Avaliação da presença de mutações de resistência no gene da NS5B e do prognóstico da infecção pelo HCV através da IL-28B em pacientes monoinfectados com HCV no RJ

Estima-se que a prevalência global da população mundial com hepatite C é de 3%. Pouco se sabe sobre a resposta ao tratamento com respeito à resistência viral. Algumas mutações no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B são associadas com resistência ao interferon (IFN) e ribavirina (RBV). Estudos moleculares e clínicos identificaram fatores associados com o hospedeiro e vírus relacionados associada com a resposta ao tratamento, tal como o gene que codifica a IL-28B. Este estudo foi dividido em duas fases, cujos objetivos foram caracterizar a frequência de mutações que conferem resistência ao HCV e avaliar a relevância das mutações em pacientes Respondedores (R) ou Não Respondedores (NR) ao tratamento e caracterizar geneticamente as populações sobre polimorfismos genéticos nos SNPs da IL-28B em relação ao prognóstico da resposta ao tratamento. As amostras dos pacientes foram submetidas a testes de genotipagem e carga viral. As sequências geradas foram comparadas no BLAST e no banco de dados Los Alamos HCV. Realizamos o alinhamento das sequências homólogas e as mutações identificadas. Com base no genótipo e carga viral determinamos a classificação dos pacientes de acordo com a resposta à terapia. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico para a realização da tipagem de SNPs de IL-28B. A metodologia utilizada foi de PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan SNP específico. A análise dos dados foi realizada utilizando GraphPad Prism com qui-quadrado, risco relativo (RR), Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança de 95%, com um nível de significância de P <0,05. Foi encontrado na primeira fase deste estudo uma taxa significativa mutações associadas ao tratamento nas amostras estudadas. A prevalência de mutações associadas à resistência ao IFN e RBV bem como a novos medicamentos antivirais localizados no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B foi examinado em 69 indivíduos infectados naïve no Rio de Janeiro, Brasil. Na segunda fase, as mutações foram clinicamente relevantes. Desde então, procuramos observar as diferenças entre melhor ou pior prognóstico de acordo com a imunogenética que mostrou diferenciação entre os grupos R e NR ao tratamento em relação ao prognóstico da resposta terapêutica. Quando as diferenças entre as sequências da NS5B e a resposta ao tratamento foram consideradas verificou-se que associada a mutação R254K, estava a C316N que poderia conduzir a uma não resposta à terapia no genótipo 1b. Os nossos dados também suportaram forte associação de IL-28B rs12979860, com elevada probabilidade de resposta à terapia de IFN + RBV. Nossos dados evidenciam a presença de pacientes virgens de tratamento que abrigam mutações de resistência previamente descritas na literatura. A análise dos fatores preditores de resposta virológica mostrou que a predição de boa resposta ou não ao tratamento e ainda da progressão da doença é dependente de uma importante interação entre a genética viral e a do hospedeiro. Fato este importante para que no momento de avaliação de diagnóstico e conduta terapêutica, o médico possa tomar medidas apropriadas para o tratamento de cada paciente individualmente independentemente do genótipo do HCV em questão.

Population structure, long-term connectivity, and effective size of mutton snapper (Lutjanus analis) in the Caribbean Sea and Florida Keys

Genetic structure and average long-term connectivity and effective size of mutton snapper (Lutjanus analis) sampled from offshore localities in the U.S. Caribbean and the Florida Keys were assessed by using nuclear-encoded microsatellites and a fragment of mitochondrial DNA. No significant differences in allele, genotype (microsatellites), or haplotype (mtDNA) distributions were detected; tests of selective neutrality (mtDNA) were nonsignificant after Bonferroni correction. Heuristic estimates of average long-term rate of migration (proportion of migrant individuals/generation) between geographically adjacent localities varied from 0.0033 to 0.0054, indicating that local subpopulations could respond independently of environmental perturbations. Estimates of average longterm effective population sizes varied from 341 to 1066 and differed significantly among several of the localities. These results indicate that over time larval drift and interregional adult movement may not be sufficient to maintain population sustainability across the region and that there may be different demographic stocks at some of the localities studied. The estimate of long-term effective population size at the locality offshore of St. Croix was below the minimum threshold size considered necessary to maintain the equilibrium between the loss of adaptive genetic variance from genetic drift and its replacement by mutation. Genetic variability in mutton snapper likely is maintained at the intraregional level by aggregate spawning and random mating of local populations. This feature is perhaps ironic in that aggregate spawning also renders mutton snapper especially vulnerable to overexploitation.

Estimates of body sizes at maturation and at sex change, and the spawning seasonality and sex ratio of the endemic Hawaiian grouper (Hyporthodus quernus, F. Epinephelidae)

A case study of the reproductive biology of the endemic Hawaiian grouper or hapu’upu’u (Hyporthodus quernus) is presented as a model for comprehensive future studies of economically important epinephelid groupers. Specimens were collected throughout multiple years (1978–81, 1992–93, and 2005–08) from most reefs and banks of the Northwestern Hawaiian Islands. The absence of small males, presence of atretic oocytes and brown bodies in testes of mature males, and both developed ovarian and testicular tissues in the gonads of five transitional fish provided evidence of protogynous hermaphroditism. No small mature males were collected, indicating that Hawaiian grouper are monandrous (all males are sex-changed females). Complementary microscopic criteria also were used to assign reproductive stage and estimate median body sizes (L50) at female sexual maturity and at adult sex change from female to male. The L50 at maturation and at sex change was 580 ±8 (95% confidence interval [CI]) mm total length (TL) and 895 ±20 mm TL, respectively. The adult sex ratio was strongly female biased (6:1). Spawning seasonality was described by using gonadosomatic indices. Females began ripening in the fall and remained ripe through April. A February–June main spawning period that followed peak ripening was deduced from the proportion of females whose ovaries contained hydrated oocytes, postovulatory follicles, or both. Testes weights were not affected by season; average testes weight was only about 0.2% of body weight—an order of magnitude smaller than that for ovaries that peaked at 1–3% of body weight. The species’ reproductive life history is discussed in relation to its management.

Precision estimates and suggested sample sizes for length-frequency data

For most fisheries applications, the shape of a length-frequency distribution is much more important than its mean length or variance. This makes it difficult to evaluate at which point a sample size is adequate. By estimating the coefficient of variation of the counts in each length class and taking a weighted mean of these, a measure of precision was obtained that takes the precision in all length classes into account. The precision estimates were closely associated with the ratio of the sample size to the number of size classes in each sample. As a rule-of-thumb, a minimum sample size of 10 times the number of length classes in the sample is suggested because the precision deteriorates rapidly for smaller sample sizes. In absence of such a rule-of-thumb, samplers have previously under-estimated the required sample size for samples with large fish, while over-sampling small fish of the same species.

Interações do cobre iônico com microalgas verdes

No presente trabalho foram utilizados micro-organismos fotoautotróficos para a bioacumulação de cobre em regime de batelada. Para tal, utilizou-se micro-organismos dos gêneros Ankistrodesmus, Golenkinia, Monoraphidium e Scenedesmus, em função da sua disponibilidade, facilidade de cultivo e diferenças morfológicas. Ensaios preliminares foram realizados utilizando diferentes concentrações de biossorvente, com o intuito de verificar a influência deste fator na eficiência do processo de captação. Os testes realizados em batelada incluíram também o estudo cinético e do equilíbrio, nos quais foi possível verificar que para todos os gêneros testados, o processo de captação do metal em soluções diluídas atingiu o equilíbrio quase instantaneamente. Em soluções de Cu2+ mais concentradas, observou-se diferenças entre os gêneros estudados, no tempo necessário para estabelecimento do equilíbrio. Além disso, observou-se uma alta eficiência no processo de captação de íons Cu2+ em solução por parte dos micro-organismos, com elevada captação de metal por grama de biomassa. As diferenças morfológicas entre os gêneros pareceram não influenciar significativamente a cinética e o equilíbrio do processo. Os ensaios em batelada foram realizados também empregando-se células de Golenkinia imobilizadas em alginato de cálcio, além de testes com o próprio alginato isento de micro-organismos como experimento-controle afim de verificar a influencia da imobilização nos parâmetros cinéticos e na capacidade de captação. A partir dos resultados obtidos nos ensaios em batelada com todos os biossorventes, testou-se em cada caso a aplicação de modelos cinéticos (pseudo 1 e 2 ordem) e modelos de equilíbrio (isoterma de Langmuir e Freundlich). Verificou-se que para o 4 gêneros que empregando-se células livres o modelo cujo os resultados se adequaram melhor foi o de Langmuir, enquanto que para células imobilizadas ambos modelos se mostraram adequados

Caracterização e utilização do resíduo de palha de milho para obtenção de nanocelulose

Esta Dissertação discorre sobre a pesquisa de caracterização de palha de milho e a sua utilização como matéria prima para a obtenção de nanocelulose. Segundo o IBGE, este resíduo agrícola foi produzido no Brasil, no ano de 2013, em cerca de seis milhões de toneladas. As amostras deste resíduo lignocelulósico utilizadas neste trabalho foram coletadas na forma cotidiana de descarte mais frequentemente encontrada em supermercados e feiras livres. Procedeu-se, então, ao beneficiamento mecânico, beneficiamento químico (mercerização e branqueamento) e hidrólise ácida dessas amostras, o que produziu os seguintes materiais: palha de milho beneficiada mecanicamente, palha de milho beneficiada quimicamente e nanocelulose. Cada um destes materiais foi caracterizado, conforme o tipo, por menos ou mais dos seguintes ensaios: determinação de densidade, determinação de umidade, determinação do teor de cinzas, resistência à tração, determinação do teor de extraíveis, determinação do teor de holocelulose, determinação do teor de hemicelulose, determinação do teor de alfacelulose, determinação do teor de lignina, análise termogravimétrica (TGA), espectroscopia por infravermelho por transformada de Fourier (FTIR), índice de cristalinidade por difração de raios-x (CrI), medição do tamanho de partícula por espalhamento de luz dinâmico (DLS), morfologia por microscopia eletrônica de varredura (SEM) e determinação do rendimento dos produtos de hidrólise. Nesta pesquisa também se estudou, empregando a técnica de planejamento de experimento fatorial com ponto central, a influência dos fatores razão fibra/ácido e tempo da reação na obtenção da nanocelulose, conseguida com êxito em todos os experimentos executados com a palha de milho que foi branqueada de forma efetiva neste trabalho