Optimizing Computational Frameworks to Study the Influence of the Protein Environment on the Individual Site Energies of Chromophores in Photosystem II of Photosynthesis

Photosynthesis is a process in which electromagnetic radiation is converted into chemical energy. Photosystems capture photons with chromophores and transfer their energy to reaction centers using chromophores as a medium. In the reaction center, the excitation energy is used to perform chemical reactions. Knowledge of chromophore site energies is crucial to the understanding of excitation energy transfer pathways in photosystems and the ability to compute the site energies in a fast and accurate manner is mandatory for investigating how protein dynamics ef-fect the site energies and ultimately energy pathways with time. In this work we developed two software frameworks designed to optimize the calculations of chro-mophore site energies within a protein environment. The first is for performing quantum mechanical energy optimizations on molecules and the second is for com-puting site energies of chromophores in a fast and accurate manner using the polar-izability embedding method. The two frameworks allow for the fast and accurate calculation of chromophore site energies within proteins, ultimately allowing for the effect of protein dynamics on energy pathways to be studied. We use these frame-works to compute the site energies of the eight chromophores in the reaction center of photosystem II (PSII) using a 1.9 Å resolution x-ray structure of photosystem II. We compare our results to conflicting experimental data obtained from both isolat-ed intact PSII core preparations and the minimal reaction center preparation of PSII, and find our work more supportive of the former.

Vers une scène commune : rapports croisés entre poésie et chanson chez Raoul Duguay (1966-1970)

Ce mémoire porte sur les deux premiers recueils de Raoul Duguay (ruts et or le cycle du sang dure donc). Il cherche à examiner les liens étroits qu’entretient la poésie de Duguay avec la production parallèle du poète, qui s’oriente dès la fin des années 1960 vers la chanson. Le mémoire s’attachera d’abord, dans le premier chapitre, à présenter l’histoire des liens entre les poètes et la chanson au Québec afin de relever les points de contact significatifs au cours des années 1960 et de poser le cadre théorique de la chanson comme objet d’étude. Dans un deuxième temps, l’analyse des deux premiers recueils de poèmes de Duguay nous mènera à une réflexion sur la présence de la métaphore du chant, puis de la parole poétique en poésie québécoise, qui annonce un changement de paradigme dans l’approche du lyrisme et du sujet lyrique. Enfin, le troisième chapitre se penchera sur le contexte contre-culturel québécois, pour examiner le discours et le contre-discours sur la poésie, pour expliquer le phénomène de décloisonnement des genres qui conduit Raoul Duguay à investir le champ de la culture populaire de sa poésie. Il y sera aussi question du sujet « dans le langage », de l’expérience de la langue et de la subjectivité de la voix.

L'espace public de Jürgen Habermas, réexaminé à la lumière de ses écrits de jeunesse

L'espace public (1962) de Jürgen Habermas est souvent lu comme le premier ouvrage de sa carrière. Notre mémoire tâche de porter un éclairage différent sur celui-ci, de lire L'espace public comme point d'aboutissement de la pensée habermassienne des années 1950. Par l'exploration d'un certain nombre d'écrits mineurs et majeurs pré-1962, L'espace public se révèle une sorte de théorie critique de la société, encore fortement empreinte de marxisme, faisant figure de synthèse partielle des écrits de jeunesse.

"Un homme sur deux est une femme" : intégrer le genre dans les manuels d’histoire de la civilisation occidentale au collégial : quelques propositions

L’histoire des femmes et l’histoire du genre se sont développées conjointement depuis plus d’une trentaine d’années. Pourtant, elles ne sont pas encore pleinement reconnues par les institutions universitaires, et encore moins par les institutions collégiales, les progrès historiographiques dans ces domaines étant exclus du cursus enseigné. Du moins, c’est ce que nous avons observé au niveau collégial au Québec, à la suite d’une évaluation de la trame narrative des manuels francophones et anglophones utilisés pour le cours Histoire de la civilisation occidentale. En effet, grâce à une analyse des chapitres couvrant la période moderne, soit de 1500 à 1800 environ, des manuels les plus utilisés pour l’enseignement de ce cours, nous avons pu établir que l’histoire des femmes et l’histoire du genre ne sont pas intégrées et qu’une différence existe entre la trame du manuel francophone et celle du manuel anglophone. Nous avons constaté que le seul cours d’histoire obligatoire au niveau collégial, qui tend à former des citoyens et des citoyennes éclairé(e)s ainsi qu’à transmettre une culture générale de base, exclut la moitié de la population de leurs enseignements. Aussi ce mémoire propose-t-il trois façons de remédier à cette situation.

Mutations esthétiques, mais continuité technique dans l'oeuvre de Pierre Boulez

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/MU).

Developmental trajectories of marijuana use and psychological distress : exploring the co-occurrence of these phenomena in early adolescence

Le début de l’adolescence est une période de changements rapides où la détresse psychologique et l’expérimentation de la marijuana sont choses fréquentes. Certaines études longitudinales ont démontré que ces deux phénomènes ont tendance à se manifester conjointement tandis que d’autres n’ont pu observer de tel lien. Ces résultats divergents suggèrent que plusieurs questions persistent concernant la nature de cette relation. Cette thèse a pour objectif d’explorer la consommation de marijuana et la détresse psychologique en début d’adolescence afin de mieux saisir les changements à travers le temps, ainsi que d’examiner si ces deux problématiques évoluent conjointement et s’influencent réciproquement. Un échantillon de 448 adolescents garçons et filles fréquentant deux écoles secondaires de Montréal, ont été suivi de secondaire I à secondaire III. De 1999 à 2001, les participants ont complété un questionnaire à chaque année de l’étude incluant des mesures portant sur la consommation de marijuana et la détresse psychologique (IDPESQ-14). Un modèle de mixture semi-paramétrique (Nagin, 2005) a été utilisé afin d’identifier les trajectoires développementales de la consommation de marijuana et de détresse psychologique. Des analyses ont également été effectuées afin d’établir les liens d’appartenance entre chacune des trajectoires de consommation identifiées et la détresse psychologique lors de la première année de l`étude, ainsi qu’entre chacune des trajectoires de détresse psychologique et la consommation de marijuana en première année du secondaire. Finalement, des analyses de trajectoires jointes ont été effectuées afin de déterminer l’interrelation entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Les résultats de notre étude suggèrent qu’il existe une grande hétérogénéité au niveau de la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Trois trajectoires développementales ont été identifiées pour la consommation de marijuana: consommation légère, consommation grandissante et consommation élevée et stable. Trois trajectoires ont également été observées pour la détresse psychologique : basse, moyenne et élevée. Nos résultats démontrent la présence d’un lien entre la détresse psychologique rapportée lors de la première année de l’étude et les trajectoires de consommation problématiques. Ce lien a également été observé entre la consommation de marijuana rapportée lors de première année de l’étude et les trajectoires problématiques de détresse psychologique. Les analyses de trajectoires jointes démontrent la présence d’une concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Cette interrelation est toutefois complexe puisque les trajectoires de détresse psychologique élevée sont associées à un niveau de consommation de marijuana plus problématique mais l’inverse de cette association est moins probable. Notre étude met en lumière la nature asymétrique de la concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique.

No Laughing Matter: Shakespearean Melancholy and the Transformation of Comedy

Mon projet de thèse démontre le rôle essentiel que tient la mélancolie dans les comédies de Shakespeare. J’analyse sa présence au travers de multiples pièces, des farces initiales, en passant par les comédies romantiques, jusqu’aux tragicomédies qui ponctuent les dernières années de sa carrière. Je dénote ainsi sa métamorphose au sein du genre comique, passant d’une représentation individuelle se rapportant à la théorie des humeurs, à un spectre émotionnel se greffant aux structures théâtrales dans lesquelles il évolue. Je suggère que cette progression s’apparent au cycle de joie et de tristesse qui forme la façon par laquelle Shakespeare dépeint l’émotion sur scène. Ma thèse délaisse donc les théories sur la mélancolie se rapportant aux humeurs et à la psychanalyse, afin de repositionner celle-ci dans un créneau shakespearien, comique, et historique, où le mot « mélancolie » évoque maintes définitions sur un plan social, scientifique, et surtout théâtrale. Suite à un bref aperçu de sa prévalence en Angleterre durant la Renaissance lors de mon introduction, les chapitres suivants démontrent la surabondance de mélancolie dans les comédies de Shakespeare. A priori, j’explore les façons par lesquelles elle est développée au travers de La Comedie des Erreurs et Peines d’Amour Perdues. Les efforts infructueux des deux pièces à se débarrasser de leur mélancolie par l’entremise de couplage hétérosexuels indique le malaise que celle-ci transmet au style comique de Shakespere et ce, dès ces premiers efforts de la sorte. Le troisième chapitre soutient que Beaucoup de Bruit pour Rien et Le Marchand de Venise offrent des exemples parangons du phénomène par lequel des personnages mélancoliques refusent de tempérer leurs comportements afin de se joindre aux célébrations qui clouent chaque pièce. La mélancolie que l’on retrouve ici génère une ambiguïté émotionnelle qui complique sa présence au sein du genre comique. Le chapitre suivant identifie Comme il vous plaira et La Nuit des Rois comme l’apogée du traitement comique de la mélancolie entrepris par Shakespeare. Je suggère que ces pièces démontrent l’instant où les caractérisations corporelles de la mélancolie ne sont plus de mise pour le style dramatique vers lequel Shakespeare se tourne progressivement. Le dernier chapitre analyse donc Périclès, prince de Tyr et Le Conte d’Hiver afin de démontrer que, dans la dernière phase de sa carrière théâtrale, Shakespeare a recours aux taxonomies comiques élucidées ultérieurement afin de créer une mélancolie spectrale qui s’attardent au-delà des pièces qu’elle hante. Cette caractérisation se rapporte aux principes de l’art impressionniste, puisqu’elle promeut l’abandon de la précision au niveau du texte pour favoriser les réponses émotionnelles que les pièces véhiculent. Finalement, ma conclusion démontre que Les Deux Nobles Cousins représente la culmination du développement de la mélancolie dans les comédies de Shakespeare, où l’incarnation spectrale du chapitre précèdent atteint son paroxysme. La nature collaborative de la pièce suggère également un certain rituel transitif entre la mélancolie dite Shakespearienne et celle développée par John Fletcher à l’intérieure de la même pièce.

Histoire(s) et historiographie du cinéma en France : 1896-1953

Thèse de doctorat effectuée en cotutelle au Département d’histoire de l’art et d’études cinématographiques de la Faculté des arts et des sciences de l'Université de Montréal et à la Section d’histoire et esthétique du cinéma de la Faculté des lettres de l'Université de Lausanne.

UNITRAN: A Principle-Based Approach to Machine Translation

Machine translation has been a particularly difficult problem in the area of Natural Language Processing for over two decades. Early approaches to translation failed since interaction effects of complex phenomena in part made translation appear to be unmanageable. Later approaches to the problem have succeeded (although only bilingually), but are based on many language-specific rules of a context-free nature. This report presents an alternative approach to natural language translation that relies on principle-based descriptions of grammar rather than rule-oriented descriptions. The model that has been constructed is based on abstract principles as developed by Chomsky (1981) and several other researchers working within the "Government and Binding" (GB) framework. Thus, the grammar is viewed as a modular system of principles rather than a large set of ad hoc language-specific rules.

La guerra de Irak 2003: los interés ocultos de las multinacionales petroleras y su influencia en los miembros permanentes del consejo de seguridad de la ONU

El presente estudio de caso tiene como objetivo mostrar el vínculo que hay entre las multinacionales petroleras y las decisiones que tomaron los cinco miembros permantes del Consejo de Seguridad de la ONU (China, Rusia, Francia, Estados Unidos y Reino Unido) a comienzos del año 2003. Para ello se comparara las posiciones que tomó cada Estado, respecto al proyecto de resolución de la guerra contra Irak, con los intereses de sus multinacionales petroleras. Lo anterior, con el fin de comprobar que debido al gran poder económico que tienen las petroleras, éstas ejercen influencia en las decisiones políticas que toma el Estado y, no solo influyen estatalmente sino que logran permear otros escenarios como el Consejo de Seguridad. Por ello se evaluara el papel que cumple la facultad de veto en la aprobación de resoluciones concernientes a la guerra de Irak.

La Reforma Catòlica a la muntanya catalana a través de les visites pastorals: els bisbats de Girona i Vic (1587-1800)

La present tesi vol explicar la implantació de la Reforma Catòlica en una sèrie de parròquies rurals dels bisbats de Girona (valls de Ridaura, Bas, Hostoles i Amer) i Vic (El Collsacabra i les valls de Susqueda i Sau), entre 1587 i 1800, des dels bisbes posttrentins Jaume Caçador i Pedro Jaime als il·lustrats Tomàs de Lorenzana i Francisco de Veyan. La documentació principal són les sèries de les visites pastorals conservades a l'Arxiu Diocesà de Girona i l'Arxiu Episcopal de Vic; paral·lelament, s'ha reforçat amb documentació parroquial (llibres sagramentals, consuetes, llibres d'obra i confraries), protocols notarials (notaries de Rupit, Sant Feliu de Pallerols, El Mallol i Amer) i impresos episcopals. Els manaments de les visites pastorals s'han contrastat, amb semblances i diferències, amb els decrets del concili de Trento, de les constitucions provincials tarraconenses i les sinodals gironines i vigatanes, i amb les evidències artístiques, arquitectòniques i arqueològiques. Tots ells han servit per demostrar la lentitud en la implantació del programa tridentí, que s'assoleix, de fet, amb força retard (ben entrat el segle XVIII).

A predictive model for early-warning of Septoria leaf blotch on winter wheat

Disease-weather relationships influencing Septoria leaf blotch (SLB) preceding growth stage (GS) 31 were identified using data from 12 sites in the UK covering 8 years. Based on these relationships, an early-warning predictive model for SLB on winter wheat was formulated to predict the occurrence of a damaging epidemic (defined as disease severity of 5% or > 5% on the top three leaf layers). The final model was based on accumulated rain > 3 mm in the 80-day period preceding GS 31 (roughly from early-February to the end of April) and accumulated minimum temperature with a 0A degrees C base in the 50-day period starting from 120 days preceding GS 31 (approximately January and February). The model was validated on an independent data set on which the prediction accuracy was influenced by cultivar resistance. Over all observations, the model had a true positive proportion of 0.61, a true negative proportion of 0.73, a sensitivity of 0.83, and a specificity of 0.18. True negative proportion increased to 0.85 for resistant cultivars and decreased to 0.50 for susceptible cultivars. Potential fungicide savings are most likely to be made with resistant cultivars, but such benefits would need to be identified with an in-depth evaluation.

A simple two-stage design for quantitative responses with application to a study in diabetic neuropathic pain

Two-stage designs offer substantial advantages for early phase II studies. The interim analysis following the first stage allows the study to he stopped for futility, or more positively, it might lead to early progression to the trials needed for late phase H and phase III. If the study is to continue to its second stage, then there is an opportunity for a revision of the total sample size. Two-stage designs have been implemented widely in oncology studies in which there is a single treatment arm and patient responses are binary. In this paper the case of two-arm comparative studies in which responses are quantitative is considered. This setting is common in therapeutic areas other than oncology. It will be assumed that observations are normally distributed, but that there is some doubt concerning their standard deviation, motivating the need for sample size review. The work reported has been motivated by a study in diabetic neuropathic pain, and the development of the design for that trial is described in detail. Copyright (C) 2008 John Wiley & Sons, Ltd.

Neural network feature maps for Chinese phonemes

It has been shown through a number of experiments that neural networks can be used for a phonetic typewriter. Algorithms can be looked on as producing self-organizing feature maps which correspond to phonemes. In the Chinese language the utterance of a Chinese character consists of a very simple string of Chinese phonemes. With this as a starting point, a neural network feature map for Chinese phonemes can be built up. In this paper, feature map structures for Chinese phonemes are discussed and tested. This research on a Chinese phonetic feature map is important both for Chinese speech recognition and for building a Chinese phonetic typewriter.

Quantifying uncertainty in remotely sensed land cover maps

Remotely sensed land cover maps are increasingly used as inputs into environmental simulation models whose outputs inform decisions and policy-making. Risks associated with these decisions are dependent on model output uncertainty, which is in turn affected by the uncertainty of land cover inputs. This article presents a method of quantifying the uncertainty that results from potential mis-classification in remotely sensed land cover maps. In addition to quantifying uncertainty in the classification of individual pixels in the map, we also address the important case where land cover maps have been upscaled to a coarser grid to suit the users’ needs and are reported as proportions of land cover type. The approach is Bayesian and incorporates several layers of modelling but is straightforward to implement. First, we incorporate data in the confusion matrix derived from an independent field survey, and discuss the appropriate way to model such data. Second, we account for spatial correlation in the true land cover map, using the remotely sensed map as a prior. Third, spatial correlation in the mis-classification characteristics is induced by modelling their variance. The result is that we are able to simulate posterior means and variances for individual sites and the entire map using a simple Monte Carlo algorithm. The method is applied to the Land Cover Map 2000 for the region of England and Wales, a map used as an input into a current dynamic carbon flux model.