Evolutionary and structural analyses of heterodimeric proteins composed of subunits with same fold

Heterodimeric proteins with homologous subunits of same fold are involved in various biological processes. The objective of this study is to understand the evolution of structural and functional features of such heterodimers. Using a non-redundant dataset of 70 such heterodimers of known 3D structure and an independent dataset of 173 heterodimers from yeast, we note that the mean sequence identity between interacting homologous subunits is only 23-24% suggesting that, generally, highly diverged paralogues assemble to form such a heterodimer. We also note that the functional roles of interacting subunits/domains are generally quite different. This suggests that, though the interacting subunits/domains are homologous, the high evolutionary divergence characterize their high functional divergence which contributes to a gross function for the heterodimer considered as a whole. The inverse relationship between sequence identity and RMSD of interacting homologues in heterodimers is not followed. We also addressed the question of formation of homodimers of the subunits of heterodimers by generating models of fictitious homodimers on the basis of the 3D structures of the heterodimers. Interaction energies associated with these homodimers suggests that, in overwhelming majority of the cases, such homodimers are unlikely to be stable. Majority of the homologues of heterodimers of known structures form heterodimers (51.8%) and a small proportion (14.6%) form homodimers. Comparison of 3D structures of heterodimers with homologous homodimers suggests that interfacial nature of residues is not well conserved. In over 90% of the cases we note that the interacting subunits of heterodimers are co-localized in the cell. Proteins 2015; 83:1766-1786. (c) 2015 Wiley Periodicals, Inc.

Boron-doped carbon nanoparticles: Size-independent color tunability from red to blue and bioimaging applications

Here, we report the hydrothermal synthesis of boron-doped CNPs (B-CNPs) with different size/atomic percentage of doping and size-independent color tunability from red to blue. The variation of size/atomic percentage of B is achieved by simply varying the reaction time, while the color tunability is obtained by diluting the solution. With dilution, the luminescence spectra are not only blue-shifted, the intensity increases as well. The huge blue-shift in the emission energy (similar to 1 eV) is believed to be due to the increase in the interparticle distance. The quantum yield with optimum dilution is found to increase with boron doping though it is very low as compared to CNPs and nitrogen-doped CNPs. Finally, we show that B-CNPs with a quantum yield of 0.5% can be used for bioimaging applications. (C) 2015 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Quantitative characterization of adhesion and stiffness of corneal lens of Drosophila melanogaster using atomic force microscopy

Atomic force Microscopy (AFM) has become a versatile tool in biology due to its advantage of high-resolution imaging of biological samples close to their native condition. Apart from imaging, AFM can also measure the local mechanical properties of the surfaces. In this study, we explore the possibility of using AFM to quantify the rough eye phenotype of Drosophila melanogaster through mechanical properties. We have measured adhesion force, stiffness and elastic modulus of the corneal lens using AFM. Various parameters affecting these measurements like cantilever stiffness and tip geometry are systematically studied and the measurement procedures are standardized. Results show that the mean adhesion force of the ommatidial surface varies from 36 nN to 16 nN based on the location. The mean stiffness is 483 +/- 5 N/m, and the elastic modulus is 3.4 +/- 0.05 GPa (95% confidence level) at the center of ommatidia. These properties are found to be different in corneal lens of eye expressing human mutant tau gene (mutant). The adhesion force, stiffness and elastic modulus are decreased in the mutant. We conclude that the measurement of surface and mechanical properties of D. melanogaster using AFM can be used for quantitative evaluation of `rough eye' surface. (C) 2015 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Meridional gradients in aerosol vertical distribution over Indian Mainland: Observations and model simulations

Multi-year observations from the network of ground-based observatories (ARFINET), established under the project `Aerosol Radiative Forcing over India' (ARFI) of Indian Space Research Organization and space-borne lidar `Cloud Aerosol Lidar with Orthogonal Polarization' (CALIOP) along with simulations from the chemical transport model `Goddard Chemistry Aerosol Radiation and Transport' (GOCART), are used to characterize the vertical distribution of atmospheric aerosols over the Indian landmass and its spatial structure. While the vertical distribution of aerosol extinction showed higher values close to the surface followed by a gradual decrease at increasing altitudes, a strong meridional increase is observed in the vertical spread of aerosols across the Indian region in all seasons. It emerges that the strong thermal convections cause deepening of the atmospheric boundary layer, which although reduces the aerosol concentration at lower altitudes, enhances the concentration at higher elevations by pumping up more aerosols from below and also helping the lofted particles to reach higher levels in the atmosphere. Aerosol depolarization ratios derived from CALIPSO as well as the GOCART simulations indicate the dominance of mineral dust aerosols during spring and summer and anthropogenic aerosols in winter. During summer monsoon, though heavy rainfall associated with the Indian monsoon removes large amounts of aerosols, the prevailing southwesterly winds advect more marine aerosols over to landmass (from the adjoining oceans) leading to increase in aerosol loading at lower altitudes than in spring. During spring and summer months, aerosol loading is found to be significant, even at altitudes as high as 4 km, and this is proposed to have significant impacts on the regional climate systems such as Indian monsoon. (C) 2015 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Crystal structure of a tripeptide containing aminocyclododecane carboxylic acid: a supramolecular twisted parallel -sheet in crystals

The crystal structure of a tripeptide Boc-Leu-Val-Ac(12)c-OMe (1) is determined, which incorporates a bulky 1-aminocyclododecane-1-carboxylic acid (Ac(12)c) side chain. The peptide adopts a semi-extended backbone conformation for Leu and Val residues, while the backbone torsion angles of the C-,C--dialkylated residue Ac(12)c are in the helical region of the Ramachandran map. The molecular packing of 1 revealed a unique supramolecular twisted parallel -sheet coiling into a helical architecture in crystals, with the bulky hydrophobic Ac(12)c side chains projecting outward the helical column. This arrangement resembles the packing of peptide helices in crystal structures. Although short oligopeptides often assemble as parallel or anti-parallel -sheet in crystals, twisted or helical -sheet formation has been observed in a few examples of dipeptide crystal structures. Peptide 1 presents the first example of a tripeptide showing twisted -sheet assembly in crystals. Copyright (c) 2016 European Peptide Society and John Wiley & Sons, Ltd.

Crystal structure of a tripeptide containing aminocyclododecane carboxylic acid: a supramolecular twisted parallel -sheet in crystals

The crystal structure of a tripeptide Boc-Leu-Val-Ac(12)c-OMe (1) is determined, which incorporates a bulky 1-aminocyclododecane-1-carboxylic acid (Ac(12)c) side chain. The peptide adopts a semi-extended backbone conformation for Leu and Val residues, while the backbone torsion angles of the C-,C--dialkylated residue Ac(12)c are in the helical region of the Ramachandran map. The molecular packing of 1 revealed a unique supramolecular twisted parallel -sheet coiling into a helical architecture in crystals, with the bulky hydrophobic Ac(12)c side chains projecting outward the helical column. This arrangement resembles the packing of peptide helices in crystal structures. Although short oligopeptides often assemble as parallel or anti-parallel -sheet in crystals, twisted or helical -sheet formation has been observed in a few examples of dipeptide crystal structures. Peptide 1 presents the first example of a tripeptide showing twisted -sheet assembly in crystals. Copyright (c) 2016 European Peptide Society and John Wiley & Sons, Ltd.

Evaluación temporal y espacial en el bosque de Pinus oocarpa Schiede y su impacto sobre la fijación de carbono en el municipio de Dipilto

El objetivo de este estudio fue a nalizar el cambio de uso de suelo durante un periodo de 18 años en las áreas de bosque de pino y su influencia en la fijación de bióxido de carbono en el Municipio de Dipilto, Nueva Segovia . Se seleccionaron 3 Fincas : San Martín, El Sarrete y Campofresco que presentaron estados de desarrollo: bosque maduro, bosque joven y bosque en regeneración. Se establecieron 9 parcelas temporales (con predominancia P. oocarpa ), utilizándose una parcela temporal para cada es tado d esarrollo. En cada estado de desarrollo se derribó un árbol tipo, se separó en tallo, ramas y follaje. La mayor par te de biomasa seca se encuentra en la finca San Martin con 99.12 Mg/ha estado en desarrollo maduro , estado en desarrollo joven con 77.70 Mg/ ha y estado en desarrollo regeneración 38.63 Mg/ha . El Factor de expansión de biomasa en San Martin 1.59 esta do en desarrollo regeneración, El Sarrete para el estado en desarrollo maduro 1 .40 y finca Campofresco 1.27 estado desarrollo joven . El total de ca rbono almacenado lo presentó San Martín para el estado en desarrollo maduro con 27.13 Mg/ha , joven 22.06 Mg/ha y estado en desarrollo regeneraci ón con 9.82 Mg/ha . El contenido de carbono en el suelo 826.89 Mg/ha regeneración, 503.96 Mg/ha Joven , 294.55 Mg/ ha maduro en San Martín de 0 a 20 cm de profundidad. En un 38.49 % de esa área se emitieron entre 0 - 15 Mg/ha . Emisiones de 26 - 30 Mg/ha se presentaron en un 17.8 1 % del área. Existe un 48.19 % del área total que fijo rangos de 26 - 30 Mg/ha y un 38. 49 % de las áreas fij aron entre 0 - 15 Mg /ha . Se encontró un balance neto positivo de 2925. 2 1 hectáreas, de las cuales 1981.25 hectáreas fijaron rangos de 26 - 30 Mg/ha, 606.06 hectáre as fijaron en un rango entre 0 - 15 Mg /ha y el rango 16 - 25 Mg/ha 337.89 hect áreas .

Utilización de la resina de neem (Azadirachta indica) como desparasitante externo en el tratamiento del tórsalo (Dermatobia hominis) en bovinos del municipio de Muy Muy, departamento de Matagalpa

El presente estudio se realizó con el objetivo de evaluar la utilización de la Resina de Neem (Azadirachta indica)como desparasitante externo en el tratamiento del tórsalo (Dermatobia hominis)en bovinos del Municipio de Muy Muy, Departamento de Matagalpa. El Municipio de Muy Muy esta ubicado en las Coordenadas 12º45'48" de latitud Norte con 85° 37' 36" de Longitud Oeste, con una altura sobre el nivel del mar de 337.6 metros, una precipitación promedio entre 1400-1800 mm, con una temperatura promedio 24°C., La topografía del terreno en que se ubica el Municipio de MUY MUY, presenta las siguientes características: 32.1% Terrenos Plano, 41.0% Terrenos Ondulados y 26.9% Terrenos Quebrados. Y los tipos de suelos son arcillosos y rocosos. En el trabajo experimental se utilizó un diseño completamen te al azar (D.C.A) el que estuvo compuesto por un lote de 18 animales divididos en 3 grupos, cada grupo formado por 6 animales seleccionadas al azar y sometidas a tratamientos distintos Tratamiento I: Ivermectina al 1%, Tratamiento II: Resina del Neem al 5%. Tratamiento III: Resina de Neem al 10%. Para evaluar la efectividad de los distintos tratamientos se hizo conteos periódicos de tórsalos cada siete días, cuantificando la cantidad de nódulos por animal y región anatómica a los 7, 14, 21, 28, 35, 42, 49, 56 días. La efectividad de todos los tratamientos se observó a partir de los 21 días después de la aplicación. Los tratamientos II y I tuvieron las mejores respuestas en el control, del tórsalo, con un porcentaje de efectividad del 91.6%, y 72.7% respectivamente y con un 62.5% para el tratamiento III. El área anatómica mas afectada fue la del miembro anterior derecho seguido del lateral derecho. Según el análisis del costo de la dosis, se puede decir que la resina de Neem es un desparasita nte económico para los productores.

Utilización de propolina en el control de la mastitis bovina en fincas del municipio de Muy Muy, departamento de Matagalpa

El estudio se realizó con el objetivo de evaluar el efecto de la utilización de propolina en el control de la mastitis bovina en el Municipio de Muy Muy, Departamento de Matagalpa. El Municipio de Muy Muy esta localizado geográficamente a los 12º 45' 48" latitud Norte y 85° 37' 36" Longitud Oeste, a una altitud de 337.6 msnm, con una precipitación anual entre 1400-1800 mm y temperatura promedio de 24°C. La topografía del municipio presenta las siguientes características: 32.1% terrenos plano, 41.0% terrenos ondulados y 26.9% terrenos quebrados. Y con suelos arcillosos y rocosos. 36 animales fuerón utilizados en un diseño completamente al azar (D.C.A) distribuido al eatoriam ente en tres tratamientos. Tratamiento I: Tratamiento testigo (oxitetraciclina), Tratamiento II: Solución al .1.5% de propolina. Tratamiento III: Solución al3% de propolina. Se encontró una prevalencia de mastitis en el hato de 17.46 %, (13.53 % de mastitis subclínica y 4.80 % de mastitis clínica), y el 82.54 %, resultó negativa, el cuarto más afectado fue el Anterior derecho (AD) con 10.04 % de reacción positiva. El tratamiento II alcanza una efectividad del 100 % a los 21 días y el tratamiento I a los 35 días. A través del análisis de costos, se determinó, que es económicamente factible la utilización de la propolina en el control de la mastitis.

Estudio preliminar de la utilización del ajo (Allium sativum L.) como desparasitante interno en terneros menores de un año, en el municipio de Muy Muy, Matagalpa

El presente estudio se realizó con el objetivo de evaluar la Utilización del ajo (Allium sativum L.) como desparasitante en terneros menores de un año en la finca Buenos Aires del Municipio de Muy Muy, Departamento de Matagalpa. El Municipio de Muy Muy esta ubicado en las Coordenadas 12º 45'48" de latitud Norte con 85° 37' 36" de Longitud Oeste, con una altura sobre el nivel del mar de 337.6 metros, una precipitación promedio entre 1400-1800 mm, con una temperatura promedio 24°C. En el trabajo experimental se utilizó un diseño completamente al azar (D.C.A) el que estuvo compuesto por un lote de 15 terneros divididos en 3 grupos, cada grupo formado por 5 animales seleccionados al azar y sometidos a tratamientos distintos, aplicando una sola dosis. Tratamiento I: Ajo al 5%, Tratamiento II: Ajo al 10%. Tratamiento III: Albendazol. Los parásitos gastrointestinales encontrados nematodos fueron los siguientes: de los géneros Strongyloides spp y ,Trichostrungilus spp, el cestodes Moniezia spp y el protozoarios Coccideas spp. Tanto el genero Strongyloides spp y la Moniezi a spp se mantuvieron en niveles leves durante el tiempo, el genero Coccidea spp mantuvo los niveles de moderado hasta los 14 días y paso a los niveles abundante a partir de los 21 días, el género Ttrichostrogylus spp mantuvo los niveles de abundantes durante los 14 y 21 días. Ninguno de los tres tratamiento tuvieron efecto para los géneros Ttrichostrogylus spp y el genero Coccidea spp, pero si para los géneros Strongyloides spp y la Moniezia spp.

High rate deposition of ta-C:H using an electron cyclotron wave resonance plasma source

A compact electron cyclotron wave resonance (ECWR) source has been developed for the high rate deposition of hydrogenated tetrahedral amorphous carbon (ta-C:H). The ECWR provides growth rates of up to 1.5 nm/s over a 4-inch diameter and an independent control of the deposition rate and ion energy. The ta-C:H was deposited using acetylene as the source gas and was characterized as having an sp3 content of up to 77%, plasmon energy of 27 eV, refractive index of 2.45, hydrogen content of about 30%, optical gap of up to 2.1 eV and RMS surface roughness of 0.04 nm. © 1999 Elsevier Science S.A. All rights reserved.

Autorregulación emocional y actitudes ante situaciones de agravio

Este trabajo trata acerca de la evaluación de la influencia de la autorregulación emocional (control de los impulsos y control en situaciones adversas) sobre las actitudes ante situaciones de agravio. La muestra comprendió a 287 adolescentes, de ambos sexos, 114 varones y 173 mujeres, de 15 a 17 años de edad, residentes en la ciudad de Paraná. Los instrumentos utilizados fueron el Cuestionario de Actitudes ante Situaciones de Agravio y el Inventario de Cociente Emocional (Eq-i). Los resultados obtenidos nos muestran que existe una relación negativa entre el control de los impulsos y el control en situaciones adversas, y las actitudes agresivas de venganza, rencor y hostilidad.

El debate “nacionalismo sano” versus “patriotismo republicano”

Teniendo en cuenta la grave crisis política, económica y social que persiste en gran parte de los países de Latinoamérica, la discusión acerca de qué proyecto de Nación queremos continúa vigente y debería seguir discutiéndose. El artículo se propone contribuir a profundizar y enriquecer esta discusión a partir de una recuperación y abordaje crítico del debate iniciado por un grupo de intelectuales argentinos entre la perspectiva del “patriotismo republicano” y los defensores del “nacionalismo sano”. Según se sostiene, ambos enfoques no son necesariamente incompatibles, pudiendo complementarse entre sí a partir de un orden prioritario.