Evaluation of the chicken transcriptome by SAGE of B cells and the DT40 cell line

Background: The understanding of whole genome sequences in higher eukaryotes depends to a large degree on the reliable definition of transcription units including exon/intron structures, translated open reading frames (ORFs) and flanking untranslated regions. The best currently available chicken transcript catalog is the Ensembl build based on the mappings of a relatively small number of full length cDNAs and ESTs to the genome as well as genome sequence derived in silico gene predictions.Results: We use Long Serial Analysis of Gene Expression (LongSAGE) in bursal lymphocytes and the DT40 cell line to verify the quality and completeness of the annotated transcripts. 53.6% of the more than 38,000 unique SAGE tags (unitags) match to full length bursal cDNAs, the Ensembl transcript build or the genome sequence. The majority of all matching unitags show single matches to the genome, but no matches to the genome derived Ensembl transcript build. Nevertheless, most of these tags map close to the 3' boundaries of annotated Ensembl transcripts.Conclusions: These results suggests that rather few genes are missing in the current Ensembl chicken transcript build, but that the 3' ends of many transcripts may not have been accurately predicted. The tags with no match in the transcript sequences can now be used to improve gene predictions, pinpoint the genomic location of entirely missed transcripts and optimize the accuracy of gene finder software.

Differential Gene Expression between Fall- and Spring-Run Chinook Salmon Assessed by Long Serial Analysis of Gene Expression

Of all Pacific salmonids, Chinook salmon Oncorhynchus tshawytscha display the greatest variability in return times to freshwater. The molecular mechanisms of these differential return times have not been well described. Current methods, such as long serial analysis of gene expression (LongSAGE) and microarrays, allow gene expression to be analyzed for thousands of genes simultaneously. To investigate whether differential gene expression is observed between fall- and spring-run Chinook salmon from California's Central Valley, LongSAGE libraries were constructed. Three libraries containing between 25,512 and 29,372 sequenced tags (21 base pairs/tag) were generated using messenger RNA from the brains of adult Chinook salmon returning in fall and spring and from one ocean-caught Chinook salmon. Tags were annotated to genes using complementary DNA libraries from Atlantic salmon Salmo salar and rainbow trout O. mykiss. Differentially expressed genes, as estimated by differences in the number of sequence tags, were found in all pairwise comparisons of libraries (freshwater versus saltwater = 40 genes; fall versus spring = 11 genes: and spawning versus nonspawning = 51 genes). The gene for ependymin, an extracellular glycoprotein involved in behavioral plasticity in fish, exhibited the most differential expression among the three groupings. Reverse transcription polymerase chain reaction analysis verified the differential expression of ependymin between the fall- and spring-run samples. These LongSAGE libraries, the first reported for Chinook salmon, provide a window of the transcriptional changes during Chinook salmon return migration to freshwater and spawning and increase the amount of expressed sequence data.

Analysis of the folksonomy of freesound

User generated content shared in online communities is often described using collaborative tagging systems where users assign labels to content resources. As a result, a folksonomy emerges that relates a number of tags with the resources they label and the users that have used them. In this paper we analyze the folksonomy of Freesound, an online audio clip sharing site which contains more than two million users and 150,000 user-contributed sound samplescovering a wide variety of sounds. By following methodologies taken from similar studies, we compute some metrics that characterize the folksonomy both at the globallevel and at the tag level. In this manner, we are able to betterunderstand the behavior of the folksonomy as a whole, and also obtain some indicators that can be used as metadata for describing tags themselves. We expect that such a methodology for characterizing folksonomies can be useful to support processes such as tag recommendation or automatic annotation of online resources.

Single breath-hold slice-following CSPAMM myocardial tagging.

Myocardial tagging has shown to be a useful magnetic resonance modality for the assessment and quantification of local myocardial function. Many myocardial tagging techniques suffer from a rapid fading of the tags, restricting their application mainly to systolic phases of the cardiac cycle. However, left ventricular diastolic dysfunction has been increasingly appreciated as a major cause of heart failure. Subtraction based slice-following CSPAMM myocardial tagging has shown to overcome limitations such as fading of the tags. Remaining impediments to this technique, however, are extensive scanning times (approximately 10 min), the requirement of repeated breath-holds using a coached breathing pattern, and the enhanced sensitivity to artifacts related to poor patient compliance or inconsistent depths of end-expiratory breath-holds. We therefore propose a combination of slice-following CSPAMM myocardial tagging with a segmented EPI imaging sequence. Together with an optimized RF excitation scheme, this enables to acquire as many as 20 systolic and diastolic grid-tagged images per cardiac cycle with a high tagging contrast during a short period of sustained respiration.

Integración de editores en LdShake

LdShake es una plataforma para apoyar a los profesores en la creación de contenidos educativos creada por el GTI de la UPF. Con esta plataforma los usuarios pueden colaborar conjuntamente para editar documentos y posteriormente publicarlos.En el inicio del proyecto partimos con una versión de LdShake con solo un editor de texto enriquecido. Ahora buscamos incorporar editores específicamente orientados a crear contenidos educativos. Un ejemplo son los editores WebCollage y eXeLearning. Con estos editores se pueden crear contenidos de forma intuitiva.Para ello será necesario analizar los distintos frameworks y las plataformas implicadas. Posteriormente se elaborará un diseño para posibilitar la integración en general un editor externo en LdShake y en particular como esta solución se aplica a los dos editores propuestos. Durante el proceso se verán las dificultades que suponen coordinar las distintas plataformas en que se basan los editores y como condicionan el diseño final.Como resultado obtendremos estos dos editores funcionando dentro de la plataforma LdShake con para que los profesores puedan editor contenidos colaborativamente y hacer uso de todas las funcionalidades propias de LdShake como puedan ser tags, gestión de permisos, publicación de contenidos o historial.

Software CMAP TOOLS® para a construção de mapas conceituais: a avaliação dos estudantes de enfermagem

O mapeamento conceitual (MC) é uma estratégia de ensino que pode ser utilizada para resoluções de casos clínicos, porém de trabalhosa execução manuscrita. O estudo teve por objetivos descrever os desafios e as contribuições do software Cmap Tools® para a construção de mapas conceituais para resolução de caso clínico. Para isso, utilizou-se método descritivo, qualitativo, com estudantes da 3ª série de Graduação em Enfermagem da Universidade Federal de São Paulo. A estratégia de ensino foi aplicada e os dados foram coletados pela técnica do grupo focal. Os resultados evidenciaram que o software facilita e garante a organização, visualização e correlação dos dados, porém com dificuldades iniciais relacionadas ao manejo das ferramentas que dispõe. Concluiu-se que o software Cmap Tools® favoreceu a construção dos MC por seus recursos de formatação e autoformatação e que estratégias de orientação deveriam ser implantadas para a fase inicial de utilização.

CARTA SANITÁRIA DE CABO VERDE

visual de todo o trabalho, apresenta-se um mapa de cada concelho de Cabo Verde, com a tradução gráfica do panorama infra-estrutural de saúde para visualização da cobertura do país

Sistema de Informação Geográfica na Internet para apoio à gestão de Infra-estruturas, baseado em ferramentas Open Source

A gestão de infra-estruturas é um processo de coordenação, avaliação sistemática e manutenção efectiva das infra-estruturas relacionadas com os serviços básicos. A gestão eficaz de infra-estruturas exige que a disposição dos equipamentos no meio urbano seja conhecida, bem como sua relação com o uso do solo. Sendo a gestão de infra-estruturas uma questão de natureza espacial, é natural pensar na utilização de um Sistema de Informação Geográfica como ferramenta com potencial de grande utilidade, pois permite a georreferenciação de dados espaciais e sua interligação com atributos alfanuméricos, para além da realização de análises complexas e a possibilidade de simular diversos cenários de modo a propiciar uma tomada de decisão eficaz. O elevado custo das licenças e a especificidade de utilização a nível técnico, tornam-se obstáculos na criação e manutenção de dados geográficos. Contudo os recentes desenvolvimentos em tecnologias da Internet têm contribuído para o acesso, publicação, exploração e distribuição da Informação Geográfica. A utilização de SIG distribuídos na Internet (WebGIS), nomeadamente na vertente livre, pode ser uma solução adequada visto que coloca funcionalidades de SIG ao alcance de utilizadores, através de um simples browser, sem necessidade de investimentos em relação a software ou mesmo em formação técnica especializada. Assim, com este projecto pretende-se a criação de um sistema de Informação geográfico na Internet, utilizando softwares livres, que disponibiliza toda a informação geográfica e alfanumérica das infra-estruturas construídas e sob a responsabilidade do Ministério das Infra-estruturas e Economia Marítima, permitindo a visualização e a realização de pesquisas e operações de análise.

Caracterização das Comunidades Coralinas da Zona Norte de São Vicente

Os ecossistemas coralinos possuem grande importância ecológica, assim como são cruciais para a cultura, e desenvolvimento socio-económico de um grande número de países com ecossistemas costeiros. Em Cabo Verde os corais ou comunidades relacionadas são pouco conhecidos por conseguinte não se conhece a dimensão da sua importância ecológica e socio-económica. Este estudo, enquadrado no Trabalho Final do Curso de Bacharelato em Biologia Marinha e Pescas ministrado no ISECMAR, tem por objectivos a caracterização das comunidades coralinas das zonas de Salamansa e Baía das Gatas (zona balnear e Farol) bem como a avaliação das actividades antropogénicas nessas zonas. Uma descrição preliminar das zonas foi efectuada, seguida da aplicação de métodos de estimativa de cobertura bentonica, e de censo de peixes e invertebrados. Ainda se efectuou a medição de parâmetros ambientais como sedimentos em suspensão e temperatura. As percentagens de cobertura, e os índices de diversidade e riqueza para cada praia foram calculadas; adicionalmente se efectuaram Análises Cluster para visualização de eventuais semelhanças entre as zonas. Durante 32 horas de mergulho correspondentes a 2000 m de transectos, se identificaram cerca de 50 espécies de peixes, corais e outros invertebrados. Na zona balnear da Baía foi registrada o maior nível de impacto antropogénico geral, enquanto que, na zona de Salamansa se registraram os maiores índices de diversidade. Conclui-se que as comunidades estudadas possuem várias espécies com importância ecológica e comercial. Recomendam-se estudos socio-económicos e ecológicos para se aprofundar os conhecimentos nesses ecossistemas de forma a propor medidas de gestão e conservação eficientes. Recomendam-se também estudos similares a este mas com mais abrangência temporal e espacial de forma a seguir a evolução da biodiversidade das comunidades coralinas no tempo e em outras áreas geográficas significativas em termos de corais em Cabo Verde.

Desenvolvimento de Sistema de Odontologia – Módulo Relatório de Sistema:Odonto Clínica ERP

trabalho descrito neste relatório é sobre desenvolvimento de sistema de informação que possui a função de informatizar uma clínica odontológica de acordo com suas principais necessidades. O sistema, Odonto Clínica ERP é um Projecto desenvolvido na empresa Ada Soluções que tem como objectivo melhorar o atendimento aos pacientes da clínica, garantindo agilidade e facilidade aos seus utilizadores na consulta e documentação de seus serviços. O Odonto Clínica ERP é um sistema simples e eficiente que garante às clínicas odontológicas o controlo e emissão de relatórios de todos os relatórios de sistema. O documento possui informações sobre o sistema, os requisitos do sistema, diagramas para a implementação dos requisitos do sistema e visualização dos conceitos de sistema de informação, descrição da base de dados que armazenará os dados do sistema e sobre a modelação do sistema. Várias abordagens teóricas foram adoptadas para a realização desse sistema, privilegiando os conhecimentos adquiridos durante a formação académica designadamente nas disciplinas de Base de Dados, Desenvolvimento de Aplicação Web, Sistema de Informação, Programação e Desenho e Guião de Conteúdos Web. Para o desenvolvimento desse sistema utilizou-se a plataforma Oracle Application Express 10g com a linguagem de programação PL/SQL, para fazer a modelação desse sistema foi usada a ferramenta Visual Paradigma for UML 6.0. Esse sistema foi dividido em sete módulos, por isso, esse relatório vai focar no módulo Relatório de Sistema.

Desenvolvimento de Sistema de Odontologia –Módulo Contas a Pagar e Receber: Odonto Clínica ERP

O trabalho descrito neste relatório é sobre desenvolvimento de sistema de informação que possui a função de informatizar uma clínica odontológica de acordo com suas principais necessidades. O sistema, Odonto Clínica ERP é um Projecto desenvolvido na empresa Ada Soluções que tem como objectivo melhorar o atendimento aos pacientes da clínica, garantindo agilidade e facilidade aos seus utilizadores na consulta e documentação de seus serviços. O Odonto Clínica ERP, módulo “ contas a pagar e receber” é um sistema simples e eficiente que garante às clínicas odontológicas o controlo de todos os pagamentos efectuados pela clínicas e das contas a receber dos pacientes. O documento possui informações sobre o sistema, os requisitos do sistema, diagramas para a implementação dos requisitos do sistema e visualização dos conceitos de sistema de informação, descrição da base de dados que armazenará os dados do sistema e sobre a modelação do sistema. Várias abordagens teóricas foram adoptadas para a realização desse sistema, privilegiando os conhecimentos adquiridos durante a formação académica. Para o desenvolvimento desse sistema utilizou-se a plataforma Oracle Application Express 10g com a linguagem de programação PL/SQL, e para fazer a modelação do sistema foi usada a ferramenta Visual Paradigm for UML 6.0. Esse sistema foi dividido em sete módulos, por isso, o presente relatório vai focar no módulo de Contas a pagar e receber da clínica.

Identification of a new cancer/testis gene family, CT47, among expressed multicopy genes on the human X chromosome.

Cancer/testis (CT) genes are normally expressed in germ cells only, yet are reactivated and expressed in some tumors. Of the approximately 40 CT genes or gene families identified to date, 20 are on the X chromosome and are present as multigene families, many with highly conserved members. This indicates that novel CT gene families may be identified by detecting duplicated expressed genes on chromosome X. By searching for transcript clusters that map to multiple locations on the chromosome, followed by in silico analysis of their gene expression profiles, we identified five novel gene families with testis-specific expression and >98% sequence identity among family members. The expression of these genes in normal tissues and various tumor cell lines and specimens was evaluated by qualitative and quantitative RT-PCR, and a novel CT gene family with at least 13 copies was identified on Xq24, designated as CT47. mRNA expression of CT47 was found mainly in the testes, with weak expression in the placenta. Brain tissue was the only positive somatic tissue tested, with an estimated CT47 transcript level 0.09% of that found in testis. Among the tumor specimens tested, CT47 expression was found in approximately 15% of lung cancer and esophageal cancer specimens, but not in colorectal cancer or breast cancer. The putative CT47 protein consists of 288 amino acid residues, with a C-terminus rich in alanine and glutamic acid. The only species other than human in which a gene homologous to CT47 has been detected is the chimpanzee, with the predicted protein showing approximately 80% identity in its carboxy terminal region.

Insetos galhadores associados a duas espécies de plantas invasoras de áreas urbanas e peri-urbanas

Os insetos têm sido considerados importantes indicadores de mudanças ambientais e da qualidade de habitats. Apesar de seu hábito séssil, fácil visualização, abundância, e especificidade de hospedeiro, insetos indutores de galhas não têm sido utilizados em estudos desta natureza. Neste estudo foi investigado o uso potencial de insetos galhadores associados a duas espécies de plantas hospedeiras ruderais (Baccharis dracunculifolia e Vernonia polyanthes: Asteraceae) como bioindicadores da qualidade de habitats. Procurou-se responder às seguintes questões: (i) A diversidade de insetos galhadores é afetada pelo tipo de uso e ocupação da paisagem (solo)?; (ii) A resposta das comunidades de insetos galhadores difere entre as duas espécies de plantas hospedeiras?; (iii) A diversidade de insetos galhadores é influenciada por características bióticas e físicas dos biótopo urbanos? Foram coletadas 6.226 galhas, pertinentes a 6 espécies de insetos galhadores associados à V. polyanthes e 11 espécies associadas à B. dracunculifolia. Não foi encontrada nenhuma diferença na riqueza de insetos galhadores entre os biótopos amostrados. No entanto, a abundância de insetos galhadores apresentou diferenças significativas quanto ao tipo de uso e ocupação da paisagem. As galhas foram mais numerosas em biótopos menos urbanizados, sendo observado uma relação forte e positiva com a porcentagem de cobertura vegetal do biótopo. As comunidades de insetos galhadores de ambas as espécies de plantas hospedeiras apresentaram respostas diferenciais quanto ao tipo de uso da paisagem. Os resultados sugerem três fatores que podem estar envolvidos com a diversidade de insetos galhadores em áreas urbanas: (i) estrutura dos habitats num biótopo; (ii) abundância e distribuição espacial do recurso planta hospedeira e; (iii) freqüência e intensidade do manejo de reservas, parques, jardins e terrenos baldios de uma dada área urbana. Constatou-se ainda que áreas verdes em espaços urbanos são de fundamental importância na manutenção da diversidade de insetos.

HTPSELEX--a database of high-throughput SELEX libraries for transcription factor binding sites.

HTPSELEX is a public database providing access to primary and derived data from high-throughput SELEX experiments aimed at characterizing the binding specificity of transcription factors. The resource is primarily intended to serve computational biologists interested in building models of transcription factor binding sites from large sets of binding sequences. The guiding principle is to make available all information that is relevant for this purpose. For each experiment, we try to provide accurate information about the protein material used, details of the wet lab protocol, an archive of sequencing trace files, assembled clone sequences (concatemers) and complete sets of in vitro selected protein-binding tags. In addition, we offer in-house derived binding sites models. HTPSELEX also offers reasonably large SELEX libraries obtained with conventional low-throughput protocols. The FTP site contains the trace archives and database flatfiles. The web server offers user-friendly interfaces for viewing individual entries and quality-controlled download of SELEX sequence libraries according to a user-defined sequencing quality threshold. HTPSELEX is available from ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/htpselex/ and http://www.isrec.isb-sib.ch/htpselex.

SIG Aplicado á Ánálise Espacial dos Assentamentos Comunitários no Parque Natural de Serra Malagueta

A preservação dos ecossistemas e das biodiversidades é atualmente uma preocupação mundial, devido às fortes ameaças de alterações climáticas que vem sendo sofridas a nível do globo. Cabo Verde, não foge à regra, devido a sua localização geográfica, aliadas às alterações climáticas e ações antrópicas, vem sofrendo fortemente a degradação dos seus recursos naturais, em todo o território nacional. Daí a atenção das autoridades Caboverdeanas, na definição e criação de espaços naturais “Áreas Protegidas”, através de regimes e medidas de proteção e preservação. O Parque de Serra Malagueta é uma área protegida com 774 hectares, gerida pela Direção Geral do Ambiente do Ministério do Ambiente Habitação e Ordenamento do Território, cujos objetivos baseiam-se na proteção e preservação das espécies animais e vegetais aí existentes, apostando fortemente numa luta constante que deve envolver as comunidades residentes, desempenhando deste modo, um papel fundamental nessa ação, e portanto torna-se importante o conhecimento dessas comunidades. Constitui o propósito deste trabalho, a aplicação do SIG para análise dos assentamentos comunitários, nas áreas afectas ao PNSM, tendo em vista diversos factores, que interferem na disposição e localização das habitações, produzindo mapas que servem como subsídio a uma gestão sustentável do espaço, tomada de decisões e fazer previsões. Os Sistemas de Informação Geográficas (SIG) sendo a mais moderna ferramenta para análise espacial, servirá como um ótimo suporte para essa análise, pois trata-se de fenómenos Geoespaciais. Definiu-se duas áreas amostrais; Serra Malagueta (Locotano, C. d’Asno, Posto), e Fundura (Fundura, Mato), recorreu-se ao GPS (Map76 S), e uma base cartográfica (Ortofoto mosaico Tif 2008) em papel, para a visualização e coleta dos dados. Foram coletados um total de 418 localizações georreferenciadas do edificado, entre privados habitacionais, públicos e sem definição. Os habitacionais fazem um total de 396 observações, aproximadamente 95% do total dos edifícios coletado