Towards an alternative testing strategy for nanomaterials used in nanomedicine: Lessons from NanoTEST.

In spite of recent advances in describing the health outcomes of exposure to nanoparticles (NPs), it still remains unclear how exactly NPs interact with their cellular targets. Size, surface, mass, geometry, and composition may all play a beneficial role as well as causing toxicity. Concerns of scientists, politicians and the public about potential health hazards associated with NPs need to be answered. With the variety of exposure routes available, there is potential for NPs to reach every organ in the body but we know little about the impact this might have. The main objective of the FP7 NanoTEST project ( www.nanotest-fp7.eu ) was a better understanding of mechanisms of interactions of NPs employed in nanomedicine with cells, tissues and organs and to address critical issues relating to toxicity testing especially with respect to alternatives to tests on animals. Here we describe an approach towards alternative testing strategies for hazard and risk assessment of nanomaterials, highlighting the adaptation of standard methods demanded by the special physicochemical features of nanomaterials and bioavailability studies. The work has assessed a broad range of toxicity tests, cell models and NP types and concentrations taking into account the inherent impact of NP properties and the effects of changes in experimental conditions using well-characterized NPs. The results of the studies have been used to generate recommendations for a suitable and robust testing strategy which can be applied to new medical NPs as they are developed.

The spreading of the introduced seaweed Caulerpa taxifolia (Vahl) C. Agardh in the Mediterranean Sea: testing the boat transportation hypothesis

The Spreading of the Introduced Seaweed Caulerpa taxifolia (Vahl) C. Agardh in the Mediterranean Sea: Testing the Boat Transportation Hypothesis

The Development of an Internal Testing Process for a Bluetooth Product

BlueGiga Technologies on uusi Bluetooth -teknologiaa soveltava pk-yritys. Yrityksen tuotekehitysprosessia täydentämään tarvittiin testausprosessi. Testausprosessin luominen oli haastavaa, koska Bluetooth -teknologia on uutta ja yritys on vielä nuori. Lisäksi se integroi kovo- ja ohjelmistokomponentteja tuotteissaan. Testaus aloitettiin evaluoimalla standardinmukaista tapaa dokumentoida testit. Tämän jälkeen tutkittiin BlueGigan ohjelmistokehitysprosessin suhdetta olemassa oleviin ohjelmistokehitysprosesseihin. Samanaikaisesti perehdyttiin Bluetooth -kvalifikaation testaukselle asettamiin vaatimuksiin. Tämän seurauksena TTCN:ää kokeiltiin helppolukuisen testitapauksen määrittelyssä. Käyttötapauksiin perustuvan testauksen sopivuutta Wireless Remote Access Platform:in (WRAP) testaamiseen arvioitiin kokeilemalla sitä Man-to-Machine -käyttötapauksen testaamisessa. Yllämainittujen tehtävien aikana kerätyn tiedon ja hankittujen kokemusten pohjalta laadittiin testausprosessi, joka kattaa yksikkö-, integraatio- ja järjestelmätason testauksen. Painopiste on järjestelmätason testauksessa. Prosessi määrittelee myös vastuuhenkilön tai -henkilöt eri testaustasoille.

Functional testing in TETRA system

Terrestrial Trunked Radio (TETRA) on moderni digitaalinen matkapuhelinjärjestelmän standardi, joka on suunniteltu täyttämään erityisesti viranomaisten vaativat tarpeet turvallisuuden ja luotettavuuden suhteen. Ohjelmiston testaus on tärkeä osa sen laadun takaamiseksi. Testaus on jaettu useisiin vaiheisiin ja se kattaa koko ohjelmiston elinkaaren: ohjelmiston kehittelystä alkaen asiakkaalle lähetettyyn valmiiseen tuotteeseen saakka. Toiminnallisuustestauksen suorittaa joko ohjelmiston suunnittelijat tai erillinen testausryhmä käyttäen Nokia TETRA-järjestelmän testauslaboratoriota. Testauksen tarkoituksena on varmistaa, että ohjelmisto, sen aliohjelmat ja ominaisuudet täyttävät niille annetut toiminnalliset ja laadulliset vaatimukset. Tämä diplomityö antaa yleiskuvan toiminnallisuustestausprosessista Nokia TETRA järjestelmän laboratoriossa. Se tarjoaa esimerkkitestitapauksen avulla kokonaiskuvan siitä, kuinka toiminnallisuustestausprosessi suoritetaan alusta loppuun.

Testing a new multigroup inference approach to reconstructing past environmental conditions

A new, quantitative, inference model for environmental reconstruction (transfer function), based for the first time on the simultaneous analysis of multigroup species, has been developed. Quantitative reconstructions based on palaeoecological transfer functions provide a powerful tool for addressing questions of environmental change in a wide range of environments, from oceans to mountain lakes, and over a range of timescales, from decades to millions of years. Much progress has been made in the development of inferences based on multiple proxies but usually these have been considered separately, and the different numeric reconstructions compared and reconciled post-hoc. This paper presents a new method to combine information from multiple biological groups at the reconstruction stage. The aim of the multigroup work was to test the potential of the new approach to making improved inferences of past environmental change by improving upon current reconstruction methodologies. The taxonomic groups analysed include diatoms, chironomids and chrysophyte cysts. We test the new methodology using two cold-environment training-sets, namely mountain lakes from the Pyrenees and the Alps. The use of multiple groups, as opposed to single groupings, was only found to increase the reconstruction skill slightly, as measured by the root mean square error of prediction (leave-one-out cross-validation), in the case of alkalinity, dissolved inorganic carbon and altitude (a surrogate for air-temperature), but not for pH or dissolved CO2. Reasons why the improvement was less than might have been anticipated are discussed. These can include the different life-forms, environmental responses and reaction times of the groups under study.

New TTCN interfaces for WCDMA base station testing

WCDMA tukiasema (Node B) on osa UMTS-järjestelmän radioverkkoa. Node B on tärkeä verkkoelementti, jonka tarkoituksena on yhdistää mobiilikäyttäjät verkkoon. Telecom –ohjelmisto (TCOM SW) on vastuussa suuresta osasta Node B:n toiminnallisuutta. TCOM SW:n testaukseen käytetään paljon resursseja, jotta ohjelmiston oikeasta toiminnasta ja laadusta voidaan varmistua. System component testing on testausvaihe, jossa järjestelmän (Node B) osa (system component, tässä diplomityössä TCOM SW) testataan ennen sen integroimista muuhun järjestelmään. Tähän tarvitaan testityökalu ja testitapausten toteutus. Node B TTCN Tester (testeri) on työkalu, jota käytetään Node B:n ohjelmiston testauksessa. Testitapaukset toteutetaan TTCN-testinotaatiota käyttäen ja testataan testerin avulla. TCOM SW:n system component –testausvaihetta varten testeriin lisättiin uudet rajapinnat, joiden avulla voidaan simuloita Node B:n ATM-ohjelmistoa sekä WPA- ja WTR-yksiköitä. Tässä diplomityössä toteuttiin TTCN testitapaukset uusille rajapinnoille. Testitapaukset tekivät TCOM SW system component –testausvaiheen riippumattomaksi Node B:n ATM-ohjelmistosta sekä WPA- ja WTR-yksiköistä. Lisäksi TCOM SW:n toiminnan testaus näissä rajapinnoissa voidaan tästä lähtien tehdä automaattisesti. Testitapauksien toiminta varmistettiin testeriä käyttäen. Tulokset olivat hyviä, uudet testitapaukset ja TTCN rajapinnat toimivat oikein lisäten testauksen tehokkuutta.

Populating ACT-R's Declarative Memory with Internet Statistics

Decision situations are often characterized by uncertainty: we do not know the values of the different options on all attributes and have to rely on information stored in our memory to decide. Several strategies have been proposed to describe how people make inferences based on knowledge used as cues. The present research shows how declarative memory of ACT-R models could be populated based on internet statistics. This will allow to simulate the performance of decision strategies operating on declarative knowledge based on occurrences and co-occurrences of objects and cues in the environment.

Embodied memory: unconscious smiling modulates emotional evaluation of episodic memories.

Since Damasio introduced the somatic markers hypothesis in Damasio (1994), it has spread through the psychological community, where it is now commonly acknowledged that somatic states are a factor in producing the qualitative dimension of our experiences. Present actions are emotionally guided by those somatic states that were previously activated in similar experiences. In this model, somatic markers serve as a kind of embodied memory. Here, we test whether the manipulation of somatic markers can modulate the emotional evaluation of negative memories. Because facial feedback has been shown to be a powerful means of modifying emotional judgements, we used it to manipulate somatic markers. Participants first read a sad story in order to induce a negative emotional memory and then were asked to rate their emotions and memory about the text. Twenty-four hours later, the same participants were asked to assume a predetermined facial feedback (smiling) while reactivating their memory of the sad story. The participants were once again asked to fill in emotional and memory questionnaires about the text. Our results showed that participants who had smiled during memory reactivation later rated the text less negatively than control participants. However, the contraction of the zygomaticus muscles during memory reactivation did not have any impact on episodic memory scores. This suggests that manipulating somatic states modified emotional memory without affecting episodic memory. Thus, modulating memories through bodily states might pave the way to studying memory as an embodied function and help shape new kinds of psychotherapeutic interventions.

Design, implementation and testing of DVB/MHP-application development environment

Tämä diplomityö esittelee 1.6. - 4.11.2002 Mikkelin ammattikorkeakoulun YTI-tutkimuskeskuksen Informaatio- ja mediateknologian hankekokonaisuuden STRIMT-projektin puitteissa tekemäni MHP-kehitysjärjestelmähankinnan tuloksia. Digitaalitelevision MHP-sovelluskehitysjärjestelmän hankinnan tulosten lisäksi työ antaa yleiskuvan MHP-sovelluskehitystyökaluista, digitaalitelevisiostandardeista sekä digitaalitelevisioverkkojen yhteistoimintamalleista televerkkojen kanssa. Keräämieni tietojen, tekemäni tarvemäärittelyn ja suorittamani tuotevertailun perusteella valitsin tarpeisiimme sopivimmaksi järjestelmäksi Alticast Inc.-yrityksen Altifusion-tuotteen. Tuotteen valinnassa otin huomioon myös mahdolliset tulevaisuuden tarpeet aina täysimittaista lähetysjärjestelmää varten kehittämällä vaiheittaisen hankintasuunnitelman. Järjestelmää hankittaessa tärkeintä on huomioida heti alusta alkaen mahdolliset tulevat tarpeet ja varmistaa hankinnan hyödynnettävyys myös tulevaisuudessa. Järjestelmän hankinnan lisäksi vastasin sen käyttöönotosta ja järjestelmää hyödyntävän testisovelluksen laatimisesta.

Hippocampal Theta-Phase Modulation of Replay Correlates with Configural-Relational Short-Term Memory Performance

Thereis now growing evidencethatthe hippocampus generatestheta rhythmsthat can phase biasfast neural oscillationsinthe neocortex, allowing coordination of widespread fast oscillatory populations outside limbic areas. A recent magnetoencephalographic study showed that maintenance of configural-relational scene information in a delayed match-to-sample (DMS) task was associated with replay of that information during the delay period. The periodicity of the replay was coordinated by the phase of the ongoing theta rhythm, and the degree of theta coordination during the delay period was positively correlated with DMS performance. Here, we reanalyzed these data to investigate which brain regions were involved in generating the theta oscillations that coordinated the periodic replay of configural- relational information. We used a beamformer algorithm to produce estimates of regional theta rhythms and constructed volumetric images of the phase-locking between the local theta cycle and the instances of replay (in the 13- 80 Hz band). We found that individual differences in DMS performancefor configural-relational associations were relatedtothe degree of phase coupling of instances of cortical reactivations to theta oscillations generated in the right posterior hippocampus and the right inferior frontal gyrus. This demonstrates that the timing of memory reactivations in humans is biased toward hippocampal theta phase

TTCN testing of WCDMA base station operation and maintenance software

TTCN-kieltä käytetään testitapausten määrittelemiseen tietoliikennejärjestelmissä. Nykyään TTCN:stä on tullut yhä suositumpi tapa toteuttaa testitapauksia. TTCN tarjoaa hyvän ja yksinkertaisen tavan muuntaa käsin testattavat testitapaukset automatisoiduiksi. Tämän diplomityön yhteydessä toteutettiin TTCN testitapaukset WCDMA -tukiaseman käyttö- ja kunnossapito- (O&M) ohjelmistolle. Ohjelmistoa on käytetty myös toisen sukupolven tukiasemissa, mutta kolmannen sukupolven tukiasemissa sillä on huomattavasti isompi rooli. WCDMA -tukiasemassa O&M käsittelee muun muassa tukiaseman käynnistyksen, virhetilanteet ja valvoo tukiaseman komponentteja. Ensimmäisiä tehtäviä diplomityötä tehdessä oli valita ne testitapaukset, jotka olisivat mahdollisia ja hyödyllisiä toteuttaa TTCN:n avulla. Testitapaukset valittiin valmiina olleista testitapausten kuvauksista. Valitut testitapaukset toteutettiin käyttäen rinnakkaista ja modulaarista TTCN-kieltä ja testattiin WCDMA -tukiasemaa vasten käyttäen TTCN Tester ohjelmistoa. Tämän diplomityön yhteydessä toteutettuja testitapauksia käytetään varmistamaan, että tukiasema voi toipua erilaisista virhetilanteista O&M ohjelmiston avulla. Testitapauksia WCDMA -tukiasemaa vasten ajettaessa varmistetaan myös, että O&M ohjelmisto toimii määrittelyn mukaisesti eri tilanteissa. Toteutetut testi tapaukset korvaavat nykyään käsin testatut O&M testi tapaukset tukiaseman O&M ohjelmistoa testatessa. Automatisoidut testi tapaukset tekevät O&M ohjelmiston testaamisen merkittävästi nopeammaksi ja helpommaksi.

Subsystem Testing of Message Guided State Machines Using a Simulator Framework

Simulaattorit ovat yksinkertaistettuja malleja tietyistä järjestelmän osioista. Niitä käytetään mallintamaan testattavan osion ympärillä olevien muiden osioiden ulkoista toimintaa, jotta testattavalle osiolle saadaan oikeanlainen toimintaympäristö aikaiseksi. Tilakoneita käytetään mallintamaan ohjelmistojen tai niiden osien toimintaa. Sanomaohjatuissa tilakoneissa tilojen vaihdot perustuvat saapuviin sanomiin. Tässä työssä esitellään erään ohjelmiston alijärjestelmän testaamisessa käytettävä arkkitehtuuri, joka perustuu suurelta osin simulaattoreiden käyttöön muiden alijärjestelmien mallintamisessa. Testattava ohjelmisto koostuu enimmäkseen tilakoneista, jotka vaihtavat keskenään sanomia ja ohjaavat näin toistensa tilasiirtymiä. Työn testausympäristö on suunniteltu juuri tämänkaltaisen ohjelmiston testaamiseen. Työssä esiteltävää testausympäristöä myöskin käytettiin useamman kuukauden ajan ja se todettiin toimivaksi. Joitakin testausympäristön käyttöohjeita, käyttökokemuksia sekä siihen liittyviä parannusehdotuksia käydään läpi työn loppuosassa. Erityisesti havaittiin miten tärkeää on testata implementaatiota jo luokka tasolla ennen alijärjestelmä tason testaukseen siirtymistä sekä päädyttiin siihen, että suunnitteluvaiheen pitäisi olla lähemmin liitoksissa alijärjestelmätestaukseen.

Load and Performance Testing of Web Applications on Service Based Environments

Suorituskyky- ja kuormitustestien tekeminen sovelluksille on erittäin tärkeä osa tuotantoprosessia nykypäivänä. Myös Web-sovelluksia testataan yhä enemmän. Tarve suorituskyky- ja kuormitustestien tekemiselle on selvä. Testattavan ympäristön tämänhetkinen, mutta myös tulevaisuuden toimivuus taataan oikein tehdyillä testeillä ja niitä seuraavilla korjaustoimenpiteillä. Suurten käyttäjämäärien testaaminen manuaalisesti on kuitenkin hyvin vaikeaa. Sirpaleisen ympäristön, kuten palveluihin perustuvien Web-sovellusympäristöjen testaaminen on haaste. Tämän työn aiheena on arvioida työkaluja ja menetelmiä, joilla raskaita teollisia Web-sovelluksia voidaan testata. Tavoitteena on löytää testausmenetelmiä, joilla voidaan luotettavasti simuloida suuria käyttäjämääriä. Tavoitteena on myös arvioida erilaisten yhteyksien ja protokollien vaikutusta Web-sovelluksen suorituskykyyn.

Learning-induced gene expression in the heads of two Nasonia species that differ in long-term memory formation.

BACKGROUND: Cellular processes underlying memory formation are evolutionary conserved, but natural variation in memory dynamics between animal species or populations is common. The genetic basis of this fascinating phenomenon is poorly understood. Closely related species of Nasonia parasitic wasps differ in long-term memory (LTM) formation: N. vitripennis will form transcription-dependent LTM after a single conditioning trial, whereas the closely-related species N. giraulti will not. Genes that were differentially expressed (DE) after conditioning in N. vitripennis, but not in N. giraulti, were identified as candidate genes that may regulate LTM formation. RESULTS: RNA was collected from heads of both species before and immediately, 4 or 24 hours after conditioning, with 3 replicates per time point. It was sequenced strand-specifically, which allows distinguishing sense from antisense transcripts and improves the quality of expression analyses. We determined conditioning-induced DE compared to naïve controls for both species. These expression patterns were then analysed with GO enrichment analyses for each species and time point, which demonstrated an enrichment of signalling-related genes immediately after conditioning in N. vitripennis only. Analyses of known LTM genes and genes with an opposing expression pattern between the two species revealed additional candidate genes for the difference in LTM formation. These include genes from various signalling cascades, including several members of the Ras and PI3 kinase signalling pathways, and glutamate receptors. Interestingly, several other known LTM genes were exclusively differentially expressed in N. giraulti, which may indicate an LTM-inhibitory mechanism. Among the DE transcripts were also antisense transcripts. Furthermore, antisense transcripts aligning to a number of known memory genes were detected, which may have a role in regulating these genes. CONCLUSION: This study is the first to describe and compare expression patterns of both protein-coding and antisense transcripts, at different time points after conditioning, of two closely related animal species that differ in LTM formation. Several candidate genes that may regulate differences in LTM have been identified. This transcriptome analysis is a valuable resource for future in-depth studies to elucidate the role of candidate genes and antisense transcription in natural variation in LTM formation.