Analysis of the DF508 mutation in a Brazilian cystic fibrosis population: comparison of pulmonary status of homozygotes with other patients

Sixty-one cystic fibrosis patients admitted for check-up or antibiotic treatment were enrolled for genetic and clinical evaluation. Genetic analysis was performed on blood samples stored on neonatal screening cards using PCR techniques to determine the presence of DF508 mutations. Clinical evaluation included Shwachman and Chrispin-Norman scores, age at onset of symptoms and diagnosis, spirometry, awake and sleep pulse oximetry, hyponychial angle measurement and presence of chronic Pseudomonas aeruginosa colonization. Eighteen patients (29.5%) were homozygous for the DF508 mutation, 26 (42.6%) had one DF508 mutation and 17 (27.9%) were noncarriers, corresponding to a 50.8% prevalence of the mutation in the whole population. Analysis by the Kruskal-Wallis test for comparison of genetic status with continuous variables or by the chi-square test and logistic regression for dichotomous variables showed no significant differences between any two groups for a = 0.05. We conclude that genetic status in relation to the DF508 mutation is not associated with pulmonary status as evaluated by the above variables

Application of isotope-selective non-dispersive infrared spectrometry for the evaluation of the 13C-urea breath test: comparison with three concordant methods

The aim of this work was to compare the performance of isotope-selective non-dispersive infrared spectrometry (IRIS) for the 13C-urea breath test with the combination of the 14C-urea breath test (14C-UBT), urease test and histologic examination for the diagnosis of H. pylori (HP) infection. Fifty-three duodenal ulcer patients were studied. All patients were submitted to gastroscopy to detect HP by the urease test, histologic examination and 14C-UBT. To be included in the study the results of the 3 tests had to be concordant. Within one month after admission to the study the patients were submitted to IRIS with breath samples collected before and 30 min after the ingestion of 75 mg 13C-urea dissolved in 200 ml of orange juice. The samples were mailed and analyzed 11.5 (4-21) days after collection. Data were analyzed statistically by the chi-square and Mann-Whitney test and by the Spearman correlation coefficient. Twenty-six patients were HP positive and 27 negative. There was 100% agreement between the IRIS results and the HP status determined by the other three methods. Using a cutoff value of delta-over-baseline (DOB) above 4.0 the IRIS showed a mean value of 19.38 (minimum = 4.2, maximum = 41.3, SD = 10.9) for HP-positive patients and a mean value of 0.88 (minimum = 0.10, maximum = 2.5, SD = 0.71) for negative patients. Using a cutoff value corresponding to 0.800% CO2/weight (kg), the 14C-UBT showed a mean value of 2.78 (minimum = 0.89, maximum = 5.22, SD = 1.18) in HP-positive patients. HP-negative patients showed a mean value of 0.37 (minimum = 0.13, maximum = 0.77, SD = 0.17). IRIS is a low-cost, easy to manage, highly sensitive and specific test for H. pylori detection. Storing and mailing the samples did not interfere with the performance of the test.

Comparison of pre- versus post-incision administration of intraplantar indomethacin and MK886 in a rat model of postoperative pain

The amplification of pain long after the initial stimulus may be avoided if the treatment of pain is introduced before its initiation. However, conflicting evidence exists about the efficacy of such preemptive analgesia for the management of postoperative pain. This study compares the efficacy of intraplantar administration of indomethacin (a non-selective inhibitor of cyclooxygenase) and MK886 (an inhibitor of 5-lipoxygenase-activating protein), separately or in combination to produce preemptive analgesia in a model of surgical incisional pain in male Wistar rats. All incised rats (5 to 6 rats per group) had allodynia at 2, 6, and 24 h after surgery as evaluated using von Frey filaments. MK886, but not indomethacin (50 to 200 µg/paw), reduced the allodynia when injected either 1 h before or 1 h after surgery. The effect of preoperative MK886 (160 µg/paw) against incisional allodynia had a magnitude apparently similar to that produced by postoperative MK886. Pre-, but not postoperative MK886 (80 µg/paw) reduced the allodynia but the effect was seen only at 6 h after surgery. In contrast, MK886 (40 µg/paw) intensified the allodynia observed 2 h after the incision either injected before or after surgery. MK886 or indomethacin alone did not provide preemptive analgesia in the model of incisional pain. In contrast, the combination of MK886 with indomethacin reduced the allodynia more effectively when used before than after surgery, thus fulfilling the criteria for preemptive analgesia. In conclusion, preoperative inhibition of the local generation of both prostaglandins and leukotrienes by surgical incision may be an alternative to provide preemptive analgesia.

Comparison of the Polar S810i monitor and the ECG for the analysis of heart rate variability in the time and frequency domains

The aim of the present study was to compare heart rate variability (HRV) at rest and during exercise using a temporal series obtained with the Polar S810i monitor and a signal from a LYNX® signal conditioner (BIO EMG 1000 model) with a channel configured for the acquisition of ECG signals. Fifteen healthy subjects aged 20.9 ± 1.4 years were analyzed. The subjects remained at rest for 20 min and performed exercise for another 20 min with the workload selected to achieve 60% of submaximal heart rate. RR series were obtained for each individual with a Polar S810i instrument and with an ECG analyzed with a biological signal conditioner. The HRV indices (rMSSD, pNN50, LFnu, HFnu, and LF/HF) were calculated after signal processing and analysis. The unpaired Student t-test and intraclass correlation coefficient were used for data analysis. No statistically significant differences were observed when comparing the values analyzed by means of the two devices for HRV at rest and during exercise. The intraclass correlation coefficient demonstrated satisfactory correlation between the values obtained by the devices at rest (pNN50 = 0.994; rMSSD = 0.995; LFnu = 0.978; HFnu = 0.978; LF/HF = 0.982) and during exercise (pNN50 = 0.869; rMSSD = 0.929; LFnu = 0.973; HFnu = 0.973; LF/HF = 0.942). The calculation of HRV values by means of temporal series obtained from the Polar S810i instrument appears to be as reliable as those obtained by processing the ECG signal captured with a signal conditioner.

Comparison of the neurobiological effects of attribution retraining group therapy with those of selective serotonin reuptake inhibitors

The aim of this study was to compare the effectiveness of attribution retraining group therapy (ARGT) with selective serotonin reuptake inhibitors (SSRIs) in the treatment of major depressive disorder (MDD), generalized anxiety disorder (GAD), and obsessive-compulsive disorder (OCD). Subjects were sequentially recruited and randomized into two groups, one receiving ARGT (n = 63) and the other SSRIs (n = 66) for 8 weeks. Fifty-four ARGT outpatients with MDD (n = 19), GAD (n = 19), and OCD (n = 16) and 55 SSRI outpatients with MDD (n = 19), GAD (n = 19), and OCD (n = 17) completed the study. All subjects were assessed using the Hamilton Depression Scale and Hamilton Anxiety Scale before and after treatment. The 10-item Yale-Brown Obsessive Compulsive Scale was employed only for OCD subjects. Plasma levels of serotonin, norepinephrine, cortisol, and adrenocorticotropic hormone were also measured at baseline and 8 weeks after completion of treatment. Symptom scores were significantly reduced (P < 0.001) in both the ARGT and SSRI groups at the end of treatment. However, MDD, GAD and OCD patients in the ARGT group had significantly lower plasma cortisol concentrations compared to baseline (P < 0.05), whereas MDD and OCD patients receiving SSRIs showed significantly increased plasma levels of serotonin (P < 0.05). These findings suggest that ARGT may modulate plasma cortisol levels and affect the hypothalamus-pituitary-adrenal axis as opposed to SSRIs, which may up-regulate plasma serotonin levels via a different pathway to produce an overall improvement in the clinical condition of the patients.

Intensity and physiological responses to the 6-minute walk test in middle-aged and older adults: a comparison with cardiopulmonary exercise testing

The 6-minute walk test (6MWT) is a simple field test that is widely used in clinical settings to assess functional exercise capacity. However, studies with healthy subjects are scarce. We hypothesized that the 6MWT might be useful to assess exercise capacity in healthy subjects. The purpose of this study was to evaluate 6MWT intensity in middle-aged and older adults, as well as to develop a simple equation to predict oxygen uptake ( V ˙ O 2 ) from the 6-min walk distance (6MWD). Eighty-six participants, 40 men and 46 women, 40-74 years of age and with a mean body mass index of 28±6 kg/m2, performed the 6MWT according to American Thoracic Society guidelines. Physiological responses were evaluated during the 6MWT using a K4b2 Cosmed telemetry gas analyzer. On a different occasion, the subjects performed ramp protocol cardiopulmonary exercise testing (CPET) on a treadmill. Peak V ˙ O 2 in the 6MWT corresponded to 78±13% of the peak V ˙ O 2 during CPET, and the maximum heart rate corresponded to 80±23% of that obtained in CPET. Peak V ˙ O 2 in CPET was adequately predicted by the 6MWD by a linear regression equation: V ˙ O 2 mL·min-1·kg-1 = -2.863 + (0.0563×6MWDm) (R2=0.76). The 6MWT represents a moderate-to-high intensity activity in middle-aged and older adults and proved to be useful for predicting cardiorespiratory fitness in the present study. Our results suggest that the 6MWT may also be useful in asymptomatic individuals, and its use in walk-based conditioning programs should be encouraged.

Calculation of the magnetic field penetration depth for high-Tc cuprate superconductors based on the Interlayer Pair Tunneling model /

In this work, the magnetic field penetration depth for high-Tc cuprate superconductors is calculated using a recent Interlayer Pair Tunneling (ILPT) model proposed by Chakravarty, Sudb0, Anderson, and Strong [1] to explain high temperature superconductivity. This model involves a "hopping" of Cooper pairs between layers of the unit cell which acts to amplify the pairing mechanism within the planes themselves. Recent work has shown that this model can account reasonably well for the isotope effect and the dependence of Tc on nonmagnetic in-plane impurities [2] , as well as the Knight shift curves [3] and the presence of a magnetic peak in the neutron scattering intensity [4]. In the latter case, Yin et al. emphasize that the pair tunneling must be the dominant pairing mechanism in the high-Tc cuprates in order to capture the features found in experiments. The goal of this work is to determine whether or not the ILPT model can account for the experimental observations of the magnetic field penetration depth in YBa2Cu307_a7. Calculations are performed in the weak and strong coupling limits, and the efi"ects of both small and large strengths of interlayer pair tunneling are investigated. Furthermore, as a follow up to the penetration depth calculations, both the neutron scattering intensity and the Knight shift are calculated within the ILPT formalism. The aim is to determine if the ILPT model can yield results consistent with experiments performed for these properties. The results for all three thermodynamic properties considered are not consistent with the notion that the interlayer pair tunneling must be the dominate pairing mechanism in these high-Tc cuprate superconductors. Instead, it is found that reasonable agreement with experiments is obtained for small strengths of pair tunneling, and that large pair tunneling yields results which do not resemble those of the experiments.

Molecular dynamics calculation of mean square displacement in alkali metals and rare gas solids and comparison with lattice dynamics

Molec ul ar dynamics calculations of the mean sq ua re displacement have been carried out for the alkali metals Na, K and Cs and for an fcc nearest neighbour Lennard-Jones model applicable to rare gas solids. The computations for the alkalis were done for several temperatures for temperature vol ume a swell as for the the ze r 0 pressure ze ro zero pressure volume corresponding to each temperature. In the fcc case, results were obtained for a wide range of both the temperature and density. Lattice dynamics calculations of the harmonic and the lowe s t order anharmonic (cubic and quartic) contributions to the mean square displacement were performed for the same potential models as in the molecular dynamics calculations. The Brillouin zone sums arising in the harmonic and the quartic terms were computed for very large numbers of points in q-space, and were extrapolated to obtain results ful converged with respect to the number of points in the Brillouin zone.An excellent agreement between the lattice dynamics results was observed molecular dynamics and in the case of all the alkali metals, e~ept for the zero pressure case of CSt where the difference is about 15 % near the melting temperature. It was concluded that for the alkalis, the lowest order perturbation theory works well even at temperat ures close to the melting temperat ure. For the fcc nearest neighbour model it was found that the number of particles (256) used for the molecular dynamics calculations, produces a result which is somewhere between 10 and 20 % smaller than the value converged with respect to the number of particles. However, the general temperature dependence of the mean square displacement is the same in molecular dynamics and lattice dynamics for all temperatures at the highest densities examined, while at higher volumes and high temperatures the results diverge. This indicates the importance of the higher order (eg. ~* ) perturbation theory contributions in these cases.

Dissecting cell cycle protein complexes using the pptimized yeast cytosine deaminase protein-fragment complementation assay “You too can play with an edge”

Les protéines sont les produits finaux de la machinerie génétique. Elles jouent des rôles essentiels dans la définition de la structure, de l'intégrité et de la dynamique de la cellule afin de promouvoir les diverses transformations chimiques requises dans le métabolisme et dans la transmission des signaux biochimique. Nous savons que la doctrine centrale de la biologie moléculaire: un gène = un ARN messager = une protéine, est une simplification grossière du système biologique. En effet, plusieurs ARN messagers peuvent provenir d’un seul gène grâce à l’épissage alternatif. De plus, une protéine peut adopter plusieurs fonctions au courant de sa vie selon son état de modification post-traductionelle, sa conformation et son interaction avec d’autres protéines. La formation de complexes protéiques peut, en elle-même, être déterminée par l’état de modifications des protéines influencées par le contexte génétique, les compartiments subcellulaires, les conditions environmentales ou être intrinsèque à la croissance et la division cellulaire. Les complexes protéiques impliqués dans la régulation du cycle cellulaire sont particulièrement difficiles à disséquer car ils ne se forment qu’au cours de phases spécifiques du cycle cellulaire, ils sont fortement régulés par les modifications post-traductionnelles et peuvent se produire dans tous les compartiments subcellulaires. À ce jour, aucune méthode générale n’a été développée pour permettre une dissection fine de ces complexes macromoléculaires. L'objectif de cette thèse est d'établir et de démontrer une nouvelle stratégie pour disséquer les complexes protéines formés lors du cycle cellulaire de la levure Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae). Dans cette thèse, je décris le développement et l'optimisation d'une stratégie simple de sélection basée sur un essai de complémentation de fragments protéiques en utilisant la cytosine déaminase de la levure comme sonde (PCA OyCD). En outre, je décris une série d'études de validation du PCA OyCD afin de l’utiliser pour disséquer les mécanismes d'activation des facteurs de transcription et des interactions protéine-protéines (IPPs) entre les régulateurs du cycle cellulaire. Une caractéristique clé du PCA OyCD est qu'il peut être utilisé pour détecter à la fois la formation et la dissociation des IPPs et émettre un signal détectable (la croissance des cellules) pour les deux types de sélections. J'ai appliqué le PCA OyCD pour disséquer les interactions entre SBF et MBF, deux facteurs de transcription clés régulant la transition de la phase G1 à la phase S. SBF et MBF sont deux facteurs de transcription hétérodimériques composés de deux sous-unités : une protéine qui peut lier directement l’ADN (Swi4 ou Mbp1, respectivement) et une protéine commune contenant un domain d’activation de la transcription appelée Swi6. J'ai appliqué le PCA OyCD afin de générer un mutant de Swi6 qui restreint ses activités transcriptionnelles à SBF, abolissant l’activité MBF. Nous avons isolé des souches portant des mutations dans le domaine C-terminal de Swi6, préalablement identifié comme responsable dans la formation de l’interaction avec Swi4 et Mbp1, et également important pour les activités de SBF et MBF. Nos résultats appuient un modèle où Swi6 subit un changement conformationnel lors de la liaison à Swi4 ou Mbp1. De plus, ce mutant de Swi6 a été utilisé pour disséquer le mécanisme de régulation de l’entrée de la cellule dans un nouveau cycle de division cellulaire appelé « START ». Nous avons constaté que le répresseur de SBF et MBF nommé Whi5 se lie directement au domaine C-terminal de Swi6. Finalement, j'ai appliqué le PCA OyCD afin de disséquer les complexes protéiques de la kinase cycline-dépendante de la levure nommé Cdk1. Cdk1 est la kinase essentielle qui régule la progression du cycle cellulaire et peut phosphoryler un grand nombre de substrats différents en s'associant à l'une des neuf protéines cycline régulatrice (Cln1-3, Clb1-6). Je décris une stratégie à haut débit, voir à une échelle génomique, visant à identifier les partenaires d'interaction de Cdk1 et d’y associer la cycline appropriée(s) requise(s) à l’observation d’une interaction en utilisant le PCA OyCD et des souches délétées pour chacune des cyclines. Mes résultats nous permettent d’identifier la phase(s) du cycle cellulaire où Cdk1 peut phosphoryler un substrat particulier et la fonction potentielle ou connue de Cdk1 pendant cette phase. Par exemple, nous avons identifié que l’interaction entre Cdk1 et la γ-tubuline (Tub4) est dépendante de Clb3. Ce résultat est conforme au rôle de Tub4 dans la nucléation et la croissance des faisceaux mitotiques émanant des centromères. Cette stratégie peut également être appliquée à l’étude d'autres IPPs qui sont contrôlées par des sous-unités régulatrices.

Analysis of the esophagogastric junction using the 3D high resolution manometry

Contexte & Objectifs : La manométrie perfusée conventionnelle et la manométrie haute résolution (HRM) ont permis le développement d’une variété de paramètres pour mieux comprendre la motilité de l'œsophage et quantifier les caractéristiques de la jonction œsophago-gastrique (JOG). Cependant, l'anatomie de la JOG est complexe et les enregistrements de manométrie détectent à la fois la pression des structures intrinsèques et des structures extrinsèques à l'œsophage. Ces différents composants ont des rôles distincts au niveau de la JOG. Les pressions dominantes ainsi détectées au niveau de la JOG sont attribuables au sphincter œsophagien inférieur (SOI) et aux piliers du diaphragme (CD), mais aucune des technologies manométriques actuelles n’est capable de distinguer ces différents composants de la JOG. Lorsqu’on analyse les caractéristiques de la JOG au repos, celle ci se comporte avant tout comme une barrière antireflux. Les paramètres manométriques les plus couramment utilisés dans ce but sont la longueur de la JOG et le point d’inversion respiratoire (RIP), défini comme le lieu où le pic de la courbe de pression inspiratoire change de positif (dans l’abdomen) à négatif (dans le thorax), lors de la classique manœuvre de « pull-through ». Cependant, l'importance de ces mesures reste marginale comme en témoigne une récente prise de position de l’American Gastroenterology Association Institute (AGAI) (1) qui concluait que « le rôle actuel de la manométrie dans le reflux gastro-œsophagien (RGO) est d'exclure les troubles moteurs comme cause des symptômes présentés par la patient ». Lors de la déglutition, la mesure objective de la relaxation de la JOG est la pression de relaxation intégrée (IRP), qui permet de faire la distinction entre une relaxation normale et une relaxation anormale de la JOG. Toutefois, puisque la HRM utilise des pressions moyennes à chaque niveau de capteurs, certaines études de manométrie laissent suggérer qu’il existe une zone de haute pression persistante au niveau de la JOG même si un transit est mis en évidence en vidéofluoroscopie. Récemment, la manométrie haute résolution « 3D » (3D-HRM) a été développée (Given Imaging, Duluth, GA) avec le potentiel de simplifier l'évaluation de la morphologie et de la physiologie de la JOG. Le segment « 3D » de ce cathéter de HRM permet l'enregistrement de la pression à la fois de façon axiale et radiale tout en maintenant une position fixe de la sonde, et évitant ainsi la manœuvre de « pull-through ». Par conséquent, la 3D-HRM devrait permettre la mesure de paramètres importants de la JOG tels que sa longueur et le RIP. Les données extraites de l'enregistrement fait par 3D-HRM permettraient également de différencier les signaux de pression attribuables au SOI des éléments qui l’entourent. De plus, l’enregistrement des pressions de façon radiaire permettrait d’enregistrer la pression minimale de chaque niveau de capteurs et devrait corriger cette zone de haute pression parfois persistante lors la déglutition. Ainsi, les objectifs de ce travail étaient: 1) de décrire la morphologie de la JOG au repos en tant que barrière antireflux, en comparant les mesures effectuées avec la 3D-HRM en temps réel, par rapport à celle simulées lors d’une manœuvre de « pull-through » et de déterminer quelles sont les signatures des pressions attribuables au SOI et au diaphragme; 2) d’évaluer la relaxation de la JOG pendant la déglutition en testant l'hypothèse selon laquelle la 3D-HRM permet le développement d’un nouveau paradigme (appelé « 3D eSleeve ») pour le calcul de l’IRP, fondé sur l’utilisation de la pression radiale minimale à chaque niveau de capteur de pression le long de la JOG. Ce nouveau paradigme sera comparé à une étude de transit en vidéofluoroscopie pour évaluer le gradient de pression à travers la JOG. Méthodes : Nous avons utilisé un cathéter 3D-HRM, qui incorpore un segment dit « 3D » de 9 cm au sein d’un cathéter HRM par ailleurs standard. Le segment 3D est composé de 12 niveaux (espacés de 7.5mm) de 8 capteurs de pression disposés radialement, soit un total de 96 capteurs. Neuf volontaires ont été étudiés au repos, où des enregistrements ont été effectués en temps réel et pendant une manœuvre de « pull-through » du segment 3D (mobilisation successive du cathéter de 5 mm, pour que le segment 3D se déplace le long de la JOG). Les mesures de la longueur du SOI et la détermination du RIP ont été réalisées. La longueur de la JOG a été mesurée lors du « pull-through » en utilisant 4 capteurs du segment 3D dispersés radialement et les marges de la JOG ont été définies par une augmentation de la pression de 2 mmHg par rapport à la pression gastrique ou de l’œsophage. Pour le calcul en temps réel, les limites distale et proximale de la JOG ont été définies par une augmentation de pression circonférentielle de 2 mmHg par rapport à la pression de l'estomac. Le RIP a été déterminée, A) dans le mode de tracé conventionnel avec la méthode du « pull-through » [le RIP est la valeur moyenne de 4 mesures] et B) en position fixe, dans le mode de représentation topographique de la pression de l’œsophage, en utilisant l’outil logiciel pour déterminer le point d'inversion de la pression (PIP). Pour l'étude de la relaxation de la JOG lors de la déglutition, 25 volontaires ont été étudiés et ont subi 3 études de manométrie (10 déglutitions de 5ml d’eau) en position couchée avec un cathéter HRM standard et un cathéter 3D-HRM. Avec la 3D-HRM, l’analyse a été effectuée une fois avec le segment 3D et une fois avec une partie non 3D du cathéter (capteurs standard de HRM). Ainsi, pour chaque individu, l'IRP a été calculée de quatre façons: 1) avec la méthode conventionnelle en utilisant le cathéter HRM standard, 2) avec la méthode conventionnelle en utilisant le segment standard du cathéter 3D-HRM, 3) avec la méthode conventionnelle en utilisant le segment « 3D » du cathéter 3D-HRM, et 4) avec le nouveau paradigme (3D eSleeve) qui recueille la pression minimale de chaque niveau de capteurs (segment 3D). Quatorze autres sujets ont subi une vidéofluoroscopie simultanée à l’étude de manométrie avec le cathéter 3D-HRM. Les données de pression ont été exportés vers MATLAB ™ et quatre pressions ont été mesurées simultanément : 1) la pression du corps de l’œsophage, 2cm au-dessus de la JOG, 2) la pression intragastrique, 3) la pression radiale moyenne de la JOG (pression du eSleeve) et 4) la pression de la JOG en utilisant la pression minimale de chaque niveau de capteurs (pression du 3D eSleeve). Ces données ont permis de déterminer le temps permissif d'écoulement du bolus (FPT), caractérisé par la période au cours de laquelle un gradient de pression existe à travers la JOG (pression œsophagienne > pression de relaxation de la JOG > pression gastrique). La présence ou l'absence du bolus en vidéofluoroscopie et le FPT ont été codés avec des valeurs dichotomiques pour chaque période de 0,1 s. Nous avons alors calculé la sensibilité et la spécificité correspondant à la valeur du FPT pour la pression du eSleeve et pour la pression du 3D eSleeve, avec la vidéofluoroscopie pour référence. Résultats : Les enregistrements avec la 3D-HRM laissent suggérer que la longueur du sphincter évaluée avec la méthode du « pull-through » était grandement exagéré en incorporant dans la mesure du SOI les signaux de pression extrinsèques à l’œsophage, asymétriques et attribuables aux piliers du diaphragme et aux structures vasculaires. L’enregistrement en temps réel a permis de constater que les principaux constituants de la pression de la JOG au repos étaient attribuables au diaphragme. L’IRP calculé avec le nouveau paradigme 3D eSleeve était significativement inférieur à tous les autres calculs d'IRP avec une limite supérieure de la normale de 12 mmHg contre 17 mmHg pour l’IRP calculé avec la HRM standard. La sensibilité (0,78) et la spécificité (0,88) du 3D eSleeve étaient meilleurs que le eSleeve standard (0,55 et 0,85 respectivement) pour prédire le FPT par rapport à la vidéofluoroscopie. Discussion et conclusion : Nos observations suggèrent que la 3D-HRM permet l'enregistrement en temps réel des attributs de la JOG, facilitant l'analyse des constituants responsables de sa fonction au repos en tant que barrière antireflux. La résolution spatiale axiale et radiale du segment « 3D » pourrait permettre de poursuivre cette étude pour quantifier les signaux de pression de la JOG attribuable au SOI et aux structures extrinsèques (diaphragme et artéfacts vasculaires). Ces attributs du cathéter 3D-HRM suggèrent qu'il s'agit d'un nouvel outil prometteur pour l'étude de la physiopathologie du RGO. Au cours de la déglutition, nous avons évalué la faisabilité d’améliorer la mesure de l’IRP en utilisant ce nouveau cathéter de manométrie 3D avec un nouveau paradigme (3D eSleeve) basé sur l’utilisation de la pression radiale minimale à chaque niveau de capteurs de pression. Nos résultats suggèrent que cette approche est plus précise que celle de la manométrie haute résolution standard. La 3D-HRM devrait certainement améliorer la précision des mesures de relaxation de la JOG et cela devrait avoir un impact sur la recherche pour modéliser la JOG au cours de la déglutition et dans le RGO.

Performance of correlation functionals in ab initio chemisorption cluster-model calculations: Alkali metals on Si(111)

The performance of different correlation functionals has been tested for alkali metals, Li to Cs, interacting with cluster models simulating different active sites of the Si(111) surface. In all cases, the ab initio Hartree-Fock density has been obtained and used as a starting point. The electronic correlation energy is then introduced as an a posteriori correction to the Hartree-Fock energy using different correlation functionals. By making use of the ionic nature of the interaction and of different dissociation limits we have been able to prove that all functionals tested introduce the right correlation energy, although to a different extent. Hence, correlation functionals appear as an effective and easy way to introduce electronic correlation in the ab initio Hartree-Fock description of the chemisorption bond in complex systems where conventional configuration interaction techniques cannot be used. However, the calculated energies may differ by some tens of eV. Therefore, these methods can be employed to get a qualitative idea of how important correlation effects are, but they have some limitations if accurate binding energies are to be obtained.

Profile simulations of gas chopping etching processes : model development and comparison with experiments

The progress in microsystem technology or nano technology places extended requirements to the fabrication processes. The trend is moving towards structuring within the nanometer scale on the one hand, and towards fabrication of structures with high aspect ratio (ratio of vertical vs. lateral dimensions) and large depths in the 100 µm scale on the other hand. Current procedures for the microstructuring of silicon are wet chemical etching and dry or plasma etching. A modern plasma etching technique for the structuring of silicon is the so-called "gas chopping" etching technique (also called "time-multiplexed etching"). In this etching technique, passivation cycles, which prevent lateral underetching of sidewalls, and etching cycles, which etch preferably in the vertical direction because of the sidewall passivation, are constantly alternated during the complete etching process. To do this, a CHF3/CH4 plasma, which generates CF monomeres is employed during the passivation cycle, and a SF6/Ar, which generates fluorine radicals and ions plasma is employed during the etching cycle. Depending on the requirements on the etched profile, the durations of the individual passivation and etching cycles are in the range of a few seconds up to several minutes. The profiles achieved with this etching process crucially depend on the flow of reactants, i.e. CF monomeres during the passivation cycle, and ions and fluorine radicals during the etching cycle, to the bottom of the profile, especially for profiles with high aspect ratio. With regard to the predictability of the etching processes, knowledge of the fundamental effects taking place during a gas chopping etching process, and their impact onto the resulting profile is required. For this purpose in the context of this work, a model for the description of the profile evolution of such etching processes is proposed, which considers the reactions (etching or deposition) at the sample surface on a phenomenological basis. Furthermore, the reactant transport inside the etching trench is modelled, based on angular distribution functions and on absorption probabilities at the sidewalls and bottom of the trench. A comparison of the simulated profiles with corresponding experimental profiles reveals that the proposed model reproduces the experimental profiles, if the angular distribution functions and absorption probabilities employed in the model is in agreement with data found in the literature. Therefor the model developed in the context of this work is an adequate description of the effects taking place during a gas chopping plasma etching process.

Inclusive probability calculations for the K-vacancy transfer in collisions of S{^15+} on Ar

Using the single-particle amplitudes from a 20-level coupled-channel calculation with ab initio relativistic self consistent LCAO-MO Dirac-Fock-Slater energy eigenvalues and matrix elements we calculate within the frame of the inclusive probability formalism impact-parameter-dependent K-hole transfer probabilities. As an example we show results for the heavy asymmetric collision system S{^15+} on Ar for impact energies from 4.7 to 16 MeV. The inclusive probability formalism which reinstates the many-particle aspect of the collision system permits a qualitative and quantitative agreement with the experiment which is not achieved by the single-particle picture.

Calculations of the polycentric linear molecule H^2+_3 with the finite element method

A fully numerical two-dimensional solution of the Schrödinger equation is presented for the linear polyatomic molecule H^2+_3 using the finite element method (FEM). The Coulomb singularities at the nuclei are rectified by using both a condensed element distribution around the singularities and special elements. The accuracy of the results for the 1\sigma and 2\sigma orbitals is of the order of 10^-7 au.

Non-relativistic and relativistic molecular calculations for the chalcogen hexafluorides: SF_6, SeF_6, TeF_6, PoF_6

Non-relativistic Hartree-Fock-Slater and relativistic Dirac-Slater self-consistent orbital models are applied for the analysis of the electronic structure of the chalcogen hexafluorides: SF_6, SeF_6, TeF_6 and PoF_6. The molecular eigenfunctions and eigenvalues are generated using the discrete variational method (DVM) with numerical basis functions. The results obtained for SF_6 are compared with other ab initio calculations. Information about relativistic level shifts and spin-orbit splitting has been obtained by comparison between the non-relativistic and relativistic results.