Comparison of five methods for oxacillin susceptibility testing of Staphylococcus aureus isolates from cystic fibrosis patients

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are now a worldwide problem. Cystic fibrosis (CF) patients are commonly colonized and infected by MRSA. Accurate oxacillin susceptibility testing is mandatory for the adequate management of these patients. We performed a comparison of the accuracy of different tests in CF isolates, including methicillin-susceptible S. aureus and MRSA with different SCCmec types, and using the mecA gene as the gold-standard. The sensitivity and specificity of oxacillin disc, Etest, and oxacillin agar screening plate were 100%. Sensitivity of the cefoxitin disc was 85% and specificity was 100%. For clinically relevant isolates, laboratories may consider the use of a combination of two phenotypic methods.

Brachial Plexus Morphology and Vascular Supply in the Wistar Rat

Introduction: The rat is probably the animal species most widely used in experimental studies on nerve repair. The aim of this work was to contribute to a better understanding of the morphology and blood supply of the rat brachial plexus. Material and Methods: Thirty adult rats were studied regarding brachial plexus morphology and blood supply. Intravascular injection and dissection under an operating microscope, as well as light microscopy and scanning electron microscopy techniques were used to define the microanatomy of the rat brachial plexus and its vessels. Results: The rat brachial plexus was slightly different from the human brachial plexus. The arterial and venous supply to the brachial plexus plexus was derived directly or indirectly from neighboring vessels. These vessels formed dense and interconnected plexuses in the epineurium, perineurium, and endoneurium. Several brachial plexus components were accompanied for a relatively long portion of their length by large and constant blood vessels that supplied their epineural plexus, making it possible to raise these nerves as flaps. Discussion: The blood supply to the rat brachial plexus is not very different from that reported in humans, making the rat a useful animal model for the experimental study of peripheral nerve pathophysiology and treatment. Conclusion: Our results support the homology between the rat and the human brachial plexus in terms of morphology and blood supply. This work suggests that several components of the rat brachial plexus can be used as nerve flaps, including predominantly motor, sensory or mixed nerve fibers. This information may facilitate new experimental procedures in this animal model.

Evaluation of three different DNA extraction methods from blood samples collected in dried filter paper in Plasmodium subpatent infections from the Amazon region in Brazil

Asymptomatic Plasmodium infection is a new challenge for public health in the American region. The polymerase chain reaction (PCR) is the best method for diagnosing subpatent parasitemias. In endemic areas, blood collection is hampered by geographical distances and deficient transport and storage conditions of the samples. Because DNA extraction from blood collected on filter paper is an efficient method for molecular studies in high parasitemic individuals, we investigated whether the technique could be an alternative for Plasmodium diagnosis among asymptomatic and pauciparasitemic subjects. In this report we compared three different methods (Chelex®-saponin, methanol and TRIS-EDTA) of DNA extraction from blood collected on filter paper from asymptomatic Plasmodium-infected individuals. Polymerase chain reaction assays for detection of Plasmodium species showed the best results when the Chelex®-saponin method was used. Even though the sensitivity of detection was approximately 66% and 31% for P. falciparum and P. vivax, respectively, this method did not show the effectiveness in DNA extraction required for molecular diagnosis of Plasmodium. The development of better methods for extracting DNA from blood collected on filter paper is important for the diagnosis of subpatent malarial infections in remote areas and would contribute to establishing the epidemiology of this form of infection.

Exploraty Multivariate Statistical Methods Applied to Pharmaceutical Industry CRM Data

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Aplicação de um método de correlação de imagem para a determinação da tenacidade à fratura em corte de adesivos estruturais

Qualquer estrutura hoje em dia deve ser resistente, robusta e leve, o que aumentou o interesse industrial e investigação nas ligações adesivas, nomeadamente pela melhoria das propriedades de resistência e fratura dos materiais. Com esta técnica de união, o projeto de estruturas pode ser orientado para estruturas mais leves, não só em relação à economia direta de peso relativamente às juntas aparafusas ou soldadas, mas também por causa da flexibilidade para ligar materiais diferentes. Em qualquer área da indústria, a aplicação em larga escala de uma determinada técnica de ligação supõe que estão disponíveis ferramentas confiáveis para o projeto e previsão da rotura. Neste âmbito, Modelos de Dano Coesivo (MDC) são uma ferramenta essencial, embora seja necessário estimar as leis MDC do adesivo à tração e corte para entrada nos modelos numéricos. Este trabalho avalia o valor da tenacidade ao corte (GIIC) de juntas coladas para três adesivos com ductilidade distinta. O trabalho experimental consiste na caracterização à fratura ao corte da ligação adesiva por métodos convencionais e pelo Integral-J. Além disso, pelo integral-J, é possível definir a forma exata da lei coesiva. Para o integral-J, é utilizado um método de correlação de imagem digital anteriormente desenvolvido para a avaliação do deslocamento ao corte do adesivo na extremidade da fenda (δs) durante o ensaio, acoplado a uma sub-rotina em Matlab® para a extração automática de δs. É também apresentado um trabalho numérico para avaliar a adequabilidade de leis coesivas triangulares aproximadas em reproduzir as curvas força-deslocamento (P-δ) experimentais dos ensaios ENF. Também se apresenta uma análise de sensibilidade para compreender a influência dos parâmetros coesivos nas previsões numéricas. Como resultado deste trabalho, foram estimadas experimentalmente as leis coesivas de cada adesivo pelo método direto, e numericamente validadas, para posterior previsão de resistência em juntas adesivas. Em conjunto com a caraterização à tração destes adesivos, é possível a previsão da rotura em modo-misto.

EVALUATION OF FOUR DIFFERENT DNA EXTRACTION METHODS IN COAGULASE-NEGATIVE STAPHYLOCOCCI CLINICAL ISOLATES

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.

Scalable Intelligence for Scheduling Systems

A personalização é um aspeto chave de uma interação homem-computador efetiva. Numa era em que existe uma abundância de informação e tantas pessoas a interagir com ela, de muitas maneiras, a capacidade de se ajustar aos seus utilizadores é crucial para qualquer sistema moderno. A criação de sistemas adaptáveis é um domínio bastante complexo que necessita de métodos muito específicos para ter sucesso. No entanto, nos dias de hoje ainda não existe um modelo ou arquitetura padrão para usar nos sistemas adaptativos modernos. A principal motivação desta tese é a proposta de uma arquitetura para modelação do utilizador que seja capaz de incorporar diferentes módulos necessários para criar um sistema com inteligência escalável com técnicas de modelação. Os módulos cooperam de forma a analisar os utilizadores e caracterizar o seu comportamento, usando essa informação para fornecer uma experiência de sistema customizada que irá aumentar não só a usabilidade do sistema mas também a produtividade e conhecimento do utilizador. A arquitetura proposta é constituída por três componentes: uma unidade de informação do utilizador, uma estrutura matemática capaz de classificar os utilizadores e a técnica a usar quando se adapta o conteúdo. A unidade de informação do utilizador é responsável por conhecer os vários tipos de indivíduos que podem usar o sistema, por capturar cada detalhe de interações relevantes entre si e os seus utilizadores e também contém a base de dados que guarda essa informação. A estrutura matemática é o classificador de utilizadores, e tem como tarefa a sua análise e classificação num de três perfis: iniciado, intermédio ou avançado. Tanto as redes de Bayes como as neuronais são utilizadas, e uma explicação de como as preparar e treinar para lidar com a informação do utilizador é apresentada. Com o perfil do utilizador definido torna-se necessária uma técnica para adaptar o conteúdo do sistema. Nesta proposta, uma abordagem de iniciativa mista é apresentada tendo como base a liberdade de tanto o utilizador como o sistema controlarem a comunicação entre si. A arquitetura proposta foi desenvolvida como parte integrante do projeto ADSyS - um sistema de escalonamento dinâmico - utilizado para resolver problemas de escalonamento sujeitos a eventos dinâmicos. Possui uma complexidade elevada mesmo para utilizadores frequentes, daí a necessidade de adaptar o seu conteúdo de forma a aumentar a sua usabilidade. Com o objetivo de avaliar as contribuições deste trabalho, um estudo computacional acerca do reconhecimento dos utilizadores foi desenvolvido, tendo por base duas sessões de avaliação de usabilidade com grupos de utilizadores distintos. Foi possível concluir acerca dos benefícios na utilização de técnicas de modelação do utilizador com a arquitetura proposta.

Parallelization of web processing services on cloud computing: A case study of Geostatistical Methods

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

EVALUATION OF METHODS IN DETECTING VANCOMYCIN MIC AMONG MRSA ISOLATES AND THE CHANGES IN ACCURACY RELATED TO DIFFERENT MIC VALUES

INTRODUCTION: Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) presenting reduced susceptibility to vancomycin has been associated to therapeutic failure. Some methods used by clinical laboratories may not be sufficiently accurate to detect this phenotype, compromising results and the outcome of the patient. OBJECTIVES: To evaluate the performance of methods in the detection of vancomycin MIC values among clinical isolates of MRSA. MATERIAL AND METHODS: The Vancomycin Minimal Inhibitory Concentration was determined for 75 MRSA isolates from inpatients of Mãe de Deus Hospital, Porto Alegre, Brazil. The broth microdilution (BM) was used as the gold-standard technique, as well as the following methods: E-test® strips (BioMérieux), M.I.C.E® strips (Oxoid), PROBAC® commercial panel and the automated system MicroScan® (Siemens). Besides, the agar screening test was carried out with 3 µg/mL of vancomycin. RESULTS: All isolates presented MIC ≤ 2 µg/mL for BM. E-test® had higher concordance (40%) in terms of global agreement with the gold standard, and there was not statistical difference among E-test® and broth microdilution results. PROBAC® panels presented MICs, in general, lower than the gold-standard panels (58.66% major errors), while M.I.C.E.® MICs were higher (67.99% minor errors). CONCLUSIONS: For the population of MRSA in question, E-test® presented the best performance, although with a heterogeneous accuracy, depending on MIC values.

ENTEROPATHOGENS DETECTED IN A DAYCARE CENTER, SOUTHEASTERN BRAZIL: BACTERIA, VIRUS, AND PARASITE RESEARCH

Introduction: The objective of this study was to determine the prevalence and etiological profile of enteropathogens in children from a daycare center. Methods: From October 2010 to February 2011 stool samples from 100 children enrolled in a government daycare center in the municipality of São José do Rio Preto, in the state of São Paulo, were collected and analyzed. Results: A total of 246 bacteria were isolated in 99% of the fecal samples; 129 were in the diarrheal group and 117 in the non-diarrheal group. Seventy-three strains of Escherichia coli were isolated, 19 of Enterobacter, one of Alcaligenes and one of Proteus. There were 14 cases of mixed colonization with Enterobacter and E. coli. Norovirus and Astrovirus were detected in children with clinical signs suggestive of diarrhea. These viruses were detected exclusively among children residing in urban areas. All fecal samples were negative for the presence of the rotavirus species A and C. The presence of Giardia lamblia, Entamoeba coli, Endolimax nana and hookworm was observed. A significant association was found between food consumption outside home and daycare center and the presence of intestinal parasites. Conclusions: For children of this daycare center, intestinal infection due to pathogens does not seem to have contributed to the occurrence of diarrhea or other intestinal symptoms. The observed differences may be due to the wide diversity of geographical, social and economic characteristics and the climate of Brazil, all of which have been reported as critical factors in the modulation of the frequency of different enteropathogens.

COMPARISON BETWEEN FOUR USUAL METHODS OF IDENTIFICATION OF Candida SPECIES

SUMMARY Infection by Candidaspp. is associated with high mortality rates, especially when treatment is not appropriate and/or not immediate. Therefore, it is necessary to correctly identify the genus and species of Candida. The aim of this study was to compare the identification of 89 samples of Candida spp. by the manual methods germ tube test, auxanogram and chromogenic medium in relation to the ID 32C automated method. The concordances between the methods in ascending order, measured by the Kappa index were: ID 32C with CHROMagar Candida(κ = 0.38), ID 32C with auxanogram (κ = 0.59) and ID 32C with germ tube (κ = 0.9). One of the species identified in this study was C. tropicalis,which demonstrated a sensitivity of 46.2%, a specificity of 95.2%, PPV of 80%, NPV of 81.1%, and an accuracy of 80.9% in tests performed with CHROMagar Candida;and a sensitivity of 76.9%, a specificity of 96.8%, PPV of 90.9%, NPV of 91%, and an accuracy of 91% in the auxanogram tests. Therefore, it is necessary to know the advantages and limitations of methods to choose the best combination between them for a fast and correct identification of Candidaspecies.

Localização Ótima de Aparelhos de Corte Normalmente Abertos e Normalmente Fechados em Redes de Distribuição

Tipicamente as redes elétricas de distribuição apresentam uma topologia parcialmente malhada e são exploradas radialmente. A topologia radial é obtida através da abertura das malhas nos locais que otimizam o ponto de operação da rede, através da instalação de aparelhos de corte que operam normalmente abertos. Para além de manterem a topologia radial, estes equipamentos possibilitam também a transferência de cargas entre saídas, aquando da ocorrência de defeitos. As saídas radiais são ainda dotadas de aparelhos de corte que operam normalmente fechados, estes têm como objetivo maximizar a fiabilidade e isolar defeitos, minimizando a área afetada pelos mesmos. Assim, na presente dissertação são desenvolvidos dois algoritmos determinísticos para a localização ótima de aparelhos de corte normalmente abertos e fechados, minimizando a potência ativa de perdas e o custo da energia não distribuída. O algoritmo de localização de aparelhos de corte normalmente abertos visa encontrar a topologia radial ótima que minimiza a potência ativa de perdas. O método é desenvolvido em ambiente Matlab – Tomlab, e é formulado como um problema de programação quadrática inteira mista. A topologia radial ótima é garantida através do cálculo de um trânsito de potências ótimo baseado no modelo DC. A função objetivo é dada pelas perdas por efeito de Joule. Por outro lado o problema é restringido pela primeira lei de Kirchhoff, limites de geração das subestações, limites térmicos dos condutores, trânsito de potência unidirecional e pela condição de radialidade. Os aparelhos de corte normalmente fechados são localizados ao longo das saídas radiais obtidas pelo anterior algoritmo, e permite minimizar o custo da energia não distribuída. No limite é possível localizar um aparelho de corte normalmente fechado em todas as linhas de uma rede de distribuição, sendo esta a solução que minimiza a energia não distribuída. No entanto, tendo em conta que a cada aparelho de corte está associado um investimento, é fundamental encontrar um equilíbrio entre a melhoria de fiabilidade e o investimento. Desta forma, o algoritmo desenvolvido avalia os benefícios obtidos com a instalação de aparelhos de corte normalmente fechados, e retorna o número e a localização dos mesmo que minimiza o custo da energia não distribuída. Os métodos apresentados são testados em duas redes de distribuição reais, exploradas com um nível de tensão de 15 kV e 30 kV, respetivamente. A primeira rede é localizada no distrito do Porto e é caraterizada por uma topologia mista e urbana. A segunda rede é localizada no distrito de Bragança e é caracterizada por uma topologia maioritariamente aérea e rural.

Comparação de técnicas analíticas e numéricas para previsão de resistência de juntas adesivas de sobreposição simples

As juntas adesivas têm vindo a ser usadas em diversas áreas e contam com inúmeras aplicações práticas. Devido ao fácil e rápido fabrico, as juntas de sobreposição simples (JSS) são um tipo de configuração bastante comum. O aumento da resistência, a redução de peso e a resistência à corrosão são algumas das vantagens que este tipo de junta oferece relativamente aos processos de ligação tradicionais. Contudo, a concentração de tensões nas extremidades do comprimento da ligação é uma das principais desvantagens. Existem poucas técnicas de dimensionamento precisas para a diversidade de ligações que podem ser encontradas em situações reais, o que constitui um obstáculo à utilização de juntas adesivas em aplicações estruturais. O presente trabalho visa comparar diferentes métodos analíticos e numéricos na previsão da resistência de JSS com diferentes comprimentos de sobreposição (LO). O objectivo fundamental é avaliar qual o melhor método para prever a resistência das JSS. Foram produzidas juntas adesivas entre substratos de alumínio utilizando um adesivo époxido frágil (Araldite® AV138), um adesivo epóxido moderadamente dúctil (Araldite® 2015), e um adesivo poliuretano dúctil (SikaForce® 7888). Consideraram-se diferentes métodos analíticos e dois métodos numéricos: os Modelos de Dano Coesivo (MDC) e o Método de Elementos Finitos Extendido (MEFE), permitindo a análise comparativa. O estudo possibilitou uma percepção crítica das capacidades de cada método consoante as características do adesivo utilizado. Os métodos analíticos funcionam apenas relativamente bem em condições muito específicas. A análise por MDC com lei triangular revelou ser um método bastante preciso, com excepção de adesivos que sejam bastante dúcteis. Por outro lado, a análise por MEFE demonstrou ser uma técnica pouco adequada, especialmente para o crescimento de dano em modo misto.

Comparison of Methods and Co-Registration Maps of EEG and fMRI in Occipital Lobe Epilepsy

Clinically childhood occipital lobe epilepsy (OLE) manifests itself with distinct syndromes. The traditional EEG recordings have not been able to overcome the difficulty in correlating the ictal clinical symptoms to the onset in particular areas of the occipital lobes. To understand these syndromes it is important to map with more precision the epileptogenic cortical regions in OLE. Experimentally, we studied three idiopathic childhood OLE patients with EEG source analysis and with the simultaneous acquisition of EEG and fMRI, to map the BOLD effect associated with EEG spikes. The spatial overlap between the EEG and BOLD results was not very good, but the fMRI suggested localizations more consistent with the ictal clinical manifestations of each type of epileptic syndrome. Since our first results show that by associating the BOLD effect with interictal spikes the epileptogenic areas are mapped to localizations different from those calculated from EEG sources and that by using different EEG/fMRI processing methods our results differ to some extent, it is very important to compare the different methods of processing the localization of activation and develop a good methodology for obtaining co-registration maps of high resolution EEG with BOLD localizations.

COMPARISON OF PERMANENT STAINING METHODS FOR THE LABORATORY DIAGNOSIS OF TRICHOMONIASIS

Trichomonas vaginalis is the etiologic agent of trichomoniasis, the most common non-viral sexually transmitted disease (STD) in the world. The diagnosis is based on wet mount preparation and direct microscopy on fixed and stained clinical specimens. The aim of this study was to compare the performance of different fixing and staining techniques used in the detection of T. vaginalis in urine. The smears were fixed and submitted to different methods of permanent staining and then, the morphological aspects of the parasites were analyzed and compared. The Papanicolaou staining with ethanol as the fixative solution showed to be the best method of permanent staining. Our data suggest that staining techniques in association with wet mount examination of fresh specimens contribute to increase the sensitivity in the diagnosis of trichomoniasis.