Agent based risk patient management

This paper explores the role of information and communication technologies in managing risk and early discharge patients, and suggests innovative actions in the area of E-Health services. Treatments of chronic illnesses, or treatments of special needs such as cardiovascular diseases, are conducted in long-stay hospitals, and in some cases, in the homes of patients with a follow-up from primary care centre. The evolution of this model is following a clear trend: trying to reduce the time and the number of visits by patients to health centres and derive tasks, so far as possible, toward outpatient care. Also the number of Early Discharge Patients (EDP) is growing, thus permiting a saving in the resources of the care center. The adequacy of agent and mobile technologies is assessed in light of the particular requirements of health care applications. A software system architecture is outlined and discussed. The major contributions are: first, the conceptualization of multiple mobile and desktop devices as part of a single distributed computing system where software agents are being executed and interact from their remote locations. Second, the use of distributed decision making in multiagent systems, as a means to integrate remote evidence and knowledge obtained from data that is being collected and/or processed by distributed devices. The system will be applied to patients with cardiovascular or Chronic Obstructive Pulmonary Diseases (COPD) as well as to ambulatory surgery patients. The proposed system will allow to transmit the patient's location and some information about his/her illness to the hospital or care centre

La dépression suite à un traumatisme cranio-cérébral : La contribution de la douleur, des comorbidités et des blessures aux autres parties du corps

La dépression est le trouble psychiatrique le plus fréquent dans la population ayant subi un traumatisme cranio-cérébral (TCC). Les blessures aux autres parties du corps, les problèmes de santé, la douleur et les migraines semblent liés à la dépression post-TCC. L’objectif de ce mémoire est de mieux comprendre ces liens. Les taux de dépression chez les individus ayant des blessures aux autres parties du corps au moment du TCC ou de la douleur significative, des migraines, la prise d’analgésiques ou des problèmes de santé comorbides à 4, 8 et 12 mois post-blessure ont été comparés à ceux des gens qui ne présentent pas ces facteurs. Ensuite, l’influence de ces variables à 4 mois post-TCC sur le risque de développer la dépression au cours de la première année post-TCC a été analysé. Le risque de présenter une dépression au cours de la première année post-TCC est plus élevé pour les individus qui rapportent des blessures aux membres inférieurs au moment du TCC et de la douleur significative, des migraines, la prise d’analgésiques et des problèmes de santé comorbides à 4 mois post-blessure. Une histoire de dépression pré-morbide demeure la variable avec la plus grande force prédictive d’une dépression post-TCC. Ces résultats démontrent l’importance de suivis ciblés pour la population TCC présentant ces facteurs.

Endemic zoonoses: a one health approach

Endemic zoonotic diseases remain a serious but poorly recognised problem in affected communities in developing countries. Despite the overall burden of zoonoses on human and animal health, information about their impacts in endemic settings is lacking and most of these diseases are continuously being neglected. The non-specific clinical presentation of these diseases has been identified as a major challenge in their identification (even with good laboratory diagnosis), and control. The signs and symptoms in animals and humans respectively, are easily confused with other non-zoonotic diseases, leading to widespread misdiagnosis in areas where diagnostic capacity is limited. The communities that are mostly affected by these diseases live in close proximity with their animals which they depend on for livelihood, which further complicates the understanding of the epidemiology of zoonoses. This thesis reviewed the pattern of reporting of zoonotic pathogens that cause febrile illness in malaria endemic countries, and evaluates the recognition of animal associations among other risk factors in the transmission and management of zoonoses. The findings of the review chapter were further investigated through a laboratory study of risk factors for bovine leptospirosis, and exposure patterns of livestock coxiellosis in the subsequent chapters. A review was undertaken on 840 articles that were part of a bigger review of zoonotic pathogens that cause human fever. The review process involves three main steps: filtering and reference classification, identification of abstracts that describe risk factors, and data extraction and summary analysis of data. Abstracts of the 840 references were transferred into a Microsoft excel spread sheet, where several subsets of abstracts were generated using excel filters and text searches to classify the content of each abstract. Data was then extracted and summarised to describe geographical patterns of the pathogens reported, and determine the frequency animal related risk factors were considered among studies that investigated risk factors for zoonotic pathogen transmission. Subsequently, a seroprevalence study of bovine leptospirosis in northern Tanzania was undertaken in the second chapter of this thesis. The study involved screening of serum samples, which were obtained from an abattoir survey and cross-sectional study (Bacterial Zoonoses Project), for antibodies against Leptospira serovar Hardjo. The data were analysed using generalised linear mixed models (GLMMs), to identify risk factors for cattle infection. The final chapter was the analysis of Q fever data, which were also obtained from the Bacterial Zoonoses Project, to determine exposure patterns across livestock species using generalized linear mixed models (GLMMs). Leptospira spp. (10.8%, 90/840) and Rickettsia spp. (10.7%, 86/840) were identified as the most frequently reported zoonotic pathogens that cause febrile illness, while Rabies virus (0.4%, 3/840) and Francisella spp. (0.1%, 1/840) were least reported, across malaria endemic countries. The majority of the pathogens were reported in Asia, and the frequency of reporting seems to be higher in areas where outbreaks are mostly reported. It was also observed that animal related risk factors are not often considered among other risk factors for zoonotic pathogens that cause human fever in malaria endemic countries. The seroprevalence study indicated that Leptospira serovar Hardjo is widespread in cattle population in northern Tanzania, and animal husbandry systems and age are the two most important risk factors that influence seroprevalence. Cattle in the pastoral systems and adult cattle were significantly more likely to be seropositive compared to non-pastoral and young animals respectively, while there was no significant effect of cattle breed or sex. Exposure patterns of Coxiella burnetii appear different for each livestock species. While most risk factors were identified for goats (such as animal husbandry systems, age and sex) and sheep (animal husbandry systems and sex), there were none for cattle. In addition, there was no evidence of a significant influence of mixed livestock-keeping on animal coxiellosis. Zoonotic agents that cause human fever are common in developing countries. The role of animals in the transmission of zoonotic pathogens that cause febrile illness is not fully recognised and appreciated. Since Leptospira spp. and C. burnetii are among the most frequently reported pathogens that cause human fever across malaria endemic countries, and are also prevalent in livestock population, control and preventive measures that recognise animals as source of infection would be very important especially in livestock-keeping communities where people live in close proximity with their animals.

Relación entre la calificación de los elementos de un sistema de gestión y los indicadores de accidentalidad en empresas del sector de la construcción en Colombia

El presente estudio tiene como objetivo determinar la relación que existe entre la implementación de un sistema de gestión de seguridad y salud en el trabajo (SGSST), y la frecuencia y la severidad de la accidentalidad en la industria de la construcción en Colombia. Para ello se seleccionaron 35 empresas que realizan actividades relacionadas con la edificación, infraestructura e interventoría, que hubiesen implementado un SGSST para la intervención de los riesgos de accidentes y que contaran con la evaluación del mismo. La evaluación del SGSST está enmarcada en cinco dimensiones o criterios: planeación, política, implementación, manejo integral del accidente y revisión por la gerencia. Cada una evaluada a través de diferentes requisitos y se presentan en una escala de 1 a 10, siendo 10 el nivel más alto del cumplimiento por requisito. Teniendo los resultados de esta calificación, la tasa (proporción entre los accidentes reportados y los trabajadores de cada empresa) y los días de incapacidad (ausentismo por accidente de trabajo), se realizó un análisis de las medidas descriptivas consolidado por las empresas del estudio: tendencia central y dispersión para número de trabajadores, tasa de accidentalidad, días de incapacidad y el resultado de los totales de cada criterio de la evaluación y el gran total. Para estudiar la relación entre los resultados de la evaluación y los indicadores de tasa y días, se llevó a cabo un análisis de correlación y regresión lineal entre los indicadores de accidentalidad y los resultados de las puntuaciones de los criterios. Esta correlación se realizó tanto para la primera evaluación como para la segunda. En las dos mediciones las correlaciones fueron negativas mostrando que existe una disminución en la tasa de accidentalidad y días de incapacidad entre una evaluación y la otra. En el análisis de regresión, en la primera evaluación por cada unidad que aumentó la calificación global, se presentó una reducción de la tasa de frecuencia de 0.140. En la segunda evaluación por cada unidad que aumentó la calificación global, la tasa se redujo en 0.159. Ambos hallazgos soportan la necesidad de implementar un SGSST para ayudar a reducir el número inaceptable de lesiones y enfermedades en la industria de la construcción.

Factores asociados a mortalidad en pacientes con enfermedades autoinmunes en cuidado intensivo, Hospital de la Samaritana 2007-2013

Introducción y objetivos: Las enfermedades autoinmunes en cuidado intensivo están relacionadas con tasas de mortalidad elevadas. El propósito del presente estudio fue buscar factores asociados a mortalidad en estos pacientes. Materiales y métodos: estudio observacional de casos incidentes, retrospectivo, en base a revisión de historias clínicas de los pacientes que ingresaron a la unidad de cuidado intensivo del Hospital Universitario de la Samaritana; se recolecto un total de 68 eventos con los que se evaluó la relación de las variables estudiadas con mortalidad. Resultados: Las enfermedades autoinmunes se presentan más frecuentemente en mujeres (66%), el lupus eritematoso sistémico fue la afección reumatológica más común (36%), el promedio de edad fue de 46 años, la media de días en ventilación mecánica fue de 10 (desviación estándar 13 días), el valor del APACHE promedio fue de 19 puntos, el sistema orgánico más afectado fue el renal (58,5%) y la mortalidad global fue de 40%. Se encontró asociación estadísticamente significativa con cinco variables: presencia de shock al ingreso a UCI OR: 7,368 (IC95% 1,886-28,794); nivel de procalcitonina mayor a 10 OR: 5,231 (IC95% 1,724-15,869); complemento C3 consumido OR: 4,014 (IC95% 1,223-13,173); serositis en la radiografía de tórax OR: 3,771 (IC95% 1,238-11,492); recuento de plaquetas menor a 100.000 OR: 3,33 (IC95%: 1,037-10,714). Conclusión: Existen factores que pueden estar asociados con mortalidad en pacientes con enfermedades autoinmunes en cuidado intensivo, su detección temprana y manejo oportuno podría mejorar el pronóstico de estos pacientes.

Infección por virus sincitial respiratorio y su relación con valores de IGG en niños críticos

Antecedente: La infección por el virus sincitial respiratorio (VSR) representa una elevada morbimortalidad, y en algunos casos necesidad de manejo en unidades de cuidado intensivo pediátrico (UCIP). La respuesta inmunológica influye de manera directa en la expresión de la severidad y pronóstico de los pacientes con infección respiratoria. Metodología: Estudio de una cohorte retrospectiva de pacientes con infección respiratoria grave secundaria a VSR, sin historia de inmunodeficiencia, atendidos en la UCIP del Hospital Universitario Clínica San Rafael. Se realizó análisis descriptivoglobaly de acuerdo a la categorización de las prueba de IgG. Resultados: De 188 pacientes que ingresaron a la UCIP, 13% presentaron infección por VSR (24), con una edad promedio de 7,3 (DE=3,6) meses. Pertenecían al sexo masculino79,83%. Se encontró que 12,5% tenían un valor de IgGbajo para su edad, 58,33% tenían valores en límite inferior y el 29,17% dentro de rangos normales para su edad. En los pacientes con IgG baja, fue mayor la presentación de choque séptico que no responde a líquidos (100 vs 92 vs 86%), la mediana de días de ventilación mecánica fue mayor (8 vs 6 vs 5 respectivamente), así como la mortalidad (67 vs 7,1 vs 0%). Conclusión: Nuestra serie encontró que aquellos pacientes con niveles bajos o valores en el límite inferior de IgG sérica tuvieron mayor compromiso sistémico, mayor duración de ventilación mecánica y mayor mortalidad. Se necesitan estudios prospectivos que relaciones niveles bajos de IgG con severidad y pronostico en estos pacientes con infección grave por VSR.

Revisión sistemática de la literatura de las intervenciones diseñadas para el comportamiento de automedicación no responsable

La automedicación no responsable se ha convertido en un problema de salud pública global en las últimas décadas, por sus consecuencias individuales (por ejemplo, la intoxicación) y colectivas (por ejemplo, la resistencia microbiana a los antibióticos). Las intervenciones orientadas a este comportamiento han sido aisladas y muy diferentes. Aunque se tiene evidencia de que su aplicación puede traer beneficios en diferentes poblaciones, no se halló en la literatura una compilación sistemática de dichas intervenciones. El objetivo de la presente revisión es sistematizar la literatura científica sobre las diferentes alternativas de intervención del comportamiento individual de automedicación no responsable. En cuanto al método, la revisión de literatura involucró la búsqueda sistemática de “automedicación” e “intervención” en las bases de datos académicas internacionales con contenidos de psicología, suscritas por la Biblioteca de la Universidad del Rosario. Como resultado se encontró que las intervenciones orientadas al comportamiento de automedicación no responsable se pueden clasificar en dos grandes grupos: (a) intervenciones regulatorias, con dirección “arriba hacia abajo”, que suponen una acción de los Estados nacionales por medio de sus legislaciones o de entidades internacionales (por ejemplo, Organización Mundial de la Salud); y (b) intervenciones educativas, con dirección “abajo hacia arriba”, que suponen acciones con individuos y comunidades con el fin de enseñar acerca del uso adecuado de los medicamentos. Se concluye acerca de la necesidad de complementar ambos tipos de intervención, los cuales, si bien demuestran resultados positivos, aisladamente son insuficientes para contrarrestar integralmente este fenómeno creciente y complejo.

Artisanal extraction and traditional knowledge associated with medicinal use of Crabwood Oil (Carapa guianensis Aublet.) in a peri-urban Várzea environment in the Amazon Estuary.

Varzea forests of the Amazon estuary contain species of importance to riverine communities. For example, the oil extracted from the seeds of crabwood trees is traditionally used to combat various illnesses and as such artisanal extraction processes have been maintained. The objectives of this study were to (1) describe the process involved in artisanal extraction of crabwood oil in the Fazendinha ProtectedArea, in the state ofAmap´a; (2) characterise the processes of knowledge transfer associated with the extraction and use of crabwood oil within a peri-urban riverine community; and (3) discern medicinal uses of the oil.The data were obtained using semistructured interviews with 13 community members involved in crabwood oil extraction and via direct observation.The process of oil extraction is divided into four stages: seed collection; cooking and resting of the seeds; shelling of the seeds and dough preparation; and oil collection. Oil extraction is carried out within the home for personal use, with surplus marketed within the community. More than 90% of the members of the community involved in extraction of crabwood oil highlighted the use of the oil to combat inflammation of the throat. Knowledge transfer occurs via oral transmission and through direct observation.

Microbiome and resitome and foods of animal origin

To ensure food safety and to prevent food-borne illnesses, rapid and accurate detection of pathogenic agents is essential. It has already been demonstrated that shotgun metagenomic sequencing can be used to detect pathogens and their antibiotic resistance genes in food. In the studies presented in this thesis, the application shotgun metagenomic sequencing has been applied to investigate both the microbiome and resistome of foods of animal origin in order to assess advantages and disadvantages of shotgun metagenomic sequencing in comparison to the cultural methods. In the first study, it has been shown that shotgun metagenomics can be applied to detect microorganisms experimentally spiked in cold-smoked salmon. Nevertheless, a direct correlation between cell concentration of each spiked microorganism and number of corresponding reads cannot be established yet. In the second and third studies, the microbiomes and resistomes characterizing caeca and the corresponding carcasses of the birds reared in the conventional and antibiotic free farms were compared. The results highlighted the need to reduce sources of microbial contamination and antimicrobial resistance not only at the farm level but also at the post-harvest one. In the fourth study, it has been demonstrated that testing a single aliquot of a food homogenate is representative of the whole homogenate because biological replicates displayed overlapping taxonomic and functional composition. All in all, the results obtained confirmed that the application of shotgun metagenomic sequencing represents a powerful tool that can be used in the identification of both spoilage and pathogenic microorganism, and their resistome in foods of animal origin. However, a robust relationship between sequence read abundance and concentration of colony-forming unit must be still established.

Antibody-Antigen Interface Characterization with Contextualized Pre-trained Embeddings

Artificial Intelligence (AI) has substantially influenced numerous disciplines in recent years. Biology, chemistry, and bioinformatics are among them, with significant advances in protein structure prediction, paratope prediction, protein-protein interactions (PPIs), and antibody-antigen interactions. Understanding PPIs is critical since they are responsible for practically everything living and have several uses in vaccines, cancer, immunology, and inflammatory illnesses. Machine Learning (ML) offers enormous potential for effectively simulating antibody-antigen interactions and improving in-silico optimization of therapeutic antibodies for desired features, including binding activity, stability, and low immunogenicity. This research looks at the use of AI algorithms to better understand antibody-antigen interactions, and it further expands and explains several difficulties encountered in the field. Furthermore, we contribute by presenting a method that outperforms existing state-of-the-art strategies in paratope prediction from sequence data.