PocketMatch (version 2.0): A parallel algorithm for the detection of structural similarities between protein ligand binding-sites

Knowledge of protein-ligand interactions is essential to understand several biological processes and important for applications ranging from understanding protein function to drug discovery and protein engineering. Here, we describe an algorithm for the comparison of three-dimensional ligand-binding sites in protein structures. A previously described algorithm, PocketMatch (version 1.0) is optimised, expanded, and MPI-enabled for parallel execution. PocketMatch (version 2.0) rapidly quantifies binding-site similarity based on structural descriptors such as residue nature and interatomic distances. Atomic-scale alignments may also be obtained from amino acid residue pairings generated. It allows an end-user to compute database-wide, all-to-all comparisons in a matter of hours. The use of our algorithm on a sample dataset, performance-analysis, and annotated source code is also included.

Advances in the molecular design of potential anticancer agents via targeting of human telomeric DNA

Telomerases are an attractive drug target to develop new generation drugs against cancer. A telomere appears from the chromosomal termini and protects it from double-stranded DNA degradation. A short telomere promotes genomic instability, like end-to-end fusion and regulates the over-expression of the telomere repairing enzyme, telomerase. The telomerase maintains the telomere length, which may lead to genetically abnormal situations, leading to cancer. Thus, the design and synthesis of an efficient telomerase inhibitor is a viable strategy toward anticancer drugs development. Accordingly, small molecule induced stabilization of the G-quadruplex structure, formed by the human telomeric DNA, is an area of contemporary scientific art. Several such compounds efficiently stabilize the G-quadruplex forms of nucleic acids, which often leads to telomerase inhibition. This Feature article presents the discovery and development of the telomere structure, function and evolution in telomere targeted anticancer drug design and incorporates the recent advances in this area, in addition to discussing the advantages and disadvantages in the methods, and prospects for the future.

Aspectos de la vida cotidiana en la colonia judía de Elefantina

Resumen: Este artículo explora aspectos de la vida cotidiana en la colonia judía de Elefantina (siglo V AEC) en la frontera sureste de Egipto. Centrado en la historia de su descubrimiento y publicación, son considerados los orígenes de la colonia, el estatus de sus miembros así como las prácticas religiosas y legales de los colonos judíos tal como lo reflejan sus documentos.

El componente de selección adversa de la horquilla de precios cotizada: una revisión de los modelos de estimación

[ES] Una de las principales preocupaciones en el área de la microestructura del mercado ha sido la estimación de los componentes no observables de la horquilla de precios a partir de las series de datos que proporcionan los mercados financieros, despertando quizá un mayor interés el de selección adversa por la implicaciones que supone la existencia del mismo. Esto ha provocado el desarrollo de numerosos modelos empíricos que, basándose en las propiedades estadísticas de las series de precios, proporcionan dichas estimaciones. La mayor disponibilidad de datos existentes en los mercados ha permitido el desarrollo en los últimos años de modelos basados en técnicas estadísticas más complejas como son el método generalizado de momentos o la metodología VAR y cuya base de partida es la dinámica de la formación del precio, y, en concreto, cómo la información privada de las transacciones se recoge en los nuevos precios cotizados. El objetivo de este trabajo es analizar este último grupo de trabajos, es decir, aquellos modelos de estimación de los componentes de la horquilla basados en la dinámica de la formación de precios que, además de permitir la estimación del componente de selección adversa en series temporales, suponen una herramienta fundamental para analizar el proceso de incorporación de la información a los precios cotizados en los distintos mercados.

Scientific Data Application Profile Scoping Study

This study was undertaken by UKOLN on behalf of the Joint Information Systems Committee (JISC) in the period April to September 2008. Application profiles are metadata schemata which consist of data elements drawn from one or more namespaces, optimized for a particular local application. They offer a way for particular communities to base the interoperability specifications they create and use for their digital material on established open standards. This offers the potential for digital materials to be accessed, used and curated effectively both within and beyond the communities in which they were created. The JISC recognized the need to undertake a scoping study to investigate metadata application profile requirements for scientific data in relation to digital repositories, and specifically concerning descriptive metadata to support resource discovery and other functions such as preservation. This followed on from the development of the Scholarly Works Application Profile (SWAP) undertaken within the JISC Digital Repositories Programme and led by Andy Powell (Eduserv Foundation) and Julie Allinson (RRT UKOLN) on behalf of the JISC. Aims and Objectives 1.To assess whether a single metadata AP for research data, or a small number thereof, would improve resource discovery or discovery-to-delivery in any useful or significant way. 2.If so, then to:a.assess whether the development of such AP(s) is practical and if so, how much effort it would take; b.scope a community uptake strategy that is likely to be successful, identifying the main barriers and key stakeholders. 3.Otherwise, to investigate how best to improve cross-discipline, cross-community discovery-to-delivery for research data, and make recommendations to the JISC and others as appropriate. Approach The Study used a broad conception of what constitutes scientific data, namely data gathered, collated, structured and analysed using a recognizably scientific method, with a bias towards quantitative methods. The approach taken was to map out the landscape of existing data centres, repositories and associated projects, and conduct a survey of the discovery-to-delivery metadata they use or have defined, alongside any insights they have gained from working with this metadata. This was followed up by a series of unstructured interviews, discussing use cases for a Scientific Data Application Profile, and how widely a single profile might be applied. On the latter point, matters of granularity, the experimental/measurement contrast, the quantitative/qualitative contrast, the raw/derived data contrast, and the homogeneous/heterogeneous data collection contrast were discussed. The Study report was loosely structured according to the Singapore Framework for Dublin Core Application Profiles, and in turn considered: the possible use cases for a Scientific Data Application Profile; existing domain models that could either be used or adapted for use within such a profile; and a comparison existing metadata profiles and standards to identify candidate elements for inclusion in the description set profile for scientific data. The report also considered how the application profile might be implemented, its relationship to other application profiles, the alternatives to constructing a Scientific Data Application Profile, the development effort required, and what could be done to encourage uptake in the community. The conclusions of the Study were validated through a reference group of stakeholders.

Z-selective olefin metathesis using chelating ruthenium alkylidene catalysts

Publications about olefin metathesis will generally discuss how the discovery and development of well-defined catalysts to carry out this unique transformation have revolutionized many fields, from natural product and materials chemistry, to green chemistry and biology. However, until recently, an entire manifestation of this methodology had been inaccessible. Except for a few select examples, metathesis catalysts favor the thermodynamic trans- or E-olefin products in cross metathesis (CM), macrocyclic ring closing metathesis (mRCM), ring opening metathesis polymerization (ROMP), and many other types of reactions. Judicious choice of substrates had allowed for the direct synthesis of cis- or Z-olefins or species that could be converted upon further reaction, however the catalyst controlled synthesis of Z-olefins was not possible until very recently.

Research into the structure and stability of metallacyclobutane intermediates has led to the proposal of models to impart Z-selectivity in metathesis reactions. Having the ability to influence the orientation of metallacyclobutane substituents to cause productive formation of Z- double bonds using steric and electronic effects was highly desired. The first successful realization of this concept was by Schrock and Hoveyda et al. who synthesized monoaryloxide pyrolidine (MAP) complexes of tungsten and molybdenum that promoted Z-selective CM. The Z-selectivity of these catalysts was attributed to the difference in the size of the two axial ligands. This size difference influences the orientation of the substituents on the forming/incipient metallacyclobutane intermediate to a cis-geometry and leads to productive formation of Z-olefins. These catalysts have shown great utility in the synthesis of complicated natural product precursors and stereoregular polymers. More recently, ruthenium catalysts capable of promoting Z-selective metathesis have been reported by our group and others. This thesis will discuss the development of ruthenium-based NHC chelated Z-selective catalysts, studies probing their unique metathesis mechanism, and synthetic applications that have been investigated thus far.

Chapter 1 will focus on studies into the stability of NHC chelated complexes and the synthesis of new and improved stable chelating architectures. Chapter 2 will discuss applications of the highly active and Z-selective developed in Chapter 1, including the formation of lepidopteran female sex pheromones using olefin cross metathesis and highly Z- and highly E-macrocycles using macrocyclic ring closing metathesis and Z-selective ethenolysis. Chapter 3 will explore studies into the unique mechanism of olefin metathesis reactions catalyzed by these NHC chelated, highly Z-selective catalysts, explaining observed trends by investigating the stability of relevant, substituted metallacyclobutane intermediates.

Produção in vitro e criopreservação de raízes de Cleome rosea Vahl (Capparaceae)

Cleome rosea é uma espécie nativa, de porte herbáceo, ocorrente em restingas brasileiras. Estudos recentes têm revelado o potencial medicinal da espécie para importantes propriedades farmacológicas, como por exemplo, as atividades anti-inflamatória, antigenotóxica, antiviral e antibacteriana. Porém, nos últimos anos, C. rosea não tem sido encontrada em várias regiões de seu ambiente natural, devido, principalmente, às ações antrópicas. Dessa forma, torna-se relevante o desenvolvimento de métodos de conservação que permitam o estudo e exploração das propriedades medicinais da espécie. O cultivo in vitro de raízes representa uma forma eficiente para produção de biomassa, devido ao rápido crescimento, produção estável de metabólitos, além de representar uma potencial fonte de explantes para a propagação em massa de diferentes espécies. O presente trabalho teve como objetivo a produção in vitro de culturas de raízes de C. rosea, associada à criopreservação, como forma de manutenção em longo prazo das culturas, monitorada através da análise de estabilidade genética. As culturas estabelecidas a partir de explantes radiculares de plantas propagadas in vitro de C. rosea demonstraram excelente capacidade de multiplicação de raízes em meio de cultura suplementado com o fitorregulador ANA, com manutenção dessa capacidade ao longo de sucessivas subculturas. Associado a esses resultados, o estabelecimento de protocolos de criopreservação pelo método de vitrificação resultou em elevados valores de frequência de recuperação do material após congelamento em nitrogênio líquido com as soluções de vitrificação PVS2 e PVS3. Os estudos de monitoramento da estabilidade genética, pela técnica de marcadores moleculares RAPD, revelaram a presença de polimorfismos significativos em uma das três culturas iniciadas a partir de raízes de C. rosea criopreservadas. Esses resultados demonstram as possibilidades de produção de raízes de C. rosea e conservação em longo prazo através da criopreservação, iniciando estudos inéditos para a espécie.

The propagation of nerve pulses: From the Hodgkin-Huxley model to the soliton theory

The present project aims to describe and study the nature and transmission of nerve pulses. First we review a classical model by Hodgkin-Huxley which describes the nerve pulse as a pure electric signal which propagates due to the opening of some time- and voltage-dependent ion channels. Although this model was quite successful when introduced, it fails to provide a satisfactory explanation to other phenomena that occur in the transmission of nerve pulses, therefore a new theory seems to be necessary. The soliton theory is one such theory, which we explain after introducing two topics that are important for its understanding: (i) the lipid melting of membranes, which are found to display nonlinearity and dispersion during the melting transition, and (ii) the discovery and the conditions required for the existence of solitons. In the soliton theory, the pulse is presented as an electromechanical soliton which forces the membrane through the transition while propagating. The action of anesthesia is also explained in the new framework by the melting point depression caused by anesthetics. Finally, we present a comparison between the two models.

Agenda única de saúde: a busca do acesso universal e a garantia do direito à saúde

Este trabalho visa identificar os determinantes da ampliação de demandas judiciais contra os gestores do SUS. Em sua maioria (85%) relacionam-se ao fornecimento de medicamentos e são geradas, no âmbito do Judiciário, pelo entendimento daquele órgão que o Poder Público está descumprindo o direito à saúde constitucionalmente adquirido. Foi realizada uma revisão bibliográfica acerca de sistemas nacionais de saúde com princípios constitutivos básicos semelhantes aos do SUS, tendo sido selecionados o Canadá, Colômbia e Espanha. O objetivo foi observar se àqueles sistemas apresentam as dificuldades experimentadas pelo SUS, ou se existe, no sistema nacional, alguma peculiaridade. Foram analisados os artigos da Constituição de 1988 relativos à saúde, observando-se em vários deles pouca clareza na descrição de conceitos que parecem dar margem a múltiplos entendimentos dos atores envolvidos com a implementação do SUS. Desenvolveuse uma pesquisa quali-quantitativa: o 1 componente foi realizado por meio de entrevistas com atores chave, representantes do Executivo, Legislativo, Judiciário, Órgãos de Classe, Conselhos de Saúde e Gestores. A etapa quantitativa foi realizada a partir da coleta, sistematização e análise de dados acerca das demandas judiciais chegadas aos gestores do SUS localizados no Rio de Janeiro (SMS, SESDEC e NERJ). Os entendimentos dos entrevistados mostraram-se muito distintos e bastante relacionados com seus locais de atuação. Foi observado que o Judiciário, grosso modo, ratifica as prescrições médicas, determinando aos gestores, tornados réus, o fornecimento de produtos de saúde que vão desde os medicamentos essenciais até os de dispensação excepcional e mesmo, algumas substâncias importadas. As liminares não atendem as padronizações definidas pelas Políticas Nacionais de Assistência Farmacêutica, nem as que dizem respeito às relações pactuadas entre os gestores nem a responsabilização existente por nível de gestão. Tais questões têm gerado um tensionamento permanente entre o Executivo da saúde, Judiciário e população, uma vez que o cumprimento das determinações judiciais representa, para o gestor, uma necessidade de realocação orçamentária para a aquisição de medicamentos não planejados, que pode determinar a não realização de ações programáticas prioritárias. Parece que estas ações do Judiciário, ainda que legítimas, não necessariamente favorecem a equidade de acesso ao SUS. Por último, foram definidos 3 núcleos causais para a ampliação das demandas judiciais de saúde: o 1, derivado da pouca clareza de alguns conceitos constitucionais determinada pela falta de consenso político quando dos trabalhos da ANC, que deixaram estas definições para regulamentações posteriores, que não ocorreram; o 2, representado pela não contestação da maior parcela das prescrições médicas, pelo Judiciário, o que parece demonstrar o poder das profissões, medicina e direito, e, a inexistência de regulação do exercício profissional pelo Estado e o 3, determinado pela pouca articulação no SUS entre a gestão financeira e da atenção à saúde, o que parece impedir que os gestores atuem como protagonistas destas situações, deixando de promover articulações entre os Poderes do Estado, Instituições, Órgãos de Classe e a sociedade para definição de estratégias comuns voltadas à resolução dos problemas apontados neste estudo.

Maçonaria e Educação. Contribuições para o ideário republicano

Esta tese tem como objetivo identificar as marcas da Maçonaria no campo educacional brasileiro, no período entre o final do século XIX e início do século XX, até 1930, bem como analisar o conceito maçônico de Ilustração, aplicado ao campo da educação, em contraposição à proposta pedagógica da Igreja Católica. Por meio de estudo da literatura nacional e internacional relativa ao tema, e de manuscritos e fontes impressas da Maçonaria, a saber, leitura das atas das sessões das Lojas Maçônicas e documentos oficiais de divulgação interna emitidos ao longo do período em questão, procedeu-se uma narrativa seqüencial das ações desenvolvidas pelos membros desta instituição, concernentes ao projeto de instaurar uma educação republicana, laica, mista e voltada para o trabalho. Os dados foram compilados e comparados demonstrando a contribuição dada por esta instituição na estruturação da rede escolar republicana do país. A partir da clarificação da trilha das ideias conformadoras do pensamento maçônico pelo mundo, até sua chegada ao Brasil, da análise das biografias de maçons dedicados ao campo educacional nacional, e, fundamentalmente, da descoberta e mapeamento de centenas de escolas criadas e administradas pela maçonaria no período da primeira república, se pode mensurar a atuação da Maçonaria na Educação. Portanto, a tese conclui que estas marcas maçônicas perduram até a contemporaneidade no sistema educacional brasileiro. Assim, espera-se que esta tese tenha contribuído para uma releitura historiográfica das relações entre Educação, Escola, Estado e Sociedade a partir da identificação das possíveis marcas legadas pela Maçonaria no campo da Educação no Brasil.

¿Del estilo paleolítico a la cronología contemporánea?: Una (revisión) nueva versión del arte parietal de la cueva de El Becerral (La Gándara, Cantabria)

Homenaje a Ignacio Barandiarán Maestu / coord. por Javier Fernández Eraso, Juan Santos Yanguas

O impacto das variáveis Cultura e Clima Organizacional na gestão do Capital Intelectual: Um estudo comparativo entre Brasil, Canadá, Irã e Líbano

Este estudo se propôs verificar, o impacto da cultura e clima organizacional na gestão do Capital Intelectual no Brasil, comparativamente com o Canadá, Irã e Líbano. Para isso, realizou-se uma pesquisa descritiva através de questionário, com escala Likert, com trabalhadores em empresas brasileiras e comparou-se com os dados obtidos, em outra pesquisa, para o Canadá, Irã e Líbano. Deste modo, o estudo procura analisar, comparativamente entre os países, os impactos dos componentes de Cultura e Clima e verifica, em quais deles, há impacto mais favorável ou desfavorável para a gestão do Capital Intelectual. Constatou-se que os níveis dos componentes culturais e de clima organizacional atingiram patamares mais elevados no Brasil que no Canadá, Irã e Líbano, indicando que as variáveis Cultura e Clima têm impacto mais favorável para a gestão do Capital Intelectual nas empresas brasileiras. Sugere-se que estudos posteriores possam verificar impactos e influência de outras variáveis como burocracia, educação, etc.

D. Rodrigo de Souza Coutinho e o reformismo ilustrado: manutenção e exploração da América portuguesa no final do século XVIII

A dissertação busca demonstrar como o final do século XVIII português foi marcado por tentativas de estabelecimento de programas de reformas pautadas em estratégias reformistas, no sentido de salvar Portugal da difícil situação social, política econômica em que o mesmo se encontrava. Nesse sentido, destaca a administração de D. Rodrigo de Souza Coutinho, ministro da marinha e do ultramar e teórico da Ilustração luso-brasileira, que teve como proposta manter e explorar a América portuguesa, baseado no mercantilismo ilustrado. A dissertação destaca, ainda, o papel da Academia Real das Ciências de Lisboa, reduto da intelectualidade luso-brasileira, cujo auxílio permitiu que fosse colocada em prática uma exploração renovada e útil das riquezas do Brasil, calcada no ideal de reforma das Luzes.

Uma infraestrutura para monitoramento de sistemas cientes do contexto.

Aplicações ubíquas e pervasivas são cientes do contexto dos recursos utilizados no que diz respeito à disponibilidade e qualidade. Esta classe de aplicações pode se beneficiar de mecanismos para descobrir recursos que atendam aos requisitos não-funcionais desejados, e mecanismos para monitorar a qualidade destes recursos. Neste trabalho é proposta uma arquitetura para dois serviços que deveriam ser incluídos na infra-estrutura de suporte a ser utilizada pelas aplicações mencionadas: um Serviço de Contexto, que provê acesso a informações de contexto, e um Serviço de Descoberta, que permite a descoberta dinâmica de recursos, levando em conta restrições de contexto a serem satisfeitas. Estes serviços se apóiam em Agentes de Recursos, que efetivamente monitoram os recursos e sensores. Uma implementação de referência foi desenvolvida, oferecendo os serviços mencionados na forma de Serviços Web e implementando os Agentes de Recursos empregando um padrão de projeto simples. Para avaliar os serviços estes foram utilizados como infra-estrutura para o desenvolvimento de um sistema tolerante a falhas e uma aplicação de assistência domiciliar remota (tele-saúde). O desempenho dos serviços também foi avaliado.

Exploração de ambientes em jogos eletrônicos

Esta pesquisa parte da observação de uma prática ocorrida em jogos eletrônicos, identificada como exploração de ambientes. Seu objeto são as ações, processos e os contextos que abrigam esta prática posta em movimento pelos jogadores, em associação com os demais agentes que fazem o jogo funcionar. Objetiva-se uma conceituação do comportamento exploratório nos videogames, bem como dos ambientes nos quais ele se concretiza, e do qual é inseparável. Para tanto, fez-se uma divisão em três partes, a procura de redefinir esta prática a partir de perspectivas teóricas distintas. A primeira se refere às particularidades da exploração em ambientes digitais. Demonstra-se como o jogo representa as habilidades que compõem este processo (movimento, navegação, reconhecimento e manipulação), e quais as propriedades comunicativas da exploração no videogame. A segunda expande a mesma reflexão à uma esfera lúdica, em busca da relação entre ludicidade e exploração nos jogos de mundo aberto, além das suas propriedades formais e ficcionais. A última liga a exploração a um processo criativo de invenção e experimentação com as possibilidades do jogo