Critical thoughts on computing atom condensed Fukui functions

Different procedures to obtain atom condensed Fukui functions are described. It is shown how the resulting values may differ depending on the exact approach to atom condensed Fukui functions. The condensed Fukui function can be computed using either the fragment of molecular response approach or the response of molecular fragment approach. The two approaches are nonequivalent; only the latter approach corresponds in general with a population difference expression. The Mulliken approach does not depend on the approach taken but has some computational drawbacks. The different resulting expressions are tested for a wide set of molecules. In practice one must make seemingly arbitrary choices about how to compute condensed Fukui functions, which suggests questioning the role of these indicators in conceptual density-functional theory

A systematic and feasible method for computing nuclear contributions to electrical properties of polyatomic molecules

An analytic method to evaluate nuclear contributions to electrical properties of polyatomic molecules is presented. Such contributions control changes induced by an electric field on equilibrium geometry (nuclear relaxation contribution) and vibrational motion (vibrational contribution) of a molecular system. Expressions to compute the nuclear contributions have been derived from a power series expansion of the potential energy. These contributions to the electrical properties are given in terms of energy derivatives with respect to normal coordinates, electric field intensity or both. Only one calculation of such derivatives at the field-free equilibrium geometry is required. To show the useful efficiency of the analytical evaluation of electrical properties (the so-called AEEP method), results for calculations on water and pyridine at the SCF/TZ2P and the MP2/TZ2P levels of theory are reported. The results obtained are compared with previous theoretical calculations and with experimental values

Destabilizing Mutations Alter the Hydrogen Exchange Mechanism in Ribonuclease A

The effect of strongly destabilizing mutations, I106A and V108G of Ribonuclease A (RNase A), on its structure and stability has been determined by NMR. The solution structures of these variants are essentially equivalent to RNase A. The exchange rates of the most protected amide protons in RNase A (35ºC), the I106A variant (35ºC), and the V108G variant (10ºC) yield stability values of 9.9, 6.0, and 6.8 kcal/mol, respectively, when analyzed assuming an EX2 exchange mechanism. Thus, the destabilization induced by these mutations is propagated throughout the protein. Simulation of RNase A hydrogen exchange indicates that the most protected protons in RNase A and the V108G variant exchange via the EX2 regime, whereas those of I106A exchange through a mixed EX1 1 EX2 process. It is striking that a single point mutation can alter the overall exchange mechanism. Thus, destabilizing mutations joins high temperatures, high pH and the presence of denaturating agents as a factor that induces EX1 exchange in proteins. The calculations also indicate a shift from the EX2 to the EX1 mechanism for less protected groups within the same protein. This should be borne in mind when interpreting exchange data as a measure of local stability in less protected regions

Pressure-jump-induced kinetics reveals a hydration dependent folding/unfolding mechanism of ribonuclease A

Pressure-jump (p-jump)-induced relaxation kinetics was used to explore the energy landscape of protein folding/unfolding of Y115W, a fluorescent variant of ribonuclease A. Pressure-jumps of 40MPa amplitude (5ms dead-time) were conducted both to higher (unfolding) and to lower (folding) pressure, in the range from 100 to 500MPa, between 30 and 50°C. Significant deviations from the expected symmetrical protein relaxation kinetics were observed. Whereas downward p-jumps resulted always in single exponential kinetics, the kinetics induced by upward p-jumps were biphasic in the low pressure range and monophasic at higher pressures. The relative amplitude of the slow phase decreased as a function of both pressure and temperature. At 50°C, only the fast phase remained. These results can be interpreted within the framework of a two-dimensional energy surface containing a pressure- and temperature-dependent barrier between two unfolded states differing in the isomeric state of the Asn-113–Pro-114 bond. Analysis of the activation volume of the fast kinetic phase revealed a temperature-dependent shift of the unfolding transition state to a larger volume. The observed compensation of this effect by glycerol offers an explanation for its protein stabilizing effect

Fault-finding device

El projecte es va fer al KHLim a Diepenbeek. Es tractava de dissenyar un nou dispositiu de localització d'avaries del relè del motor, per tal de de substituir el que ja hi havia, per raons de seguretat

Characterization and mechanism of action of the biological control agent Pantoea agglomerans EPS125

La soca EPS125 ha mostrat ser un efectiu agent de control biològic de diferents patògens fúngics de postcollita en diferents fruits. Degut a la seva elevada eficàcia, es va plantejar desenvolupar aquesta soca comercialment i per aquest motiu en el present treball es plantejà complementar la informació necessària pel seu registre. D'acord amb els resultats obtinguts mitjançant proves fenotípiques i genotípiques, la soca EPS125 queda inclosa dins l'espècie Pantoea agglomerans (Enterobacter agglomerans-Erwinia herbicola). En relació a la utilització de fonts de carboni, en el perfil i contingut d'àcids grassos cel·lulars i en el polimorfisme en la longitud dels fragments de macrorestricció genòmica (MRFLP), la soca EPS125 mostrà trets característics que la diferencien d'altres soques. Els dos marcadors moleculars (125.2 i 125.3) específics per la soca EPS125 dissenyats en el present treball mostraren ser semiespecífics per la seva detecció mitjançant la tècnica PCR i Real Time PCR. Quedant pendent l'anàlisi d'especificitat de l'ús combinat dels dos marcadors moleculars en una reacció PCR multiplex. P. agglomerans EPS125 ha mostrat ser molt efectiva en el control de Penicillium expansum en poma amb una dosi efectiva mitjana de 2.7x105 a 7x105 ufc/ml, i una ratio de 25-101 cèl·lules de la soca EPS125 per inactivar una espora del patogen segons el model de saturació hiperbòlica. Segons les aproximacions fenotípiques i estudis genotípics realitzats, sembla que els mecanismes de biocontrol utilitzats per la soca EPS125 contra P. expansum en poma estan directament relacionats amb la capacitat de formació de biofilm per aquesta soca.

Mechanism of action of cyclic antimicrobial peptides

This PhD thesis is the result of the combination of experimental and computational techniques with the aim of understanding the mechanism of action of de novo cyclic decapeptides with high antimicrobial activity. By experimental techniques the influence of the replacement of the phenylalanine for tryptophan residue in their antimicrobial activity was tested and the stability in human serum was also analyzed, in order to evaluate their potential therapeutic application as antitumor agents. On the other hand, the interaction amongst the peptide BPC194 c(KKLKKFKKLQ), the best candidate from the whole library of cyclic peptides, and a model anionic membrane was simulated. The results showed a structure-function relationship derived from the stable conformation of the peptides involved in the membrane permeabilization. As a result, a rational design was performed being BPC490 the peptide with best antimicrobial activity compared with the best active peptide from the original library.

Laughing in the mechanism : du choix du silence comme élément autobiographique dans le poème ''Agrippa'' de William Gibson (1992)

Le silence est une composante fondamentale de la création artistique, aussi bien dans le domaine musical qu’au cinéma. La notion de silence atteint toutefois un espace limite dans le domaine littéraire, comme le note Gilles Deleuze en évoquant le « silence dans les mots », la « limite asyntaxique » qui n’est pas « extérieure au langage » dans la poésie d’Antonin Artaud ; cette même notion devenant plus problématique encore dans le domaine de l’autobiographie, traditionnellement informative. Nous posons tout d’abord la question de savoir comment l’auteur, se racontant lui-même, sa vie, son parcours, peut choisir de ne donner à lire qu’un silence plus ou moins long, et sembler ainsi renoncer à sa tâche, pour ensuite étudier le poème « Agrippa—A Book of the Dead » (1992) de l’écrivain américain William Gibson (né en 1948). Inspiré par la découverte d’un album de photos appartenant à son père, l’auteur y évoque les souvenirs de son enfance en Virginie. La singularité d’« Agrippa » réside surtout dans les mécanismes mis en oeuvre lors de sa lecture : à l’origine seulement disponible sur disquette, un programme d’ « encryption » ou « bombe logique » efface le texte au fur et à mesure que l’ordinateur le déchiffre, afin de n’être lu qu’une fois seulement, laissant la place au vide, au silence. Nous proposons ici d’étudier le poème « Agrippa » en démontrant comment la disparition progressive du texte a, dans le travail d’écriture de Gibson, une portée originale. L’objectif de l’étude est de montrer que Gibson se sert du poème pour proposer une révolution littéraire où l’art « quitte le cadre », où « le mot écrit quitte la page » de façon concrète et effective pour soumettre au lecteur un questionnement, esthétique, philosophique, voire théologique fécond – Maurice Blanchot arguant que Dieu communique « seulement par son silence ».

Central Institute for the Deaf's assistive listening device catalogue: includes descriptions, photographs and prices

This paper presents a catalogue of assistive listening devices (including descriptions, photographs and descriptions) available at the assistive listening device center at Central Institute for the Deaf.

Estudio de los beneficios de la implementación del modelo de gestión cloud computing en comparación al modelo de gestión tradicional. Caso de estudio: Corporación ADC-HAS Management Ecuador S.A.

El desarrollo eficiente y oportuno de las actividades propias de las empresas exige una constante renovación en su infraestructura, capacitación permanente de su staff, investigar nuevas tecnológicas y la asignación cada vez mayor del presupuesto para su área de TIC. Varios modelos de gestión han intentado suplir estas necesidades, entre los que se puede mencionar a: hosting, outsourcing, leasing, servicios profesionales, asesorías especializadas, entre otros. El modelo de gestión cloud computing y sus diversas opciones se está posicionando últimamente como la solución más viable y rápida de implementar. De ahí que, este proyecto se enfoca en el estudio de este modelo como una alternativa al modelo de gestión tradicional de servicios TIC, y toma como referencia para el desarrollo de esta tesis la situación actual de la infraestructura tecnológica de la Corporación ADC&HAS Management Ecuador S.A. No se pretende justificar al cloud como una solución definitiva, sino plantear este modelo como una alternativa útil a la realidad tecnológica de la Corporación, y en base a sus propiedades concluir que fue el modelo que mejor se ajustó a la estrategia institucional en términos: organizacionales, tecnológicos y financieros, por lo menos para los próximos cinco años. En los dos primeros capítulos se referencian algunos elementos conceptuales en los que se fundamenta las TIC y se mencionan ciertos parámetros que intervinieron en su evolución. El tercer capítulo describe a la Corporación; y en el capítulo cuarto se aplican los conceptos de los primeros capítulos reforzados con las experiencias publicadas en la revista Computerworld (2010 hasta la presente) y que permitieron evaluar los beneficios de los dos modelos de gestión y las razones para implementarlos o mantenerlos.

Análisis del modelo de negocio del cloud computing. Caso: empresa de desarrollo DevTeam

Hoy en día el uso de las TIC en una empresa se ha convertido en indispensable sin importar su tamaño o industria a tal punto que ya no es una ventaja competitiva el simple hecho de usarla sino que la clave es determinar cuál es la mejor para la empresa. Existen en el mercado servicios en-línea que igualan o sobrepasan los estándares de tecnologías pagadas que incluso deben ser instaladas dentro de la empresa consumiendo recursos y en algunos casos subutilizándolos, los servicios del cloud computing poseen la flexibilidad y capacidad que la empresa requiere de acuerdo a sus necesidades de crecimiento y de cambio continuo que el mercado exige en la actualidad. Algunas empresas no invierten en dichas tecnologías porque no saben que pueden accederlas a costos bajos e incluso en algunos casos sin pagar un solo centavo y pierden competitividad y productividad por simple desconocimiento. El uso de servicios SaaS e IaaS afecta al flujo de caja de manera positiva comparada con una inversión en infraestructura propia, sobre todo en empresas que están empezando a funcionar o en aquellas que están en proceso de renovación tecnológica. Después de realizada esta investigación se recomienda el uso de los servicios de cloud computing, pero es evidente que no son útiles para todas las empresas y la utilidad depende de la criticidad de las aplicaciones o infraestructuras, el momento por el que pasa la compañía, tamaño de la empresa, ¿Cloud pública o Cloud privada?, en ocasiones, virtualizar también es racionalizar y la visión integral de la seguridad. Por otro lado, después de tabular los datos obtenidos en la encuesta número 2 se evidenció que el lanzamiento del Servicio en la nube de EcuFlow incrementó la demanda de esta herramienta en el mercado.

Europe's single supervisory mechanism and the long journey towards banking union. Bruegel Policy Contribution 2012/16, 4 October 2012

Problems in the banking system are at the core of the current crisis. The establishment of a banking union is a necessary (though not sufficient) condition for eventual crisis resolution that respects the integrity of the euro. The European Commission’s proposal for the establishment of a Single Supervisory Mechanism and related reform of the European Banking Authority (EBA) do not and cannot create a fully-fledged banking union, but represent a broadly adequate step on the basis of the leaders’ declaration of 29 June 2012 and of the decision to use Article 127(6) of the treaty as legal basis. The proposal rightly endows the European Central Bank (ECB) with broad authority over banks within the supervisory mechanism’s geographical perimeter; however, the status of non-euro area member states willing to participate in this mechanism, and the governance and decision-making processes of the ECB in this respect, call for further elaboration. Further adjustments are also desirable in the proposed reform of the EBA, even though they must probably retain a stopgap character pending the more substantial review planned in 2014.