Discrete cyclic di-GMP-dependent control of bacterial predation versus axenic growth in Bdellovibrio bacteriovorus

Bdellovibrio bacteriovorus is a Delta-proteobacterium that oscillates between free-living growth and predation on Gram-negative bacteria including important pathogens of man, animals and plants. After entering the prey periplasm, killing the prey and replicating inside the prey bdelloplast, several motile B. bacteriovorus progeny cells emerge. The B. bacteriovorus HD100 genome encodes numerous proteins predicted to be involved in signalling via the secondary messenger cyclic di-GMP (c-di-GMP), which is known to affect bacterial lifestyle choices. We investigated the role of c-di-GMP signalling in B. bacteriovorus, focussing on the five GGDEF domain proteins that are predicted to function as diguanylyl cyclases initiating c-di-GMP signalling cascades. Inactivation of individual GGDEF domain genes resulted in remarkably distinct phenotypes. Deletion of dgcB (Bd0742) resulted in a predation impaired, obligately axenic mutant, while deletion of dgcC (Bd1434) resulted in the opposite, obligately predatory mutant. Deletion of dgcA (Bd0367) abolished gliding motility, producing bacteria capable of predatory invasion but unable to leave the exhausted prey. Complementation was achieved with wild type dgc genes, but not with GGAAF versions. Deletion of cdgA (Bd3125) substantially slowed predation; this was restored by wild type complementation. Deletion of dgcD (Bd3766) had no observable phenotype. In vitro assays showed that DgcA, DgcB, and DgcC were diguanylyl cyclases. CdgA lacks enzymatic activity but functions as a c-di-GMP receptor apparently in the DgcB pathway. Activity of DgcD was not detected. Deletion of DgcA strongly decreased the extractable c-di-GMP content of axenic Bdellovibrio cells. We show that c-di-GMP signalling pathways are essential for both the free-living and predatory lifestyles of B. bacteriovorus and that obligately predatory dgcC- can be made lacking a propensity to survive without predation of bacterial pathogens and thus possibly useful in anti-pathogen applications. In contrast to many studies in other bacteria, Bdellovibrio shows specificity and lack of overlap in c-di-GMP signalling pathways.

The structure of an unconventional HD-GYP protein from Bdellovibrio reveals the roles of conserved residues in this class of cyclic-di-GMP phosphodiesterases

UNLABELLED: Cyclic-di-GMP is a near-ubiquitous bacterial second messenger that is important in localized signal transmission during the control of various processes, including virulence and switching between planktonic and biofilm-based lifestyles. Cyclic-di-GMP is synthesized by GGDEF diguanylate cyclases and hydrolyzed by EAL or HD-GYP phosphodiesterases, with each functional domain often appended to distinct sensory modules. HD-GYP domain proteins have resisted structural analysis, but here we present the first structural representative of this family (1.28 Å), obtained using the unusual Bd1817 HD-GYP protein from the predatory bacterium Bdellovibrio bacteriovorus. Bd1817 lacks the active-site tyrosine present in most HD-GYP family members yet remains an excellent model of their features, sharing 48% sequence similarity with the archetype RpfG. The protein structure is highly modular and thus provides a basis for delineating domain boundaries in other stimulus-dependent homologues. Conserved residues in the HD-GYP family cluster around a binuclear metal center, which is observed complexed to a molecule of phosphate, providing information on the mode of hydroxide ion attack on substrate. The fold and active site of the HD-GYP domain are different from those of EAL proteins, and restricted access to the active-site cleft is indicative of a different mode of activity regulation. The region encompassing the GYP motif has a novel conformation and is surface exposed and available for complexation with binding partners, including GGDEF proteins.

IMPORTANCE: It is becoming apparent that many bacteria use the signaling molecule cyclic-di-GMP to regulate a variety of processes, most notably, transitions between motility and sessility. Importantly, this regulation is central to several traits implicated in chronic disease (adhesion, biofilm formation, and virulence gene expression). The mechanisms of cyclic-di-GMP synthesis via GGDEF enzymes and hydrolysis via EAL enzymes have been suggested by the analysis of several crystal structures, but no information has been available to date for the unrelated HD-GYP class of hydrolases. Here we present the multidomain structure of an unusual member of the HD-GYP family from the predatory bacterium Bdellovibrio bacteriovorus and detail the features that distinguish it from the wider structural family of general HD fold hydrolases. The structure reveals how a binuclear iron center is formed from several conserved residues and provides a basis for understanding HD-GYP family sequence requirements for c-di-GMP hydrolysis.

On the halogenation of N(1),N(2)-di-t-Boc-5-hydroxy-piperazic acid esters and the conformational preferences of their 5-halo-piperazic acid products. The importance of A1,3 rotameric-strain in determining N(2)-acyl piperazic acid ring conformation

In this Letter, an unambiguous synthetic strategy is reported for the preparation of enantiomerically purecis-5-halo-piperazic acid derivatives in single diastereoisomer form. Contrary to the recent report by Shin and co-workers (Chem. Lett. 2001, 1172), in which it is claimed that the Ph₃P and N-chlorosuccinimide (NCS)-mediated chlorination of (3R,5S)-trans-N(1),N(2)-di-t-Boc-5-hydroxy-piperazic acid derivative 1proceeds with retention of configuration at C(5) to give 2, we now show that this and related Ph₃P-mediated halogenations all occur with S_N2 inversion at the alcohol center, as is customary for such reactions. Specifically, we demonstrate that the (3R,5S)-trans-5-Cl-piperazic acid derivative 2 claimed by Shin and co-workers (Chem. Lett. 2001, 1172) is in actual fact the chlorinated (3S,5R)-enantiomer 6, which must have been prepared from the cis-(3S,5S)-alcohol 3, a molecule whose synthesis is not formally described in the Shin paper. We further show here that the cis-(3R,5R)-5-Cl-Piz 13 claimed by Shin and co-workers inChem. Lett. 2001, 1172, is also (3S,5R)-trans-5-Cl-Piz 6. Authentic 13 has now been synthesized by us, for the very first time, here. Since Lindsley and Kennedy have recently utilized the now invalid Shin and co-workers’ retentive Ph₃P/NCS chlorination procedure on 1 in their synthetic approach to piperazimycin A (Tetrahedron Lett. 2010, 51, 2493), it follows that their claimed 5-Cl-Piz-containing dipeptide 25 probably has the alternate structure 26, where the 5-Cl-Piz residue has a 3,5-cis-configuration. The aforementioned stereochemical misassignments appear to have come from a mix-up of starting materials by Shin and co-workers (Chem. Lett. 2001, 1172), and an under-appreciation of the various steric and conformational effects that operate in N(2)-acylated piperazic acid systems, most especially rotameric A^1,3-strain. The latter has now been unambiguously delineated and defined here under the banner of the A^1,3-rotamer effect.

Poem translation: 'How Many Shady Abodes'. Host publication: 'Il filo della vita-The thread of life-Snáithe na beatha' (ed. A. Gentili)

Poem

Confronto tra diverse localizzazioni di un impianto eolico contemperando produttività ed impatto visivo

This paper proposes a series of variations in designing the location of a wind farm on Monti della Tolfa. These project solutions aim at mitigating the visual impact caused by the wind aerogenerators. Besides the usual location of the wind aerogenerators on the skyline, these alternatives within the project design relate to the placement of wind turbines in the middle and at the bottom of the hillside. Other possible mitigation forms relate to the dimensions and the colour of the wind towers. This study proposes both a non-monetary and monetary analysis of the visual impact related to each project proposal. The final aim of the paper is to analyze economic and financial costs-benefits for each alternative to find out the economic optimal solution.

Smartphone and GPS technology for freeroaming dog population surveillance -a methodological study (Studio metodologico sull’applicazione di smartphone e tecnologia GPS alla sorveglianza delle popolazioni di cani vaganti)

Free-roaming dogs (FRD) represent a potential threat to the quality of life in cities from an ecological, social and public health point of view. One of the most urgent concerns is the role of uncontrolled dogs as reservoirs of infectious diseases transmittable to humans and, above all, rabies. An estimate of the FRD population size and characteristics in a given area is the first step for any relevant intervention programme. Direct count methods are still prominent because of their non-invasive approach, information technologies can support such methods facilitating data collection and allowing for a more efficient data handling. This paper presents a new framework for data collection using a topological algorithm implemented as ArcScript in ESRI® ArcGIS software, which allows for a random selection of the sampling areas. It also supplies a mobile phone application for Android® operating system devices which integrates Global Positioning System (GPS) and Google Maps™. The potential of such a framework was tested in 2 Italian regions. Coupling technological and innovative solutions associated with common counting methods facilitate data collection and transcription. It also paves the way to future applications, which could support dog population management systems.

Christian Gottlob Neefe and the Early Reception of Le nozze di Figaro and Don Giovanni

A brief account of Christian Gottlob Neefe's engagement with Mozart's Le nozze di Figaro and Don Giovanni as exemplified in his correspondence.

Para estudar o teatro do Renascimento italiano. A questão da tragédia (explorações)

Em Para estudar o teatro do Renascimento italiano. A questão da tragédia (explorações) estabelecem-se as pistas para o reconhecimento do fracasso italiano na elaboração quinhentista de textos trágicos, equacionando as causas desse fracasso e assinalando alguns dos textos e autores cuja produção marcou esse trajecto.

Histórias em Intercompreensão: a voz dos autores

Este relatório foi elaborado no âmbito do lote 7 (Inserção Curricular da Intercompreensão) do projeto MIRIADI. Trata-se de um lote cujo objetivo é desenvolver processos de integração curricular da Intercompreensão (IC) à distância em grupos plurilingues, a partir de trabalhos experimentais levados a cabo no terreno e realizados numa lógica de investigação-ação, tendo em vista compreender as “condições de exequibilidade” desta abordagem didática nos curricula de aprendizagem de línguas e de formação. Procura-se, em particular, identificar empiricamente permeabilidades e resistências dos contextos e dos atores educativos face à IC como conceito prático com relevância profissional, bem como vantagens e limites do ponto de vista da aprendizagem linguística que possam justificar o seu valor educativo. A Intercompreensão tem vindo, nas últimas décadas, a percorrer um percurso de destaque em Didática de Línguas (sobretudo Estrangeiras) na Europa e fora dela, em particular no âmbito das atuais abordagens plurais, ocupando um lugar de visibilidade nos discursos e práticas de investigação e formação desta disciplina e contribuindo para a tonalidade da sua voz mais propriamente politico-ideológica (Alarcão, Andrade, Araújo e Sá, Melo-Pfeifer & Santos, 2009). Contudo, a presença do conceito nos espaços concretos de educação em línguas (tais como escolas, liceus, universidades e outras instituições) é extremamente débil, limitando-se a algumas experiências pontuais, sob o impulso (e mesmo a condução), na maior parte dos casos, dos investigadores e tendo como finalidade principal a produção de conhecimento didático (Degache & Tavares, 2011). Assim, pouco se sabe ainda do que pode ser efetivamente o contributo da IC para o projeto educativo das instituições, e muito menos do modo como o conceito pode ser integrado em práticas curriculares continuadas e sistemáticas de educação em línguas, sabendo-se que estas mesmas práticas são reguladas por múltiplas instâncias, internas e externas, objetivas e subjetivas, que atuam a vários níveis (macro, meso, micro) e que não podem deixar de ser consideradas. O lote 7 de Miriadi propõe abordar estas questões, relativas à integração curricular da IC, a partir de uma outra lógica epistemológica, uma lógica que não busca propostas desenhadas a partir dos resultados da investigação e orientadas para a transferência do conhecimento, ou seja, que não reflete uma perspetiva aplicacionista do saber didático. Ao invés, o trabalho realizado por este lote entende o currículo como uma construção dinâmica que se (re)define e se (re)negocia em função dos contextos específicos em que ocorre, atribuindo-lhe por conseguinte uma natureza contingente, situada, intersubjetiva e local. Nesta perspetiva sócio-construtivista, em que o currículo é uma co-construção que ocorre entre sujeitos precisos nas suas ações educativas quotidianas, a integração curricular da IC produz-se no âmbito destas ações, ou, dito de outra forma, através de práticas situadas nas especificidades e possibilidades que oferecem os contextos concretos, em particular os sujeitos que deles fazem parte. Esta perspetiva de trabalho do lote 7 parece-nos ser a mais coerente com o posicionamento teórico relativamente à IC enquanto conceito didático do projeto MIRIADI. Com efeito, está amplamente estudado que a IC tem vindo a ser tratada segundo diferentes pontos de vista, de acordo com as escolas epistemológicas e as proveniências e ancoragens disciplinares dos seus autores (para uma revisão recente, ver Araújo e Sá, 2013; Olliver, 2013). No âmbito do percurso específico de investigação/formação/intervenção do grupo e-Gala (www.e-gala.eu), no seio do qual emergiu MIRIADI, em particular das suas mais disseminadas realizações – as plataformas Galanet (www.galanet.eu) e Galapro (www-galapro.eu/sessions) -, a IC é abordada numa perspetiva socio-construtivista do saber e da relação comunicativa. Dito de outra forma, MIRIADI define a IC como um processo e uma prática interacional que ocorre entre sujeitos, atores sociais que vivem em diferentes línguas e que se implicam coletivamente num quadro dialógico “où le grand enjeu devient la construction d’un territoire de parole partagé” (Araújo e Sá, Degache & Spita, 2010: 26). Esta aceção interacionista (e plurilingue e intercultural) é complementada pelo recurso a meios de comunicação tecnológicos. Definido o enquadramento conceptual e metodológico do lote7, importa agora explicitar como se desenvolveu o trabalho ao longo dos seus 36 meses de execução. O lote organizou-se em 3 grandes etapas, que envolveram toda a equipa: Etapa 1. Identificação e caracterização de contextos de ensino e formação linguística suscetíveis de poderem beneficiar de uma integração curricular da IC (plurilingue e à distância) (os resultados desta etapa encontram-se na Prestation 7.1. do projeto, referida na nota anterior). Etapa 2. Planificação e desenvolvimento de múltiplas e diversificadas iniciativas de divulgação da IC nesses mesmos contextos, destinadas à comunidade educativa na generalidade (públicos, professores/formadores, órgãos de gestão, funcionários, etc.), tendo em vista a sua familiarização com a IC enquanto conceito didático e prática de educação em línguas, de modo a criar condições (e aberturas) para a sua integração curricular; uma atenção especial foi dada à formação dos agentes educativos. Etapa 3. Planificação, experimentação e avaliação, numa lógica de investigação-ação e em rede (aproveitando-se as potencialidades das plataformas Galapro e Galanet), de propostas de integração curricular da IC; pretendia-se, em especial, com estas propostas, identificar contributos da IC para a qualidade dos projetos educativos dos contextos de integração caracterizados (na etapa 1), mas também constrangimentos, fragilidades, obstáculos e resistências, numa abordagem crítica do conceito que fosse sensível às propriedades dos espaços-alvo de educação em línguas. Neste sentido, foram recolhidos, analisados e discutidos, em função das suas características contextuais (definidas na etapa 1), dados empíricos de natureza diversa (produções dos alunos, transcrições de excertos de aulas, testemunhos espontâneos de alunos e professores, respostas a questionários, entre outros). Este Rapport é um produto da Etapa 3. Trata-se de um documento multimédia, que pretende dar acesso sistematizado e crítico aos discursos e vozes de sujeitos reais que experienciaram propostas didáticas concretas de IC elaboradas durante esta etapa do lote. Mais concretamente, este relatório oferece 6 narrativas de estudos de caso (3 em contexto de ensino secundário e outros 3 no ensino superior), realizados em vários países (Brasil, França, Itália Portugal e República da Maurícia), contendo uma descrição detalhada das situações educativas experimentadas e uma análise dos dados recolhidos, com apresentação dos recursos e materiais utilizados e testemunhos dos sujeitos concretos (professores e alunos). Incluem-se igualmente os instrumentos de recolha de dados e alguns exemplos dos mesmos. Cada narrativa obedece a uma mesma estrutura discursiva, de forma a mais facilmente poderem ser comparáveis, permitindo a extração de conclusões transversais aos vários estudos: introdução; descrição do contexto de intervenção; descrição da intervenção (objetivos, atividades, com acesso aos recursos utilizados, e avaliação); resultados obtidos; conclusões e implicações A secção final, “Témoignages”, apresenta-se sob a forma de um conjunto de vídeos e podcasts, identificados de acordo com a instituição parceira do projeto que os recolheu e organizados segundo três critérios: • as línguas dos locutores (espanhol, francês, italiano e português); • os contextos de formação onde decorreram as experiências de IC (ensino secundário e ensino universitário); • o tipo de intervenientes nas experiências de IC (alunos ou professores). Assume-se mais uma vez, neste Rapport, as dinâmicas de trabalho plurilingue da equipa Miriadi, cuja rentabilidade para a produção do conhecimento didático foi analisada e evidenciada no âmbito de projetos anteriores (ver Melo-Pfeifer, 2014) e se encontra ilustrada, numa outra linguagem, nos nossos postais (disponíveis no Facebook). Assim, com exceção desta introdução, que foi traduzida para francês (ver acima), o documento encontra-se nas línguas de trabalho dos membros da equipa que o redigiram.

Dalla questione della lingua all’aggressione linguistica: le idee sulla lingua nei giornali italiani dell’ultimo decennio

Riassunto: L’articolo è suddiviso in tre parti. Nella prima, dall’esame di brani dalla Repubblica e dal Corriere della sera si osserva in che modo i giornali trattano questioni linguistiche. Nella seconda, si esemplifica il fenomeno della discriminazione mediante l’analisi di alcuni etnonimi (siciliano, calabrese, milanese, torinese, ecc.). Nella terza parte, si analizza un interessante strumento lessicografico del settimanale L’Espresso: Slangopedia, sui gerghi giovanili. A tenere insieme questi tre temi è il rapporto tra media e ideologia linguistica, nell’intento di stimolare la ricerca futura a investigare sull’identità linguistica degli italiani, attraverso la stampa periodica, come riflesso dell’identità culturale. Se ne ricava che la società italiana non sembra più in grado di riflettere criticamente sulla propria lingua: in molti articoli, infatti, spicca il tono aggressivo e forse discriminatorio nei confronti di chi si allontana da uno standard spesso male interpretato.

La percezione della norma linguistica attraverso il periodico La Crusca per voi

Riassunto: Dedicato «alle scuole e agli amatori della lingua», ai lettori interessati e preoccupati delle sorti della lingua nazionale, il periodico semestrale La Crusca per voi esce per la prima volta nell’ottobre 1990 con una Giustificazione e Un po’ di storia, in cui il fondatore Giovanni Nencioni spiega le ragioni dell’istituzione di un vero e proprio «consultorio linguistico», destinato ad accogliere le richieste, i dubbi, le perplessità sul corretto impiego della lingua italiana proveniente da persone di ogni livello sociale e culturale. Scopo di questo lavoro è studiare la tipologia dei quesiti posti agli accademici della Crusca, con particolare attenzione a fenomeni di carattere lessicale, negli ultimi diciotto numeri del periodico (dal 2005 al 2013, con qualche prelievo da uscite precedenti). Conclude il lavoro una breve indagine a campione sulla diffusione e la traducibilità di alcuni termini stranieri in italiano.

Circula : revue d'idéologies linguistiques, no 1, La médiatisation des idéologies linguistiques : tradition et continuité dans la presse écrite

Le numéro 1 (printemps 2015) contient : partie 1 : Les idéologies linguistiques dans la tradition de la presse périodique. Partie 2 : Enjeux sociaux et politiques des questions de langue et de norme