Effetto delle condizioni ambientali nella presenza di Escherichia coli in vongole lupino (Chamelea gallina L.)

Lo scopo di questo elaborato è stato individuare una possibile correlazione tra le condizioni ambientali e la presenza di Escherichia coli in vongole lupino. I dati relativi a campioni raccolti nel periodo 2008-2015 nella zona tra Cervia e Fano sono stati messi in relazione con alcuni parametri quali salinità dell’acqua, temperatura, ossigeno di fondo, pH e livello del fiume Marecchia. Sono stati presi in considerazione oltre 350 campioni, in cui i conteggi di E. coli mediante tecnica MPN sono stati suddivisi in tre categorie: cariche basse (<50 MPN/100g); cariche intermedie (50-230 MPN/100g); cariche alte, ossia non conformi al regolamento europeo (>230 MPN/100g). L’eventuale significatività della relazione tra E. coli e le variabili considerate è stata valutata attraverso il test chi-quadrato e il test di Kruskal-Wallis. Per quanto riguarda il test chi-quadrato, eseguito in relazione ad anno, mese e stagione, si è visto che i campioni più inquinati derivano dagli anni 2010 e 2012, dai mesi novembre/dicembre e in generale dalla stagione autunnale. L’analisi della varianza tramite test di Kruskal-Wallis ha evidenziato che le frequenze dei campioni nelle tre categorie non sono significative in relazione alla salinità. Al contrario, per i parametri temperatura e livello del fiume Marecchia sono stati ottenuti risultati significativi: infatti, le cariche microbiche più alte corrispondono a temperature più basse delle acque e a periodi di maggiore portata del fiume. Questo episodio riflette sicuramente un aspetto biologico legato al ciclo vitale di Chamelea gallina, che vive la sua fase riproduttiva nella stagione più calda, diminuendo quindi la sua attività filtrante, fonte di contaminazione. Al contempo questo andamento è anche spiegabile dall’apporto di contaminanti dalle precipitazioni e dai fiumi che trascinano sostanze organiche inquinanti di natura antropica, che costituiscono fonte di nutrimento per le specie microbiche come E. coli ed altri enterobatteri.

Molecular analysis of evolutionary relationships of Phaseolus dumosus with the gene pool of common bean

Valuable genetic variation for bean breeding programs is held within the common bean secondary gene pool which consists of Phaseolus albescens, P. coccineus, P. costaricensis, and P. dumosus. However, the use of close relatives for bean improvement is limited due to the lack of knowledge about genetic variation and genetic plasticity of many of these species. Characterisation and analysis of the genetic diversity is necessary among beans' wild relatives; in addition, conflicting phylogenies and relationships need to be understood and a hypothesis of a hybrid origin of P. dumosus needs to be tested. This thesis research was orientated to generate information about the patterns of relationships among the common bean secondary gene pool, with particular focus on the species Phaseolus dumosus. This species displays a set of characteristics of agronomic interest, not only for the direct improvement of common bean but also as a source of valuable genes for adaptation to climate change. Here I undertake the first comprehensive study of the genetic diversity of P. dumosus as ascertained from both nuclear and chloroplast genome markers. A germplasm collection of the ancestral forms of P. dumosus together with wild, landrace and cultivar representatives of all other species of the common bean secondary gene pool, were used to analyse genetic diversity, phylogenetic relationships and structure of P. dumosus. Data on molecular variation was generated from sequences of cpDNA loci accD-psaI spacer, trnT-trnL spacer, trnL intron and rps14-psaB spacer and from the nrDNA the ITS region. A whole genome DArT array was developed and used for the genotyping of P. dumosus and its closes relatives. 4208 polymorphic markers were generated in the DArT array and from those, 742 markers presented a call rate >95% and zero discordance. DArT markers revealed a moderate genetic polymorphism among P. dumosus samples (13% of polymorphic loci), while P. coccineus presented the highest level of polymorphism (88% of polymorphic loci). At the cpDNA one ancestral haplotype was detected among all samples of all species in the secondary genepool. The ITS region of P. dumosus revealed high homogeneity and polymorphism bias to P. coccineus genome. Phylogenetic reconstructions made with Maximum likelihood and Bayesian methods confirmed previously reported discrepancies among the nuclear and chloroplast genomes of P. dumosus. The outline of relationships by hybridization networks displayed a considerable number of interactions within and between species. This research provides compelling evidence that P. dumosus arose from hybridisation between P. vulgaris and P. coccineus and confirms that P. costaricensis has likely been involved in the genesis or backcrossing events (or both) in the history of P. dumosus. The classification of the specie P. persistentus was analysed based on cpDNA and ITS sequences, the results found this species to be highly related to P. vulgaris but not too similar to P. leptostachyus as previously proposed. This research demonstrates that wild types of the secondary genepool carry a significant genetic variation which makes this a valuable genetic resource for common bean improvement. The DArT array generated in this research is a valuable resource for breeding programs since it has the potential to be used in several approaches including genotyping, discovery of novel traits, mapping and marker-trait associations. Efforts should be made to search for potential populations of P. persistentus and to increase the collection of new populations of P. dumosus, P. albescens and P. costaricensis that may provide valuable traits for introgression into common bean and other Phaseolus crops.

I neologismi nella stampa francese contemporanea

Il presente elaborato si pone l'obiettivo di analizzare i neologismi nella stampa francese contemporanea attraverso lo spoglio di alcuni quotidiani generalisti a grande tiratura che sembrano essere più sensibili alla creazione lessicale. La tesi è organizzata in due parti complementari, la prima di natura teorica e la seconda analitica, comprensiva di un corpus di neologismi. Nel capitolo I verranno esposte la definizione e la storia sia della neologia che del neologismo in Francia, ponendo l'accento su come sia cambiata la percezione dei due termini nel corso del tempo. Nel capitolo II, saranno esaminati le motivazioni principali che determinano la nascita e l' affermazione di un neologismo, ragioni che sono insieme di natura linguistica e sociale. Nel capitolo III si proseguirà con una sintesi dei metodi di creazione linguistica, nonché neologia formale, neologia semantica e prestiti. Questi ultimi sono molto spesso di matrice anglofona e, come vedremo nel capitolo IV, incontrano una certa resistenza da parte della politica linguistica dell'Esagono, che si batte contro l'afflusso massiccio e indiscriminato dei prestiti (specie quelli di lusso) e sollecita alla neologia endogena. Il V capitolo della tesi è dedicato specificamente ai neologismi nella stampa francese. Sarà presentato qualche cenno storico sulle origini dei giornali e si tracceranno le caratteristiche stilistiche proprie della scrittura giornalistica. La parte teorica si conclude con un paragrafo incentrato sulle funzioni rivestite dai neologismi nella stampa. Nella parte analitica sarà offerto un corpus che raccoglie diversi neologismi attinti da Le Monde, Le Figaro e Libération. Tali neologismi, relativi a svariati ambiti, saranno analizzati in modo sintetico da un punto di vista morfologico. Per ciascuno di essi sarà fornita altresì una breve definizione. Infine, saranno tratte le dovute considerazioni sui metodi di formazione più sfruttati e produttivi.

Righe spettrali: formazione, shift ed allargamento

In questo breve elaborato si vuole spiegare l’importanza dello studio di un corpo celeste mediante l’osservazione del suo spettro ovvero un grafico del flusso emesso in funzione della frequenza o della lunghezza d’onda nel quale sono presenti righe spettrali, formate dall’interazione tra materia e radiazione, a causa dell’assorbimento od emissione di fotoni a seguito di transizioni elettroniche, ma anche vibrazionali e rotazionali per le molecole. In particolare, dall’analisi delle righe spettrali si traggono diverse informazioni sull’oggetto, quali, la composizione e l’abbondanza delle specie chimiche che lo compongono in base al tipo di righe presenti e alla loro intensità, si deduce la temperatura e la pressione dell’oggetto studiato dalla larghezza di queste, ancora, informazioni sul moto relativo e la distanza dall’osservatore misurando lo shift delle righe; infine densità e campi magnetici del mezzo interstellare. Per molti oggetti astronomici, troppo distanti, lo studio dello spettro è l’unico modo per trarre conclusioni sulla loro natura. Per questo, nel primo capitolo si ricava l’equazione del trasporto radiativo, soffermandosi sui processi che regolano l’assorbimento e l’emissione di energia. Il secondo capitolo invece, tratta il caso particolare delle atmosfere stellari, nel quale si ricava, con una serie di approssimazioni fatte sull’equazione del trasporto radiativo, quale parte osserviamo di una stella e dove si formano le righe spettrali. Successivamente ci si è concentrati sui meccanismi che portano alla formazione delle righe spettrali, analizzando sia le transizioni radiative con i coefficienti di Einstein, sia quelle collisionali, e distinguendo tra transizioni permesse o proibite con le regole di selezione. Infine si sono esaminate le informazioni che si possono ricavare dalle righe spettrali, approfondendo sui fenomeni di shift e modifica di queste, descrivendo più nel dettaglio la riga a 21 cm dell’atomo di idrogeno, fondamentale in astrofisica.

Caratterizzazione della popolazione microbica di salami fermentati spontaneamente

Le fermentazioni spontanee nei salami sono un fenomeno molto complesso in cui si assiste ad una successione di diverse popolazioni microbiche (micrococchi, stafilococchi e batteri lattici), avente ognuna un ruolo importante nell’ottenimento delle qualità desiderate del prodotto finale. Questo susseguirsi vorticoso di popolazioni microbiche nelle fermentazioni spontanee viene ormai regolamentato dall’uso di colture starter che, aggiunte in quantità idonee immediatamente prima dell’insaccamento, contribuiscono in maniera essenziale ad un rapido, corretto (e soprattutto sicuro) processo di fermentazione prima e di disidratazione poi. Poiché però l’impiego di starter segue spesso protocolli indifferenziati, è importante la selezione di colture starter “taylor made”, in grado di differenziare i prodotti in maniera riconoscibile con l’apporto di specifici tratti organolettici e sensoriali. Dunque, con questo elaborato di tesi si è voluto procedere alla raccolta di potenziali colture starter provenienti da diversi salami della tradizione mediterranea (salame di tipo bresciano, romagnolo e lucano), fermentati spontaneamente. Questi prodotti sono stati dapprima caratterizzati per quanto riguarda le loro caratteristiche microbiologiche, chimico-fisiche, profilo aromatico e il loro contenuto in ammine biogene. Successivamente, in particolare per il salame di tipo bresciano, sono stati isolati ceppi di interesse dalla popolazione lattica, poi identificati e testati per alcune caratteristiche di interesse tecnologico (capacità di produrre ammine biogene e profilo aromatico). I ceppi riscontrati, appartenenti alle specie Lactobacillus sakei e Lactobacillus curvatus, hanno mostrato una notevole biodiversità, soprattutto per quanto riguarda la produzione di molecole aromatiche, e quindi una notevole capacità, anche nell’ambito della stessa specie, di modulare la produzione di composti molto importanti dal punto di vista organolettico.

Studio di termoresistenza di lieviti fermentativi

In anni recenti il potenziale degradativo dei lieviti nelle bevande ha assunto un’importanza crescente a causa degli importanti danni economici ad essi associati e i produttori sono sempre più attenti a queste problematiche, anche in relazione alla tendenza di ridurre i trattamenti termici, in una strategia di risparmio energetico e di riduzione del danno termico organolettico. L’obiettivo dell’elaborato è stato quello di testare la termoresistenza di diversi ceppi di lieviti che possono costituire un rischio per bevande di fantasia: sette appartenenti alla specie Saccharomyces cerevisiae, tre Zygosaccharomyces, un ceppo di Saccharomycodes ludwigii, uno di Schizosaccharomyces pombe e uno di Kluyveromyces marxianus. Le prove di termoresistenza sono state condotte in vitro utilizzando terreno di coltura impiegando temperature di 55°C, 60°C e 65°C e i dati sono stati modellati con l’equazione di Weibull per ottenere le curve di morte termica dei diversi ceppi. Questo modello permette di tenere conto dell’approccio vitalistico dell’interazione tra temperatura e cellula e descrive l’inattivazione microbica come risultato del fallimento delle cellule nel contrastare le condizioni ostili dovute all’alta temperatura. I risultati hanno dimostrato che i ceppi erano caratterizzati da termoresistenza molto variabile. In generale, tra le specie non Saccharomyces, i più resistenti erano K. marxianus e Sch. Pombe mentre tra i Saccharomyces il più resistente era il ceppo SPA, isolato in uno stabilimento di bevande e responsabile di un incidente industriale che ha portato all’alterazione di oltre 500000 bottiglie di bibite gassate. Questo screening preliminare per la valutazione della termoresistenza ad un potenziale trattamento industriale ha permesso di individuare i lieviti più resistenti che saranno poi oggetto di un successivo studio in cui verranno tenuti presenti altri fattori tecnologici e di prodotto per poi potersi muovere in un ambiente industriale.

Caratterizzazione tecnologica di lieviti isolati dal processo di lavorazione delle olive

In questa tesi si sono analizzati campioni di olio di oliva ottenuti anche mediante processo di co- frangitura tra olive e sottoprodotto del pomodoro, al fine di ottenere un olio ricco in licopene. Appena prodotti, gli oli di oliva possono mostrare un aspetto opalescente a causa della presenza di particelle solide e micro-gocce di acqua di vegetazione, che possono contenere microrganismi, principalmente lieviti, provenienti dalla carposfera delle olive che passano nell’olio durante la loro frantumazione. A seconda delle specie di lievito e delle specifiche attività metaboliche possono influenzare anche negativamente la qualità dell’olio. In questo contesto, le attività di laboratorio alla base di questo elaborato sono state finalizzate alla caratterizzazione tecnologica di 30 ceppi di lieviti isolati da olio di oliva prodotto presso il Campus di Scienze degli Alimenti dal gruppo di ricerca della dott.ssa Bendini. In particolare, gli isolati sono stati caratterizzati mediante analisi RAPD-PCR e se ne sono valutate alcune attività enzimatiche quali l’attività proteasica, lipasica, β-glucosidasica, pectinasica e poligalatturonasica e la capacità di degradare alcuni composti fenolici. Sebbene i risultati di questa sperimentazione siano preliminari, sono promettenti in quanto da tale matrice si sono isolati numerosi ceppi che presentano un’ampia e differenziata gamma di attività enzimatiche che potrebbero essere sfruttate per il recupero e/o valorizzazione di componenti organiche ad alto valore dei sottoprodotti dell’industria alimentare.

Utilizzo di composti d'aroma per aumentare la sicurezza igienico-sanitaria di germogli di ravanello

Questo elaborato ha come obiettivo valutare l’efficacia di alcuni composti d’aroma, ossia componenti di oli essenziali la cui attività antimicrobica è nota in letteratura, nell’aumentare la sicurezza igienico-sanitaria di germogli di ravanello Daikon. In particolare sono stati utilizzati timolo e carvacrolo, costituenti di oli di piante tra cui timo e origano. Vista la grande espansione nel mercato alimentare di semi germogliati pronti all’uso, matrice veicolante numerosi casi di tossinfezione alimentare, sono state effettuate prove per valutare il rischio di sviluppo di Listeria. Si è lavorato simulando un processo casalingo, facendo germinare i semi in acqua addizionata o meno di diverse concentrazioni dei due terpeni fenolici. I semi utilizzati venivano precedentemente inoculati con Listeria innocua, utilizzata come surrogato del patogeno Listeria monocytogenes. Il ricambio dell’acqua di ammollo avveniva ogni 24 ore, e dopo 6/24/32/48 ore venivano prelevate quantità note di semi e acqua, al fine di valutarne il contenuto in L. innocua, carica microbica totale ed enterobatteri. La prima prova, che ha previsto l’uso di timolo come unico composto antimicrobico, ha mostrato una riduzione di un ciclo logaritmico di L. innocua ed enterobatteri nei semi, mentre nell’acqua essi erano presenti solo dopo 24 e 48 ore. Risultati analoghi sono stati ottenuti utilizzando solo carvacrolo. Infine è stato testato l’eventuale effetto sinergico di timolo e carvacrolo, che però non ha dato differenze particolari rispetto a campioni trattati coi singoli composti. I risultati ottenuti hanno evidenziato l’elevato rischio microbiologico associato ai semi germogliati con produzione domestica, poiché le condizioni adottate favoriscono lo sviluppo di specie patogene. L’utilizzo dei composti di aroma, se pure in grado di ridurre sia le cinetiche di crescita che la quantità di Listeria, non è tuttavia in grado di controllare in maniera significativa il rischio associato a tali prodotti.

Manual: Crianza y manejo de codornices

La codorniz común ( Coturnix coturnix ) , es un ave migratoria de Asia, África y Europa. Las espec ies más importantes son la codorniz europea o Coturnix coturnix coturnix y la codorniz asiática o japonesa Coturnix coturnix japónica , u na subespecie que comúnmente emigraba entre Europa y Asia , eventualmente domesticada en China. Durante muchos años , est as aves fueron consideras únicamente de carácter ornamental , aprecia das también por el canto característico del macho. La codorniz doméstica fue llevada alrededor del siglo XI desde China a Japón , a través de Corea , y fue domesticada en el lejano oriente y no en oriente m edio co mo argumenta n algunos autores ( T imy , 2009). Si bien la codorniz europea emigraba al sur a través del mar Mediterráneo, al encontrarse exhausta por el vuelo, probablemente haya sido fácilmente cazada o capturada. Un indicio de esto e s que los escritos bíblicos y egipcios que mencionan estas aves no indican que fueran criadas en cautiverio. Los primeros registros escritos sobre la domesticación de la codorniz en Japón , datan del siglo XII. Estas aves fueron inicialmente criadas por su canto, hecho que cambió después de la noticia de que el e mperador de Japón se había curado de tuberculosis gracias a una dieta a base de carne de codorniz. Esto inició la producción masiva de carne y huevos de codorniz en la última parte del siglo XIX. P or el año 1910, en Japón, la codorniz era utilizada no sólo por su carne y huevos , sino también por su canto . 4 Entre los años de 1910 y 1940 , la población de codorni z japónica se incrementó rápidamente en Japón, especialmente en las localidades de Tokio , M ishima, Nagoya, Gifu y Toyohashi. Este período es coincidente con el de la expansión imperial de Japón, por lo que la codorniz japonesa fue establecida en otros países como Corea, China y Taiwán, para hacerlo más tarde en todo el s udeste asiático. La sube specie domesticada, Coturnix coturnix jap ó nica , es llamada codorniz japonesa , pero también se la conoce por otros nombres: codorniz común, codorniz oriental, codorniz asiática, codorniz faraona, codorniz pecho rojo, codorniz real y codorniz real japonesa ( T imy , 2009 ) . Por otro lado, e xisten tres grandes rutas migratorias de las codornices desde el continente af ricano hasta las zonas europeas: La primera ruta abarca desde las costas occidentales de Á frica, M arruecos , Australia y Argelia hacia la península ibérica , y desde esta pasa a Francia e Inglaterra, países escandinavos y parte de Europa central. Una segunda ruta parte de zonas de Argelia oriental, L ibia y Túnez , dirigiéndose a través de Italia a Europa central a las zonas del Danubio y Rusia. La terce ra ruta va desde Egipto hacia Grecia y Europa oriental (Quintana , 2008 ). La llegada a Europa de las codornices tiene lugar durante el final de la primavera y regresan a África , durante el otoño

Efeito de fatores ambientais e tolerância a herbicidas em três espécies de plantas daninhas da família Rubiaceae

The strong selection pressure exerted by intensive use of glyphosate in cultivated areas has selected populations of the Rubiaceae weed species Borreria latifolia (Aubl.) K.Shum. (broadleaf buttonweed), Galianthe chodatiana (Standl.) E.L. Cabral (galiante) and Richardia brasiliensis Gomes (Brazilian pusley) with differential sensitivity to this herbicide in the South region of Brazil. The control of these weeds with herbicides is troublesome and signals the need to incorporate management practices of ruderal flora and crops, more sustainable and that results in more efficient control for long-term. Therefore, it is very important to expand the information about their biology and management. This study aimed: (a) select efficient methods to overcome dormancy of B. latifolia and G. chodatiana and determine how they influence the kinetics of seeds germination; (b) analyze the effects of temperature, irradiance, pH, aluminum and salinity on seed germination and initial growth of the B. latifolia, G. chodatiana e R. brasiliensis seedlings; (c) evaluate tolerance to glyphosate levels in biotypes of B. latifolia, G. chodatiana e R. brasiliensis through dose-response curves and compare two methods to evaluate herbicidal control; (d) and evaluated the effectiveness of alternative herbicides in pre-emergence and in early and late post-emergence of the three species. The treatment with KNO3 2%/3h + gibberellic acid 400 ppm resulted in higher percentage of G. chodatiana seed germination. This treatment and also the dry heat (60°C/30 min) + KNO3 2%/3h were more effective in overcoming dormancy of B. latifolia. G. chodatiana and R. brasiliensis tolerate lower temperatures during the germination process, while B. latifolia tolerate higher temperatures. B. latifolia and R. brasiliensis are positive photoblastic while G. chodatiana is indifferent to the photoperiod. B. latifolia shows higher germination and early development in pH 3, while G. chodatiana and R. brasiliensis prefer pH range between 5 and 7. B. latifolia and G. chodatiana were more tolerant to the aluminum during the germination process than R. brasiliensis. Low salt levels were sufficient to reduce the seed germination of the three species. Some biotypes of B. latifolia and R. brasiliensis showed medium-high glyphosate tolerance, not being controlled by higher doses than recommended. The G. chodatiana specie was not controlled with the highest dose used, showing a high glyphosate tolerance. The sulfentrazone, s-metolachlor and saflufenacil herbicides sprayed in pre-emergence showed high efficacy both on B. latifolia and R. brasiliensis, while chlorimuron-ethyl and diclosulan were effective only on R. brasiliensis. In early post-emergence the fomesafen, lactofem and flumioxazin herbicides efficiently controlled plants of all species, while bentazon showed high efficacy only on B. latifolia. Noteworthy the susceptibility of the G. chodatiana specie for applications in early post-emergence, because the control effectiveness and the number of effective herbicides are reduced with increasing the plant age. Many treatments with tank mix or sequencial applications with glyphosate, were effective in controlling B. latifolia and R. brasiliensis plants in advanced stage of development.

Report tecnico – BioQuestionario e BioScoperta Applicazioni mobili per imparare giocando

L’informazione in campo ambientale assume un’importanza fondamentale in relazione all’obiettivo di accrescere il livello di consapevolezza e di sensibilità in relazione al concetto di ambiente, sia al fine di promuovere comportamenti coerenti con il principio di sviluppo sostenibile, sia per contribuire allo sviluppo di una responsabilità individuale e collettiva. Le tecnologie mobili nascono e si evolvono a partire dalla necessità dell’uomo di espandere i propri limiti e dall’esigenza di avere la possibilità di comunicare e accedere alle informazioni in maniera diretta e immediata. L'utilizzo di dispositivi mobili, quali smartphone e tablet, è in netta crescita in tutte le categorie di utenza e nei differenti contesti sociali. Possedere un dispositivo mobile dotato di accesso alla rete internet permette di avere il sapere a portata di mano e di comunicare con utenti in tutto il modo senza barriere fisiche e temporali. Inoltre, possono essere strumenti di grande aiuto, sia nel campo lavorativo che nel tempo libero, grazie all’utilizzo di innumerevoli applicazioni create ad hoc per l'acquisizione di informazioni e la loro fruizione. L’aspirazione del progetto, inserito nel Sistema di Comunicazione, Informazione e Diffusione dell’Osservatorio della Biodiversità della Sicilia, è la realizzazione di una applicazione che permetta ai visitatori di approfondire e consolidare i luoghi e forme della conoscenza offerti, durante la visita dell’Osservatorio della Biodiversità Regione Sicilia, dal personale qualificato rivestito dalle figure di ricercatori e tecnologi dell’IAMC CNR della sede di Capo Granitola. Gli scopi principali sono la comunicazione, l’informazione e l’educazione per lo sviluppo di conoscenze e sensibilità sul tema della Biodiversità per spronare gli utenti alla salvaguardia del territorio, rendendo facilmente accessibile l’approfondimento dei concetti riguardanti numerose specie e habitat del nostro territorio, attraverso una dimensione scientifica di stampo ludico.

Campagna MEDITS 2009 Sub-area Geografica (GSA16) (GSA 16, Stretto di Sicilia): Rapporto Finale campagna Medits 2009

La campagna scientifica Medits, nell’ambito del Programma nazionale Italiano per la raccolta dei dati alieutici (Reg. CE n°199/2008 e n°665/2008), ha l’obiettivo generale di valutare la distribuzione, l’abbondanza e la composizione per taglia delle specie oggetto di pesca presenti nei mari Italiani. L’Istituto di ricerche per l’Ambiente Marino Costiero (IAMC), sede di Mazara del Vallo, del Consiglio nazionale delle Ricerche (CNR), effettua campagne di ricerca in mare nella GSA 16 (FAO, 2001) dello Stretto di Sicilia, tramite rete a strascico (trawl survey), sin dalla primavera del 1985, con l’obiettivo generale di studiare l’abbondanza ed i cicli vitali delle risorse demersali e di stimarne lo stato di sfruttamento. Sono di seguito riportate le informazioni relative alla campagna Medits 2009 (di seguito indicata come MedSp09) nei fondi ricadenti nella GSA 16 (Stretto di Sicilia) che comprendono buona parte dei fondali antistanti il litorale meridionale della Sicilia. La campagna si è svolta tra il 21 maggio ed il 16 giugno 2009 per un totale di 120 cale valide allocate nella GSA 16 (Stretto di Sicilia). Nel presente rapporto sono riportati i risultati sulle percentuali di presenza, sugli indici di abbondanza e sulle strutture di lunghezza degli stock demersali ottenuti nel corso della campagna MEDITS 2009 per le 39 specie bersaglio.

Campagna di ricerca in mare: Sezione G – MEDITS 2010 Sub-area Geografica (GSA)16 - Stretto di Sicilia

La campagna scientifica Medits, nell’ambito della Sezione G del Programma Nazionale Italiano per la Raccolta dei Dati Alieutici (Reg. Ce. N°199/2008; N°665/2008 e decisione della commissione N°949/2008), ha l’obiettivo generale di valutare la distribuzione, l’abbondanza e la composizione per taglia delle specie oggetto di pesca presenti nei mari Italiani. La campagna (di seguito indicata come MEDSp10) ha interessato lo Stretto di Sicilia per un’area complessiva di 31386 km2.

Annotation of Gyrodactylus salaris transcriptome

Relationship between organisms within an ecosystem is one of the main focuses in the study of ecology and evolution. For instance, host-parasite interactions have long been under close interest of ecology, evolutionary biology and conservation science, due to great variety of strategies and interaction outcomes. The monogenean ecto-parasites consist of a significant portion of flatworms. Gyrodactylus salaris is a monogenean freshwater ecto-parasite of Atlantic salmon (Salmo salar) whose damage can make fish to be prone to further bacterial and fungal infections. G. salaris is the only one parasite whose genome has been studied so far. The RNA-seq data analyzed in this thesis has already been annotated by using LAST. The RNA-seq data was obtained from Illumina sequencing i.e. yielded reads were assembled into 15777 transcripts. Last resulted in annotation of 46% transcripts and remaining were left unknown. This thesis work was started with whole data and annotation process was continued by the use of PANNZER, CDD and InterProScan. This annotation resulted in 56% successfully annotated sequences having parasite specific proteins identified. This thesis represents the first of Monogenean transcriptomic information which gives an important source for further research on this specie. Additionally, comparison of annotation methods interestingly revealed that description and domain based methods perform better than simple similarity search methods. Therefore it is more likely to suggest the use of these tools and databases for functional annotation. These results also emphasize the need for use of multiple methods and databases. It also highlights the need of more genomic information related to G. salaris.

MEDITS 2008 nella sub area geografica 16 (GSA 16, Stretto di Sicilia): relazione biologica

La campagna scientifica Medits, nell’ambito del Programma nazionale Italiano per la raccolta dei dati alieutici (Reg. CE n°199/2008 e n°665/2008), ha l’obiettivo generale di valutare la distribuzione, l’abbondanza e la composizione per taglia delle specie oggetto di pesca presenti nei mari Italiani. L’Istituto di ricerche per l’Ambiente Marino Costiero (IAMC), sede di Mazara del Vallo, del Consiglio nazionale delle Ricerche (CNR), effettua campagne di ricerca in mare nella GSA 16 (FAO, 2001) dello Stretto di Sicilia, tramite rete a strascico (trawl survey), sin dalla primavera del 1985, con l’obiettivo generale di studiare l’abbondanza ed i cicli vitali delle risorse demersali e di stimarne lo stato di sfruttamento.