Optimizing Computational Frameworks to Study the Influence of the Protein Environment on the Individual Site Energies of Chromophores in Photosystem II of Photosynthesis

Photosynthesis is a process in which electromagnetic radiation is converted into chemical energy. Photosystems capture photons with chromophores and transfer their energy to reaction centers using chromophores as a medium. In the reaction center, the excitation energy is used to perform chemical reactions. Knowledge of chromophore site energies is crucial to the understanding of excitation energy transfer pathways in photosystems and the ability to compute the site energies in a fast and accurate manner is mandatory for investigating how protein dynamics ef-fect the site energies and ultimately energy pathways with time. In this work we developed two software frameworks designed to optimize the calculations of chro-mophore site energies within a protein environment. The first is for performing quantum mechanical energy optimizations on molecules and the second is for com-puting site energies of chromophores in a fast and accurate manner using the polar-izability embedding method. The two frameworks allow for the fast and accurate calculation of chromophore site energies within proteins, ultimately allowing for the effect of protein dynamics on energy pathways to be studied. We use these frame-works to compute the site energies of the eight chromophores in the reaction center of photosystem II (PSII) using a 1.9 Å resolution x-ray structure of photosystem II. We compare our results to conflicting experimental data obtained from both isolat-ed intact PSII core preparations and the minimal reaction center preparation of PSII, and find our work more supportive of the former.

Vers une scène commune : rapports croisés entre poésie et chanson chez Raoul Duguay (1966-1970)

Ce mémoire porte sur les deux premiers recueils de Raoul Duguay (ruts et or le cycle du sang dure donc). Il cherche à examiner les liens étroits qu’entretient la poésie de Duguay avec la production parallèle du poète, qui s’oriente dès la fin des années 1960 vers la chanson. Le mémoire s’attachera d’abord, dans le premier chapitre, à présenter l’histoire des liens entre les poètes et la chanson au Québec afin de relever les points de contact significatifs au cours des années 1960 et de poser le cadre théorique de la chanson comme objet d’étude. Dans un deuxième temps, l’analyse des deux premiers recueils de poèmes de Duguay nous mènera à une réflexion sur la présence de la métaphore du chant, puis de la parole poétique en poésie québécoise, qui annonce un changement de paradigme dans l’approche du lyrisme et du sujet lyrique. Enfin, le troisième chapitre se penchera sur le contexte contre-culturel québécois, pour examiner le discours et le contre-discours sur la poésie, pour expliquer le phénomène de décloisonnement des genres qui conduit Raoul Duguay à investir le champ de la culture populaire de sa poésie. Il y sera aussi question du sujet « dans le langage », de l’expérience de la langue et de la subjectivité de la voix.

L'espace public de Jürgen Habermas, réexaminé à la lumière de ses écrits de jeunesse

L'espace public (1962) de Jürgen Habermas est souvent lu comme le premier ouvrage de sa carrière. Notre mémoire tâche de porter un éclairage différent sur celui-ci, de lire L'espace public comme point d'aboutissement de la pensée habermassienne des années 1950. Par l'exploration d'un certain nombre d'écrits mineurs et majeurs pré-1962, L'espace public se révèle une sorte de théorie critique de la société, encore fortement empreinte de marxisme, faisant figure de synthèse partielle des écrits de jeunesse.

"Un homme sur deux est une femme" : intégrer le genre dans les manuels d’histoire de la civilisation occidentale au collégial : quelques propositions

L’histoire des femmes et l’histoire du genre se sont développées conjointement depuis plus d’une trentaine d’années. Pourtant, elles ne sont pas encore pleinement reconnues par les institutions universitaires, et encore moins par les institutions collégiales, les progrès historiographiques dans ces domaines étant exclus du cursus enseigné. Du moins, c’est ce que nous avons observé au niveau collégial au Québec, à la suite d’une évaluation de la trame narrative des manuels francophones et anglophones utilisés pour le cours Histoire de la civilisation occidentale. En effet, grâce à une analyse des chapitres couvrant la période moderne, soit de 1500 à 1800 environ, des manuels les plus utilisés pour l’enseignement de ce cours, nous avons pu établir que l’histoire des femmes et l’histoire du genre ne sont pas intégrées et qu’une différence existe entre la trame du manuel francophone et celle du manuel anglophone. Nous avons constaté que le seul cours d’histoire obligatoire au niveau collégial, qui tend à former des citoyens et des citoyennes éclairé(e)s ainsi qu’à transmettre une culture générale de base, exclut la moitié de la population de leurs enseignements. Aussi ce mémoire propose-t-il trois façons de remédier à cette situation.

Mutations esthétiques, mais continuité technique dans l'oeuvre de Pierre Boulez

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/MU).

Developmental trajectories of marijuana use and psychological distress : exploring the co-occurrence of these phenomena in early adolescence

Le début de l’adolescence est une période de changements rapides où la détresse psychologique et l’expérimentation de la marijuana sont choses fréquentes. Certaines études longitudinales ont démontré que ces deux phénomènes ont tendance à se manifester conjointement tandis que d’autres n’ont pu observer de tel lien. Ces résultats divergents suggèrent que plusieurs questions persistent concernant la nature de cette relation. Cette thèse a pour objectif d’explorer la consommation de marijuana et la détresse psychologique en début d’adolescence afin de mieux saisir les changements à travers le temps, ainsi que d’examiner si ces deux problématiques évoluent conjointement et s’influencent réciproquement. Un échantillon de 448 adolescents garçons et filles fréquentant deux écoles secondaires de Montréal, ont été suivi de secondaire I à secondaire III. De 1999 à 2001, les participants ont complété un questionnaire à chaque année de l’étude incluant des mesures portant sur la consommation de marijuana et la détresse psychologique (IDPESQ-14). Un modèle de mixture semi-paramétrique (Nagin, 2005) a été utilisé afin d’identifier les trajectoires développementales de la consommation de marijuana et de détresse psychologique. Des analyses ont également été effectuées afin d’établir les liens d’appartenance entre chacune des trajectoires de consommation identifiées et la détresse psychologique lors de la première année de l`étude, ainsi qu’entre chacune des trajectoires de détresse psychologique et la consommation de marijuana en première année du secondaire. Finalement, des analyses de trajectoires jointes ont été effectuées afin de déterminer l’interrelation entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Les résultats de notre étude suggèrent qu’il existe une grande hétérogénéité au niveau de la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Trois trajectoires développementales ont été identifiées pour la consommation de marijuana: consommation légère, consommation grandissante et consommation élevée et stable. Trois trajectoires ont également été observées pour la détresse psychologique : basse, moyenne et élevée. Nos résultats démontrent la présence d’un lien entre la détresse psychologique rapportée lors de la première année de l’étude et les trajectoires de consommation problématiques. Ce lien a également été observé entre la consommation de marijuana rapportée lors de première année de l’étude et les trajectoires problématiques de détresse psychologique. Les analyses de trajectoires jointes démontrent la présence d’une concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Cette interrelation est toutefois complexe puisque les trajectoires de détresse psychologique élevée sont associées à un niveau de consommation de marijuana plus problématique mais l’inverse de cette association est moins probable. Notre étude met en lumière la nature asymétrique de la concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique.

No Laughing Matter: Shakespearean Melancholy and the Transformation of Comedy

Mon projet de thèse démontre le rôle essentiel que tient la mélancolie dans les comédies de Shakespeare. J’analyse sa présence au travers de multiples pièces, des farces initiales, en passant par les comédies romantiques, jusqu’aux tragicomédies qui ponctuent les dernières années de sa carrière. Je dénote ainsi sa métamorphose au sein du genre comique, passant d’une représentation individuelle se rapportant à la théorie des humeurs, à un spectre émotionnel se greffant aux structures théâtrales dans lesquelles il évolue. Je suggère que cette progression s’apparent au cycle de joie et de tristesse qui forme la façon par laquelle Shakespeare dépeint l’émotion sur scène. Ma thèse délaisse donc les théories sur la mélancolie se rapportant aux humeurs et à la psychanalyse, afin de repositionner celle-ci dans un créneau shakespearien, comique, et historique, où le mot « mélancolie » évoque maintes définitions sur un plan social, scientifique, et surtout théâtrale. Suite à un bref aperçu de sa prévalence en Angleterre durant la Renaissance lors de mon introduction, les chapitres suivants démontrent la surabondance de mélancolie dans les comédies de Shakespeare. A priori, j’explore les façons par lesquelles elle est développée au travers de La Comedie des Erreurs et Peines d’Amour Perdues. Les efforts infructueux des deux pièces à se débarrasser de leur mélancolie par l’entremise de couplage hétérosexuels indique le malaise que celle-ci transmet au style comique de Shakespere et ce, dès ces premiers efforts de la sorte. Le troisième chapitre soutient que Beaucoup de Bruit pour Rien et Le Marchand de Venise offrent des exemples parangons du phénomène par lequel des personnages mélancoliques refusent de tempérer leurs comportements afin de se joindre aux célébrations qui clouent chaque pièce. La mélancolie que l’on retrouve ici génère une ambiguïté émotionnelle qui complique sa présence au sein du genre comique. Le chapitre suivant identifie Comme il vous plaira et La Nuit des Rois comme l’apogée du traitement comique de la mélancolie entrepris par Shakespeare. Je suggère que ces pièces démontrent l’instant où les caractérisations corporelles de la mélancolie ne sont plus de mise pour le style dramatique vers lequel Shakespeare se tourne progressivement. Le dernier chapitre analyse donc Périclès, prince de Tyr et Le Conte d’Hiver afin de démontrer que, dans la dernière phase de sa carrière théâtrale, Shakespeare a recours aux taxonomies comiques élucidées ultérieurement afin de créer une mélancolie spectrale qui s’attardent au-delà des pièces qu’elle hante. Cette caractérisation se rapporte aux principes de l’art impressionniste, puisqu’elle promeut l’abandon de la précision au niveau du texte pour favoriser les réponses émotionnelles que les pièces véhiculent. Finalement, ma conclusion démontre que Les Deux Nobles Cousins représente la culmination du développement de la mélancolie dans les comédies de Shakespeare, où l’incarnation spectrale du chapitre précèdent atteint son paroxysme. La nature collaborative de la pièce suggère également un certain rituel transitif entre la mélancolie dite Shakespearienne et celle développée par John Fletcher à l’intérieure de la même pièce.

Histoire(s) et historiographie du cinéma en France : 1896-1953

Thèse de doctorat effectuée en cotutelle au Département d’histoire de l’art et d’études cinématographiques de la Faculté des arts et des sciences de l'Université de Montréal et à la Section d’histoire et esthétique du cinéma de la Faculté des lettres de l'Université de Lausanne.

UNITRAN: A Principle-Based Approach to Machine Translation

Machine translation has been a particularly difficult problem in the area of Natural Language Processing for over two decades. Early approaches to translation failed since interaction effects of complex phenomena in part made translation appear to be unmanageable. Later approaches to the problem have succeeded (although only bilingually), but are based on many language-specific rules of a context-free nature. This report presents an alternative approach to natural language translation that relies on principle-based descriptions of grammar rather than rule-oriented descriptions. The model that has been constructed is based on abstract principles as developed by Chomsky (1981) and several other researchers working within the "Government and Binding" (GB) framework. Thus, the grammar is viewed as a modular system of principles rather than a large set of ad hoc language-specific rules.

La Reforma Catòlica a la muntanya catalana a través de les visites pastorals: els bisbats de Girona i Vic (1587-1800)

La present tesi vol explicar la implantació de la Reforma Catòlica en una sèrie de parròquies rurals dels bisbats de Girona (valls de Ridaura, Bas, Hostoles i Amer) i Vic (El Collsacabra i les valls de Susqueda i Sau), entre 1587 i 1800, des dels bisbes posttrentins Jaume Caçador i Pedro Jaime als il·lustrats Tomàs de Lorenzana i Francisco de Veyan. La documentació principal són les sèries de les visites pastorals conservades a l'Arxiu Diocesà de Girona i l'Arxiu Episcopal de Vic; paral·lelament, s'ha reforçat amb documentació parroquial (llibres sagramentals, consuetes, llibres d'obra i confraries), protocols notarials (notaries de Rupit, Sant Feliu de Pallerols, El Mallol i Amer) i impresos episcopals. Els manaments de les visites pastorals s'han contrastat, amb semblances i diferències, amb els decrets del concili de Trento, de les constitucions provincials tarraconenses i les sinodals gironines i vigatanes, i amb les evidències artístiques, arquitectòniques i arqueològiques. Tots ells han servit per demostrar la lentitud en la implantació del programa tridentí, que s'assoleix, de fet, amb força retard (ben entrat el segle XVIII).

A predictive model for early-warning of Septoria leaf blotch on winter wheat

Disease-weather relationships influencing Septoria leaf blotch (SLB) preceding growth stage (GS) 31 were identified using data from 12 sites in the UK covering 8 years. Based on these relationships, an early-warning predictive model for SLB on winter wheat was formulated to predict the occurrence of a damaging epidemic (defined as disease severity of 5% or > 5% on the top three leaf layers). The final model was based on accumulated rain > 3 mm in the 80-day period preceding GS 31 (roughly from early-February to the end of April) and accumulated minimum temperature with a 0A degrees C base in the 50-day period starting from 120 days preceding GS 31 (approximately January and February). The model was validated on an independent data set on which the prediction accuracy was influenced by cultivar resistance. Over all observations, the model had a true positive proportion of 0.61, a true negative proportion of 0.73, a sensitivity of 0.83, and a specificity of 0.18. True negative proportion increased to 0.85 for resistant cultivars and decreased to 0.50 for susceptible cultivars. Potential fungicide savings are most likely to be made with resistant cultivars, but such benefits would need to be identified with an in-depth evaluation.

A simple two-stage design for quantitative responses with application to a study in diabetic neuropathic pain

Two-stage designs offer substantial advantages for early phase II studies. The interim analysis following the first stage allows the study to he stopped for futility, or more positively, it might lead to early progression to the trials needed for late phase H and phase III. If the study is to continue to its second stage, then there is an opportunity for a revision of the total sample size. Two-stage designs have been implemented widely in oncology studies in which there is a single treatment arm and patient responses are binary. In this paper the case of two-arm comparative studies in which responses are quantitative is considered. This setting is common in therapeutic areas other than oncology. It will be assumed that observations are normally distributed, but that there is some doubt concerning their standard deviation, motivating the need for sample size review. The work reported has been motivated by a study in diabetic neuropathic pain, and the development of the design for that trial is described in detail. Copyright (C) 2008 John Wiley & Sons, Ltd.

Monotone positive solutions for a fourth order equation with nonlinear boundary conditions

This work is concerned with the existence of monotone positive solutions for a class of beam equations with nonlinear boundary conditions. The results are obtained by using the monotone iteration method and they extend early works on beams with null boundary conditions. Numerical simulations are also presented. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Separation and Execution of graphical engine on a cross platform IDE to enhance performance

“Biosim” is a simulation software which works to simulate the harvesting system.This system is able to design a model for any logistic problem with the combination of several objects so that the artificial system can show the performance of an individual model. The system will also describe the efficiency, possibility to be chosen for real life application of that particular model. So, when any one wish to setup a logistic model like- harvesting system, in real life he/she may be noticed about the suitable prostitution for his plants and factories as well as he/she may get information about the least number of objects, total time to complete the task, total investment required for his model, total amount of noise produced for his establishment in advance. It will produce an advance over view for his model. But “Biosim” is quite slow .As it is an object based system, it takes long time to make its decision. Here the main task is to modify the system so that it can work faster than the previous. So, the main objective of this thesis is to reduce the load of “Biosim” by making some modification of the original system as well as to increase its efficiency. So that the whole system will be faster than the previous one and performs more efficiently when it will be applied in real life. Theconcept is to separate the execution part of ”Biosim” form its graphical engine and run this separated portion in a third generation language platform. C++ is chosenhere as this external platform. After completing the proposed system, results with different models have been observed. The results show that, for any type of plants of fields, for any number of trucks, the proposed system is faster than the original system. The proposed system takes at least 15% less time “Biosim”. The efficiency increase with the complexity of than the original the model. More complex the model, more efficient the proposed system is than original “Biosim”.Depending on the complexity of a model, the proposed system can be 56.53 % faster than the original “Biosim”.

La thématique de l’eau dans l’œuvre de Marguerite Duras

The aim of this thematic study is to examine how the water motif is used in Marguerite Duras’s literary work. The study shows that water has multiple functions in these texts: it is linked to major themes and creates an enigmatic atmosphere by its association with the unknown, the inexplicable and the unconscious. The strong presence of water in Duras’s texts is striking. References to the water element can be found in several titles throughout her career, from early works such as Un barrage contre le Pacifique (1950) to La mer écrite (1996), published just after her death. Almost all of her fiction take place near water – and the rain or the sound of waves serve as leitmotifs in specific novels. The water motif can play a metonymic as well as a metaphoric role in the texts and it sometimes takes on human or animalistic characteristics (Chapter 4). Several emblematic Durassian characters (e.g. the beggar-woman, Anne-Marie Stretter and Lol V. Stein) have a close relationship to water (Chapter 5). The water motif is linked to many major Durassian themes, and illustrates themes with positive connotations, for example, creation, fecundity, maternity, liberty and desire, as well as themes with negative connotations such as destruction and death (Chapter 6). A close reading of three novels, La vie tranquille (1944), L’après-midi de Monsieur Andesmas (1962) and La maladie de la mort (1982), shows that the realism of the first novel is replaced by intriguing evocations of the sea and the pond in the second text, motifs which resist straightforward interpretation. The enigmatic feeling persists in the last novel, in which the sea illustrates the overall sombre mood of the story (Chapter 7). Finally, the role of the water element in psychoanalytic theory is discussed (Chapter 8), and a parallel is drawn between the Jungian concept of the mother archetype and the water motif in Duras’s texts. The suggestion is made in this last chapter that water is used to illustrate an oriental influence (Taoist or Buddhist) of some of the female characters in Duras’s work.