Statistical analysis of crystallization database links protein physico-chemical features with crystallization mechanisms.

X-ray crystallography is the predominant method for obtaining atomic-scale information about biological macromolecules. Despite the success of the technique, obtaining well diffracting crystals still critically limits going from protein to structure. In practice, the crystallization process proceeds through knowledge-informed empiricism. Better physico-chemical understanding remains elusive because of the large number of variables involved, hence little guidance is available to systematically identify solution conditions that promote crystallization. To help determine relationships between macromolecular properties and their crystallization propensity, we have trained statistical models on samples for 182 proteins supplied by the Northeast Structural Genomics consortium. Gaussian processes, which capture trends beyond the reach of linear statistical models, distinguish between two main physico-chemical mechanisms driving crystallization. One is characterized by low levels of side chain entropy and has been extensively reported in the literature. The other identifies specific electrostatic interactions not previously described in the crystallization context. Because evidence for two distinct mechanisms can be gleaned both from crystal contacts and from solution conditions leading to successful crystallization, the model offers future avenues for optimizing crystallization screens based on partial structural information. The availability of crystallization data coupled with structural outcomes analyzed through state-of-the-art statistical models may thus guide macromolecular crystallization toward a more rational basis.

Comparative analyses of seven algorithms for copy number variant identification from single nucleotide polymorphism arrays.

Determination of copy number variants (CNVs) inferred in genome wide single nucleotide polymorphism arrays has shown increasing utility in genetic variant disease associations. Several CNV detection methods are available, but differences in CNV call thresholds and characteristics exist. We evaluated the relative performance of seven methods: circular binary segmentation, CNVFinder, cnvPartition, gain and loss of DNA, Nexus algorithms, PennCNV and QuantiSNP. Tested data included real and simulated Illumina HumHap 550 data from the Singapore cohort study of the risk factors for Myopia (SCORM) and simulated data from Affymetrix 6.0 and platform-independent distributions. The normalized singleton ratio (NSR) is proposed as a metric for parameter optimization before enacting full analysis. We used 10 SCORM samples for optimizing parameter settings for each method and then evaluated method performance at optimal parameters using 100 SCORM samples. The statistical power, false positive rates, and receiver operating characteristic (ROC) curve residuals were evaluated by simulation studies. Optimal parameters, as determined by NSR and ROC curve residuals, were consistent across datasets. QuantiSNP outperformed other methods based on ROC curve residuals over most datasets. Nexus Rank and SNPRank have low specificity and high power. Nexus Rank calls oversized CNVs. PennCNV detects one of the fewest numbers of CNVs.

HPV16 antibodies as risk factors for oropharyngeal cancer and their association with tumor HPV and smoking status.

BACKGROUND: Antibodies (Abs) to the HPV16 proteome increase risk for HPV-associated OPC (HPVOPC). The goal of this study was to investigate the association of a panel of HPV16 Abs with risk for OPC as well as the association of these Abs with tumor HPV and smoking status among patients with OPC. METHODS: IgG Abs to the HPV16 antigens E1, E2, E4, E5, E6, E7, L1, L2 were quantified using a programmable ELISA assay. Sera were obtained from 258 OPC patients at diagnosis and 250 healthy controls. HPV16 tumor status was measured by PCR for 137 cases. Multivariable logistic regression was used to calculate odds ratios for the association of HPV16 Abs with risk for OPC. RESULTS: HPV16 E1, E2, E4, E5, E6, E7 and L1-specific IgG levels were elevated in OPC patients compared to healthy controls (p<0.05). After multivariable adjustment, Ab positivity for NE2, CE2, E6, and/or E7 was associated with OPC risk (OR [95% CI], 249.1 [99.3-624.9]). Among patients with OPC, Ab positivity for these antigens was associated with tumor HPV status, especially among never or light smokers (OR [95% CI], 6.5 [2.1-20.1] and OR [95% CI], 17.5 [4.0-77.2], respectively). CONCLUSIONS: Antibodies to HPV16 proteins are associated with increased risk for HPVOPC. Among patients with OPC, HPV16 Abs are associated with tumor HPV status, in particular among HPV positive patients with no or little smoking history.

Comparative analyses of clinical and environmental populations of Cryptococcus neoformans in Botswana.

Cryptococcus neoformans var. grubii (Cng) is the most common cause of fungal meningitis, and its prevalence is highest in sub-Saharan Africa. Patients become infected by inhaling airborne spores or desiccated yeast cells from the environment, where the fungus thrives in avian droppings, trees and soil. To investigate the prevalence and population structure of Cng in southern Africa, we analysed isolates from 77 environmental samples and 64 patients. We detected significant genetic diversity among isolates and strong evidence of geographic structure at the local level. High proportions of isolates with the rare MATa allele were observed in both clinical and environmental isolates; however, the mating-type alleles were unevenly distributed among different subpopulations. Nearly equal proportions of the MATa and MATα mating types were observed among all clinical isolates and in one environmental subpopulation from the eastern part of Botswana. As previously reported, there was evidence of both clonality and recombination in different geographic areas. These results provide a foundation for subsequent genomewide association studies to identify genes and genotypes linked to pathogenicity in humans.

Diagnóstico de la cadena de la nuez de nogal de las provincias de La Rioja y Catamarca : estrategias y tácticas para mejorar su inserción en el comercio internacional

En las últimas dos décadas, el consumidor mundial ha venido modificando sus hábitos de consumo y con ello las industrias debieron adaptarse, pasando de una visión de ofrecer lo que estaban dispuestas a producir, a otra netamente centrada en los deseos de sus clientes. Este hecho tuvo su impacto en los alimentos, manifestado en las exigencias del consumidor respecto a la calidad y origen, entre otros atributos. En este nuevo escenario, las cadenas agroalimentarias han tenido que adaptarse, recurriendo al rediseño de sus transacciones, alineadas vía estructura de gobernancia eficientes. Abordar sus cambios, bajo una concepción sistémica, implicó que debían alcanzar el equilibro básico entre el ambiente institucional, el organizacional y el tecnológico. El objetivo de la presente tesis es realizar un diagnóstico de la cadena de la nuez de nogal del subsistema La Rioja - Catamarca, en vista de proponer estrategias y tácticas de mejora en la inserción del producto en el mercado mundial. Para ello, se emplea el método de Planificación y Gestión Estratégica de los Sistemas Productivos (GESis) y como marco teórico sus cuatro pilares fundamentales: las Netchain; las acciones colectivas en los sistemas productivos; las economías de los costos de transacción y el papel de los contratos; y los modelos de gestión estratégica, planificación estratégica y planes de marketing. El bajo grado de asociación entre productores, las fallas de coordinación entre los actores y la asimetría de la información, contribuyen a que las acciones colectivas no se plasmen en el tejido productivo del subsistema de la nuez de nogal y con ello no se pueda acceder a nichos de mercado externo Premium, donde el sobre pecio llega hasta el 80 por ciento

Fuentes azufradas en cultivos de grano de la Región Pampeana

La presente tesis tuvo como objetivos: i. Evaluar la incidencia de la solubilidad y forma química de fuentes azufradas (azufre elemental y una fuente sulfatada soluble) en las respuestas en el rendimiento de trigo y soja de primera. ii. Analizar la residualidad de la aplicación de las fuentes azufradas en el trigo en el rendimiento de la soja de segunda. Asimismo, como objetivo secundario se planteó evaluar la influencia de variables edáficas y climáticas en las respuestas observadas. Se plantearon dos hipótesis: i. La necesidad de oxidación del azufre elemental (AE) reduce la respuesta y eficiencia de uso del S (EUS) en el cultivo de trigo, comparado con el sulfato de amonio (SA). Por el contrario, ese efecto es de menor magnitud en soja de primera, debido a las condiciones termo - hídricas más favorables. ii. La residualidad de la fertilización del trigo sobre el rendimiento de la soja de segunda, es mayor con el AE micronizado que con el SA. Se realizaron ocho ensayos de campo en trigo/soja 2da y nueve en soja de 1ra, durante dos años consecutivos en sitios ubicados en la Región Pampeana. Los tratamientos fueron: i. testigo (sin agregado de S), ii. fertilización con azufre elemental (AE) micronizado (0-0- 0+95 por ciento de S) en dos niveles de dosis, iii. fertilización con sulfato de amonio granulado (SA, 21-0-0+ 24 por ciento S), también en dos niveles de dosis. Las dosis evaluadas fueron 10 y 30 kg ha-1 de S (año 1) y 15 y 30 kg ha-1 (año 2). La fertilización azufrada afectó significativamente (p menor 0,05) los rendimientos del trigo en cuatro de cinco sitios en el primer año y en todos los sitios durante el segundo año. Las respuestas se ubicaron en el rango de 231 a 857 kg ha-1 en el primer año y entre 702 y 2119 kg ha-1 en el segundo año. No se observaron diferencias en respuesta entre fuentes azufradas (i.e. similar efectividad) o en la eficiencia agronómica del S aplicado (kg de grano kg de S aplicado- 1) en la mayoría de los sitios. Para el conjunto de experimentos, ambos fertilizantes fueron adecuados para proveer SO4 2-al cultivo. Estos resultados permitieron rechazar la hipótesis planteada. Tampoco se detectó efecto significativo de dosis o interacción fuente x dosis en la mayoría de los sitios (p mayor 0,05). La dosis más baja fue suficiente para cubrir la demanda de S del cultivo. Se observó una asociación positiva entre las respuestas y el contenido de MO del suelo y las precipitaciones (macollaje y total del ciclo) e inversa con la disponibilidad de S-SO4 2- a la siembra, aunque con bajo ajuste (R2 medio=0,18). No se detectó asociación entre las respuestas y la temperatura en macollaje o en el ciclo. En los experimentos con soja de 1ra, se observó una baja frecuencia de sitios con respuesta a la fertilización azufrada. En estos sitios, las respuestas fueron de 377-982 kg ha-1 (año 1) y de 151-361 kg ha-1 (año 2) y no se evidenció correlación significativa entre las respuestas y variables climáticas o edáficas en el primer año de evaluación. En el segundo año, las respuestas se correlacionaron en forma inversa con el contenido de S-SO42- inicial (R2=0,63). La eficiencia agronómica del S aplicado fue similar entre las fuentes azufradas durante el primer año y se observó efecto significativo de dosis. La dosis más alta fue más eficiente en proveer S al cultivo. En el segundo año, dependiendo de la localidad, se observaron algunas diferencias de efectividad entre las fuentes azufradas relacionadas con la influencia de variables de sitio. Los efectos residuales en la soja de 2da se observaron en pocos sitios experimentales. Las respuestas fueron de 58-689 (año 1) y de 186-512 kg ha-1 (año 2) y se pudieron asociar en forma inversa con el contenido de S-SO4 2- estimados al inicio del cultivo (R2=0,33). En los sitios con residualidad significativa (p manor 0,05) y con la menor dosis de S aplicada en el trigo antecesor, no se observaron diferencias significativas (p mayor 0,05) en eficiencia agronómica entre fuentes. Por el contrario, con la dosis mas elevada, la eficiencia del S aplicado como AE fue mayor que con SA. Por ello, la hipótesis planteada en el tema de residualidad se acepta, pero parcialmente. Los resultados obtenidos no permitieron determinar un patrón claro de residualidad de las fuentes azufradas en los sitios experimentales.

Desarrollo territorial rural en el norte de Santa Fe : el caso de la feria promocional de Avellaneda

El presente trabajo trata sobre la Feria Promocional de Avellaneda, que funciona desde el año 2002 en la ciudad homónima del norte santafesino y está integrada por pequeños productores agropecuarios. Con esta experiencia se ha contribuido al establecimiento de un canal de comercialización alternativo que es gestionado actualmente por la organización de feriantes, producto del proceso mencionado. El Programa Social Agropecuario (PSA) ha intervenido durante las etapas de creación y posterior funcionamiento de esta feria, sustentándose en dos enfoques: el Desarrollo Rural con Enfoque Territorial y en la Intervención Comunitaria como propuesta metodológica desde la perspectiva de la Educación Popular. Este trabajo tiene por objetivo analizar la experiencia de la Feria Promocional de Avellaneda para la comprensión del proceso de intervención y la generación de lecciones aprendidas. El abordaje metodológico se basa en los principios básicos de una sistematización de experiencias, entendida como un proceso de reflexión participativa efectuado en conjunto con las familias que integran la feria y con los distintos actores locales relacionados con ella: los técnicos del PSA, los funcionarios de la Municipalidad de Avellaneda y los clientes. Finalmente se sintetizan las lecciones aprendidas que se enuncian como un listado de buenas prácticas para ser tenidas en cuenta por otras iniciativas que se propongan desarrollar una actividad similar.

Subsistema agroexportador del mango orgánico fresco peruano - un producto de especialidad

La expansión de la demanda de alimentos a nivel mundial y los nuevos hábitos de consumo centrados en productos saludables, nutritivos, naturales y orgánicos han generado un contexto positivo para el crecimiento del consumo de frutas y hortalizas en general, y del mango orgánico en particular. Por lo que en Perú se ha incrementado las áreas productivas con certificación orgánica para el cultivo de mango, dándole valor agregado apreciado por los clientes externos lo que se justifica con el precio diferenciado que están dispuestos a pagar por este producto. Pasando de ofrecer un producto commodity a un producto de especialidad. Por ello el objetivo de este trabajo es estudiar los factores sobre los que se apalancó crecimiento exportador del mango orgánico desde un enfoque de la nueva economía institucional. Como metodología se utilizó las tres vías de Joskow. Los resultados obtenidos muestran que en los últimos diez años la producción se ha incrementado en más del 100 por ciento, y ha permitido ocupar actualmente el tercer lugar en las exportaciones después de México y Brasil, en Latinoamérica. Este crecimiento está sostenido en las innovaciones del ambiente institucional, con la apertura de mercados como estrategia comercial peruana; en las ventajas comparativas y competitivas logradas en el sector gracias a las inversiones públicas y privadas y la existencia de contratos formales e informales debidamente alineados que generaron un nivel de confianza que reduce la incertidumbre, por ende una disminución de los costos de transacción entre productores-industria-importadores, que en conjunto permiten un crecimiento sustentable.

Plan de marketing Muebles Maldonado

El presente plan de marketing considera el portafolio de MUEBLES MALDONADO S.A.C. empresa que cuenta con el respaldo de más de 22 años de experiencia y trabajo, desarrolla sus actividades en el sector maderero tanto de fabricación como comercialización de muebles teniendo como línea de productos muebles de sala, comedor, dormitorio y accesorios decorativos; perfilado con diseñados novedosos y exclusivos, muebles lanzados al mercado con las mejores maderas (tornillo, pino, caoba) y de la mejor calidad y precios acorde a productos (diseños o modelos). Cuenta con un equipo de personal eficiente y apto tanto en la fabricación de los productos al cual se debe gran parte de sus éxito como en el área de ventas para satisfacer las necesidades y deseos de sus clientes actuales y potenciales en un futuro; teniendo como competencia a las empresas en productos sustitutos y a la competencia directa. Se analiza la situación del mercado para conocer el mercado objetivo y se describe las estrategias del marketing estratégico y operativo para diagnosticar la situación actual del marketing de la empresa MUEBLES MALDONADO. Además, se tienen en cuenta a los principales competidores, las estrategias, los canales de distribución y el análisis de oportunidades y alternativas de los productos

Aplicación anticipada de fósforo : efectos sobre la disponibilidad del nutriente, eficiencia de uso y rendimiento.

Tradicionalmente el P es colocado en la línea de siembra, aunque las cantidades que pueden agregarse son relativamente bajas por razones operativas y riesgos de fitotoxicidad. Las aplicaciones al voleo podrían presentar una menor eficiencia, pero permiten agregar mayores dosis. Localmente existen experiencias que comparan aplicaciones en línea y anticipadas al voleo con una única dosis, pero no hay estudios que evalúen comparativamente las aplicaciones al voleo a la siembra y antes de la siembra con un rango de dosis. El tiempo prolongado de contacto entre el nutriente y el suelo incrementaría los procesos de fijación, aunque esto podría ser compensado por una mayor incorporación. Los objetivos de este trabajo fueron evaluar cambios del P disponible a inicios del ciclo del cultivo de maíz, las respuestas y eficiencias agronómicas y de recuperación del P para las distintas dosis, momentos y formas de aplicación de fertilizante fosforado. Para responder a los objetivos se realizaron tres ensayos de campo en Hapludoles del Partido de Junín y se evaluaron 9 tratamientos: del 0 a 8 corresponden a un factorial con cuatro dosis (10, 20, 30 y 40 kg P ha -1) aplicados al voleo y dos momentos (anticipado -90 días antes de la siembra del maíz- y al momento de la siembra), un testigo y un tratamiento con P en línea (con la dosis de 20 kg P ha-1). Se midieron: contenido de P disponible, biomasa aérea, contenido de P absorbido y rendimiento de maíz. Con la fertilización anticipada hubo una tendencia a menores contenidos de P de 0-5 cm a inicios del ciclo del cultivo, pero no se observaron diferencias en crecimiento de maíz en ningún estado fenológico. No se detectaron diferencias en rendimiento, sin embargo se observó una tendencia a respuestas superiores con las aplicaciones a la siembra sólo con las dosis más altas. Se registraron efectos de las dosis sobre la producción de biomasa aérea, el rendimiento en grano y el contenido de P disponible. Las eficiencias de recuperación (ERP) y eficiencias agronómicas (AE) no difirieron entre momentos de aplicación, sin embargo las EA fueron un 26 por ciento superiores con las aplicaciones a la siembra. Las ERP medias halladas, por el método de la diferencia, fueron de 6,5 por ciento con el cultivo en sexta hoja (V6) y 3,2 por ciento en madurez fisiológica (MF). No se detectaron diferencias según el método de ubicación del P.

Sulfur fertilization technology in the Argentine Pampas Region : a review

p.61-73

Reacción en plántula a oidio Blumeria graminis f. sp. tritici de cultivares de trigo tetraploide, cultivares diferenciales y especies emparentadas con trigo

p.111-117