recombinant clones. Up to date, 487 were directly sequenced for the presence of repeats, from which 13 have been positive for presence of repeats as follows: 9 for di-nucleotide repeats, 3 for tri-nucleotide repeats and 1 for tetra-nucleotide repeat. PCR primer pairs for the isolated microsatellites are under construction to determine optimum annealing temperature. These microsatellites will be useful for studies involving phylogenetic relationships, genome mapping and genetic diversity analysis within buffalo populations worldwide.

Quasispecies of hepatitis C virus genotype 1 and treatment outcome with Peginterferon and Ribavirin

The majority of patients with chronic hepatitis C fail to respond to antiviral therapy. The genetic basis of this resistance is unknown. The quasispecies nature of HCV may have an important implication concerning viral persistence and response to therapy. The HCV nonstructural 5A (NS5A) protein has been controversially implicated in the inherent resistance of HCV to interferon (IFN) antiviral therapy. To evaluate whether the NS5A quasispecies pre-treatment composition of HCV 1a/1b is related to responsiveness to combined pegylated interferon (PEG-IFN) and Ribavirin therapy, detailed analyses of the complete NS5A were performed. Fifteen full-length NS5A clones were sequenced from 11 pretreatment samples of patients infected with genotype 1 HCV (3 virological sustained responders, 4 non-responders, and 4 end-of-treatment responders). Our study could not show a significant correlation between the mean number of mutations in HCV NS5A before treatment and treatment outcome, and the phylogenetic construction of complete NS5A sequences obtained from all patients failed to show any clustering associated with a specific response pattern. No single amino acid position was associated with different responses to therapy in any of the NS5A regions analyzed, and mutations were clustered downstream the ISDR, primarily in the V3 region. We observed that the CRS and NLS regions of the NS5A protein were conflicting for some variables analyzed, although no significant differences were found. If these two regions can have antagonistic functions, it seems viable that they present different mutation profiles when compared with treatment response. The patient sample that presented the lowest genetic distance values also presented the smallest number of variants, and the most heterogeneous pattern was seen in the end-of-treatment patients. These results suggest that a detailed molecular analysis of the NS5A region on a larger sample size may be necessary for understanding its role in the therapy outcome of HCV 1a/1b infection. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

Gene expression analysis reveals novel altered genes in nasal polyps

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genetic diversity of NS5A protein from hepatitis C virus genotype 3a and its relationship to therapy response

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

SMase II, a new sphingomyelinase D from Loxosceles laeta venom gland: Molecular cloning, expression, function and structural analysis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Respostas fisiológicas ao déficit hídrico em duas cultivares enxertadas de seringueira (RRIM 600 e GT 1) crescidas em campo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Changes in leaf physiology caused by Calacarus heveae (Acari, Eriophyidae) on rubber tree

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Effect of partial crystallization on the mechanical properties and cytotoxicity of bioactive glass from the 3CaO center dot P2O5-SiO2-MgO system

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Obtenção e caracterização de anticorpo monoclonal murino anti-fator VIII da coagulação sangüínea

Entre os avanços da engenharia celular e biotecnologia nas últimas décadas, destaca-se a produção de anticorpos monoclonais murinos (AcMm) utilizados no aprimoramento diagnóstico nas rotinas laboratoriais. A produção de fator VIII de alta pureza sempre foi o desejo e a preocupação das indústrias de hemoderivados para tratamento de pacientes portadores de hemofilia A, porém este produto inexiste no Brasil, sendo necessária sua obtenção no mercado internacional a custos elevados. O trabalho tem por objetivo a produção de AcMm anti-fator VIII humano (FVIII H) através da expansão dos clones e caracterização imunoquímica do anticorpo. Camundongos Balb/c foram imunizados com FVIII H purificado como também proveniente de crioprecipitado e as células esplênicas dos animais foram fusionadas com células mielomatosas murinas segundo o método descrito por Kohler e Milstein para produção de híbridos em cultura. Foram testados 1.983 híbridos dos quais 105 foram submetidos à clonagem. Destes, 39 obtiveram monoclonalidade e 7 destes clones foram caracterizados através de técnicas de immunoblotting. Foram submetidas à purificação por cromatografia três imunoglobulinas de diferentes classes pertencentes aos clones LAMB1-10A1A4, LAMB1-17A1A1 e LAMB1-24A2A1. A imunoglobulina purificada pertencente ao clone LAMB1-10A1A4 foi adsorvida em coluna de imunoafinidade para purificação de concentrado de FVIII proveniente de crioprecipitado plasmático.

Avaliação de populações de possíveis rizobactérias em solos sob espécies florestais

Embora estudos recentes relatem a utilização de RCPC (Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas) no Brasil, raríssimos trabalhos avaliam a presença natural dessas espécies bacterianas no solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de RPCP em duas amostras de solo sob diferentes tipos de manejo, através da construção e do seqüenciamento de bibliotecas de DNA metagenômico. Utilizaram-se oligonucleotídeos específicos para amplificação da região hipervariável do espaço intergênico dos genes ribossomais 16S-23S de DNA extraído de diferentes solos, sob Eucalyptus sp. e sob mata. Os fragmentos obtidos foram inseridos em vetor e clonados. As bibliotecas geraram 495 clones, que foram seqüenciados e identificados através de comparações realizadas pelo software Blast. O solo sob Eucalyptus sp. apresentou maior número de RPCP do que sob mata. Os filos Actinobacteria e Proteobacteria eram maiores no solo sob Eucalyptus sp., estando o filo Firmicutes ausente no solo sob mata. Somente oito espécies diferentes de RPCP foram detectadas: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas gladioli. O trabalho forneceu valiosos dados sobre a presença de RPCP em solos com espécies florestais e sua possível utilização em reflorestamentos, assim como para o melhor conhecimento desses microrganismos nos solos do Brasil.

Seleção de genótipos parentais de acerola com base na divergência genética multivariada

Este trabalho teve por objetivo identificar e selecionar genótipos parentais de acerola (Malpighia emarginata L.) adequadas a programas de melhoramento genético. Nove caracteres quantitativos de maior importância agronômica foram usados para determinação da distância genética e formação de grupos similares de acessos. O agrupamento pelo método de Tocher, a partir das distâncias generalizadas de Mahalanobis, possibilitou a divisão de 14 genótipos em três grupos. Com base na divergência genética e no caráter agronômico-chave (teor de vitamina C), destacaram-se como mais promissores os cruzamentos dos genótipos: AM Mole pertencente ao grupo III, com os genótipos PR AM, N° 18, PR 17, PR 16, Eclipse, AM 22 e Dominga, todos pertencentes ao grupo I.

Bacterial diversity of soil under eucalyptus assessed by 16S rDNA sequencing analysis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Marcadores fAFLP na caracterização de três genótipos de umezeiro selecionados como porta-enxertos para pessegueiro

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Efeito do ácido indolbutírico e época de coleta no enraizamento de estacas semi-lenhosas do cacaueiro

O objetivo do trabalho foi verificar o efeito do ácido indolbutírico (AIB) no enraizamento de estacas do cacaueiro. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, em esquema fatorial 3 x 5 x 2, envolvendo 3 clones (Cepec 2008, CCN 51 e TSH 1188), 5 concentrações de ácido indolbutírico AIB (0; 1.000; 3.000; 6.000 e 9.000 mg kg-1), duas épocas do ano (verão e inverno),, cinco repetições e 10 estacas por parcela. A avaliação do experimento foi realizada 120 dias após o plantio e analisadas as seguintes variáveis: percentagem de sobrevivência (SOB), número de brotações (NB), matéria seca das brotações (MSB), percentagem de estacas enraizadas (ENR), número de raízes (NR) e matéria seca de raízes (MSR). Os fatores época do ano e concentração de AIB apresentaram efeito significativo para as variáveis estudadas quando isolados e em interação com os clones. Os dados obtidos possibilitaram concluir que o valor médio da concentração ideal de AIB (CI) foi de 4.169 mg kg-1 e 3.985 mg kg-1 no verão e inverno, respectivamente. Verificou-se que os clones apresentam diferentes respostas em relação à CI de AIB e época do ano. de modo geral, as CIs no verão foram maiores que no inverno. Os resultados mostraram que a época de plantio e a concentração de AIB influenciaram de maneira mais expressiva na sobrevivência e enraizamento das estacas dos clones Cepec 2008 e CCN 51 e em menor intensidade no clone TSH 1188. Existe uma concentração ideal de AIB para cada um dos clones estudados.

Incompatibilidade somática em Rhizoctonia solani AG-1 IA da soja

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)